Sample records for endonucleases
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Detecção do vírus da cinomose canina por RT-PCR utilizando-se oligonucleotídeos para os genes da fosfoproteína, hemaglutinina e neuraminidase/ Detection of canine distemper virus by RT-PCR using oligonucleotides targeted to the phosphoprotein, hemagglutinin and neuraminidase genes

Pozza, M.; Simonetti, A.B.; Esteves, P.A.; Rijsewijk, F.A.M.; Roehe, P.M.
2007-10-01

Resumo em português Empregou-se a técnica de reação em cadeia pela polimerase precedida de transcrição reversa para detecção do vírus da cinomose canina (CC). Para a padronização da técnica foram selecionados quatro pares de oligonucleotídeos (P1, P2, N1, H1), baseados em seqüências dos genes da fosfoproteína, neuraminidase e hemaglutinina, sendo utilizadas três cepas vacinais de vírus da CC como controles positivos. Foram analisadas três amostras isoladas de cães com cino (mais) mose e quatro amostras provenientes de cães com suspeita clínica de cinomose. Não houve amplificação nas amostras com suspeita clínica da doença. Os resultados obtidos com os oligonucleotídeos P1 e N1 foram superiores aos de H1. Os oligonucleotídeos P2 foram considerados inapropriados para a detecção do vírus da CC. Os amplicons obtidos com os oligonucleotídeos P1, N1 e H1 foram clivados com endonucleases de restrição, sendo os perfis das amostras virais comparados aos da amostra vacinal Lederle, utilizada como referência. Um padrão similar de restrição foi observado em todas as amostras analisadas. Resumo em inglês The reverse transcription-polymerase chain reaction was used to detect canine distemper virus (CDV). Four oligonucleotide pairs were selected (P1, P2, N1, H1), based on the sequences of the phosphoprotein, hemagglutinin and nuraminidase genes for assay standardization, and three CDV vaccine strains were used as positive controls. Three viral isolates from dogs with canine distemper and four samples from animals clinically suspected of distemper were analysed. No amplifica (mais) tion was detected in suspected samples. Results obtained by using P1 and N1 oligonucleotides were superior to those with H1 ones. P2 oligonucleotides were considered inadequate for CDV detection. Amplicons resulting from amplification of P1, N1 and H1 oligonucleotides were submitted to cleavage by restriction endonucleases and restriction patterns of viral samples were compared to that of Lederle strain used as reference. A similar restriction pattern was observed in all analysed samples.

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Evidência molecular da ocorrência de um fitoplasma associado ao lenho mole da macieira/ Molecular evidence for an association of a phytoplasma with apple rubbery wood

Ribeiro, Luiz Fernando Caldeira; Bedendo, Ivan Paulo; Sanhueza, Rosa Maria Valdebenito
2007-03-01

Resumo em português O lenho mole da macieira é uma doença relevante em diversas partes do mundo. Sintomas típicos desta doença têm sido observados em pomares instalados em estados do sul do território brasileiro desde a década de oitenta. Enxertia tem revelado a natureza infecciosa da doença e a observação de corpúsculos filamentosos no floema tem evidenciado possível associação com fitoplasma. No presente trabalho plantas com sintomas de lenho mole foram coletadas em pomar com (mais) ercial, visando demonstrar a presença de fitoplasma em tecido doente, bem como identificar molecularmente este fitoplasma. Através do emprego de duplo PCR com iniciadores universais R16mF2/R1 e R16F2n/R2, fitoplasma foi consistentemente detectado em plantas sintomáticas. A identificação conduzida com duplo PCR usando-se iniciadores específicos R16(III)F2/R demonstrou que o fitoplasma detectado pertencia ao grupo 16SrIII. Análises de RFLP conduzidas com as endonucleases AluI, KpnI, HinfI, HpaII, MseI, RsaI e SauIIIA confirmaram que o fitoplasma era um representante típico do grupo 16SrIII. A detecção e identificação molecular se constitui numa forte evidência que um fitoplasma está associado ao lenho mole da macieira no Brasil, complementando os trabalhos realizados anteriormente com transmissão por enxertia e observação por microscopia eletrônica . Resumo em inglês Apple rubbery wood is an important disease occurring worldwide. Typical symptoms have been observed since 80' decade in orchards located in the South part of Brazil. In previous studies, grafting has evidenciated that the disease had infeccious etiology and visualization of filamentous bodies inside phloem had indicated that a phytoplasma could be associated with the disease. In the present study, plants with symptoms of rubbery wood were sampled in a commercial orchard i (mais) n order to demonstrate the presence of phytoplasma in infected tissue and to identify molecularly that the organism. Using nested PCR with universal primers pairs R16mF2/R1 and R16F2n/R2, phytoplasma was consistently detected in symptomatic plants. Identification conducted with specific primer pair R16(III)F2/R1 in nested PCR demonstrated that the phytoplasma was a member of group 16SrIII. RFLP analyses with endonucleases AluI, KpnI, HinfI, HpaII, MseI, RsaI e SauIIIA confirmed that the phytoplasma was a representative of the group 16SrIII. The detection and molecular identification are strong evidences that a phytoplasma is associated with apple rubbery wood in Brazil and agrees with previous evidences using grafting and electron microscopy.

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Associação do polimorfismo do gene do hormônio de crescimento com a caraterística peso em bovinos da raça Nelore/ Associations between growth hormone gene polymorphism and weight traits in Nellore bovines

Unanian, Maria Marina; Barreto, Cristine Chaves; Freitas, Alfredo Ribeiro de; Cordeiro, Célia Maria Torres; Josahkian, Luiz Antonio
2000-10-01

Resumo em português O polimorfismo do gene do hormônio de crescimento bovino (bGH) foi estudado em 211 bovinos machos da raça Nelore, puros de origem (PO), a fim de observar as freqüências genotípicas e alélicas, e a possível associação com a característica peso. Para alcançar este objetivo, foram considerados os pesos ao nascer, à desmama e mensais dos 10 aos 16 meses de idade, e calculados os ganhos de peso do nascimento à desmama e da desmama aos 16 meses. Foi coletado sangue (mais) para extração do DNA e análise dos sítios polimórficos (RFLP) oriundos da digestão com as endonucleases Msp I (bGH/Msp I, 891 pb), Hae III (bGH/Hae III, 441 pb) e Alu I (bGH/Alu I, 427 pb). Para cada polimorfismo foram encontrados dois alelos, ocorrendo predominância dos alelos D, F e A, respectivamente. Foi observado o efeito do genótipo AA do bGH/Alu I sobre o ganho de peso da desmama até 15 meses de idade e do genótipo DD do bGH/Msp I sobre os ganhos de peso da desmama aos 14 e 15 meses. Os resultados sugerem que os polimorfismos bGH/Alu I e bGH/Msp I constituem marcadores, em potencial, da característica ganho de peso em animais jovens. Resumo em inglês The polymorphism of the growth hormone gene (bGH) was studied in 211 Nellore pure breed bovine males to estimate the genotype and allelic frequencies and possible associations of the gene with weight traits. For this study, body weight data were collected at birth, weaning and monthly from 10 to 16 months of age. Additionally, weight gains from birth to weaning and weaning to 16 months of age were calculated. DNA was extracted from blood samples and the animals genotyped (mais) for Msp I (bGH/Msp I, 891 bp), Hae III (bGH/Hae III, 441 bp) and Alu I (bGH/Alu I, 427 bp) polymorphic sites. Every polymorphism presented two alleles. The predominant alleles were D, F and A, respectively. The effect of the bGH/Alu I AA genotype was observed on the weight gain from weaning to 15 months of age, and of the bGH/Msp I DD genotype from weaning to 14 and 15 months. The results suggest that bGH/Alu I and bGH/Msp I polymorphisms may be potential markers for the weight gain trait in young bulls.

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Identificação de Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis através de PCR-RFLP do gene recA/ Identification of Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis through PCR-RFLP of the rec-A gene

El Tassa, Samira O. M.; Duarte, Valmir
2006-02-01

Resumo em português Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis foi proposta como o principal agente causal da canela preta da batata (Solanum tuberosum) no Brasil. Com o objetivo de identificar essa subespécie, oligonucleotídeos iniciadores foram selecionados a partir de regiões heterólogas do gene recA existentes entre P. carotovorum subsp. brasiliensis ATCC BAA-41 e outras pectobactérias disponíveis no GenBank e P. carotovorum subsp. carotovorum BAB1. No entanto, os oligonucleot� (mais) �deos iniciadores apresentaram baixa especificidade. O produto da PCR do gene recA, um fragmento de ± 730 pb, de 38 estirpes de P. chrysanthemi e das diferentes subespécies de P. carotovorum, foi digerido com as endonucleases de restrição TasI e HhaI. Estas enzimas foram selecionadas com base na seqüência do gene recA das estirpes P. carotovorum subsp. brasiliensis ATCC BAA-416 (581 pb) e P. carotovorum subsp. carotovorum BAB1 (626 pb). A análise do PCR-RFLP com as enzimas TasI e HhaI gerou sete e 12 padrões, respectivamente. A combinação dos resultados permitiu a separação em 13 grupos distintos e a discriminação de P. carotovorum subsp. brasiliensis. Resumo em inglês Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis has been proposed to be the major causal agent of blackleg of potato (Solanum tuberosum) in Brazil. In order to identify this subspecies, primers were selected from heterologous regions of recA genes present in P. carotovorum subsp. brasiliensis ATCC BAA-41, P. carotovorum subsp. carotovorum BAB1, and other DNA sequences of pectobacteria available in the GenBank. These primers, however, showed low specificity. The recA gene P (mais) CR product, a DNA fragment of ± 730 bp, from 38 strains of P. chrysanthemi, subspecies of P. carotovorum, was digested with TasI and HhaI restriction enzymes. These enzymes were selected based on the sequences of recA gene from strains of P. carotovorum subsp. brasiliensis ATCC BAA-416 (581 pb) and P. carotovorum subsp. carotovorum BAB1 (626 pb). The restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis with TasI and HhaI enzymes generated seven and 12 patterns, respectively. Analysis of the combined results allowed for the separation of 13 distinct groups and differentiation of P. carotovorum subsp.brasiliensis.

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Perfil de restrição de um fragmento do gene da hemaglutinina amplificado pela RT-PCR a partir de estirpes vacinais e selvagens do vírus da cinomose canina/ Restriction pattern of a hemagglutinin gene amplified by RT-PCR from vaccine strains and wild-type canine distemper virus

Negrão, F.J.; Wosiacki, S.H.; Alfieri, A.A.; Alfieri, A.F.
2006-12-01

Resumo em português Fragmentos com 721 pares de bases do gene da hemaglutinina (H) do vírus da cinomose canina (CDV), amplificados pela RT-PCR a partir de três estirpes vacinais (Snyder Hill, Onderstepoort e Rockborn) e de 27 amostras de campo, provenientes de cães com cinomose, foram clivados com as endonucleases Hinf I and Rsa I. A seleção das enzimas foi realizada por meio de análises in silico de seqüências do CDV depositadas em bases públicas de dados. Tanto as estirpes vacinai (mais) s quanto as amostras selvagens do CDV apresentaram com a enzima Hinf I o mesmo perfil de restrição, confirmando a identidade do fragmento amplificado pela RT-PCR, uma vez que todas as estirpes com seqüências disponíveis (GenBank) têm sítios de restrição para essa enzima nas mesmas posições. O perfil de restrição das estirpes vacinais Snyder Hill e Onderstepoort, que diferem entre si, foi confirmado com a enzima Rsa I que também clivou a estirpe Rockborn nas mesmas posições que a estirpe Snyder Hill. Todas as 27 amostras de campo do CDV apresentaram com a enzima Rsa I o mesmo perfil de restrição, indicando conservar os mesmos sítios de restrição para essa enzima. O perfil das amostras de campo foi diferente daquele obtido nas três estirpes vacinais. Os perfis de restrição do gene que codifica a hemaglutinina do CDV, gerados pela enzima Rsa I, sugerem diferenças moleculares entre as estirpes vacinais e as selvagens circulantes na região norte do estado do Paraná e abrem a perspectiva da elaboração de análises moleculares comparativas mais complexas, como o seqüenciamento de todo o gene H, de estirpes do CDV identificadas em diferentes regiões brasileiras. Resumo em inglês The restriction fragment length polymorphism (RFLP) assay of a 721 bp fragment from hemagglutinin (H) gene of canine distemper virus (CDV) amplified by RT-PCR was analyzed with Hinf I and Rsa I enzymes. Clinical samples from 27 dogs with natural canine distemper infection, and three vaccine (Snyder Hill, Onderstepoort and Rockborn) CDV strains were analyzed. All RT-PCR amplified product from CDV wild-type and vaccine-strains had the same RFLP pattern with Hinf I enzyme sh (mais) owing the amplicon specificity. The RFLP pattern for CDV vaccine-strains generated with Rsa I enzyme was the expected by in silico analysis. All 27 wild-type CDV strains present the same Rsa I enzyme RFLP pattern that was different from vaccine-strains pattern, suggesting molecular differences between vaccine-strains and wild-type of CDV from dogs population in North region of Paraná State/Brazil. These results open the perspectives of the accomplishment of comparative molecular analysis, such as sequencing of the whole gene H, of CDV wild-type strains identified in different Brazilian regions.

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