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1

Sequenciamento de DNA de nova geração e suas aplicações na genômica de plantas/ Next generation DNA sequencing and its applications in plant genomics

Carvalho, Mayra Costa da Cruz Gallo de; Silva, Danielle Cristina Gregorio da
2010-03-01

Resumo em português As plataformas de sequenciamento de nova geração são uma alternativa poderosa para estudos de genômica estrutural e funcional. Na genômica de plantas, os trabalhos com as novas plataformas têm sido destinados ao sequenciamento de transcritos, ressequenciamento ou sequenciamento de novo de genomas plastidiais. Neste trabalho, são detalhadas as tecnologias das plataformas mais utilizadas atualmente, bem como é revisada a aplicação dessas tecnologias na genômica estrutural e funcional de plantas. Resumo em inglês The next-generation DNA sequencing technologies are a powerful alternative to studies in structural and functional genomics. In plant genomics studies, the work with these new platforms has been used for the sequencing of transcripts, re-sequencing, and the de novo sequencing of plastid genomes. This research details the technological principles of the next-generation DNA sequencing platforms most used and reviews its application in structural and functional plant genomics.

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2

Diversidade bacteriana da rizosfera de genótipos de milho contrastantes na eficiência de uso de fósforo/ Bacterial diversity in the rhizosphere of maize genotypes contrasting for phosphorus use efficiency

Oliveira, Christiane Abreu de; Marriel, Ivanildo Evódio; Gomes, Eliane Aparecida; Lana, Ubiraci Gomes de Paula; Scotti, Maria Rita; Alves, Vera Maria Carvalho
2009-11-01

Resumo em português O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade funcional e genética de bactérias associadas à rizosfera de genótipos de milho contrastantes quanto à eficiência de uso de fósforo, por meio do teste de fontes de carbono no sistema EcoPlate e da eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE) dos fragmentos amplificados dos genes 16S ribossomais (rDNA) das bactérias. Foram coletadas amostras de solo da rizosfera de linhagens e híbridos contrastantes quanto (mais) à eficiência de uso de fósforo, cultivados em Latossolo Vermelho-Escuro fase cerrado, com baixo e alto teor de P. Bactérias da rizosfera de híbridos e linhagens eficientes, sob estresse de P, analisadas pelo sistema EcoPlate, tenderam a se agrupar conforme a análise de componentes principais, o que indica que utilizaram fontes de carbono semelhantes. Não houve diferença na diversidade bacteriana, analisada pela DGGE, entre bactérias associadas a genótipos eficientes e ineficientes no uso de P. Com base no sequenciamento do 16S rDNA, foi verificado que a rizosfera de genótipos de milho sob estresse de P parece selecionar grupos específicos de bactérias. A estrutura populacional genética e metabólica de bactérias da rizosfera foi mais influenciada pelo teor de fósforo no solo do que pela eficiência das plantas em usar o fósforo. Resumo em inglês The objective of this work was to evaluate the functional and genetic diversity of bacteria associated to the rhizosphere of maize genotypes contrasting for phosphorus use efficiency by means of the EcoPlate carbon source test and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of amplified 16S ribosomal DNA (rDNA) fragments of bacteria. Rhizosphere soil samples of maize genotypes (hybrids and lineages) contrasting for phosphorus use efficiency cultivated in an Oxisol with (mais) high and low P content were collected. Bacteria from the rhizosphere of P-efficient maize genotypes under P stress conditions analyzed by the EcoPlate system tended to group together according to main components analysis, which indicates that these bacteria used similar carbon sources. Microbial diversity analyzed by DGGE did not differ between P-efficient and inefficient maize genotypes. Based on the 16S rDNA fragment sequencing, the rhizosphere of maize genotypes growing on low-P soils seemed to select specific bacteria species. The genetic and metabolic structure of the rhizosphere bacterial community was more strongly influenced by the level of P in the soil than by the genotypes with contrasting P-use efficiency.

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Caracterização molecular do HTLV-1/2 em doadores de sangue em Belém, Estado do Pará: primeira descrição do subtipo HTLV-2b na região Amazônica/ Molecular characterization of HTLV-1/2 among blood donors in Belém, State of Pará: first description of HTLV-2b subtype in the Amazon region

Santos, Ethienne Lobato dos; Tamegão-Lopes, Bruna; Machado, Luiz Fernando Almeida; Ishak, Marluísa de Oliveira Guimarães; Ishak, Ricardo; Lemos, José Alexandre Rodrigues de; Vallinoto, Antonio Carlos Rosário
2009-06-01

Resumo em português Este trabalho objetivou a caracterização molecular do vírus linfotrópico de células T humanas infectando doadores de sangue atendidos na Fundação Centro de Hemoterapia e Hematologia do Pará. Amostras de DNA de 79 indivíduos soropositivos para o vírus linfotrópico de células T humanas foram analisadas por meio da reação em cadeia da polimerase para as regiões genômicas pX, env e 5'LTR, de polimorfismos de comprimento de fragmentos de restrição e do seqüe (mais) nciamento da região 5LTR, com posterior análise filogenética, definindo o tipo e o subtipo do HTLV circulante na população estudada. Observou-se uma maior prevalência de HTLV-1 (71%) em relação ao HTLV-2 (29%). As amostras de HTLV-1 sequenciadas foram classificadas como pertencentes ao subtipo Cosmopolita, subgrupo Transcontinental, sendo as de HTLV-2 identificadas como HTLV-2c. A análise de polimorfismos de comprimento de fragmentos de restrição da região env e do sequenciamento da região 5'LTR, identificou, pela primeira vez na Amazônia Brasileira, uma amostra de HTLV-2b, enfatizando a necessidade de estudos moleculares contínuos na região para melhor entendimento da epidemiologia de transmissão do HTLV na população e permitir a vigilância epidemiológica da emergência de novos tipos e subtipos. Resumo em inglês This study aimed to perform molecular characterization on the human T-cell lymphotropic virus (HTLV) infecting blood donors attended at the Hematology and Hemotherapy Center-Foundation of Pará. DNA samples from 79 HTLV-seropositive individuals were analyzed by means of the polymerase chain reaction on the pX, env and 5'LTR genomic regions; restriction fragment length polymorphism analysis; and sequencing of the 5'LTR region with subsequent phylogenetic analysis. From thi (mais) s, the HTLV types and subtypes circulating in the study population were defined. There was higher prevalence of HTLV-1 (71%) than of HTLV-2 (29%). HTLV-1 samples were classified as belonging to the Cosmopolitan subtype, Transcontinental subgroup; and the HTLV-2 samples as HTLV-2c. Analysis on the restriction fragment length polymorphisms of the env region and sequencing of the 5'LTR region identified a sample of HTLV-2b, for the first time in the Brazilian Amazon region. This emphasizes the need for ongoing molecular studies in this region, in order to have better understanding of the epidemiology of HTLV transmission in the population, and to enable epidemiological surveillance of the emergence of new types and subtypes.

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Biotecnologia animal

Coutinho, Luiz Lehmann; Rosário, Millor Fernandes do
2010-01-01

Resumo em português A biotecnologia animal tem fornecido novas ferramentas para os programas de melhoramento e, dessa forma, contribuído para melhorar a eficiência da produção dos produtos de origem animal. No entanto, os avanços têm sido mais lentos do que antecipados, especialmente em razão da dificuldade na identificação dos genes responsáveis pelas características fenotípicas de interesse zootécnico. Três estratégias principais têm sido utilizadas para identificar esses g (mais) enes - mapeamento de QTL, genes candidatos e sequenciamento de DNA e mRNA - e cada uma tem suas vantagens e limitações. O mapeamento de QTL permite determinar as regiões genômicas que contêm genes, mas o intervalo de confiança do QTL pode ser grande e conter muitos genes. A estratégia de genes candidatos é limitada por causa do conhecimento ainda restrito das funções de todos os genes. Os sequenciamentos de genomas e de sequências expressas podem auxiliar na identificação da posição de genes e de vias metabólicas associadas à característica de interesse. A integração dessas estratégias por meio do desenvolvimento de programas de bioinformática permitirá a identificação de novos genes de interesse zootécnico. Assim, os programas de melhoramento genético se beneficiarão pela inclusão da informação obtida diretamente do DNA na avaliação do mérito genético dos plantéis disponíveis. Resumo em inglês Animal biotechnology is providing new tools for animal breeding and genetics and thus contributing to advances in production efficiency and quality of animal products. However, the progress is slower than anticipated, mainly because of the difficulty involved in identifying genes that control phenotypic characteristics of importance to the animal industry. Three main strategies: QTL mapping, candidate genes and DNA and mRNA sequencing have been used to identify genes of e (mais) conomic interest to animal breeding and each has advantages and disadvantages. QTL mapping allows identification of the genomic region that contains the genes, but the confidence interval of the regions is usually large and may contain several genes. Candidate gene approach is limited to our restricted knowledge of the biological function of the genes. Sequencing of genomes and expressed sequences tags can provide identifying gene position and metabolic pathways associated with phenotypic trait. Integrating these strategies using bioinformatics software will allow identifying of novel genes for animal production. Then, animal breeding programs will include the information from DNA directly on evaluation of genetic value of livestock production.

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5

Diversidade e potencial biotecnológico da comunidade bacteriana endofítica de sementes de soja/ Diversity and biotechnological potential of endophytic bacterial community of soybean seeds

Assumpção, Laura de Castro; Lacava, Paulo Teixeira; Dias, Armando Cavalcante Franco; Azevedo, João Lúcio de; Menten, José Otávio Machado
2009-05-01

Resumo em português O objetivo deste trabalho foi isolar, caracterizar e identificar a comunidade bacteriana endofítica de sementes de soja e avaliar o seu potencial biotecnológico. Foram utilizadas sementes de 12 cultivares de soja. Os isolados bacterianos endofíticos obtidos foram avaliados in vitro quanto ao antagonismo a fungos fitopatogênicos, síntese de ácido indolacético (AIA) e solubilização de fosfato. A caracterização foi realizada com técnicas de isolamento, análise d (mais) e restrição do DNA ribossomal amplificado (ARDRA) e sequenciamento parcial do gene 16S rDNA. Os isolados com maior potencial biotecnológico foram inoculados em sementes de soja, para se avaliar a capacidade de promoção de crescimento de plantas. Foi possível identificar 12 ribótipos por meio da ARDRA, que foram classificados como: Acinetobacter, Bacillus, Brevibacterium, Chryseobacterium, Citrobacter, Curtobacterium, Enterobacter, Methylobacterium, Microbacterium, Micromonospora, Pantoea, Paenibacillus, Pseudomonas, Ochrobactrum, Streptomyces e Tsukamurella. Quanto ao potencial biotecnológico da comunidade, 18% dos isolados controlaram o crescimento de fungos fitopatogênicos, 100% produziram AIA, e 39% solubilizaram fosfato. O isolado 67A(57) de Enterobacter sp. aumentou significativamente a massa de matéria seca da raiz. A inoculação de isolados com elevado potencial biotecnológico em avaliações in vitro não promoveu o crescimento de plantas de soja na maioria dos casos. Resumo em inglês The objectives of this work were to isolate, characterize and identify the endophytic bacterial community of soybean seeds, and to test the biotechnological potential of this community. Seeds from 12 soybean cultivars were used. The endophytic bacterial isolates were evaluated for in vitro antagonism against phytopathogenic fungi, synthesis of indoleacetic acid (IAA), and capacity to solubilize phosphate. Isolation techniques, amplified ribosomal DNA restriction analysis (mais) (ARDRA) grouping, and identification by means of partially sequencing the 16S rDNA were used in community characterization. The isolates with best biotechnological potential were inoculated in seeds to evaluate their ability to promote plant growth. Twelve ribotypes were identify by means of ARDRA and classified as: Acinetobacter, Bacillus, Brevibacterium, Chryseobacterium, Citrobacter, Curtobacterium, Enterobacter, Methylobacterium, Microbacterium, Micromonospora, Pantoea, Paenibacillus, Pseudomonas, Ochrobactrum, Streptomyces and Tsukamurella. As for the biotechnological potential of the community, 18% of the isolates were able to antagonize phytopathogenic fungi, 100% to synthesize IAA, and 39% to solubilize phosphate. The strain 67A(57) of Enterobacter sp. increased significantly the dry root biomass. Inoculation of promising isolates did not promote growth in soybean plants in most of the cases.

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Identificação diferencial de Rhodococcus equi e Dietzia maris em bubalinos/ Differential identification of Rhodococcus equi and Dietzia maris in buffaloes

Viana, L.R.; Krewer, C.C.; Drescher, G.; Lazzari, A.; Botton, S.A.; Costa, M.M.; Loreto, E.L.S.; Vargas, A.C.
2009-08-01

Resumo em português Foram analisados 24 isolados bacterianos oriundos de leite e pele de búfalas (Bubalus bubalis), os quais foram previamente identificados como Rhodococcus equi com o auxílio de fenotipia concisa. Testes fenotípicos complementares e ferramentas moleculares foram utilizados com o objetivo de caracterizar esses isolados, bem como diferenciá-los de outros microrganismos intimamente relacionados. Observaram-se três fenótipos distintos, porém a identificação dos isolado (mais) s foi inconclusiva. Apenas um dos isolados foi comprovado como sendo R. equi com a realização da PCR espécie-específica, sequenciamento e análise dos fragmentos de DNA. Os demais isolados só foram identificados pelo sequenciamento de fragmento do gene que codifica a região 16S do rRNA universal de bactérias, indicando tratar-se de Dietzia maris. O perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos revelou maior resistência dos isolados de D. maris para oxacilina (96%) e rifampicina (87%). O isolado de R. equi apresentou resistência à amicacina, oxacilina, penicilina, rifampicina e tetraciclina. Alerta-se para o risco da incorreta identificação dos isolados baseados em testes fenotípicos concisos e para a necessidade de utilização de testes complementares para diferenciação entre R. equi e D. maris. Resumo em inglês Twenty-four bacterial isolates from milk and skin of buffalo females (Bubalus bubalis), which previously had been identified as Rhodococcus equi by using a restricted number of phenotypical tests for bacterial characterization, were analyzed. The goal of this study was to perform the characterization of these isolates, as well as the differentiation of other microorganisms closely related by using additional phenotypical tests and molecular tools. Based on the phenotypica (mais) l results, three different biotypes were obtained. However, the identification of the isolates was inconclusive. Only one of the isolates was confirmed as R. equi by the PCR specifically for this species, as well DNA sequencing and DNA fragment analysis. All the other isolates only could be precisely identified after the DNA sequencing, and they were characterized as Dietzia maris. The sensitivity profile to antimicrobials demonstrated the highest resistance of D. maris to oxacillin and rifampin, 96% and 87%, respectively. R. equi isolate, presented resistance to amikacin, oxacillin, penicillin, rifampin, and tetracycline. Thus, it is important to alert for the risk of the incorrect identification of the bacterial isolates by using diagnostic analysis based on phenotypical tests in order to differentiate R. equi and D. maris, besides the necessity to use complementary tests for differentiation of these microorganisms.

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Caracterização molecular de acessos de Cratylia argentea e sua relação filogenética com outras leguminosas/ Molecular characterization of Cratylia argentea accessions and its phylogenetic relationship with other legumes

Galdino, Alexsandro Sobreira; Lima, João Paulo Matos Santos; Antunes, Renata de Souza Panarari; Prioli, José Alberto; Thiers, Paulo Roberto; Silva, Glocimar Pereira da; Grangeiro, Thalles Barbosa
2010-08-01

Resumo em português O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular de 11 acessos de Cratylia argentea, com base no sequenciamento da região ITS (ITS1/5,8S/ITS2), bem como o estabelecimento de suas relações filogenéticas com outras leguminosas. As relações filogenéticas dessa espécie com outras 15 leguminosas foram estabelecidas com o uso de sequência do gene que codifica a subunidade 18S do rRNA (rDNA 18S). A amplificação do DNA da região ITS/5,8S dos 11 aces (mais) sos revelou uma única banda de aproximadamente 650 pb. Sequências ITS/5,8S foram obtidas de todos os acessos analisados e depois alinhadas com a região ITS/5,8S da leguminosa Galactia striata. O tamanho das sequências ITS/5,8S dos acessos de C. argentea variou de 565 a 615 pb. Os conteúdos médios de G + C nas regiões ITS1 e ITS2 variaram entre 46 e 47%. O alinhamento múltiplo das seqüências ITS/5,8S dos acessos de C. argentea com Galactia striata revelou a presença de deleções e inserções. Os acessos de C. argentea constituíram um único clado politômico. A análise filogenética de C. argentea demonstrou que essa espécie está incluída no clado das Diocleinae verdadeiras e que os gêneros Calopogonium e Pachyrhizus estão fora desse clado. Resumo em inglês The objective of this work was to molecularly characterize 11 Cratylia argentea accessions, based on the ITS (ITS1/5.8S/ITS2) region sequencing, as well to establish its phylogenetic relationship with other legume species. The phylogenetic relationship of this species with other 15 legume ones was established using a gene sequence that codes the subunit 18S of the rRNA (rDNA 18S). DNA amplification of the ITS/5.8S region of these 11 accessions revealed an amplicon with ar (mais) ound 650 bp. ITS/5.8S sequences were obtained from all accessions analysed, and then aligned with the region ITS/5.8S of Galactia striata legume. The size of ITS/5.8S region ranged from 565 to 615 bp. Average G + C contents in the ITS1 and ITS2 regions ranged between 46 and 47%. The multiple sequence alignment between the ITS sequences from C. argentea accessions and Galactia striata revealed the presence of deletions and insertions. C. argentea accessions formed a unique politomic clade. Cratylia argentea phylogenetic analysis demonstrated that this species is placed into the true Diocleinae Clade, and that Calopogonium and Pachyrhizus are not included in subtribe Diocleinae.

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Bioprospecção de isolados de Trichoderma spp. para o controle de Rhizoctonia solani na produção de mudas de pepino/ Bioprospection of Trichoderma spp. isolates to control Rhizoctonia solani on cucumber seedling production

Lucon, Cleusa Maria Mantovanello; Koike, Claudia Mitsue; Ishikawa, Alice Ishida; Patrício, Flávia Rodrigues Alves; Harakava, Ricardo
2009-03-01

Resumo em português O objetivo deste trabalho foi selecionar e identificar isolados de Trichoderma spp. para o controle do tombamento causado por Rhizoctonia solani (AG-4) em plântulas de pepino (Cucumis sativus L.), além de avaliar o efeito de concentrações crescentes e de combinações dos isolados mais eficientes no controle da doença. Os experimentos foram conduzidos em casa de vegetação, com 490 isolados. O tombamento das mudas foi avaliado uma semana após a aplicação à base (mais) das plântulas de substrato infestado com antagonista (1%) e patógeno (1%). Os doze isolados que proporcionaram mais de 85% de redução da doença foram testados em concentrações crescentes para o controle do patógeno (1%): 0,5, 1, 2, 3 e 4%. Também foi avaliado o efeito das combinações dos cinco isolados mais promissores. Os isolados mais efetivos foram identificados pelo sequenciamento da região espaçadores internos transcritos (ITS) do DNA ribossômico. Dos 490 isolados testados 44 (9%) reduziram o tombamento. As concentrações de antagonistas superiores a 2% foram as mais efetivas no controle da doença. Apenas duas combinações resultaram no aumento do controle da doença. Os isolados mais efetivos foram identificados como T. hamatum (IB08, IB30, IB60), T. harzianum (IB34, IB35), T. atroviride (IB13), T. spirale (IB16, IB24) e T. asperellum (IB44). Não foi possível a identificação da espécie de três isolados. Resumo em inglês The objective of this work was to select and identify Trichoderma spp. isolates for the control of Rhizoctonia solani (AG-4) damping-off on cucumber (Cucumis sativus L.) seedlings, as well as to evaluate the effects of increasing concentrations and different combinations of the most efficient isolates in the disease control. The experiments were carried out in a greenhouse with 490 isolates. The disease on cucumber seedlings was evaluated one week after the application of (mais) a commercial substrate infested with both antagonist (1%) and pathogen (1%) to the seedlings' root collar. The twelve isolates that conferred more than 85% of disease reduction were further evaluated in pathogen control (1%) at the concentrations 0.5, 1, 2, 3 and 4%. The effect of combining five of the most promising isolates in disease control was also evaluated. The most effective isolates were identified through the sequencing of the ribosomal internal transcribed spacers (ITS) region. Out of the 490 isolates tested 44 (9%) caused reduction of damping-off. Antagonist concentrations higher than 2% conferred the most effective disease control. Only two combinations of isolates resulted in increased disease control. The most effective isolates were identified as T. hamatum (IB08, IB30, IB60), T. harzianum (IB34, IB35), T. atroviride (IB13), T. spirale (IB16, IB24) and T. asperellum (IB44). Three isolates could not be identified at species level.

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Diversidade genética do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) em mulheres infectadas de uma cidade do nordeste do Brasil/ Genetic diversity of human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) in infected women from a northeast city of Brazil

Santos, Edson de Souza; Araújo, Adriano Fernando; Galvão-Castro, Bernardo; Alcantara, Luiz Carlos Junior
2009-12-01

Resumo em português OBJETIVO: descrever a diversidade genética dos isolados de HIV-1 de mulheres soropositivas acompanhadas em um centro de referência. MÉTODOS: estudo transversal, no qual foram incluídas 96 mulheres com dois testes sorológicos ELISA e um teste confirmatório Western Blot. Das amostras de sangue periférico, foram determinadas a carga viral pelo kit b-DNA e a contagem de linfócitos T CD4 e T CD8 pela citometria de fluxo excalibur. A extração e purificação do DNA pr (mais) ó-viral foi realizada pela reação em cadeia da polimerase (PCR), utilizando o kit QIAamp Blood (Qiagen Inc., Chatsworth, CA, USA). O sequenciamento da região pol foi realizado em 52 isolados com o (3100 Genetic Analyzer, Applied Biosystems Inc., Foster City, CA) e a genotipagem foi investigada pela ferramenta Rega (Rega Subtyping Tool). O padrão de resistência aos antirretrovirais (ARV) foi inferido pelo algoritmo do banco de dados Stanford HIV Resistance. Os estágios clínicos das participantes foram definidos como A, B ou C segundo os critérios do Center for Diseases Control (CDC). Para a análise estatística dos dados, foram utilizados os testes do χ2 para as variáveis categóricas e o teste t de Student para as variáveis numéricas. RESULTADOS: a média de idade da amostra, o tempo médio de doença e de tratamento foram: 33,7; 3,8 e 2,5 anos, respectivamente. A média da carga viral foi log10 2,3 cópias/mL; a dos linfócitos T CD4 e T CD8 foi 494,9 células/µL e 1126,4 células/µL. Sobre o estágio clínico, 30 mulheres estavam no estádio A, 47 no B e 19 no C. O sequenciamento dos 52 isolados encontrou 33 do subtipo B, quatro do F, um do C e 14 do recombinante BF. A análise da resistência aos ARV mostrou 39 (75,0%) isolados susceptíveis, 13 (25,0%) resistentes aos inibidores da transcriptase reversa (INTR) e três (5,7%) aos inibidores da protease (IP). CONCLUSÕES: Houve grande diversidade do HIV-1 e elevado percentual de isolados resistentes aos ARV na amostra estudada. Resumo em inglês PURPOSE: to describe the genetic diversity of HIV-1 isolates from serum positive women followed up at a reference center. METHODS: transversal study, including 96 women with two ELISA serological tests and a Western Blot confirmatory test. The viral charge was determined by the b-DNA kit, and the counting of T CD4 and T CD8 lymphocytes, by the Excalibur flow cytometry, from the samples of peripheral blood. The extraction and purification of pro-viral DNA was performed by (mais) the polymerase (PCR) chain reaction, using the QIAamp Blood kit (Qiagen Inc., Chatsworth, CA, U.S.A.). Sequencing of the pol region was done in 52 isolates with the 3100 Genetic Analyzer (Applied Biosystems Inc., Foster City, CA), and the genotyping was assessed by the Rega Subtyping Tool. The resistance pattern to anti-retrovirals (ARV) was inferred by the algorithm from the Stanford HIV Resistance data bank. Participants' clinical stages were defined as A, B or C, according to the criteria established by the Center for Diseases Control (CDC). For statistical analysis, the χ2 test was used for the categorical variables and the Student's t test, for the numerical variables. RESULTS: The average age of the sample, the disease and treatment average duration were respectively: 33.7 years old, 3.8 and 2.5 years. The viral charge average was log10 2.3 copies/mL; the T CD4 e T CD8 lymphocytes, 494.9 cells/µL and 1126.4 cells/µL. Concerning the clinical stage, 30 women were in stage A, 47 in B and 19 in C. Sequencing from the 52 isolates found 33 of B subtype, 4 of F, 1 of C and 14 of BF recombinant. The analysis of resistance to ARV has shown 39 (75.0%) susceptible isolates, 13 (25.0%) resistant to reversal transcriptase inhibitors (RTIN), and 3 (5.7%) resistant to protease inhibitor (PI). CONCLUSIONS: There has been a large variety of HIV-1 and a high percentage of isolates resistant to ARV in the studied sample.

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Variabilidade no cpDNA em Manilkara huberi, espécie sob manejo sustentável na Amazônia brasileira/ cpDNA variability in Manilkara huberi, a species under sustainable management in the Brazilian Amazon

Azevedo, Vânia Cristina Rennó; Kanashiro, Milton; Grattapaglia, Dario; Ciampi, Ana Yamaguishi
2008-07-01

Resumo em português O objetivo deste trabalho foi avaliar a existência de estruturação genética matrilinear em maçaranduba (Manilkara huberi). Foram avaliados 481 indivíduos adultos de M. huberi, distribuídos em 200 hectares de uma população natural na Floresta Nacional do Tapajós, Belterra, PA, e 88 regenerantes, com base na análise de nove microssatélites de cloroplasto e, de 96 indivíduos adultos, selecionados aleatoriamente na área de 200 ha, foi realizado o seqüenciamento (mais) de três regiões não codificadoras de cpDNA. Não foi detectado polimorfismo de seqüência. A análise da variabilidade haplotípica mostrou polimorfismo relativamente limitado, que resultou em 15 haplótipos, com diversidade genética total (hT) de 0,898. Foi detectada a existência de estruturação genética significativa em distâncias de até 250 m, o que indica dispersão de sementes restrita e confirma o padrão de organização espacial da variabilidade genética mostrado pela análise de DNA nuclear, o que evidencia isolamento por distância e a necessidade de manutenção de grandes áreas de floresta primária para garantir a sobrevivência de maior número de subpopulações. Resumo em inglês The objective of this work was to evaluate the existence of matrilineal genetic structure in maçaranduba (Manilkara huberi). Evaluations were performed for 481 adult individuals of M. huberi, distributed in 200 hectares of a natural population in the Floresta Nacional do Tapajós, Belterra, PA, Brazil, and 88 plantules, based on nine chloroplast microsatellite loci and, of 96 individuals, selected randomly in the 200 ha area, it was carried out the sequencing of three in (mais) tergenic regions from the cpDNA. No sequence polymorphism was detected. The analysis of the haplotypic variability showed a relatively low polymorphism, which resulted in 15 haplotypes, with total genetic diversity (hT) of 0.898. Significant genetic structure until 250 m was detected, which indicates that seeds are restrictedly dispersed and confirms the pattern of spatial organization of the genetic variability, showed by the nuclear DNA analysis. This indicates isolation by distance and the need of maintenance of primary forest large areas to allow the surviving of a greater number of subpopulations.

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Uso de microarrays na busca de perfis de expressão gênica: aplicação no estudo de fenótipos complexos/ Use of microarrays in the search of gene expression patterns: application to the study of complex phenotypes

Guindalini, Camila; Tufik, Sergio
2007-12-01

Resumo em português Com o advento do seqüenciamento de genoma humano, novas tecnologias foram desenvolvidas e despontaram como promissoras ferramentas metodológicas e científicas para o avanço na compreensão dos mecanismos envolvidos em várias doenças complexas. Dentre elas, a técnica de análise em larga escala (conhecida como microarrays ou chips de DNA) é particularmente eficaz em permitir uma visão global na busca de padrões de expressão gênica em amostras biológicas. Por m (mais) eio da determinação da expressão de milhares de genes simultaneamente, a promissora tecnologia permite que pesquisadores comparem o comportamento molecular de diversos tipos de linhagens celulares e tecidos diferentes, quando expostos a uma determinada condição patológica ou experimental. A aplicação do método pode trazer novas perspectivas de análise de processos fisiológicos e facilitar a identificação de marcadores moleculares para o diagnóstico, prognóstico e para o tratamento farmacológico atual. Nesse artigo, apresentaremos conceitos teóricos e metodológicos que permeiam a tecnologia de microarrays, assim como suas vantagens, perspectivas e direcionamentos futuros. Com o intuito de exemplificar sua aplicabilidade e eficiência no estudo de fenômenos complexos, serão apresentados e também discutidos resultados iniciais sobre padrões de expressão gênica em amostra de cérebros post-mortem de pacientes psiquiátricos e sobre as conseqüências moleculares e funcionais de perturbações no sono, comumente associadas a transtornos psiquiátricos. Resumo em inglês Sequencing the human genome has prompted the development of new technologies, which have emerged as promising methodological and scientific tools for advancing the current knowledge about the causes and mechanisms involved in various complex disorders. Among those, the high-throughput technique known as microarray is particularly powerful in providing a global view of gene expression patterns in biological samples. By the simultaneous determination of the expression level (mais) s of thousands of genes, microarrays allow researchers to compare the molecular behaviour of different types of cells lines or specific tissues that have been exposed to pathological or experimental conditions. The method may provide insights into physiological processes and facilitate the identification of novel biological markers for diagnostic, prognostic and pharmacological treatments for a number of diseases. In this article, we present theoretical and methodological concepts underlying the microarray technology, as well as an overview of its advantages, perspectives and future scientific directions. In an attempt to demonstrate the applicability and efficiency of the method in the study of complex phenotypes, initial results on gene expression studies in post mortem brain samples of psychiatric patients and on the molecular and functional consequences of sleep disturbances, which is strongly associated with psychiatric illness, will be described and discussed.

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Uso de PCR e sequenciamento do rDNA 16S para identificação de bactérias do gênero Staphylococcus isoladas de mastite bovina/ Identification of Staphylococcus strains isolated from bovine mastitis by PCR and 16S rDNA sequencing

Lange, Carla C.; Brito, Maria A.V.P.; Brito, José R.F.; Arcuri, Edna F.; Souza, Guilherme N.; Machado, Marco A.; Domingues, Robert; Salimena, Alessandra P.S.
2011-01-01

Resumo em português O objetivo deste trabalho foi identificar espécies de Staphylococcus (n=100) isoladas de mastite em rebanhos bovinos do Estado de Minas Gerais. Para esta finalidade foram utilizadas reações de PCR empregando oligonucleotídeos iniciadores descritos anteriormente para amplificar genes específicos de S. aureus (femA), S. intermedius (rDNA 16S) e S. hyicus (rDNA 16S-23S) e o sequenciamento do rDNA 16S. De acordo com as reações de PCR, 83 isolados foram identificados co (mais) mo S. aureus, 13 isolados como S. intermedius, dois como S. hyicus e dois isolados não foram identificados. Foram submetidos ao sequenciamento do rDNA 16S seis isolados identificados como S. aureus e os 17 restantes. Os seis isolados identificados como S. aureus confirmaram essa identificação. Dos outros 17 isolados, 13 foram identificados como S. chromogenes e quatro como S. hyicus, com similaridade igual ou superior a 99%. Baseando-se nos resultados da reação de PCR do gene femA e do sequenciamento do rDNA 16S, foram identificados 83 S. aureus, 13 S. chromogenes e quatro S. hyicus. Neste estudo os oligonucleotídeos iniciadores empregados na reação de PCR para S. intermedius não foram específicos, pois amplificaram também S. chromogenes; e os empregados na reação de PCR para S. hyicus não foram sensíveis, pois falharam na identificação de dois isolados de S. hyicus. A identificação definitiva das duas últimas espécies somente foi possível pelo sequenciamento do rDNA 16S. Resumo em inglês The objective of this study was to identify the species of 100 isolates of Staphylococcus from mastitis in dairy cows from herds located in the state of Minas Gerais, Brazil. PCR reactions were carried out using specific primers described previously for S. aureus (femA gene), S. intermedius (16S rDNA) and S. hyicus (16S-23S rDNA spacer region). In addition, products of amplification of variable regions of the 16S rDNA gene of the strains were sequenced. According to the r (mais) esults of the PCR, 83 strains were identified as S. aureus, 13 as S. intermedius, two as S. hyicus and two isolates were not identified. The sequencing of 16S rDNA was applied to 23 strains identified by PCR amplifications: six S. aureus and the strains identified as S. intermedius (n=13), S. hyicus (n=2) or not identified (n=2). The sequencing of 16S rDNA confirmed the six strains as S. aureus. The others 17 strains were identified as S. chromogenes (13 isolates) and S. hyicus (four isolates). Each sample was related to a specie according to the smallest E-value and highest similarity (> 99%). The identification of S. hyicus and S. chromogenes was accomplished only by 16S rDNA sequencing.

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Tumores colorretais hereditários/ Hereditary colorectal tumors

Rossi, Benedito Mauro; Pinho, Mauro de Souza Leite; Nakagawa, Wilson Toshihiko; Johnson, Luis Fernando Pinto; Lopes, Ademar
1998-08-01

Resumo em português Cerca de 4% a 15% dos tumores colorretais são hereditários e divididos em dois grupos: polipose adenomatosa familiar (FAP) e câncer colorretal hereditário sem polipose (HNPCC). Ambas são doenças autossômicas dominantes, com transmissão vertical, geração após geração, sem preferência por sexo. A FAP tem penetrância praticamente completa, caracterizada por mais de cem pólipos adenomatosos no intestino grosso, que aparecem em geral após a puberdade e se tran (mais) sformam em câncer em todos os casos não tratados, levando o paciente ao óbito em tomo dos 45 anos de idade. Manifestações extracolônicas são comuns, tais como: pólipos em estômago e duodeno, sarcomas abdominais, pigmentação de retina, osteomas, entre outras. A FAP é causada por mutação no gene APC, que está localizado no cromossomo 5q. Seu tratamento é basicamente cirúrgico, com retirada do intestino grosso, podendo-se preservar o reto, se este não apresentar muitos pólipos. O HNPCC tem penetrância em torno de 80% e não apresenta os pólipos benignos como na FAP, que permitem identificar pacientes com o fenótipo da doença. Geralmente, o diagnóstico da lesão colônica é realizado já na fase maligna, em torno dos 45 anos de idade, com preferência para o lado direito do cólon. Pode haver associação com tumores de endométrio na mulher, estômago, pâncreas, entre outros. É causada por mutação em genes de reparo do DNA (hMSH2, hMLH1, hPMS1, hPMS2, hMSH6/GTBP). A colectomia total deve ser realizada em pacientes com câncer de cólon e HNPCC. Se o tumor estiver localizado no reto, a proctocolectomia total pode ser uma opção. Em indivíduos portadores do defeito genético predisponente ao HNPCC, porém, assintomáticos, a indicação de cirurgias profiláticas é controversa. Atualmente, podem-se identificar indivíduos portadores de defeito genético herdado tanto na FAP como no HNPCC. Esses testes baseiam-se no estudo direto dos genes responsáveis pela respectiva doença ou pela proteína produto dos mesmos. É de suma importância uma abordagem multidisciplinar de pacientes portadores de FAP ou HNPCC, pois existe uma preocupação ética muito grande na realização dos testes genéticos de predisposição, considerando suas conseqüências psicológicas e sociais. Resumo em inglês About 15% of the colorectal tumors are hereditary. There are two main groups: the familiar adenomatous polyposis (FAP) and the non-polyposis colorectal cancer (HNPCC), both autosomal dominant diseases. Patients with FAP present hundreds to thousands of adenomas in colorectum. usually after puberty. The cause of FAP is mutation of the adenomatous polyposis coli (APC) gene, located on long arm of chromosome 5 (5q). Patients who have not undergone to colectomy, the only trea (mais) tment avaiable, will develop colorectal cancer and die at the age of 45 years. Extracolonic manifestations can occur: gastric and small bowel adenomas, soft tissue tumors, retinal pigmentation. osteomas. Patients with HNPCC do not present hundreds of benign polyps, but already a solitary colorectal cancer: This disease is caused by mutations in one of the several mismatch repair genes (hMSH2, hMLHI, hPMSI, hPMS2, hPMS6/GTBP). The average age of the diagnosis is 45 years and usually the disease produces cancer in the right colon. Other carcinomas can occur: endometrial, stomach, pancreas and others. Prophylactic surgery in asymptomatic gene carriers are controversial. Nowadays it is possible to identify asymptomatic genes carriers of FAP and HNPCC by genetic testing. The analysis can be done by direct gene sequencing or by in vitro synthesized protein assay (IVSP), which finds defective truncate proteins. Genetic testing for hereditary forms of colorectal cancer requires not only an appropriate laboratory, but genetic counseling with an ethical multidisciplinary approach considering the psychological and social consequences.

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Triagem de hemoglobinopatias em doadores de sangue de Caxias do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil: prevalência em área de colonização italiana/ Screening for hemoglobinopathies in blood donors from Caxias do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil: prevalence in an Italian colony

Lisot, Cristina Lucia Alberti; Silla, Lúcia Mariano da Rocha
2004-12-01

Resumo em português A alta prevalência de beta-talassemia em italianos e a participação dos mesmos na formação étnica da cidade de Caxias do Sul e arredores, Rio Grande do Sul, Brasil, conduziram-nos à investigação de hemoglobinopatias em uma amostra de 608 doadores de sangue do Hemocentro Regional de Caxias do Sul. Apesar da influência étnica, encontramos 1,81% de hemoglobinas anormais (0,16% Hb AC, 0,99%, Hb AS e 0,66% Hb AH), um padrão similar com o estudo do interior do Estad (mais) o do Rio Grande do Sul para alterações qualitativas. Para as talassemias, as técnicas mais comuns, cruzadas com seqüenciamento de DNA, em nossas mãos, não foram capazes de esclarecer anormalidades quantitativas da hemoglobina. Esse resultado pode ser atribuído a alterações genéticas ainda não conhecidas, a limitações técnicas ou, mais simplesmente, à miscigenação. Resumo em inglês The high prevalence of beta thalassemia among Italians and their participation in the ethnic formation of Caxias do Sul, Rio Grande do Sul State, Brazil, and neighboring cities prompted us to investigate hemoglobinopathies in 608 blood donors at the Caxias do Sul Regional Blood Center. Despite the ethnic influence, abnormal hemoglobin levels were found in only 1.81% of the donors (0.16% Hb AC, 0.99% Hb AS, and 0.66% Hb AH), similar to the levels observed in a study on qua (mais) litative disorders conducted in the rural area of Rio Grande do Sul. In our setting, the most commonly used screening tests for thalassemia, combined with DNA sequencing, were unable to detect quantitative hemoglobin synthesis disorders. This may be attributable to still-unknown genetic disorders, technical limitations, or simply to miscegenation.

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Triagem de hemoglobinopatias em doadores de sangue de Caxias do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil: prevalência em área de colonização italiana/ Screening for hemoglobinopathies in blood donors from Caxias do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil: prevalence in an Italian colony

Lisot, Cristina Lucia Alberti; Silla, Lúcia Mariano da Rocha
2004-12-01

Resumo em português A alta prevalência de beta-talassemia em italianos e a participação dos mesmos na formação étnica da cidade de Caxias do Sul e arredores, Rio Grande do Sul, Brasil, conduziram-nos à investigação de hemoglobinopatias em uma amostra de 608 doadores de sangue do Hemocentro Regional de Caxias do Sul. Apesar da influência étnica, encontramos 1,81% de hemoglobinas anormais (0,16% Hb AC, 0,99%, Hb AS e 0,66% Hb AH), um padrão similar com o estudo do interior do Estad (mais) o do Rio Grande do Sul para alterações qualitativas. Para as talassemias, as técnicas mais comuns, cruzadas com seqüenciamento de DNA, em nossas mãos, não foram capazes de esclarecer anormalidades quantitativas da hemoglobina. Esse resultado pode ser atribuído a alterações genéticas ainda não conhecidas, a limitações técnicas ou, mais simplesmente, à miscigenação. Resumo em inglês The high prevalence of beta thalassemia among Italians and their participation in the ethnic formation of Caxias do Sul, Rio Grande do Sul State, Brazil, and neighboring cities prompted us to investigate hemoglobinopathies in 608 blood donors at the Caxias do Sul Regional Blood Center. Despite the ethnic influence, abnormal hemoglobin levels were found in only 1.81% of the donors (0.16% Hb AC, 0.99% Hb AS, and 0.66% Hb AH), similar to the levels observed in a study on qua (mais) litative disorders conducted in the rural area of Rio Grande do Sul. In our setting, the most commonly used screening tests for thalassemia, combined with DNA sequencing, were unable to detect quantitative hemoglobin synthesis disorders. This may be attributable to still-unknown genetic disorders, technical limitations, or simply to miscegenation.

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Rastreamento genético do carcinoma medular de tireóide: identificação de mutações no proto-oncogene ret/ Molecular screening of medullary thyroid carcinoma: idenfication of ret proto-oncogene mutations

Puñales, Marcia Khaled; Graf, Hans; Gross, Jorge Luiz; Maia, Ana Luiza
2002-12-01

Resumo em português O carcinoma medular de tireóide (CMT) pode apresentar-se na forma esporádica (75%) ou hereditária (25%) como componente das síndromes de neoplasia endócrina múltipla (NEM2A e 2B), carcinoma medular de tireóide familiar (CMTF) ou outros. Diferentes mutações no proto-oncogene Ret foram identificadas e estudos recentes sugerem uma correlação entre o genótipo-fenótipo. O presente estudo realizou a análise molecular do Ret em indivíduos com CMT e avaliou a corre (mais) lação genótipo-fenótipo nos afetados e seus familiares. Foram incluídos 48 indivíduos com diagnóstico histopatológico e imunohistoquímico de CMT, sendo 7 esporádicos e 41 hereditários, provenientes de 14 famílias independentes. DNA genômico foi extraído de leucócitos periféricos e os exons 10, 11, 13, 14 e/ou 16 do Ret amplificados por PCR. As mutações foram identificadas por SSCP, restrição enzimática, e/ou seqüenciamento. Das famílias com CMT hereditário, 7 apresentavam NEM2A, 2 NEM2A associada à líquen amilóide cutâneo (CLA), 2 NEM2B, 2 CMTF e 1 como outros. Em 6 famílias com NEM2A, a mutação estava presente no codon 634, troca de TGC->CGC ou TGC->TAC. Uma família com NEM2A apresentava mutação no codon 618 (TGC->CGC). Ambas famílias com CMTF e nos casos de NEM2A+CLA, a mutação também ocorreu no codon 634 (TGC->CGC). Nos indivíduos afetados com NEM2B foi detectada uma mutação de novo no códon 918 (ATG->ACG). Na família classificada como outros, a mutação localizava-se no códon 634 (TGC->TAC). O diagnóstico molecular identificou mutações em todos os indivíduos com história de doença hereditária, em 8 carreadores sem evidência clínica de neoplasia, e em 2 indivíduos com CMT aparentemente esporádico. Nossos resultados confirmam dados da literatura e demonstram que o rastreamento genético é fundamental na conduta terapêutica. Resumo em inglês Medullary carcinoma of the thyroid (MTC) may occur either as sporadic (75%) or hereditary (25%) disease. Hereditary MTC can occur either alone – familial MTC (FMTC) – or as the thyroid manifestation of multiple endocrine neoplasia type 2 (MEN2) syndromes (MEN2A and MEN2B) or others. Germline mutations in the Ret proto-oncogene cause MEN2 and recent studies suggest a relationship between specific mutations and different phenotypes in MEN2 syndromes. The purpose of this s (mais) tudy was to identify Ret mutations and analyze the relationship between genotype-phenotype. A total of 48 individuals with MTC were enrolled in this study, 7 with apparent sporadic carcinoma and 41 from 14 separate hereditary MTC families. DNA was extracted from leukocytes and exons 10, 11, 13, 14 and 16 were amplified by PCR. The mutation was determined by SSCP, enzymatic restriction analysis and/or sequencing. The phenotypes of hereditary MTC were as follows: 7 MEN2A, 2 MEN2A+CLA, 2 MEN2B, 2 FMTC and 1 other forms. We identified mutations at codon 634 (TGC->CGC or TGC->TAC) in 6 of the 7 families with MEN2A. One kindred had the mutation in codon 618 (TGC->CGC). The 2 kindred with MEN2A+CLA presented the mutation in codon 634 (TGC->CGC). In both cases of FMTC the mutation was also found in the codon 634 (TGC->CGC). A mutation at codon 918 (ATG->AGC) was identified in the 2 subjects with MEN2B, whereas in the other hereditary forms of the MTC, we identified a mutation at codon 634 (TGC->TAC). The genetic screening was able to identify mutations in all individuals with a hereditary pattern, in 8 assymptomatic carriers and in 2 subjects with apparently sporadic tumors. Our results confirm the literature in that genetic testing is a fundamental tool for the management of hereditary MTC.

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Qual "retrato do Brasil"? Raça, biologia, identidades e política na era da genômica

Santos, Ricardo Ventura; Maio, Marcos Chor
2004-04-01

Resumo em português Ao longo das últimas décadas, novas tecnologias, instituições, práticas e ideologias consolidaram-se em torno dos genes, o que veio a se constituir em uma revolução tecnocultural de amplo espectro. Neste trabalho, analisamos um debate recente ocorrido no Brasil em torno da pesquisa Retrato Molecular do Brasil, que teve por objetivo elucidar as origens genéticas dos brasileiros", a partir do seqüenciamento de porções do DNA mitocondrial e do cromossomo Y. Esse e (mais) studo, que lançou mão de enfoque genômico, toca em aspectos nevrálgicos da história e da constituição da identidade biossocial/racial da sociedade brasileira. Ao focalizar a recepção dessa pesquisa, exploraremos algumas das novas, intensas e abundantes formas de relação entre "natureza/genética" e "cultura/sociedade", nas quais o DNA aparece como ator saliente em uma disputa entre modalidades de interpretar e transformar realidades sociais e políticas no Brasil. Resumo em inglês The "new genetics" (or genomics) has penetrated deeply into a broad range of domains in the contemporary world, spawning a technocultural revolution in terms of gene manipulation that has transformed technologies, institutions, practices, and ideologies. In this paper we analyse the debate over the results of a research project ( "Retrato Molecular do Brasil" or "A Molecular Portrait of Brazil") that aimed to shed light on the "genetic origins of Brazilians" based on the (mais) sequencing of parts of mitochondrial DNA and the Y chromosome. By focusing on how this survey was received, we will explore some of the new, intense, and abundant forms of relations between "nature/genetics" and "culture/society", in which DNA appears as an key player in the dispute between modalities for interpreting and transforming social and political realities.

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Pythium insidiosum: relato do primeiro caso de infecção humana no Brasil/ Pythium insidiosum: report of the first case of human infection in Brazil

Marques, Silvio Alencar; Bagagli, Eduardo; Bosco, Sandra M. G.; Camargo, Rosangela M. P.; Marques, Mariangela E. A.
2006-10-01

Resumo em português A pitiose é causada por microorganismo aquático, fungo-símile, o Pythium insidiosum, patógeno de homens e animais. Observou-se um paciente com úlcera fagedênica no membro inferior, com exame anatomopatológico sugestivo de zigomicose, pouco sensível à terapêutica antifúngica, obtendo-se cura por meio de ampla exérese. A comprovação etiológica resultou de métodos moleculares, com amplificação e seqüenciamento de DNA de organismo isolado em ágar Sabouraud, observando-se 100% de analogia com seqüências de P. insidiosum depositadas no GenBank. Resumo em inglês Pythiosis is caused by an aquatic fungus-like organism, Pythium insidiosum, pathogenic to men and animals. A patient with a phagedenic ulcer on the leg is reported. Histopathological examination was suggestive of zygomycosis, response to antifungal drugs was poor and cure was obtained by means of wide surgical excision. Etiologic diagnosis was confirmed by molecular amplification and DNA sequencing of colonies isolated in Sabouraud agar. After BLAST analysis, the sequence showed 100% identity with those of P. insidiosum deposited on the GenBank.

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Prevalência, fatores de risco e caracterização genética dos vírus linfotrópico de células T humana tipo 1 e 2 em pacientes infectados pelo vírus da imunodeficiência humana tipo 1 nas Cidades de Ribeirão Preto e São Paulo/ Prevalence, risk factors and genetic characterization of human T-cell lymphotropic virus types 1 and 2 in patients infected with human immunodeficiency virus type 1 in the cities of Ribeirão Preto and São Paulo

Kleine Neto, Walter; Sanabani, Sabri Saeed; Jamal, Leda Fátima; Sabino, Ester Cerdeira
2009-06-01

Resumo em português O objetivo deste estudo foi definir a prevalência dos vírus linfotrópico de células T humana tipo 1 e 2 em pacientes positivos para o vírus da imunodeficiência humana tipo 1 no Estado de São Paulo, Brasil. Avaliamos 319 indivíduos atendidos em clínicas de Ribeirão Preto e Capital. Os pacientes foram entrevistados e testados sorologicamente. Foram seqüenciadas as regiões tax e long terminal repeat para diferenciação e determinação do subtipo. A soroprevalê (mais) ncia geral foi de 7,5% (24/319) e esteve associada somente com uso de drogas injetáveis e ao vírus da hepatite tipo C (p Resumo em inglês The aim of this study was to define the prevalence of human T cell lymphotropic virus types 1 and 2 in patients who were positive for human immunodeficiency virus type 1 in the State of São Paulo, Brazil. We evaluated 319 individuals infected with HIV type 1 who were attended at specialized clinics in two cities (Ribeirão Preto and São Paulo). The patients were interviewed and tested for antibodies against HTLV types 1 and 2 (Orthoâ HTLV-1/HTLV-2 Ab-Capture enzyme imm (mais) unoassay). Direct DNA sequencing of polymerase chain reaction products from the tax region of HTLV type 2 and the long terminal repeat region of HTLV types 1 and 2 were performed to differentiate and determine the subtypes. The overall prevalence of anti-HTLV type 1 and 2 antibodies was 7.5% (24/319; 95% CI: 5.2-11.5). HTLV type 1 and 2 infection was associated with a history of injected drug use and with antibodies for hepatitis C virus (p 0.05). HTLV DNA was detected in 13 out of 24 samples, of which 12 were characterized as HTLV subtype 2c and one as HTLV subtype 1a. Among the 12 HTLV type 2 samples, seven were from injected drug users, thus indicating that this route is an important risk factor for HTLV type 2 transmission among our population infected with HIV type 1.

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Ocorrência e variabilidade genética do Tomato severe rugose virus em tomateiro e pimentão no Estado de São Paulo/ Occurrence and genetic variability of Tomato severe rugose virus in pepper and tomato plants in São Paulo State

Rocha, Kelly Cristina Gonçales; Marubayashi, Julio Massaharu; Navas-Castillo, Jesús; Pavan, Marcelo Agenor; Krause-Sakate, Renate
2010-09-01

Resumo em português Um levantamento para avaliar a ocorrência de begomovírus nas culturas de pimentão e tomateiro no estado de São Paulo foi realizado entre janeiro/2007 e julho/2008. O DNA total de amostras de pimentão (710) e de tomateiro (103) foi extraído e a presença de begomovírus foi testada por PCR. Paralelamente, as mesmas amostras foram avaliadas por amplificação por círculo rolante (RCA) seguidas de PCR, e algumas amostras positivas analisadas por RCA-RFLP com a enzima (mais) de restrição HpaII, a fim de se conhecer a variabilidade genética dos isolados. Os resultados demonstraram que, para a técnica de PCR, 99 amostras de pimentão (13,94%) e 39 de tomateiro (37,86%) foram positivas para a presença de begomovírus, enquanto que por RCA-PCR, 333 (46,90%) de pimentão e 82 (79,61%) de tomateiro mostrando a maior sensibilidade desta técnica. Seqüências correspondentes à região 5' da capa protéica (CP) e um segmento de gene da região intergênica foram analisadas e indicaram apenas a presença da espécie Tomato severe rugose virus (ToSRV). Porém, seqüenciamento parcial de clones obtidos a partir de produto RCA de tomateiro permitiu a detecção de infecção mista de ToSRV e Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV). Por RCA-RFLP quatro padrões de restrição foram observados para o ToSRV em pimentão, enquanto que em tomateiro observaram-se 18 padrões.Os resultados indicam maior diversidade genética dos begomovírus em tomateiro quando comparada com os de pimentão. Resumo em inglês From January/2007 to July/2008 a survey was carried out to evaluate the occurrence of begomoviruses in pepper and tomato crops from São Paulo State. Total DNA was extracted from 710 pepper and 103 tomato samples, and the presence of begomoviruses was tested by Polymerase chain reaction (PCR). The same samples were tested by Rolling Circle Amplification (RCA) followed by PCR, and some positive samples analyzed by RCA-RFLP and cleaved by the restriction enzyme HpaII to eva (mais) luate the genetic variability of these isolates. By PCR, 99 (13.94%) samples collected from pepper and 39 (37.86%) from tomato were positives for the presence of begomovirus, while by RCA-PCR 333 (46.90%) and 82 (79.61%) from pepper and tomato, respectively, indicating higher sensitivity of this technique. The 5' region of the coat protein (CP) gene and a segment of the intergenic region was analyzed indicating the presence of Tomato severe rugose virus (ToSRV) in pepper and tomato plants. However, the partial sequencing of clones from RCA products from a tomato sample indicated mixed infection of ToSRV with Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV). By RCA-RFLP four restriction profiles were observed for ToSRV in pepper, while 18 profiles for begomovirus from tomato plants, indicating higher degree of genetic variability for begomovirus found in tomato plants compared to that in pepper plants.

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Métodos subsidiários para o diagnóstico da Leishmaniose tegumentar americana (LTA): comparação dos resultados do seqüenciamento de DNA e da PCR-RFLP para determinação da espécie de leishmania em amostras cutâneo-mucosas/ Subsidiary methods for the diagnosis of American tegumentar leishmaniasis (ATL): comparison of sequencing of DNA and PCR-RFLP for identification of leishmania species in skin samples

Garcia, Flávio C. Barbosa; Santos, Sandra Silva Rodrigues dos; Chociay, Maria Fernanda; Medeiros, Ângela C. Rapela; Roselino, Ana Maria F.
2005-12-01

Resumo em português FUNDAMENTOS: Métodos moleculares têm-se mostrados mais eficazes para o diagnóstico da LTA. OBJETIVOS: Comparar os resultados da intradermorreação de Montenegro (IRM), presença de leishmania em biópsia (Bc), reação de imunofluorescência indireta (Rifi), seqüenciamento de DNA e PCR-RFLP (-restriction fragment lenght polymorphism) para o diagnóstico da LTA. MÉTODOS: Foram estudados 152 pacientes com LTA. Para a PCR em Bc, utilizaram-se primers específicos para (mais) seqüência de 120bp do kDNA do minicírculo comum a todas as espécies de leishmanias. O produto da PCR, utilizado para seqüenciamento e para restrição enzimática com Hae III, foi comparado às culturas L. (L.) amazonensis e L. (V.) braziliensis. RESULTADOS: Houve predomínio do sexo masculino (75%), da cor branca (80%) e da profissão urbana (48%). A idade variou de três a 77 anos, com 56,5% entre 21 e 50 anos. 65,8% eram do Estado de São Paulo, prevalecendo a forma cutânea (79,6%). A IRM foi positiva em 73,4%, e a Rifi em 59,7%, enquanto a Bc evidenciou presença de leishmania em 30,6%. A PCR foi positiva em 81,6%, e a PCR-RFLP identificou L. (V.) braziliensis como espécie predominante (66%), o que também ocorreu com o seqüenciamento. Comparando PCR-RFLP e seqüenciamento, houve 61% de concordância entre os resultados, mostrando significância da PCR-RFLP para L. (V.) braziliensis. CONCLUSÕES: A IRM e a PCR foram estatisticamente equivalentes como métodos subsidiários para o diagnóstico da LTA, a PCR-RFLP e o seqüenciamento também o foram na identificação das espécies de leishmania, o primeiro apresentando menores custo e tempo de execução comparado ao seqüenciamento de DNA. Resumo em inglês BACKGROUND: ATL is endemic in Brazil, and molecular methods have been shown more effective for its diagnosis. OBJECTIVES: Our purpose was to compare the results of Montenegro’s skin reaction (MR), presence of leishmania in skin biopsy (Bx), indirect immunofluorescence (IIF) for leishmania in sera samples, PCR, sequencing of DNA and PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) as subsidiary exams for ATL diagnose. METHODS: 152 patients wer (mais) e studied, with accomplishment of MR, Bx, IIF and PCR for leishmania in skin samples. For PCR, a specific pair of primers for a sequence of 120bp from kDNA minicircle, common to all leishmanias species, was used. The product of PCR was used for DNA sequencing and for RFLP with the enzyme Hae III. The analysis of the restriction pattern was compared to the cultures of L. (L.) amazonensis and L. (V.) braziliensis. RESULTS: The predominant sex was male (75%), the white color (80%) and urban professional occupation (48%). The age varied from 3 to 77 years, with prevalence from 21 to 50 years (56.5%). In relation to the origin, 65.8% was from the state of São Paulo, being the cutaneous form the more prevalent (79.6%). MR was positive in 73.4% and there was presence of leishmania in 30.6% of the samples, while IIF presented 59.7% of positivity. PCR was positive in 81.6% of skin samples, and PCR-RFLP identified L. (V.) braziliensis (66%) as predominant species, fact that also happened with DNA sequencing, with 64.4% of the positive results for L. (V.) braziliensis. Comparing PCR-RFLP and DNA sequencing there was 61% of agreement amongst the results, being significant in PCR-RFLP for L. (V.) braziliensis. CONCLUSION: MR and PCR were equivalent as subsidiary methods for the diagnosis of ATL, such as PCR-RFLP and DNA sequencing in the identification of the leishmania species. On the other hand, the method PCR-RFLP presented smaller cost and smaller time of execution compared to the sequencing of DNA.

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Isolado do vírus do mosaico do pepino obtido de bananeira no Estado de São Paulo pertence ao subgrupo Ia/ Isolate of Cucumber mosaic virus obtained from banana in São Paulo State, Brazil, belongs to the subgroup Ia

EIRAS, MARCELO; COLARICCIO, ADDOLORATA; CHAVES, ALEXANDRE L.R.
2001-03-01

Resumo em português Em 1996, foi feita a caracterização parcial de um isolado do vírus do mosaico do pepino (Cucumis mosaic virus, CMV) obtido de bananeira (Musa sp.) proveniente do município de Miracatu, SP. Com o objetivo de se determinar o subgrupo do isolado de CMV, recorreu-se às técnicas de ELISA, RT-PCR, RFLP e seqüenciamento de fragmentos de RNA genômico. Amostras de folhas infetadas, desidratadas com cloreto de cálcio e armazenadas à -20 °C desde 1994 na viroteca do Labor (mais) atório de Fitovirologia e Fisiopatologia, foram inoculadas em plantas de Nicotiana glutinosa. Dez dias após a inoculação, folhas apresentando mosaico foram utilizadas para DAS-ELISA e extração de RNAs totais. Em ELISA, houve reação apenas contra o anti-soro específico para CMV subgrupo I. Através de RT-PCR com primers desenhados para anelar em regiões conservadas da porção terminal 3' do gene da capa protéica, foi amplificado um fragmento de DNA com 486 pares de bases. O produto obtido via RT-PCR foi submetido à digestão com as enzimas EcoRI, HindIII, BamHI e MspI, obtendo-se um padrão de restrição esperado para o subgrupo I. Estes resultados foram confirmados através do seqüenciamento do produto de PCR, o qual apresentou homologia de 96% a 98% com os isolados do CMV pertencentes ao subgrupo I. Pelos sintomas observados na hospedeira diferencial Vigna unguiculata, o isolado foi confirmado como sendo do subgrupo Ia. Resumo em inglês In 1996, an isolate of Cucumber mosaic virus (CMV) obtained from banana in São Paulo State, was partially characterizated. In order to establish its CMV subgroup, ELISA, RT-PCR, RFLP, and sequencing of a fragment of genomic RNA were used. Infected leaf samples that have been stored since 1994 on calcium chloride at -20 °C were inoculated in Nicotiana glutinosa plants. Ten days after inoculation, the leaves showing mosaic symptoms were used for ELISA and total RNA extrac (mais) tion. The ELISA results were positive for the antiserum against CMV subgroup I. By RT-PCR, with primers designed to anneal the conserved regions of the coat protein gene3' end, a 486 base pair DNA fragment was amplified. The RFLP results with EcoRI, HindIII, BamHI and MspI enzymes showed a typical digestion pattern for subgroup I. These results were confirmed by sequencing the PCR product showing a homology of 96 to 98% with the subgroup I CMV isolates. Based on symptom expression on the differential host Vigna unguiculata, the isolate was confirmed as belonging to the subgroup Ia.

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Identidade molecular dos fitoplasmas associados aos enfezamentos do tomateiro e da berinjela com base na análise do gene 16S rDNA/ Molecular identity of the phytoplasma associated to stunting of tomato and eggplant on the basis of analyses of the 16S rDNA

Mello, Ana Paula de Oliveira Amaral; Bedendo, Ivan Paulo; Camargo, Luís Eduardo Aranha de
2007-09-01

Resumo em português Doenças de hortaliças de ocorrência no território brasileiro e em outras áreas do mundo têm sido associadas a diversos fitoplasmas. Na região de Piracicaba-SP e Bragança Paulista-SP, em plantas de tomate e berinjela foram observados sintomas típicos de enfezamento caracterizados por porte reduzido, clorose foliar, superbrotamento de ramos, desenvolvimento anormal do cálice, encurtamento de entre-nós, redução no tamanho de folhas, flores e frutos. Através de (mais) duplo PCR, utilizando os iniciadores R16 mF1/mR2 e R16 F2n/R2, fragmentos de DNA de 1,2 kb foram amplificados de amostras sintomáticas, demonstrando a presença de fitoplasma nos tecidos das plantas. O uso de iniciadores específicos demonstrou que estes fitoplasmas eram afiliados ao grupo 16SrIII. Análises de RFLP, usando as enzimas de restrição AluI, HpaII, KpnI, MboI, MseI e RsaI confirmaram que os fitoplasmas detectados eram representantes do grupo 16SrIII. Os fragmentos de DNA amplificados foram clonados em Escherichia coli, sequenciados e comparados, por homologia de seqüência, entre si e com outros fitoplasmas do grupo 16SrIII. Um índice de similaridade de seqüência acima de 95% foi encontrado quando seqüências dos fitoplasmas detectados em tomate e berinjela foram comparadas com aquelas de outros representantes do grupo 16SrIII. Um índice de 98-99% foi obtido quando seqüências dos fitoplasmas encontrados em tomate e berinjela foram comparadas entre si. Estes resultados evidenciaram que o enfezamento do tomateiro e da berinjela podem estar associados a um mesmo fitoplasma, com base na análise de seqüências do gene do 16S rDNA. Resumo em inglês Vegetable diseases occurring in the Brazilian territory and around the world have been associated with various phytoplasmas. In the region of Piracicaba-SP and Bragança-SP, in eggplant and tomato plants typical symptoms of stunting characterized by reduced canopy, leaf yellowing, proliferation of shoots, calix malformation, shortening internodes, reduced size of leaves, flowers and fruits were observed. In nested PCR with primers R16 mF1/mR2 e R16 F2n/R2, fragments of 1. (mais) 2kb in size were amplified from symptomatic samples demonstrating the presence of phytoplasmas in plant tissues. By using especific primers pairs it was demonstrated that the phytoplasmas were affiliated to group 16SrIII. RFLP analysis using the restriction enzymes AluI, HpaII, KpnI, MboI, MseI, and RsaI confirmed that the phytoplasmas were representatives of group 16SrIII. Amplified DNA fragments were cloned in Escherichia coli, sequenced and compared by sequence similarities among themselves and with sequences belonging to phytoplasmas of group 16SrIII. Sequence similarities greater than 95% were found when the phytoplamas detected in tomato and eggplant were compared to the representatives of group 16SrIII. Values of 98-99% were obtained when sequences of phytoplasmas found in tomato and eggplant were compared among themselves. The results evidenced that tomato and eggplant stunting were associated with the same phytoplasma based upon the sequencing of the 16S rDNA gene.

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Diferenciação específica entre Taenia saginata e Taenia solium por ensaio de PCR e duplex-PCR/ Specific discrimination between Taenia saginata and Taenia solium by one step PCR assay and duplex-PCR

Jardim, Eurione Antônio Garcia da Veiga; Linhares, Guido Fontgalland Coelho; Torres, Fernando Araripe Gonçalves; Araújo, José Luiz de Barros; Barbosa, Silvia Minharro
2006-02-01

Resumo em português Este estudo teve como objetivo a padronização de protocolos e a seleção de novos primers para a identificação espécie-específica de Taenia saginata e Taenia solium através da reação em cadeia da polimerase (PCR) e duplex-PCR. Inicialmente, foram recuperadas seqüências depositadas no GenBank (acesso n° AB020399 para T. saginata e n° AB020395 para T. solium) referentes ao gene da subunidade maior do ribossomo (LSU RNAr) de tenídeos. A partir do alinham (mais) ento das seqüências, um primer genérico denominado TBR-3 (5'-ggcttgtttgaatggtttgacg- 3') foi selecionado de região conservada e, de diferentes regiões semi-conservadas, os primers específicos TBR-4 para T. saginata (5'-cgactcatgaagataaacaaggt-3') e TBR-5 (5'-cggtcgaacagaccataaatct-3') e TBR-6 (5'-gctactacacctaaattctaacc- 3') para T. solium. Os primers foram avaliados quanto à especificidade através da PCR empregando-se DNA total (DNAt) de amostras de cisticercos e proglotes dos parasitos, previamente identificadas por critérios morfológicos. O par de primers TBR-3/TBR-4 permitiu a amplificação específica do fragmento esperado de 328 pb a partir do DNAt de T. saginata. Os pares TBR-3/TBR-5 e TBR-3/TBR-6 permitiram a amplificação, respectivamente, dos fragmentos específicos de 310pb e 286pb a partir do DNAt de T. solium. A identidade dos produtos de PCR foi comprovada comparando-se a seqüência dos amplicons obtidos às seqüências de referência do gene LSU RNAr registrado no GenBank (n° AB020399 e n° AB020395). As reações apresentaram sensibilidade para detecção de até 1fg do DNAt de T. solium e 0,2fg do DNAt de T. saginata. A combinação dos primers TBR-3/TBR-4 e TBR3/TBR-6 e o tamanho dos fragmentos gênicos obtidos permitiram o estabelecimento de ensaios de duplex-PCR, eficaz na detecção simultânea do DNA de T. saginata e T. solium em sistema único de reação. Os primers utilizados não geraram qualquer produto de amplificação cruzada quando testados com DNAt de Taenia hydatigena, Taenia taeniaeformis, Hymenolepis diminuta, Anoplocephala magna, Paranoplocephala mamillana e Moniezia expansa, nem frente ao DNAt dos hospedeiros Homo sapiens, Bos taurus e Sus scrofa. Resumo em inglês This study was conducted to evaluate a protocol and to select novel primers for the species-specific identification of Taenia saginata and Taenia solium by PCR and duplex-PCR assays. Sequences of the LSU rRNA gene of taenids were obtained from the GenBank (T. saginata access n° AB020399 and T. solium access n° AB020395). The sequences were aligned and then used for primer design. The generic primer TBR3 (5'-ggcttgtttgaatggtttgacg- 3') was selected from a conserved (mais) region. The T. saginata specific primer TBR-4 (5'-cgactcatgaagataaacaaggt-3') as well as T. solium specific primers TBR-5 (5'-cggtcgaacagaccataaatct-3') and TBR-6 (5'-gctactacacctaaattctaacc- 3') were selected from different semi-conserved regions. The selected sequences were examined in for similarities with other organisms through the GenBank Blast procedure and experimentally by PCR using total DNA (tDNA) extracted from cysticerci and proglottids from both parasites. The primer pair TBR-3/TBR-4 amplified specific fragments of 328 bp from T. saginata tDNA. The pairs TBR-3/TBR5 and TBR-3/TBR-6 amplified, respectively, the expected and specific fragments of 310bp and 286bp from the T. solium tDNA. Sequencing of the amplicons followed by comparison to GenBank reference sequences confirmed the identities of the PCR products. The detection sensitivity was equivalent to 1fg of T. solium tDNA and 0,2fg of T. saginata tDNA. The combination of primers TBR-3/TBR-4 and TBR3/TBR-6 and the size of amplicons allowed the establishment of a duplex-PCR assay to detect T. saginata and T. solium DNA. No cross reaction was observed with any combination of primers in reactions with tDNA of the parasites Taenia hydatigena, Taenia taeniaeformis, Hymenolepis diminuta, Anoplocephala magna, Paranoplocephala mamillana and Moniezia expansa, nether from the hosts tDNA Homo sapiens, Bos taurus nor Sus scrofa.

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Diagnóstico genético na síndroma de Lynch: implicações da localização de mutações germinais em genes de reparação do ADN

Ferreira, S.; Claro, I.; Francisco, I.; Sousa, R.; Lage, P.; Albuquerque, C.; Filipe, B.; Suspiro, A.; Rodrigues, P.; Cravo, M.; Fidalgo, P.; Leitão, C. Nobre
2006-03-01

Resumo em português Introdução: O diagnóstico clínico da Síndroma de Lynch (SL) baseia-se nos critérios de Amesterdão (CA); adicionalmente, algumas famílias são identificadas com base nos critérios de Bethesda (CB). A SL resulta de mutações germinais em genes de reparação do ADN, sobretudo no MLH1 e MSH2, mas também no MSH6, PMS1 e PMS2. Não foram ainda identificadas localizações preferenciais das mutações nestes genes que permitam orientar o diagnóstico genético. Objec (mais) tivos: Em doentes de famílias com SL com mutações identificadas nos genes MLH1, MSH2 ou MSH6, correlacionar as características clínicas com a localização das mutações. Doentes e Métodos: Incluíram-se 58 doentes (21 H/37 M) pertencentes a 33 famílias com CA e 7 famílias com CB, todos com mutação germinal identificada num dos genes de reparação do ADN. Registou-se o tipo de tumor desenvolvido, a idade de diagnóstico e as características patológicas dos carcinomas do cólon e recto (CCR). A análise mutacional nos genes MLH1, MSH2 e MSH6 foi efectuada por DGGE, seguida de sequenciação directa a partir do produto de PCR. Nas famílias cujo diagnóstico genético foi inconclusivo por DGGE, procedeu-se a MLPApara identificação de grandes delecções. Resultados: Desenvolveram CCR 48/58 (83%) doentes, com uma média de idades de 45 anos (25-74). Os restantes 10 doentes apresentaram outros tumores do espectro da SL (6 endométrio, 2 ovário, 1 urotélio e 1 estômago). Foram identificadas 22 famílias com mutações no gene MLH1, 17 no gene MSH2 e uma no gene MSH6. A maioria (76%) das mutações patogénicas no gene MLH1 encontrava-se entre os exões 10 e 19, sendo neste grupo a média de idades de desenvolvimento do CCR mais tardia, 49,8 versus 32,5 anos (p=0,01) e mais frequente a presença de tumores extra-cólicos. No gene MSH2, 71% das mutações patogénicas encontravam-se entre os exões 1 e 8, tendo também estas predominado em famílias com tumores extra-cólicos. Conclusões: Os resultados observados sugerem que, de acordo com as características das famílias, se deva iniciar o diagnóstico genético pelos exões mais frequentemente mutados em cada gene. Resumo em inglês Background: HNPCC diagnosis is based on the Amsterdam criteria (AC), although some families are also identified using the Bethesda guidelines (BG). HNPCC is associated with germline mutations in the DNA mismatch repair genes, particularly MLH1 and MSH2, but also MSH6, PMS1 and PMS2. At present, no "hot-spots" have been identified that could direct genetic diagnosis. Aims: In patients belonging to HNPCC families with identified mutations in MLH1, MSH2 or MSH6 genes, to cor (mais) relate tumor characteristics with the location of the mutation. Patients and Methods: We studied 58 patients (21M/37F) belonging to 33 families with AC and 7 families with BG, all with an identified germline mutation. Age of diagnosis and pathological characteristics of the colorectal cancer (CRC) were recorded, as well as the presence of HNPCC extracolonic cancers. Mutational analysis in MLH1, MSH2 and MSH6 genes was performed by DGGE and direct sequencing. In families with no identified point mutations, we also performed MLPA for detection of large deletions. Results: A total of 48/58 (83%) of the patients had CRC, with a mean age at diagnosis of 45 years (25-74). The remaining 10 patients had an HNPCC-associated cancer other than CRC (6 endometrial, 2 ovarian, 1 urinary tract and 1 stomach). We identified 22 families with MLH1 mutations, 17 with MSH2 mutations and one with a MSH6 mutation. Most (76%) of the pathogenic mutations in MLH1 gene were located between exons 10 and 19. In this location mean age of CRC diagnosis was higher, 49.8 versus 32.5 years (p=0.01) and more associated HNPCC extracolonic tumors were found. In MSH2, 71% of the mutations were located between exons 1 and 8 and, in this group, more extra-colonic tumors belonging to HNPCC spectrum were identified. Conclusions: Our results suggest that based on family characteristics, genetic diagnosis should be started by the more frequently mutated exons in each gene.

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Detecção e genotipagem de papilomavírus humano em lesões de queratoacantoma solitário de pacientes imunocompetentes/ Detection and genotyping of human papillomavirus in solitary keratoacanthoma lesions of immunocompetent patients

Vela, Rodrigo Alessandro R.; Polettini, Jossimara; Marques, Mariângela Esther A.; Stolf, Hamilton Ometto; Candeias, João Manuel Grisi; Silva, Márcia Guimarães da; Costa, Ana Laura Bastos da; Matsuo, Cristiane Yuri; Miot, Hélio Amante
2007-02-01

Resumo em português FUNDAMENTOS: O queratoacantoma é neoplasia cutânea benigna que incide preferencialmente em indivíduos de pele clara, faixa etária elevada, acometendo áreas fotoexpostas. Além da exposição à radiação ultravioleta, sua etiologia é relacionada a diversos carcinógenos, entre eles a infecção pelo papilomavírus humano (HPV). OBJETIVOS: Avaliar a prevalência do DNA do HPV, bem como seus genótipos, em lesões de queratoacantoma solitário de pacientes imunocompe (mais) tentes. MÉTODOS: Foram estudados queratoacantomas de pacientes sem evidências de imunocomprometimento, excisados entre 1996 e 2000 em hospital universitário. Realizaram-se cortes histológicos, desparafinização e extração de DNA desses fragmentos. Os espécimes positivos para DNA de HPV foram submetidos ao seqüenciamento gênico, para determinação do genótipo. RESULTADOS: Foram estudados 58 pacientes com idade média de 64,5±13,8 anos. A proporção entre os sexos foi semelhante, e as localizações mais comuns foram os membros superiores (50%) e a face (27,6%). Detectou-se DNA de HPV em 48 (82,7%) fragmentos de queratoacantomas, sendo os genótipos 6, 11 e 16 os prevalentes. CONCLUSÕES: A alta prevalência do achado de DNA de HPV em lesões de queratoacantoma solitário pode sugerir a participação viral em sua oncogênese. Resumo em inglês BACKGROUND - Keratoacanthoma is a benign cutaneous neoplasm that preferentially affects fair skin individuals of older age groups and involves sun-exposed areas. Apart from ultraviolet radiation exposure, its etiology is related to several carcinogens, including human papillomavirus (HPV) infection. OBJECTIVES: To assess the prevalence of HPV DNA and its genotypes in solitary keratoacanthoma lesions of immunocompetent patients. Methods: Keratoacanthoma lesions of patients (mais) with no evidence of immunological involvement, excised from 1996 to 2000, at a university hospital, were assessed. Histological aspects, deparafinization and DNA extraction of these lesions were evaluated. The specimens positive for HPV DNA were submitted to gene sequencing to determine the genotype. RESULTS: Fifty-eight patients were studied, mean age of 64.5±13.8 years. Both sexes were similarly affected, and the most common sites were upper limbs (50%) and face (27.6%). HPV DNA was detected in 48 (82.7%) keratoacanthoma fragments, and the genotypes 6, 11 and 16 were the most prevalent. CONCLUSIONS: The high prevalence of HPV DNA in solitary keratoacanthoma lesions may suggest viral participation in its oncogenesis.

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Classificação taxonômica das estirpes de rizóbio recomendadas para as culturas da soja e do feijoeiro baseada no seqüenciamento do gene 16S rRNA/ Taxonomic classification of rhizobial strains recommended for soybean and common bean crops in Brazil based on the sequencing of the 16s rRNA gene

Chueire, L. M. O.; Bangel, E. V.; Mostasso, F. L.; Campo, R. J.; Pedrosa, F. O.; Hungria, M.
2003-10-01

Resumo em português As culturas da soja [Glycine max (L.) Merrill] e do feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.) são de grande importância econômica e social para o Brasil e ambas podem ter seu requerimento de nitrogênio suprido pela simbiose com bactérias da ordem Rhizobiales. Para garantir a maximização do processo biológico, deve-se proceder à inoculação de estirpes de rizóbio eficientes e competitivas, recomendadas pela pesquisa. No Brasil, foram comercializados, na safra 2001/2002, (mais) 14 milhões de doses de inoculantes, dos quais 99 % para as culturas da soja e do feijoeiro. Neste trabalho, determinou-se a posição taxonômica das estirpes utilizadas em inoculantes comerciais para as duas culturas, pelo seqüenciamento da região do DNA que codifica o gene 16S rRNA, que é suficientemente variável, mas carrega as informações necessárias para permitir a análise filogenética de bactérias. O seqüenciamento permitiu definir que duas das estirpes recomendadas para a cultura da soja, SEMIA 587 e SEMIA 5019 (= 29 w), pertencem à espécie Bradyrhizobium elkanii e as duas outras, SEMIA 5079 (=CPAC 15) e SEMIA 5080 (= CPAC 7), à espécie B. japonicum. Determinou-se, ainda, que a estirpe SEMIA 4080 (=PRF 81), recomendada para o cultura do feijoeiro, pertence à espécie Rhizobium tropici. As seqüências obtidas foram depositadas no banco mundial de genes do National Center for Biotechnology Information. Resumo em inglês Soybean [Glycine max (L.) Merrill] and common bean (Phaseolus vulgaris L.) crops are of economical and social importance in Brazil; their requirement for nitrogen can be supplied by the symbiosis with bacteria belonging to the order Rhizobiales. However, to guarantee the maximization of the biological nitrogen fixation, seeds must be inoculated with efficient and competitive strains of rhizobia recommended by research. In 2001/2002, 14 million doses of inoculant were sold (mais) in Brazil, 99 % of these for soybean and common bean crops. In this study the taxonomic position of the strains used in commercial inoculants for both crops was evaluated by sequencing the DNA region that carries the information for the 16S rRNA gene. Although variable, it codes enough information to allow a phylogenetic analysis of the bacteria. Sequencing determined that two of the strains recommended for the soybean crop, SEMIA 587 and SEMIA 5019 (= 29 w), belong to the Bradyrhizobium elkanii, while the two other, SEMIA 5079 (=CPAC 15) and SEMIA 5080 (=CPAC 7), belong to the B. japonicum species. Strain SEMIA 4080 (=PRF 81), recommended for common bean crop, was identified as member of the species Rhizobium tropici. The sequences were included in the GenBank database of the National Center for Biotechnology Information.

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Caracterização molecular de populações de Euseius citrifolius Denmark & Muma e Euseius concordis (Chant) (Acari: Phytoseiidae) utilizando o seqüenciamento das regiões ITS1 e ITS2/ Molecular characterization of mite populations of Euseius citrifolius Denmark & Muma and Euseius concordis (Chant) (Acari: Phytoseiidae) using sequences of the ITS1 and ITS2 regions

Noronha, Aloyséia C.S.; Mota, Adilson; Moraes, Gilberto J.; Coutinho, Luiz L.
2003-12-01

Resumo em português A identificação dos ácaros geralmente é feita com base nas características morfológicas. Entretanto, as evidências morfológicas nem sempre são suficientes para a distinção de espécies muito próximas, levando o taxonomista a considerar aspectos ecológicos, biológicos e, mais recentemente, as características moleculares. A caracterização molecular de populações de Euseius citrifolius Denmark & Muma e E. concordis (Chant) foi realizada com o seqüenciamen (mais) to da região dos espaçadores internos transcritos ITS1 e ITS2 utilizando-se os primers P1 (5'-AGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAG-3)' e P2 (5'-ATATGCTTAAATTCAGGGGG-3'), localizados nas regiões 18S e 28S do DNA ribossomal, respectivamente. Foram caracterizadas as seguintes populações: E. citrifolius: Arroio do Meio-RS, Campinas-SP e Petrolina-PE; E. concordis: Arroio do Meio, Jaguariúna-SP, Pontes e Lacerda-MT, Petrolina e Viçosa-MG. O seqüenciamento dos ITS1 e ITS2 permitiu separar os grupos de populações de E. citrifolius e de E. concordis. A similaridade entre as seqüências das duas espécies foi superior a 94%. Maior variação entre as populações foi observada no espaçador ITS1 que no espaçador ITS2. O seqüenciamento da região ITS auxilia na identificação de fitoseídeos especialmente em casos de populações que apresentam incompatibilidade citoplasmática e que requeiram informações adicionais. Resumo em inglês Mites have usually been identified by their morphological characteristics. However, morphological evidences are not always sufficient to distinguish between closely related species, leading taxonomists to consider additional ecological, biological and, more recently, molecular characteristics in this process. The molecular characterization of populations of Euseius citrifolius Denmark & Muma and Euseius concordis (Chant) was done by sequencing the internal transcribed spa (mais) cers ITS1 and ITS2 using the P1 (5'-AGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAG-3)' and P2 (5'-ATATGCTTAAATTCAGGGGG-3') primers, located in 18S and 28S regions of the ribosomal DNA. The following populations were characterizate: E. citrifolius: Arroio do Meio-RS, Campinas-SP and Petrolina-PE; E. concordis: Arroio do Meio, Jaguariúna-SP, Pontes e Lacerda-MT, Petrolina and Viçosa-MG. The sequencing of ITS1 and ITS2 allowed the discrimination between the group of populations of E. citrifolius from E. concordis. The similarity between the sequences was more than 94%. Most of the variation between populations was observed more in ITS1 than in ITS2. The sequencing of ITS region helps the identification of phytoseiid species when the populations show citoplasmatic incompatibility and need additional information.

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Caracterização genética de rizóbios nativos dos tabuleiros costeiros eficientes em culturas do guandu e caupi/ Genetic characterization of indigenous rhizobia strains from the coastal tableland efficient for the pigeonpea and cowpea crops

Fernandes, Marcelo Ferreira; Fernandes, Roberta Pereira Miranda; Hungria, Mariangela
2003-08-01

Resumo em português O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente sete estirpes de rizóbios nativos dos tabuleiros costeiros de Sergipe com alta eficiência de fixação biológica do N2 em associação com guandu (Cajanus cajan) e caupi (Vigna unguiculata). A amplificação do DNA pela técnica de PCR (polymerase chain reaction) com o oligonucleotídeo específico BOX indicou um grau elevado de diversidade genética, uma vez que todas as estirpes apresentaram perfis únicos de D (mais) NA. A análise por BOX-PCR revelou, ainda, que essa metodologia é eficiente para diferenciar estirpes, mas não para a diferenciação de espécies de rizóbio. Pela técnica do RFLP (restriction fragment length polymorphism) da região do DNA que codifica o gene 16S rRNA e da região intergênica entre os genes 16S e 23S rRNA, com cinco enzimas de restrição, bem como pelo seqüenciamento parcial da região do 16S rRNA, foi possível classificar as estirpes nos gêneros Bradyrhizobium e Rhizobium. Houve coerência entre as análises envolvendo a região do 16S rRNA, mas o agrupamento com uma das estirpes diferiu pela análise do espaço intergênico. Os resultados obtidos com a estirpe R11 indicam variabilidade genética elevada em relação às espécies de rizóbios descritas, inclusive diferindo em diversas bases da região do 16S rRNA, e podem indicar uma nova espécie. Resumo em inglês The objective of this work was to characterize genetically seven indigenous rhizobial strains from the coastal tableland of Sergipe, Brazil, with high efficiency of biological nitrogen fixation with the pigeonpea (Cajanus cajan) and cowpea (Vigna unguiculata) crops. The DNA amplification with the PCR (polymerase chain reaction) technique and the specific primer BOX indicated a high level of genetic diversity, with all isolates showing unique profiles of DNA. The BOX-PCR a (mais) nalysis also indicated that this method is efficient to characterize strains but not to define rhizobial species. The RFLP (restriction fragment length polymorphism) analysis of the 16S rRNA region and of the intergenic region between the 16S and the 23S rRNA genes with five restriction enzymes, as well as the partial sequencing of the 16S rRNA region allowed the classification of the strains into the genera Bradyrhizobium and Rhizobium. There was an agreement between the results obtained by the analysis of the 16S rRNA region, but one strain differed when the intergenic space was considered. The results obtained with strain R11 showed a high level of genetic diversity when compared to the described rhizobial species, including differences in several bases of the 16S rRNA region, and might indicate a new species.

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Biologia molecular aplicada às dermatoses tropicais/ Molecular biology in tropical dermatoses

Roselino, Ana Maria
2008-06-01

Resumo em português São apresentados conceitos básicos sobre célula, código genético e síntese protéica, e sobre algumas técnicas de biologia molecular, tais como PCR, PCR-RFLP, seqüenciamento de DNA, RT-PCR e immunoblotting. São fornecidos protocolos de extração de nucleotídeos e de proteínas, como salting out no sangue periférico e métodos do fenol-clorofórmio e do trizol em tecidos. Seguem-se exemplos comentados da aplicação de técnicas de biologia molecular para o dia (mais) gnóstico etiológico e pesquisa em dermatoses tropicais, com ênfase na leishmaniose tegumentar americana e hanseníase. Resumo em inglês Initially, basic concepts are presented concerning the cell, genetic code and protein synthesis, and some techniques of molecular biology, such as PCR, PCR-RFLP, DNA sequencing, RT-PCR and immunoblotting. Protocols of nucleotides and of proteins extraction are supplied, such as salting out in peripheral blood allied to phenol-chloroform and trizol methods in skin samples. To proceed, commented examples of application of those techniques of molecular biology for the etiolo (mais) gic diagnosis and for research in tropical dermatoses, with emphasis to American tegumentary leishmaniasis and leprosy are presented.

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Avaliação de populações de possíveis rizobactérias em solos sob espécies florestais/ Evaluation of possible rhizobacteria populations in soils under forest species

Pereira, Rodrigo Matheus; Silveira, Érico Leandro da; Carareto-Alves, Lúcia Maria; Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo
2008-10-01

Resumo em português Embora estudos recentes relatem a utilização de RCPC (Rizobactérias Promotoras de Crescimento de Plantas) no Brasil, raríssimos trabalhos avaliam a presença natural dessas espécies bacterianas no solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de RPCP em duas amostras de solo sob diferentes tipos de manejo, através da construção e do seqüenciamento de bibliotecas de DNA metagenômico. Utilizaram-se oligonucleotídeos específicos para amplificação da (mais) região hipervariável do espaço intergênico dos genes ribossomais 16S-23S de DNA extraído de diferentes solos, sob Eucalyptus sp. e sob mata. Os fragmentos obtidos foram inseridos em vetor e clonados. As bibliotecas geraram 495 clones, que foram seqüenciados e identificados através de comparações realizadas pelo software Blast. O solo sob Eucalyptus sp. apresentou maior número de RPCP do que sob mata. Os filos Actinobacteria e Proteobacteria eram maiores no solo sob Eucalyptus sp., estando o filo Firmicutes ausente no solo sob mata. Somente oito espécies diferentes de RPCP foram detectadas: Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium sp., Frankia sp., Pseudomonas fluorescens e Pseudomonas gladioli. O trabalho forneceu valiosos dados sobre a presença de RPCP em solos com espécies florestais e sua possível utilização em reflorestamentos, assim como para o melhor conhecimento desses microrganismos nos solos do Brasil. Resumo em inglês Although new studies describe the use of PGPR (Plant Growth-Promoting Rhizobacteria) in Brazil, they rarely evaluate the natural existence of these bacterial species in the soil. The objective of this study was to evaluate PGPR in two samples under different use types, one with native forest and the other with eucalyptus, through construction and sequencing of a metagenomic DNA library. Using specific probes from the internally transcribed region of 16S-23S rRNA genes, fr (mais) agments of PCR products were inserted into the vector and cloned. The library generated 495 clones, which were sequenced and identified using Blast software. A greater number of PGPR was found in the soil under eucalyptus than under forest. Actinobacteria and Proteobacteria phyla were more abundant in Eucalyptus sp soil, and the phylum Firmicutes was not found in forest soil. Only eight different species were detected: Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium sp., Frankia sp., Pseudomonas fluorescens and Pseudomonas gladioli. This study provided valuable information about PGPR in soils under forest species and their possible used in reforestation, as well as for a more detailed understanding of these microorganisms in Brazilian soils.

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Aumento da eficiência nutricional de tomateiros inoculados com bactérias endofíticas promotoras de crescimento/ Increased nutritional efficiency of tomato plants inoculated with growth-promoting endophytic bacteria

Barretti, Patrícia Baston; Souza, Ricardo Magela de; Pozza, Adélia Aziz Alexandre; Pozza, Edson Ampélio; Carvalho, Janice Guedes de; Souza, Jorge Teodoro de
2008-08-01

Resumo em português Bactérias endofíticas promotoras de crescimento podem aumentar a eficiência nutricional das plantas, favorecendo sua produção. O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência de 10 isolados de bactérias endofíticas, previamente selecionados como agentes promotores do crescimento de plantas, sobre a eficiência de absorção, utilização e translocação de nutrientes em plantas de tomateiros em casa de vegetação. Para a introdução das bactérias endofític (mais) as em plântulas de tomateiro cv. Santa Clara, utilizou-se o corte do hipocótilo. Cinqüenta e cinco dias após o transplantio das seções de parte área, as plantas foram coletadas para a determinação da matéria seca da parte aérea e dos teores de macro e micronutrientes. Os teores de N, P, K, Ca, Mg, Cu e Zn na parte aérea e os de N, P, Mg e Mn nas raízes das plantas inoculadas diferiram da testemunha sem inoculação. As bactérias endofíticas Micrococcus sp. (UFLA 11-LS) e Brevundimonas sp. (UFV-E49), identificadas por meio do seqüenciamento do gene 16S do DNA ribossômico, propiciaram a maior eficiência de absorção de P em relação à testemunha. A bactéria endofítica Micrococcus sp. apresentou maior eficiência na utilização de N, P, K, Ca, Mg, S, Cu, Fe e Zn. Os maiores teores de N, P, K, Mg e Zn foram encontrados na parte aérea das plantas inoculadas com Brevundimonas sp. Os resultados deste trabalho indicam que estes isolados de bactérias endofíticas podem aumentar a eficiência nutricional de plantas de tomate. Resumo em inglês Plant growth-promoting endophytic bacteria can increase plant nutritional efficiency thus favouring its yield. With the purpose of evaluating the influence of 10 previously selected isolates of growth-promoting endophytic bacteria on the uptake, utilization and transport of nutrients by tomato plants, greenhouse experiments were installed. The hypocotyl was cut in order to apply the endophytic bacteria to tomato seedlings cultivar Santa Clara. Fifty five days after transp (mais) lanting the upper portion of the cut seedlings, the plants were collected to determine the dry matter of the aerial parts and concentration of macro and micro nutrients. The concentration of N, P, K, Ca, Mg, Cu and Zn in the shoot and N, P, Mg and Mn in roots of inoculated plants differed from non-inoculated controls. Endophytic bacteria Micrococcus sp. (UFLA 11-LS) and Brevundimonas sp. (UFV-E49) were identified by sequencing of the 16S ribosomal DNA. The P uptake in plants inoculated with these isolates was higher than in the non-inoculated controls. Plants treated with the first isolate were more efficient in the use of N, P, K, Ca, Mg, S, Cu, Fe, and Zn. The highest concentration of N, P, K, Mg, and Zn were found in the shoot of plants inoculated with Brevundimonas sp. The results of this study indicate that these endophytic bacteria isolates may be employed to increase the nutritional efficiency of tomato plants.

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Associação de Rhizoctonia solani Grupo de Anastomose 4 (AG-4 HGI e HGIII) à espécies de plantas invasoras de área de cultivo de batata/ Rhizoctonia solani anastomosis group 4 (AG-4 HGI and HGIII) associated with weed species from a potato cropping area

Silva-Barreto, Fátima Aparecida da; Pereira, Wagner Vicente; Ciampi, Maisa Boff; Câmara, Marcos Paz Saraiva; Ceresini, Paulo Cezar
2010-06-01

Resumo em português Os grupos 3 e 4 de anastomose (AG-3 e AG-4) do fungo Rhizoctonia solani são importantes grupos associados à batata no mundo. No Brasil, o AG-3 é relatado afetando principalmente batata e fumo. Já o AG-4 causa perdas consideráveis em culturas de importância econômica, como a soja, o feijão e o amendoim, podendo ocorrer também em hortaliças como o espinafre, o pimentão, o brócolis, o tomate, a batata e frutíferas como o melão. Recentemente foi constatada, em B (mais) rasília-DF, a associação de R. solani a plantas invasoras em áreas de cultivo de batata. Entretanto, não há informação a respeito da etiologia do patógeno bem como do papel de espécies invasoras como outras hospedeiras no ciclo do patógeno. Objetivou-se com esse estudo caracterizar isolados de R. solani obtidos de batata e de outras três espécies de plantas invasoras associadas a áreas de cultivo da cultura: juá-de-capote [Nicandra physaloides (L.) Pers., Solanaceae], beldroega (Portulaca oleracea L., Portulacaceae), e caruru (Amaranthus deflexus L., Amaranthaceae). Foi confirmada a hipótese de que os isolados obtidos de R. solani de beldroega, caruru e juá-de-capote pertencem ao grupo 4 de anastomose e são patogênicos à batata, exceto o isolado de beldroega. Estes isolados apresentaram patogenicidade cruzada às três espécies e também patogênicos à maria-pretinha (Solanum americanum Mill.), uma outra espécie de Solanaceae invasora. A classificação dos isolados no grupo AG-4 HGI ou no grupo AG-4 HGIII (isolado de caruru) foi confirmada através de características culturais e moleculares (seqüenciamento da região ITS-5.8S do rDNA). Os resultados deste trabalho trazem implicações importantes para o manejo das podridões radiculares de Rhizoctonia em batata. Resumo em inglês The anastomosis groups 3 and 4 (AG-3 and AG-4) of the fungus Rhizoctonia solani are important groups associated with potatoes worldwide. In Brazil, the AG-3 is reported affecting mainly potatoes and tobacco. The AG-4 cause considerable losses in crops of economic importance, such as soybean, beans and peanuts and may also occur in vegetables such as spinach, pepper, broccoli, tomatoes, potatoes and fruit such as melons. The association of R. solani with invasive plants wa (mais) s recently established in potato production areas from Brasília, DF. However, there is no information about the etiology of the pathogen as well as the role of invasive species as alternative hosts in the life cycle of the pathogen. The objective of this study was to characterize isolates of R. solani obtained from potatoes and three other invasive plant species associated with areas of potato production: Shoo-fly plant [Nicandra physaloides (L.) Pers., Solanaceae], pigweed (Portulaca oleracea L., Portulacaceae), and low-amaranth (Amaranthus deflexus L., Amaranthaceae). It was confirmed the hypothesis that the R. solani isolates obtained from pigweed, low-amaranth and Shoo-fly plant belong to the anastomosis group 4 and, except for the isolate from pigweed, are pathogenic to potatoes. These isolates were cross pathogencic to all the three weed species tested and also to American nightshade (Solanum americanum Mill.), another Solanaceae invasive of potato fields. The placement of the isolates in the group AG-4 HGI or in the group AG-4 HGIII (isolate from caruru) was confirmed by cultural and molecular characteristics (sequencing of the ITS-5.8S region of rDNA). The results of this study provide important implications for the management of the Rhizoctonia root rot in potatoes.

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Análise filogenética do gene da miogenina/ Phylogenetic analysis of the myogenin gene

Schierholt, A.S.; Fonseca, I.; Silva, P.V.; Paiva, S.R.; Chaves, L.C.S.; Lopes, P.S.; Faria, D.A.; Guimarães, S.E.F.
2008-02-01

Resumo em português Estudou-se a filogenia do gene da miogenina, um membro da família MyoD, reguladora da miogênese, que ocorre durante o desenvolvimento embrionário, e sua história evolutiva em espécies domésticas que apresentem seqüências de DNA depositadas no Genbank, comparando-se o índice de substituição de nucleotídeos não-sinônimos pelo índice de substituição sinônima. Valores maiores do que um (1) indicaram que o gene sofreu mudanças que tornaram o organismo mais a (mais) daptado ao ambiente. As árvores filogenéticas foram obtidas por máxima verossimilhança, e os índices de substituição sinônima e não-sinônima foram analisadas pelo método de parcimônia. Os resultados indicaram que, provavelmente, o gene sofreu evolução adaptativa no grupo Ruminantia, Bos taurus e Ovis aries, depois que essas espécies divergiram do ancestral comum. Para as outras espécies analisadas, o gene parece ter evoluído de modo conservativo. Resumo em inglês The myogenin gene, a member of the MyoD gene family, is a regulator of the myogenesis that takes place during the embryonic development. The objective of this study was to perform a phylogenic analysis of the myogenin gene to study its evolutionary history in the domestic species that have the sequencing data deposited in the Genbank. One common method to detect a gene evolution is made by comparing the ratio of nonsynonymous nucleotide substitution by the ratio of synony (mais) mous substitutions. Values greater than one (1) means that the gene has gone through changes that made the organism more adapted to the environment. The phylogenetic trees were obtained by maximum likelihood and the synonymous and nonsynonymous substitution rates were analyzed by the parsimony method. The results point out that probably the gene suffered an adaptive evolution in the Ruminantia group, Bos Taurus and Ovis aries, after these species diverged from their common ancestral. In the other species, the gene seems to be evolved in a conservative way.

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Análise da diversidade genética de isolados de Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum do algodoeiro/ Analysis of genetic diversity among the isolates of Xanthomonas axonopolis pv. malvacearum of cotton

Nunes, Maria Paula; Mehta, Angela; Aguiar, Paulo Hugo; Cia, Edivaldo; Pizzinato, Maria Angélica; Chiavegato, Ederaldo José; Mehta, Yeshwant Ramchandra
2009-06-01

Resumo em português A mancha angular do algodoeiro, causada por Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum (Xam), é uma doença de importância econômica e pode causar perdas apreciáveis no rendimento. A doença pode ser controlada por resistência varietal desde que haja conhecimento sobre a variabilidade das populações do patógeno. A variabilidade genética e a estabilidade patogênica entre os isolados deste patógeno não foram suficientemente estudadas, principalmente considerando a i (mais) ntrodução de novas cultivares e a expansão da cultura. O objetivo do presente estudo foi avaliar a variabilidade genética entre os 61 isolados de Xam, provenientes de diversas cultivares e regiões do Brasil, através de ensaios moleculares. Análises de ERIC e REP-PCR demonstraram dois grupos distintos de Xam associados a região geográfica de origem. Não foram observadas diferenças nos perfis dos isolados através de PCR-RFLP da região 16S-23S rDNA. A região espaçadora 16S-23S rDNA de três linhagens de Xam foi analisada através de clonagem e sequenciamento e seis diferenças nas seqüências foram encontradas. A técnica de RAPD revelou um maior nível de polimorfismo, distinguindo 6 grupos de Xam a 85% de similaridade. Os resultados indicam a existência de variabilidade muito restrita entre os isolados analisados. Resumo em inglês Angular leaf spot or black arm of cotton, caused by Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum (Xam), is a disease of economic importance. The disease can be controlled by using resistant cultivars if the knowledge regarding the genetic variability of the pathogen population is available. The genetic variability and the pathogen stability among the isolates of this pathogen have not been sufficiently studied, especially considering the introduction of new cultivars and the ex (mais) pansion of areas under cotton cultivation. The objective of the present study was to identify genetic variability among 61 isolates of Xam collected from different cultivars and geographic regions. Analysis of ERIC and REP-PCR revealed two distinct groups of Xam based on the geographic region of isolation. PCR-RFLP of 16S-23S rDNA did not reveal differences in the restriction profiles of the isolates. The 16S-23S rDNA region of three isolates of Xam was also analysed by cloning and sequencing and 6 differences in the sequences were observed. The RAPD technique revealed a higher level of polymorphism and distinguished 6 groups of Xam. The results indicate a very narrow genetic variability among Xam isolates used in this study.

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Alteração transmissível do Imprinting Genómico em pacientes inférteis por Oligozoospermia e Azoospermia/ Heritable Genomic Imprinting defects in infertile patients with Oligozoospermia and Azoospermia

Marques, Cristina Joana; Vaz, Bruno; Costa, Paula; Sousa, Sónia; Carvalho, Filipa; Fernandes, Susana; Silva, Joaquina; Sousa, Mário; Barros, Alberto
2007-03-01

Resumo em português Introdução: Efectuamos um estudo de pacientes com oligozoospermia e azoospermia para determinar se o imprinting genómico dos espermatozóides se encontra alterado. Métodos: Analisaram-se 23 amostras de sémen de pacientes em estudo de infertilidade conjugal, 7 com normozoospermia (controlos) e 16 com oligozoospermia (9 moderada; 7 severa); e 7 pacientes azoospérmicos sujeitos a biópsia testicular para microinjecção intracitoplasmática de espermatozóide, 3 com es (mais) permatogénese conservada (controlos: 2 anejaculação, 1 azoospermia obstrutiva secundária) e 4 com hipoespermatogénese (HP). O DNA dos espermatozóides foi descondensado, purificado e sujeito a mutagénese dirigida por tratamento com bissulfito de sódio. Amplificou-se por PCR ("Polymerase Chain Reaction") a região diferencialmente metilada (18 CpGs) do gene H19 (metilação paterna), incluindo o local-6 de ligação da proteína CTCF ("parental-allele specific CCCTC-binding factor") que é igualmente responsável pelo controlo da expressão do gene IGF2 ("Insulin-like Growth Factor 2"). Os fragmentos de PCR foram clonados em plasmídeos e o estado de metilação de cada citosina foi determinado por sequenciação automática. Resultados: Verificou-se uma proporção significativamente mais elevada de: 1) hipometilação global do H19 na HP (p=0,001), 2) atingimento de ≥3 CpGs na oligozoospermia severa e HP (pimprinting genómico não se encontra conservado na espermatogénese dos pacientes masculinos inférteis com oligozoospermia severa e azoospermia secretora, agravando-se com a severidade da lesão testicular. Resumo em inglês Introduction: We studied infertile patients with oligozoospermia and azoospermia to determine if these conditions of decreased sperm production are associated with defective genomic imprinting. Methods: We included 23 semen samples from men undergoing investigation of infertility as follows: 7 with normozoospermia (controls) and 16 with oligozoospermia (9 moderate; 7 severe); and 7 testicular biopsies, before intracytoplasmic sperm injection: 3 with conserved spermatogene (mais) sis (controls: 2 anejaculation, 1 secondary obstructive azoospermia) and 4 with hypospermatogenesis (HP). Sperm DNA was decondensed, purified and treated with sodium bisulfite. The differential methylated region (18 CpGs) of the H19 gene (paternally methylated) was amplified by PCR (Polymerase Chain Reaction), including the CTCF (parental-allele specific CCCTC-binding factor) binding site-6 that also controls the expression of IGF2 (Insulin-like Growth Factor 2) gene. PCR fragments were then cloned in plasmids and the methylation status of each cytosine was determined by automated sequencing. Results: We found a significant higher proportion of 1) global H19 hypomethylation in HP (p=0.001), 2) attainment of ≥3 CpGs in severe oligozoospermia and HP (pimprinting is defective in the male germ line of patients with severe oligozoospermia and hypospermatogenesis, being aggravated as the testicular injury worsens.

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A origem do homem americano vista a partir da América do Sul: uma ou duas migrações?

Neves, Walter A.; Bernardo, Danilo V.; Okumura, Maria Mercedes M.
2007-06-01

Resumo em português Até meados da década de 1990, predominava na literatura especializada que o Novo Mundo teria sido colonizado por três levas distintas, todas com origem no nordeste asiático. Na segunda metade da década, dois modelos alternativos começaram a desfrutar de grande popularidade entre a comunidade acadêmica internacional. O primeiro deles, denominado "Modelo dos Dois Componentes Biológicos Principais", baseado na variabilidade craniométrica de populações nativas amer (mais) icanas extintas, sugere que a América teria sido colonizada por pelo menos duas populações morfologicamente distintas vindas do nordeste asiático. O segundo, gerado por pesquisas sobre a variabilidade do DNA mitocondrial e do cromossomo Y de populações indígenas atuais, defende que o continente americano teria sido colonizado por apenas uma migração, também de origem asiática. Alguns especialistas acreditam que a compatibilização desses dois modelos é simples: as duas morfologias que se sucederam no tempo no Novo Mundo são resultado de um processo microevolutivo local, independente daquele que ocorreu, em paralelo, na Ásia. Uma outra maneira de compatibilizar os dois cenários é assumir que morfologia craniana e linhagens de DNA são entidades evolutivamente independentes, com histórias, modos, tempos e tendências próprias. Este trabalho apresenta novas evidências de que dois padrões morfológicos cranianos de fato se sucederam no Novo Mundo. Um relacionado às populações mais antigas (paleoíndias) e um relacionado a populações arcaicas e agrocerâmicas. Esses resultados são analisados à luz da discussão acima caracterizada. Resumo em inglês Until mid 1990s the prevailing model to explain the early colonization of the Americas rested on the assumption that three different migrations were involved in the process. The first migration would have given rise to most of the modern Native Americans, and is known as "Amerind"; the second migration would have given rise only to the Na-Dene Indians of the northern pacific; while the third would have given rise to the Eskimos and Aleuts. Known as the Three Migrations Mo (mais) del, the model was said to rest on convergent evidences coming from dental morphology, linguistics and the gene pool of living Native Americans. By the time the model was formulated, genetic diversity of living humans was studied by means of gene products, like serum proteins, and not by means of DNA itself. From mid 1990s on, two other models to explain the origin of Native Americans started competing with the Three Migration Model. They are known today as The Two Main Biological Components Model, and The Single Migration Model. The first one rests on the analysis of the cranial morphology of extinct and extant Native Americans along time, while the second has emerged from the study of DNA polymorphisms of living populations, mainly from mitochondrial and Y chromosome DNA sequencing. In other words, evidence coming from cranial morphology and its variation along time sustains that two Northern Asian populations entered the continent: the first one exhibiting a more generalized cranial pattern, and a second one exhibiting a more specialized architecture. On the other hand, the distribution of DNA haplogroups in modern Native American populations is easily explained by the entrance of only one mother population from Northern Asia. In this study we present new evidence that two very distinct cranial morphologies are indeed found among extinct Native Americans along time: a more generalized cranial pattern typifying the first newcomers, known in the literature as Paleoindians (12 to 8 thousand years ago), and a more specialized pattern typifying latter groups, since the Archaic period (

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