Sample records for dna hybridization
from WorldWideScience.org

Sample records 1 - 14 shown.



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Hibridização in situ com sonda não-radioativa para mRNA: princípios e aplicações em patologia/ In situ hybridization with non-radioactive riboprobes: principles and applications in pathology

Silva-Valenzuela, Maria das Graças da; Almeida, Fernanda Campos S.; Matizonkas-Antonio, Luciana Fasanella; Libório, Tatiana Nayara; Acquafreda, Thais; Cazal, Claudia; Ferraz, Alberto; Nunes, Fábio Daumas
2006-06-01

Resumo em português A técnica de hibridização in situ (ISH) tem sido usada para identificar mRNA (ou DNA) em amostras de tecido de material humano e animal. Embora uma série de protocolos para essa técnica seja utilizada, as descrições não são bem detalhadas. O objetivo deste trabalho é descrever a reação de hibridização in situ em tecido fresco e sua aplicação em patologia, tornando mais compreensível essa técnica tão importante, que possibilita observar a localização t (mais) ecidual e a expressão temporal e espacial dos transcritos de um determinado gene (mRNA). Resultados de reações com as ribossondas PITX1, SHH e WNT-5A, realizadas em amostras de tecido congelado, são apresentados. Resumo em inglês In situ hybridization (ISH) has been used to identify mRNA (or DNA) in fresh tissue samples of humans and animals. Several protocols describing this technique are available, although its description is not usually detailed enough. The present work describes in situ hybridization reaction on fresh tissue in a way to make understandable this important technique, which allows verifying the cellular localization, and the spatial and temporal expression, of gene transcripts (mRNA). Results with PITX1, TGIF, SHH and WNT-5A riboprobes, in fresh tissue samples, are presented.

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Tipagem e estado físico de papilomavírus humano por hibridização in situ em lesões intra-epiteliais do colo uterino/ Human papillomavirus typing and physical state by in situ hybridization in uterine cervix intraepithelial lesions

Bagarelli, Lúcia Buchalla; Oliani, Antonio Hélio
2004-02-01

Resumo em português OBJETIVO: realizar estudo molecular (hibridização in situ) de pacientes com lesões intra-epiteliais do colo uterino, visando investigar a freqüência e o estado físico do papilomavírus humano (HPV). MÉTODOS: cortes histológicos de biopsias do colo uterino de 84 pacientes foram avaliados pela hibridização in situ, com sonda de amplo espectro, que permite identificação dos HPVs dos tipos 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 42, 45 e 56, e com sondas específicas para (mais) HPV dos tipos 6, 11, 16, 18, 31 e 33. Os padrões físicos de marcação do DNA dos HPV encontrados foram: epissomal, quando todo o núcleo ficou corado pela biotina (marrom); integrado, onde se visualizaram um ou dois pontos marrons no núcleo hibridizado, ou misto, com a associação dos dois padrões anteriores. Das 84 pacientes avaliadas, 31 (36,9%) tinham lesões intra-epiteliais de baixo grau (LIE-BG) e 53 (63,1%) tinham lesões intra-epiteliais de alto grau (LIE-AG) ao exame histológico. Para a análise estatística foi empregado o teste exato de Fisher. RESULTADOS: do total dos casos, 46 (54,7%) foram positivos para DNA de HPV pela sonda de amplo espectro. Na tipagem dos vírus, o HPV-16 foi mais freqüente nas LIE-AG, com 12 casos - 22,6% (p Resumo em inglês PURPOSE: to carry out a molecular study (in situ hybridization) on patients who present intraepithelial lesions of the uterine cervix, and to assess the frequency and the physical state of the human papillomavirus (HPV). METHODS: histological sections of biopsies of the uterine cervix from 84 patients were evaluated by in situ hybridization, with a broad-spectrum probe, which allows the identification of the HPV types 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 42, 45, and 56 and with (mais) specific probes for HPV types 6, 11, 16, 18, 31, and 33. The physical patterns of HPV DNA found were: episomal, when the entire nucleus stains with biotin (brown); integrated - one or two brown points in the hybridized nucleus, or mixed, associating both patterns. Of the 84 patients evaluated, 31 (36.9%) had low-grade squamous intraepithelial lesions (LSIL), and 53 (63.1%) had high-grade squamous intraepithelial lesions (HSIL) on histological examination. Fisher's exact test was used for the statistical analysis. RESULTS: considering all the cases, 46 (54.7%) were positive for HPV DNA with the broad-spectrum probe. Regarding typing, HPV-16 was the most frequent in HSIL (12 cases - 22.6% - p

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Detecção de um begomovírus em amostras foliares de tomateiro com sondas não-radioativas/ Detection of a begomovirus in tomato leaf samples using non-radioactive probes

Santana, Flávio Martins; Inoue-Nagata, Alice Kazuko; Nagata, Tatsuya; Ribeiro, Simone da Graça; Ávila, Antônio Carlos de; Giordano, Leonardo de Britto
2007-02-01

Resumo em português O aumento na ocorrência de begomoviroses (geminiviroses) em tomateiros, Lycopersicon esculentum Mill., em várias regiões brasileiras, vem causando grandes prejuízos para o agronegócio de tomate, devido à ocorrência do inseto vetor, Bemisia argentifolii (Bemisia tabaci biotipo B). A diagnose é realizada em geral por "polymerase chain reaction" (PCR) ou por hibridização com sondas radioativas. A PCR é um método de alta sensibilidade, porém apresenta a desvantag (mais) em da possibilidade de obtenção de resultados falso-positivos, devido a contaminações, ou falso-negativos causados por inibidores contaminantes da reação, ou pela extrema especificidade dos iniciadores. A hibridização de ácidos nucléicos com sondas radioativas tem o seu uso limitado devido à necessidade de infra-estrutura especial, treinamento de pessoal, riscos para a saúde do manipulador e demanda constante de radioquímicos. O presente trabalho tem por finalidade demonstrar a viabilidade do uso do método de hibridização com sondas não-radioativas para a detecção de um begomovírus de tomateiro do Brasil. A sensibilidade do teste foi alta, obtendo-se detecção de até 0,1fg do DNA homólogo e em extrato bruto foliar diluído até 100 vezes. Resumo em inglês Major outbreaks of tomato begomoviruses (geminiviruses) in several tomato Lycopersicon esculentum Mill growing in many parts of Brazil have been imposing significant losses upon the tomato agribusiness, due to the introduction of the Bemisia argentifolii (Bemisia tabaci biotype B). Polymerase chain reaction (PCR) and hybridization are generally used for diagnosis. The PCR is a detection method with high sensitivity, however it has the disadvantage of producing false-posit (mais) ives, due to contamination, or false-negatives caused by inhibitors or because of the high primer specifity. The use of nucleic acid hybridization with radio-labelled probes is restricted due to the requirement of special infrastructure and handling experience, the risk for the user’s health and a regular radiochemical element supply. This study is aimed at demonstrating the usefulness of the hybridization method with non-radioactive probes for detection of a tomato begomoviruses in Brazil. The sensitivity of this method was high enabling the detection of 0.1fg of homologous DNA and in crude sap extract diluted up to 100-fold.

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Captura híbrida negativa em displasia intraepitelial isolada de córnea/ Negative hybrid capture in a single intraepithelial corneal dysplasia

Martin, Luiz Fernando Taranta; Bonini Filho, Marco Antonio; Odashiro, Alexandre Nakao; Gemperli, Lizabel; Gemperli, Daniela Barbosa; Rocha, Eduardo Melani; Paula, Jayter Silva de
2010-04-01

Resumo em português As displasias intraepiteliais de córnea correspondem a lesões de baixo risco de malignidade, dentro do espectro das neoplasias intraepiteliais da superfície ocular. Essas displasias se apresentam como áreas leucoplásicas e têm como um dos principais fatores de risco o papilomavírus humano (HPV). No presente trabalho, os autores descrevem um caso de displasia intraepitelial isolada de córnea, tratada através de excisão cirúrgica, com confirmação histológica e resultado negativo de hibridização de DNA para HPV. Resumo em inglês Cornea intraepithelial dysplasias are lesions with low risk of malignancy within the spectrum of intraepithelial neoplasia of the ocular surface. These areas are presented as dysplasias or leukoplasias and are associated with the presence of human papillomavirus (HPV), a major risk factor. In this report, the authors describe a case of a corneal intraepithelial dysplasia treated by surgical excision, with histological confirmation and negative DNA hybridization for HPV.

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Mapas genéticos em plantas/ Genetic maps in plants

Carneiro, Monalisa Sampaio; Vieira, Maria Lucia Carneiro
2002-08-01

Resumo em português Ao lado dos projetos de seqüenciamento e das análises do cariótipo pelas técnicas de hibridização in situ, o desenvolvimento de mapas genéticos fundamentados em marcadores de DNA tem propiciado consideráveis avanços à genômica de plantas. Esta revisão aborda as premissas básicas utilizadas para o mapeamento genético e suas principais aplicações, especialmente para o melhoramento vegetal. Fundamentos teóricos sobre segregação, recombinação e ligação (mais) são considerados e relacionados à construção de mapas genéticos com marcas moleculares. Apresentam-se informações sobre tipos de marcadores, populações de mapeamento, cálculo da freqüência de recombinação, distorções da segregação, estabelecimento dos grupos de ligação e da ordenação dos marcadores. Discute-se, também, o uso de mapas de ligação em programas de seleção assistida por marcadores, na clonagem de genes e em estudos sobre sintenia. Resumo em inglês In addition to genome projects and karyotype analysis by in situ hybridization techniques, a major advance in plant genome analysis came from the development of genetic maps based on molecular markers (Figure 1). This review clarifies the basic premises used for genetic mapping and its main applications, especially in plant breeding. The theories of segregation, recombination and linkage are considered and related to the construction of genetic maps (mais) based on molecular markers. Information about marker types, population mapping, calculation of the recombination rate, segregation distortion, linkage groups and genetic order determination is presented. Exploitation of linkage mapping for marker assisted selection, gene cloning and synteny comparisons is discussed.

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Detecção do provírus da Imunodeficiência Felina em gatos domésticos pela técnica de Reação em Cadeia da Polimerase/ Detection of feline immunodeficiency provirus in domestic cats by polymerase chain reaction

Caldas, Ana Paula Ferrary; Leal, Élcio de Souza; Silva, Eduardo Filipe Avila; Ravazzolo, Ana Paula
2000-03-01

Resumo em português A infecção de gatos domésticos pelo Vírus da Imunodeficiência Felina (FIV) é um dos modelos mais promissores para o estudo da infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) que causa a Síndrome de Imunodeficiência Adquirida (AIDS). O FIV causa, em gatos, uma enfermidade similar àquela observada em pacientes com AIDS, sobretudo no que diz respeito ao aumento da susceptibilidade a infecções oportunistas. No presente estudo, utilizou-se a Reação em Cad (mais) eia da Polimerase (PCR), com o objetivo de detectar o provírus do FIV em gatos com sinais clínicos de imunodeficiência. O fragmento de DNA escolhido como alvo para amplificação situa-se no gene gag do lentivírus felino, o qual é conservado entre as diferentes amostras do vírus. O DNA utilizado foi extraído a partir de amostras de sangue e de tecidos de animais com suspeita clínica de imunodeficiência. Das 40 amostras analisadas, 15 foram positivas, das quais 4 foram submetidas à hibridização, confirmando a especificidade dos fragmentos amplificados. Esses resultados demonstram a presença do FIV na população de gatos domésticos do Rio Grande do Sul, Brasil. Resumo em inglês Feline immunodeficiency virus (FIV) infection of domestic cats is one of the most promising animal models for the infection by the human immunodeficiency virus (HIV) which causes acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). Infected cats may develop a disease similar to that observed in AIDS patients, with increased susceptibility to opportunistic infections. In this study we used the polymerase chain reaction (PCR) to detect proviral DNA of feline immunodeficiency virus on (mais) the blood and tissue samples from cats with a clinical diagnosis of immunodeficiency. The PCR primers were used to amplify the gag gene, which is conserved among different isolates. From 40 samples analyzed, 15 were positive and 4 of them were submitted to hybridization to confirm the specificity of the amplified fragments. These results confirm the presence of FIV in domestic cats in Rio Grande do Sul, Brazil.

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Chlamydia pneumoniae e Mycoplasma pneumoniae nos nódulos de calcificação da estenose da valva aórtica/ Chlamydia pneumoniae and Mycoplasma pneumoniae in calcified nodes of stenosed aortic valves

Higuchi-dos-Santos, Marilia Harumi; Pierri, Humberto; Higuchi, Maria de Lourdes; Nussbacher, Amit; Palomino, Sueli; Sambiase, Nadia Vieira; Ramires, José Antonio Franchini; Wajngarten, Maurício
2005-06-01

Resumo em português OBJETIVO: Investigar se chlamydia pneumoniae (CP) ou mycoplasma pneumoniae (MP) estão presentes na estenose da valva aórtica (EA). MÉTODOS: Imuno-histoquímica foi utilizada para identificar os antígenos de CP (Ag-CP), a hibridização in situ para identificar o DNA de MP, e microscopia eletrônica para avaliação dos dois agentes, nos grupos: normal - 11 valvas normais de autópsia; aterosclerose - 10 valvas de pacientes com aterosclerose sistêmica de autópsia e s (mais) em EA; e EA - 14 espécimes cirúrgicos provenientes de pacientes com EA analisados em 3 sub-regiões: EA-preservada - regiões mais preservadas na periferia da valva; EA-fibrose - tecido fibrótico peri-calcificação; e EA-calcificação - nódulos calcificados. RESULTADOS: As medianas da fração de área positiva para Ag-CP foram 0,09; 0,30; 0,18; 1,33; e 3,3 nos grupos acima descritos, respectivamente. A densidade de CP foi significativamente maior nos grupos aterosclerose e EA-calcificação em relação ao normal (p Resumo em inglês OBJECTIVE: We investigated whether Chlamydia pneumoniae (CP) and Mycoplasma pneumoniae (MP) are present in aortic valve stenosis (AS). METHODS: Immunohistochemistry was utilized to identify CP antigens, in situ hybridization to identify MP DNA, and electron microscopy was used to evaluate the following three groups: Normal - 11 normal autopsy valves; Atherosclerosis - 10 autopsy valves from patients with systemic atherosclerosis and no AS; and AS - 14 surgical specimens o (mais) f AS analyzed in 3 sub-regions: AS-Preserved - peripheral, preserved regions; AS-Fibrosis - peri-calcified fibrotic tissue; and AS-Calcification - calcified nodules. RESULTS: The positive area fraction of CP antigen median values were 0.09, 0.30, 0.18, 1.33, and 3.3 in groups Normal, Atherosclerosis, AS-Preserved, AS-Fibrosis, and AS-Calcification, respectively. CP density was significantly greater in Atherosclerosis and AS-Calcification than in Normal (P

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Papilomavírus humano associado a lesões de cérvice uterina/ Human papillomavirus associated to uterine cervix lesions

Noronha, Vânia; Mello, Wyller; Villa, Luísa; Brito, Arival; Macêdo, Roberto; Bisi, Fátima; Mota, Rosilda; Sassamoto, Kyio; Monteiro, Talita; Linhares, Alexandre
1999-06-01

Resumo em português Estudou-se a prevalência do papilomavírus humano (HPV) em 228 mulheres portadoras de lesões em cérvice uterina, atendidas no Instituto Ofir Loiola, em Belém, Pará, no período de março de 1992 a maio de 1996. As pacientes foram submetidas à biópsia de colo uterino, sendo o material encaminhado para histopatologia e pesquisa de HPV por PCR e hibridização por dot-blot. Distribuíram-se as participantes em três grupos, conforme diagnóstico histopatológico. O gr (mais) upo A constituiu-se de 155 mulheres com carcinoma epidermóide invasor ou com adenocarcinoma, o grupo B de 54 portadoras de neoplasia intra-epitelial cervical grau II ou III, e o grupo C de 19 pacientes com cervicite crônica. Observaram-se prevalências de HPV em 70,3%, 63,0% e 36,8% das mulheres dos grupamentos A, B e C, respectivamente, sendo o HPV 16 registrado em 60,4% das amostras positivas do grupo A e 54,5% daquelas do grupo B. Os tipos 16, 18 e 33 representaram 71,4% dos detectados no grupo C. Resumo em inglês It was studied the prevalence of human papillomavirus (HPV) among 228 women with lesions of uterine cervix attending the Ofir Loiola Institute, in Belem, Para, from March 1992 to May 1996. Histopathological examination was performed with all cervical biopsy samples obtained from these patients. In addition, specimens were analysed by both polimerase chain reaction and dot-blot hybridization to detect HPV DNA. The patients were assigned to three groups, according to the di (mais) agnosis made by histopathology, as follows: A, including 155 women suffering from invasive epidermoid carcinoma or adenocarcinoma; B, 54 patients having either cervical intraepithelial neoplasia grade II or III; and C, involving 19 women with chronic cervicitis. The prevalence rates of HPV in groups A, B and C were 70.3%, 63% and 36.8% respectively. HPV 16 accounted for 60.4% and 54.5% of types identified in groups A and B, respectively. Altogether HPV types 16, 18 and 33 were detected in 71.4% of positive patients belonging to group C.

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Distribuição do elemento transponível impala em isolados de fusarium oxysporum patogênicos e não-patogênicos ao feijoeiro/ Distribution of the transposable element impala in Fusarium oxysporum isolates pathogenic and nonpathogenic to common bean

Zanotti, Michele G. S.; Santos, Jildete K.; Reis, Kledna C. P.; Araújo, Elza F.; Dhingra, Onkar Dev; Queiroz, Marisa V.
2005-06-01

Resumo em português A variabilidade genética de 20 isolados de Fusarium oxysporum, nove não-patogênicos e 11 patogênicos ao feijoeiro (Phaseouls vulgaris), foi determinada com base na distribuição do elemento transponível impala. A presença de impala das subfamílias D e E foi determinada por experimentos de PCR, empregando oligonucleotídeos específicos para cada subfamília. Foi observada a presença de representantes das duas subfamílias na maioria dos isolados, sugerindo, porta (mais) nto, que impala é um antigo componente do genoma de F. oxysporum f. sp. phaseoli. A hibridização do DNA total de cada isolado, clivado com a enzima EcoRI, com um fragmento do elemento impala da subfamíla E, mostrou uma variação nos padrões de bandas dos isolados não-patogênicos, indicando a possível atividade desses elementos. No entanto, no caso dos isolados patogênicos, foram observados padrões de bandas mais homogêneas e alguns isolados apresentaram o mesmo perfil de bandas, indicando que se trata de cópias de impala que, possivelmente, não são mais capazes de sofrer transposição. Estas cópias inativas são excelentes marcadores genéticos. Um dos isolados patogênicos, Fus4, não apresentou cópias endógenas de impala, o que torna esse isolado um candidato para experimentos de mutagênese insercional usando o vetor pNI160, que possui o elemento impala ativo interrompendo o gene niaD, que codifica a enzima nitrato redutase. Resumo em inglês The genetic variability of 20 isolates of Fusarium oxysporum, nine nonpathogenic and 11 causing common bean (Phaseouls vulgaris) wilt, was analyzed on the basis of the distribution of the transposable element impala. The presence of transposable elements belonging to subfamilies D and E of impala was determined through polymerase chain reaction (PCR) using specific primers for each subfamily. The presence of members of the two subfamilies was observed in most of the isola (mais) tes, suggesting that it is an old component in the F. oxysporum f. sp. phaseoli genoma. Hybridization of total DNA of each isolate, digested with EcoRI, with impala fragments of subfamily E produced a highly variable band pattern in the nonpathogenic isolates, indicating the possible activity of these elements. On the other hand, in pathogenic isolates, the band patterns were more homogeneous and some isolates showed very similar patterns, indicating that these impala copies have lost their capacity to transpose. These inactive copies are suitable as genetic markers. Among the pathogenic isolates, endogenous copies of impala were not detected in Fus4; therefore, this isolate could be used in experiments of insertional mutagenesis with the pNI160 plasmid, which harbors the active W impala element disrupting the niaD (nitrate reductase) gene.

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Transcrição reversa na determinação da expressão do mRNA para a enzima conversora de angiotensina testicular em animais tratados com zinco/ Assessment of the reverse transcriptase polymerase chain reaction technique in the determination of the mRNA expression for the testicular angiotensin-converting enzyme in zinc treated rats

Henriques, Gilberto Simeone; Silva, Adriana Gisele Hertzog da; Hirata, Rosário Dominguez Crespo; Hirata, Mario Hiroiuki; Cozzolino, Sílvia Maria Franciscato
2005-12-01

Resumo em português OBJETIVO: O objetivo deste trabalho foi otimizar as condições reacionais capazes de ocasionar variabilidade e de introduzir erros sistemáticos na reação em cadeia pela polimerase aplicada à análise da expressão gênica da isoforma testicular da enzima conversora de angiotensina. MÉTODOS: Avaliaram-se a concentração de cDNA, a concentração dos iniciadores, a temperatura de hibridização e o número de ciclos de desnaturação, hibridização e extensão. Para (mais) tanto, extraiu-se o RNA total por meio da reação com fenol-clorofórmio e isotiocianato de guanidina de amostras de testículos de ratos Wistar alimentados com uma ração contendo zinco. Em seguida, gerou-se o cDNA por transcrição reversa. Utilizando-se iniciadores específicos, amplificaram-se o gene de interesse (isoforma testicular da enzima conversora de angiotensina) e o gene controle Gliceraldeído-3-Fosfato-Desidrogenase. As amostras foram então aplicadas em gel de agarose e submetidas à eletroforese, coradas em brometo de etídio e visualizadas sob luz ultravioleta. RESULTADOS: Demonstrou-se que a melhor condição reacional para a reação em cadeia pela polimerase da isoforma testicular da enzima conversora de angiotensina e do Gliceraldeído-3-Fosfato-Desidrogenase foi: (1) concentração inicial de cDNA de 2µg, (2) concentração de iniciadores de 200nM, (3) temperatura de hibridização entre 57,5ºC e 60,1ºC e (4) 33 ciclos. CONCLUSÃO: Com essa otimização pôde-se minimizar as interferências sobre a técnica, contribuindo-se para a obtenção de dados comparativos a respeito da expressão gênica da enzima conversora de angiotensina testicular. Resumo em inglês OBJETIVE: The aim of the present work was to optimize the reaction conditions capable of generating variability and introducing systematic errors in the chain reaction of the polymerase used to analyze the gene expression for the testicular isoform of the angiotensin-converting enzyme. METHODS:The cDNA concentration, primer concentration, hybridization temperature and number of denaturation, hybridization and extension cycles were evaluated. For this purpose, samples of t (mais) estis from Wistar rats fed a zinc containing diet were used to extract total RNA using the phenol-chloroform-isothiocyanate reaction. Stable cDNA was then generated by the reverse transcription reaction. Using specific primers, the gene of interest (testicular isoform of the angiotensin-converting enzyme) and the housekeeping gene for the expression of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase were amplified. The samples were then submitted to gel eletrophoresis in agarose gel, stained with ethide bromide and visualized in a UV chamber. RESULTS: The results showed that the best reaction conditions for the chain reaction by the testicular isoform polymerase of the angiotensin-converting enzyme and for Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase were: (1) initial cDNA concentration of 2 µg, (2) primer concentration of 200nM, (3) hybridization temperature between 57.5ºC and 60.1ºC and (4) 33 cycles. CONCLUSION: It was concluded that this optimization minimized interference of the technique, contributing to the production of true, comparative data for the testicular angiotensin- converting enzyme gene expression.

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Plantas transgênicas resistentes aos herbicidas: situação e perspectivas/ Resistant transgenic plants to the herbicide: situation and perspectives

Monquero, Patrícia Andréa
2005-01-01

Resumo em português Organismos geneticamente modificados (OGMs) ou transgênicos podem ser plantas, animais ou microorganismos que tiveram no seu material genético a introdução de DNA proveniente de outro organismo. Em alguns casos, esse organismo poder ser outro individuo da mesma espécie, ou o mais comum, de outra espécie com o qual não há cruzamento natural. O uso dessa técnica no melhoramento de plantas permitirá aumentar a produção, reduzir perdas na pós-colheita, obter cult (mais) uras mais tolerantes ao estresse ambiental, obter culturas que usem mais eficientemente nitrogênio e fósforo; aumentar o valor nutricional dos alimentos; obter plantas resistentes a herbicidas, pragas e ou doenças; desenvolver alternativas para indústrias como as de combustíveis e farmacêuticas. Alguns consumidores acreditam que OGM não é natural e que o melhoramento convencional é melhor, pois segue os princípios naturais de seleção ou usa mutações naturais. Entretanto, é possível e muito comum obter combinações indesejáveis de genes através do melhoramento tradicional. Com relação a culturas resistentes a herbicidas, várias preocupações podem ser destacadas. Essas incluem: (a) deriva de herbicida para vegetação suscetível vizinha à cultura tolerante; (b) cultura resistente ao herbicida pode tornar-se planta daninha de difícil controle; (c) uso ilegal de sementes; (d) reação pública negativa à engenharia genética; (e) escape de genes para espécies nativas e (f) seleção de biótipos resistentes ou de espécies tolerantes ao herbicida utilizado. A geração dos organismos geneticamente modificados tem sido alvo de polêmica e discussão nos diversos segmentos da sociedade. Porém, não se deve generalizar o uso dos transgênicos, pois cada um deve ser analisado quanto às suas vantagens, desvantagens e contribuição à melhoria da qualidade de vida. Resumo em inglês Genetically modified organisms (GMOs) or transgenic may be plants, animals or microorganisms that have DNA inserted into their cells from another organism. In some cases, this organism may be from a other individue of the same species, or from another species with which they would not normally cross-breed. The use of genetic modification in plant breeding aims to: increase crop yields beyond the maximum for existing varieties; reduce post-harvest losses; make crops more t (mais) olerant to environment stresses; make crops that use efficiently nitrogen and phosphorous; improve nutritional value of foods; produce plants that are resistant to certain herbicide, pests or diseases; develop alternative resources for industry such as fuels and pharmaceuticals. Many consumers are concerned that genetic modification isn't natural and believe that conventional breeding is better than GMOs because it follows the principles of natural selection, or uses natural mutations. However, it is also possible to produce undesirable combinations of genes by conventional breeding. Several concerns are associated with the use of herbicide-tolerant crops. Those include: (a) drift to nearby susceptible plants; (b) herbicide-resistant crops becoming weedy and difficult to control; (c) illegal use of seeds; (d) negative public reaction to genetic engineer; (e) hybridization between GM crop plants and their wild relatives; and (g) increased selection for resistant weed biotypes or tolerant species. The generation of genetically modified organisms has fomented a controversial debate in various sectors of our society. Yet we must be cautious before generalizing the use of transgenics since each case should be analyzed regarding both its particular advantages and drawbacks, and contribution to the improvement of life quality.

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Estudos de expressão gênica utilizando-se microarrays: delineamento, análise, e aplicações na pesquisa zootécnica/ Microarray gene expression studies: experimental design, statistical data analysis, and applications in livestock research

Rosa, Guilherme Jordão de Magalhães; Rocha, Leonardo Bernardes da; Furlan, Luiz Roberto
2007-07-01

Resumo em português A tecnologia de microarrays, ou microarranjos de DNA, possibilita a avaliação simultânea da expressão de milhares de genes em diferentes tecidos em determinado organismo, em diferentes estágios de desenvolvimento ou condições ambientais. Microarrays são bastante utilizados em experimentos de genômica funcional com diversas espécies animais e vegetais, e têm sido gradativamente incorporados em diferentes áreas da pesquisa zootécnica, como crescimento e metabol (mais) ismo, resposta imune a doenças, reprodução e resposta a fatores de estresse não-infecciosos (restrição alimentar, exposição a elementos tóxicos e outras condições ambientais desfavoráveis), bem como melhoramento genético animal. Tais experimentos, entretanto, são ainda consideravelmente caros, como consequência, geralmente são conduzidos com tamanhos amostrais relativamente pequenos. Por outro lado, a realização dos experimentos com microarrays, desde a coleta das amostras, até a obtenção das imagens para análise, envolve uma série de procedimentos laboratoriais de alta complexidade, que frequentemente introduzem variações adicionais aos resultados obtidos. Desta maneira, a condução de ensaios com microarrays requer cuidadoso delineamento experimental e análise estatística dos dados. Nesta apresentação são discutidos princípios básicos do planejamento de ensaios com microarrays, bem como as ferramentas estatísticas e computacionais mais comuns para a análise dos mesmos. São também discutidos alguns exemplos de aplicação de experimentos com microarrays em zootecnia e, numa última seção, são traçadas algumas considerações finais envolvendo os tópicos gerais abordados. Resumo em inglês Microarray technology allows monitoring thousands of genes simultaneously in a specific tissue of an organism, in different developmental stages or environmental conditions. Microarrays are very common in functional genomics experiments with both animals and plant species, and they have been increasingly used also in different areas of livestock research, such as growth and metabolism, reproduction, immune response to diseases and parasites, response to non-infectious str (mais) ess factors (such as dietary restriction, exposure to toxic elements and other unfavorable environmental conditions) as well as animal breeding. Such experiments, however, are still considerably expensive and time consuming and, consequently, they are performed with relatively small sample sizes. Nonetheless, microarray experiments are extremely complex, as they involve a number of laboratorial procedures such as sample collection, RNA extraction, reverse transcription and labeling, and the final hybridization. Hence, microarray assays require careful experimental planning and statistical data analysis. In this manuscript, basic principles of experimental design for microarray studies are reviewed, as well as the most common statistical and computational tools used for their analysis. In addition, some examples of application of microarray technology in animal science are discussed, and some concluding remarks are presented afterward.

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Detecção do Grapevine virus A e Grapevine virus B por hibridização "dot-blot" com sondas moleculares não radioativas/ Detection of Grapevine virus A and Grapevine virus B by dot blot hybridization with non-radioactive molecular probes

Moreira, Andreia E; Gaspar, José O; Kuniyuki, Hugo
2005-10-01

Resumo em português O vírus A da videira (Grapevine virus A, GVA) e o vírus B da videira (Grapevirus virus B, GVB) estão associados à acanaladura do lenho de Kober ("Kober stem grooving") e ao fendilhamento cortical da videira ("grapevine corky bark"), respectivamente. Este trabalho descreve o uso de sondas moleculares de cDNA na detecção de isolados do GVA (GVA-SP) e do GVB (GVB-C-SP e GVB-I-SP) em videiras (Vitis spp.) e fumo (Nicotiana occidentalis). As sondas marcadas com digoxigen (mais) ina foram produzidas por RT-PCR utilizando oligonucleotídeos específicos para os genes da proteína capsidial. Os RNA totais foram extraídos de 45 plantas de diversas variedades de videira e de 13 plantas de fumo inoculadas mecanicamente com o GVB. Os RNA extraídos das plantas infetadas, indexadas biologicamente, hibridizaram com as sondas, não se verificando reação com plantas sadias. Para confirmar os resultados de hibridização, foram também feitos testes de RT-PCR. A utilização de hibridização "dot-blot" com sondas de cDNA mostrou-se eficaz na detecção dos vírus com especificidade e sensibilidade, ressaltando-se que, preferencialmente, folhas maduras e ramos dormentes devem ser utilizados nos testes diagnósticos para o GVB e GVA, respectivamente. Resumo em inglês Grapevine virus A (GVA) and Grapevine virus B (GVB) are involved in the Kober stem grooving and grapevine corky bark diseases, respectively. This work reports the molecular detection of isolates of GVA (GVA-SP) and GVB (GVB-C-SP and GVB-I-SP) in grapevines (Vitis spp.) and tobacco (Nicotiana occidentalis) by non-radioactive molecular probes. The digoxigenin-labeled probes were generated by RT-PCR using specific primers to the coat protein genes. Total RNA was extracted fr (mais) om 45 plants of several grapevine varieties and from 13 plants of tobacco mechanically inoculated with GVB. The RNA extracted from infected plants, considered infected by biological indexing, reacted to the cDNA probes while there was no hybridization with healthy plants. These results were also confirmed by RT-PCR experiments. The use of the cDNA probes hybridization was proved to be efficient in detecting both GVA and GVB with high specificity and sensitivity. However, mature leaves and dormant cuttings should be preferably used in diagnostic tests of GVB and GVA, respectively.

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