Sample records for ARN DE TRANSFERENCIA (transfer rna)
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Descripción del ARN de transferencia mitocondrial para Serina (UCN) de Lutzomyia columbiana (Diptera, Psychodidae)/ Description of the mitochondrial serine transfer RNA (UCN) of Lutzomyia columbiana (Diptera, Psychodidae)

Pérez-Doria, Alveiro; Bejarano, Eduar Elías; Vélez, Iván Darío
2008-01-01

Resumen en español Lutzomyia columbiana es un flebotomíneo considerado como vector sospechoso de Leishmania mexicana y Leishmania braziliensis en Colombia. Este insecto pertenece al grupo verrucarum, que incluye algunos taxones isomórficos, lo que ha estimulado la búsqueda de marcadores moleculares que permitan, además de diferenciar las especies, estudiar sus relaciones de parentesco. En este artículo se describe por primera vez la estructura putativa del ARN de transferencia mitocond (mas) rial para serina que reconoce el codón UCN (ARNtSer) de Lu. columbiana. El ADN genómico fue extraído, amplificado y secuenciado a partir de seis especímenes colectados con cebo humano. La estructura secundaria del ARNtSer fue inferida con el programa tRNAscan-SE 1.21. El gen ARNts consistió de 67 pares de bases (pb), encontrándose un solo haplotipo en los seis individuos secuenciados. El ARNtSer de Lu. columbiana mostró 7 apareamientos intracatenarios en el brazo aceptor del aminoácido, 3 en el brazo dihidrouridina (DHU), 5 en el brazo del anticodón y 5 en el brazo ribotimidina-pseudouridina-citosina (TøC). El tamaño de las lupas correspondió a 5 nucleótidos en la DHU, 7 en la anticodón, 4 en la variable y 7 en la TøC. Lu. columbiana se distingue del resto de especies de Lutzomyia y Phlebotomus secuenciadas a la fecha por la presencia de una guanina en la posición nucleotídica 64, que produce un apareamiento no canónico tipo uracilo-guanina en el brazo aceptor. Se necesitan más estudios para confirmar la utilidad del ARNtSer como marcador molecular para la discriminación de especies de flebotomíneos. Resumen en inglés The sand fly Lutzomyia columbiana is considered a suspected vector of Leishmania mexicana and Leishmania braziliensis in Colombia. Lu. columbiana belongs to the Lutzomyia verrucarum species group, which included some sibling species. This has motivated the search for molecular markers to distinguish these taxa. In this paper, we described for the first time the putative secondary structure of the mitochondrial serine transfer RNA that recognizes the codon UCN of Lu. colum (mas) biana (tRNA Ser). DNA was extracted, amplified and sequenced from six individuals collected in human biting activity. The secondary structure of the tRNA Ser was inferred using the program tRNAscan-SE 1.21. The tRNA Ser gene length was 67 pair of bases (pb), and a single haplotype was detected among the six specimens sequenced. In the inferred secondary structure of the tRNA Ser of Lu. columbiana, the acceptor arm consisted of 7 bp, the dihydrouridine (DHU) arm of 3 pb, the anticodon arm of 5 pb, and the ribothymidine-pseudouridine-cytosine (TøC) arm of 5 pb. Similarity, the estimated size of the loops was 5 nucleotides in the DHU, 7 in the anticodon, 4 in the variable, and 7 in the TøC. Lu. columbiana differs from other Lutzomyia and Phlebotomus species sequenced to date by the presence of guanine in the nucleotide position 64, which induce a non-canonical base pair conformation type uracil-guanine in the acceptor arm. More studies are necessary to confirm the usefulness of the tRNA Ser as a suitable molecular tool for sand fly species identification.

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Análisis de la estructura primaria y secundaria del ARN de transferencia mitocondrial para serina en siete especies de Lutzomyia/ Analysis of the primary and secondary structure of the mitochondrial serine transfer RNA in seven species of Lutzomyia

Vivero, Rafael José; Contreras-Gutiérrez, Maria Angélica; Bejarano, Eduar Elías
2007-09-01

Resumen en español Introducción. Los insectos del género Lutzomyia son los responsables de la transmisión del parásito Leishmania spp. en América. La taxonomía de estos vectores se fundamenta en los caracteres morfológicos que exhiben los adultos, principalmente, en las estructuras pareadas de la cabeza y los genitales. Aunque estos caracteres permiten distinguir la mayoría de los taxones, la similitud en algunos subgéneros y grupos de especies pone límites a la identificación po (mas) r criterios morfológicos. Objetivo. Evaluar la utilidad del ARN de transferencia mitocondrial para serina ARNt Ser en la determinación taxonómica de Lutzomyia. Materiales y métodos. Se analizaron siete especies flebotomíneas, L. trinidadensis, L. panamensis, L. cayennensis cayennensis, L. dubitans, L. gomezi, L. rangeliana y L. evansi. A partir de cada individuo, se extrajo, amplificó y obtuvo la secuencia del gen mitocondrial que codifica para el ARNtSer, delimitado por los genes citocromo b y NAD deshidrogenasa uno. La estructura secundaria del ARNt Ser se infirió teniendo como base las estructuras homólogas descritas en otros insectos del orden Diptera. Resultados. La longitud del gen ARNt Ser osciló entre 66 pb en L. gomezi y 69 pb en L. trinidadensis. En el alineamiento nucleotídico de 70 posiciones, se detectaron 14 sitios polimórficos, incluyendo cuatro eventos indel. La mayoría de las sustituciones correspondieron a las lupas dihidrouridina, ribotimidina-pseudouridina-citosina y variable, así como al extremo basal del brazo anticodón. Conclusión. Los cambios en la secuencia primaria de nucleótidos y los rearreglos en la estructura secundaria del ARNt Ser son potencialmente útiles para la discriminación taxonómica de las especies flebotomíneas estudiadas. Resumen en inglés Introduction. Lutzomyia sand flies are involved in the transmission of the parasite Leishmania spp. in America. The taxonomy of these vectors is traditionally based on morphological features of the adult stage, particularly the paired structures of the head and genitalia. Although these characters are useful to distinguish most species of Lutzomyia, morphological identification may be complicated by the similarities within subgenera and species group. Objective. To evalua (mas) te the utility of mitochondrial serine transfer RNA tRNA Ser for taxonomic identification of Lutzomyia. Materials and methods. Seven sand fly species, each representing one of the 27 taxonomic subdivisions in genus Lutzomyia, were analyzed including L. trinidadensis (Oswaldoi group), L. (Psychodopygus) panamensis, L.(Micropygomyia) cayennensis cayennensis, L. dubitans (Migonei group), L. (Lutzomyia) gomezi, L. rangeliana (ungrouped) and L. evansi (Verrucarum group). The mitochondrial tRNA Ser gene, flanked by the cytochrome b and NAD dehydrogenase subunit one genes, was extracted, amplified and sequenced from each specimen. Secondary structure of the tRNA Ser was predicted by comparisons with previously described homologous structures from other dipteran species. Results. The tRNA Ser gene ranged in size from 66 base pairs in L. gomezi to 69 base pairs in L. trinidadensis. Fourteen polymorphic sites, including four insertion-deletion events, were observed in the aligned 70 nucleotide positions. The majority of the substitutions were located in the dihydrouridine, ribothymidine-pseudouridine-cytosine and variable loops, as well as in the basal extreme of the anticodon arm. Conclusion. Changes of primary sequence of the tRNASer provided useful molecular characters for taxonomic identification of the sand fly species under consideration.

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Resistance of virus to extinction on bottleneck passages: Study of a decaying and fluctuating pattern of fitness loss

Lázaro, Ester; Escarmis Homs, Cristina; Pérez Mercader, Juan; Manrubia, Susanna C.; Domingo, Esteban
2003-09-01

Digital.CSIC (Spain)

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PRONOSTICANDO EL ÍNDICE ENSO VARIOS PASOS EN ADELANTE MEDIANTE TÉCNICAS DE MODELAMIENTO NO LINEAL/ FORECASTING ENSO SEVERAL STEPS AHEAD THROUGH NONLINEAR MODELING TECHNIQUES

Salini Calderón, Giovanni
2010-12-01

Resumen en español Se indica cómo manejar una gran base de datos consistente de series temporales no lineales, aplicando distintas técnicas de modelamiento no lineal a estas series. Aunque no existen guías explícitas de manipulación de series temporales no lineales en la profusa bibliografía actual, existen diferentes enfoques que pueden ser tomados en cuenta. Para ello se estudió una base de datos mensual correspondiente a datos del Fenómeno del Niño (ENSO), entre los años 1866 y (mas) 2006. Se explica cómo debe manipularse esta base de datos que poseen características de no linealidad, la cual será usada para hacer pronósticos varios pasos en adelante. Se aplicaron dos test estándar: Información Mutua Promedio (AMI) y Falsos Vecinos más Cercanos (FNN). Se obtuvo el espaciamiento óptimo de los datos, así como el número de datos hacia atrás necesarios para pronosticar valores hacia el futuro. Luego, se diseñaron varios modelos de redes neuronales artificiales (RNA), con diferentes reglas de aprendizajes, funciones de transferencia, elementos de procesamiento (o neuronas) en la capa escondida, etc., que permitieron hacer pronóstico de hasta 20 pasos en adelante. Las mejores redes correspondieron a aquellas que poseían como regla de aprendizaje la Regla Delta y la Regla Extendida, con función de transferencia sigmoide y tangente hiperbólica. El tipo de RNA usada fue una de multicapas alimentada hacia adelante y entrenada mediante la técnica de propagación hacia atrás. Se probaron redes con una, dos capas ocultas y sin ninguna capa. El mejor modelo que se obtuvo resultó ser uno consistente de una capa oculta Resumen en inglés We indicate how to handle a large database consisting of nonlinear time series, applying different nonlinear modelling techniques to this kind of times series. Nowadays in the current references there is no explicit guide of how to manipulate data from nonlinear time series; however, there are approaches that can be taken account. To this end we studied a monthly database corresponding to South Oscillation Index (SOI) and between the years 1886 to 2006. It explains how th (mas) ere must manipulated this database whose data possess nonlinear characteristic, which will be used to do forecasts several steps ahead. Two standard tests to this database were applied, the Average Mutual Information (AMI) and the False Nearest Neighbours (FNN). The optimal spacing of the information was obtained as well as the number of values backward necessary to predict values towards the future. Then, several models were designed of artificial neural nets (ANN), with different learning rules, function of transfer, elements of process (or neurons) in the hidden layer, etc., that allowed to do forecasting of up to 20 steps ahead. The best networks were those that possessed the rules of learning called extDBD and Delta-Rule, and sigmoid as well as hyperbolic tangent as function of transfer. The type of used network was one of feedforward multilayer perceptron and trained by means of backpropagation technique. Networks were proved by one, two hidden layers and without any hidden layer. The best model that was obtained it turned out to be one that consisted with an alone hidden layer

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Few mutations in the 5' leader region mediate fitness recovery of debilitated human immunodeficiency type 1 viruses

Yuste, Eloísa; Bordería, Antonio V.; Domingo, Esteban; López-Galíndez, Cecilio
2005-01-01

Digital.CSIC (Spain)

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El factor de transferencia como inductor de la expresión de RNAm de IFN-γ e IL-2 en pollos vacunados contra influenza aviar/ Transfer factor acting as IFN-γ and IL-2 mRNA expression inductor in chicken vaccinated against avian influenza

Bravo-Blas, A; Téllez, R; Uribe, S; Salmerón, F; Valdés, L; Estrada-Parra, S; Cobos-Marín, L
2010-01-01

Resumen en español La influenza aviar es una enfermedad de gran importancia económica para la industria avícola. En México sólo se ha reportado la cepa H5N2 de baja patogenicidad y ésta se controla mediante la vacunación con virus inactivado. Esta vacuna en emulsión reduce la presencia de signos, pero no la eliminación viral. Desde hace más de 50 años se ha informado acerca de la eficacia del Factor de Transferencia (FT) como inmunomodulador en casos clínicos humanos y en menor c (mas) antidad en modelos animales. El objetivo de este trabajo fue el de establecer la dosis que produce un mayor porcentaje de expresión del RNAm de dos citocinas: IL-2 y de IFN-γ. Se diseñó un experimento para evidenciar la expresión del RNAm de estas dos citocinas en pollos previamente inoculados con FT específico para influenza aviar. En la primera fase se aplicaron 0,1, 1, y 10 unidades de FT a diferentes grupos de pollos, posteriormente se realizó la PCR a partir de tejido esplénico. En la segunda fase se aplicó el FT junto con la vacuna a tres nuevos grupos de pollos. Del experimento 1 solamente IL-2 tuvo un porcentaje mayor de positivos (58,33%) con 1 unidad (P Resumen en inglés Avian influenza is a disease of paramount economical importance for the poultry industry. In Mexico, only low pathogenicity H5N2 strain has been reported and it is controlled through inactivated-virus inoculation. This emulsified vaccine reduces clinical signs indeed, but not viral shedding. Over the last 50 years Transfer Factor (TF) has shown to be an efficient immunomodulator and has been used successfully in human clinical cases, and less commonly in animal models. Th (mas) e aim of this work was to establish an avian influenza-specific TF dose able to produce the highest percentage of mRNA expression of the following cytokines: IL-2 and IFN-γ. An experiment to show the mRNA expression of these cytokines in chicken previously inoculated with avian influenza-specific TF was set up. In the first experiment 0.1, 1 and 10 TF units were inoculated into 3 different groups of chickens; PCR for cytokines from splenic tissue was performed. For the second experiment, a second TF inoculation in combination with the vaccine was carried out using 3 new groups of chicken. Experiment 1: Only IL-2 expression was achieved in 58.33% of chickens using 1 TF unit (P

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A comparison of time series forecasting between artificial neural networks and box and jenkins methods/ Predicción con redes neuronales artificiales: comparación con las metodologías de box y jenkins

Collantes Duarte, Joanna; Colmenares La Cruz, Gerardo; Orlandoni Merli, Giampaolo; Rivas Echeverría, Franklin
2004-12-01

Resumen en español El objetivo principal de esta investigación es comparar las metodologías de Box y Jenkins: Modelo ARIMA y Modelo de Función de Transferencia (MFT), utilizadas frecuentemente en estadística para predicción con series de tiempo, con la técnica de la Inteligencia Artificial denominada Redes Neuronales Artificiales (RNA). Se proponen metodologías para predicción con una red neuronal artificial utilizando el algoritmo de retropropagación y las neuronas neo-difusas. El (mas) comportamiento de los métodos se analiza mediante casos de estudio y haciendo uso de criterios comparativos para las fases de ajuste y predicción. Resumen en inglés This paper deals with a comparison between Box and Jenkins methodologies and Artificial Neural Networks on time series forecasting. ARIMA and Transfer Function Models are compared with Neural Network Models. Performance of the building models are analysed using comparative criteria during the prediction and fitness stage.

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