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ESTRUCTURA MOLECULAR Y ANTIGÉNICA DE LA VACUNA CONTRA EL VIRUS DEL PAPILOMA HUMANO 16 (VPH 16)/ Antigenic and Molecular Structure of Human Papillomavirus (HPV) 16 Vaccine

VANEGAS, VÍCTOR ANDRÉS; RUBIO, ARLETH IVONNE; BEDOYA, ASTRID MILENA; SÁNCHEZ, GLORIA INÉS
2008-12-01

Resumen en español La proteína L1 del Virus del Papiloma Humano (VPH) constituye el 80% de la cápside viral. Las vacunas profilácticas contra el VPH son sintetizadas a partir de la proteína L1 ensamblada en Partículas similares al Virus (del inglés VLP), las cuales son altamente inmunogénicas generando anticuerpos específicos de tipo y en algunos casos pueden presentar reacción cruzada entre tipos de VPH filogenéticamente próximos. La estructura de la proteína L1 del VPH es impo (mas) rtante porque confiere estabilidad a la cápside mediante el establecimiento de interacciones intra e intercapsoméricas lo que asegura la integridad viral y antigénicamente porque contiene los epítopes que inducen la respuesta inmune protectora. En estudios en los que se evaluó la antigenicidad de la proteína L1 se determinó que los epítopes inmunodominantes de la cápside viral se encuentran en los bucles B-C, D-E, F-G, H-I y en el extremo C-terminal. Estos bucles son poco conservados entre los diferentes genotipos y se encuentran en segmentos de la proteína expuestos en la superficie de la cápside. Los aminoácidos situados en los bucles B-C, F-G y H-I son primordiales para el reconocimiento por los anticuerpos neutralizantes. Los diferentes subtipos y variantes presentan cambios en estos aminoácidos o en residuos que conforman otros epítopes. En esta revisión se presentará un estado del arte de la proteína L1 del VPH genotipo 16, la estructura y su importancia en el desarrollo de vacunas contra la infección producida por este virus. Resumen en inglés Human Papillomavirus L1 protein makes up 80% of the viral capsid and self assembles in Virus-like Particles (VLP); these particles are immunogenic, generate type-specific antibodies and can induce very limited cross-reactivity among highly homologous HPV types. In addition to its structural function, it confers the stability to the capsid by establishing disulfide bonds and other intra and intercapsomeric interactions, and also contains the epitopes that induce the protec (mas) tive immune response of prophylactic vaccines. Immunological studies of this protein have concluded that the main epitopes of the HPV viral capsid are found in the loops B-C, D-E, F-G, H-I and the C-terminal arm. These loops are exposed on the surface of the viral capsid and have a low degree of conservation among the different genotypes. Specifically, amino acid 50 located on loop B-C and aminoacids 266, 271 and 288 located on loop F-G are important for the recognition on neutralizing antibodies. The different genotypes and variants exhibit mutations on these residues.

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RELACIÓN ESTRUCTURA MOLECULAR - VISCOSIDAD DE SUSPENSIONES DE BENTONITAS ORGANOFÍLICAS/ MOLECULAR STRUCTURE-VISCOSITY RELATIONSHIP OF ORGANOPHILIC BENTONITE SUSPENSIONS

Pinzón Bello, Jorge Alejo
2006-06-01

Resumen en español Una bentonita del Valle del Cauca en Colombia, se trató con los cationes: tetrametilamonio, tetraetilamonio, benciltrietilamonio, tetrabutilamonio, tetradeciltrimetilamonio, benciltributilamonio, hexadeciltrimetilamonio, didecildimetilamonio, alquilbencildimetilamonio, bencildimetiltetradecilamonio, metiltrioctilamonio y bencildimetilhexadecilamonio, para obtener compuestos organofílicos. La viscosidad de suspensiones de los compuestos preparados en mezclas etanol-glice (mas) rina, se relacionó con descriptores moleculares de la estructura de los cationes de amonio cuaternario. Para establecer las ecuaciones de regresión, los datos se dividieron en dos grupos: uno correspondiente a los cationes con cadenas alifáticas únicamente y el otro en el cual las cadenas de los cationes contienen el grupo bencilo. Para ambos grupos se encontró una ecuación lineal de varias variables con coeficiente de correlación 0,9956 y 0,9997, respectivamente. Resumen en inglés A sample of bentonite, was treated with the cations tetramethylammonium, tetraethylammonium, benzyltriethylammonium, tetrabutylammonium, tetradecyltrimethylammonium, benzyltributhylammonium, hexadecyltrimethylammonium, didecyldimethylammonium, alkylbencyldimethylammonium, benzyldimethyltetradecylammonium, methyltrioctylammonium and benzyldimethylhexadecylammonium, to obtain organophilic compounds. The viscosity of suspensions of the compounds, in ethanol-glycerine mixture (mas) s was related with molecular descriptors of the structure of the quaternary ammonium cations. In order to establish the regression equations, the data were divided in two groups: one of them corresponding to cations with aliphatic chains only, and the other one, in which the cation chains contain the benzyl group. For both groups, a linear equation with several variables was found, with correlation coefficient 0.9956 and 0.9997, respectively.

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Estructura cristalina y molecular de la dihidrazida malonica anhidra

Miravitlles, C.; Briansó, J. L.; Plana Llevat, Feliciano; Font-Altaba, M.
1975-01-01

Digital.CSIC (Spain)

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Estructura cristalina y molecular de la 2 etoxi isonitroso-acetanilida

Miravitlles, C.; Lacasta Núñez-Polo, F.; Briansó, J. L.; Plana Llevat, Feliciano; Font-Altaba, M.
1973-01-01

Digital.CSIC (Spain)

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Estudio preliminar de la estructura genetica de Triatoma venosa (Hemiptera: Reduviidae) mediantemarcadores moleculares RAPD/ Preliminary study of the genetic structure of Triatoma venosa (Hemiptera: Reduviidae) using RAPD molecular markers

ESPITIA, CLAUDIA; JARAMILLO, CARLOS; AGUILERA, GERMAN; PINTO, NESTOR; GUHL, FELIPE
2004-12-01

Resumen en español Triatoma venosa es uno de los principales vectores secundarios de la enfermedad de Chagas en Colombia. Para estudiar su estructura genetica se colectaron 30 individuos adultos de T. venosa en los municipios de Somondoco (veredas de Cabrera y Barreras), Guateque (veredas de Llano Grande, Tincachoque, y Cantoras) y Sutatenza (veredas de Sisquique, Ovejeras, el Gaque y Piedra Larga), departamento de Boyaca, provenientes de dos habitats diferentes (peridomestico y domestico). (mas) El ADN genomico de cada individuo se amplified por RAPD utilizando 4 iniciadores, los productos se visualizaron mediante electroforesis en geles de poliacrilamida al 6% tenidos con plata. Al realizar un analisis mediante el programa SYNTAX 2000 y RAPDPLOT se obtuvo un dendrograma donde no se define un cluster para cada poblacion de insectos evaluada. Al analizar la matriz de datos con RAPDFST se obtuvo un Fst de Wright de 0,047 y de Weir & Cockerham de 0,056. La tasa efectiva de migracion en este analisis fue de 5,0 con la metodologia de Wright, y de 4,2 con la de Weir & Cockerham. Estos resultados preliminares indican una gran movilidad de los insectos entre los dos habitats y un elevado flujo genetico que no permite el establecimiento de diferenciacion genetica entre las poblaciones domesticas y peridomesticas analizadas. Resumen en inglés Triatoma venosa is one of the main secondary vectors of Chagas Disease in Colombia. To study its genetic structure, 30 adult individuals of T. venosa were collected in the municipalities of Somondoco (villages of Cabrera and Barreras), Guateque (villages of Llano Grande, Tincachoque, and Cantoras) and Sutatenza (villages of Sisquique, Ovejeras, el Gaque and Piedra Larga) department of Boyaca, from two different habitats (peridomestic and domestic). Genomic DNA of each ind (mas) ividual was amplified by RAPD using 4 primers; the products were visualized after polyacrilamide gel electrophoresis followed by 6% silver staining. The dendrogram obtained after analysis with SYNTAX 2000 and RAPDPLOT software did not define a cluster for each insect population evaluated. When the binary matrix was analyzed with RAPDFST software, the Wright's Fst was 0,047 and Weir & Cockerham's Fst was 0,056. The effective migration rate in this analysis was 5,0 under Wright's methodology and 4,2 under Weir & Cockerham's methodology. These preliminary results indicate a high mobility of the insects between the two habitats and a high genetic flow, which do not allow the establishment of genetic differentiation between the domestic and peridomestic populations analyzed.

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Biología molecular de los transportadores de glucosa: clasificación, estructura y distribución

Bermúdez, Valmore; Bermúdez, Fernando; Arraiz, Nailet; Leal, Elliuz; Linares, Sergia; Mengual, Edgardo; Valdelamar, Lisney; Rodríguez, Moisés; Seyfi, Hamid; Amell, Anilsa; Carrillo, Marisol; Silva, Carlos; Acosta, Alejandro; Añez, Johnny; Andara, Carla; Angulo, Verónica; Martins, Gabriela
2007-01-01

Resumen en español Hexosas como la glucosa, galactosa y fructosa cumplen funciones importantes en las células eucarióticas. Estas moléculas son incapaces de difundir directamente a través de las membranas celulares por lo que requieren proteínas transportadoras especializadas para entrar al interior celular. Dichas biomoléculas pertenecen a un grupo de transportadores constituida por 2 familias de proteínas: la familia de los Glut´s (del inglés Glucose Transporters) y la familia de (mas) los co-transportadores de sodio y glucosa. Según la información obtenida de la secuencia de aminoácidos por medio de librerías de cADN todos poseen una estructura básica similar: 12 (Gluts) o 14 (SGLT) dominios trasmembrana. Igualmente todos parecen estar glicosilados en alguna de sus asas extracelulares. En los últimos siete años ha habido un explosivo incremento en la información sobre estos transportadores, de hecho, hasta hace diez años solo se conocían 6 transportadores pero esta familia ha crecido rápidamente hasta llegar a 14 miembros para los Gluts y 6 miembros para los SGLT´s. El impacto de estos descubrimientos se hace notar cuando se analizan los procesos en los que se involucran estas proteínas: Control de la glicemia basal y post-prandial; mecanismos de absorción de la glucosa y fructosa en el intestino delgado; absorción de fructosa en los espermatozoides; reabsorción de glucosa a nivel tubular renal y yeyuno; maduración de la expresión de Glut´s en la mama en lactación; incorporación de glucosa al músculo durante el ejercicio; mecanismo sensor en la secreción de insulina y respuestas adaptativa del metabolismo energético durante estados de estrés, etc. Resumen en inglés Hexoses like glucose, galactose and fructose serve as basic fuel molecules for eucaryotic cells. These molecules are unable to diffuse across cellular membranes, and require transporter proteins for entry into and exit from cells. Three distinct groups of hexose transporters have been identified and classified based on their dependence on cellular energy and its chemistry structure. Each of the transporters has different affinities for glucose and the other hexoses, which (mas) largely dictates their function. The hexose transporters are large integral membrane proteins. Based on the deduced amino acid sequences of their cloned cDNAs, they have similar structures, consisting of 12 or 14 membrane-spanning regions with cytoplasmic C-terminal and N-terminal tails. Also, they all appear to be glycosylated on one of the extracellular loops. Transport of sugars across membranes appears to result from a series of conformational changes which "flips" the transporter between alternate states with the substrate binding site either facing the extracellular or cytoplasmic side of the membrane. Transport in either direction is thus possible, depending on relative substrate concentrations on either side of the membrane. The original protein, GLUT1, was identified in molecular term’s 12 years ago. In the subsequent 15 years, a family of related transporters was identified (GLUTs 1-14). The impact of these discoveries is better realized when we list a sample of the processes that utilize different members of the GLUT family: control of glycemia; insulin dependent glucose utilization; transport pathways in brain neurons and glia; mechanisms of glucose and fructose uptake in the intestinal track; reabsorption of glucose in kidney tubules and jejunum; maturation of transporters during lactation and weaning; sensing of glucose levels by the pancreas and the liver; control of glucose uptake in high fat feeding; glucose uptake in response to exercise, adaptive response of energy metabolism to cellular stress.

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MODELADO MOLECULAR Y RELACIONES ESTRUCTURA- ACTIVIDAD ANTIBACTERIANA DE QUINOLINAS ANALOGAS AL ACIDO NALIDIXICO

CORDERO DE TROCONIS, M.I.; PEDRIQUE DE AULACIO, M; COLMAN DE S, TRINA
2000-03-01

Resumen en español En el presente trabajo se estudiaron utilizando técnicas de modelado molecular varias quinolinas análogas al ácido nalidíxico, compuestos de conocida actividad antibacteriana, las cuales fueron sintetizadas y ensayadas in vitro como antibacterianos, con el fin de encontrar patrones estructurales comunes que pudiesen ser relacionados con su actividad biológica. Se utilizó como compuesto de referencia el ácido nalidíxico cuya estructura fue tomada de la Base de Dato (mas) s de Cambridge y para localizar la posición del grupo éster se utilizó la conformación bioactiva reportada para la norfloxacina. Se realizó un análisis conformacional utilizando Mecánica Molecular y Dinámica Molecular y se utilizaron las conformaciones de mínima energía para la realización de cálculos de Mecánica Cuántica. Como primer reporte se evaluaron las propiedades calculadas y se relacionaron con la actividad in vitro contra Escherichia coli, y se realizó un análisis de regresión. De este estudio pudimos concluir que la diferencia entre los niveles de energía de los orbitales de frontera, el momento dipolar y factores estéricos pueden ser relacionados con la actividad antibacteriana in vitro de estos compuestos Resumen en inglés In this paper we studied using molecular modeling techniques several quinoline analogs of nalidixic acid, compound with known antibacterial activity, synthesized and in vitro tested, in order to look for common structural patterns that could be related to their biological activity. We used nalidixic acid as reference compound, its structure was taken from Cambridge Structural Database, and to locate the ester group we used the reported bioactive conformation of norfloxaci (mas) n. We made a conformational analysis using Molecular Mechanics and Molecular Dynamics, and then we used the lower enegy conformations to run Quantum Mechanical calculations. As a first report the evaluated properties were related with the in vitro activity against Escherichia coli for each compound, and a regression analysis was made, concluding that the energetic difference betwen the frontier orbitals, the dipolar moment and steric factors could be related to to the quinoline analogs in vitro antibacterial activity

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Estudio mediante dinámica molecular de la estructura tridimensional del κ-carragenano en diferentes solventes

Fernández Gauna, C.; Villegas, M.; Guidugli, S.; Esteban, C.; Paoletti, S.; Pantano, S.; Benegas, J.
2010-02-01

Resumen en español El κ-carragenano es un polisacárido iónico extraído de algas marinas rojas constituido por unidades repetitivas copolimericas de α-(1-3) D-galactosa 4-sulfato y β-(1-4) 3,6-anhydro-D-galactosa. El conocimiento de las bases moleculares que determinan la conformación tridimensional de este polisacárido, es fundamental tanto para comprender las interacciones que llevan a la formación de geles como para regular sus propiedades industriales. Como sucede c (mas) on tantos biopolímeros, si bien su estructura primaria es conocida, su estructura secundaria no está aún bien determinada, dependiendo la misma de las condiciones físico-químicas de la solución. En este trabajo proponemos estudiar el efecto de las moléculas de solvente sobre la conformación molecular. Para ello se ha realizado un estudio mediante dinámica molecular (MD) de un decámero de las unidades disacarídicas que forman el κ-carragenano, con el soluto sumergido en dos solventes moleculares explícitos de propiedades muy distintas: DMSO y agua. Las simulaciones fueron realizadas utilizando el paquete computacional GROMACS MD, utilizando en ambos cálculos átomos de Na+ como contraiones. Se han calculado las trayectorias de los ángulos diedros glicosídicos, los enlaces hidrógenos y las distancias interatómicas más relevantes a la conformación polimérica, mostrándose un buen acuerdo con los resultados experimentales disponibles, así como una coherencia global con cálculos previos de mecánica y dinámica molecular en agua o vacío. Resumen en inglés The κ-carrageenan is an ionic polysaccharide extracted from marine red algae constituted by the copolymeric repetitive units of α-(1-3) D-galactose 4 - sulfate and β-(1-4) 3,6-anhydro-D-galactose. The knowledge of the molecular bases that determine the three-dimensional conformation of this polysaccharide is fundamental to understand the interactions leading to gel formation, as well as the regulation of its industrial properties. As with other biopolymers (mas) , even though its primary structure is well-known, the secondary structure is still a matter of debate. This work present and discuss the results of Molecular Dynamics (MD) simulations of a decamer of the repeating disaccharide unit constituting the κ-carrageenan. The simulations were run using the GROMACS MD package, with the solute immersed in molecular solvent, either DMSO or water, and using Na+ atoms as counterions. The dynamics of the central glycosidic angles are presented, as well as the pattern of possible intramolecular and solvent mediated H-bonds and some characteristics interatomic distances. These results are in good agreement with the available experimental data, as well as those of previous molecular mechanics and dynamics.

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Presentación del Departamento de Física Molecular del IEM

Santos Gómez, Julio F.

Presentado en el IV Curso de Iniciación a la Investigación en Estructura de la Materia: Desde las partículas subatómicas hasta los compuestos moleculares (Instituto de Estructura de la Materia, CSIC, 28-30 de Marzo de 2007).

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La modelización molecular como herramienta para el diseño de nuevos polímeros conductores/ Molecular modeling tools to design new conducting polymers

Casanovas, Jordi; Armelin, Elaine; Iribarren, José Ignacio; Alemán, Carlos; Liesa, Francisco
2005-11-01

Resumen en español Se presenta la capacidad de las técnicas de modelización molecular basadas en métodos de la química cuántica para predecir la estructura molecular y electrónica de polímeros conductores. Concretamente, se discute la aplicabilidad de estas herramientas computacionales al estudio de diferentes aspectos del politiofeno y sus derivados: geometría molecular y planaridad, cambios estructurales producidos por el dopado, propiedades electrónicas y desarrollo de nuevos materiales conductores. Resumen en inglés The ability of molecular modeling techniques based on quantum chemical methods to predict the molecular and electronic structure of organic conducting polymers is examined. More specifically, we report on the applicability of these computational tools to study different aspects of polythiophene and its derivatives: molecular geometry and planarity, the structural changes induced by the doping process, the electronic properties and the design of new conducting materials.

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IMPLEMENTACIÓN DEL MÉTODO DEL GRADIENTE ANALÍTICO DE LA ENERGÍA EN LA TEORÍA DEL ORBITAL MOLECULAR NUCLEAR Y ELECTRÓNICO/ IMPLEMENTATION OF THE ANALYTICAL ENERGY GRADIENT METHOD IN THE NUCLEAR AND ELECTRONIC MOLECULAR ORBITAL THEORY/ EXECUÇÃO DO MÉTODO DE INCLINAÇÃO ANALÍTICO DA ENERGIA NA TEORIA DO ORBITAL MOLECULAR NUCLAER E ELETRÔNICO

González, Sergio A; Reyes, Andrés
2009-04-01

Resumen en portugués Com a finalidade de otimizar as geometrias médias de sistemas moleculares utilizando a teoria do orbital molecular nuclear e eletrônico (OMNE), se deduziu a expressão para o cálculo do gradiente Analítico da energia a nível de Hartree-Fock, para qualquer tipo de espécie quântica. A implementação computacional se realizou dentro do pacote APMO (Any-Particle Molecular Orbital), e com a finalidade de comprovar a correta implementação do método foram calculadas a (mas) s moléculas modelo H2,HFeH2O, por meio de métodos numéricos e analíticos. O uso de derivadas analíticas dentro do formalismo OMNE vai permitir um cálculo mais eficiente da estrutura núcleo-eletrônica de sistemas moleculares com o pacote AMPO. Resumen en español Con el fin optimizar las geometrías promedio de sistemas moleculares utilizando la teoría del orbital molecular nuclear y electrónico (OMNE), se dedujo la expresión para el cálculo del gradiente analítico de la energía a nivel de teoría Har-tree-Fock, para cualquier tipo de especie cuántica. La implementación computacional se realizó dentro del paquete APMO (Any-Particle Molecular Orbital), y con el fin de comprobar la correcta implementación del método se ca (mas) lcularon las moléculas modelo H2,HF y H2O, por medio de métodos numéricos y analíticos. El uso de derivadas analíticas dentro del formalismo OMNE permitirá el cálculo más eficiente de la estructura núcleo-electrónica de sistemas moleculares con el paquete APMO. Resumen en inglés In order to optimize the average geometries of molecular systems using the nuclear and electronic molecular orbital theory (NEMO), we have deducted the expression for calculating the analytical gradient of the energy in the Hartree-Fock theory, for any kind quantum specie. The implementation was done within the computational package APMO (Any-Particle Molecular Orbital) and in order to verify the correct implementation of the method, we have calculated the model molecules (mas) H2, HF and H2O, with numerical and analytical methods. With the use of analytical derivatives within of the OMME formalism, we will have a more efficient calculation of the nuclear-electronic structure of molecular systems with the APMO package.

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Biología molecular en Infectología: Parte I: Desarrollo y metodologías/ MOLECULAR BIOLOGY IN INFECTIOUS DISEASES: PART I. DEVELOPMENT AND METHODOLOGIES

CORVALÁN R, ALEJANDRO
2002-01-01

Resumen en español El origen de la biología molecular se puede rastrear hasta fines del siglo XIX; sin embargo, el descubrimiento de la estructura del ADN se considera como el inicio de esta disciplina. Los avances producidos por la biología molecular en la década del ´60 nos permiten contar hoy con herramientas para el estudio de microorga-nismos a nivel molecular. En particular, el descubrimiento de la ADN polimerasa y las propiedades de hibridación del ADN son algunos de los descubr (mas) imientos que aplicados hoy día en la reacción de polimerasa en cadena, la amplificación isotérmica y la hibridación con ADN ramificado, se han transformado en herramientas útiles en el diagnóstico y cuantificación de agentes infecciosos. Finalmente la secuenciación de genomas bacterianos completos permitirá el desarrollo de nuevos métodos para el diagnóstico y tratamiento de enfermedades infecciosas Resumen en inglés Eventhough Molecular Biology was iniciated at the end of the XIX century, the discovery of the structure of DNA is considered the beginning of this field. Advances during 1960-1970 produced methods and technologies to study microorganisms at molecular level. In particular, the discovery of DNA polymerase and the specificity of DNA reanaturation are the bases for Polymerase Chain Reaction, Transcription Mediated Amplification, and Branched DNA methods useful for diagnosis (mas) and direct quantitation of infectious agents. Finally, the complete genome sequence should ultimately result in new methods for diagnosing and treating infectious diseases

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El mecanismo molecular de la regulación de la contracción muscular

Padrón, Raúl
2008-06-01

Resumen en español La estructura de los filamentos gruesos de músculo estriado en el estado relajado ha sido finalmente comprendida a nivel molecular. La estructura revela interacciones intra- e intermoleculares que mantienen las cabezas de miosina unidas formando hélices adosadas a la superficie del filamento grueso. La fosforilación de las cadenas ligeras reguladoras de la miosina induce el debilitamiento de estas interacciones permitiendo la activación de los filamentos gruesos, prod (mas) uciendo el desorden y la liberación de las cabezas de miosina, y permitiendo su interacción con los filamentos delgados. Estos resultados abren las puertas para la comprensión del mecanismo molecular de la regulación ligada a miosina de la contracción muscular, de relevancia ya que las mutaciones asociadas a la cardiomiopatía hipertrófica medioventricular están ubicadas cercanas al sitio de fosforilación en las cadenas ligeras reguladoras de miosina. Resumen en inglés The structure of the thick filaments of striated muscle has been finally understood at the molecular level. The structure reveals intra- and inter-molecular interactions that held the myosin heads forming helices on the thick filament surface. The phosphorylation of the myosin regulatory light chains induces the weakening of these interactions, allowing the activation of thick filaments, and enabling their interaction with the thin filaments. These results open the possib (mas) ility to the understanding of the molecular mechanism of the myosinlinked regulation of muscle contraction. This is of relevance as the mutations associated with mid ventricular cardiomyopathy are located near the phosphorylation site in the regulatory light chain.

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Relación entre caracterizaciones molecular y morfológica en una colección de yuca

Demey, Jhonny R.; Zambrano, Asia Y.; Fuenmayor, Francia; Segovia, Víctor
2003-12-01

Resumen en portugués Com o objetivo de estudar a relação entre as caracterizações molecular e morfológica do Banco de Germoplasma de Manihot esculenta Crantz do CENIAP-INIA, Maracay, Venezuela, se avaliaram 19 descritores morfológicos e foram comparados com a estrutura não hierárquica gerada pelos iniciantes aleatórios (RAPD) OPA-04 e 07, OPB-07, OPK-03, 05 e 15, OPM-04, 14, 18 e 20, para 65 entradas da coleção. As relações entre as caracterizações foram estudadas através da a (mas) nálise lineal discriminante, análise de correspondência simples e o índice de diversidade de Shannon. Os resultados mostram quatro grupos bem definidos para a caracterização molecular e morfológica, respectivamente, e lhe conferem à função linear discriminante um 60,12% de certeza na classificação das entradas utilizando os descritores morfológicos a partir do uso da função discriminante gerada pela caracterização molecular. A maior diversidade genética foi detectada através da caracterização molecular. O estudo das relações entre as caracterizações mostra que oferecem informação que pode ser considerada complementaria já que não se origina um padrão único de associação entre as entradas e indicam que a semelhança fenotipica necessariamente não é produto da semelhança genotípica, senão a que diferentes pool de gens possam gerar fenótipos similares. Resumen en español Con el objeto de estudiar la relación entre las caracterizaciones molecular y morfológica del Banco de Germoplasma de Manihot esculenta Crantz del CENIAP-INIA, Maracay, Venezuela, se evaluaron 19 descriptores morfológicos y fueron comparados con la estructura no-jerárquica generada por los iniciadores aleatorios (RAPD) OPA-04 y 07, OPB-07, OPK-03, 05 y 15, OPM-04, 14, 18 y 20, para 65 entradas de la colección. Las relaciones entre las caracterizaciones fueron estudia (mas) das a través del análisis lineal discriminante, análisis de correspondencia simple y el índice de diversidad de Shannon. Los resultados muestran cuatro grupos bien definidos para la caracterización molecular y morfológica, respectivamente, y le confieren a la función linear discriminante un 60,12% de certeza en la clasificación de las entradas utilizando los descriptores morfológicos a partir del uso de la función discriminante generada por la caracterización molecular. La mayor diversidad genética fue detectada a través de la caracterización molecular. El estudio de las relaciones entre las caracterizaciones muestra que ofrecen información que puede ser considerada complementaria ya que no se origina un patrón único de asociación entre las entradas e indican que la similitud fenotípica necesariamente no es producto de la similitud genotípica, sino a que diferentes pool de genes pueden generar fenotipos similares. Resumen en inglés In order to study the relationship between the molecular and morphological characterizations in a cassava (Manihot esculenta Crantz) germplasm collection at the CENIAP-INIA, Maracay, Venezuela, 19 morphological traits were evaluated and compared with the non-hierarchic structure generated by the RAPD primers: OPA-04 and 07, OPB-07, OPK-03, 05 and 15, OPM-04, 14, 18 and 20, for 65 entries of the collection. The relationships between the molecular markers and morphological (mas) trait patterns were studied using the error rate estimate for groups from the function linear discriminate, simple correspondence analysis and Shannon diversity index. The cassava collection was distributed among four main groups in the molecular and morphological characterization, respectively. The linear discriminate analysis of morphologic traits showed that 60.12% of the collection was classified into molecular groups. The molecular markers showed higher genetic diversity than the morphological traits. These results emphasize the importance of joint treatment of morphological traits and molecular markers because they generate information that can be considered complementary, since a unique pattern of association between accessions does not originate and shows that high phenotypic similarity need not be genetically similar as different gene pools can show similar phenotypes.

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ESTUDIO TEÓRICO DEL VIRUS DEL SÍNDROME RESPIRATORIO AGUDO SEVERO (SARS) A TRAVÉS DEL USO DE MÉTODOS DE ACOPLAMIENTO MOLECULAR/ THEORETICAL STUDIES OF THE VIRUS SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME (SARS) THROUGHT OF THE USE OF METHODS OF MOLECULAR DOCKING/ ESTUDO TEÓRICO DO VÍRUS DA SÍNDROME RESPIRATÓRIA AGUDA SEVERA (SARS) A TRAVES DO USO DE MÉTODOS DE ACOPLAMENTO MOLECULAR

Vivas-Reyes, Ricardo; Ruiz, José Luis; Caraballo, Roger
2009-12-01

Resumen en portugués Neste estudo avaliou-se através da metodologia do acoplamento molecular uma serie de 5 ligandos contendo boro, que são variantes da molécula FL-078, estas moléculas têm atividade inibitória à protease Mpro responsável da replicação do SARS-CoV. Usando o programa SYBYL7.0 se otimizou o homodímero da Mpro (código 1Q2W), e através do software FlexX se realizou o acoplamento molecular com a finalidade de escolher o confórmero mais estável dos ligandos aril bora (mas) dos frente à macromolécula Mpro. Encontrando-se que a estrutura FL-166 foi a de melhor conformação. Os 5 ligandos aril borados têm a propriedade de interagir com o grupo hidro-xila (OH) presente nos resíduos tais como serinas, treoninas e tirosinas. Os resultados de acoplamento molecular mostraram que a melhor aproximação sobre a cavidade ocorre sobre o conjunto de treoninas 21, 24, 25 y 26 e não como se afirma na literatura que se da sobre o conjunto de serinas 139, 144 y 147. Resumen en español En este estudio se ha evaluado por medio de la metodología de acoplamiento molecular una serie de 5 ligandos borados, que son variantes de la molécula FL-078. Estas moléculas tienen actividad inhibitoria frente a la proteasa Mpro responsable de la replicación del SARS-CoV. Haciendo uso del programa SYBYL7.0 se optimizó el homodímero de la Mpro (código 1Q2W), y a través del software FlexX se hizo el acople molecular con el fin de escoger el confórmero más estable (mas) de los ligandos aril borados frente a la macromolécula Mpro, encontrándose que la estructura FL-166 fue la de mejor conformación. Los 5 ligandos aril borados tienen la propiedad de interaccionar con el grupo hidroxilo (OH) presente en los residuos tales como serinas, treoninas y tirosinas. Los resultados acople molecular muestran que el mejor acercamiento sobre la cavidad se da sobre el conjunto de treoninas 21, 24, 25 y 26, y no como se afirma en la literatura: que se da sobre el conjunto de serinas 139, 144 y 147. Resumen en inglés In this study a set of 5 aryl boronic ligands which are variations of the FL-078 molecule were assessed. These molecules haveinhibitoryactivityagainstoftheMpro protease involved in the SARS-CoV replication. A homodimeroftheMpro(ID1Q2W) was optimized using the SYBYL7.0 package and through the FlexX software was calculated the molecular docking withthe aim of choose the most stable ligand front to Mpro macromolecule. Was found among the five boronic ligands that the best po (mas) se corresponded to the FL-166 structure. These molecules show interaction with the hydroxil group beared by aminoacid residues such as serines, threoni-nes and tyrosines. The docking calculation results presented here show that the best approaching over the cavity occur on the threonines set 21, 24, 25 and 26 instead of the set pointed out by other authors Serines 139, 144 and 147.

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Modelación molecular de antibióticos betalactámicos: una preocupación de todos/ Molecular modelling of betalactamic antibiotic

Cruz Cruz, Elso; Díaz Ramón, Grettel
2010-02-01

Resumen en español Fundamento: las propiedades antibacterianas de un compuesto son consecuencia de su estructura molecular. Establecer las características estructurales y electrónicas permite comprender los mecanismos de su acción y constituye premisa en el diseño racional de nuevos fármacos. Objetivo: realizar la modelación de las estructuras moleculares y propiedades electrónicas relevantes para el comportamiento químico de antibióticos betalactámicos e inhibidores de las betala (mas) ctamasas. Métodos: se realizó un estudio teórico empleando métodos de la mecánica cuántica para modelar la estructura y propiedades electrónicas de compuestos betalactámicos. Se optimizaron las geometrías de 7 moléculas con cálculos semiempíricos, según el modelo parametrizado 3. La estructura del anillo betalactámico fue comparada entre los diferentes compuestos. Las propiedades moleculares se calcularon según la teoría del funcional de la densidad. Se analizaron las densidades de cargas atómicas y los orbitales de frontera. Todos los cálculos se ejecutaron en computadoras personales. Resultados: existen variaciones de las propiedades calculadas que permiten definir dos grupos de compuestos: uno para las monobactamas y los inhibidores de las betalactamasas, con menor planaridad en el anillo y menos reactividad y otro grupo con las penicilinas, cefalosporinas y carbapenemas, más planas, estables estructuralmente y reactivas. Conclusiones: las propiedades moleculares modeladas de antibióticos betalactámicos e inhibidores de las betalactamasas muestran correspondencia con su acción farmacológica. Resumen en inglés Background: The antibacterial properties of a compound are the result of its molecular structure. To establish the structural and electronic characteristics makes possible to understand the mechanisms of its action and becomes paramount for the rational design new drugs. Objective: To model some of the molecular properties of betalactamic antibiotics and inhibitors of the betalactamases and to relate them with their pharmacological actions. Method: The molecular structure (mas) s were optimized with PM3? semiempiric calculus. The structure of the betalactamic ring in the different compounds was compared. The molecular properties were calculated according to the Density Functional Theory at a B3LYP/6-31G(d) level. The density of the atomic charges and the frontier orbitals were analyzed. Results There are variations in the calculated properties that make possible to define two groups of compounds: one for the monobactams and the inhibitors of the betalactamases, with less planarity in the ring and less reactivity and another one with the penicillins, cephalosporins and carbapenems, planer, more structurally stable and reactive. Conclusions: The modelled molecular properties of the betalactamic antibiotics and inhibitors of the betalactamases show agreement with its pharmacological action.

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Análogos de la insulina, una nueva esperanza/ Insulin analogs, a new hope

Vera González, Manuel; Orlandi González, Neraldo
2008-06-01

Resumen en español Después del descubrimiento de que la insulina mejora el pronóstico de vida de las personas con diabetes, sin embargo aún falta por alcanzar el control metabólico adecuado. Todos estamos de acuerdo en que, hasta el momento, para el tratamiento de las personas con diabetes se administra el medicamento inadecuado, en el momento inadecuado y a la dosis inadecuada. Tras la administración de insulina humana regular transcurre un período antes que comience su acción, lo q (mas) ue está condicionado por su estructura molecular en forma de hexámeros. Al modificar la estructura molecular mediante tecnología recombinante surgen los análogos de la insulina, los que tienen una mejor y más estable absorción. En esta revisión se describen los distintos análogos de la insulina, tanto de acción corta como prolongada. Se describe la farmacocinética de cada uno de ellos y se compara su acción con la de la insulina humana. Resumen en inglés It has been discovered that insulin improves the prognosis of life of the persons suffering from diabetes; however, an adequate metabolic control has not been attained yet. We all agree that up to now diabetic patients have received the inadequate drug at the wrong time and at an inappropriate dose. Once the regular human insulin is administered, it takes a time to act due to its molecular structure in hexamerous form. On modifying the molecular structure by recombinant t (mas) echnology, the insulin analogs appear with a better and stabler absorption. The different insulin analogs of short and prolonged action are described in this review, as well as the pharmacokinetics of each of them. Their action is compared with that of human insulin.

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Enfermedades Autoinflamatorias/ Autoinflammatory Diseases

Peñaranda-Parada, Édgar; Spinel-Bejarano, Néstor; Restrepo, José Félix; Rondón-Herrera, Federico; Millán, Alberto; Iglesias Gamarra, Antonio
2010-04-01

Resumen en español Presentamos un artículo de revisión sobre las enfermedades autoinflamatorias, narrando su origen histórico y describiendo la estructura proteica y molecular del Inflamosoma, la clasificación actual de los trastornos autoinflamatorios y una descripción de las características inmunogenéticas y clínicas más sobresalientes de cada enfermedad. Resumen en inglés We present a review article on the autoinflammatory diseases, narrating its historical origin and describing the protein and molecular structure of the Inflammasome, the current classification of the autoinflammatory diseases and a description of the immunogenetics and clinical characteristics more important of every disease.

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Trichomonas tenax: Protozoario Flagelado de la Cavidad Bucal. Consideraciones Generales

Pardi, Germán
2002-01-01

Resumen en español En el presente artículo se describen los principales aspectos relacionados con Trichomonas tenax, protozoario que se encuentra en la cavidad bucal humana de algunos individuos, en donde se destacan: Historia, taxonomía, características morfológicas, fisiológicas y de cultivo, estructura antigénica, biología molecular, así como algunas consideraciones en referencia a la ecología y a la patogenicidad por parte de este microorganismo tanto dentro como fuera de los límites de la cavidad bucal. Resumen en inglés In the present article, we make reference about some considerations related to: history, taxonomy, morphological, physiological and culture characteristics, antigenic structure, molecular biology, ecology and pathogenicity of Trichomonas tenax, the oral flagellate protozoan of human mouth cavity.

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Caracterización molecular de introducciones colombianas de zapallo Cucurbita moschata/ Molecular characterization of colombian introductions of squash Cucurbita moschata

Restrepo S, Javier A.; Vallejo C, Franco A
2008-01-01

Resumen en español Se realizó la caracterización molecular mediante el polimorfismo en la longitud de fragmentos amplificados (AFLP) de 121 introducciones de C. moschata, del Banco de Germoplasma del Programa de Investigación en Hortalizas de la Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira, provenientes de ocho departamentos de Colombia. Los datos AFLP se evaluaron utilizando análisis de correspondencia múltiple (ACM), distancia genética, análisis genético con el programa TFPGA y e (mas) l método de agrupamiento UPGMA. La diversidad genética de estas introducciones fue alta y estuvo de acuerdo con la diversidad morfoagronómica estudiada previamente. Los valores Fst indicaron que existe estructura genética entre la mayoría de las introducciones. La mayoría de la variación genética entre las introducciones se atribuyó a variación entre individuos dentro de cada departamento. Resumen en inglés The molecular characterization was carried out by means of the amplified fragment length polymorphism (AFLP) of 121 introductions of C. moschata, of the germoplasm bank of the Vegetables Research Program of the Universidad Nacional de Colombia campus Palmira, originating from eight departments of Colombia . The AFLP data were evaluated utilizing multiple correspondence analysis (MCA), genetic distance, genetic analysis with the TFPGA program and the UPGMA cluster analysis (mas) . The genetic diversity of these introductions was high and was according with the morphoagronomic diversity previously studied. The Fst values indicated that exist genetic structure between most of the introductions. The most of the genetic variation between the introductions corresponded to variations between them inside each department.

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Asociación molecular y función del agente tensioactivo pulmonar de ternera/ Molecular association and function of calf lung surfactant

Martínez Montaño, María del Lurdez Consuelo; Muñoz Sánchez, José Luis; Baeza Ramírez, Isabel
2007-06-01

Resumen en español El agente tensioactivo pulmonar es un material compuesto de fosfolípidos, lípidos neutros y proteínas que se encuentra en la superficie alveolar de los pulmones y facilita la ventilación alveolar. La organización molecular de los componentes del agente tensioactivo aislado de pulmones de ternera fue analizada por calorimetría diferencial de barrido y por dispersión dinámica de luz y posteriormente comparada con los componentes organizados en liposomas uni y multil (mas) amelares; además, se probó la actividad de superficie al desarrollar en cobayos el síndrome de dificultad respiratoria. Los estudios de calorimetría mostraron que las interacciones lípido-proteína fueron considerablemente abatidas en el agente tensioactivo nativo, en comparación con las del agente tensioactivo en forma de liposomas uni o multilamelares. Los experimentos de dispersión dinámica de luz indicaron que el agente tensioactivo nativo tiene forma fibrilar con interacciones limitadas entre lípidos y proteínas, lo que sugiere que se encuentra organizado en una estructura en forma de reja formando una película de estructura estable. Los resultados obtenidos resaltan la importancia de la organización molecular del agente tensioactivo. Cuando éste fue usado para tratar a los animales con síndrome de dificultad respiratoria, los valores del pH arterial y de PaCO2 mejoraron casi hasta alcanzar los valores normales; cuando se utilizó el agente tensioactivo reconstituído como liposomas uni o multilamelares, los animales no se recuperaron. Es importante enfatizar que el método seguido en el protocolo de aislamiento del agente tensioactivo pulmonar de ternera permitió obtenerlo en una forma fisiológicamente activa. Resumen en inglés Surfactant, a highly surface-active material composed of phospholipids, neutral lipids and proteins, lines the lungs' alveolar surface facilitating alveolar ventilation. The molecular organization of surfactant components isolated from calf-lungs was analyzed by differential-scanning calorimetry and dynamic light-scattering, and subsequently compared to surfactant components organized in uni and multilamellar liposomes. The respiratory distress syndrome developed in adult (mas) guinea pigs was used for assessing surfactant activity. Calorimetry studies showed that lipid-protein interactions were considerably abated in native surfactant as compared to those of surfactant in uni or multi-lamellar liposomes. Light-scattering experiments indicated that native surfactant has a fibrillar shape with limited lipid-protein interactions, suggesting that it is organized in a lattice-like structure forming a stable film. These findings underscore the importance of the native molecular organization of surfactant. When surfactant reconstituted as uni- or multilamellar liposomes was administred to animals under respiratory distress, they did not recover. In contrast, when native surfactant was used to treat sick animals, arterial pH and PaCO2 values improved, almost reaching normal values. It is important to emphasize that fewer steps in the protocol for isolation of calf lung surfactant made it possible to obtain it in a physiologically active molecular form.

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Estudio de la miscibilidad, morfología y cristalización de las mezclas POLI(P-DIOXANONA)-POLI(E-CAPROLACTONA) (PPDX/PCL)

Brito, Yelitza; Sabino, Marco A; Ronca, Gladys; Albuerne, Julio; Müller, Alejandro J
2006-01-01

Resumen en español En este trabajo se reporta la preparación de una nueva mezcla biodegradable de materiales poliméricos compuesta por Poli(p-dioxanona) y Poli(e-caprolactona) en un rango amplio de composiciones. Primeramente se prepararon mezclas de materiales comercialmente disponibles de alto peso molecular, las cuales resultaron ser inmiscibles. La inmiscibilidad quedó demostrada por la invariabilidad de las transiciones térmicas relevantes determinadas mediante Calorimetría Difere (mas) ncial de Barrido (DSC), y por la morfología de dos fases observada en el rango microscópico tanto por Microscopía Electrónica de Barrido (MEB) como por Microscopia Óptica de Luz Polarizada (MOLP). Adicionalmente, la superestructura esferulítica de cada fase permaneció inalterada por la presencia de la otra fase, así como también no se modificó la velocidad de crecimiento esferulítico de la fase de PPDX. Estas mezclas de alto peso molecular se intentaron compatibilizar por varias estrategias sin resultados positivos. El estudio de la miscibilidad también se extendió a la mezcla de PPDX y PCL de pesos moleculares bajos con y sin la adición de un copolímero en bloque PPDX-b-PCL de peso molecular comparable. Aun bajo estas condiciones termodinámicamente mucho más favorables, las mezclas no mostraron evidencias de miscibilidad, lo cual resulta notable en vista de la estructura química similar que presentan. Aún cuando las mezclas son termodinámicamente inmiscibles, se detectaron interacciones físicas tales como fenómenos de aparente transferencia de impurezas y un efecto nucleante de la PPDX sobre la PCL en cierto rango de composiciones. Adicionalmente, la dispersión en fases lograda causó fenómenos de cristalización fraccionada en ambas fases. Resumen en inglés This work reports the preparation of a novel biodegradable polymer blend composed by Poly(p-dioxanone) and Poli(e-caprolactone) in a wide composition range. Firstly, blends of high molecular weight materials commercially available were prepared and these turned out to be immiscible. The immiscibility was demonstrated by the lack of variation of the relevant thermal transitions determined by Differential Scanning Calorimetry (DSC) and by the two phase morphology that was o (mas) bserved by Scanning Electron Microscopy (SEM) and by Polarized Light Optical Microscopy (PLOM). Additionally, the spherulitic superstructure of each phase remained unaltered besides the presence of the second phase and no modification of the spherulitic growth rate of the PPDX phase was found. Attempts to try to compatibilize these high molecular weight blends by several strategies were unsuccessful. The miscibility study was also extended to low molecular weight PPDX and PCL without and with the addition of a PPDX-b-PCL diblock copolymer of comparable molecular weight. Even under these more favourable conditions the blends were still immiscible, a fact that is surprising in view of their similar chemical structure. Even though the blends are themodinamically immiscible, physical interactions between the components were detected like apparent impurities transfer and a nucleating effect of the PPDX on the PCL in a certain composition range. Additionally, the phase dispersion obtained caused fractionated crystallization phenomena in both phases.

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MODIFICACIÓN FÍSICA DEL ALMIDÓN DE YUCA Y EVALUACIÓN DE LA SUSCEPTIBILIDAD A LA HIDRÓLISIS ENZIMÁTICA POR UNA ALFA AMILASA/ PHYSICAL MODIFICATION OF CASSAVA STARCH AND EVALUATION OF SUSCEPTIBILITY TO ENZYME HYDROLYSIS BY ALPHA AMYLASE/ MODIFICAÇÃO FÍSICA DO AMIDO DE MANDIOCA Y AVALIAÇÃO DO SUSCEPTIBILIDADE À HIDRÓLISE ENZIMÁTICA COM UMA ALFA AMILASE

Martín, Jenny C.; López, Elizabeth
2009-12-01

Resumen en portugués Amido de mandioca comercial (variedade MTAI 8) foi submetido a modificação física por sinérese, extrusão, gelatinização e secado por tambor. Foram determinados para o amido nativo e os amidos modificados a sua morfologia, cristalinidade, distribuição molecular y susceptibilidade à hidrólise enzimática com uma alfa amilase porcina pancreática. Nos amidos modificados fisicamente foi verificado um aumento do nível de hidrólise, em comparação com o amido nati (mas) vo. Porém, não se observaram diferenças estatisticamente significativas no nível de hidrólise entre os almidões modificados. O padrão de difracção de raios-X tipo A apresentado pelo amido de mandioca nativo e a sua propriedade birrefringente, foram alterados pelos prétratamentos, apresentando-se difractogramas de estruturas amorfas y perda da cruz de malta nos almidões modificados. A microscopia electrónica de barrido (MEB) demonstrou alteração na aparência e estrutura do granulo nativo, dando lugar a partículas de formas irregulares com superfícies fragmentadas e rugosas como resultado do processo de modificação. A cromatografia de exclusão sobre sepharosa 6B corroborou a desaparição da fracção de alto peso molecular presente no amido nativo, com o consequente aumento das fracções de baixo peso molecular nos almidões modificados. Resumen en español Almidón de yuca comercial (variedad MTAI8) se sometió a modificación física por sinéresis, extrusión, gelatinización y secado por rodillos. Al almidón nativo y a los almidones modificados se les determinó su morfología, cristalinidad, distribución molecular y susceptibilidad a la hidrólisis enzimática con una alfa amilasa porcina pancreática. En los almidones modificados físicamente se incrementó el grado de hidrólisis, en comparación con el almidón nat (mas) ivo. Sin embargo no se observaron diferencias estadísticamente significativas en el grado de hidrólisis entre los almidones modificados. El patrón de difracción de rayos X tipo A, presentado por el almidón de yuca nativo y su propiedad birrefringente se alteraron por los pretratamientos, presentándose difractogramas de estructuras amorfas y pérdida de la cruz de malta en los almidones modificados. La microscopía electrónica de barrido (MEB) demostró alteración en la apariencia y estructura del gránulo nativo, dando lugar a partículas de formas irregulares con superficies fragmentadas y rugosas como resultado del proceso de modificación. La cromatografía de exclusión sobre sepharosa 6B confirmó la desaparición de la fracción de alto peso molecular presente en el almidón nativo, con el consecuente incremento de las fracciones de bajo peso molecular en los almidones modificados. Resumen en inglés Cassava starch (MTAI 8 variety) was subjected to syneresis, gelatinization, extrusion and processing by drum dryers. The morphology, crystallinity, molecular weight distribution and susceptibility to enzyme hydrolysis by porcine pancreatic a-amylase were determined before and after the physical treatments. The physically modified starches increased the extent of a-amylolysis, compared to the native one. However, there were not significant differences in the degree of amyl (mas) olisis between the treatments during the procedure. Both the X-ray pattern type-A, presentedinthecassavastarch, and its birrefringent property, observed in polarized light, were altered by the treatments causing amorphous structures and the loss of the Maltese cross. When the modified starches were observed n scann ng electron micrographs (SEM), an alteration in the appearance and structure of the native granule was shown, where particles with irregular shape and fragmented and wrinkled surfaces could be seen as a result of the modification process. The profile of the size exclusion chromatography on sepharose 6B showed two characteristic fractions of high and low molecular weight in the native starch, while in modified starches only one peak was obtained showing low molecular weight. The data showed that the treatments modified the physical structure of the starch granule, allowing more accessibility for the enzyme to the amorphous and crystalline regions of starch.

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Caracterización molecular de las comunidades bacterianas asociadas a sedimentos de un sistema costero del norte de la corriente de Humboldt, bahía de Mejillones del Sur, Chile/ Molecular characterization of bacterial communities associated to sediments in the northern Humboldt Current system, Mejillones del Sur bay, Chile

Araya, Rubén; Leiva, Juan C; Valdés, Jorge
2008-12-01

Resumen en español Para conocer la estructura de comunidades bacterianas asociadas a sedimentos marinos del sistema costero de la corriente de Humboldt en la bahía de Mejillones del Sur (23ºS), Chile, se realizaron análisis de electroforesis en gel de gradiente desnaturalizante (DGGE) a partir de fragmentos del 16S rADN para el Dominio Bacteria, junto con el análisis de escala multidimensional (MDS). Para esto, se realizaron muestreos de sedimentos en cuatro sectores dentro de la bahía (mas) de Mejillones del Sur, durante tres períodos de muestreo y cuatro profundidades. El análisis genético de las comunidades procarióticas estudiadas reveló una alta diversidad bacteriana, la cual se estableció por el gran número de bandas detectadas por DGGE. El análisis de MDS evidenció cambios en la estructura de las comunidades asociadas a los sedimentos recolectados a 10 m, entre las 4 estaciones de muestreo. Se encontraron además, diferencias en la estructura de comunidades procarióticas asociadas a las distintas profundidades analizadas. Esta variación en la estructura genética de las comunidades procarióticas estuvo influenciada por cambios en los patrones de circulación al interior de la bahía, los cuales se asociarían al efecto de los focos de surgencia que ingresan por el margen noreste de la bahía. En conclusión, la técnica de DGGE nos permitió establecer cambios en la estructura de las comunidades bacterianas a través del análisis cualitativo de muestras obtenidas en los diferentes sectores y tiempos de muestreo Resumen en inglés To assess the structure of bacterial communities associated to coastal marine sediments of the Humboldt Current System of Mejillones bay (23ºS), Chile, we examined 16S rDNA fragments of Bacteria Domain by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), along with multidimensional scaling analysis (MDS). Sediments were taken from four sampling stations located at the bay and samples from four different depth points were analyzed for three periods during one year. The gene (mas) tic analysis of prokaryont communities revealed a high bacterial diversity product indicated by the high number of bands detected by DGGE. The MDS analysis showed changes among the bacterial communities in all sampling stations, particularly on the community structures of prokaryotic cells associated to sediments at 10 m, although we also found subtle differences in the structure of prokaryotic communities in all the depth analyzed. The findings of changes in the structure communities of prokaryotic cells could be triggered by changes in circulation water patterns inside the bay, which could be related to upwelling waters found at the northeast margin of the bay. In conclusion, the use of DGGE technique allowed us to establish bacterial community changes by qualitative analysis of samples obtained from different sampling stations at different periods

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Breve historia de la bioinformática/ Brief history of bioinformatics

Franco, María Liliana; Cediel, Juan Fernando; Payán, César
2008-03-01

Resumen en español La bioinformática es el resultado de la unión indisoluble entre las tecnologías informáticas y las ciencias biológicas. Fue concebida en principio para resolver interrogantes como los siguientes: ¿cómo almacenar y organizar secuencias de ADN? ¿Cómo hallar intrones y exones en secuencias de ADN genómico? ¿Cuáles son las condiciones necesarias para la transcripción de un determinado gen? ¿Cómo conocer más acerca de la estructura de una proteína? ¿Cómo com (mas) parar secuencias de proteínas o predecir su estructura? En esta era postgenómica, la adquisición de nuevas y mejores herramientas computacionales ha hecho posible que la bioinformática se convierta en pieza clave para aplicaciones como filtro genético, diagnóstico molecular, hallazgo de nuevos fármacos y mejoramiento genético de cultivos. Resumen en inglés Bioinformatics appears as the result of the indissoluble marriage between informatics technology and life sciences. Although it was conceived in principle to resolve questions such as the following: How to store and organize DNA sequences? How to find introns and exons in genomic DNA sequences? What conditions are required for the transcription of a specific gene? How learn more about the structure of a protein? How does it compare sequences of proteins or predict their s (mas) tructures?, currently the acquisition of new and improved computational tools has made it possible that bioinformatics will be key piece in applications such as genetic screening, molecular diagnosis, drug discovery and crop genetic improvement.

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Generación de modelos matemáticos correlacionales entre afinidad y descriptores topológicos moleculares de antagonistas de glicina en receptores de glutamato/ Mathematical models to correlate molecular topology with substrate affinity of the glycine antagonist in glutamate receptors

Narváez, Guillermo; Lareo, Leonardo; Rincón, Javier
2007-03-01

Resumen en español Introducción. Los modelos matemáticos que correlacionan la estructura química con la actividad biológica son útiles en el diseño de nuevos fármacos, y pueden emplearse para predecir el comportamiento biológico de moléculas nuevas químicamente relacionadas. Objetivos. Generar un modelo matemático que correlacione la afinidad y la topología molecular de antagonistas de glicina en el receptor de glutamato subclase NMDA y proponer nuevas moléculas con actividad a (mas) ntagonista. Materiales y métodos. Mediante los índices de conectividad molecular se codificó la estructura electrónica y el patrón de enlace atómico de 45 antagonistas de glicina. La correlación entre los índices de conectividad y la afinidad de los antagonistas se determinó mediante análisis de regresión. Resultados. El índice de conectividad que mejor describió el comportamiento de la afinidad fue 4Xvpc, indicando la importancia de los heteroátomos, de la adyacencia de los sustituyentes sobre el anillo aromático y del delta de valencia de los sustituyentes. Las ecuaciones generadas pueden utilizarse para la predicción de la afinidad de nuevos antagonistas, y el modelo sugirió los requerimientos estructurales para diseñar compuestos con elevada afinidad. Con base en ello se proponen 12 moléculas nuevas, de las cuales tres parecen ser bastante promisorias, habiéndose calculado teóricamente su afinidad mediante las ecuaciones desarrollas. Como control de la metodología matemática desarrollada se utilizó el análisis de interacción energética . Conclusión. Es posible analizar matemáticamente la estructura química de antagonistas de glicina mediante índices de conectividad, generando ecuaciones que modelan el comportamiento de unión al receptor y aportan información útil en el diseño de nuevos antagonistas. Resumen en inglés Introduction. Mathematical models that correlate chemical structure with biological activity have been useful in the design of new drugs and can be used to predict biological behavior of new, chemically related molecules. Objectives. A mathematical model was generated to correlate the substrate affinities with variations in the molecular topology of glycine antagonists in NMDA sub-class glutamate receptor and, subsequently, to propose new molecules with antagonist activit (mas) y. Materials and methods. By use of molecular connectivity indexes, the electronic structure and atomic bonding patterns of 45 glycine antagonists were coded. Correlation between connectivity indexes and antagonist affinity was determined by regression analysis. Results. The connectivity index that best described affinity behavior was 4Xvpc, which indicates the relative importance of heteroatoms, the vicinity of aromatic ring substitutes, and valency gradient. The equations generated predicted new antagonist affinities, and the model was able to suggest structural requirements for designating compounds with increased affinity. Twelve new molecules were proposed, from which three appeared promising-based of the affinities previously calculated by means of the new equations. Energetic interaction analysis was developed as a control for the mathematical methodology. Conclusion. Glycine antagonists’ structure were analyzed mathematically by means of connectivity indexes. The equations modeled receptor behavior and contributed useful information for new antagonist design.

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El citoesqueleto de actina: una perspectiva desde la biología molecular del cáncer

Guirado Blanco, Otmara; Solanas García, Montserrat; Costa Traschel, Irmgard; Escrich Escriche, Eduard
2002-06-01

Resumen en español Se realizó una síntesis de los temas que emergen en la actualidad sobre la estructura y organización del citoesqueleto de actina y las vías de señalización que participan en su regulación. La información bibliográfica consultada se ha tratado de ofrecer con un enfoque funcional, sin obviar los mecanismos moleculares involucrados. Se incluye, además, un pequeño apartado sobre la participación de las proteínas Rho en el proceso de transformación maligna, a par (mas) tir del hecho conocido de que en el fenotipo transformado tumorigénico se pueden apreciar cambios morfológicos que involucran al citoesqueleto de actina. Resumen en inglés A synthesis of the topics that nowadays deal with the structure and organization of the actin cytoskeleton and with the ways of signaling taking part in its regulation is made. The reviewed bibliographic information has been provided through a functional approach, without excluding the molecular mechanisms that are involved. It is also included a brief section on the participation of Rho proteins in the process of malignant transformation, starting from the known fact tha (mas) t the morphological changes involving the actin cytoskeleton may be appreciated in the transformed tumorigenic phenotype.

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La citogenética molecular y su aplicación en el estudio de los genomas vegetales/ Molecular cytogenetics in plant genome analysis

Herrera, Juan Carlos
2007-06-01

Resumen en español La citogenética es la disciplina que estudia las implicaciones genéticas de la estructura y el comportamiento de los cromosomas. Durante las últimas dos décadas los estudios citogenéticos avanzaron gracias a la información generada por métodos clásicos, los cuales permitieron establecer los primeros modelos citogenéticos en especies como tomate, trigo y arroz. Al final del siglo pasado los estudios citogenéticos mostraron un avance significativo gracias a la imp (mas) lementación de nuevas técnicas destinadas al análisis de cromosomas, tanto mitóticos como meióticos, entre las cuales se destacan el bandeo de cromosomas y la hibridación in situ sobre cromosomas. Actualmente, la mayoría de las técnicas de citogénetica molecular se basan en la tecnología de la hibridación in situ fluorescente o FISH (fluorescent in situ hybridization). Esta tecnología abrió la posibilidad de estudiar regiones específicas de la cromatina directamente sobre los cromosomas, gracias a la información derivada de la secuencia misma del ADN, y no solamente por simples características morfológicas. Como consecuencia, la citogenética molecular ha adquirido una importancia cada vez mayor en los diferentes proyectos de mapeo genético que se adelantan actualmente. En la presente revisión se hace una descripción breve de la progresión que han tenido las técnicas de citogenética, desde la llamada 'citogenética clásica' hasta las técnicas actuales de alta resolución. Esta descripción histórica es seguida de varios ejemplos concretos que ilustran la utilización de la FISH, no sólo en el mejoramiento genético de los cultivos, sino también en el estudio estructural y funcional de los genomas vegetales. Resumen en inglés Cytogenetics would be defined as a discipline concerned with the genetic implications of chromosome structure and behavior. During past twenty years cytogenetics studies were carried out due to the information derived from classical methods based on chromosome deletions and translocations. As a result of such studies, the first cytogenetic models in such species as tomato, wheat, and rice were created. Significant advances in most plant cytogenetic systems have occurred i (mas) n the last quarter of the 20 century with the introduction of chromosome banding, in situ hybridization, and other techniques for the analysis of somatic and meiotic chromosomes. Most of current cytogenetic protocols are based on the fluorescent in situ hybridization (FISH) technology. This DNA:DNA in situ method had opened a possibility to address chromatin regions of individual chromosomes on the basis of DNA sequence information in addition of mere morphological features. With genome mapping projects underway sequencing chromosomes and genomes, cytogenetic research had become more relevant. In this review, a historical perspective of chromosome research during the last 80 years is presented. It shows the progression of the 'classical cytogenetics' up to current 'molecular cytogenetics' founded on high resolution techniques such as FISH. The diversity of applications is illustrated through some practical examples of valuable current utilization of FISH-based methodologies in plant breeding programs, as well as in structural and functional genomics.

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Genetic analysis of Lutjanus synagris populations in the Colombian Caribbean/ Análisis genético de Lutjanus synagris en poblaciones del Caribe Colombiano

Landínez-García, RM; Ospina-Guerrero, SP; Rodríguez-Castro, DJ; Arango, R; Márquez, E
2009-12-01

Resumen en español Las especies de la familia Lutjanidae constituyen un importante recurso pesquero alrededor de las zonas marinas tropicales en el mundo y son explotadas intensivamente por su excelente calidad y valor comercial. En Colombia, Lutjanus synagris o pargo rayado, podría considerarse vulnerable a la sobreexplotación debido a sus características biológicas, al deterioro de su hábitat y a la disminución histórica de su captura en regiones donde representaba el mayor porcent (mas) aje de la pesca. Con el ánimo de generar información biológica que permita apoyar decisiones y políticas más adecuadas de manejo pesquero se analizó la estructura genética de L. synagris en tres regiones del Caribe Colombiano (Santa Marta, Islas del Rosario y Capurganá) mediante marcadores moleculares tipo microsatélite. Para tal fin se evaluaron 14 cebadores reportados para dos especies filogenéticamente cercanas (Rhomboplites aurorubens y Lutjanus campechanus) de los cuales ocho fueron polimórficos e informativos para la especie en estudio. Se encontró que todos los loci estaban muy alejados del equilibrio de Hardy-Weinberg debido a una marcada deficiencia de heterocigotos observada en todas las poblaciones estudiadas. Tanto el análisis de varianza molecular (Φst en la población total = 0.006, P = 0.022) como el análisis espacial de varianza molecular mostraron una leve estructuración poblacional estadísticamente significativa (mejor F CT= 0.003, Φst = 0.007, P = 0.0001) que separó la población de Capurganá de las demás regiones sin evidencia de aislamiento por distancia (Prueba de Mantel Rxy = 0.023, P = 0.057). Los resultados sugieren un papel importante de la historia de vida de la especie y las condiciones oceanográficas predominantes en dicha región en la determinación de la estructura genética y la existencia de dos stocks genéticos distintos que deben ser manejados de acuerdo a su estructura poblacional. Resumen en inglés Species of the family Lutjanidae constitute an important fishery resource in tropical marine areas worldwide and are intensely exploited because of their excellent commercial value and quality. In Colombia, the lane snapper Lutjanus synagris is considered vulnerable to overfishing due to its biological characteristics, habitat deterioration, and historical decrease in catch rates in regions where it used to comprise the highest percentage of the landings. In order to gene (mas) rate more biological information needed to make effective fishery management decisions and policies, the genetic structure of L. synagris was analyzed in three areas of the Colombian Caribbean (Santa Marta, Rosario Islands, and Capurganá) using microsatellite-type molecular markers. Fourteen primers reported for two phylogenetically close species (Rhomboplites aurorubens and Lutjanus campechanus) were analyzed, eight of which were polymorphic and informative for the species under study. All loci were found to depart from Hardy-Weinberg equilibrium due to marked heterozygote deficiency in all the populations studied. Both the analysis of molecular variance (total population Φst = 0.006, P = 0.022) and spatial analysis of molecular variance showed a slight statistically significant population structure (best F CT = 0.003, Φst = 0.007, P = 0.0001) that separated the Capurganá population from those of the other areas with no evidence of isolation by distance (Mantel test Rxy = 0.023, P = 0.057). The results suggest that the life history of the species and the regional oceanographic conditions play an important role in determining the genetic structure and the existence of two different genetic stocks that should be managed according to their population structure.

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Estructura poblacional y variabilidad genética de Rhodnius prolixus (Hemiptera: Reduviidae) procedente de diferentes áreas geográficas de Colombia/ Population structure and genetic variability of Rhodnius prolixus (Hemiptera: Reduviidae) from different geographic areas of Colombia

López, Diana Carolina; Jaramillo, Carlos; Guhl, Felipe
2007-01-01

Resumen en español Introducción. Rhodnius prolixus es el vector más importante de la enfermedad de Chagas en Colombia. La caracterización genética de esta especie resulta útil para comprender su potencial de dispersión. La distribución del vector y la estructura genética de sus poblaciones, son factores importantes para implementar de manera adecuada las estrategias de control y vigilancia epidemiológica de la enfermedad de Chagas. Objetivo. Establecer relaciones genéticas entre p (mas) oblaciones de R. prolixus capturadas en diferentes hábitat y áreas geográficas de Colombia, para dilucidar la estructura genética y dispersión del vector en el territorio colombiano. Materiales y métodos. Se analizaron tres poblaciones domiciliadas de R. prolixus provenientes de Tolima, Cundinamarca y la Sierra Nevada de Santa Marta; y una población silvestre procedente de Casanare. Se emplearon dos técnicas moleculares para evaluar la estructura genética de las poblaciones: análisis del ITS-2 del ADN ribosomal por PCR/RFLP y RAPDs. Resultados. R. prolixus presenta variabilidad genética moderada (Fst 0,057-0,15), entre las poblaciones domiciliadas se encontraron tasas de migración (Nm>1) que revelan flujo genético. Se encontró diferenciación genética de moderada-alta entre la población silvestre de Casanare y las poblaciones domésticas del centro del país (Tolima y Cundinamarca). Conclusión. Las poblaciones domiciliadas de R. prolixus son homogéneas debido a que existe flujo genético entre éstas; lo cual es favorable para el control químico, mientras que la población silvestre agrupa aparte de las domiciliadas. Se evidencia la necesidad de estudiar la estructura genética de los focos silvestres, sus posibles rutas de dispersión y el riesgo epidemiológico que representan. Resumen en inglés Introduction. Rhodnius prolixus is the most important vector of Chagas disease in Colombia. Genetic characterization of this species is useful to understand its potential of dispersion. The distribution of the vector and the genetic population structure are important factors for the adequate implementation of control programs and epidemiological surveillance of Chagas disease. Objective. Genetic relationships were established for populations of R. prolixus collected from (mas) several habitat types and representative geographic areas of Colombia. A second aim was to assess its population genetic structure and dispersion across Colombia. Materials and methods. Genetic comparisons were made from three domestic populations of R. prolixus from (1) Tolima Province, (2) Cundinamarca Province and (3) the Sierra Nevada of Santa Marta in northern Colombia, and (4) one sylvatic population from Casanare. Two molecular techniques were used to evaluate the genetic structure of these populations-analysis of the ITS-2 of ribosomal DNA by PCR/RFLP and RAPDs. Results. Rhodnius prolixus shows a moderate genetic variability (Fst 0.06-0.15). Among domestic populations, the migration rates found were adequate (Nm>1) to maintain gene flow. A moderate to large degree of genetic differentiation was observed between the sylvatic population from Casanare and the domestic populations from the centre of the country (Tolima and Cundinamarca). Conclusion. The domestic populations of R. prolixus are homogeneous because genetic flow exists between them, and this is favourable to chemical control, while the sylvatic population clusters apart from the domestic populations. Hence the need to study the genetic structure of the sylvatic foci, their possible dispersion routes and the epidemiological risk that they represents.

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EVIDENCIAS ESPECTROSCOPICAS DE LA DEGRADACIÓN HIDROLÍTICA DE LA POLI(p-DIOXANONA))

Sabino, M.A; Nuñez, O.; Müller, A.J
2002-06-01

Resumen en español En este trabajo se estudió la degradación hidrolítica de un polímero biodegradable y bioabsorbible, la Poli (p-Dioxanona) o PPDX. La PPDX es un poliéster-éter alifático con gran potencial biomédico, debido a su estructura molecular y propiedades adecuadas para utilizarse como material de osteosíntesis. La PPDX se degrada hidrolíticamente originando subproductos de degradación de bajo peso molecular, atóxicos que pueden ser metabolizados o bioabsorbidos por el (mas) organismo. Se utilizaron monofilamentos de PPDX que se degradaron hidrolíticamente en una solución buffer fosfato y agua a 37°C durante 12 semanas, y se utilizaron técnicas de caracterización como Espectroscopia Infrarrojo por Transformada de Fourier (FTIR) y Espectrometría de masa (EM). A través de FTIR, se demostró que durante el período de degradación se evidencia la disminución de grupos O-H libres, producto de la posible asociación de estos grupos a los productos resultantes de las rupturas de enlaces. También se evidenció la posible formación de estructuras intermediarias o complejas, mediante asociación de grupos, donde pueden intervenir los grupos fosfatos presentes en el medio de hidrólisis. Además, como consecuencia de los rompimientos del grupo éster presente en la estructura de la PPDX, se observan variaciones de absorbancia de las bandas asociadas a los grupos carbonilos dada la aparición del grupo ácido carboxílico. Estas evidencias fueron verificadas mediante Espectrometría de Masas donde se determinó que uno de los subproductos de la degradación de la PPDX corresponde al ácido 2-hidroxi-etoxi- etanoico Resumen en inglés In this work, the hydrolytic degradation of a biodegradable and bioabsorbable polymer, Poly(p-dioxanone) or PPDX, was studied. PPDX is an alifatic polyester-ether with potential for biomedical applications since its molecular structure and properties are adequate to be used as osteosynthesis material. PPDX degrades hydrolytically originating byproducts of low molecular weight that are non-toxic and that can be metabolize or bioabsorbed by the body. PPDX monofilaments were (mas) hydrolytically degraded in a phosphate buffer solution and in water at 37°C during 12 weeks, Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) and Mass spectrometry (MS) were employed to characterize the degradation products. FTIR results showed that during the degradation period a decrease in the number of free O-H groups was recorded, a possible product of the association of these groups to those produced by degradation. It was also found that intermediary or complex structures were formed by group association where a contribution of the phosphate groups present in the hydrolysis medium is probable. Furthermore, as a consequence of the ester bond cleavage present in PPDX, a variation in the absorbance of bands associated to carbonyl groups are observed in view of the formation of carboxylic acid groups. These evidences were verified by Mass Spectrometry, whose results indicated that one of the degradation byproducts of PPDX is 2-hydroxy-etoxi-ethanoic acid.

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La proteína verde fluorescente ilumina la biociencia/ The Green Fluorescent Protein that glows in Bioscience

Pérez Millán, María Inés; Becú-Villalobos, Damasia
2009-06-01

Resumen en español La proteína verde fluorescente (o GFP, por sus siglas en inglés, Green Fluorescent Protein) es una proteína producida por la medusa Aequorea victoria que emite bioluminiscencia en la zona verde del espectro visible. El gen que codifica esta proteína ha sido clonado y se utiliza habitualmente en biología molecular como marcador. Los descubrimientos relacionados a la GFP merecieron el Premio Nobel de Química 2008, en conjunto a los tres investigadores, Dres Shimomura, (mas) Chalfie y Tsien que participaron escalonadamente en dilucidar la estructura y función de la proteína. El Dr. Shimomura descubrió y estudió las propiedades de GFP, el Dr. Chalfie usando técnicas de biología molecular logró introducir el gen que codificaba para la GFP en el ADN del gusano transparente C. elegans, e inició la era de GFP como marcador de procesos en células y organismos. Finalmente el Dr. Tsien modificó la estructura de la proteína para producir moléculas que emiten luz a distintas longitudes de onda, extendiendo la paleta de colores de las proteínas. Las proteínas fluorescentes, entre las cuales se encuentra la GFP, son muy versátiles y se utilizan en diversos campos como la microbiología, ingeniería genética, fisiología, e ingeniería ambiental. Permiten ver procesos previamente invisibles, como el desarrollo de neuronas, cómo se diseminan las células cancerosas, o la contaminación de agua con arsénico, por mencionar algunos usos. Con la obtención de proteínas de muchos colores complejas redes biológicas pueden ser marcadas diferencialmente, lo que permite visualizar la biología celular en acción. Resumen en inglés Green fluorescent protein (GFP) is a protein produced by the jellyfish Aequorea victoria, that emits bioluminescence in the green zone of the visible spectrum. The GFP gene has been cloned and is used in molecular biology as a marker. The three researchers that participated independently in elucidating the structure and function of this and its related proteins, Drs. Shimomura, Chalfie and Tsien were awarded the Nobel Prize in Chemistry 2008. Dr. Shimomura discovered and (mas) studied the properties of GFP. Using molecular biological techniques, Chalfie succeeded in introducing the GFP gene into the DNA of the small, almost transparent worm C. elegans, and initiated an era in which GFP would be used as a glowing marker for cellular biology. Finally, Dr.Tsien found precisely how GFP's structure produces the observed green fluorescence, and succeeded in modifying the structure to generate molecules that emit light at slightly different wavelengths, which gave tags of different colors. Fluorescent proteins are very versatile and are being used in many areas, such as microbiology, biotechnology, physiology, environmental engineering, development, etc. They can, for example, illuminate growing cancer tumours; show the development of Alzheimer's disease, or detect arsenic traces in water. Finding the key to how a marine organism produces light unexpectedly ended up providing researchers with a powerful array of tools with which to visualize cell biology in action.

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Patogénesis molecular, epidemiología y diagnóstico de Escherichia coli enteropatógena/ Molecular pathogenesis, epidemiology and diagnosis of enteropathogenic Escherichia coli

Vidal, Jorge E.; Canizález-Román, Adrián; Gutiérrez-Jiménez, Javier; Navarro-García, Fernando
2007-10-01

Resumen en español Escherichia coli enteropatógena (EPEC) es una de las principales causas de diarrea en niños menores de dos años en países en vías de desarrollo. La principal característica histopatológica de la infección es una lesión que induce la EPEC en el intestino conocida como la lesión A/E (adherencia y eliminación). Las bacterias se adhieren a los enterocitos y permiten la acumulación de la actina del citoesqueleto en la región apical de la célula, hasta formar una (mas) estructura de tipo "pedestal" y causar la eliminación de las microvellosidades intestinales. A pesar de que se conoce de modo detallado el proceso de formación de los pedestales de actina, aún no se ha esclarecido el mecanismo global de la diarrea que induce EPEC. La diarrea se ha vinculado con: a) la destrucción de las microvellosidades del enterocito, b) la salida masiva de iones hacia la luz intestinal y c) la secreción de alguna enterotoxina. En estudios realizados en países en vías de desarrollo se ha demostrado que EPEC es uno de los principales agentes participantes en la diarrea infantil, con elevadas tasas de morbilidad y mortalidad. El diagnóstico microbiológico de la infección se realiza con metodologías adicionales a las utilizadas con regularidad en el laboratorio de microbiología clínica, entre ellas las siguientes: a) serotipificación, b) ensayo de adherencia, c) prueba de FAS (tinción fluorescente para actina) y d) detección específica de genes que codifican a proteínas incluidas en la patogénesis, como el bfpA y eae. Un objetivo de esta revisión es actualizar los avances observados en la patogénesis molecular de la infección por EPEC, las metodologías para el diagnóstico microbiológico y la epidemiología en México y otros países en vías de desarrollo. Resumen en inglés Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is a leading cause of diarrhea in infants less than two years of age in developing countries. To induce diarrhea EPEC uses several virulence factors acting on a still unknown and mysterious mechanism. The hallmark of EPEC infection is a histological intestinal alteration known as the attaching and effacing (A/E) lesion. The bacterium attaches intimately to the enterocyte and induces assembly of cytoskeleton intracellular actin on t (mas) he cellular surface. Rearrangements of the actin cytoskeleton form a pedestal-like structure where bacterium tightly cups the cells, leading to degeneration of brush border microvilli. Although the mechanism of EPEC-induced pedestal formation has been dissected in detail, the overall mechanism of diarrhea is still obscure. It is believed that EPEC-mediated secretory diarrhea is related to a) intestinal microvilli effacement, b) massive loss of intracellular ions into the intestinal milieu and c) secretion of an EPEC enterotoxin. Epidemiological studies conducted in developing countries have shown that EPEC is one of the main bacteria frequently isolated from children with diarrhea, causing high morbidity and mortality rates. The microbiological diagnosis of EPEC-induced disease is performed with analytic methodologies different from those used by the standard microbiology laboratory, the most relevant being: a) serotypification, b) the adherence assay, c) FAS test, and d) the specific detection of virulence-involved genes (bfpA and eae genes) using molecular biology techniques. The purpose of this review is to update the most recent findings regarding the molecular pathogenesis of EPEC, its epidemiology in Mexico as well as other developing countries, and also the developed methodology for the diagnosis of EPEC infection.

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Patogénesis molecular, epidemiología y diagnóstico de Escherichia coli enteropatógena/ Molecular pathogenesis, epidemiology and diagnosis of enteropathogenic Escherichia coli

Vidal, Jorge E.; Canizález-Román, Adrián; Gutiérrez-Jiménez, Javier; Navarro-García, Fernando
2007-10-01

Resumen en español Escherichia coli enteropatógena (EPEC) es una de las principales causas de diarrea en niños menores de dos años en países en vías de desarrollo. La principal característica histopatológica de la infección es una lesión que induce la EPEC en el intestino conocida como la lesión A/E (adherencia y eliminación). Las bacterias se adhieren a los enterocitos y permiten la acumulación de la actina del citoesqueleto en la región apical de la célula, hasta formar una (mas) estructura de tipo "pedestal" y causar la eliminación de las microvellosidades intestinales. A pesar de que se conoce de modo detallado el proceso de formación de los pedestales de actina, aún no se ha esclarecido el mecanismo global de la diarrea que induce EPEC. La diarrea se ha vinculado con: a) la destrucción de las microvellosidades del enterocito, b) la salida masiva de iones hacia la luz intestinal y c) la secreción de alguna enterotoxina. En estudios realizados en países en vías de desarrollo se ha demostrado que EPEC es uno de los principales agentes participantes en la diarrea infantil, con elevadas tasas de morbilidad y mortalidad. El diagnóstico microbiológico de la infección se realiza con metodologías adicionales a las utilizadas con regularidad en el laboratorio de microbiología clínica, entre ellas las siguientes: a) serotipificación, b) ensayo de adherencia, c) prueba de FAS (tinción fluorescente para actina) y d) detección específica de genes que codifican a proteínas incluidas en la patogénesis, como el bfpA y eae. Un objetivo de esta revisión es actualizar los avances observados en la patogénesis molecular de la infección por EPEC, las metodologías para el diagnóstico microbiológico y la epidemiología en México y otros países en vías de desarrollo. Resumen en inglés Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is a leading cause of diarrhea in infants less than two years of age in developing countries. To induce diarrhea EPEC uses several virulence factors acting on a still unknown and mysterious mechanism. The hallmark of EPEC infection is a histological intestinal alteration known as the attaching and effacing (A/E) lesion. The bacterium attaches intimately to the enterocyte and induces assembly of cytoskeleton intracellular actin on t (mas) he cellular surface. Rearrangements of the actin cytoskeleton form a pedestal-like structure where bacterium tightly cups the cells, leading to degeneration of brush border microvilli. Although the mechanism of EPEC-induced pedestal formation has been dissected in detail, the overall mechanism of diarrhea is still obscure. It is believed that EPEC-mediated secretory diarrhea is related to a) intestinal microvilli effacement, b) massive loss of intracellular ions into the intestinal milieu and c) secretion of an EPEC enterotoxin. Epidemiological studies conducted in developing countries have shown that EPEC is one of the main bacteria frequently isolated from children with diarrhea, causing high morbidity and mortality rates. The microbiological diagnosis of EPEC-induced disease is performed with analytic methodologies different from those used by the standard microbiology laboratory, the most relevant being: a) serotypification, b) the adherence assay, c) FAS test, and d) the specific detection of virulence-involved genes (bfpA and eae genes) using molecular biology techniques. The purpose of this review is to update the most recent findings regarding the molecular pathogenesis of EPEC, its epidemiology in Mexico as well as other developing countries, and also the developed methodology for the diagnosis of EPEC infection.

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DIVERSIDAD GENÉTICA DE UNA COLECCIÓN DE CACAO MEDIANTE RAPDS

Osorio, Martha E.; Salazar, Efraín; Zambrano, Asia Y.; Demey, J. R.
2003-03-01

Resumen en español Se estudia la diversidad genética de los materiales de cacaos criollos pertenecientes al Banco de Germoplasma Colección 95 ubicado en Ocumare de la Costa, estado Aragua, Venezuela y materiales pertenecientes a los tres grupos de cacaos de referencia: criollos (Chuao-120, Porcelana y Guasare), trinitarios (ICS-8 y OC-61) y forasteros (IMC-11 e IMC-67), a través de la amplificación al azar de fragmentos de ADN polimórficos (RAPD). El iniciador OPC-14 fue el que produjo (mas) la estructura que mejor describe la diversidad natural de los genotipos y permitió la formación de cuatro grupos. Esta clasificación prueba una relación entre la procedencia y los grupos generados por medio de la caracterización molecular, sugiriendo que los genotipos de la Colección 95 han sido propagados a partir de una planta común. Resumen en inglés Summary A study was undertaken of the genetic diversity of criollo cocoa materias belonging of the germ plasm bank collection 95 in Ocumare de la Costa, Aragua State, Venezuela and materials of belonging to the three reference cocoa groups: criollo (Chuao-120, 1-Porcelana and Guasare), trinitarios (ICS-8 and OC-61) and forasteros (IMC-11 and IMC-67), through a random amplication of polymorphic DNA (RAPD) fragments. The OPC-14 indicator produced the structure which describ (mas) es best the natural diversity of the genotypes and allowed the formation of four groups. This classification proves a relation between origin and the groups generated through molecular characterization. Results suggest that genotypes of collection 95 have been propagated from a common plant.

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Canales de Agua (Aquaporinas) y Riñón

Hernández, CS; Gutiérrez, AM; Ruiz, V; González, E; Echevarría, M; Whittembury, G
2002-01-01

Resumen en español Revisamos brevemente algunos aspectos del movimiento de agua en las células renales. Primero se muestran estudios de Biofísica que llevan a concluir que existen poros acuosos perforando las membranas celulares de los túbulos renales proximales; y a poder calcular las dimensiones del filtro de selectividad de un "canal equivalente" para el paso de agua de ~ 4.5 Å de diámetro y de una longitud equivalente de ~ 10 - 20 Å. Como las moléculas de agua tienen un diámetro (mas) de 3 Å, sólo 4 a 6 moléculas de agua pueden acomodarse en fila india dentro del filtro de selectividad. Estudios de biología molecular han aclarado la secuencia de aminoácidos de las proteínas (de 28 kD) que forman el canal. Se denominan Aquaporinas (AQPs). Se conocen unas 10. Revisamos la estructura tridimensional de AQP-1, presente en los túbulos renales proximales. También la relación entre diabetes insípida y AQP-2, en que hay mala función de los mecanismos de concentración urinaria. Finalmente se hace un árbol filogenético de las AQPs en donde se ve que hay AQPs muy antiguas en bacterias, plantas e insectos. La RP-mip una AQP de los túbulos de malpighi del Rhodnius es de las más antiguas de la escala biológica. Las AQPs de mamífero son mucho más recientes. Resumen en inglés This is a short overview of some aspects of water movements across kidney cells. It begins with the biophysical methods that lead to the conclusion that there are indeed water channels piercing the kidney proximal tubule cell membranes. These methods allow to calculate (a) the diameter of the selectivity filter of an "equivalent water channel" of ~ 4.5 Å, and (b) its "equivalent length" of ~ 10 - 20 Å. (c) As water molecules have a diameter of 3 Å, water molecules must (mas) line up within the selectivity filter as an Indian file 4 to 6 molecules long. Molecular biology studies have uncovered the aminoacid sequence of the 28 kDprotein molecules that form the water channels. They are called Aquaporins (AQPs). Some 10 are known. AQP-1 is present in the kidney proximal tubule. The tri-dimensional AQP-1 structure is reviewed, and the relation between diabetes insipidus and genetic structural failures of AQP-2 which lead to malfunction of the urinary concentrating mechanisms. Finally we review the molecular structure of a newly found AQP called RP-mip, which is present in Rhodnius prolixus malpighian tubules. A philogenetic tree indicates it to be one of the oldest AQPs. Mammalian AQPs are more recent in the biological scale.

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Localización extra nuclear de receptores esteroides y activación de mecanismos no genómicos/ Extra nuclear localization of steroid receptors and non genomic activation mechanisms

Bottino, María Cecilia; Lanari, Claudia
2010-04-01

Resumen en español Los receptores de hormonas esteroides han sido considerados históricamente como factores de transcripción nucleares. Sin embargo, en los últimos años surgieron evidencias que indican que su activación desencadena eventos rápidos, independientes de la transcripción y que involucran a diferentes segundos mensajeros; muchos de estos receptores han sido localizados en la membrana celular. Por otra parte, se han caracterizado varios receptores de hormonas esteroides nov (mas) eles, de estructura molecular diferente al receptor clásico, localizados principalmente en la membrana celular. Esta revisión enfoca los diferentes efectos iniciados por los glucocorticoides, mineralocorticoides, andrógenos, estrógenos y progesterona, y los posibles receptores involucrados en los mismos. Resumen en inglés Steroid hormone receptors have been historically considered as nuclear transcription factors. Nevertheless, in the last years, many of them have been detected in the cellular membrane. It has been postulated that their activation can induce transcription independent rapid events involving different second messengers. In addition, several novel steroid hormone receptors, showing a different molecular structure than the classical ones, have also been characterized and most (mas) of them are also located in the plasmatic membrane. This review focuses on the variety of effects initiated by glucocorticoids, mineralocorticoids, androgens, estrogens and progesterone, and the possible receptors involved mediating these effects.

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Aproximaciones de bioquímica clásica al estudio de la relación entre la estructura y la función de la rodopsina

Medina, Rafael; Moller, Carolina; Perdomo, Deisy; Bubis, José
2008-06-01

Resumen en español La proteína fotorreceptora rodopsina (R) fue extraída de los segmentos externos de los bastoncillos de retinas bovinas con el detergente n-dodecil β-D-maltósido (DM) y purificada a homogeneidad mediante cromatografía de afinidad. El entrecruzamiento químico de la R y de la rodopsina fotoactivada (R*) con los agentes bifuncionales sulfo-succinimidilo 4-(Nmaleimidometilo) ciclohexano-1-carboxilato (sulfo-SMCC) o m-maleimidobenzoilo-N-hidroxisuccinimido ester, sugi (mas) rieron la naturaleza oligomérica de la proteína fotorreceptora. La caracterización de los parámetros hidrodinámicos de la R y la R* en presencia de 0.1% DM, mediante cromatografía de exclusión molecular y sedimentación sobre gradientes de sacarosa, permitió estimar los tamaños de los complejos R:DM y R*: DM. Los resultados concuerdan con una estructura cuaternaria dimérica tanto para la R como para la R*. La R entrecruzada con sulfo-SMCC, en presencia de luz, fue estabilizada en un fotointermediario que absorbió a ~ 470 nm. Experimentos de proteólisis con termolísina sobre los dímeros nativos de R y sobre los monómeros de R generados por medio del uso de altas concentraciones de DM, complementados con estudios de modelaje basados en la estructura cristalina reportada de la proteína, sugirieron que el reactivo sulfo-SMCC generó un entrecruzamiento intramolecular entre la Cys140 y la Lys248 de la R, el cual posiblemente es el responsable de la incapacidad de la proteína de sufrir el cambio conformacional requerido para llegar a su estado fotoactivado. Resumen en inglés The photoreceptor protein rhodopsin (R) was extracted from bovine retinal rod outer segments using the detergent n-dodecyl β-D-maltoside (DM), and purified to homogeneity by affinity chromatography. Chemical cross-linking of R and photoactivated rhodopsin (R*) with the bifunctional agents sulfo-succinimidyl 4-(N-maleimidomethyl) ciclohexane-1-carboxylate (sulfo-SMCC) or m-maleimidobenzoyl-N-hydroxysuccinimide ester, suggested the oligomeric nature of this photorecept (mas) or protein. The characterization of the hydrodynamic parameters of R and R* in the presence of 0.1% DM, using molecular exclusion chromatography and sedimentation on sucrose gradients, allowed us to estimate the size of the R:DM and R*:DM complexes. Our results agreed with a dimeric quaternary structure for both, R and R*. R crosslinked with sulfo-SMCC, in the presence of light, was stabilized in a photointermediate that absorbed at ~ 470 nm. Experiments of proteolysis with termolysine on R native dimers and R monomers generated by using high concentrations of DM, together with modeling studies based on the reported crystal structure of the protein, suggested that sulfo-SMCC generated an intramolecular cross-link between Cys140 and Lys248 of R, which was probably responsible for the incapacity of the protein to display the conformational change required to reach its photoactivated state.

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Aplicaciones de los métodos computacionales al estudio de la estructura y propiedades de polímeros/ On the applicability of computational methods to study the structure and properties of polymers

Alemán, Carlos; Muñoz-Guerra, Sebastián
2003-12-01

Resumen en español En este trabajo se revisan las técnicas de simulación molecular más habituales y potentes para la descripción de los polímeros a escala atómica y molecular, las cuales se han clasificado en cuánticas o clásicas dependiendo de cómo se describen las interacciones entre las partículas. Se presentan asimismo diversas aplicaciones de dichas metodologías, realizadas en nuestro laboratorio, en el contexto del estudio de la estructura y propiedades de polímeros. En pa (mas) rticular, se muestran aplicaciones de las técnicas clásicas a la determinación de estructuras cristalinas, a estudio del plegamiento lamelar de los nylons, a la estabilidad de las estructuras supramoleculares observadas en algunos complejos tensioactivo·polielectrolito y a la difusión de gases en matrices poliméricas, mientras que el uso de técnicas cuánticas se ha ilustrado presentando estudios dedicados a la predicción de efectos cooperativos, interacciones específicas y parámetros espectroscópicos. Resumen en inglés The most important computational techniques employed to simulate the structure and properties of polymers at the miscroscopic level have been reviewed. They have been classified in quantum or classical methods depending on the expressions used to describe the interactions between the particles. Furthermore, the applicability of such modeling tools is shown with some results recently obtained by our group. More specifically, we show the applicability of classical methods t (mas) o determine the crystal structure of polymers, to model the lamellar folding of nylons, to predict the stability of the supramolecular structures adopted by some surfactant·polyelectrolite self-assembled complexes and to investigate the diffusion of simple gases through polymeric matrices. The reliability of quantum methods has been illustrated displaying some studies devoted to study cooperative effects, specific interactions and spectroscopic parameters.

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Clonaje y caracterización molecular in silico de un transcrito de fosfolipasa A2 aislado del veneno de la serpiente peruana Lachesis muta/ Molecular cloning and characterization in silico of phospholipase A2 transcripto isolated from Lachesis muta peruvian snake venom

Jimenez, Karim L.; Zavaleta, Amparo I.; Izaguirre, Victor; Yarleque, Armando; Inga, Rosio R.
2010-12-01

Resumen en español Objetivo. Aislar y caracterizar in silico un transcrito del gen de fosfolipasa A2 (PLA2) aislado del veneno de Lachesis muta de la Amazonía peruana. Materiales y métodos. Se amplificó el transcrito del gen sPLA2 mediante la técnica de RT-PCR a partir de RNA total utilizando cebadores específicos, el producto de DNA amplificado se insertó en el vector pGEM para su posterior secuenciación. Mediante análisis bioinformático de la secuencia nucleotídica se determinó (mas) un marco de lectura abierta de 414 nucleótidos que codifica 138 aminoácidos, incluyendo16 aminoácidos del péptido señal, el peso molecular y el pI fueron de 13 976 kDa y 5,66 respectivamente. Resultados. La secuencia aminoacídica denominada Lm-PLA2- Perú, contiene Asp49, así como Tyr-28, Gly-30, Gly-32, His-48, Tyr52, Asp99 importantes para la actividad enzimática. La comparación de Lm-PLA2-Perú con las secuencias aminoacídicas de los bancos de datos mostró 93% de similitud con las sPLA2 de Lachesis stenophrys y más del 80% con otras sPLA2 de venenos de la familia Viperidae. El análisis filogenético de la secuencia nucleotídica del transcrito del gen sPLA2 indica que Lm-PLA2-Perú se agrupa con otras sPLA2 [Asp49] ácidas previamente aisladas del veneno de Bothriechis schlegelii con un 89% de identidad. El modelaje tridimensional de Lm-PLA2-Perú, presenta una estructura característica de sPLA2 del Grupo II formada por tres hélices-α, una lámina-β, una hélice corta y un lazo de unión con calcio. Conclusión. La secuencia nucleotídica corresponde al primer transcripto del gen de PLA2 clonado a partir del veneno de la serpiente Lachesis muta, que habita en la selva del Perú. Resumen en inglés Objective. Isolate and characterize in silico gene phospholipase A2 (PLA2) isolated from Lachesis muta venom of the Peruvian Amazon. Material and methods. Technique RT-PCR from total RNA was using specific primers, the amplified DNA product was inserted into the pGEM vector for subsequent sequencing. By bioinformatic analysis identified an open reading frame of 414 nucleotides that encoded 138 amino acids including a signal peptide of 16 aminoacids, molecular weight and p (mas) I were 13 976 kDa and 5.66 respectively. Results. The aminoacid sequence was called Lm-PLA2-Peru, contains an aspartate at position 49, this aminoacid in conjunction with other conserved residues such as Tyr-28, Gly-30, Gly-32, His-48, Tyr52, Asp99 are important for enzymatic activity. The comparison with the amino acid sequence data banks showed of similarity between PLA2 from Lachesis stenophrys (93%) and other PLA2 snake venoms and over 80% of other sPLA2 family Viperidae venoms. A phylogenetic analysis showed that Lm-PLA2-Peru grouped with other acidic [Asp49] sPLA2 previously isolated from Bothriechis schlegelii venom showing 89 % nucleotide sequence identity. Finally, the computer modeling indicated that enzyme had the characteristic structure of sPLA2 group II that consisted of three α-helices, a β-wing, a short helix and a calcium-binding loop. Conclusion. The nucleotide sequence corresponding to the first transcript of gene from PLA2 cloned of Lachesis muta venom, snake from the Peruvian rainforest.

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COMPONENTES DE LA FRACCIÓN ANTIMITÓTICA DEL EXTRACTO ETANÓLICO DE LA MACROALGA Digenia simplex/ CHEMICAL COMPOUNDS OF ANTIMITOTIC FRACTION IN ETHANOL EXTRACT FROM SEAWEED Digenia simplex

VALLE Z, Hernán; OSPINA G, Sandra; GALEANO J, Elkin; MARTÍNEZ M, Alejandro; MARQUEZ F, María E; LÓPEZ O, Juan B
2008-01-01

Resumen en español En las últimas décadas, la búsqueda de sustancias antineoplásicas en organismos marinos y especialmente en algas marinas, muestra resultados promisorios en el desarrollo de fármacos antitumorales. Entre estas algas se encuentra Digenia simplex, la cual contiene una fracción química en su extracto etanólico con potente efecto antimitótico y citotóxico. Para dilucidar la estructura molecular de los compuestos constituyentes de ésta fracción bioactiva, se realiza (mas) un análisis por resonancia magnética nuclear (RMN), y cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas (CG-EM) de los derivados trimetilsililéteres (derivados TMS). El análisis permite inferir la presencia de una mezcla de compuestos, tales como: azúcares libres, ácidos grasos, nitrilos alifáticos, aminas secundarias alifáticas y monoacilgliceroles. Resumen en inglés In last decades, antineoplasic substances have been found in marine organisms and especially in marine seaweeds, showing promissory results in antitumor drug development. Among these organisms is the seaweed Digenia simplex, which bears a biologically active fraction with a powerful antimitotic and cytotoxic effect, contained in its ethanol extract. In order to elucidate molecular structure of constituent compounds from this bioactive fraction, nuclear magnetic resonance (mas) (NMR) and Gas Chromatography coupled to Mass Spectrometry (GC-MS) analysis was conducted. A compounds mixture, such as: free sugars, fatty acids, aliphatic nitriles, aliphatic secondary amines and monoacylglycerols, were found from this analysis.

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Lack of genetic differentiation among size groups of jumbo squid (Dosidicus gigas)/ Ausencia de diferenciación entre grupos de talla del calamar gigante (Dosidicus gigas)

Sandoval-Castellanos, E; Uribe-Alcocer, M; Díaz-Jaimes, P
2009-12-01

Resumen en español La estructura poblacional del calamar gigante (Dosidicus gigas) es aparentemente compleja al contener varias cohortes y a tres grupos identificados que fueron definidos por su talla (pequeño, mediano y grande) y por diferencias en su maduración, crecimiento y longevidad. Varios autores han señalado la posibilidad de que tales grupos representen unidades genéticamente discretas incluso a nivel de subespecies o especies en status nascendii. Se probó la hipótesis de di (mas) vergencia genética en muestras del Golfo de California (México) y del Mar de Perú mediante la estimación de estadísticos de divergencia poblacional, una prueba exacta de homogeneidad de frecuencias alélicas, un análisis de varianza molecular y árboles genealógicos; aplicados a datos obtenidos con dos marcadores moleculares: RAPDs y secuencias de mtDNA identificadas mediante SSCPs. No se detecaron valores significativos de θ (F ST) ni heterogeneidad en las frecuencias alélicas. La falta de evidencia no necesariamente implica la ausencia de diferenciación entre los grupos pero sustenta el hecho de que la población, en su amplia extensión geográfica, puede tener diferentes grupos de talla sin diferenciación genética relevante, implicando que los hipotéticos grupos genéticamente diferenciados pueden ocurrir en diferentes nichos ecológicos. Resumen en inglés The population structure of the jumbo squid (Dosidicus gigas) is complex, containing several cohorts and three groups defined by their size (small, medium, and large) and by differences in maturation, growth, and life span. Several authors have indicated the possibility of such groups representing discrete genetic units even at level subspecies or species in statu nascendi. Genetic divergence was tested in samples from the Gulf of California (Mexico) and Peruvian Sea by e (mas) stimation of population divergence statistics, an exact test of homogeneity of allele frequencies, analysis of molecular variance, and genealogical trees applied to data obtained with two molecular markers: RAPDs and mtDNA sequences identified by SSCPs. Neither significant values of θ (F ST) nor significant heterogeneity in allele frequencies were detected. Lack of evidence does not imply complete lack of differentiation among the groups but supports the fact that a geographically spread population can have different size groups without relevant genetic differentiation, implying that the hypothetical genetically differentiated groups can occur in different ecological niches.

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Utilización del programa de visualización molecular RasMol como estrategia didáctica para la integración del contenido curricular "proteínas"/ Utilization of the molecular visualization program RasMol as a didactic strategy for the integration of the curricular content "proteins"

Riera, M.A.; Caldez, M.; Giorgio, E.M.; Milde, L.B.; Zapata, P.D.
2010-09-01

Resumen en español Introducción. Los programas de visualización permiten profundizar el conocimiento teórico sobre la estructura proteica. Este trabajo tiene por finalidad familiarizar al alumno con el manejo del programa de visualización molecular RasMol v. 2.7.2 para el análisis de proteínas, ya que integra conocimientos previos y persigue otros objetivos generales de la formación universitaria. Materiales y métodos. El trabajo se contextualizó considerando el eje integrador de l (mas) as materias. Además, se articuló con los contenidos conceptuales y procedimentales de la temática "Niveles estructurales de las proteínas". En primer lugar, se seleccionaron actividades que permitieran evaluar aspectos vinculados con la formación general pretendida para este nivel de la enseñanza formal, como expresión escrita y oral, interpretación de textos científicos en idioma inglés y manejo de base de datos bibliográficos. Resultados y conclusiones. El 70% de los alumnos pudo realizar las actividades de manera satisfactoria. La mayoría de los grupos enfatizó tanto las cuestiones teóricas como las netamente inherentes al manejo del programa. El 30% tuvo problemas de expresión oral y escrita. Se notaron algunas dificultades en la interpretación de los modelos teóricos planteados y en la interpretación del idioma inglés, pero también hubo desconocimiento previo de la temática y falta de iniciativa para la búsqueda de material complementario. Se propone la inclusión de algunas revisiones en idioma nativo, sin perjuicio de los textos en inglés, y ejemplos más sencillos de manera introductoria para los programas de visualización, con una paulatina incorporación de ejemplos más complejos que requieran lectura complementaria. Resumen en inglés Introduction. Visualizations programs allow to analyze deeply theoretical knowledge of protein structure. The aim of this work was to familiarize the students with the molecular visualization program RasMol v. 2.7.2 for protein analysis, integrating previous concepts and pursuing other general objectives of university formation. Materials and methods. The work was contextualized considering the integrative axis of the subjects, articulating it with conceptual and procedur (mas) al contents of the topic "Protein Structure Levels". Activities were selected in order to evaluate different aspects of the general formation pretended at this level of teaching, like oral and written expression, interpretation of scientific papers in English, and bibliographic database search. Results and conclusions. 80% of the students were able to do the proposed activities with acceptable quality. Most of the students equally emphasized both the theoretical and practical procedures. 30% of the students have shown problems with oral or written expression. We noticed some difficulties in the interpretation of the proposed theoretical models and interpretation of the scientific papers in English. Additionally students did not show previous knowledge of the topics and did not look up for complementary bibliography. We propose to include some reviews in native language and simpler examples to serve as an introduction to the visualization program, with gradual incorporation of more complex models that require complementary bibliography reading.

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Técnicas empleadas para el estudio de la interacción entre agentes antitumorales y el DNA

García, M. A.; Pascual-Teresa, B. de
2004-02-01

Resumen en español Los procesos oncológicos se caracterizan por un aumento incontrolado de la proliferación celular y en ellos está implicada la molécula de DNA. El DNA es la diana biológica con la que interaccionan muchos de los fármacos antitumorales y diversos compuestos potencialmente antineoplásicos. Tras muchos años de trabajo, los investigadores han sido capaces de diseñar y sintetizar numerosos compuestos que se unen al DNA por diferentes mecanismos y entre ellos se encuent (mas) ran muchos de los agentes antitumorales conocidos. Diversas técnicas nos permiten hoy en día establecer los tipos de interacciones que tienen lugar entre los ligandos y el DNA, algunas de ellas son ya clásicas y otras, sin embargo, son de reciente desarrollo. Una combinación racional de métodos puede ayudar a determinar el mecanismo molecular de la unión, a establecer relaciones estructura-actividad y, lo que es más importante, a diseñar de forma racional nuevos agentes. Resumen en inglés Oncological processes are characterized by an uncontrolled cell replication always associated to DNA implication. DNA molecule is the biological target for the action of many antitumor drugs and potential antineoplastic compounds. As a result of many years of work, researchers have been able to design and synthesize a great number of compounds binding to DNA through different mechanisms, among which many known antitumor agents are found. Several techniques allow us nowada (mas) ys to establish the type of interactions between DNA and its ligands, some classical and some recently developed. A reasoned combination of methods can help to differentiate the molecular mechanisms of the binding processes, to establish the structure-activity relationships, and, what is more important, to develop reasoned designs for the discovery of new agents.

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Diferenciación genética de tres poblaciones colombianas de Triatoma dimidiata (Latreille, 1811) mediante análisis molecular del gen mitocondrial ND4/ Genetic differentiation of three Colombian populations of Triatoma dimidiata (Heteroptera: Reduviidae) by ND4 mitochondrial gene molecular analysis

Grisales, Nelson; Triana, Omar; Angulo, Víctor; Jaramillo, Nicolás; Parra-Henao, Gabriel; Panzera, Francisco; Gómez-Palacio, Andrés
2010-06-01

Resumen en español Introducción. Triatoma dimidiata es el segundo vector más importante de la enfermedad de Chagas en Colombia, después de Rhodnius prolixus. El conocimiento de la composición genética y la diferenciación de poblaciones es fundamental para el adecuado diseño e implementación de estrategias de control y vigilancia vectorial. Objetivo. Determinar el nivel de variabilidad y diferenciación genética en tres poblaciones colombianas de T. dimidiata provenientes de distint (mas) as localidades y hábitats, mediante el análisis molecular de un fragmento del gen mitocondrial ND4. Materiales y métodos. Se analizó el nivel de polimorfismo y la estructura genética de dos poblaciones silvestres de los departamentos de La Guajira (n=10) y Santander (n=10), y de una población intradomiciliaria (n=15) y peridomiciliaria (n=5) del Cesar. Para tal fin, se analizaron las secuencias de nucleótidos de un fragmento del gen mitocondrial ND4. Resultados. T. dimidiata en Colombia demostró tener gran diversidad genética, tanto a nivel de nucleótidos (π: 0,034) como de haplotipo (Hd: 0,863), además de una significativa estructuración de población (fST: 0,761) con un bajo número de migrantes (Nm: 0,157). Las distancias genéticas y las diferencias en los niveles de variabilidad genética entre las tres poblaciones fueron coherentes con una posible subdivisión de población. Conclusión. Este trabajo demostró diferenciación genética entre las poblaciones de T. dimidiata de La Guajira, Cesar y Santander. Se sugiere una posible relación entre tal subdivisión y algunas características eco-epidemiológicas que posee T. dimidiata en el centro-oriente y en el norte de Colombia. Finalmente, este trabajo describe, por primera vez, la utilidad del ND4 como un marcador molecular para el estudio de poblaciones naturales de T. dimidiata. Resumen en inglés Introduction. Triatoma dimidiata is the second most important vector of Chagas disease in Colombia after Rhodnius prolixus. Population genetic studies are essential for the adequate design and implementation of vector control and surveillance strategies. Objective. The level of genetic variability and population differentiation was surveyed among three Colombian populations of T. dimidiata from different geographic locations and ecotopes, using ND4 mitochondrial gene. Mat (mas) erials and methods. Genetic comparison was made between two wild populations from La Guajira (n=10) and Santander (n=10) provinces, and one intra (n=15) and one peridomiciliary (n=5) population from the Cesar province. The polymorphism frequencies of the ND4 mitochondrial gene sequence were analyzed to deduce population structure based on the 40 samples. Results. Colombian T. dimidiata showed a high nucleotide (π: 0.034) and haplotype diversity (Hd: 0.863), as well as significant population subdivision (fST: 0.761) and a low migration rate (Nm: 0.157). Genetic distances and variability differences among populations indicate distinct population subdivision amongst the three provinces. Conclusion. ND4 proved useful in elucidating the significant genetic differentiation that has occurred among T. dimidiata populations from La Guajira, Cesar and Santander. The analysis suggested a relationship between population subdivision and some eco-epidemiological attributes of this vector from the central eastern and northwestern regions of Colombia.

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ESTUDIOS ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE UNA LECTINA AISLADA DE SEMILLAS DE CAESALPINIA SPINOSA KUNTZE (TARA)/ STRUCTURE AND FUNCTION STUDIES OF A LECTIN FROM CAESALPINIA SPINOSA KUNTZE (TARA) SEEDS

Mendoza, Werner; Gandolfo, Laura; Ponce, Luis; Novello, José; Marangoni, Sergio
2007-08-01

Resumen en español Una lectina de semillas de Caesalpinia spinosa Kuntze (Tara; Caesalpiniaceae, Leguminosae) fue purificada y caracterizada a través de extracción salina, por combinación de dos cromatografías de exclusión molecular y HPLC de fase reversa. El análisis en SDS-PAGE demostró que la lectina purificada era homogénea ya que ésta presentó una sola banda de proteína correspondiente a un tamaño molecular de 29 kDa. La lectina de Caesalpinia spinosa Kuntze (CsLEC) fue cap (mas) az de aglutinar eritrocitos del grupo sanguíneo humano "B" Rh+ con una CMH de 3,86 µg/ml y esta actividad fue inhibida por D-glucosa, D-manosa, D-maltosa, D-glucosamina, N-acetil glucosamina (3,25 mM) y el agente quelante EDTA (0,31 mM), lo que sugiere que puede ser considerada como una lectina tipo C que depende de iones divalentes como calcio y manganeso. El análisis completo de aminoácidos reveló que CsLEC es ácida y sumamente hidrofóbica (16,3% residuos ácidos, 8,9% básicos, 17,0% neutros y 57,8% residuos hibrofóbicos), prevaleciendo la fenilalanina (Phe, 22,1%). Comparación de la secuencia aminoacídica con otras secuencias de vegetales determinó que CsLEC tiene homología con lectinas de la familia Leguminosae, mostrando una semejanza del 67,9% con la leucoaglutinina de Maackia amurensis (Fabaceae, Papilionoideae) con sialillactosa y el precursor de la lectina de Maackia amurensis Resumen en inglés A lectin from Caesalpinia spinosa Kuntze (tara; Caesalpiniaceae, Leguminosae) seeds was purified and characterized through saline extraction by the combination of two size-exclusion chromatographies and a reverse phase HPLC. The SDS-PAGE analysis demonstrated that the purified lectin was homogeneous since it presented a single protein band corresponding to a molecular size of 29 kDa. The lectin from Caesalpinia spinosa Kuntze (CsLEC) was able to agglutinate human blood gr (mas) oup "B" Rh+ erythrocytes with a CMH of 3.86 µg/ml. This activity was inhibited by D-glucose, D-maltose, D-mannose, D-glucosamine, N-acetyl glucosamine (3.25 mM) and the chelanting agent EDTA (0.31 mM), suggesting that it can be considered as a type C lectin, which depend on divalent ions such as calcium or manganese. The complete amino acid analysis revealed that the CsLEC is acidic and highly hydrophobic (16.3 % acid , 8.9 % basic, 17.0 % neutral and 57.8 % hydrophobic residues), prevailing phenylalanin (Phe, 22.1 %). Amino acid sequence comparison with other plant lectins determined that it has more homology with the lectins from the Leguminosae family, showing 67.9 % similarity with the leucoagglutinin from Maackia amurensis (Fabaceae, Papilionoideae) with sialillactose and the predecessor of the lectin from Maackia amurensis

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USO DE MARCADORES BIOQUÍMICOS Y MOLECULARES EN ESTUDIOS DE DIVERSIDAD GENÉTICA./ Use of biochemical and molecular markers in genetic diversity studies

Becerra V, Viviana; Paredes C, Mario
2000-07-01

Resumen en español En las últimas décadas ha habido un notorio aumento en los marcadores genéticos disponibles para estudios de diversidad genética. Algunos de ellos tienen diferentes bases moleculares, pero todos están enfocados a determinar la organización de la estructura genética en las poblaciones naturales y cultivadas. Además, ellos muestran la similitud entre y dentro de las poblaciones evitando el efecto ambiental. Conocer la similitud entre los individuos y las poblaciones (mas) es de gran utilidad en los programas de mejoramiento genético, pues permite, además de la organización del material la selección adecuada de los genotipos superiores y la complementación con datos fenotípicos y agronómicos para el desarrollo de una población mejorada. Este artículo revisa algunos antecedentes de estos marcadores basados en su metodología, ventajas y desventajas de su uso Resumen en inglés In the past decade there has been a remarkable increase in the use of genetic markers to characterize genetic diversity in different species. Some of these genetic markers have a different molecular basis, but all of them are focused to understand the organization of genetic structure of natural and cultivated populations. In addition, these markers have been used to determine the genetic similarity among and within populations avoiding environmental influence. Knowing th (mas) e similarity between individuals and populations is of great utility in genetic improvement programs, because it allows the organization of material for the adequate selection of superior genotypes and the completion with phenotypic and agronomic data for the development of improved populations. This paper reviews the background of these markers based on their methodologies, and discusses their principal advantages and disadvantages

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Consideraciones sobre el empleo de antisueros somáticos en la clasificación por serotipos de cepas de Pseudomonas aeruginosa

Moya, Aniel; Callicó, Adriana; Cedré, Bárbara
2007-08-01

Resumen en español El lipopolisacárido (LPS) de bacterias gramnegativas se emplea en el desarrollo de candidatos vacunales, como antígeno expuesto en la preparación o formando parte de esta para aumentar su poder inmunogénico. Sin embargo, esta estructura química de la membrana externa puede ser también utilizada para clasificar bacterias. Según el LPS, presente en la membrana externa bacteriana, Pseudomonas aeruginosa se puede clasificar en 20 tipos somáticos diferentes, clasificac (mas) ión muy útil para estudios epidemiológicos. P. aeruginosa expone sus LPS en la membrana de forma estable, pero ocurren cambios en el fenotipo del LPS bacteriano durante la infección, sucesos que dificultan su clasificación. En estos momentos, los estudios que se desarrollan en el Instituto Finlay necesitan del empleo de tecnologías modernas de clasificación y del diagnóstico molecular para poder establecer patrones más precisos de expresión de los LPS por métodos que junto a los ya existentes permitan diferenciar cepas bacterianas de la misma especie en cualquier tipo de infección. Resumen en inglés Lipopolysaccharides (LPS) of gramnegative bacteria are used for developing vaccine candidates as a complete exposed antigen in the preparation or as essential part of vaccines to improve its immunogenic power. Nevertheless, this outer membrane structure can also be used in bacterial classification according to the LPS chemical structure in outer membrane structure. Twenty different LPS have been reported as somatic antigens useful in P. aeruginosa strains classification i (mas) n epidemiological studies. Current studies of Finlay Institute need the introduction of up-dated classification technologies and molecular diagnosis tools to establish more accurate epidemiological standards to improve the reports about the presence of new strains at the infection site.

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Estudio de análogos de la sulfonanilida que actúan como supresores de la expresión de la aromatasa/ Study of sulfonanilide analogues acting as suppressants of the aromatase expression

Vivas-Reyes, Ricardo; Gueto Tettay, Carlos; Torres Castellar, Juan E
2009-12-01

Resumen en español Se realizó un estudio tridimensional cuantitativo de relación-estructura con nuevos análogos de la sulfonanilida que actúan como supresores de la expresión y actividad de la aromatasa en células de cáncer de mama, independientemente de la inhibición de la ciclooxigenasa-2 (COX-2). La superposición molecular de los ligandos en la plantilla fue llevada a cabo por el método Database Alignment. El mejor modelo estuvo constituido por la combinación de los campos est (mas) érico e hidrofóbico, los cuales arrojaron los siguientes parámetros: q² = 0,613 con siete componentes, R² no validado igual a 0,976, valor de F igual a 81,695; 0,347 y 0,047 para los errores estándar de predicción y estimación, respectivamente. Las contribuciones estérica e hidrofóbica fueron de 50,5 y 49,5% respectivamente. Los datos generados por el presente estudio podrían impulsar el diseño de nuevos y más potentes reguladores selectivos de la expresión de la aromatasa. Resumen en inglés A three-dimensional quantitative structure-activity relationship study was performed with new Sulfonanilide analogue molecules acting as aromatase expression and activity suppressors in breast cancer cells independent of COX-2 inhibition. The molecular supression of the ligands in the grid was carried out by the DATA-BASE ALIGNMENT method. The best model formed by combining the esteric fields and hydrophobic fields yielded the following parameters: q² = 0.613 with seven (mas) components, not validated R² equal to 0.976, with an F value of 81.695, 0.347 and 0.047 for the standard errors of prediction and estimate, respectively. The contribution of esteric and hydrophobic fields was 50.5 and 49.5% respectively. data generated from this study may be used to design new and more potent selective aromatase expression regulators.

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Estudio cualitativo de relación estructura-actividad de aldehídos aromáticos, potenciales agentes antisickling/ Qualitative study of the structure-activity relationship of aromatic aldehydes, potential antisickling agents

Cortina Marrero, Hugo Jorge; Ferro Fernández, Víctor Roberto; Morris Quevedo, Humberto Joaquín; Hechavarría Difour, Liliana; Poveda Calviño, Luis Argel
2004-03-01

Resumen en español Se realizó un estudio cualitativo de relación estructura-actividad (SAR) con 27 aldehídos aromáticos de interés como potenciales agentes antisickling. Los datos de actividad: modificación de la HbA intracelular (A1) y efectos sobre la afinidad por el oxígeno (A2), se tomaron de estudios publicados en la literatura. Se emplearon descriptores mecanocuánticos determinados mediante cálculos semiempíricos (MNDO/PM3 y CNDO). Los resultados obtenidos sugieren nuevas co (mas) nsideraciones sobre el papel de diversos parámetros moleculares en la actividad de estos compuestos. La baja polaridad del grupo carbonilo favorece la actividad A1, así como la presencia de sustituyentes electroaceptores, disminuidores de esta polaridad. El papel de los sustituyentes y el anillo no se reduce al de moduladores de la polaridad del carbonilo. Las evidencias encontradas podrían ser útiles en trabajos de síntesis orientados a obtener compuestos con mejores perfiles de actividad antisickling. Resumen en inglés A qualitative structure-activity relationship study was conducted with 27 aromatic aldehydes of interest as potential antisickling agents. The activity data: intracellular HbA modification (A1) and effects on the oxygen affinity (A2), were taken from published studies. Mechanoquantum descriptors determined by semiempyric calculations (MNDO/P3 and CNDO) were used. The results obtained suggest new considerations on the role played by diverse molecular parameters in the acti (mas) vity of these compounds. The low polarity of the carbonyl group favors the A1 activity, as well as the presence of substituting electroaceptors that reduce this polarity. The role of the substitutes and of the ring is not only that of modulators of the carbonyl polarity. The evidence found may be useful in synthesis works oriented to obtain compounds with better antisickling activity profiles

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Modelación molecular y variación estructural de las integrasas de dos retrovirus humanos: HTLV-I y VIH-1/ Molecular modeling and structural variation of two human retrovirus integrases: HTLV-I and HIV-1

García Vallejo, Felipe; Cuesta Astroz, Yesid; Domínguez, Martha C; Sánchez, Adalberto; Salcedo Cifuentes, Mercedes; Díaz, Diane María; Quintana, Milton
2009-06-01

Resumen en español Objetivo: Analizar las características moleculares y de variación de secuencias de las integrasas del HTLV-I y del VIH-1 y sus variantes poblacionales. Metodología:Análisis de secuencias y estructuras obtenidas de diferentes bases de datos; para ello se utilizaron programas computacionales de modelación de estructuras proteicas e identificación de sustituciones polimórficas en secuencias de aminoácidos de integrasas del HTLV-I y VIH-1 previamente reportadas. Mater (mas) iales y métodos: Tanto la integrasa del HTLV-I como la del VIH-1 son proteínas compuestas por 288 residuos de aminoácidos. Se encontró un parecido de estructuras terciarias entre los dominios catalíticos de las IN de VIH-1, ASV y RSV con la del HTLVI. A partir de 103 secuencias completas de la integrasa del VIH-1 se registraron, en 46 codones, un total de 53 sustituciones que se localizaron en diferentes posiciones de la proteína nativa; las más frecuentes fueron: N27G (32,1%), A265V (30,1%), L101I (31,1%) y T123A (27,0%). Ninguna de las sustituciones más frecuentemente encontradas generó un cambio en el plegamiento nativo de la correspondiente región. Conclusión: La estructura tridimensional del dominio central catalítico de la integrasa condicionaría su actividad y su relación con moléculas potencialmente inhibidoras. Las sustituciones observadas fueron neutrales sin alterar la estructura nativa. Los resultados obtenidos confirman que la integrasa es un nuevo y promisorio blanco para el desarrollo de terapias antirretrovirales más efectivas en el siglo XXI. Resumen en inglés Objective: To analyze the molecular characteristics and amino acid sequence variations of HTLV-I and of HIV-1 integrases and their population variants. Materials adn methods: Data mining and analysis of integrase sequences and protein structure data bases by using appropriate software for modelling and search for polymorphic substitutions in HTLV-I and HIV-1 integrase amino acid sequences previously reported. Results: HTLV-I and HIV-1 integrases are proteins of 288 amino (mas) acid residues. Structural modeling of tertiary folding of HTLV-I integrase catalytic central domain’s, showed closed structural characteristic with those of HIV-1, ASV and RSV. From 103 full amino acid sequences of HIV-1 integrase, 53 substitutions located in 46 different codons were recorded. The more frequents correspond to N27G (32,1%), L101I (31,1%), A265V (30,1%) and T123A (27,0%). None of these frequent substitutions introduced changes in the folding of HIV-1 native integrase. Conclusion: The tridimensional structure of central catalytic domain would influence the integrase activity and its relationship with potentially inhibitory molecules. Those observed amino acid substitutions were neutral and do not alter the native protein structure. Our data confirm those previously published, and enable us to propose that IN is a new and promissory target for develop more effective antiviral therapies in the XXI century.

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Descripción del ARN de transferencia mitocondrial para Serina (UCN) de Lutzomyia columbiana (Diptera, Psychodidae)/ Description of the mitochondrial serine transfer RNA (UCN) of Lutzomyia columbiana (Diptera, Psychodidae)

Pérez-Doria, Alveiro; Bejarano, Eduar Elías; Vélez, Iván Darío
2008-01-01

Resumen en español Lutzomyia columbiana es un flebotomíneo considerado como vector sospechoso de Leishmania mexicana y Leishmania braziliensis en Colombia. Este insecto pertenece al grupo verrucarum, que incluye algunos taxones isomórficos, lo que ha estimulado la búsqueda de marcadores moleculares que permitan, además de diferenciar las especies, estudiar sus relaciones de parentesco. En este artículo se describe por primera vez la estructura putativa del ARN de transferencia mitocond (mas) rial para serina que reconoce el codón UCN (ARNtSer) de Lu. columbiana. El ADN genómico fue extraído, amplificado y secuenciado a partir de seis especímenes colectados con cebo humano. La estructura secundaria del ARNtSer fue inferida con el programa tRNAscan-SE 1.21. El gen ARNts consistió de 67 pares de bases (pb), encontrándose un solo haplotipo en los seis individuos secuenciados. El ARNtSer de Lu. columbiana mostró 7 apareamientos intracatenarios en el brazo aceptor del aminoácido, 3 en el brazo dihidrouridina (DHU), 5 en el brazo del anticodón y 5 en el brazo ribotimidina-pseudouridina-citosina (TøC). El tamaño de las lupas correspondió a 5 nucleótidos en la DHU, 7 en la anticodón, 4 en la variable y 7 en la TøC. Lu. columbiana se distingue del resto de especies de Lutzomyia y Phlebotomus secuenciadas a la fecha por la presencia de una guanina en la posición nucleotídica 64, que produce un apareamiento no canónico tipo uracilo-guanina en el brazo aceptor. Se necesitan más estudios para confirmar la utilidad del ARNtSer como marcador molecular para la discriminación de especies de flebotomíneos. Resumen en inglés The sand fly Lutzomyia columbiana is considered a suspected vector of Leishmania mexicana and Leishmania braziliensis in Colombia. Lu. columbiana belongs to the Lutzomyia verrucarum species group, which included some sibling species. This has motivated the search for molecular markers to distinguish these taxa. In this paper, we described for the first time the putative secondary structure of the mitochondrial serine transfer RNA that recognizes the codon UCN of Lu. colum (mas) biana (tRNA Ser). DNA was extracted, amplified and sequenced from six individuals collected in human biting activity. The secondary structure of the tRNA Ser was inferred using the program tRNAscan-SE 1.21. The tRNA Ser gene length was 67 pair of bases (pb), and a single haplotype was detected among the six specimens sequenced. In the inferred secondary structure of the tRNA Ser of Lu. columbiana, the acceptor arm consisted of 7 bp, the dihydrouridine (DHU) arm of 3 pb, the anticodon arm of 5 pb, and the ribothymidine-pseudouridine-cytosine (TøC) arm of 5 pb. Similarity, the estimated size of the loops was 5 nucleotides in the DHU, 7 in the anticodon, 4 in the variable, and 7 in the TøC. Lu. columbiana differs from other Lutzomyia and Phlebotomus species sequenced to date by the presence of guanine in the nucleotide position 64, which induce a non-canonical base pair conformation type uracil-guanine in the acceptor arm. More studies are necessary to confirm the usefulness of the tRNA Ser as a suitable molecular tool for sand fly species identification.

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Diversidad genética en poblaciones humanas de dos regiones colombianas/ Genetic diversity in human populations of two regions from Colombia

Rondón, Fernando; Osorio, Julio César; Peña, Ángela Viviana; Garcés, Héctor Andrés; Barreto, Guillermo
2008-06-01

Resumen en español Introducción: Estudios preliminares han mostrado la existencia de relaciones genéticas entre las poblaciones humanas del sur-occidente y las de la región andina colombiana, teniendo esto implicaciones en el grado de miscegenación de estas comunidades. No obstante el reconocimiento de este amplio proceso de mestizaje, no se tiene suficiente información que permita establecer la estructura y el grado de diversidad genética para cada región en particular y de la pobla (mas) ción colombiana en general. Objetivo: Determinar la estructura y diversidad genética presente en grupos poblacionales del centro y sur-occidente colombiano. Metodología: Se analizaron las frecuencias alélicas de 12 sistemas de microsatélites autosómicos y el tipo y frecuencia de RFLP's de mtDNA presentes en 472 individuos de tres grupos étnicos: mestizos, indígenas y afroamericanos. Resultados: La caracterización de haplotipos de mtDNA en individuos afrodescendientes presentó 15% de marcadores típicos amerindios y 43% de africanos. El análisis de la diversidad genética mostró un índice de 0.72 en individuos Pijaos, valor cercano al índice de diversidad de la población mestiza de Cali (0.75). El análisis molecular de varianza (AMOVA) a partir de los 12 STR's, mostró que la estructuración genética no es significativa (FST de 0.032); adicionalmente se evidenció alta endogamia en la muestra mestiza de Caldas (0.43) y en la muestra indígena Coyaima (0.34). Conclusiones: Con los marcadores moleculares estudiados se estableció la estructura genética de poblaciones del sur-occidente colombiano confirmándose adicionalmente el grado de miscegenación y el flujo genético ocurrido entre diferentes grupos étnicos del centro y sur-occidente colombiano. Resumen en inglés Introduction: Preliminary studies have showed close relations among southwest human populations and Andean region leaving it consequences in ethnic admixe process. However, this wide process of racial admixture today it is not exist sufficient information to define structure and genetic diversity for each region and Colombian population in general. Objectives: The principal goal from this study was to determinate the genetic structure and diversity present into human popu (mas) lations from Andean and Southwest Colombia regions. Methods: This study was realized by characterization allelic frequencies of 12 autosomal STR's and six RFLP's of mtDNA presents in 472 individuals from three ethnics groups: Caucasoids, Afroamericans and Amerindians. Results: mtDNA haplotypes presents in Afrodescends sample was 15% and 43% typical Amerindian and African markers respectively; the genetics diversity analysis shows a value of 0.72 in Pijao indigenous, these values are close to diversity index of mestizos from Cali (0.75). AMOVA of allelic frequencies from 12 STR's shows that genetic structures don't was significatively different (FST de 0.032); in addition it's to exhibit high endogamy in mestizos from Caldas sample (0.43) and Coyaima indigenous (0.34). Conclusions: was established genetic structure for southwest Colombian population. Additionally, the results confirm the mixing process and the genetics flow among many populations groups from Andean and southwest Colombia regions.

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Análisis de la estructura genética en una muestra poblacional de Bucaramanga, departamento de Santander/ An assessment of genetic structure in a Bucaramanga, department of Santander, population sample

Hincapié, Martha Lucía; Gil, Adriana María; Pico, Adriana Lucía; Gusmão, Leonor; Rondón, Fernando; Vargas, Clara Inés; Castillo, Adriana
2009-12-01

Resumen en español Introducción: El fenómeno de sub-estructura en las poblaciones ha tenido desde hace varios años un abordaje amplio, que se enfocó, entre otros, en la identificación y cuantificación de la mezcla étnica presente en estudios de mapeo asociativo, para comprobar la asociación de marcadores polimórficos en el desarrollo de enfermedades comunes complejas, como responsable de falsos positivos. No obstante el reconocimiento de este problema, no se tiene suficiente inform (mas) ación genética en el contexto nacional ni local que permita determinar la posible diferenciación de subgrupos poblacionales en cada región en particular. Objetivo: Determinar la estructura genética en una muestra poblacional de la ciudad de Bucaramanga, a partir del análisis de 19 marcadores microsatélites autosómicos en distintos subgrupos poblacionales. Metodología: De la base de datos del Laboratorio de Genética Humana de la Universidad Industrial de Santander, se seleccionaron aleatoriamente 350 muestras de ADN, y se amplificaron 19 marcadores autosómicos Short Tandem Repeat mediante los «kits Powerplex®16 y FFFL (Promega)». Resultados: En el análisis de equilibrio Hardy Weinberg, no se obtuvieron diferencias estadísticamente significativas en 18 de 19 marcadores Short Tandem Repeat autosómicos analizados en la población de Bucaramanga. El único marcador que mostró no estar en equilibrio Hardy Weinberg en la población de Bucaramanga fue el F13B (valor de significancia de p=0.00264, después de aplicar la corrección de Bonferroni). Discusión: Las poblaciones representadas en los seis estratos socioeconómicos mostraron alta diversidad genética intragrupos, que ratificó una alta variabilidad entre los individuos de la ciudad de Bucaramanga, acorde con el bajo valor de F STentre distintos grupos, determinado en el análisis molecular de varianza con base en frecuencias alélicas observadas para los 19 Short Tandem Repeat analizados. Conclusión: La alta diversidad genética y el análisis molecular de varianza mostraron una baja diferenciación entre los seis estratos socioeconómicos en la ciudad de Bucaramanga, y evidenciaron a la población como una misma unidad genética, no sub-estructurada. Resumen en inglés Introduction: The phenomenon of substructure in the populations has been greatly analyzed for several years, and it has been focused especially on the identification and quantification of ethnic mixture present in studies of associative mapping to verify the association of polymorphic markers in the development of complex and common diseases responsible for false positives. Nevertheless, despite the recognition of this issue, there is insufficient genetic information with (mas) in the national or local contexts that allow assessing the possible differentiation of population sub-groups in each particular region. Objective: To determine the genetic structure in the city of Bucaramanga through the analysis of 19 autosomal microsatellite markers in different subgroups of the population. Methodology: A total of 350 DNA samples were randomly selected from the database of the Human Genetic Laboratory at Universidad Industrial de Santander by using Epi Info version 6.04 2001. Also, 19 Short Tandem Repeat markers were amplified using «kits Powerplex® 16 and FFFL (Promega)». Results: In the Hardy Weinberg equilibrium analysis (100 steps in Markov chain and 1000 dememorization steps), no statistically significant differences in 18 out of the 19 analyzed STRs markers in the population of Bucaramanga were obtained. A unique marker that proved not present in HWE in the population of Bucaramanga was the F13B (for a significance value of p=0.00264, after applying the Bonferroni correction). Discussion: The populations represented in the six socioeconomic levels presented high genetic diversity intragroups, which ratified the high variability among the individuals in this city according to the low value of FST for different groups, determined via the molecular analysis of variance based on the allelic frequencies observed for the 19 analyzed Short Tandem Repeats. Conclusions: The high genetic diversity, as well as the analysis of molecular variance displayed low divergence for each of the six socioeconomic levels in the city of Bucaramanga. Therefore, it is suggested that this population is an equivalent genetic unit and not substructured.

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Bases moleculares del cáncer/ Molecular basis of cancer

Meza-Junco, Judith; Montaño-Loza, Aldo; Aguayo-González, Alvaro
2006-02-01

Resumen en español El cáncer comprende un grupo de enfermedades caracterizadas por proliferación autónoma de células neoplásicas que tienen varias alteraciones, incluyendo mutaciones e inestabilidad genética. Las funciones celulares son controladas por proteínas codificadas por DNA que está organizado en genes y los estudios moleculares han mostrado que el cáncer es el paradigma de una enfermedad genética adquirida. El proceso de producción de las proteínas involucra una serie d (mas) e eventos, cada uno de éstos con sus respectivas enzimas, las cuales también son codificadas por DNA y reguladas por otras proteínas. La mayoría de estos eventos puede verse afectada y eventualmente desencadenar una alteración en la cantidad o estructura proteica, que a su vez afecte la función celular. Sin embargo, mientras que la función celular puede ser alterada por disturbios de un gen, la transformación maligna requiere que ocurran dos o más anormalidades en la misma célula. Si bien, existen mecanismos responsables del mantenimiento y la reparación de DNA, su estructura básica y el orden de sus bases de nucleótidos puede mutar. Estas mutaciones pueden heredarse u ocurrir de manera esporádica y pueden presentarse en todas las células o sólo en las células tumorales. A nivel de los nucleótidos, estas mutaciones pueden ser sustituciones, adiciones o deleciones. Más adelante se discutirán varios oncogenes, incluyendo el p53, c-fms y Ras, que pueden activarse por mutaciones puntuales que originen la sustitución de aminoácidos en puntos críticos de la proteína. Este artículo examina los conceptos actuales relacionados con los mecanismos celulares causales de las alteraciones moleculares que caracterizan el desarrollo del cáncer. Resumen en inglés Cancer is a group of diseases characterized by an autonomous proliferation of neoplastia cells which have a number of alterations, including mutations and genetic instability. Cellular functions are controlled by proteins, and because these proteins are encoded by DNA organized into genes, molecular studies have shown that cancer is a paradigm of acquired genetic disease. The process of protein production involves a cascade of several different steps, each with its attend (mas) ant enzymes, which are also encoded by DNA and regulated by other proteins. Most steps in the process can be affected, eventually leading to an alteration in the amount or structure of proteins, which in turn affects cellular function. However, whereas cellular function may be altered by disturbance of one gene, malignant transformation is thought to require two or more abnormalities occurring in the same cell. Although there are mechanisms responsible for DNA maintenance and repair, the basic structure of DNA and the order of the nucleotide bases can be mutated. These mutations can be inherited or can occur sporadically, and can be present in all cells or only in the tumor cells. At the nucleotide level, these mutations can be substitutions, additions or deletions. Several of the oncogenes discussed below, including the pB3, c-fms, and Ras genes, can be activated by point mutations that lead to aminoacid substitution in critical portions of the protein. This article examines the current concepts relating to cellular mechanism that underlie the molecular alterations that characterize the development of cancer.

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Estructura poblacional de aislamientos del citrus tristeza virus y su asociación con la muerte súbita de los cítricos en Brasil/ Population structure of citrus tristeza virus isolates and its association with citrus sudden death in Brazil

Rivas-Valencia, Patricia; Loeza-Kuk, Emiliano; Mora-Aguilera, Gustavo; Febres, Vicente; Ochoa-Martínez, Daniel; Gutiérrez-Espinosa, Ma. Alejandra; Cintra de Jesus-Junior, Waldir; Correia-Malvas, Celia; Arno-Wulff, Nelson
2008-02-01

Resumen en español Se desconoce la etiología de la enfermedad muerte súbita de los cítricos (MSC) y su relación con una variante severa del virus tristeza de los cítricos (Citrus tristeza virus, CTV). Para estudiar una posible relación se estudiaron cinco poblaciones de 100 árboles cada una, en regiones con y sin presencia MSC, en huertas comerciales de los estados de São Paulo y Minas Gerais, Brasil. En las huertas con MSC se observó decoloración foliar, defoliación, crecimiento (mas) vegetativo reducido y eventualmente muerte del árbol. El objetivo de este estudio fue caracterizar la estructura poblacional de aislamientos de CTV presentes en ambas regiones con el fin de asociar etiológicamente al CTV con la MSC. Únicamente 96/500 muestras amplificaron para el gen de la capa proteica (CP) del CTV, las que fueron sometidas a hibridación con sondas específicas y a un análisis de conformación polimórfica de cadena simple de ADN (single-strand conformation polymorphism, SSCP). Los porcentajes de hibridación con sondas específicas para aislamientos severos de CTV fueron 79.60% y 84.67% en la región con y sin MSC, por lo que no se encontró una asosiación definitiva de aislamientos severos con MSC. El análisis SSCP determinó la presencia de hasta cinco haplotipos en un solo árbol en regiones con MSC, y hasta siete en regiones sin MSC. No se encontró un patrón dominante. El análisis de varianza molecular (AMOVA) mostró una mayor variación dentro de poblaciones que entre regiones, lo que indica una estructura poblacional heterogénea con origen local. Con los datos obtenidos no se determinó una relación directa entre aislamientos severos de CTV y la MSC, pero tampoco se descartó la posible función del CTV en el nuevo síndrome. Resumen en inglés The etiology of citrus sudden death (CSD) and its relationship with a severe variant of the citrus tristeza virus (citrus tristeza virus, CTV) is unknown. To discover a possible relationship, a study was made of five populations of 100 trees each one, in regions with and without CSD presence, in commercial groves of the states of São Paulo and Minas Gerais, Brazil. In the groves with CSD, foliar discoloration was observed, along with defoliation, reduced vegetative growt (mas) h and eventually tree death. The objective of the present study was to characterize the population structure of CTV isolates present in both regions with the purpose of etiologically associating CTV with CSD. Only 96/ 500 amplified for the gene of the coat protein (CP) of the CTV, which were subjected to hybridation with specific probes and to an analysis of single-strand conformation polymorphism (SSCP). The percentages of hybridation with specific probes for severe CTV isolations were 79.60% and 84.67% in the region with and without CSD. Therefore, no definite association was found of severe isolations with CSD. The SSCP analysis determined the presence of up to five haplotypes in a single tree in regions with MSC, and as many as seven in regions without CSD. A dominant pattern was not found. The analysis of molecular variance (AMOVA) showed a greater variation within populations than among regions, which indicates a heterogeneous population structure with local origin. With the data obtained, no direct relationship was determined between severe CTV isolates and CSD, but the possible involvement of CTV in the new syndrome was not discarded.

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Propiedades químico-estructurales de la materia orgánica del suelo en un agro sistema de los llanos centrales venezolanos bajo diferentes prácticas de manejo

Rodríguez, Belkis; España, Mingrelia; Cabrera de Bisbal, Evelyn
2004-08-01

Resumen en portugués Os usos da terra e as praticas agrícolas ocasionam diferenças na estrutura e composição da matéria orgânica do solo (MOS). A abundância relativa de compostos orgânicos voláteis foi determinada para avaliar as propriedades químico estruturais da MOS sob diferentes práticas de manejo: lavragem convencional (LC), plantio direto (SD), plantio direto prévio um passe de cinzel (CSD), manutenção (MR) e exportação (ER) dos resíduos de colheita do solo, milho cont (mas) inuo (M-M) e uma rotação interanual milho-soja (M-S). O experimento realizou-se em um solo Tipic Hapluster Af, situado na altiplanície dos pampas centrais (9º23’33'’N e 66º38’30'’O), Venezuela. As características químico-estruturais de MOS se determinaram através de pirólise cromatográfica de gases (PY-CG), obtendo-se fragmentos de compostos orgânicos voláteis em solo e extrato. Os efeitos individuais dos tratamentos não geraram diferenciação na estrutura molecular de MOS, que se caracterizou por predomínio de compostos humificados e microbiologicamente alterados. MRM-S e ERM-M favoreceram o enriquecimento do solo com material resistente à degradação. MR apresentou um menor índice de humificação e aromatização de MOS sob estas condições. A diminuição de furfural, ácido acético e fenol a 20 dias depois da colheita (ddc), assim como de pirrolo a 35 ddc, indicou uma taxa alta de decomposição de MOS antes dos 20 ddc. O menor índice de mineralização ocorreu na combinação SDMRM-M, enquanto a estrutura molecular da sustância humica não mostrou evidências de haver sido alterada por SDMRM-M, CSDMRM-M e LCMRM-M. Resumen en español Los usos de la tierra y las prácticas agrícolas ocasionan diferencias en la estructura y composición de la materia orgánica del suelo (MOS). La abundancia relativa de compuestos orgánicos volátiles fue determinada para evaluar las propiedades químico estructurales de la MOS bajo diferentes prácticas de manejo: labranza convencional (LC), siembra directa (SD), siembra directa previo un pase de cincel (CSD), mantenimiento (MR) y exportación (ER) de los residuos de (mas) cosecha del suelo, maíz continuo (M-M) y una rotación interanual maíz-soya (M-S). El experimento se realizó en un suelo Tipic Hapluster Af, ubicado en la altiplanicie de los llanos centrales (9º23'33''N y 66º38'30''O), Venezuela. Las características químico-estructurales de MOS se determinaron a través de pirólisis cromatográfica de gases (PY-CG), obteniéndose fragmentos de compuestos orgánicos volátiles en suelo y extracto. Los efectos individuales de los tratamientos no generaron diferenciación en la estructura molecular de MOS, que se caracterizó por predominio de compuestos humificados y microbiológicamente alterados. MRM-S y ERM-M favorecieron el enriquecimiento del suelo con material resistente a la degradación. MR presentó un menor índice de humificación y aromatización de MOS bajo estas condiciones. La disminución de furfural, ácido acético y fenol a 20 días después de la cosecha (ddc), así como de pirrolo a 35ddc, indicó una tasa alta de descomposición de MOS antes de los 20ddc. El menor índice de mineralización ocurrió en la combinación SDMRM-M, mientras la estructura molecular de la sustancia húmica no mostró evidencias de haber sido alterada por SDMRM-M, CSDMRM-M y LCMRM-M. Resumen en inglés Land use and agricultural management cause differences in the structure and composition of soil organic matter (SOM). The relative abundance of volatile organic products was determined to evaluate chemical-structural properties of SOM under different agronomical practices: conventional tillage (CT), no tillage (NT), no tillage with previous chisel (ChNT), maintenance (MR) and export of crop residues (ER), continuous maize (M-M) and maize-soybean cropping (M-S). The experi (mas) ment was carried out on a Typic Hapluster Af soil, in the Central Llanos (9º23'33''N and 66º38'30''W), Venezuela. The chemical structural composition of SOM was measured by a degradative technique of pyrolysis gas chromatography (Py Gc) in soils and extracts. Individual treatments did not result in different SOM structures. The products were characterized by a high degree of humified and biologically altered compounds. In MRM-S and ERM-M the organic matter was enriched in material resistant to biodegradation. MR showed the least SOM humification and mineralization indexes under these conditions. The reduction of furfural, acetic acid and phenol at 20 days after harvest (dah), like to pyrrole at 35dah reflected to a considerable high rate of biodegradation of SOM in the 20dah. The lowest value of mineralization index was found in the NTMRM-M combination, while the structure of humic substances from soil extracts indicated no difference for NTMRM-M, ChNTMRM-M and CTMRM-M.

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Factor de crecimiento transformante beta-1: estructura, función y mecanismos de regulación en cáncer/ Transforming growth factor beta-1: structure, function and regulation mechanisms in cancer

Peralta-Zaragoza, Oscar; Lagunas-Martínez, A.; Madrid-Marina, Vicente
2001-08-01

Resumen en español El factor de crecimiento transformante beta-1 (TGF-beta1) es sintetizado por muchas estirpes celulares como linfocitos, macrófagos y células dendríticas, y su expresión regula de manera autócrina o parácrina la diferenciación, proliferación y el estado de activación de éstas y muchas otras células. En general, el TGF-beta1 tiene propiedades pleiotrópicas en el contexto de la respuesta inmune durante el desarrollo de infecciones y procesos neoplásicos; sin emb (mas) argo, los mecanismos de acción y regulación de la expresión de esta citocina aún no se comprenden del todo. En la presente revisión se describen las propiedades biológicas y los procesos moleculares que regulan la expresión del TGF-beta1, para entender los efectos de esta citocina durante la proliferación y la diferenciación celular. El conocimiento de los mecanismos moleculares de la regulación del TGF-beta1 puede representar una importante estrategia de tratamiento del cáncer. El texto completo en inglés de este artículo está disponible en: http://www.insp.mx/salud/index.html Resumen en inglés Transforming growth factor beta-1 (TGF-beta1) is produced by several cell lineages such as lymphocytes, macrophages, and dendritic cells, and its expression serves in both autocrine and paracrine modes to control the differentiation, proliferation, and state of activation of these and other cells. In general, TGF-beta1 has pleiotropic properties on the immune response during the development of infection diseases and cancer; however, the mechanisms of action and regulation (mas) of gene expression of this cytokine are poorly understood, In this review, the biological properties and the molecular mechanisms that regulate TGF-beta1 gene expression are described, to understand the role of this cytokine in growth and cell differentiation. The knowledge of molecular mechanisms of gene expression of TGF-beta1 may serve to develop new cancer therapies. The English version of this paper is available at: http://www.insp.mx/salud/index.html

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Factor de crecimiento transformante beta-1: estructura, función y mecanismos de regulación en cáncer/ Transforming growth factor beta-1: structure, function and regulation mechanisms in cancer

Peralta-Zaragoza, Oscar; Lagunas-Martínez, A.; Madrid-Marina, Vicente
2001-08-01

Resumen en español El factor de crecimiento transformante beta-1 (TGF-beta1) es sintetizado por muchas estirpes celulares como linfocitos, macrófagos y células dendríticas, y su expresión regula de manera autócrina o parácrina la diferenciación, proliferación y el estado de activación de éstas y muchas otras células. En general, el TGF-beta1 tiene propiedades pleiotrópicas en el contexto de la respuesta inmune durante el desarrollo de infecciones y procesos neoplásicos; sin emb (mas) argo, los mecanismos de acción y regulación de la expresión de esta citocina aún no se comprenden del todo. En la presente revisión se describen las propiedades biológicas y los procesos moleculares que regulan la expresión del TGF-beta1, para entender los efectos de esta citocina durante la proliferación y la diferenciación celular. El conocimiento de los mecanismos moleculares de la regulación del TGF-beta1 puede representar una importante estrategia de tratamiento del cáncer. El texto completo en inglés de este artículo está disponible en: http://www.insp.mx/salud/index.html Resumen en inglés Transforming growth factor beta-1 (TGF-beta1) is produced by several cell lineages such as lymphocytes, macrophages, and dendritic cells, and its expression serves in both autocrine and paracrine modes to control the differentiation, proliferation, and state of activation of these and other cells. In general, TGF-beta1 has pleiotropic properties on the immune response during the development of infection diseases and cancer; however, the mechanisms of action and regulation (mas) of gene expression of this cytokine are poorly understood, In this review, the biological properties and the molecular mechanisms that regulate TGF-beta1 gene expression are described, to understand the role of this cytokine in growth and cell differentiation. The knowledge of molecular mechanisms of gene expression of TGF-beta1 may serve to develop new cancer therapies. The English version of this paper is available at: http://www.insp.mx/salud/index.html

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Caracterización espectroscópica, química y morfológica y propiedades superficiales de una montmorillonita mexicana/ Spectroscopic, chemical and morphological characterization and superficial properties of a Mexican montmorillonite

Vargas-Rodríguez, Yolanda Marina; Gómez-Vidales, Virginia; Vázquez-Labastida, Eloy; García-Bórquez, Arturo; Aguilar-Sahagún, Guillermo; Murrieta-Sánchez, Héctor; Salmón, Manuel
2008-01-01

Resumen en español Se describe la caracterización mediante técnicas espectroscópicas de una montmorillonita natural colectada en Cuencamé, Durango. La composición de las capas tetraédricas y octaédricas fue analizada por Resonancia Magnética Nuclear (RMN) de ángulo mágico para los núcleos de 29Si y27Al. Las propiedades superficiales de la arcilla se cuantificaron utilizando técnicas de adsorción-desorción de nitrógeno y mediante la aplicación de los métodos de Brunahuer-Emm (mas) ett-Teller (BET) y Barrett-Joyner-Halenda (BJH). Los resultados indican que la arcilla analizada es una montmorillonita sódica con una capa molecular de agua adsorbida entre sus láminas, cuyos átomos de Si en la estructura defilosilicato Q³presentan diferente composición Si-nAl (n =0, 1 y 2). El 3.3% de los átomos de Al correspondientes a la estructura se encuentran sustituyendo a los de Si en la capa. La presencia de los iones paramagnéticos Fe+3 y Mn+2 en la montmorillonita fue determinada por resonancia paramagnética electrónica (RPE), después de ser tratada con HCl y CF3SO3H. Adicionalmente, se discuten los resultados adquiridos por las técnicas de absorción atómica, microscopía de barrido electrónico, infrarrojo y análisis térmico gravimétrico. Resumen en inglés The characterization by means of spectroscopic techniques of a natural montmorillonite collected at Cuencamé, Durango is described. The composition of the tetrahedral and octahedral layers was analyzed by magic angle spinning Nuclear Magnetic Resonance (NMR) for the nuclei of29Si and 27Al. The superficial properties of the clay were quantified using the technique of adsorption-desorption of nitrogen as well as the Brunahuer-Emmett-Teller (BET) and Barrett-Joyner-Halenda (mas) (BJH) methods. The results indicate that the analyzed clay is a Na-montmorillonite with a molecular layer of water adsorbed between their laminae, where the Si atoms in the phyllosilicate Q³ structure display different composition of Si-nAl (n = 0, 1 and 2). About 3.3% of the Al atoms in the structure are replacing Si atoms in the layer. The presence of the paramagnetic Fe+3 and Mn +2 ions in the structure was determined by electronic paramagnetic resonance after the analysis of the acidified clay treated with HCl and CF3SO3H. Additionally, the results acquired by atomic absorption, scanning electron microscopy, infrared and gravimetric thermal analysis are discussed.

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Impacto de la Bioinformática en las ciencias biomédicas

Perezleo Solórzano, Ligeya; Arencibia Jorge, Ricardo; Conill González, Clara; Achón Veloz, Gudelia; Araújo Ruiz, Juan A
2003-08-01

Resumen en español Durante la última década del siglo XX, los avances de la ingeniería genética y las nuevas tecnologías de la información, condicionaron el surgimiento de una disciplina que creó vínculos indisolubles entre la Informática y las ciencias biológicas: la Bioinformática. Se realizó un análisis bibliométrico en la base de datos Medline con vistas a medir su impacto en las ciencias médicas. Sus principales aplicaciones, según los resultados obtenidos, fueron la ge (mas) stión de datos en los laboratorios, la automatización de experimentos, el ensamblaje de secuencias contiguas, la predicción de dominios funcionales en secuencias génicas, la alineación de secuencias, las búsquedas en bases de datos de estructuras, la determinación y predicción de la estructura de las macromoléculas, la evolución molecular y los árboles filogenéticos. Las especialidades médicas que recibieron una mayor influencia de la Bioinformática fueron la Genética Médica, la Bioquímica Clínica, la Farmacología, las Neurociencias, la Estadística Médica, la Inmunología, la Fisiología y la Oncología. Resumen en inglés The advances reached by the genetic engineering and the development of new information technologies during the last decade, conditioned the emergence of a discipline that has created indissoluble bonds between the Computer Sciences and the Biological Sciences: the Bioinformatics. The present work demonstrates the impact of the Bioinformatics in the Medical Sciences, through the bibliometric analysis of MEDLINE, the most important database of the biomedical environment at (mas) the present time. The main applications of this discipline in the registrations obtained in MEDLINE were directed to the data management in the laboratory, the automation of experiments, the assembling of contiguous sequences, the prediction of functional domains in gene sequences, the alignment of sequences, the searches in databases of structures, the structure determination and prediction of macro-molecules, the molecular evolution and the phylogenetic trees. The medical specialties mostly influenced by the Bioinformatics were the Medical Genetics, Clinical Biochemistry, Pharmacology, Neurosciences, Medical Statistic, Immunology, Physiology and Oncology.

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Análisis de la estructura primaria y secundaria del ARN de transferencia mitocondrial para serina en siete especies de Lutzomyia/ Analysis of the primary and secondary structure of the mitochondrial serine transfer RNA in seven species of Lutzomyia

Vivero, Rafael José; Contreras-Gutiérrez, Maria Angélica; Bejarano, Eduar Elías
2007-09-01

Resumen en español Introducción. Los insectos del género Lutzomyia son los responsables de la transmisión del parásito Leishmania spp. en América. La taxonomía de estos vectores se fundamenta en los caracteres morfológicos que exhiben los adultos, principalmente, en las estructuras pareadas de la cabeza y los genitales. Aunque estos caracteres permiten distinguir la mayoría de los taxones, la similitud en algunos subgéneros y grupos de especies pone límites a la identificación po (mas) r criterios morfológicos. Objetivo. Evaluar la utilidad del ARN de transferencia mitocondrial para serina ARNt Ser en la determinación taxonómica de Lutzomyia. Materiales y métodos. Se analizaron siete especies flebotomíneas, L. trinidadensis, L. panamensis, L. cayennensis cayennensis, L. dubitans, L. gomezi, L. rangeliana y L. evansi. A partir de cada individuo, se extrajo, amplificó y obtuvo la secuencia del gen mitocondrial que codifica para el ARNtSer, delimitado por los genes citocromo b y NAD deshidrogenasa uno. La estructura secundaria del ARNt Ser se infirió teniendo como base las estructuras homólogas descritas en otros insectos del orden Diptera. Resultados. La longitud del gen ARNt Ser osciló entre 66 pb en L. gomezi y 69 pb en L. trinidadensis. En el alineamiento nucleotídico de 70 posiciones, se detectaron 14 sitios polimórficos, incluyendo cuatro eventos indel. La mayoría de las sustituciones correspondieron a las lupas dihidrouridina, ribotimidina-pseudouridina-citosina y variable, así como al extremo basal del brazo anticodón. Conclusión. Los cambios en la secuencia primaria de nucleótidos y los rearreglos en la estructura secundaria del ARNt Ser son potencialmente útiles para la discriminación taxonómica de las especies flebotomíneas estudiadas. Resumen en inglés Introduction. Lutzomyia sand flies are involved in the transmission of the parasite Leishmania spp. in America. The taxonomy of these vectors is traditionally based on morphological features of the adult stage, particularly the paired structures of the head and genitalia. Although these characters are useful to distinguish most species of Lutzomyia, morphological identification may be complicated by the similarities within subgenera and species group. Objective. To evalua (mas) te the utility of mitochondrial serine transfer RNA tRNA Ser for taxonomic identification of Lutzomyia. Materials and methods. Seven sand fly species, each representing one of the 27 taxonomic subdivisions in genus Lutzomyia, were analyzed including L. trinidadensis (Oswaldoi group), L. (Psychodopygus) panamensis, L.(Micropygomyia) cayennensis cayennensis, L. dubitans (Migonei group), L. (Lutzomyia) gomezi, L. rangeliana (ungrouped) and L. evansi (Verrucarum group). The mitochondrial tRNA Ser gene, flanked by the cytochrome b and NAD dehydrogenase subunit one genes, was extracted, amplified and sequenced from each specimen. Secondary structure of the tRNA Ser was predicted by comparisons with previously described homologous structures from other dipteran species. Results. The tRNA Ser gene ranged in size from 66 base pairs in L. gomezi to 69 base pairs in L. trinidadensis. Fourteen polymorphic sites, including four insertion-deletion events, were observed in the aligned 70 nucleotide positions. The majority of the substitutions were located in the dihydrouridine, ribothymidine-pseudouridine-cytosine and variable loops, as well as in the basal extreme of the anticodon arm. Conclusion. Changes of primary sequence of the tRNASer provided useful molecular characters for taxonomic identification of the sand fly species under consideration.

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Síntesis sol-gel de catalizadores de hierro soportados sobre sílice y titania para la oxidación selectiva de metano hasta formaldehído/ Sol-gel synthesis of iron catalysers supported on silica and titanium for selectively oxidising methane to formaldehyde

Guerrero Fajardo, Carlos Alberto; Sánchez Castellanos, Francisco José; Roger, Anne-Cécile; Courson, Claire
2008-04-01

Resumen en español Materiales de hierro soportados sobre sílice y titania fueron obtenidos por el método sol-gel para evaluar su actividad catalítica en la reacción de oxidación selectiva de metano hasta formaldehído. Se prepararon cuatro (4) catalizadores, uno del soporte de sílice (catalizador 1S), otro para el soporte de titania (catalizador 1T) y los dos (2) restantes con carga de hierro de 0,5% en peso, para el soportado en sílice (catalizador 2FS) y para el soportado sobre tit (mas) ania (catalizador 2FT). Las mayores áreas superficiales BET se obtienen para los materiales de sílice, catalizadores 1S y 2FS con valores de 659 y 850 m²/g respectivamente, mientras que los catalizadores sobre titania 1T y 2FT presentaron áreas de 65 y 54 m²/g respectivamente. Los análisis de microscopia electrónica de barrido y transmisión muestran estructuras amorfas en el caso del soporte de sílice, mientras que para el soporte de titania los materiales son densos con estructura definida. El análisis de difracción de rayos X confirma la estructura amorfa de los materiales preparados con sílice y presenta la estructura de la anatasa para los materiales de titania. Los experimentos de reducción a temperatura programada muestran para los catalizadores 1S y 2FS ausencia de especies potencialmente reducibles, y para el caso de los catalizadores 1T y 2FT se presentan picos de consumo de hidrógeno que para el caso del 2FT están relacionados con la reducción de Fe3O4 hasta α-Fe vía intermedio de Fe xO. La espectroscopia fotoelectrónica de rayos X confirma la presencia de Fe(III) con el valor de la energía de enlace en 710,6 e.V tanto para el catalizador 2FS como para el 2FT. La actividad catalítica se realiza a presión atmosférica en reactor de cuarzo, mezcla de reacción CH4/O2/N2 =7,5/1/4, intervalo de temperatura 400- 800 °C. Los productos de reacción se analizan por cromatografía de gases con columnas Hayesep R y T y tamiz molecular de 5Å. La mejor respuesta para la oxidación del metano hasta formaldehído la presenta el catalizador 2FS, con un porcentaje de conversión de metano de 3,4% mol a 650 °C, selectividad al formaldehído de 11,9% mol y rendimiento de 0,021 g HCHO/Kg catalizador. Resumen en inglés Iron materials supported on silica were prepared by the method sol-gel for to evaluate the catalytic activity in the selective oxidation of methane to formaldehyde. We prepare four (4) catalysts, one of them corresponding to the silica support (catalyst 1S), other one for the titania support (catalyst 1T) and two more with iron loads of 0.5% in weight, for the supported on silica (catalyst 2FS) and the other one supported on titania (catalyst 2FT). The higher areas BET ar (mas) e of the order of 659 and 850 m²/g for the catalysts 1S and 2FS, respectively while the catalysts 1T and 2FT displayed areas of 65 and 54 m²/g respectively. The scanning and transmission electronic microscopy displayed amorphous structure in the silica supported materials while the titania supported materials displayed dense materials with defined structure. The rays X diffraction confirms the amorphous structure of the silica in the 1S and 2FS catalysts and displayed the anatase structure for the 1T and 2FT catalysts. The programmed temperature reduction for the 1S and 2FS catalysts didn’t display reducible species while for the 1T and 2FT catalysts displayed peaks of hydrogen consumption related to the Fe3O4 reduction until α-Fe through Fe xO way. The rays X photo electronic spectroscopy confirm the Fe(III) specie with binding energy 710.6 e.V for the both 2FS and 2FT catalysts. The catalytic activity is carried out to atmospheric pressure in quartz reactor, reaction mixture CH4/O2/N2 =7.5/1/4, interval of temperature 400- 800°C. The reaction products are analysed by gases chromatography with Hayesep R and T columns and molecular tamis of 5 Å. The best response for the methane selective oxidation to formaldehyde is displayed for 2FS catalyst with methane conversion percentage of 3.4 mol % at 650°C, formaldehyde selectivity of 11.9%mol and yield of 0.0211 g HCHO/Kg catalyst.

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Caracterización molecular de líneas de Bombyx mori (Lepidoptera: Bombycidae) mediante AFLP/ Molecular characterization of Bombyx mori (Lepidoptera: Bombycidae) strains by AFLP

Alegría S, Álvaro; Aguilar F, Enrique; Gaviria A, Duverney; Ramírez L, Liliana
2006-12-01

Resumen en español Veintitrés líneas de gusano de seda Bombyx mori L, (12 líneas de origen japonés y 11 líneas de origen chino), pertenecientes al banco de germoplasma de gusano de seda del CDTS (Centro de desarrollo tecnológico de la Sericultura) se analizaron utilizando la técnica de Polimorfismo en la Longitud de los Fragmentos Amplificados (AFLP). Se emplearon cuatro combinaciones de cebadores. Las cuatro combinaciones ensayadas, arrojaron 247 bandas con un polimorfismo promedio (mas) de 54,6%, las cuales después de ser corregidas según el criterio de Lynch y Milligan resultaron en 168 bandas con un polimorfismo de 90,4%. El dendrograma construido utilizando el algoriTmo UPGMA para los datos de disimilitud, reveló dos grupos muy bien definidos que corresponden a las razas geográficas japonesa y china. El promedio de heterocigocidad fue mayor en las líneas de la raza japonesa, observándose una dispersión mayor en el análisis de UPGMA y de los componentes principales. El estudio de la estructura poblacional, determina que aunque las dos razas no son muy diferentes entre sí, existe un componente de varianza mayor entre los grupos establecidos que dentro de éstos, lo que muestra un grado significativo de diferenciación genética. Resumen en inglés Twenty-three silkworm Bombyx mori L. strains (twelve Japanese and eleven Chinese), belonging to the CDTS`s (Technological Development Center for Sericulture) silkworm germplasm bank, were analyzed using the Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Four combinations of primers were used. The assayed combinations threw 247 bands with an average polymorphism of 54.6%, these bands were corrected using Lynch and Milligan´s method, resulting in 168 bands with a polymorph (mas) ism of 90,4%. The dendrogram was built using the UPGMA algorithm for the dissimilarity data, revealing two very well defined groups that correspond to the Japanese and Chinese geographical races. The heterocigocity average was higher in the Japanese race lines, showing a bigger dispersion in the UPGMA and the main components analysis. The population structure study, determines that although the two races are not very different to each other, it exists a component of greater variance, between the established groups than inside them; which shows a significant grade of genetic differentiation.

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Estudiando pinturas en cerámicas arqueológicas "Aguada Portezuelo" (ca. 600-900 AD) del Noroeste Argentino: nuevos aportes a través de una aproximación arqueométrica por microespectroscopía de Ramán (MSR)/ Studying Paintings On "Aguada Portezuelo" Archaeological Ceramics (Ca. Ad 600-900) From Northwest Argentina: New Evidence From An Archaeometric Approach Using Raman Microspectroscopy (Rms)

De La Fuente, Guillermo Adrián; Pérez Martínez, Juan Manuel
2008-12-01

Resumen en español La microespectroscopía de Ramán (MSR) es en la actualidad una técnica analítica bien establecida para la identificación de pigmentos en alfarería arqueológica que permite el estudio in situ de objetos de arte a través de una aproximación totalmente no destructiva. A través de la aplicación de esta técnica se puede obtener información sobre la naturaleza química de los diferentes pigmentos utilizados por los alfareros antiguos para realizar la decoración de (mas) las vasijas cerámicas. En este trabajo se presentan los primeros resultados obtenidos a partir de la aplicación de la técnica analítica microespectroscopía de Ramán (MSR) en pinturas pre y postcocción de cerámicas arqueológicas Aguada Portezuelo, pertenecientes al Período Medio (ca. 600-900 AD) del Noroeste Argentino. Con el objeto de explorar cuáles fueron las principales fuentes de origen de los pigmentos utilizados, se analizaron pinturas de color rojo, negro y marrón (ocres). Adicionalmente, se estudió la naturaleza química del engobe blanco precocción característico de la mayoría de los tipos cerámicos Aguada Portezuelo y se exploró la estructura molecular de las superficies internas de los pucos de color negro plomizo. Resumen en inglés Raman microspectroscopy (RMS) is currently a well established analytical technique for pigment identification in archaeological pottery that enables the in situ study of art objects through a totally non destructive approach. Information on the chemical nature of the different pigments used by ancient potters to decorate ceramic vessels can be obtained directly through the application of this analytical technique. In this paper, the first analytical results obtained from (mas) the study of pre- and post-firing paintings in Aguada Portezuelo archaeological ceramics, from Middle Period (ca. AD 600-900) Northwest Argentina are presented. With the objective of exploring the origin of the pigments used in the past by potters, several paintings of red, black, and brown colours were analyzed by Raman microspectroscopy. Additionally, the chemical nature of the white coloured pre-firing slip characteristic of most of this ceramic type was studied and the molecular structure of the black coloured internal surfaces of theceramic bowls was explored.

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Caracterización del biomineral CaCO3 en algas rojas coralinas (Corallinales) de las costas del Pacífico mexicano/ Characterization of the CaCO3 biomineral in coralline red algae (Corallinales) from the Pacific coast of Mexico

Fragoso, D; Ramírez-Cahero, F; Rodríguez-Galván, A; Hernández-Reyes, R; Heredia, A; Rodríguez, D; Aguilar-Franco, M; Bucio, L; Basiuk, VA
2010-03-01

Resumen en español Las algas rojas coralinas asimilan HCO3- para precipitar CaCO3 en sus tejidos en forma de calcita o aragonita. Se realizó una caracterización del contenido biomolecular así como de la estructura cristalina del biomineral en algas rojas coralinas de las costas del Pacífico mexicano mediante difracción de rayos X (XRD) en polvos, microscopía electrónica de barrido (MEB) y de túnel (STM), y espectroscopía infrarroja con transformada de Fourier (FTIR). Con los result (mas) ados se llegó a la conclusión preliminar de que este tipo de calcita-aragonita tiene un muy bajo contenido de materia orgánica ocluida dentro de los cristales. Las bandas de FTIR a 2945 y 2889 cm-1 encontradas indican que las moléculas orgánicas más probables son los hidratos de carbono; además, no se detectaron bandas de enlace peptídico (amida I ~1640 y amida II ~1540 cm-1), lo que sugiere que las proteínas no están relacionadas con la síntesis mineral o con su estabilización. Esto se podría explicar si el biomineral fuera sintetizado por un proceso extracelular de mineralización controlado biológicamente. El análisis de XRD mostró dos fases minerales principales, calcita y aragonita, muy similares en sus parámetros estructurales a sus contrapartes minerales inorgánicas pero con modificaciones en la estructura molecular. Las formas y tamaños de los cristales, vistos mediante STM, son típicamente en placas y agujas de diferentes tamaños, entre 20 y 100 nm. Resumen en inglés Coralline red algae assimilate HCO3- to precipitate CaCO3 in their tissues in the form of calcite or aragonite. A characterization of the biomolecular content and the crystalline structure of the biomineral of coralline red algae from the Pacific coast of Mexico was performed by powder X-ray diffraction (XRD), scanning electron (SEM) and tunneling microscopy (STM), and Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR). The preliminary conclusion drawn from the results is tha (mas) t this type of calcite-aragonite biomineral has a very low organic content occluded within the crystals. FTIR bands at 2945 and 2889 cm-1 indicate that the most likely organic molecules are carbohydrates; moreover, peptide bond bands (amide I ~1640 and amide II ~1540 cm-1) were not detected, suggesting that proteins are not related to mineral synthesis or their stabilization. This could be explained if the biomineral is synthesized by a biologically controlled extracellular mineralization process. The XRD study showed two main mineral phases, calcite and aragonite, with very similar structural parameters to the inorganic mineral counterparts. The crystallite shapes, seen by STM, were found as plates and needles with different sizes, between 20 and 100 nm.

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La tiroides como modelo de mecanismos moleculares en enfermedades genéticas/ The thyroid as a model for molecular mechanisms in genetic diseases

Rivolta, Carina M.; Moya, Christian M.; Esperante, Sebastián A.; Gutnisky, Viviana J.; Varela, Viviana; Targovnik, Héctor M.
2005-06-01

Resumen en español Las enfermedades tiroideas constituyen una heterogénea colección de anormalidades asociadas a mutaciones en los genes responsables en el desarrollo de la tiroides: factor de transcripción tiroideo 1 (TTF-1), factor de transcripción tiroideo 2 (TTF-2) y PAX8, o en uno de los genes que codifican para las proteínas involucradas en la biosíntesis de hormonas tiroideas como tiroglobulina (TG), tiroperoxidasa (TPO), sistema de generación de peróxido de hidrógeno (DUOX2 (mas) ), cotransportdor de Na/I- (NIS), pendrina (PDS), TSH y receptor de TSH. El hipotiroidismo congénito ocurre con una prevalencia de 1 en 4.000 nacidos. Los pacientes con este síndrome pueden ser divididos en dos grupos: con hipotiroidismo congénito sin bocio (disembriogénesis) o con bocio (dishormonogénesis). El grupo de disembriogénesis, que corresponde al 85% de los casos, resulta de ectopía, agenesia o hipoplasia. En una minoría de estos pacientes, el hipotiroidismo congénito está asociado con mutaciones en los genes TTF-1, TTF-2, PAX-8, TSH o TSHr. La presencia de bocio congénito (15% de los casos) se ha asociado a mutaciones en los genes NIS, TG, TPO, DUOX2 o PDS. El hipotiroidismo congénito por dishormonogénesis es trasmitido en forma autonómica recesiva. Mutaciones somáticas en el TSHr han sido identificadas en adenomas tiroideos hiperfuncionantes. Otra enfermedad tiroidea bien establecida es la resistencia a hormonas tiroideas (RTH). Es un síndrome de reducida respuesta tisular a la acción hormonal causado por mutaciones localizadas en el gen del receptor b de hormonas tiroideas (TRb). Mutantes de TRb interfieren con la función del receptor normal por un mecanismo de dominancia negativa. En conclusión, la identificación de mutaciones en los genes de expresión tiroidea ha permitido un mayor entendimiento sobre la relación estructura-función de los mismos. La tiroides constituye un excelente modelo para el estudio molecular de las enfermedades genéticas. Resumen en inglés Thyroid diseases constitute a heterogeneous collection of abnormalities associated with mutations in genes responsible for the development of thyroid: thyroid transcription factor-1 (TTF-1), thyroid transcriptions factor-2 (TTF-2) and PAX8, or in one of the genes coding for the proteins involved in thyroid hormone biosynthesis such as thyroglobulin (TG), thyroperoxidase (TPO), hydrogen peroxide-generating system (DUOX2), sodium/iodide symporter (NIS), pendrin (PDS), TSH a (mas) nd TSH receptor (TSHr). Congenital hypothyroidism occurs with a prevalence of 1 in 4000 newborns. Patients with this syndrome can be divided into two groups: nongoitrous (dysem/bryogenesis) or goitrous (dyshormonogenesis) congenital hypothyroidism. The dysembryogenesis group, which accounts for 85% of the cases, results from ectopy, agenesis and hypoplasia. In a minority of these patients, the congenital hypothyroidism is associated with mutations in TTF-1, TTF-2, PAX-8, TSH or TSHr genes. The presence of congenital goiter (15% of the cases) has been linked to mutations in the NIS, TG, TPO, DUOX2 or PDS genes. The congenital hypothyroidism with dyshormonogenesis is transmitted as an autosomal recessive trait. Somatic mutations of the TSHr have been identified in hyperfunctioning thyroid adenomas. Another established thyroid disease is the resistance to thyroid hormone (RTH). It is a syndrome of reduced tissue responsiveness to hormonal action caused by mutations located in the thyroid hormone receptor b (TRb) gene. Mutant TRbs interfere with the function of the wild-type receptor by a dominant negative mechanism. In conclusion, the identification of mutations in the thyroid expression genes has provided important insights into structure-function relationships. The thyroid constitutes an excellent model for the molecular study of genetic diseases.

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Importancia de la verificación-asignación de progenitores en sistemas extensivos de pie de cría/ Importance of parentage verification-assignment in extensive multiple-sired breeding herds

Arellano-Vera, Williams; Sifuentes-Rincón, Ana María; Garcidueñas-Piña, Rogelio; Parra-Bracamonte, Gaspar Manuel
2010-02-01

Resumen en español Se aplicó un panel de nueve marcadores microsatélites para estructurar la genealogía de un hato de ganado Braford manejado bajo empadre múltiple y destinado a pié de cría, para evaluar las repercusiones de la adecuada asignación de progenitores, así como las implicaciones en su mejoramiento genético. Se logró la asignación de paternidad en el 100% de la progenie, mientras que en los ensayos de verificación de maternidad se estimó un porcentaje de error de asi (mas) gnación de aproximadamente 90%. Los resultados encontrados apoyan el uso de la asignación de paternidad para verificar la estructura genealógica (paternidad y maternidad) de hatos cuya certeza en el pedigrí es crítica para el mejoramiento genético de su raza, y en donde el sistema de manejo extensivo y empadre múltiple limitan el registro adecuado de la progenie al momento del parto. Resumen en inglés To assess the implications of parentage assignation on herds-genetic improvement nine microsatellite markers were used in order to structure the genealogy of a multisired Braford herd. All progeny (100%) had satisfactory paternity assignment, conversely the maternity verification analysis showed assignation errors up to 90%. Our results support the use of molecular tools to verify the pedigree structure in those herds with management systems that limit the proper registration of progeny at calving.

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Estudio de las variables de reacción en la síntesis de sílica gel adsorbente/ Reaction parameter study for the chemical synthesis of adsorbent silica gel

Sáenz, María Carolina; Báez Quintero, Carlos Andrés; Díaz Velásquez, José de Jesús; Rodríguez Niño, Gerardo
2007-08-01

Resumen en español En este artículo se presentan las condiciones de síntesis (temperatura de reacción, concentración de ácido sulfúrico y silicato de sodio) más adecuadas para la obtención de sílica gel adsorbente SGA, haciendo uso de materias primas elaboradas en Colombia. La obtención de este producto se lleva a cabo principalmente por una neutralización de ácido sulfúrico con silicato de sodio, variando la concentración de los reactivos y la temperatura de reacción; se det (mas) erminó el efecto que tiene la interacción de estas variables sobre la capacidad de adsorción de humedad, encontrando que esta se favorece al combinar concentraciones de silicato bajas y temperaturas altas, o concentraciones de ácido altas y temperaturas altas, dentro de los intervalos estudiados. Por otro lado, se realizó una comparación detallada del producto obtenido frente a una sílica de referencia comercial (Gel de sílice granulare con indicatore - Grupo Montedison. Lote 1684G100. Código 453301) a través de curvas de adsorción, área B.E.T., difracción de rayos X, espectrometría de masa e infrarroja, así como resistencia mecánica; encontrándose que la SGA sintetizada en este trabajo posee mayor área superficial específica y menor resistencia mecánica que la comercial, además se vislumbró que las muestras evaluadas exponen bajo grado de ordenamiento molecular y la estructura química característica de la sílica gel. Resumen en inglés This article presents an appropriate set of reaction parameters (reaction temperature, sulphuric acid and sodium silicate reagent concentration) for obtaining adsorbent silica gel (ASG) using Colombian-produced raw materials. The core of ASG synthesis lies in sulphuric acid’s neutralisation reaction with sodium silicate. Their effect on final ASG moisture adsorption capacity was measured after changing such synthesis’ above-mentioned reaction parameters. Within the rang (mas) e of conditions studied, it was found that the highest adsorption capacity occurred by combining both low sodium silicate concentration with high temperatures or high sulphuric acid concentration and temperature. Synthesised ASG was also compared to a commercial product (Gel de sílice granulare con indicatore. Montedison group. Batch number 1684G100. Code number 453301) using adsorption capacity plots, BET areas, X-ray diffraction, mass and infrared spectrometry and mechanical strength measurements. Synthesised ASG presented larger specific surface areas but weaker mechanical strength than the commercial one. Likewise, all evaluated samples exhibited a low degree of molecular arrangement and conventional ASG chemical structure.

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Corregir la anemia en prediálisis con dos tipos de hierro intravenoso: Estudio comparativo entre el hierro gluconato (Ferrlecit®) vs hierro sacarosa (Venofer®)/ Correction of predyalisis anaemia with two forms of intravenous iron coparative study of iron-gluconate vs. iron-sacarose

Martín Espejo, Jesús Lucas; Barbosa Martín, Francisco; Galeano Macías, Mª Rosa; Soler Junco, Mª Luisa
2004-04-01

Resumen en español Ante el cambio del hierro intravenoso utilizado en los pacientes en prediálisis, hierro gluconato (Ferrlecit®) por hierro sacarosa (Venofer®), con diferencias en la estructura química y peso molecular, decidimos comprobar la efectividad, tolerancia y posible repercusión sobre la función renal de ambos preparados de hierro. Se han estudiado 58 pacientes, con una edad media de 63,5+15 años, 29 se trataron con hierro gluconato y 29 con hierro sacarosa, con dos protoco (mas) los de administración. Estudiamos parámetros hematológicos, función renal y depósitos de hierro, que fueron recogidos al comienzo del tratamiento y un mes después de la última dosis administrada. La respuesta de los pacientes a los dos tipos de hierro ha sido buena, no mostrando diferencias significativas a favor de ninguno de ellos, con respecto a la evolución de la anemia, a los depósitos de hierro y a la mejoría clínica de los pacientes. No se ha observado un deterioro importante de la función renal en ninguno de los dos grupos, solo se ha producido un incremento de la creatinina sérica, atribuible a la progresión normal de la enfermedad. El coste del hierro sacarosa es muy superior al del hierro gluconato. Sólo en un paciente tratado con hierro gluconato se han observado efectos adversos. No obstante, esto no dispensa los cuidados de Enfermería, ante la posibilidad de que se puedan presentar problemas en algún paciente, con cualquier tipo de hierro intravenoso administrado. Resumen en inglés Due to the change in the use of intravenous ironin patients in predyalisis (from iron gluconate toironscarose) and because of their differences inchemical structure and molecular weight, we perfomed a study to compare both forms analyzing effectiveness, tolerance and influence on renal function. We studied 58 patients (mean age, 63,5 +/- 15yrs). 29 patients were treated with iron-gluconate and 29 with iron-sacarose. We used two different protocols of administration. We st (mas) udied haemato-logical parameters, renal function, and iron deposits. Determinations were done before starting the treatment and one month after the administration of the last dose. The patients’ response was adequate and there were no statistically significant differences when analyzing paramenters such as anaemia, iron deposits and clinical improvement. We did not observe an impairment of renal function. However, we could detect a slight increase of serum creatine possibly due to the normal progression of the disease. We only observed adverse effects in one patient treated with iron-glouconate. Despite these results, nurses may carefully monitor the presence of adverse effects regardless of the type of iron administered.

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Los prostanoides, una revolución autacoide/ The prostanoids, an autocoid revolution

Dominguez, Zury
2006-01-01

Resumen en español Durante el período de 1960 y los finales del siglo XX, distintos investigadores concentraron esfuerzos para comprender la regulación de la biosíntesis y el metabolismo de los Eicosanoides. Estas moléculas, de carácter autacoide, se originan de los ácidos grasos poliinsaturados de 20 átomos de C, de allí que su nombre se derive del prefijo griego EICO, veinte. Las acciones fisiológicas y en ciertas condiciones, fisiopatológicas, ejercidas por estas moléculas ocu (mas) rre en un orden de concentración mmolar o menor y permanecen activas por espacios de tiempo que fluctúan entre los segundos y los minutos. En ese fructífero período del siglo XX, se logró identificar: 1- el ácido araquidónico como el principal precursor de los eicosanoides, 2- el compartimiento de los fosfolípidos de membrana como el almacén celular del sustrato precursor y 3- a las fosfolipasas, como las enzimas requeridas para liberar al ácido graso precursor, que hace posible su acceso a la maquinaria enzimática de síntesis de eicosanoides. En función de su estructura molecular surgen dos grandes grupos de eicosanoides, el que agrupa a los cíclicos o prostanoides, cuyo precursor universal es la prostaglandina H (PGH), un endoperóxido cíclico sintetizado por la enzima prostaglandina endoperóxido sintasa, mejor conocida por su acrónimo, COX, de cicloxigenasa; y el que agrupa a los lineales: leucotrienos, lipoxinas, y epóxidos entre otros, que son el producto de distintas rutas enzimáticas incluyendo a la lipoxigenas y las citocromo oxidasas. Esta revisión presenta los hallazgos más importantes en la historia de los prostanoides. Resumen en inglés From 1960 to the end of the XX century, efforts from different laboratories were done to understand the regulation of eicosanoids biosynthesis and metabolism. These autacoids are synthesized from 20 C polyunsaturated fatty acids, from where they got the prefix EICO, twenty. The physiologic and in certain conditions pathphysiologic actions, requires ≤ mmolar concentrations remaining active for periods of time ranging from seconds to minutes. During this productive pe (mas) riod of the XX century it was possible to identify: 1- araquidonic acid as the main eicosanoid’s precursor, 2- the membrane phospholipids compartment as the cellular storage of the precursor fatty acid and 3- the phospholipases as the enzymes required to liberate the precursor fatty acid rending possible its access to the eicosanoids biosynthetic machinery. Two main groups of eicosanoids arrive on the scene, classified in function to its molecular structure, one that includes the cyclic or prostanoids, where the prostaglandin H (PGH) is the universal precursor, PGH is a cyclic endoperoxide synthesized by the enzyme prostaglandin endoperóxido synthase, better known by its acronym COX for cycloxygenase, and the other, linear eicosanoids:: leukotrienes, lypoxines, and epoxides which are products synthesized from different enzymatic pathways including the lypoxygenase and cytochrome oxidases. The most relevant findings in the history of the prostanoids are considered in this review.

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ESTRUCTURA PRIMARIA DE LA CADENA Z EN EL MONO DEL NUEVO MUNDO AOTUS NANCYMAAE/ The primary structure of z chain in the Aotus nancymaae New World monkey

DEL CASTILLO, HERNANDO; VERNOT, JEAN PAUL
2008-12-01

Resumen en español La cadena z es una proteína transmembranal que se encuentra en los linfocitos T, uno de los tipos de células más importantes en el sistema inmune adaptativo, haciendo parte de un complejo multimérico que se ubica en la superficie de la célula y que se encarga, por un lado, del reconocimiento antigénico y por otro, de la transmisión de señales durante la activación de la misma. Esta proteína es una de las que primero se fosforila luego de la estimulación a trav� (mas) �s del receptor y se sabe que es esencial en los primeros eventos de señalización. Dobles mutantes de esta molécula muestran una respuesta adaptativa inadecuada; así mismo, se ha visto que su expresión está alterada en cáncer y en algunas enfermedades auto-inmunes. La fosforilación en residuos de tirosina que se encuentran en los motivos de activación de residuos de tirosina de los receptores inmunes (ITAMs), de los cuales hay tres en la región citoplasmática, ha demostrado ser uno de los eventos principales durante la activación. En este reporte se presenta la caracterización de la estructura primaria de la cadena z en los monos del nuevo mundo Aotus nancymaae; la secuencia de aminoácidos se dedujo a partir de la secuencia nucleotídica de su cADN. Las moléculas de Aotus presentaron una identidad del 95.5 y del 95.7% con la molécula de humano en las secuencias de nucleótidos y de aminoácidos, respectivamente. Una comparación de la proteína por regiones, mostró una identidad del 100% en la región extracelular y la conservación de residuos y regiones importantes en el resto de la molécula; esto incluye aminoácidos polares en la región transmembranal y los ITAMs en la región citoplasmática. Los resultados sugieren que la proteína de Aotus es plenamente funcional y que los procesos de activación de los linfocitos T se suceden de manera similar a lo descrito en humanos. El resultado mostrado aquí soporta las evidencias previas en el sentido de que las estructuras moleculares involucradas en la respuesta inmune adaptativa se hallan conservadas. Resumen en inglés The z chain is a transmembrane protein belonging to a multimeric complex in association with the T-cell receptor (TCR). The TCR is responsible for antigen recognition while the associated complex is responsible for signalling during activation. It has been shown that z chain expression becomes reduced in cancer and some autoimmune diseases. Tyrosine phosphorylation in immunoreceptor tyrosine-based activation motifs (ITAMs), present in the complex's different proteins is a (mas) critical event during activation. This report characterises the z chain in the new world monkey Aotus nancymaae; the amino acid sequence was deduced from its cDNA sequence. Aotus molecules revealed 95.5% and 95.7% identity with the human counterpart in nucleotide and amino acid sequences, respectively. Comparing different regions revealed 100% identity in the extra-cellular domain and conservation of important residues and domains in other regions of the protein: these included polar amino acids in the transmembrane region and the ITAMs. Our results suggest that the Aotus protein is fully functional and T-lymphocyte activation proceeds as in humans, supporting previous evidence that molecular structures involved in adaptive immune response are extremely conserved.

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Análisis por LSSP-PCR de la variabilidad genética de Trypanosoma cruzi en sangre y órganos de ratones/ Genetic variability of Trypanosoma cruzi in blood and organs of infected mice determined by LSSP-PCR

Mejía, Ana María; Triana, Omar
2005-03-01

Resumen en español Introducción. La enfermedad de Chagas, causada por Trypanosoma cruzi, presenta un curso clínico variable que oscila desde casos asintomáticos a casos crónicos. T. cruzi tiene una estructura clonal y las cepas infectivas son a menudo multiclonales. La variabilidad genética de T. cruzi puede ser un determinante para el tropismo diferencial a tejidos y, consecuentemente, para las formas clínicas de la enfermedad. Objetivo. Caracterizar genéticamente los parásitos de (mas) sangre y órganos de ratones infectados con dos cepas colombianas de T. cruzi. Materiales y métodos. Se infectaron ratones con dos cepas colombianas de T. cruzi con el fin de determinar la infección en sangre y órganos. Para esto, se evaluó la sensibilidad de tres marcadores moleculares diferentes, y se determinó la variabilidad genética de los clones por la técnica de reacción en cadena de la polimerasa de baja astringencia con un único iniciador específico (LSSP-PCR), utilizando el marcador del ADN del cinetoplasto (kADN). Los perfiles de bandas obtenidos con la LSSP-PCR se analizaron por el método de neighbor-joining. Resultados y conclusiones. Nuestros resultados confirmaron la presencia de los dos grupos de T. cruzi en las cepas y el carácter policlonal de éstas. El marcador más sensible fue el kADN y el órgano más afectado, el corazón. Se encontraron diferencias genéticas entre los clones presentes en la sangre y los órganos de los ratones infectados. En conclusión, estos resultados apoyan el uso de la LSSP-PCR para el entendimiento de la epidemiología de la enfermedad de Chagas. Resumen en inglés Introduction: Chagas’ disease, caused by Trypanosoma cruzi, has a variable clinical course, ranging from asymptomatic infection to chronic disease. T. cruzi has a clonal population structure and infecting strains are often multiclonal. Genetic variability of T. cruzi could be one of the determinant factors of differential tissue tropism and consequently of the clinical forms of the disease. Objective: To genetically characterize the parasites of two Colombian Trypanosoma (mas) cruzi strains in blood and organs of experimentally infected mice. Materials and methods: Mice were infected with two Colombian T. cruzi strains to determine the infection in blood and organs. The sensitivity of three different molecular markers was evaluated, and the genetic variability of the clones was determined. The latter was attained by means of low-stringency single specific primer polymerase chain reaction (LSSP-PCR) using kinetoplast DNA (kDNA) marker. The kDNA signatures obtained with the LSSP-PCR were analyzed by neighbor-joining. Results and conclusions: Our results confirmed the presence of the two lineages of T. cruzi and the multiclonal character of the two strains. The most sensitive marker was the kDNA. The most affected organ was the heart, which showed the greatest number of positive results with the three markers. There were genetic differences between the clones found in blood and organs of infected mice. Overall, these results support the use of the LSSP-PCR technique for the study of the molecular epidemiology of Chagas’ disease.

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Glucomanano: propiedades y aplicaciones terapéuticas/ Glucomannan: properties and therapeutic applications

González Canga, A.; Fernández Martínez, N.; Sahagún, A. M.ª; García Vieitez, J. J.; Díez Liébana, M.ª J.; Calle Pardo, Á. P.; Castro Robles, L. J.; Sierra Vega, M.
2004-02-01

Resumen en español La fibra dietética glucomanano se utiliza con cierta frecuencia en Occidente desde hace dos décadas, dadas sus demostradas acciones beneficiosas para la salud, si bien su uso se remonta, en las civilizaciones orientales, a más de mil años. Esta fibra es el principal polisacárido obtenido de los tubérculos de la planta originaria del este asiático Amorphophallus konjac y que pertenece a la familia Araceae. La estructura química del glucomanano incluye Dmanosa y D-g (mas) lucosa (en una proporción 8:5, respectivamente), unidas por enlace ß (1→ 4). El glucomanano es una fibra muy soluble, que posee una excepcional capacidad de captar agua, formando soluciones muy viscosas. Posee un peso molecular y una viscosidad más elevados que cualquier fibra conocida. Se ha demostrado que es eficaz en la obesidad, por la sensación de saciedad que produce; en el estreñimiento debido a que aumenta el volumen fecal; como hipocolesterolemiante interfiriendo en el transporte de colesterol y ácidos biliares; y también disminuye los niveles de glucosa e insulina, probablemente debido a que retrasa el vaciado gástrico y, por tanto, dificulta el acceso de la glucosa a la mucosa intestinal. A estas propiedades beneficiosas, podemos añadir algunos inconvenientes como la producción de flatulencia, molestias abdominales, obstrucciones esofágicas o del tracto gastrointestinal, o incluso puede modificar la biodisponibilidad de otros fármacos que se administren al mismo tiempo que la fibra. Esta revisión recoge las principales características del glucomanano, así como sus propiedades, efectos fisiológicos y aplicaciones terapéuticas. Resumen en inglés Glucomannan is a dietary fiber employed quite frequently in the western countries since two decades now, as its ingestion plays an important role in human health. However, eastern people have used this fiber for more than a thousand years. This dietary fiber is the main polysaccharide obtain from the tubers of the Amorphophallus konjac plant, a member of the family Araceae found in east Asia. The chemical structure of glucomannan consists, mainly, in mannose and glucose i (mas) n the ratio 8:5 linked by ß (1→ 4). glycosidic bonds. This soluble fiber has a extraordinarily high waterholding capacity, forming highly viscous solutions when dissolved in water. It has the highest molecular weight and viscosity of any known dietary fiber. It has been demonstrated that this product is highly effective in the treatment of obesity due to the satiety sensation that it produces; as a remedy for constipation, because it increases the faeces volume; as hypocholesterolemic agent, interfering in the transport of cholesterol and of bile acids and as hypoglycemic and hypoinsulinemic agent, probably, by delaying gastric emptying and slowering glucose delivery to the intestinal mucosa. To the beneficial properties of this fiber, several di sadvantages can be added as the production of flatulence, abdominal pain, esophageal obstruction, lower gastrointestinal obstruction or even the possible modification of the bioavailability of other drugs. This paper reviews the main characteristics of glucomannan, as well as its properties, physiologic effects and therapeutic uses.

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Genética y genómica enfocadas en el estudio de la resistencia bacteriana/ Genetics and Genomics for the study of bacterial resistance

Garza-Ramos, Ulises; Silva-Sánchez, Jesús; Martínez-Romero, Esperanza
2009-01-01

Resumen en español La resistencia bacteriana es un problema de salud pública causante de índices elevados de morbi-mortalidad hospitalaria. En la medida en que se usan los diferentes antibióticos se seleccionan bacterias resistentes a múltiples fármacos. El desarrollo de nuevas herramientas moleculares de la genómica y proteómica, como el PCR en tiempo real, pirosecuenciación de ADN, espectrometría de masas, microarreglos de ADN y bioinformática, permite conocer en forma más estr (mas) echa la fisiología y estructura de las bacterias y los mecanismos de resistencia a los antibióticos. Estos estudios hacen posible identificar nuevos blancos farmacológicos y diseñar antibióticos específicos para suministrar tratamientos más certeros que combatan las infecciones producidas por bacterias. Con estas técnicas también es posible la identificación rápida de los genes que confieren la resistencia a los antibióticos y el reconocimiento de las estructuras genéticas complejas como los integrones, que intervienen en la diseminación de los genes que producen la multirresistencia. Resumen en inglés Bacterial resistance is a public health problem causing high rates of morbidity and mortality in hospital settings. To the extent that different antibiotics are used, bacteria resistant to multiple drugs are selected. The development of new molecular genomic and proteomic tools such as real-time PCR, DNA pyrosequencing, mass spectrometry, DNA microarrays, and bioinformatics allow for more in-depth knowledge about the physiology and structure of bacteria and mechanisms inv (mas) olved in antibiotic resistance. These studies identify new targets for drugs and design specific antibiotics to provide more accurate treatments to combat infections caused by bacteria. Using these techniques, it will also be possible to rapidly identify genes that confer resistance to antibiotics, and to identify complex genetic structures, such as integrons that are involved in the spread of genes that confer multidrug-resistance.

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Genética y genómica enfocadas en el estudio de la resistencia bacteriana/ Genetics and Genomics for the study of bacterial resistance

Garza-Ramos, Ulises; Silva-Sánchez, Jesús; Martínez-Romero, Esperanza
2009-01-01

Resumen en español La resistencia bacteriana es un problema de salud pública causante de índices elevados de morbi-mortalidad hospitalaria. En la medida en que se usan los diferentes antibióticos se seleccionan bacterias resistentes a múltiples fármacos. El desarrollo de nuevas herramientas moleculares de la genómica y proteómica, como el PCR en tiempo real, pirosecuenciación de ADN, espectrometría de masas, microarreglos de ADN y bioinformática, permite conocer en forma más estr (mas) echa la fisiología y estructura de las bacterias y los mecanismos de resistencia a los antibióticos. Estos estudios hacen posible identificar nuevos blancos farmacológicos y diseñar antibióticos específicos para suministrar tratamientos más certeros que combatan las infecciones producidas por bacterias. Con estas técnicas también es posible la identificación rápida de los genes que confieren la resistencia a los antibióticos y el reconocimiento de las estructuras genéticas complejas como los integrones, que intervienen en la diseminación de los genes que producen la multirresistencia. Resumen en inglés Bacterial resistance is a public health problem causing high rates of morbidity and mortality in hospital settings. To the extent that different antibiotics are used, bacteria resistant to multiple drugs are selected. The development of new molecular genomic and proteomic tools such as real-time PCR, DNA pyrosequencing, mass spectrometry, DNA microarrays, and bioinformatics allow for more in-depth knowledge about the physiology and structure of bacteria and mechanisms inv (mas) olved in antibiotic resistance. These studies identify new targets for drugs and design specific antibiotics to provide more accurate treatments to combat infections caused by bacteria. Using these techniques, it will also be possible to rapidly identify genes that confer resistance to antibiotics, and to identify complex genetic structures, such as integrons that are involved in the spread of genes that confer multidrug-resistance.

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Revisión de patogénesis y estrategias moleculares contra el virus del síndrome de la mancha blanca en camarones peneidos/ A review of pathogenesis and molecular strategies against white spot syndrome virus of penaeid shrimp

Bustillo-Ruiz, Martin I; Escobedo-Bonilla, César M; Sotelo-Mundo, Rogerio R
2009-04-01

Resumen en español RESUMEN El virus del síndrome de mancha blanca (WSSV) provoca graves mortandades en granjas de cultivo de camarones peneidos y serias pérdidas económicas. La secuencia y estructura genética excepcionales de WSSV lo colocan en su propia nueva familia, Nimaviridae. Recientemente, novedosas técnicas moleculares de alto rendimiento han permitido identificar y caracterizar varias proteínas estructurales de WSSV. Estas incluyen la secuenciación por `shotgun' y marcadores (mas) isobáricos para cuantificación absoluta y relativa (iTRAQ). Dichas técnicas han permitido caracterizar 14 nuevas proteínas de WSSV. La caracterización y localización de proteínas estructurales pueden ayudar a conocer la morfogénesis y patogénesis de WSSV. Ambos procesos son esenciales para entender el mecanismo de infección y para desarrollar nuevos métodos de control. Hasta ahora no existen tratamientos efectivos para combatir este virus en campo. Proteínas estructurales de WSSV como VP28 y VP19 han sido evaluadas para reducir el impacto de WSSV. Estas moléculas son esenciales en las etapas tempranas de infección. Bioensayos de neutralización usando anticuerpos específicos contra proteínas estructurales de WSSV han aumentado la supervivencia de camarones tratados. Recientemente, construcciones de RNA de interferencia (RNAi) dirigidos contra proteínas estructurales han sido usadas como una nueva herramienta para reducir/inhibir la replicación de WSSV. Una mejor comprensión de las interacciones hospedero-patógeno permitirá desarrollar nuevos métodos para controlar este virus. La localización y función de proteínas estructurales usando métodos de alto rendimiento contribuirá a implementar nuevas estrategias contra la infección. Métodos de intervención para bloquear la entrada del virus a la célula podrían ser valiosos productos de este tipo de investigaciones Resumen en inglés ABSTRACT White spot syndrome virus (WSSV) causes high mortality to farmed shrimp and serious economic losses. Its unique sequence and genome structure has placed WSSV in its own new family Nimaviridae. Recently, high performance molecular techniques have made it possible to identify and characterize several WSSV structural proteins. These include `shotgun' sequencing and isobaric tags for relative and absolute quantification (iTRAQ). Such techniques have made it possible (mas) to characterize 14 new WSSV proteins. Location and characterization of structural proteins can help to understand WSSV morphogenesis and pathogenesis. Both processes are essential to understand the mechanism of infection and to develop novel control methods. At present no effective treatments exist to fight WSSV in the field. WSSV structural proteins such as VP28 and VP19 have been evaluated to reduce the impact of WSSV. These molecules are essential early in the infection. Neutralization assays using specific antibodies against WSSV structural proteins have shown an increased survival of treated shrimp. Recently, RNA interference (RNAi) constructs directed against structural proteins have been used as a new tool to reduce/inhibit WSSV replication. A better comprehension of the host-pathogen interaction would allow the development of new methods to control WSSV. The use of high throughput techniques to determine the location and function of structural proteins will contribute to develop new strategies against infection. Intervention strategies aimed to block virus entry into the host cells may be a valuable output from these studies

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Evidencias sobre el poder de la intención/ Evidence about the power of intention.

Bonilla, Ernesto
2008-12-01

Resumen en español La intención se define como el pensamiento enfocado para realizar una acción determinada. Los pensamientos dirigidos a un fin pueden afectar a los objetos inanimados y prácticamente a toda la materia viva, desde los organismos unicelulares hasta los seres humanos. La emisión de partículas de luz (biofotones) parece ser el mecanismo mediante el cual una intención produce sus efectos. Todos los organismos vivientes emiten una corriente constante de fotones que son un (mas) medio para dirigir señales instantáneas no locales de una parte del cuerpo a otra y a otros seres. Los biofotones son almacenados y emitidos por el ADN del interior de la célula. Cuando el organismo está enfermo se producen cambios en la emisión de estos biofotones. La intención dirigida se manifiesta como una energía eléctrica y magnética, y produce un flujo ordenado de fotones. Nuestras intenciones parecen operar como si fueran frecuencias altamente coherentes capaces de cambiar la estructura molecular de la materia. Para que la intención sea efectiva es necesario escoger el momento apropiado. En efecto, los seres vivientes están armonizados unos con otros y también con la tierra y sus constantes cambios de energía magnética. Se ha demostrado que la energía del pensamiento también puede alterar el medio ambiente. La hipnosis, los estigmas y el efecto placebo también pueden ser considerados como tipos de intención, es decir, como instrucciones enviadas al cerebro durante un estado particular de la conciencia. Los casos de curación espontánea o curación a distancia de enfermedades graves representan instantes de una extrema intención que podemos utilizar para controlar a las enfermedades que amenazan nuestra vidas. Tanto la intención de sanación como la creencia del enfermo en la eficacia de las influencias curativas, promueven su curación. En conclusión, los estudios del pensamiento y de la conciencia están emergiendo como aspectos fundamentales y no como meros epifenómenos que están conduciendo rápidamente a un profundo cambio de paradigmas en la Biología y la Medicina. Resumen en inglés Intention is defined as a directed thought to perform a determined action. Thoughts targeted to an end can affect inanimate objects and practically all living things from unicelular organisms to human beings.The emission of light particles (biophotons) seems to be the mechanism through which an intention produces its effects. All living organisms emit a constant current of photons as a mean to direct instantaneous nonlocal signals from one part of the body to another and (mas) to the outside world. Biophotons are stored in the intracelular DNA. When the organism is sick changes in biophotons emissions are produced.Direct intention manifests itself as an electric and magnetic energy producing an ordered flux of photons. Our intentions seem to operate as highly coherent frequencies capable of changing the molecular structure of matter. For the intention to be effective it is necessary to choose the appropriate time. In fact, living beings are mutually synchronized and to the earth and its constant changes of magnetic energy. It has been shown that the energy of thought can also alter the environment. Hypnosis, stigmata phenomena and the placebo effect can also be considered as types of intention, as instructions to the brain during a particular state of consciousness. Cases of spontaneous cures or of remote healing of extremely ill patients represent instances of an exceedingly great intention to control diseases menacing our lives. The intention to heal as well as the beliefs of the sick person on the efficacy of the healing influences promote his healing. In conclusion, studies on thought and consciousness are emerging as fundamental aspects and not as mere epiphenomena that are rapidly leading to a profound change in the paradigms of Biology and Medicine.

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Fisiopatología del colesteatoma originado a partir de un bolsillo de retracción/ Physiopathology of the cholesteatoma originated from a retraction pocket

Cohen, Mauricio; Callejas, Claudio; Salgado, Mauricio
2006-04-01

Resumen en español El colesteatoma es una estructura quística delimitada por epitelio estratificado queratinizado con crecimiento expansivo. Se clasifican según su origen en congénitos y adquiridos. Los colesteatomas originados a partir de un bolsillo de retracción pertenecen a este último grupo. La patogénesis de su formación es multifactorial. Se inicia con la formación de un bolsillo de retracción en la que participan la disfunción de la trompa de Eustaquio y mayoritariamente l (mas) a neumatización de la mastoides. Numerosas teorías han tratado de explicar la transición desde este bolsillo de retracción hasta la aparición del colesteatoma. Sudoffet al, al combinar la teoría de la Invaginación y la de las células básales resuelve en parte este problema. Sin embargo, deja en pie Interrogantes como los mecanismos que desencadenan la migración celular y la proliferación celular. Esta es la barrera del conocimiento hoy en día. Numerosas hipótesis han tratado de resolver esta interrogante, entre ellas, la hipótesis de las infecciones atípicas como los biofilms o la infección por C pneumoniae como agentes involucrados en la génesis de los colesteatomas originados a partir de bolsillos de retracción. En este camino de investigación han surgido novedosos conceptos como el uso del MIB í y el MIF para uso potencial en poder predecir la agresividad y recurrencia de los colesteatomas. Sin embargo, hasta ahora sólo se ha encontrado la presencia de infecciones atípicas en colesteatomas, pero no ha surgido ninguna línea de investigación que las correlacione con un aumento en la actividad celular, de manera de relacionarlas causalmente con una mayor agresividad clínica. En este rumbo, recientemente la Sociedad Chilena de Otorrinolaringología ha otorgado financiamiento para un proyecto de investigación que buscará correlacionar la presencia de infección por C pneumoniae y una mayor agresividad clínica y molecular de los colesteatomas, medidas por MIB1. Esperamos que de esta manera se arroje mayor luz para comprender esta desafiante enfermedad Resumen en inglés Cholesteatoma is a cystic structure delimited by stratified epithelium keratinized with expansive growth. They are classified according to their origin as congenital and acquired. Cholesteatomas originated from a retraction pocket belong to this last group. The pathogenesis of its formation is multifactorial. It begins with the formation of a retractable pocket in which disfunction of the Eustachian tube and majoritarily the pneumatization of the mastoid, participate. Num (mas) erous theories have tried to explain the transition from this retractable pocket to the appearance of the cholesteatoma. Sudoffet al, by combining the theory of imagination and that of the basal cells solves this problem in part. However it maintains interrogations such as the mechanisms that start the cellular migration and cellular proliferation. This is the knowledge barrier to this date. Numerous hypothesis have tried to solve this question, among them, the hypothesis that atypical infections such as biofilms or infection due to C pneumoniae as agents involved in the genesis of the cholesteatomas originated from retraction pockets. In this line of investigation several new concepts have risen as the use ofMIBl and MIF for potential use to predict the aggressiveness and recurrency of the cholesteatomas. However, until now the presence of atypical infections has only been found in cholesteatomas, but no investigation line has appeared correlating them to an increase in cellular activity, in order to relate them casually to a higher clinical aggressiveness. In this sense, the Chilean Society of Otolaryngology has recently granted financing for an investigation program that will seek to correlate the presence of infection by C pneumoniae and a higher clinical and molecular aggressiveness of the cholesteatomas, measured by MIB1. This way we expect to obtain more information in order to understand this challenging disease

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Estudio preliminar de la síntesis secuencial y caracterización de terpolímeros abc basados en isopreno, estireno y e-caprolactona

Contreras Ramírez, Jesús; Carrillo, Mirtha; Balsamo, Vittoria; Torres, Carlos; López Carrasquero, Francisco
2007-06-01

Resumen en español En este trabajo se describe la síntesis tanto de copolímeros dibloque poli(isopreno)-b-poli(e-caprolactona) (PI-b-PCL) como de terpolímeros poliestireno-b-poli(isopreno)-b-poli(e-caprolactona) (PS-b-PI-b-PCL) y poli(isopreno)-b-poliestireno-b-poli(e-caprolactona) (PI-b-PS-b-PCL) mediante el empleo de n-BuLi como iniciador y benceno como solvente. La síntesis se llevó a cabo en condiciones que permiten la polimerización aniónica viviente a través de la adición sec (mas) uencial de monómeros. Los productos obtenidos fueron caracterizados mediante espectroscopia ¹H-RMN y cromatografía de permeación de geles (GPC). Los espectros de ¹H-RMN fueron consistentes con la estructura química de cada uno de los productos y las distribuciones de pesos moleculares resultaron estrechas, tal como se espera para polimerizaciones aniónicas vivientes. Por otra parte, se llevó a cabo un estudio preliminar de las propiedades térmicas mediante análisis termogravimétrico (TGA) y calorimetría diferencial de barrido (DSC) con el fin de determinar la estabilidad térmica y el proceso de cristalización de los copolímeros obtenidos. Los resultados indicaron que la estabilidad térmica de los materiales sintetizados se favorece notablemente con la incorporación del bloque de poli(e-caprolactona) y que además este bloque es capaz de cristalizar siempre y cuando su proporción en el copolímeros sea de al menos 14% en peso. Resumen en inglés The synthesis of diblock copolymers polyisoprene-b-poly(e-caprolactone) (PI-b-PCL) and terpolymers polystyrene-b-polyisoprene-b-polycaprolactone (PS-b-PI-b-PCL) and polyisoprene-b-polystyrene-b- polycaprolactone (PI-b-PS-b-PCL) through sequential anionic polymerization, using n-BuLi as initiator and benzene as solvent, is described. The resulting products were characterized by means of ¹H-NMR and Gel Permeation Chromatography (GPC). The spectroscopic analysis was consist (mas) ent with the chemical structure of the copolymers, which additionally showed a narrow molecular weight distribution, as expected for a living anionic polymerization. Thermogravimetric (TGA) results indicated that the thermal stability of the synthesized materials increases with the incorporation of poly(e-caprolactone), and DSC analysis evidenced that this block is able to crystallize when its content in the copolymer is of at least 14 %-wt.

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Trastornos de la diferenciación sexual: presentación de un caso de genitales ambiguos y revisión del tema/ Disorders of sexual differentiation: a case presentation of ambiguous genitalia and literature review on this topic

Mejías Sánchez, Yoerquis; Duany Machado, Orgel José; Taboada Lugo, Noel
2007-09-01

Resumen en español Los trastornos de la diferenciación sexual constituyen un grupo complejo de entidades y síndromes. El término estados intersexuales hace referencia a aquellos recién nacidos que presentan genitales ambiguos, esto es, sin evidencia clara sobre sexo asignable. Su frecuencia en nuestro medio es relativamente escasa. Se presenta el caso de un recién nacido en el que, en el examen físico, presenta micropenisomía y escroto bífido. La fusión labioescrotal está alterada (mas) con rodetes separados que semejan labios mayores y una estructura que remeda un introito vaginal. En el estudio ultrasonográfico se descartó la presencia de útero y ovarios y se constató la presencia de testículos en canal inguinal. La cromatina sexual de células en interfase de la mucosa oral reveló la presencia de 0 % de cuerpo Barr y el estudio cromosómico mostró un cariotipo masculino normal (46, XY), por lo que se interpreta el caso como un pseudohermafroditismo masculino. Se realiza una revisión de los trastornos de la diferenciación sexual. Resumen en inglés Sexual differentiation disorders constitute a group of complex syndromes and entities. The term intersexual states makes reference to those newborns that present with ambiguos genitalia, that is, without any clear evidence of defined sex. Intersexuality may be classified as masculine and femenine pseudohermaphroditism and true hermaphroditism, which is caused by incomplete sexual differentiation in the male or virilization in the female. This disorder is relatively rare i (mas) n our context, though knowledge increases more and more about it thanks to the development of molecular biology and the discovered involvement of genes in the normal sexual differentiation process. This article presented the case of a newborn whose dysmorphological exam at birth indicated positive findings in external genitalia such as micropenis and bifid scrotum. Labioscrotal fusion was upset with separated folds resembling labia majoris and a structure that seemed to be vaginal introitus. The ultrasonographic study eliminated the possibility of uterus and ovaria and showed the presence of testis in the inguinal canal. Sexual chromatin in interphase cells of the oral mucosa indicated 0% Barr corps and the chromosomal study showed normal male cariotype (46, XY), so this case was considered as male pseudohermaphroditism. Sexual differentiation disorders were reviewed.

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ESTUDIO TEÓRICO DEL EFECTO ISOTÓPICO DE HIDRÓGENO EN EL ADUCTO BORANO-CARBONILO/ THEORETICAL STUDY OF THE HYDROGEN ISOTOPE EFFECT ON THE BORANE-CARBONILE ADDUCT/ ESTUDO TEORICO DO EFEITO ISOTOPICO DE HIDROGENO NO ADUCTO BORANO-CARBONILO

Forero, Neftalí; González, Sergio A; Reyes, Andrés
2009-04-01

Resumen en portugués Temos estudado o efeito da substituição de isótopos de hidrogénio sobre a geometria, estrutura electrónica e da estabilidade do aduto Borana-carbonil, através do mêtodo de orbitais moleculares-core versões (OMNE) implementado no pacote computacional APMO. Descobrimos que um aumento da isótopo massa encurta as distâncias de ligação boro-carbono-isotópica de oxigênio e aumenta a distância, enquanto boro-carbono. Foi ainda determinada a estabilidade do aduto d (mas) e as energias de formação e distâncias de ligação BC. Nós descobrimos que o aumento da massa isotópica minar a relação BC. Uma explicação para este fenômeno em termos de conceito de acidez de Lewis predita resultados contrários aos encontrados enquanto um modelo baseado em diferenças de reatividade nas energias dos orbitais LUMO do Borana autorizados a conta para este efeito. Resumen en español Se estudió el efecto de la sustitución isotópica de hidrógeno sobre la geometría, la estructura electrónica y la estabilidad del aducto borano-carbonilo, mediante el método de orbitales moleculares nucleares y electrónicos (OMNE) implementado en el paquete computacional APMO. Se encontró que el aumento de la masa isotópica acorta las distancias de enlace boro-isótopo y carbono-oxígeno, mientras que alarga la distancia boro-carbono. Se determinó además la est (mas) abilidad del aducto a partir de las energías de formación y las distancias de enlace B-C. Se encontró que el aumento de la masa isotópica debilita el enlace B-C. Una primera explicación de este fenómeno en términos del concepto de acidez de Lewis predijo resultados contrarios a los encontrados, mientras que un modelo de reactividad basado en las diferencias de las energías de los orbitales LUMO del borano permitió dar cuenta de este efecto. Resumen en inglés We have investigated the hydrogen isotope effect on the geometry, the electronic structure and the stability of the borane-carbonile adduct, by using the nuclear-electronic molecular orbital method (NEMO) which has been implemented in the APMO software. We have found that an increase of the mass of the hydrogen isotope reduces the boron-hydrogen and carbon-oxygen bond lengths while increasing the boron-carbon distance. In this study, the stability of the adduct has been a (mas) nalyzed in terms of formation energies and B-C bond distances. We have found that the increase of the isotope mass weakens the B-C bond. We tried to give an explaination to this phenomenon based on Lewis acidity concept but it predicted the wrong results. A reactivity model based on the energy differences of borane LUMO orbitais offered a correct explaination to this effect.

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RECEPTORES NUCLEARES Y REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GÉNICA POR ÁCIDOS GRASOS POLIINSATURADOS: ALGO MÁS QUE PRODUCCIÓN DE ENERGÍA Y ESENCIALIDAD/ NUCLEAR RECEPTORS AND REGULATION OF GENE EXPRESSION BY POLYUNSATURATED FATTY ACIDS: SOMETHING MORE THAN ENERGY PRODUCTION AND ESSENTIALITY

Sanhueza C, Julio; Valenzuela B, Alfonso
2006-08-01

Resumen en español La regulación de la expresión de los genes está determinada por una serie de moléculas que en su conjunto modulan la activación o la represión de un gen o de un grupo de genes. Esta regulación requiere de diferentes receptores nucleares, que en la forma de homodímeros o heterodímeros interactúan con el DNA en lugares específicos denominados dominios de interacción del DNA. La unión del receptor al DNA es determinada por la presencia de ligandos específicos. (mas) El resultado final de este complejo proceso produce la activación o la represión de la expresión de un gen. Numerosas moléculas actúan como ligandos de receptores nucleares, siendo los ácidos grasos y sus derivados uno de los ligandos de origen nutricional más importantes. Los ácidos grasos poliinsaturados, al actuar como ligandos de receptores nucleares desencadenan una gran variedad de respuestas celulares; inducen la diferenciación de adipocitos, modifican la resistencia a la insulina, regulan la presión vascular, inducen la apoptósis de células tumorales, modifican el metabolismo de los carbohidratos, etc. Esta nueva función de los ácidos grasos los identifica como importantes reguladores de los genes, con lo cual actualmente se les relaciona con algo más que la producción de energía y la esencialidad. Este trabajo revisa la estructura y función de los receptores nucleares y el rol regulador de los ácidos grasos en la expresión de los genes Resumen en inglés Regulation of gene expression is controlled by many molecules which acting in concert may activate o repress a gene or a group of genes. The regulation requires of different nuclear receptors which as homodimers or heterodimers interact with DNA trough the so called DNA interaction domains. The DNA-receptor binding is determined by the presence of specific ligands. The final action of this complex is the activation or repression of gene expression. A number of molecules m (mas) ay act as ligands of nuclear receptors, being fatty acids and their derivatives one of the most important ligands of nutritional origin. Polyunsaturated fatty acids, acting as ligands of nuclear receptors may modulate a wide variety of molecular responses, such as adipocite differentiation, modifying insulin resistance, regulating vascular pressure, inducing apoptosis of tumor cells, modifying carbohydrate metabolism, etc. This new function of fatty acids as important modulators of gene expression goes beyond to the production of energy and essentiality. This work reviews the structure and function of nuclear receptors and the regulatory role of fatty acids in gene expression

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OXIDOS DEL COLESTEROL (OXISTEROLES): FACTORES QUE CONDICIONAN SU FORMACION, EFECTOS BIOLOGICOS, Y SU PRESENCIA EN LOS ALIMENTOS/ CHOLESTEROL OXIDES (OXISTEROLS): FACTORS CONDITIONING THEIR FORMATION, BIOLOGICAL EFFECTS AND CONTENT IN FOODS

Valenzuela B, Alfonso; Sanhueza C, Julio; Nieto K, Susana
2002-08-01

Resumen en español Los oxisteroles, productos de oxidación del colesterol, se forman cuando las materias primas o los productos terminados que contienen colesterol son sometidos a tratamientos térmicos, a agentes oxidantes, o a otras condiciones físicas y/o químicas que facilitan la oxidación del colesterol. Los procedimientos analíticos, principalmente basados en técnicas cromatográficas, han permitido identificar al menos 35 oxisteroles diferentes. El mecanismo de formación de lo (mas) s oxisteroles aún no está del todo claro, aunque se propone que los eventos moleculares que producen la oxidación del colesterol son similares, y probablemente simultáneos a los que ocasionan la oxidación de los ácidos grasos insaturados de las grasas y aceites. Se han descrito numerosos efectos biológicos atribuibles a los oxisteroles, como la alteración de la estructura y función de las membranas celulares, y el cambio en la actividad y en la expresión de enzimas involucradas en la biosíntesis del colesterol. En otras actividades celulares, los oxisteroles afectan la coagulación de la sangre, y se ha propuesto que serían potencialmente más aterogénicos que el propio colesterol. La presencia de cantidades relativamente altas de oxisteroles en alimentos de consumo habitual es motivo de preocupación, por lo cual se busca desarrollar procedimientos que impidan su formación. El rol de los antioxidantes sintéticos convencionales, así como de aquellos de origen natural de nuevo desarrollo, en la prevención de la formación de oxisteroles, principalmente en alimentos, es motivo de activa investigación Resumen en inglés Cholesterol oxides are formed when raw materials or finished products containing cholesterol are subjected to a heat treatment or to other physical or chemical conditions that promote the oxidation of cholesterol. Chromatographic methods allow the identification of at least 35 different cholesterol oxides. The mechanism for cholesterol oxides formation it is not yet clear, although it is believed that the molecular events producing oxidation are similar, and probably simu (mas) ltaneous, to those producing the oxidation of unsaturated fatty acids in fats and oils. Many biological effects attributed to cholesterol oxides, such as cell membrane structure modification, alteration of functions involved in cholesterol biosynthesis, and other cell activities are being described in this review. Furthermore, it has recently been suggested that cholesterol oxides are potentially more atherogenic than cholesterol by itself. Since the relatively high presence of cholesterol oxides in foods is a major concern for processors, new procedures designed to prevent their formation are currently under development. The role played by conventional synthetic antioxidants, as well as those found in nature, in the prevention of cholesterol oxides formation in foods is an active research area

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Evolución molecular y genómica en angiospermas

Eguiarte, Luis E; Castillo, Amanda; Souza, Valeria
2003-03-01

Resumen en portugués Revisaram, sintetizaram e compararam-se aspectos da evolução dos genomas nas angiospermas. As plantas com flores apresentam três genomas: o do cloroplasto, o da mitocondria e o nuclear. O genoma do cloroplasto tem uma estrutura muito conservada (120-217kb) que inclui 110-113 gens. O genoma da mitocondria é maior (300-600kb) e contêm perto de 60 gens, é um genoma muito dinâmico já que ganha e perde facilmente seqüencias nucleares e do cloroplasto. Os genomas nucle (mas) ares das angiospermas encontram-se entre os maiores conhecidos. O genoma nuclear de Arabidopsis thaliana tem 125Mb que compreendem 25498 gens. Do arroz (Oryza sativa) tem se seqüenciado duas variedades e seu genoma é quase 4 vezes maior que o de A. thaliana e compreendem de 32.000 a 55.615 gens. Para o milho (Zea mays), embora não seqüenciado, se conhece muita informação estima-se que 60 a 80% de seu genoma nuclear esta constituido por elementos móveis. As substituições sinônimas dos gens de cloroplasto são 2 a 3 vezes mais rápidas que nas mitocondrias, e os gens nucleares mudam 10 a 15 vezes mais rápido que os mitocondriais. No entanto, as taxas de substituição dos locais não sinônimos são similares entre mitocondria e cloroplasto, e são um pouco mais altas no núcleo. Os estudos detalhados destes três genomas permitem avançar no entendimento das complexidades genéticas e evolutivas deste grupo de plantas. Resumen en español Se revisaron, sintetizaron y compararon aspectos de la evolución de los genomas en las angiospermas. Las plantas con flores presentan tres genomas: el del cloroplasto, el de la mitocondria y el nuclear. El genoma del cloroplasto tiene una estructura muy conservada (120-217kb) que incluye 110-113 genes. El genoma de la mitocondria es mayor (300-600kb) y contiene cerca de 60 genes, es un genoma muy dinámico ya que gana y pierde fácilmente secuencias nucleares y del cloro (mas) plasto. Los genomas nucleares de las angiospermas se encuentran entre los más grandes conocidos. El genoma nuclear de Arabidopsis thaliana tiene 125Mb que comprenden 25498 genes. Del arroz (Oryza sativa) se han secuenciado dos variedades y su genoma es casi 4 veces más grande que el de A. thaliana y comprenden de 32000 a 55615 genes. Para el maíz (Zea mays), aunque no secuenciado, se tiene mucha información y se estima que 60 a 80% de su genoma nuclear está constituido por elementos móviles. Las substituciones sinónimas de los genes de cloroplasto son de 2 a 3 veces más rápidas que en las mitocondrias, y los genes nucleares cambian de 10 a 15 veces más rápido que los mitocondriales. Sin embargo, las tasas de substitución de los sitios no sinónimos son similares entre mitocondria y cloroplasto, y son un poco más altas en el núcleo. Los estudios detallados de estos tres genomas permiten avanzar en el entendimiento de las complejidades genéticas y evolutivas de este grupo de plantas. Resumen en inglés Several aspects of the evolution of the genomes in angiosperms were reviewed, synthesized and compared. Flowering plants have three genomes: chloroplast, mitochondrial and nuclear. The chloroplast genome has a largely conserved structure (120-217kb) including 110-113 genes. The mitochondrial genome is bigger (300-600kb), comprising about 60 genes, and is a very dynamic genome, losing and acquiring genes from the nucleus and chloroplast. Nuclear genomes in angiosperms are (mas) among the largest known. In Arabidopsis thaliana it is 125Mb long with 25498 genes. From rice (Oryza sativa) two varieties have been sequenced; its genome is almost 4 times larger than that of A. thaliana and includes 32000-55615 genes. Maize (Zea mays) has not been sequenced yet, but there is substantial genomic information, and it has been estimated that between 60 to 80% is composed of mobile elements. Synonymous substitutions in chloroplast genes are 2 to 3 times faster than in mitochondria, and nuclear genes change in general 10 to 15 times faster than mitochondrial. Nevertheless, substitution rates in non-synonymous sites are similar between chloroplast and mitochondria and only slightly higher in the nuclear genome. Detailed studies of these 3 genomes allow the understanding of the complexities of the genetics and evolution of this group of plants.

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Propiedades electrónicas de los nanotubos de carbono

González Carmona, José

Presentado en el IV Curso de Iniciación a la Investigación en Estructura de la Materia: Desde las partículas subatómicas hasta los compuestos moleculares (Instituto de Estructura de la Materia, CSIC, 28-30 de Marzo de 2007). | Los compuestos de carbono han despertado recientemente gran interés por s...

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genético, clínico y molecular de una familia afectada con una malformación del esmalte dental/ Genetic, clinical and molecular analysis of a family affected by amelogenesis imperfecta

Urzúa O, Blanca; Ortega P, Ana; Rodríguez M, Luis; Morales B, Irene
2005-11-01

Resumen en inglés Amelogenesis Imperfecta (AI) is a group of conditions where there is an abnormal formation of enamel in terms of quantity, structure and composition. AI is clinically and genetically heterogeneous, there are sex linked and autosomal versions, dominant and/or recessive, with phenotypes of hypoplastic, hypocalcified or hypomature enamel. Only recently, through clinical, genetic and molecular studies of affected families, phenotypic-genotypic correlations are being establish (mas) ed in this group of anomalies. Aim: To carry out a genetic, clinical and molecular analysis of a Chilean family affected with an enamel malformation, which probably would correspond to Amelogenesis Imperfecta Dominant Autosomal (AIDA), of hypoplastic type, resulting from g.6395G>A mutation in the enamelin gene. Patients and Methods: A genealogical pattern was created for five generations. Five members of this family group were clinically examined, and four of them had a molecular analysis that consisted of the detection of a mutation in the enamelin gene using PCR. Results: In this family, the enamel malformation presents a dominant autosomal pattern of inheritance. The clinical examination of the group allowed a diagnosis of Amelogenesis Imperfecta, of the hypoplastic local type. However, the molecular analysis revealed that the members analyzed did not exhibit the g.6395G>A mutation reported for the enamelin gene (ENAM). Conclusions: The enamel phenotype in this family could be explained by the presence of one of four other mutations recently described in this or another gene, thereby supporting the findings of allelic heterogeneity reported in the literature

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X-ray analysis of netzahualcoyone, a triterpene quinone methide from Orthosphenia mexicana

González, A. G.; Fraga, Braulio M.; González, Carmen M.; Ravelo, Ángel G.; Ferro, Esteban
1983-01-01

Digital.CSIC (Spain)

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X-ray analysis of netzahualcoyone, a triterpene Quinone methide from orthosphenia mexicana

González, Antonio G.; Fraga, Braulio M.; González, Carmen M.; Ravelo, Ángel G.; Ferro, Esteban; Domínguez, Xorge A.

4 pages, 1 table, 1 scheme. | The molecular structure and the absolute configuration of netzahualcoyone, a triterpene quinone methide with a new skeleton isolated from Orthosphenia mexicana, has been determined by X-ray analysis. | One of us (E. Ferro) thanks the Instituto de Cooperación Iberoameric...

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Vías implicadas en la luteólisis bovina/ Bovine luteolysis: intracellular signals

Olivera A, Martha; Tarazona M, Ariel; Ruíz C, Tatiana; Giraldo E, Carlos
2007-09-01

Resumen en español El cuerpo lúteo es una glándula endocrina transitoria que produce progesterona durante un tiempo determinado por la gestación. Cuando no hay preñez, el cuerpo lúteo sufre un proceso de regresión conocido como luteólisis, el cual divide en: funcional, por la pérdida de la capacidad de sintetizar progesterona; y estructural, por la pérdida de integridad celular. La luteólisis es inducida principalmente por la PGF2α, y de manera secundaria a través de otras (mas) rutas paralelas mediadas por calcio, citoquinas, especies reactivas de oxígeno y endotelinas. Todos estos factores conducen finalmente a la inhibición de la esteroidogénesis y/o en la inducción de la apoptosis. En este artículo tratamos de integrar la información disponible en la literatura y proponemos un mapa de los eventos celulares y moleculares que dan cuenta de este fenómeno fundamental en la reproducción de la especie bovina. Resumen en inglés The corpus luteum is a transient gland that produces progesterone during a period of time that is determined by the length of gestation. When there is no gestation the corpus luteum undergoes regression, a process commonly known as luteolysis. This process has been divided in: functional, since there is a lost of the capacity to synthesize progesterone; and structural, because there is a disruption of the cellular structure. PGF2α, is the principal luteolytic factor (mas) , but there are other parallel pathway mediated by calcium, cytokines, reactive oxygen species and endothelins. All these routes end up in inhibition of steroidogenesis and/or apoptosis. In this article we try to integrate the information present in the literature and propose a map depicting the major cellular and molecular events taking place in this process that is fundamental en bovine reproduction.

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Universal features of water dynamics in solutions of hydrophilic polymers, biopolymers, and small glass-forming materials

Cerveny, Silvina; Alegría Loinaz, Ángel; Colmenero de León, Juan

5 pp.-- PACS nrs.: 82.35.Pq, 61.25.Em, 77.22.Gm.-- PMID: 18517410. | A systematic investigation by dielectric spectroscopy of 18 different water-rich mixtures with very different hydrophilic substances shows universal features for the water dynamics. The temperature dependence of the relaxation time...

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Titanium-Containing Zeolites and Microporous Molecular Sieves as Photovoltaic Solar Cells

Atienzar, Pedro; Valencia, Susana; Corma, Avelino; García Gómez, Hermenegildo

Final edited full-text version of the paper available at: http://dx.doi.org/10.1002/cphc.200700019 | Four titanium-containing zeolites and microporous molecular sieves differing on the crystal structure and particle size (Ti/Beta, Ti/Beta-60, TS-1 and ETS-10) are prepared, and their activity for sol...

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Thermal Gas-Phase Oxidation Of Trifluorobromoethene, CF2CFBr, Initiated By NO2

Arce, V.; dos Santos Afonso, M.; Romano, R.M.; Czarnowski, J.
2005-12-01

Resumen en español Se estudió la oxidación de CF2CFBr por O2 molecular iniciada por la adición de NO2 al doble enlace del alqueno a 313,4 K en un sistema convencional estático. Se varió la presión inicial de CF2CFBr entre 18,8 y 43,9 torr, la de NO2 entre 0,9 y 4,8 torr y la de O2 entre 96,9 y 402,9 torr. Se formaron los siguientes productos: CF2BrC(O)F, como producto principal, C(O)F2 y C(O)FBr y pequeñas cantidades de peroxinitrato, CF2BrCFBrO2NO2 y epóxido de trifluorobromoeteno. (mas) Se caracterizó el CF2BrC(O)F por su espectro infrarrojo comparándolo con el calculado usando métodos ab initio y la teoría de los funcionales de la densidad. En presencia de CF2CFBr la reacción procede con disminución de la presión. Consumido el alqueno se observó aumento de la presión y la formación de bromo. A las presiones de oxígeno usadas en este trabajo, la oxidación es una reacción en cadena de seudo-cero orden con respecto a O2 como reactivo. Sus pasos básicos son: iniciación de cadena por adición de NO2 al doble enlace, que en presencia de O2, mediante una secuencia de reacciones, genera los átomos de bromo y la propagación de la cadena por reacción de Br• con el alqueno, originando radicales CF2BrCFBrO2• y CF2BrCFBrO•. Este último se descompone principalmente por eliminación de átomo de bromo y en menor grado por la ruptura de enlace C-C. Se postuló el mecanismo completo de la reacción. Se obtuvo el valor de (2,2 ±1) x 10-5 s-1 para la constante de descomposición unimolecular de CF2BrCFBrO2NO2 a temperatura ambiente. Resumen en inglés The oxidation of CF2CFBr by molecular O2 initiated by the addition of NO2 to the double bond of the alkene was studied at 313.4 K, using a conventional static system. The initial pressure of CF2CFBr was varied between 18.8 and 43.9 torr, that of NO2 between 0.9 and 4.8 torr and that of O2 between 96.9 and 402.9 torr. The following products were formed: CF2BrC(O)F, as the main product, C(O)F2 and C(O)FBr and small amounts of peroxynitrate, CF2BrCFBrO2NO2, and trifluorobrom (mas) oethene epoxide. CF2BrC(O)F was characterized by its IR spectrum consistent with both the proposed structure and the calculations carried out using ab initio and Density Functional Theory methods. In presence of CF2CFBr the reaction proceeded with a pressure decrease. After the alkene was consumed an increase of the pressure and formation of bromine was observed. The oxidation is a chain reaction of pseudo-zero order with respect to O2 as reactant at the pressure of oxygen used in this work. Its basic steps are: chain initiation by addition of NO2 to the double bond leading, through reaction sequence in presence of O2, to generation of bromine atoms and chain propagation by reaction of Br• with alkene, originating CF2BrCFBrO2• and CF2BrCFBrO• radicals. The predominant fate of the latter is the bromine atoms extrusion, with C-C bond cleavage playing only a minor role. A full mechanism is postulated. The value of (2.2 ±1) x 10-5 s-1 was obtained for the room temperature rate constant for the unimolecular decomposition of CF2BrCFBrO2NO2.

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The structure of the C-terminal domain of the protein kinase AtSOS2 bound to the calcium sensor AtSOS3

Sánchez-Barrena, María José; Fujii, Hiroaki; Angulo, Ivan; Martínez-Ripoll, Martín; Zhu, Jian-Kang; Albert, Armando

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The structure of the C-terminal domain of the protein kinase AtSOS2 bound to the calcium sensor AtSOS3

Sánchez-Barrena, María José; Fujii, Hiroaki; Angulo, Ivan; Martínez-Ripoll, Martín; Zhu, Jian-Kang; Albert Martínez, Armando
2007-05-11

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The structure of jhanilactone1

González, A. G.; Arteaga, José M.; Fraga, Braulio M.; Hernández, M. G.; Fayos, José
1978-01-01

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The structure of Rimonabant in the solid state and in solution : An experimental and theoretical study

Alcorta, Ibon; Alvarado, Mario; Elguero, José; Garcia-Granda, Santiago; Goya, Pilar; Jimeno, M. Luisa; Menendez-Taboada, Laura
2009-01-01

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The structure and function of the LH2 (B800–850) complex from the purple photosynthetic bacterium Rhodopseudomonas acidophila strain 10050

Cogdell, Richard J.; Isaacs, Neil W.; Freer, Andy A.; Arellano, Juan B.; Howard, Tina D.; Papiz, Miroslav Z.

Biotechnology and Biological Sciences Research Council. European Union. Human Frontiers of Science Programme | Peer reviewed

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The stereochemistry of a rearrangement and fragmentation reaction of ring D of 13-hydroxygibberellins

Collado, Isidro G.; M. Fraga, Braulio; Hanson, James R.; Hitchcock, Peter B.; García-Tellado, Fernando

4 pages, 1 figure, 2 tables, 1 scheme.-- Supporting information available: Tables of bond lengths, bond and torsion angles, and temperature factors have been deposited at the Cambridge Crystallographic Data Centre. | Treatment of methyl 16(R)- and 16(S)-16,17-dibromo-16,17-dihydrogibberellate with a...

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The spatial distribution of stars

Sánchez, Néstor; Alfaro, Emilio J.
2009-04-01

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The role of stress anisotropy in quantum wire and quantum dot formation

Silveira, Juan Pedro; González, María Ujué; García, Jorge M.; González, Luisa; González, Yolanda; Briones Fernández-Pola, Fernando
2002-12-01

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The investigation of chemical structure of coal macerals via transmitted-light FT-IR microscopy by X. Sun

Hower, James C.; Suárez Ruiz, Isabel; Mastalerz, Maria; Cook, Alan C.

5 pages, 2 figures.-- PMID: 17204447 [PubMed].-- Available online on Dec 1, 2006. | A recent paper by Sun [X. Sun, Spectrochim. Acta A 62 (1–3) (2005) 557] attempts to characterize a variety of liptinite, termed “barkinite”, from Chinese Permian coals. The component identified does not appear to fun...

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The X-ray crystal structures of two constitutively active mutants of the Escherichia coli PhoB receiver domain give insights into activation

Arribas, Raquel; Kim, Soo-Ki; Ferrer Orta, Cristina; Blanco, Alexandre G.; Pereira, Pedro J. B.; Gomis-Rüth, F. Xavier; Wanner, Barry L.; Coll, Miquel; Solà, Maria
2007-02-16

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The Structure of the C-Terminal KH Domains of KSRP Reveals a Noncanonical Motif Important for mRNA Degradation

García-Mayoral, María Flor; Hollingworth, David; Masino, Laura; Díaz-Moreno, Irene; Kelly, Geoff; Chou, Chu-Fang; Chen, Ching-Yi; Ramos, Andres
2007-04-01

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The SIESTA method; developments and applicability

Artacho, Emilio; Anglada, E.; Diéguez, Oswaldo; Gale, Julian D.; García, Alberto; Junquera, Javier; Martin, R. M.

6 pages, 3 figures.-- Printed version published on Feb 13, 2008. | Recent developments in and around the SIESTA method of first-principles simulation of condensed matter are described and reviewed, with emphasis on (i) the applicability of the method for large and varied systems, (ii) efficient basi...

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The SIESTA method for ab initio order-N materials simulation

Soler, José M.; Artacho, Emilio; Gale, Julian D.; García, Alberto; Junquera, Javier; Ordejón, Pablo

35 pages, 8 figures.-- Printed version published on Mar 25, 2002.-- ArXiv pre-print available at: http://arxiv.org/abs/cond-mat/0111138 | We have developed and implemented a self-consistent density functional method using standard norm-conserving pseudopotentials and a flexible, numerical linear com...

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The Physics of Liquid Para-Hydrogen

Lindenau, Thomas; Ristig, Manfred L.; Gernoth, Klaus A.; Dawidowski, Javier; Bermejo, F. Javier

Macroscopic systems of hydrogen molecules exhibit a rich thermodynamic phase behavior. Due to the simplicity of the molecular constituents a detailed exploration of the thermal properties of these boson systems at low temperatures is of fundamental interest. Here,we report theoretical and experiment...

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The Physics of Liquid Para-Hydrogen

Lindenau, Thomas; Ristig, Manfred L.; Gernoth, Klaus A.; Dawidowski, Javier; Bermejo, Francisco Javier
2006-02-16

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The Long and Short Flavodoxins. I. i. the role of the differentiating loop in apoflavodoxin structure and fmn

López-Llano, Jon; Maldonado, Susana; Bueno, Marta; Lostao, Anabel; Jiménez, Maria Ángeles; Lillo, M. Pilar

Flavodoxins are well known one-domain / electron-transfer proteins that, according to the presence or absence of a 20-residue loop splitting the fifth -strand of the central -sheet, have been classified in two groups: long and short-chain flavodoxins, respectively. Although the flavodoxins have been...

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The Excitation of N2H+ in Interstellar Molecular Clouds. I. Models

Cernicharo, José; Daniel, F.; Dubernet, M.-L.

We present large velocity gradient (LVG) and nonlocal radiative transfer calculations involving the rotational and hyperfine structure of the spectrum of N2H+, with collisional rate coefficients recently derived by us. The goal of this study is to check the validity of the assumptions made to treat ...

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The Excitation of N2H+ in Interstellar Molecular Clouds. I. Models

Cernicharo, José; Daniel, F.; Dubernet, M.-L.
2006-06-20

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The molecular structure and NMR properties of P-phosphinoylmethyl aminophosphonium salts

López-Leonardo, Carmen; Alajarín, Mateo; Llamas-Lorente, Pilar; Bautista, Delia; Jimeno, M. Luisa; Alkorta, Ibon; Elguero, José
2003-01-01

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TNFalpha-Polymorphismus bei Patienten mit Sepsis und Schilddrüsenkarzinomen

Rossbach, Christiane

Das Zytokin Tumornekrosefaktor a (TNFa) hat einen entscheidenden Anteil an der Entwicklung schwerer Komplikationen, wie septischer Schock und Multiorganversagen nach Entwicklung einer Sepsis. Eine Assoziation des TNF2-Allels mit einem erhöhten TNF a Spiegel und einer höheren Mortalitätsrate wurde i...

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Síndrome mielodisplásico: I. Biología y clínica/ Myelodysplastic syndrome: I. Biology and Clinic

Fernández Delgado, Norma; Hernández Ramírez, Porfirio
2000-04-01

Resumen en español Los síndromes mielodisplásicos (SMD) constituyen un grupo de trastornos clonales caracterizados por citopenias progresivas y dishematopoyesis. La etiología de los SMD primarios es desconocida y los secundarios pueden deberse al uso de agentes antineoplásicos, productos químicos y en los niños, se asocian con enfermedades constitucionales. Sus características biológicas generales incluyen las alteraciones de la hematopoyesis, que pueden ir acompañadas por alteraci (mas) ones citogenéticas, moleculares e inmunológicas. Para el diagnóstico es necesario que la dishematopoyesis afecte, al menos, el 10 % de las células en cada una de las series. En el 80 % de las biopsias de médula ósea se observan signos de dismegacariopoyesis y desorganización en la arquitectura hematopoyética habitual. Recientemente se ha planteado la existencia de variantes de SMD, entre ellos el hiperfibrótico, el temprano y el SMD con características de síndrome mieloproliferativo. El diagnóstico de SMD es por exclusión, por lo que es necesario en el diagnóstico diferencial destacar algunos procesos que pueden presentar alteraciones mielodisplásicas, entre ellos las anemias por deficiencia de vitamina B12, ácido fólico o piridoxina, las hepatopatías crónicas, la anemia de las enfermedades crónicas, el tratamiento con quimioterápicos, la infección por el virus del SIDA y la aplasia medular, entre otros Resumen en inglés Myelodysplastic syndromes (MDS) include a group of clonic disorders characterized by progressive cytopenias and dishematopoiesis. Etiology of primary MDS is unknow, and secondary ones may be due to use of antineoplastic agents, chemicals and in children, are related to constitutional diseases. Their general biological features include cytogenetic, molecular, and immunologic alterations accompaning hematopoiesis alterations. For diagnosis it is necessary 10% of cellular in (mas) volvement in each serie, where dishematopoiesis be the cause. In 80% of bone marrow biopsies, we found signs of dismegacaryopoiesis and disarrangement in normal hematopoietic structure. Recently, it was proposed existence of MDS variants, including hyperfibrotic type, the early one, and MDS with features of myeloproliferative syndrome. Diagnosis of MDS is by exclusion and in differential diagnosis, it is necessary rule out some processes presenting myelodisplastic alterations, including anemias by vitamin B12, folic acid, or piridoxin deficiency, chronic liver disease, chronic diseases anemia, chemotherapy, AIDS virus infection, and medullary aplasia, etc

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Synthesis of all-silica and high-silica molecular sieves in fluoride media

Camblor, Miguel Ángel; Villaescusa, Luis A.; Díaz Cabañas, María José

Recent advances in the synthesis of all-silica and high-silica crystalline molecular sieves in fluoride media, with special regard to low framework density phases, are presented. The fundamental differences between the synthesis in hydroxide and fluoride media with respect to the properties of the ...

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Synthesis of all-silica and high-silica molecular sieves in fluoride media

Camblor, Miguel Ángel; Villaescusa, Luis A.; Díaz Cabañas, María José
1999-01-01

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Synthesis and structure of chiral-at-metal complexes with the ligand (S)-2-[(Sp)-2-(diphenylphosphino)ferrocenyl]-4-isopropyloxazoline

Carmona, Daniel; Medrano, Roberto; Dobrinovich, Isabel T.; Lahoz, Fernando J.; Ferrer, Joaquina; Oro, Luis A.
2006-12-15

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Structure of the Hsp110:Hsc70 Nucleotide Exchange Machine

Schuermann, Jonathan P.; Jiang, Jianwen; Cuéllar, Jorge; Llorca, Óscar; Wang, Liping; Giménez, Luis E.

12 pages, 6 figures.-- PMID: 18550409 [PubMed].-- Supplementary information (Suppl. figures S1-S4, 5 pages, and suppl. movie S1, Conformational Changes Induced by Complex Formation) available at the online paper site. | Printed version published on Jul 25, 2008.-- Coordinates and structure factors h...

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Structure and uncoating of immature adenovirus

San Martín, Carmen; Pérez-Berná, Ana J.; Marabini, Roberto; Scheres, Sjors H. W.; Menéndez-Conejero, Rosa

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Structure and dynamics of the N-terminal loop of PsbQ from photosystem II of Spinacia oleracea

Ristvejová, Jaroslava; Kopecky, Vladimír; Sosová, Zofie; Balsera, Mónica; Arellano, Juan B.; Green, Michael

Infrared and Raman spectroscopy were applied to identify restraints for the structure determination of the 20 amino acid loop between two P-sheets of the N-terminal region of the PsbQ protein of the oxygen evolving complex of photosystem 11 from Spinacia oleracea by restraint-based homology modeling...

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Structure and dynamics of the N-terminal loop of PsbQ from photosystem II of Spinacia oleracea

Ristvejová, Jaroslava; Kopecky, Vladimír; Sosová, Zofie; Balsera, M.; Arellano, Juan B.; Green, Michael; Ettrich, Rüdiger
2006-06-01

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Structural study of the type II 3-dehydroquinate dehydratase from Actinobacillus pleuropneumoniae

Maes, D.; González-Ramírez, L. A.; López-Jaramillo, F. J.; Yu, B.; Bondt, H. de; Zegers, I.; Afonina, E.; García Ruiz, Juan Manuel; Gulnik, S.
2004-03-01

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Structural characterization of bio- and geomacromolecules by off-line thermochemolysis with tetramethylammonium hydroxide (TMAH)

Río Andrade, José Carlos del; McKinney, Dan E.; Knicker, Heike; Nanny, Mark A.; Minard, Robert D.; Hatcher, Patrick G.
1998-01-01

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Structural Analysis of the Laetiporus sulphureous Hemolytic Pore-forming Lectin in Complex with Sugars

Mancheño, José M.; Hiroaki, Tateno; Goldstein, Irwin J.; Hermoso, Juan A.
2005-04-29

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Strong philopatry derived from capture–recapture records does not lead to fine-scale genetic differentiation in lesser kestrels

Alcaide, Miguel; Serrano, David; Tella, José Luis; Negro Balmaseda, Juan José

8 pages, 4 figures. | 1. The integration of capture–recapture and molecular approaches can improve our understanding of the consequences of habitat fragmentation on population connectivity. Here we employed microsatellites to test dispersal hypotheses derived from intense and long-term ringing progr...

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Size-filtering effects by stacking InAs/InP (001) self-assembled quantum wires into multilayers

Alén, Benito; Martínez-Pastor, Juan; González, Luisa; García, Jorge M.; Molina, Sergio I.; Ponce, Arturo; García García, Ricardo
2002-05-29

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Sistemática, taxonomía y domesticación de alpacas y llamas: nueva evidencia cromosómica y molecular/ Systematics, taxonomy and domestication of alpaca and llama: new chromosomal and molecular evidence

MARÍN, JUAN C; ZAPATA, BEATRIZ; GONZÁLEZ, BENITO A; BONACIC, CRISTIAN; WHEELER, JANE C; CASEY, CIARA; BRUFORD, MICHAEL W; PALMA, R. EDUARDO; POULIN, ELIE; ALLIENDE, M. ANGÉLICA; SPOTORNO, ÁNGEL E
2007-06-01

Resumen en español Existen cuatro especies de camélidos sudamericanos, dos de ellos silvestres, guanaco (Lama guanicoe) y vicuña (Vicugna vicugna), y dos formas domésticas, alpaca (Lama pacos) y llama (Lama glama), cuyo origen ha sido objeto de debate. En el presente estudio la variación en el patrón de bandas G de los cromosomas de llamas y alpacas y la secuencia de dos genes mitocondriales han sido usados para estudiar el origen y la clasificación de llamas y alpacas. Patrones de ba (mas) ndas cromosómicas similares fueron observados en las cuatro especies de Lamini, incluso similares a los descritos para camello, Camelus bactrianus. Sin embargo, se encontraron finas y consistentes diferencias en los brazos cortos del cromosoma 1, permitiendo separar a camellos, guanacos y llamas, de las de vicuñas y alpacas. Este patrón fue consistente incluso en un híbrido guanaco x alpaca. Relaciones equivalentes fueron encontradas en las secuencias completas del gen para citocromo b, así como en el árbol de expansión mínima de las secuencias parciales de la región control, agrupando a guanacos con llamas y a vicuñas con alpacas. Los análisis filogenéticos mostraron a V. vicugna y a L. guanicoe como grupos recíprocamente monofHéticos. El análisis de las secuencias de ambos genes mostró dos ciados entre las vicuñas, concordantes con las subespecies reconocidas para esta especie, pero los resultados obtenidos para guanacos no reflejaron la existencia de las cuatro subespecies previamente propuestas. El análisis combinado de variaciones cromosómicas y moleculares demostraron una alta similitud genética entre alpacas y vicuñas, así como entre llamas y guanacos. Aunque se revela hibridización direccional, nuestros resultados apoyan fuertemente la hipótesis de que la llama se deriva de L. guanicoe, y la alpaca de V. vicugna, apoyando la reclasificación de la alpaca como V. pacos Resumen en inglés Four camelid species exist in South America: two wild, the guanaco (Lama guanicoe) and the vicuña (Vicugna vicugna), and two domestic, the alpaca (Lama pacos) and the llama (Lama glama). However, the origin of the domestic species has been a matter of debate. In the present study, variations in chromosome G banding patterns and in two mitochondrial gene sequences have been used to study the origin and classification of the llama and alpaca.-Similar patterns in chromosome (mas) G band structure were observed in all four Lamini species, and these in turn were similar to the bands described for camels, Camelus bactrianus. However, fine and consistent differences were found in the short arms of chromosome 1, separating camels, guanacos and llamas from vicuñas and alpacas. This pattern was consistent even in a hybrid guanaco x alpaca. Equivalent relationship showed the complete cytochrome b gene sequences, and the minimum expansion tree of the partial control region sequence, grouping guanaco with llama and vicuña with alpaca. Phylogenetic analyses showed V. vicugna and L. guanicoe as monophyletic groups. Analysis of both gene sequences revealed two clades within vicuña, concordant with the two described subspecies, but the results for guanaco did not confirm existence of the four previously proposed subspecies. The combined analysis of chromosomal and molecular variation showed close genetic similarity between alpacas and vicuñas, as well as between llamas and guanacos. Although directional hybridization was revealed, our results strongly support the hypothesis that the llama would have derived from L. guanicoe and the alpaca from V. vicugna, supporting reciassification as V. pacos

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Sistemas de memoria: reseña histórica, clasificación y conceptos actuales. Primera parte: Historia, taxonomía de la memoria, sistemas de memoria de largo plazo: la memoria semántica/ Memory systems: historical background, classification, and current concepts. Part one: History, taxonomy of memory, long-term memory systems: Semantic memory

Carrillo-Mora, Paul
2010-02-01

Resumen en español La memoria es una función cerebral fascinante, mediante ella el Sistema Nervioso codifica, almacena, organiza y recupera una gran variedad de tipos de información que resultan de vital importancia para el individuo en particular. Los conocimientos actuales nos permiten conceptualizar a la memoria como conformada por una red compleja de subsistemas de memoria que pueden trabajar en paralelo, cooperando e incluso en ocasiones funcionar de forma competitiva entre sí. La e (mas) volución de la clasificación de los sistemas de memoria se ha desarrollado en paralelo al conocimiento acerca del funcionamiento del los procesos mnésicos. Las primeras aproximaciones al estudio de la memoria estaban conformadas por métodos filosóficos que comprendían la observación, reflexión, lógica, etc. En el siglo XIX surgieron los primeros estudios científicos para el estudio experimental de la memoria. Autores como Ebbinghaus o Lashley estudiaron por primera vez la memoria humana y animal respectivamente. Los conductistas como Pavlov, Skinner, Thorndike y Watson sentaron las bases del aprendizaje asociativo que conocemos como condicionamiento clásico y condicionamiento operante. Más tarde los estudios neuropsicológicos de pacientes con lesiones quirúrgicas focales temporales arrojaron resultados contundentes acerca del sustrato anatómico de la memoria declarativa en el lóbulo temporal, lo que inició una avalancha de estudios y descripciones neuropsicológicas cada vez más finas sobre las consecuencias de las lesiones y patologías cerebrales en los distintos procesos de memoria. Más recientemente, los estudios de los procesos celulares y moleculares de las formas de aprendizaje más elementales (habituación y sensibilización) en modelos de animales invertebrados han demostrado los requerimientos celulares mínimos para el establecimiento del aprendizaje así como los mecanismos moleculares diferenciales involucrados en la memoria de corto y largo plazo. A últimas fechas, la introducción de los estudios de neuroimagen funcional en pacientes enfermos y sanos ha permitido la expansión de los conocimientos sobre el funcionamiento dinámico y en tiempo real de los diversos procesos de memoria. En la actualidad la clasificación más aceptada de los sistemas de memoria de largo plazo considera dos grandes esferas principales: la memoria declarativa y la no declarativa. La memoria declarativa se refiere a la que contiene información de la cual se tiene un registro consciente y que se puede verbalizar o transmitir fácilmente a través de algún medio a otro individuo. La memoria no declarativa comprende información que no se puede verbalizar fácilmente o cuyo aprendizaje puede ser inconsciente e incluso involuntario. La memoria declarativa se subdivide en memoria semántica y episódica. El ámbito de la memoria semántica es la información almacenada acerca de las características y atributos que definen los conceptos (hechos que carecen de un marco espacio temporal definido), así como los procesos que permiten su recuperación de forma eficiente para su utilización en el pensamiento y el lenguaje actual. Los estudios de imagen funcional han demostrado que la información sobre las características de objetos específicos que es necesaria para la generación de conceptos es almacenada dentro de los mismos sistemas neuronales que están activos durante la percepción de esos mismos estímulos. El rol del lóbulo temporal en esta variedad de memoria está comprobado por estudios experimentales y clínicos, pero los estudios de imagen funcional han demostrado otras áreas asociadas a la codificación y recuperación semántica cuyo papel aún no ha sido comprendido por completo. Resumen en inglés Memory is a fascinating brain function by means of which the nervous system can codify, store, organize, and recover a variety of information relevant to the subject. The formal study of memory started more than a century ago, providing in this time a considerable amount of scientific information on memory functioning. The actual knowledge of memory allow us to consider it far from being unique, isolated or static function, but more as a complex net of memory systems work (mas) ing in parallel for a common goal. Historic evolution of memory concepts and their classifications have progressed simultaneously to our knowledge on these systems. The first empiric approaches to memory description were found in ancient Greece by authors like Plato and Aristoteles, and were based on philosophy, thinking, and introspection and logic methods. However, the first real scientific approaches appeared in the XIX century, by authors such as Ebbinghaus and Lashley, who initiated the experimental study of memory in humans and animals, respectively. The contribution of the intellectual group known as > in the beginning of XX century, was also relevant during this period, and was represented by scientists like Pavlov, Watson, Skinner, and Thorndike, who detailed a variant of learning recognized in our days as associative learning. In turn, this variant can be divided into classic conditioning (associates a stimulus with a response) and instrumental or operant conditioning (associates a stimulus with a specific behavior). Behaviorists claimed that only on observational basis of behavior is possible to know processes linked to learning. However, these authors clearly made a mistake when they stated that knowledge on processes occurring in the brain will always be far of the understanding of the investigator. Later on, one of the hardest evidences for the study of memory processes came from clinic studies of patients with focal cerebral lesions. Penfield, Scoville, and Milner, during the 60's, documented the effects of surgical lesions of temporal lobe on declarative memory, finding selective alterations, such as severe anterograde amnesia and retrograde amnesia with temporal gradient. These findings were accompanied also by a description of memory subsystems remaining intact, despite of those temporal lobe lesions (procedural memory, long-term memory, etc.). Based on these findings, medial temporal lobe was described as a key structure for the acquisition of declarative information. In parallel to clinic studies, a first attempt to coordinate psycho-psychiatric research with the knowledge and scientific protocol of biology occurred in the 60's, thus allowing the emergence of disciplines known as cognitive neuroscience and cognitive psychology or psychophysiology, both created in an effort to explore the cellular and molecular mechanisms responsible for the storage of memory information. The list of significant findings provided by these two scientific disciplines is extensive, but among the most important are probably those derived from the study of the most elementary memory processes (i.e. habituation and sensitization) in invertebrate animal models, such as Aplysia spp. These researches established the basis for the basic cellular requirements for elementary learning, as well as the molecular basis for short-and long-term memory. The conjugation of these clinical descriptions together with experimental evidence led to the postulation of the first classifications of memory systems during the 80's. One of these classifications divided memory processes in two categories: declarative memory - the one containing information consciously acquired and easy to verbalize or transmit to other persons (this type of memory is also divided in semantic and episodic memories)-, and non-declarative -including that information not easy to verbalize or which acquisition is unconscious (this type of memory implies heterogeneous information in which the role of consciousness is complex and remains in discussion, and includes procedural memory, priming, classic, and operant conditioning, as well as the most elementary forms of learning, such as habituation and sensitization). To conceptualize these memory systems in an isolated form is a mistake since is results clear enough that all of them work together most of the time, and they work independently only very seldom, some other times cooperating, or even functioning in a competitive manner. Experimental studies have shown that the role of memory systems is different each time, even when two subjects perform exactly the same learning task, thus suggesting that codification, motivation and initial handling of information may determine whether this is processed as procedural, spatial or semantic information. The recent description of competitive relationships among the different memory systems (declarative vs. procedural) resulted to be an outstanding finding, although at the present there is hard clinical and experimental evidence indicating that a decrease of functions in procedural, spatial or declarative systems may induce the activation of another memory system. Initial studies in this field suggest that transient inactivation of striatal dorsal structures (implicated in performance of motor skills) or those from the hippocampus (implicated in the performance of spatial skills) facilitate learning in that system remaining active after pharmacological challenge. The real meaning of this competition among systems still remains unclear, although it has been proposed that both systems have evolved separately in response to distinct needs, which in turn might explain why eventually these systems can compete for the handling of information. Unfortunately, several studies have demonstrated that relationships among memory systems are complicated and poorly understood until now. Semantic memory Semantic memory mainly refers to information stored on characteristics defining concepts (facts lacking a well-defined spatial/ temporal frame), as well as processes allowing its efficient recovery for further utilization in language and thought. Knowledge about the anatomic location of semantic representations has gained attention with the use of new functional neuroimaging techniques. These studies have shown that the information about the features of specific objects needed to create concepts is stored in the same neuronal systems that remain active during the perception of different stimuli. The way in which this conceptual information is organized remains unclear so far, but there is evidence suggesting that its organization proceeds on the basis of grouped categories of concepts. Pathological studies in patients suffering semantic dementia have also demonstrated that some areas, such as temporal pole and perirhinal cortex, are relevant for semantic processing.

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132

Self-Assembled InAs Quantum Wires Lasers On InP(001)at 1.66 microns

Suárez, Ferran; González, Luisa; Wang, Wenchong; Fuster, David; González, Yolanda; Antón, Mercedes; Golmayo, Dolores; García, Jorge M.; Dotor, María Luisa
2005-03-07

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133

Role of the Molecular Conformation in the Two- and Three-Dimensional Supramolecular Structure of 10 Hydroxyl-N-alkylamides

Foces-Foces, Concepción; López Rodríguez, Matías; Pérez, Cirilo; Martín, Julio D.; Pérez-Hernández, Natalia

7 pages, 10 figures, 4 tables, 2 charts.-- Printed version published May 2, 2007. | Crystallographic data for the structural analysis have been deposited with the Cambridge Crystallographic Data Center, CCDC reference numbers 601071-601080. | Crystallographic information files (CIF format) and exper...

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134

Role of surface adsorption and porosity features in the molecular recognition ability of imprinted sol–gels

Guardia, Laura; Badía-Laíño, Rosana; Díaz-García, Marta Elena; Ovín Ania, M.ª Concepción; Parra Soto, José Bernardo
2008-02-28

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135

Role of geometrical relaxation in solution of simple molecules exhibiting anomeric effects

Sánchez Marcos, Enrique; Pappalardo, Rafael R.; Chiara, José Luis; Domene, M. Carmen; Martínez, José M.; Parrondo, Ramón M.
1996-11-18

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136

Resolution of a structural competition involving dimeric G-quadruplex and its C-rich complementary strand

Jaumot, Joaquim; Eritja Casadellà, Ramón; Tauler Ferré, Romà; Gargallo, Raimundo
2006-01-05

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137

Relaxation behavior of undoped InxGa1−xP 0.5molecular‐beam epitaxy

González, Luisa; González, Yolanda; Aragón, G.; Castro, M. J. de; Dotor, María Luisa; Dunstan, D. J.
1996-01-01

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138

Rebuilding gluten network of damaged wheat by means of glucose oxidase treatment

Bonet, Arturo; Rosell, Cristina M.; Pérez Munuera, Isabel; Hernando, Isabel
2007-05-01

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139

Reactivity versus steric effects in fluorinated ketones as esterase inhibitors: a quantum mechanical and molecular dynamics study

Rayo, Josep; Muñoz, Lourdes; Rosell, Gloria; Hammock, Bruce D.; Guerrero, Ángel; Luque, F. Javier; Pouplana, Ramón
2010-07-31

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140

Radicales libres: Algunas consideraciones clínicas

González-Urbaneja, Ibrahim
2006-04-01

Resumen en español En la enorme mayoría de las sustancias químicas conocidas, los electrones, con su carga eléctrica negativa se desplazan de forma apareada describiendo incesantemente una órbita u orbital alrededor del núcleo atómico. En la segunda mitad del siglo XX fue posible determinar especies químicas que contienen uno o más electrones que realizan su recorrido orbital de forma o manera impar, lo cual trae consigo una gran inestabilidad del equilibrio molecular que sólo se r (mas) establece cuando de sus proximidades logran sustraer el electrón requerido para constituir la indispensable paridad electrónica. A estas sustancias químicas que contienen electrones libres o impares, se les denominó radicales libres. Están dotados de características especiales que resultan ser de alta nocividad tisular. Fallas en el proceso mitocondrial de la respiración aeróbica, permanentemente dan origen a los radicales libres oxigenados u oxirradicales. Su efecto pernicioso se trata de minimizar con agentes designados antioxidantes. Funciones indispensables biológicas e innumerables patologías corporales están estrechamente ligadas al acontecer de los radicales libres. Por ser un fenómeno universal, observado en todas las criaturas vivas de nuestro planeta, en la muerte deben participar estos generalizados delincuentes micro-biológicos. Se hacen algunas consideraciones acerca de: aterogénesis, inflamación, humo del tabaco, envejecimiento y cáncer. Resumen en inglés In most known chemical substances, electrons couple and travel with their negative charge describing a constant orbit around the atomic nucleus. During the second half of the XXth century it became possible to determine chemical species that contained one or more electrons who perform their orbital track joint on an odd number basis or unevenly, provoking a considerable unstability in the molecular equilibrium which can only be re-established when they capture or adhere f (mas) rom the environment, the extra electron they require to configure the essential electronic parity. These chemical substances that contain an odd-number structure are called free radicals, and have special characteristics that result in serious tissue damage. Defaults (or deficiencies) in the mitocondrial process of aerobic breath, constantly provoke oxygenated free radicals or oxi-radicals, whose pernicious effects are countered with so called antioxidant agents. Basic biological functions as well as countless corporal pathologies, are tightly linked to the behaviour of free radicals. In fact, it is believed that decease, as a universal phenomenon observed in all living creatures in our planet, is affected by the process of these microbiological delinquents. We make some considerations about: atherogenesis, swellings, tobacco smoke, aging and cancer.

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144

Primary structure of scombrine alpha: two different species with an identical protamine.

Buesa, C.; del Valle, L.; Saperas, Nuria; Goethals, M.; Lloris, Domingo; Chiva, Manel
1998-01-01

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148

Polar di-halogen molecules solvated in bosonic helium clusters: The paradigm of ICl(X)

Lara Castells, M. Pilar de; Prosmiti, Rita; Delgado Barrio, Gerardo; López Durán, David; Villarreal, Pablo

11 pages, 6 figures, 5 tables.-- PACS nrs.: 36.40.Mr; 31.15.Ar; 33.20.Fb; 33.80.Gj. | Energies and structures of 4He(N)-ICl(X) complexes, N ≤ 30, are determined within the framework of a recently developed Hartree-like approach [Phys. Rev. A 71, 033203 (2005)], in which the He atoms play the role of...

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Polar di-halogen molecules solvated in bosonic helium clusters: The paradigm of ICl(X)

Lara Castells, M. Pilar de; Prosmiti, Rita; Delgado Barrio, Gerardo; López Durán, David; Villarreal, Pablo; Gianturco, Franco Antonio; Jellinek, J.
2006-11-28

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151

Phosphorylation-mediated unfolding of a KH domain regulates KSRP localization via 14-3-3 binding

Díaz-Moreno, Irene; Hollingworth, David; Frenkiel, Thomas A.; Kelly, Geoff; Martin, Stephen; Howell, Steven; García-Mayoral, María Flor; Gherzi, Roberto; Briata, Paola; Ramos, Andres
2009-02-08

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152

Phosphorous effusion cell for Molecular Beam Epitaxy

Briones Fernández-Pola, Fernando
1995-07-11

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155
156

Obesidad y ácidos grasos en la etiología de la resistencia insulínica/ Obesity and fatty acids in the etiology of insulin resistance

Galgani F, José; Díaz B, Erik
2000-12-01

Resumen en inglés Fatty acids, obesity and insulin resistance relationship are discussed. In the last decades fatty acids (FA) have been implicated in the etiology of insulin resistance. Initially, this process was related to FA inhibitory effects on glucose uptake mediated by the FA oxidation metabolites. This mechanism known as the Randle cycle has been presently discarded based on recent evidence for FA effects on glucose metabolism. Now is known that cytosolic lipid content and FA mole (mas) cular structure determines higher or lower storage and oxidation capacity. Another factor is given by Tumor Necrosis Factor-a, which is overexpressed in animal and human obesity, producing insulin signaling and glucose uptake inhibition. This paper discuss the role played by FA and obesity on insulin resistance, mainly in relation to FA effects on glucose metabolism in the liver, muscle and adipose tissues. In the obesity condition adipose tissue releases higher levels of free FA which in turn stimulates hepatic glucose production. Adipose tissue also, increase TNF-a secretion impairing glucose utilization and insulin signaling. In muscle, cytosolic lipid content activate a Protein Kinase that inhibits the insulin signaling and reduce GLUT-4 translocation. The study of cellular and metabolic changes associated to weight gain and its relationship with insulin resistance etiology are encouraged (Rev Méd Chile 2000; 128: 1354-60)

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157

OBTENCION DE SOLES ESTABLES DE SILICE - TITANIA UTILIZANDO COMO ACOMPLEJANTE ACETILACETONATO

Rodríguez-Páez, J. E; Mafla, A; Andrade, G; Latorre, G
2002-01-01

Resumen en español La técnica sol-gel es uno de los métodos de síntesis de materiales de mayor interés actual. A través de este procedimiento se pueden obtener tanto cerámicos como vidrios; es posible conformar recubrimientos (películas finas o gruesas) y obtener fibras, dentro de una amplia gama de posibilidades de productos. Esto ha ocasionado que el método sol-gel adquiera un gran interés científico y tecnológico. Se ha utilizado este procedimiento para sintetizar una serie de (mas) sistemas de interés, entre ellos el de SiO2 - TiO2. Con este sistema se pueden obtener vidrios que presentan un coeficiente de expansión térmico bajo y adecuadas características ópticas. Como recubrimiento se utiliza para conformar capas anti-reflectoras, sobre vidrios, o capas anti-corrosivas, sobre acero inoxidable. El mayor problema en la obtención de geles multicomponentes estables es la desigual velocidad de hidrólisis y condensación que presentan los alcóxidos precursores de los cationes de interés, silicio y titanio en el presente caso. En este trabajo se muestra cómo adicionando acetilacetonato, acac, al sistema TEOS - Ti(OBu)4 - H2O se puede obtener un sol estable, evitando la formación de un precipitado, y permitiendo su manejo posterior adecuado para obtener vidrios, recubrimientos, etc. Para el estudio se tomaron diferentes concentraciones de los precursores de silicio y titanio, y una sola concentración de acac. Se utilizo espectroscopia infrarroja, FTIR, para identificar la evolución de los grupos funcionales presentes en el sistema durante el avance de la hidrólisis y condensación de las especies químicas. Además se midió regularmente la viscosidad del sistema para determinar cualitativamente el avance de la policondensación del sistema. Resumen en inglés Sol-gel processing has become a well established techniqhe for producing ceramic powders or glasses. The future of this technology however depends on whether it will be able to make better materials or even completely new products. This processing has been utilized to synthesize several interesting systems, e.g. the SiO2 - TiO2 system. SiO2 - TiO2 glasses have also been prepared by the sol-gel process. These glasses show very low termal expansion and high refractive index (mas) . On the other hand, SiO2 - TiO2 coatings can be deposited on metals to improve their resistance to oxidation and corrosion or to modify their surface properties. The big problem in the stable multicomponent geles is that the hydrolysis and condensation velocities are diferent for each precursor, TEOS and Ti(OBu)4 in this work. The chemical control of these reactions is currently perfomed dy adding complexing reagents that react with metal alkoxides at a molecualr level, giving rise to new molecular precursors of different structure, reactivity and functionanality. This paper shows that stable TEOS - Ti(OBu)4 - H2O sold can be reproducibly prepared in the presence of acetylacetone. We shall then show that the acac behaves as a ligand, directly bonded to the titanium ion. This the formation of precipitate and gelation is promoted. Infra-red spectroscopy and viscosity measures were used to demostrated this behaviour of the system.

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158

Neighbouring group participation on the bromination of methyl gibberellate: X-ray molecular structure of methyl 3,13-di-O-acetylgibberellate 16β,17-dibromide and ent-3α,13-diacetoxy-17-bromo-10β,16β-dihydroxy-20-norgibberell-1-ene-7,19-dioic acid 19,10-lactone 7-methyl ester

Collado, Isidro G.; Fraga, Braulio M.; Hanson, James R.; Hitchcock, Peter B.; García-Tellado, Fernando

6 pages, 2 figures, 5 tables. | Bromination of methyl gibberellate at C-16 with trimethyl(phenyl)ammonium perbromide has been shown to be non-stereospecific. However only the (16R)-epimer readily rearranged to the 8,13-epigibberellin. The stereochemistry of the (16S)-epimer was established by X-ray ...

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Multicellular structures developing during maize microspore culture express endosperm and embryo-specific genes and show different embryogenic potentialities

Massonneau, Agnès; Coronado, María José; Audran, Arthur; Bagniewska, Agnieszka; Mòl, Rafal; Sánchez-Testillano, Pilar; Goralski, Grzegorz; Dumas, Christian; Risueño, María del Carmen; Matthys-Rochon, Elisabeth
2005-05-13

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162
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Microsatellite markers for two stifftail ducks: the white-headed duck, Oxyura leucocephala , and the ruddy duck, O. jamaicensis

Muñoz-Fuentes, V.; Gyllenstrand, Niclas; Negro Balmaseda, Juan José; Green, Andy J.; Vilà, Carles
2005-02-17

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164

Microbiología de la Dentina Cariada en Humanos

Figueroa-Gordon, M; Acevedo, AM
2008-06-01

Resumen en español La lesión de Caries Dentinaria representa el signo tardío de la Enfermedad Caries Dental. Esta Dentina Cariada ha sido objeto de estudios microbiológicos desde 1890 hasta la actualidad, con la finalidad de caracterizar la compleja y diversa microbiota que la compone. En esta revisión se citan los estudios mas recientes, basados en técnicas moleculares, como la reacción en cadena de la polimerasa (RCP), lo que ha permitido detectar microorganismos, que no habían sid (mas) o identificados en estudios anteriores, donde sólo se aplicaban medios de cultivos selectivos y técnicas de identificación bioquímica. Entre las especies microbianas encontradas en Dentina Cariada podemos citar tanto bacterias Grampositivas: Lactobacillus, Streptococcus, Propionibacterium, Bifidobacterium, Actinomyces, Eubacterium, Rothia, Arachnia, Micromonas y Pseudoramibacterium; como bacterias Gramnegativas: Prevotella, Porphyromona y Selenomonas. Es importante continuar los estudios en este campo para entender los mecanismos microbianos responsables de la invasión y destrucción del tejido dentinario, y así poder comprender la patogénesis de la lesión de Caries Avanzada. Resumen en inglés Dentine Caries Lesion represents the latest sign of the Dental Caries Disease. In order to discover and characterize the complexity and diversity of caries dentine microbiota have been made microbiological studies from 1890 to the present time. In this review, recent studies based on molecular techniques (PCR) that have allowed detect microorganisms which have not been identified in previous studies based on biochemical techniques of identification and selective cultures, (mas) are mentioned. Among microbial species detected in caries dentine can mention as much Gram-positive bacteria: Lactobacillus, Streptococcus, Propionibacterium, Bifidobacterium, Actinomyces, Eubacterium, Rothia, Arachnia, Micromonasy Pseudoramibacterium; as Gram-negative bacteria: Prevotella, Porphyromona y Selenomonas. It is important to continue the studies in this field in order to understand the microbial mechanisms responsible for the invasion and destruction of the dentine structure.

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166

Metalodendrites

Peris Fajarnes, Eduardo Víctor; Mata Martínez, José Antonio; Márquez Linares, Francisco Manuel; Sabater Picot, María José
2005-10-06

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167

Membrane promotes tBID interaction with BCL(XL)

García-Sáez, Ana J.; Ries, Jonas; Orzáez, Mar; Pérez-Payá, Enrique; Schwille, Petra
2009-10-11

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Localization of the N-terminus of minor coat protein IIIa in the adenovirus capsid

San Martín, Carmen; Glasgow, Joel N.; Borovjagin, Anton; Beatty, Matthew S.; Kashentseva, Elena A.; Curiel, David T.

Minor coat protein IIIa is conserved in all adenoviruses (Ads) and is required for correct viral assembly, but its precise function in capsid organization is unknown. The latest Ad capsid model proposes that IIIa is located underneath the vertex region. To obtain experimental evidence on the locatio...

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169

Life in the fast lane for protein crystallization and X-ray crystallography.

Pusey Marc, L.; LIU Zhi-Jie; Tempel, Wolfram; Praissman, Jeremy; Llin, Dawei; Wang, Bi-Cheng; Gavira Gallardo, J. A.; NG Joseph, D.
2005-01-01

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170

La melatonina: un coadyuvante potencial en el tratamiento de las demencias/ Melatonin: A potential coadyuvant in dementia treatment

Jiménez-Rubio, Graciela; Ugalde, Oscar; Ortiz-López, Leonardo; Ramírez-Rodríguez, Gerardo; Benítez-King, Gloria
2008-06-01

Resumen en español La enfermedad de Alzheimer es una enfermedad neurodegenerativa progresiva que cursa con una deficiencia en las capacidades cognitivas, así como con la presencia de síntomas psiquiátricos y alteraciones conductuales. Las características histopatológicas más importantes en la enfermedad de Alzheimer son la formación de placas seniles, los ovillos neurofibrilares y un incremento en el estrés oxidativo. La polaridad estructural y la morfología neuronal se pierden en (mas) la enfermedad de Alzheimer. La proteína tau se encuentra anormalmente fosforilada, los microtúbulos se despolimerizan, se pierden la forma asimétrica de las neuronas y la conectividad sináptica, y se interrumpe el transporte axoplasmático. Asimismo, se ha sugerido que la inhibición o la pérdida en el balance de la formación de neuronas en el hipocampo puede participar en la fisiopatología de la enfermedad de Alzheimer debido a que el cerebro no puede reparar el daño neuronal y consecuentemente induce la pérdida de la cognición. Los agentes colinérgicos son los medicamentos más aceptados en el tratamiento de la enfermedad de Alzheimer en una etapa en que los síntomas se clasifican de medios a moderados. Sin embargo, el tratamiento de pacientes con enfermedad de Alzheimer grave es limitado. Por lo anterior se requiere la búsqueda de nuevas alternativas para el tratamiento de esta enfermedad. La melatonina es una indolamina que actúa como un potente antioxidante, como un modulador de la organización del citoesqueleto así como un factor de diferenciación celular. Diversos estudios han sugerido que la melatonina tiene un efecto neuroprotector por su capacidad de captar radicales libres. La melatonina disminuye la lipoperoxidación y la apoptosis producida por la administración de ácido ocadáico (AO) o peróxido de hidrógeno (H2O2). Se sabe que las especies reactivas de oxígeno producen alteraciones en la organización del citoesqueleto e influyen el estado de fosforilación de la proteína tau y que la melatonina previene la fosforilación de la proteína tau debido a su actividad antioxidante. Se ha descrito que la melatonina modula el arreglo de los microfilamentos de actina y la formación de fibras de tensión en las células Madin-Darby canine kidney (MDCK) por medio de una interacción concertada de la indolamina con la calmodulina y con la proteína cinasa C (PKC) y la participación de la proteína cinasa dependiente de Rho (ROCK). Asimismo, la melatonina participa en las etapas tempranas de la formación de neuritas en las células N1E-115 por medio de ROCK. Otros estudios han indicado que la melatonina previene el daño en el citoesqueleto producido por el AO en las células N1E-115. El AO se ha utilizado para reproducir en células en cultivo las alteraciones en el citoesqueleto y el incremento en el estrés oxidativo que ocurren en las neuronas de pacientes con enfermedad de Alzheimer. La melatonina en estas células previene la retracción del citoesqueleto, efecto del AO. La red del citoesqueleto se mantiene en el citoplasma y en las neuritas de las células N1E-115 cultivadas con melatonina, no obstante que sean tratadas con el AO posteriormente. Recientemente, se demostró que en las células de neuroblastoma N1E-115 incubadas con melatonina se previene la hiperfosforilación de la proteína tau causada por el AO. Aunado a lo anterior, se ha demostrado que la melatonina modula la formación de neuronas nuevas en un modelo in vitro utilizando células embrionarias y de corteza cerebral de ratón. La formación de neuronas inducida por la melatonina se corroboró utilizando células precursoras aisladas de animales adultos así como en animales adultos, y se encontró que la indolamina moduló la sobrevida de las células nuevas formadas, así como la diferenciación de éstas en neuronas nuevas. Las evidencias presentadas en esta revisión indican que la melatonina puede ser útil como un coadyuvante en el tratamiento de las demencias. Resumen en inglés Alzheimer's disease is characterized by a progressive neuronal death and a lost of memory and cognition that unable the patient to perform daily tasks. Cytoskeleton alterations, identified as a major histopathologic hallmark of neurodegenerative diseases, occur in dementia. In this disease, neurons have pathologic inclusions containing fibrillar aggregates of hyperphosphorylated tau protein in absence of amyloid deposits. Abundant senile plaques and neurofibrillary tangle (mas) s constitute the two major neuropathologic lesions present in hippocampal, neocortical, and forebrain cholinergic brain regions of Alzheimer's patients. Hyperphosphorylated tau and the subsequent formation of paired helical filaments loses the capabilities for maintaining highly asymmetrical neuronal polarity. Thus, in brains with a high content of hyperphosphorylated tau, microtubules are disassembled, the highly asymmetrical neural shape is lost and an impairment of axonal transport is produced together with a lost of dendrite arborizations. In addition, brain damage caused by free radicals occurs in Alzheimer's disease. This illness involves a reduction of the endogenous antioxidant enzyme system, increased senile-plaque formation, cytoskeletal collapse, and neuronal apoptosis induced by oxidative stress. Acetylcholinesterase inhibitors are the most commonly used compounds in the treatment of neurodegenerative diseases. However, despite their wide use in the treatment of Alzheimer's disease, these compounds have limited therapeutic effects and cause undesirable effects. Therefore it is necessary to investigate new alternatives in the Alzheimer's disease treatment. Considering that neurodegenerative diseases are cytoskeleton disorders, this cellular structure could be a drug target for therapeutic approaches by restoring normal cytoskeleton structure and by precluding damage caused by oxygen-reactive species. In this regard, melatonin, the indole secreted by the pineal gland during the dark phase of the photoperiod, has two important properties that may be useful for the treatment of mental disorders. One is that melatonin is a potent free-radical scavenger and the other is that this indole is a cytoskeletal modulator. A neuroprotective role for melatonin was initially suggested due to its free-radical scavenger properties. Melatonin detoxifies the highly toxic hydroxyl radical as well as the peroxyl radical, peroxynitrite anion, nitric oxide, and singlet oxygen, all of which can damage brain macromolecules. Moreover, melatonin stimulates the activity of antioxidative enzymes including superoxide dismutase, glutathione peroxidase, and glutathione reductase. Also, it is a lipophilic molecule able to cross the blood-brain barrier. All these properties make melatonin a highly effective pharmacologic agent against free-radical damage in the brain. Also, it is a useful neuroprotector in dementia because it synchronize the body rhythms with the photoperiod, which are altered in Alzheimer's disease and because normal circadian secretion of melatonin and sleep-wake cycle can be restored by the indolamine administration. Additionally, cytoskeletal modulation by melatonin is another relevant property of the indole for neurodegenerative diseases treatment. Direct assessment of melatonin effects on cytoskeletal organization in neuronal cells indicated that the indole promotes neuritogenesis in N1E-115 neuroblastoma cells at plasma melatonin concentration. Neurite formation is a complex process critical to establish synaptic connectivity that is lost in Alzheimer's disease. Neuritogenesis takes place by a dynamic cytoskeletal organization that involves microtubule enlargement, microfilament arrangement, and intermediate-filament reorganization. In particular, microtubule assembly participates in neurite formation elicited by melatonin through antagonism to calmodulin. Also, selective activation of protein kinase C (PKC) alpha by melatonin participates in vimentin intermediate filament rearrangements and actin dynamics for neurite outgrowth in neuroblastoma cells. In N1E-115 cells, melatonin at plasma and cerebrospinal fluid concentration caused an increase in microfilament arrays in stress fibers and their thickening, as well as increased growth cone formation, and augmented number of cells with microspikes. Recently, it was demonstrated that melatonin increased both the number of N1E-115 cells with filopodia and with long neurites through both PKC activation and Rho-associated kinase (ROCK) stimulation. The utility of melatonin to prevent damage in the cytoskeletal structure produced by neurodegenerative processes was demonstrated in N1E-115 neuroblastoma cells cultured with okadaic acid (OA), a specific inhibitor of the serine/threonine proteins phosphatases 1 and 2A that induces molecular and structural changes similar to those found in Alzheimer's disease. Melatonin prevented microtubule disruption followed by cell-shape changes and increased lipid peroxidation and apoptosis induced by OA. Melatonin effects on altered cytoskeletal organization induced by OA are dose-dependent and effects were observed at plasma -and cerebrospinal-fluid concentrations of the indole. These data support that melatonin can be useful in the treatment of neurodegenerative diseases by both its action on the cytoskeleton and by its free-radical scavenger properties.

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171

La Física de la Materia Desordenada

Cabrillo García, Carlos
2007-03-30

Digital.CSIC (Spain)

172

Isopimaradiene diterpenes from Rzedowskia tolantonguensis

González, Antonio G.; Bazzocchi, Isabel L.; Gutiérrez Luis, Javier; Ravelo, Ángel G.; Fraga, Braulio M.

2 pages, 1 figure, 3 tables + 1 appendix: Atomic co-ordinates ans thermal parameters of 17-hydroxy-isopimara-8(14),15-dien-19-oic. | We report the isolation of new diterpenes from Rzedowskia tolantonguensis. The structure of 17-hydroxy-isopimara-8(14),15-dien-19-oic was confirmed by X-ray analysis.

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173

Intramolecular electron transfer between ferredoxin-NADP+ reductase and flavodoxin: a laser photolysis study

Pueyo, José J.; Walker, Mark C.; Tollin, Gordon; Gómez-Moreno, Carlos
1990-01-01

Digital.CSIC (Spain)

174

Interligand interactions involved in the molecular recognition between copper(II) complexes and adenine or related purines

Choquesillo-Lazarte, Duane; Brandi-Blanco, María Pilar; García-Santos, Isabel; González-Pérez, J. M.; Castiñeiras, Alfonso; Niclós-Gutiérrez, Juan
2008-05-01

Digital.CSIC (Spain)

175

Influence of buffer-layer surface morphology on the self-organized growth of InAs on InP(001) nanostructures

González, Luisa; García, Jorge M.; García García, Ricardo; Briones Fernández-Pola, Fernando; Martínez-Pastor, Juan; Ballesteros, C.
2000-02-28

Digital.CSIC (Spain)

177

Hypochaerin, C15H20O3.H2O

González, A. G.; Bermejo, Jaime; Massanet, Guillermo M.; Amaro, Juan M.; Domínguez, Beatriz; Fayos, José
1977-01-01

Digital.CSIC (Spain)

178

Grazing incidence diffraction anomalous fine structure: a tool for investigating strain distribution and interdiffusion in InAs/InP quantum wires

Letoublon, A.; Renevier, H.; Proietti, M. G.; Priester, C.; García, Jorge M.; González, Luisa
2003-04-01

Digital.CSIC (Spain)

180

Glancing-angle diffraction anomalous fine structure of InAs quantum dots and quantum wires

Grenier, S.; Proietti, M. G.; Renevier, H.; González, Luisa; García, Jorge M.; Gérard, J. M.; García, J.
2001-01-01

Digital.CSIC (Spain)

181

Genetic variation in natural populations of the aphid Rhopalosiphum padi as revealed by maternally inherited markers

Martinez-Torres, D.; Simon, J. C.; Fereres, Alberto; Moya, A.

A survey on 148 clones of the aphid Rhopalosiphum padi from 11 widespread localities has been carried out to study the genetic structure of populations of this species as revealed by mitochondrial DNA restriction site and length polymorphisms as well as by restriction site analysis of a maternally i...

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182

Fibrosis quística: la frontera del conocimiento molecular y sus aplicaciones clínicas/ Cystic fibrosis: molecular update and clinical implications

Orozco, Lorena; Chávez, Margarita; Saldaña, Yolanda; Velázquez, Rafael; Carnevale, Alessandra; González-del Ángel, Ariadna; Jiménez, Silvia
2006-04-01

Resumen en español La fibrosis quística (FQ) es un padecimiento autosómico recesivo que se caracteriza por neumopatía crónica, insuficiencia pancreática, elevación de cloruros en sudor e infertilidad masculina. Esta patología es causada por la presencia de mutaciones en el gen CFTR que codifica para un canal de cloro denominado proteína reguladora de la conductancia transmembranal (CFTR). Hasta la fecha se han reportado alrededor de 1,300 mutaciones diferentes, cuya frecuencia varí (mas) a entre los diversos grupos étnicos. Estas mutaciones condicionan la pérdida total (clases I, II y III) o parcial (clases IV y V) de la función de la proteína y causan un defecto en el transporte de electrólitos en la membrana apical de las células epiteliales. Con excepción de la función pancreática, las manifestaciones clínicas de la FQ son variables aun en pacientes con el mismo genotipo, por lo que la presencia de las diferentes mutaciones en el CFTR explica sólo parcialmente la heterogeneidad clínica de la FQ. Recientemente se ha propuesto que otros genes denominados genes modificadores participan en la gravedad del cuadro clínico. Así, la FQ es una enfermedad genética que resulta en un amplio espectro de manifestaciones clínicas que pueden ir desde muy leves hasta conducir a la muerte durante los primeros meses de vida, por lo que en algunos casos el diagnóstico es sumamente complejo. En los últimos años, el gran alud de conocimientos ha permitido entender el defecto básico de la enfermedad y los mecanismos que la condicionan, por lo que en esta revisión se discuten los fundamentos para el entendimiento de la fisiopatología de la FQ, desde los aspectos clínicos hasta los avances moleculares más recientes. Resumen en inglés Cystic fibrosis (CF) is an autosomal recessive disorder characterized by chronic pneumopathy, pancreatic insufficiency, elevated sweat chloride levels and male infertility. It is caused by defects in the CF trans membrane conductance regulator (CFTR) gene, which encodes a protein that functions as a chloride channel. The identification of the CF-causing gene was a landmark in molecular medicine. Currently, over 1,300 disease-causing mutations have been reported to the Cys (mas) tic fibrosis genetic analysis consortium. ÁF508 mutation is the most common CF alíele, however a high heterogeneity of the CFTR mutations spectrum has been observed in populations, particularly in southern Europe and Latin America. Depending on the effect at the protein level, CFTR mutations can be divided in at least 5 classes. These mutations could cause totally (classes I-III) or partially (classes IV and V) loss of the protein function. The molecular defects resulting from different mutations in CFTR partially explain the clinical heterogeneity of the disease, suggesting the existence of modifier genes that are involved in modulating the phenotype and severity of the CF. In this review, we discuss the fundamental aspects and the recent progress that could give to the lector, the knowledge to understand the CFTR gene structure, the function of the CFTR protein, how CF mutations disrupt it, its phenotype consequences and finally, the strategies to design new therapies for the disease.

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183

Experimental excitation cross sections by electron impact of np'[1/2]0 (n=3,4,5) levels of Ne

Shaw, M.; García Borge, María José; Campos, J.

3 pages, 2 figures, 2 tables.-- PACS nr.: 34.80.Dp. | Cross sections have been measured for excitation of np'[1/2]0 (n = 3,4,5) levels of Ne I by electron impact. The electron energy ranged from the threshold to 400 eV. For the aforesaid levels the experimental cross sections are 202, 43, and 20 (x ...

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184

Evidencia molecular de diferenciación genética e introgresión entre razas de fríjol común del acervo andino/ Molecular evidence for race structure and introgression among Andean races of common bean

Blair, Matthew W.; Díaz S, Juan M.; Duque, Myriam C.; Hidalgo, Rigoberto
2007-01-01

Resumen en español Se utilizó la información generada por 29 microsatélites en 63 accesiones del acervo andino de P. vulgaris para elaborar agrupamientos y calcular índices de prevalencia. Las accesiones formaron grupos que correspondieron a las razas Nueva Granada, Chile y Perú. Se determinó la existencia de notoria introgresión en genotipos de las razas Chile y Perú Resumen en inglés We used the information generated by 29 microsatellite markers in the analysis of 63 common bean (Phaseolus vulgaris) accessions to evaluate clustering and prevalence indices and to determine the similarity and differentiation or introgression among races of the Andean gene pool. We identified three clusters of genotypes which corresponded to the races of the Andean gene pool, i.e. Nueva Granada, Chile and Peru and the existence of introgression between accessions of thes (mas) e three races. Introgression was more common for genotypes in races Chile and Peru , then for the race Nueva Granada.

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186

Estudio estructural del MoO3 y sus planos cristalinos/ Structural study of MoO3 and its crystal faces

Gesari, Susana; Irigoyen, Beatriz; Juan, Alfredo
1997-02-01

Resumen en inglés In the present work we present geometric models of the most studied MoO3 surfaces, which were obtained using the DTMM 2.0 Molecular Modeller software. MoO3 has an orthorhombic layered structure, with each layer comprised of two interleaved planes of MoO6 octahedral. These layers are parallel to the (010) crystal plane and only oxygen ions are exposed on their surfaces. This situation results in weak van der Waals bonding between layers and in a relatively inert surface. I (mas) n our approach to surface geometric structure we consider "ideal" crystal surface, in which the bulk atomic arrangement is maintained. These surfaces were generated by imaginary cleavage along appropriate planes in the bulk crystal structure.

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188

Estrellas masivas

Najarro, Francisco
2007-03-29

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189

Envejecimiento cardiovascular/ Cardiovascular aging

Domenech, Raúl J; Macho, Pilar
2008-12-01

Resumen en inglés Aging produces its own cardiovascular changes, mainly remodelling of arteries, heart and the microcirculation. These progressive changes, detected since adolescence, represent a major rísk factor for the development of cardiovascular diseases. Remodelling of arteries produces a thickening of the intima-media with fracture of elastic fibers and their replacement by collagen. These alterations induce an increase of the pulse wave and aortic impedance, with greater resistan (mas) ce to ventrícular ejection, that in turns induces the remodelling of the left ventricle. Ventricular remodelling leads to systolic, diastolic and chronotropic dysfunctions that explain the reduced capacity of old people to increase cardiac output during exercise. These alterations together with oxidative endothelial dysfunction and somatic mitochondrial mutations in the skeletal muscle decrease aerobic capacity, especially in adults aged >70 years. On the other hand, the transmission of an increased pulse wave to microvessels, mainly of the brain and kidneys, damage these organs. There is a search for candidate genes associated to this phenotype, especially those associated with arterial structure. Atpresent no specific treatment is available for cardiovascular aging. Exercise preserves a better aerobic capacity but does not prevent its decline with age. Vasodilator drugs may decrease aortic impedance and perhaps delay remodelling. However there is no clinical evidence available to recommend these drugs in young healthy people. Finally new drugs that modify aortic molecular structure are been investigated

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190

Energetics and structure of small para-hydrogen clusters

Navarro, Jesús; Guardiola, Rafael

5 pages, 3 figures.-- PACS nrs.: 67.40.Db; 36.40.-c; 61.46.Bc.-- ISI Article Identifier: 000248052200063 | Printed version published on Sep 2007. | Quantum diffusion Monte Carlo simulations have been performed to systematically analyze the energetics and structure of (p_H2)(N) clusters with N = 3-50...

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191

Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1

Pérez-Dorado, Inmaculada; Campillo, Nuria E.; Monterroso, Begoña; Hesek, Dusan; Lee, Mijoon; Páez, Juan A.; García, Pedro; Martínez-Ripoll, Martín; García López, José Luis; Mobashery, Shahriar; Menéndez, Margarita; Hermoso, Juan A.
2007-08-01

Digital.CSIC (Spain)

193

El kininógeno de alto peso molecular: su participación en la respuesta inflamatoria y en la angiogénesis. Propiedades y posible aplicación terapéutica/ High molecular weight kininogen in inflammation and angiogenesis: a review of its properties and therapeutic applications

Isordia-Salas, Irma; Sainz, Irma M.; Pixley, Robin A.; Martínez-Murillo, Carlos; Colman, Robert W.
2005-12-01

Resumen en español Se ha demostrado la participación del sistema plasmático de kalikreína-kininas (KKS) en el proceso inflamatorio, el cual incluye reacciones de daño celular, coagulación y fibrinólisis, formación de kininas, activación del complemento, secreción de citoquinas y liberación de proteasas. El KKS se encuentra activado en el síndrome de respuesta inflamatoria sistémica con una disminución en la concentración plasmática de las proteínas que lo constituyen. Tambi� (mas) �n se ha demostrado una activación similar en la diabetes, choque séptico, vasculitis en infantes, enfermedad injerto-huésped, coagulación intravascular diseminada, pacientes con abortos de repetición, angioedema hereditario, el síndrome de estrés respiratorio del adulto y enfermedad coronaria arterial. Mediante el uso de modelos animales experimentales, nuestro laboratorio ha demostrado una participación directa del KKS en la patogénesis de la artritis experimental aguda y la enterocolitis aguda y crónica. Se ha demostrado que en la rata tipo Lewis, cuando es deficiente de kininógeno de alto peso molecular (HK), la enfermedad inflamatoria intestinal es menos severa comparada con la presentada en ratas con niveles normales de HK como la Buffalo. Nosotros mostramos una diferencia entre el gene que codifica la molécula del kininógeno de la rata tipo Buffalo (resistentes) y Lewis (susceptibles), que resulta en un incremento de la actividad proteolítica de kalikreína sobre su substrato HK, lo cual predispone a las ratas Lewis al desarrollo de la enfermedad inflamatoria crónica. Se ha demostrado una disminución en las manifestaciones inflamatorias sistémicas de la enterocolitis y artritis experimental mediante el uso de un inhibidor específico de la kalikreína (P8720). Además, el antagonista del receptor 2 de la bradikinina (BR2) atenuó los cambios inflamatorios en el mismo modelo animal. Asimismo, se ha demostrado que las ratas Lewis deficientes de kininógeno desarrollaron inflamación intestinal sistémica menos severa. Mediante el uso del anticuerpo monoclonal C11C1 contra HK se logró una disminución de la angiogenesis y, consecuentemente, el crecimiento tumoral. En conclusión, los resultados demuestran que el sistema plasmático de KKS desempeña un papel preponderante en la patogénesis de la artritis reumatoide, la enfermedad intestinal crónica y en el proceso angiogénico. Resumen en inglés The plasma kallikrein-kinin system (KKS) participates in the pathogenesis of inflammatory reactions involved in cellular injury, coagulation, fibrinolysis, kinin formation, complement activation, cytokine secretion and release of proteases. It has been shown that KKS activation in the systemic inflammatory response syndrome results in decrease of its component plasma proteins. Similar changes have been documented in diabetes, sepsis, children with vasculitis, allograft re (mas) jection, disseminated intravascular coagulation, patients with recurrent pregnancy losses, hereditary angioedema, adult respiratory distress syndrome and coronary artery disease. Direct involvement of the KKS in the pathogenesis of experimental acute arthritis and acute and chronic enterocolitis has been documented by previous studies from our laboratory using experimental animal models. It has been found that in HK deficient Lewis rats, experimental IBD was much less severe. We showed a genetic difference in kininogen structure between resistant Buffalo and susceptible Lewis rats, which results in accelerated cleavage of HK and it is responsible for the susceptibility to the inflammatory process in the Lewis rats. It has been demostrated that therapy with a specific plasma kallikrein inhibitor (P8720) modulated the experimental enterocolitis, arthritis and systemic inflammation. Furthermore, it has been shown that a bradykinin 2 receptor (B2R) antagonist attenuates the inflammatory changes in the same animal model. We have showed that a monoclonal antibody targeting HK decreases angiogénesis and arrests tumor growth in a syngeneic animal model. In summary, these results indicate that the plasma KKS plays a central role in the pathogenesis of chronic intestinal inflammation, arthritis and angiogenesis.

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194

Efficient formalism for large-scale ab initio molecular dynamics based on time-dependent density functional theory

J. L. Alonso; Xavier Andrade; Pablo Echenique; Fernando Falceto; Diego Prada-Gracia; Angel Rubio Secades

4 pages, 3 figures.-- PACS nrs.: 71.15.Pd, 31.15.E-, 71.10.-w.-- ArXiv pre-print available at: http://arxiv.org/abs/0710.3321v5 | A new "on the fly" method to perform Born-Oppenheimer ab initio molecular dynamics (AIMD) simulations is presented. Inspired by Ehrenfest dynamics in time-dependent densi...

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195

Effects of resonant phonon scattering from internal molecular modes on the thermal conductivity of molecular glasses

Krivchikov, A. I.; Yushchenko, A. N.; Korolyuk, O. A.; Bermejo, Francisco Javier; Fernández-Perea, Ricardo; Bustinduy, Ibón; González, M. A.
2008-01-10

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196

Effect of fluorine-containing chiral templates on Mg distribution in the structure of MgAPO-5 and its influence on catalytic activity

Gómez-Hortigüela, L.; Márquez-Alvarez, C.; Sastre, E.; Corà, F.; Pérez-Pariente, J.
2006-05-15

Digital.CSIC (Spain)

197

Dislocations in GaAs grown by ALMBE on (001) Si

Vilà, A.; Cornet, A.; Morante, J. R.; González, Yolanda; González, Luisa; Briones Fernández-Pola, Fernando
1991-06-01

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198

Device for holding a sample inside an x-ray diffraction or dispersion chamber

Ortiz Mellet, Carmen; Méndez Ardoy, Alejandro; Gómez García, Marta; Sevillano Trapero, Natalia; Girón González, María Dolores; Salto González, Rafael; Santoyo-González, F.; García-Fernández, José Manuel
2010-10-21

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199

Determination of effective pair interactions from the structure factor

Almarza, Noé G.; Lomba, Enrique; Molina, Daniel
2004-08-13

Digital.CSIC (Spain)

201

DNA-triplex stabilizing properties of 8-aminoguanine

Soliva, Robert; Güimil García, Ramón; Blas, J. Ramón; Eritja Casadellà, Ramón; Asensio, Juan Luis; González, Carlos; Luque, F. Javier; Orozco, Modesto
2000-11-15

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202

Cutin syntesis: A slippery paradigm

Heredia, A.; Guerrero, José A.; Dominguez, E.; Benítez, José J.
2009-02-27

Digital.CSIC (Spain)

203

Crystal structures of multidrug binding protein TtgR in complex with antibiotics and plant antimicrobials

Alguel, Yilmaz; Meng, Cuixiang; Terán, Wilson; Krell, Tino; Ramos, Juan L.; Gallegos, María Trinidad

12 pages, 5 figures, 2 tables.-- PMID: 17466326 [PubMed].-- Printed version published Jun 8, 2007. | Supporting information (Suppl. figures S1-S2) available at Appendix A: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2007.03.062 | All the structural data have been deposited to the RCSB Protein Data Bank through ...

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204

Crystal structure of minoxidil at low temperature and polymorph prediction

Martín-Islán, Africa P.; Martín-Ramos, Daniel; Sainz-Díaz, C. Ignacio
2007-08-22

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205

Controlling the N - and S -representability of the second-order reduced density matrix: The doublet-state case

Alcoba, Diego Ricardo; Valdemoro, Carmela; Tel, Luis María; Pérez-Romero, Encarnación

12 pages, 6 figures, 3 tables.-- PACS nrs.: 31.10.+z; 31.15.vj; 31.15.xh. | A purification procedure that simultaneously corrects the N- and S-representability main defects of a second-order reduced density matrix (2RDM), second-order hole reduced density matrix (2HRDM), and second-order G matrix is...

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206

Control of the chemical structure of perhydrous coals. FTIR and Py-GC/MS investigations

Iglesias, María José; Río Andrade, José Carlos del; Laggoun-Défarge, Fatima; Cuesta, María José; Suárez Ruiz, Isabel
2002-01-01

Digital.CSIC (Spain)

207

Conserving GW scheme for nonequilibrium quantum transport in molecular contacts

Thygesen, Kristian S.; Rubio Secades, Ángel

22 pp.-- PACS nrs.: 73.63.-b, 72.10.-d, 71.10.-w.-- Pre-print version available at: http://arxiv.org/abs/0710.0482. | We give a detailed presentation of our recent scheme to include correlation effects in molecular transport calculations using the nonequilibrium Keldysh formalism. The scheme is gene...

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209

Concepts and schemes for the re-engineering of physical protein modules: generating nanodevices via targeted replacements with constrained amino acids

Alemán, Carlos; Zanuy, David; Jiménez, Ana I.; Cativiela, Carlos; Haspel, Nurit; Zheng, Jie; Casanovas, Jordi; Wolfson, Haim; Nussinov, Ruth
2006-02-22

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210

Collective properties of evolving molecular quasispecies

Stich, Michael; Briones, Carlos; Manrubia, Susanna C.

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211

Collective properties of evolving molecular quasispecies

Stich, Michael; Briones, Carlos; Manrubia, Susanna C.
2007-07-09

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212

Citrus, a key insect eggshell protein

Irles, Paula; Piulachs, Maria-Dolors
2011-01-01

Digital.CSIC (Spain)

213

Chemical structural investigations of asphaltenes and kerogens by pyrolysis-methylation.

Río Andrade, José Carlos del; Martín Martínez, Francisco; González-Vila, Francisco Javier; Verdejo Robles, Trinidad
1995-01-01

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215

Assessing the impact of composting and vermicomposting on bacterial community size and structure, and microbial functional diversity of an olive-mill waste

Vivas, Astrid; Moreno, Beatriz; García Rodríguez, Sonia; Benítez, Emilio

8 pages, 2 figures, 3 tables.-- PMID: 18793839 [PubMed].-- Available online Sep 14, 2008. | The aim of this study was to couple biochemical and molecular methodologies for evaluating the impact of two recycling technologies (composting and vermicomposting) on a toxic organic waste. To do this, six e...

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216

Architecture of the pontin/reptin complex, essential in the assembly of several macromolecular complexes

Torreira, Eva; Jha, Sudhakar; López-Blanco, José R.; Arias-Palomo, Ernesto; Chacón, Pablo; Cañas, Cristina; Ayora, Silvia; Dutta, Anindya; Llorca, Óscar
2008-10-07

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217

Application of the secondary structure model of rRNA for phylogeny: D2-D3 expansion segments of the LSU gene of plant-parasitic nematodes from the family Hoplolaimidae Filipjev, 1934

Subbotin, Sergei A.; Sturhan, Dieter; Vovlas, Nicola; Castillo, Pablo; Tambe, James Tanyi; Moens, Maurice

Knowledge of rRNA structure is increasingly important to assist phylogenetic analysis through reconstructing optimal alignment, utilizing molecule features as an additional source of data and refining appropriate models of evolution of the molecule. We describe a procedure of optimization for alignm...

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218

Application of the secondary structure model of rRNA for phylogeny: D2-D3 expansion segments of the LSU gene of plant-parasitic nematodes from the family Hoplolaimidae Filipjev, 1934

Subbotin, Sergei A.; Sturhan, Dieter; Vovlas, Nicola; Castillo, Pablo; Tambe, James Tanyi; Moens, Maurice; Baldwin, James G.
2007-06-03

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219

Análisis molecular del proceso de transcripción de genes en eucariontes/ Molecular analysis of genome transcription in eukaryotes

Cabrejos M, María Eugenia; Tamayo C, Evelyn; Maldonado M, Edio
2001-09-01

Resumen en español El proceso de transcripción es altamente regulado en el que intervienen la RNA polimerasa y varios factores adicionales. La enzima RNA polimerasa II contiene entre 8 y 14 subunidades y es la enzima que transcrie los RNA que codifican para proteínas. La subunidad mayor de la RNA polimerasa II contiene en su región carboxilo terminal un dominio denominado CTD que consiste en repeticiones de un heptapéptido, el cual es fundamental para la regulación de la transcripción (mas) . El proceso de transcripción consiste de tres etapas: iniciación, elongación y terminación. A pesar que la RNA polimerasa II es una enzima multimérica, no puede reconocer los promotores e iniciar la transcripción en forma específica. Para iniciar la transcripción en forma específica requiere de factores adicionales, denominados factores generales de transcripción, los cuales se denominan TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF y TFIIH. Estos factores y la RNA polimerasa II se ensamblan sobre el promotor en forma secuencial, o preensamblados con la RNA polimerasa II. Los genes son activados en respuesta a señales fisiológicas, llevada a cabo por los activadores de la transcripción, los que se unen a secuencias intensificadoras que están ubicadas río arriba del sitio de iniciación. Para la activación de la transcripción, además de los activadores, se requiere de un complejo MED, el cual puede encontrarse libre o bien unido al CTD de la RNA polimerasa II. El DNA se encuentra compactado dentro del núcleo por histonas, las cuales representan un impedimento físico para que se forme un complejo de iniciación sobre el promotor. Existen enzimas que poseen la capacidad de modificar las histonas, que se denominan acetilasas, las cuales acetilan el dominio aminoterminal de las histonas, provocando una inestabilidad en el nucleosoma, lo cual permite que se forme un complejo de preiniciación de la transcripción. También existen factores que son capaces de desplazar los nucleosomas para permitir la unión de la RNA polimerasa II y sus factores al promotor Resumen en inglés The transcription process is highly regulated and requires RNA polymerase and additional factors. The enzyme RNA polymerase II is composed of 8 to 14 subunits and transcribes the messenger RNA. The largest subunit contains in the amino terminal region a domain which is named CTD. CTD is composed of repetitions of a heptapeptide sequence which is fundamental for the regulation of transcription. Although RNA polymerase is a multimeric enzyme it is not by itself able to reco (mas) gnize the promoters and initiate specific transcription. It requires auxiliary factors called the general transcription factors, TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF and TFIIH. These factors and RNA polymerase II are assembled at the promoter site in a step by step fashion or preassembled with RNA polymerase II. The genes are activated in response to physiological signals by activators which bind to the upstream elements of the promoter site. Also for the activation of transcription the MED complex is required. This can exist in the free form or bound to the CTD of RNA polymerase II. The DNA inside the nucleus is compacted by histones to form chromatin, which restricts the access of the transcription machinery to the promoter site. Enzymes called acetylases are able to modify the chromatin structure by acetylation of the N-terminal of the histones, producing a weakening in the DNA-histone contacts, thus allowing the transcription machinery access to the promoters and initiate transcription. There exists factors which are able to displace the nucleosomes to allow RNA polymerase II and factors to form a preinitiation complex on the DNA promoter site

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220

An unusual C-7 ortho ester from 6-epi-gibberellin A13. X-Ray molecular structure of gibberellene C-7 ortho ester

Fraga, Braulio M.; González Collado, Isidro; Hernández, Melchor G.; García-Tellado, Fernando; Perales, Áurea

4 pages, 3 figures, 1 table. | Methanolysis of the 7,19-dimethyl ester of 3-acetoxy-6-epi-gibberellin A13 20-toluene-p-sulphonic anhydride afforded an unusual C-7 ortho ester as the major product. The preparation of 3,6-epi-GA37 methyl ester and of an interesting C-19 acetal is also described. | We ...

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222

An Analysis of Core Deformations in Protein Superfamilies

Leo-Macias, Alejandra; López-Romero, Pedro; Lupyan, Dmitry; Zerbino, Daniel; Ortíz, Ángel R.
2004-11-12

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223
224

Activation of bacterial thermoalkalophilic lipases is spurred by dramatic structural rearrangements

Carrasco-López, César; Godoy, César; Rivas, Blanca de las; Fernández-Lorente, Gloria; Palomo, José M.

8 pages.-- PMID: 19056729 [PubMed].-- Available online Dec 3, 2008. | Supporting information available at: http://www.jbc.org/cgi/content/full/M808268200/DC1 | The bacterial thermoalkalophilic lipases that hydrolyze saturated fatty acids at 60–75°C and pH 8–10 are grouped as the lipase family I.5. W...

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225

Ab initio potential energy surface and spectrum of the B(3Π) state of the HeI2 complex

Valdés, Álvaro; Prosmiti, Rita; Villarreal, Pablo; Delgado Barrio, Gerardo; Werner, Hans-Joachim
2007-05-22

Digital.CSIC (Spain)

226

A theoretical study of He2ICl van der Waals cluster

Valdés, Álvaro; Prosmiti, Rita; Villarreal, Pablo; Delgado Barrio, Gerardo

10 pages, 7 figures, 4 tables.-- PACS nrs.: 31.15.Dv; 33.15.Bh; 31.15.Ar; 33.15.Mt. | The structure, energetics, and dynamics of He2ICl complex in its ground state are studied by means of ab initio electronic structure and quantum-mechanical calculations. Interaction energies for selected He2ICl con...

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227

A theoretical study of He2ICl van der Waals cluster

Valdés, Álvaro; Prosmiti, Rita; Villarreal, Pablo; Delgado Barrio, Gerardo
2006-07-06

Digital.CSIC (Spain)

228

A study of the defect structure in GaAs layers grown at low and high temperatures on Si(001) substrates

Aragón, G.; Molina, Sergio I.; Pacheco, F. J.; González, Yolanda; González, Luisa; Briones Fernández-Pola, Fernando; García, Rafael
1994-12-01

Digital.CSIC (Spain)

229

A new Unidentified Far Infrared Band in NGC 7027

Senent Díez, María Luisa; Masso, Helena; Goicoechea, Javier R.; Cernicharo, José

We report on the detection of a molecular band centered at ~98 um (~102 cm^-1), observed with the Infrared Space Observatory in the young Planetary Nebula NGC7027. The band structure and intensity can not be reproduced by atomic fine structure lines, recombination lines or by the rotational emission...

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230

A Study of the Defect Structure in GaAS1−xPx/GaAs AS x<0.25

Aragón, G.; Castro, M. J. de; Molina, Sergio I.; González, Yolanda; González, Luisa; Briones Fernández-Pola, Fernando; García, Rafael
1993-01-01

Digital.CSIC (Spain)

231

3D-Structure of the interior fusion peptide of HGV/GBV-C by 1H NMR, CD and molecular dynamics studies

Mazzini, Stefania; Fernández-Vidal, Mònica; Galbusera, V.; Castro-Román, F.; Bellucci, M.C; Ragg, E.; Haro Villar, Isabel
2007-06-06

Digital.CSIC (Spain)

232

Molecular photoreactivity on metal-oxide surfaces from first-principles: photocathalysis and photovoltaics

Lara Castells, M. Pilar de; Aguirre Castiblanco, Néstor Fabián; López Durán, David; Ortega Mateo, José; Mitrushchenkov, Alexander O.
2010-02-01

Digital.CSIC (Spain)

233

Molecular basis of FIR-mediated c-myc transcriptional control

Cukier, Cyprian D.; Hollingworth, David; Martin, Stephen; Kelly, Geoff; Díaz-Moreno, Irene; Ramos, Andres
2010-08-15

Digital.CSIC (Spain)

234

Molecular analysis of the 21-kb bacteriocin-encoding plasmid pEF1 from Enterococcus faecium 6T1a

Ruiz-Barba, José Luis; Caballero-Guerrero, Belén; Maldonado-Barragán, Antonio; Jiménez Díaz, Rufino
2010-01-01

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235

Molecular Gas in NUclei of GAlaxies (NUGA). X. The Seyfert 2 galaxy NGC 3147

Casasola, Viviana; Combes, F.; García Burillo, Santiago; Hunt, L. K.; Léon, Stéphane; Baker, A. J.
2008-08-08

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236

Molecular Basis for Trehalase Inhibition Revealed by the Structure of Trehalase in Complex with Potent Inhibitors

Gibson, Robert P.; Gloster, Tracey M.; Roberts, Shirley; Warren, R. Anthony J.; Storch, Isabel; García, Ángela; Chiara, José Luis; Davies, Gideon J.
2007-01-01

Digital.CSIC (Spain)

238

Estructura fina de poliéster de diferente uso final

Gacén Guillén, Joaquín; Cayuela Marín, Diana; Tzvetkova, Milena
2002-07-01

Digital.CSIC (Spain)