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Descripción del ARN de transferencia mitocondrial para Serina (UCN) de Lutzomyia columbiana (Diptera, Psychodidae)/ Description of the mitochondrial serine transfer RNA (UCN) of Lutzomyia columbiana (Diptera, Psychodidae)

Pérez-Doria, Alveiro; Bejarano, Eduar Elías; Vélez, Iván Darío
2008-01-01

Resumen en español Lutzomyia columbiana es un flebotomíneo considerado como vector sospechoso de Leishmania mexicana y Leishmania braziliensis en Colombia. Este insecto pertenece al grupo verrucarum, que incluye algunos taxones isomórficos, lo que ha estimulado la búsqueda de marcadores moleculares que permitan, además de diferenciar las especies, estudiar sus relaciones de parentesco. En este artículo se describe por primera vez la estructura putativa del ARN de transferencia mitocond (mas) rial para serina que reconoce el codón UCN (ARNtSer) de Lu. columbiana. El ADN genómico fue extraído, amplificado y secuenciado a partir de seis especímenes colectados con cebo humano. La estructura secundaria del ARNtSer fue inferida con el programa tRNAscan-SE 1.21. El gen ARNts consistió de 67 pares de bases (pb), encontrándose un solo haplotipo en los seis individuos secuenciados. El ARNtSer de Lu. columbiana mostró 7 apareamientos intracatenarios en el brazo aceptor del aminoácido, 3 en el brazo dihidrouridina (DHU), 5 en el brazo del anticodón y 5 en el brazo ribotimidina-pseudouridina-citosina (TøC). El tamaño de las lupas correspondió a 5 nucleótidos en la DHU, 7 en la anticodón, 4 en la variable y 7 en la TøC. Lu. columbiana se distingue del resto de especies de Lutzomyia y Phlebotomus secuenciadas a la fecha por la presencia de una guanina en la posición nucleotídica 64, que produce un apareamiento no canónico tipo uracilo-guanina en el brazo aceptor. Se necesitan más estudios para confirmar la utilidad del ARNtSer como marcador molecular para la discriminación de especies de flebotomíneos. Resumen en inglés The sand fly Lutzomyia columbiana is considered a suspected vector of Leishmania mexicana and Leishmania braziliensis in Colombia. Lu. columbiana belongs to the Lutzomyia verrucarum species group, which included some sibling species. This has motivated the search for molecular markers to distinguish these taxa. In this paper, we described for the first time the putative secondary structure of the mitochondrial serine transfer RNA that recognizes the codon UCN of Lu. colum (mas) biana (tRNA Ser). DNA was extracted, amplified and sequenced from six individuals collected in human biting activity. The secondary structure of the tRNA Ser was inferred using the program tRNAscan-SE 1.21. The tRNA Ser gene length was 67 pair of bases (pb), and a single haplotype was detected among the six specimens sequenced. In the inferred secondary structure of the tRNA Ser of Lu. columbiana, the acceptor arm consisted of 7 bp, the dihydrouridine (DHU) arm of 3 pb, the anticodon arm of 5 pb, and the ribothymidine-pseudouridine-cytosine (TøC) arm of 5 pb. Similarity, the estimated size of the loops was 5 nucleotides in the DHU, 7 in the anticodon, 4 in the variable, and 7 in the TøC. Lu. columbiana differs from other Lutzomyia and Phlebotomus species sequenced to date by the presence of guanine in the nucleotide position 64, which induce a non-canonical base pair conformation type uracil-guanine in the acceptor arm. More studies are necessary to confirm the usefulness of the tRNA Ser as a suitable molecular tool for sand fly species identification.

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Presentación diferencial de ARN mensajeros e identificación del gen selenocisteína liasa en células de carcinoma hepatocelular con expresión transitoria de la proteína core del virus de la hepatitis C/ Differential display of messenger RNA and identification of selenocysteine lyase gene in hepatocellular carcinoma cells transiently expressing hepatitis C virus Core protein

Yepes, Jesús Orlando; Gunturíz, María Luz; Henao, Luis Felipe; Navas, María Cristina; Balcázar, Norman; Gómez, Luis Alberto
2006-06-01

Resumen en español Introducción. El virus de la hepatitis C se asocia a diversas hepatopatías como hepatitis aguda, hepatitis crónica, esteatosis, cirrosis y carcinoma hepatocelular. Numerosos estudios han explorado mecanismos virales implicados en el establecimiento de la infección persistente y en las propiedades oncogénicas e inmunomoduladoras de la proteína core del virus de la hepatitis C. Las investigaciones orientadas a evaluar los cambios en la expresión de genes celulares en (mas) dógenos inducidos por la proteína core son importantes para identificar genes candidatos responsables de los mecanismos de patogenicidad del virus de la hepatitis C. Objetivos. Comparar perfiles de expresión e identificar genes celulares endógenos en la línea celular derivada de carcinoma hepatocelular humano, HepG2, con expresión transitoria de la proteína core del virus de la hepatitis C. Materiales y métodos. Se utilizó la técnica de presentación diferencial de ARN mensajero por RT-PCR en células HepG2 con y sin expresión transitoria de la proteína core del virus de la hepatitis C o de la proteína verde fluorescente, obtenidas previamente con el sistema de expresión del Semliki Forest Virus, mediante transducción de partículas recombinantes rSFVCore o rSFV-GFP. Resultados. Se observaron diferencias en las intensidades de las bandas de ARNm expresadas en células HepG2 transducidas con rSFV-Core comparadas con células sin transducir y trasducidas con rSFV-GFP. Un ARNm de 258 pb expresado diferencialmente en células HepG2 transducidas con rSFV-Core fue clonado e identificado como selenocisteína liasa. Conclusión. Los resultados confirman que la expresión de la proteína core del virus de la hepatitis C se asocia con cambios en la expresión de ARN mensajeros específicos, incluido al gen selenocisteina liasa, el cual puede estar involucrado en la fisiopatología del carcinoma hepatocelular. Resumen en inglés Introduction. Hepatitis C virus is associated with diverse liver diseases including acute and chronic hepatitis, steatosis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Several studies have explored viral mechanisms involved in the establishment of persistent infection and oncogenic Hepatitis C virus. Expression assays of Hepatitis C virus core protein suggest that this protein has transforming and carcinogenic properties with multifunctional activities in host cells. Characte (mas) rization of expressed genes in cells expressing Core protein is important in order to identify candidate genes responsible for these pathogenic alterations. Objective. To compare and identify gene expression profiles in the human hepatocarcinoma derived cell line, HepG2, with transient expression of Hepatitis C virus Core protein. Materials and methods. We have used comparative PCR-mediated differential display of mRNA from HepG2 hepatocarcinoma with and without transient expression of HCV Core protein or green fluorescent protein, previously obtained using the Semliki Forest Virus-based expression, through transduction of recombinant particles, rSFV-Core and rSFV-GFP,respectively. Results. We observed differences in band intensities of mRNA in HepG2 cells transduced with rSFV-Core compared with those detected in cells without transduction, and transduced with rSFV-GFP. Cloning and sequencing of a gene fragment (258 bp) that was expressed differentially in HepG2 cells transduced with rSFV-Core, was identified as selenocystein lyase. Conclusion. The results confirm that HCV Core protein expressed in HepG2 is associated with specific changes in mRNA expression, including the gene for selenocystein lyase. This gene may be involved in the pathophysiology of hepatocellular carcinoma.

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Detección de arn de virus hepatitis c en la saliva de un grupo de pacientes con hepatitis c crónica

Luna, M; De Guglielmo; Garassini, M; Perrone, M; Correnti, M
2008-12-01

Resumen en español La Hepatitis C constituye un problema de salud pública y su transmisión está claramente asociada con la ruta parenteral. Sin embargo su agente causal, Virus de Hepatitis C (VHC), también ha sido aislado de otros fluidos incluyendo la saliva, aunque la relación existente entre VHC y la patología bucal no está completamente dilucidada. El objetivo del presente estudio fue determinar la presencia de ARN-VHC en la saliva de pacientes con Hepatitis C crónica. En la pre (mas) sente investigación se evaluaron 24 pacientes provenientes del Departamento de Hepatología del Hospital Clínico Universitario, Universidad Central de Venezuela, con infección por VHC. 5 ml de saliva no estimulada fue tomada de cada paciente. ARN-VHC fue detectada por la técnica de Transcriptasa Reversa- Reacción en cadena de la Polimerasa (TR-RCP). En 29%, (7/24) pacientes VHC+, se observó la presencia de ARN-VHC en saliva. En este estudio, observamos la presencia de ARN-VHC en la saliva de pacientes con infección crónica por VHC. Es necesario realizar estudios epidemiológicos a gran escala, para clarificar el significado biológico de la presencia de este agente viral en la saliva, incluyendo la potencial vía de transmisión por la exposición con este fluido. Resumen en inglés Hepatitis C is a worldwide public health problem and its transmisión is clearly associated with the parenteral route, however, the virus has also been isolated from other body fluids, including saliva, although the relationship between HCV and oral pathology is not clearly understood. The aim of this study was to determine the presence of HCV-RNA in saliva from patients with chronic C hepatitis. In the present investigation 24 patients, attended at the Hepatology Departm (mas) ent, at the the Clinical Hospital University, Central University of Venezuela, with HCV infection were evaluated . 5ml of unstimulated saliva were taken of each patient. Saliva HCV-RNA was detected by Polymerase Chain Reaction (PCR). 29% (7/24) of HCV+ patients showed HCV-RNA in saliva. In this study, we observed the presence of HCV-RNA in saliva of patients infected with HCV. Further large-scale epidemiological studies are required to clarify the clinical significance of HCV in the saliva, including the potencial for viral transmisión through exposure to these fluids.

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Análisis de la estructura primaria y secundaria del ARN de transferencia mitocondrial para serina en siete especies de Lutzomyia/ Analysis of the primary and secondary structure of the mitochondrial serine transfer RNA in seven species of Lutzomyia

Vivero, Rafael José; Contreras-Gutiérrez, Maria Angélica; Bejarano, Eduar Elías
2007-09-01

Resumen en español Introducción. Los insectos del género Lutzomyia son los responsables de la transmisión del parásito Leishmania spp. en América. La taxonomía de estos vectores se fundamenta en los caracteres morfológicos que exhiben los adultos, principalmente, en las estructuras pareadas de la cabeza y los genitales. Aunque estos caracteres permiten distinguir la mayoría de los taxones, la similitud en algunos subgéneros y grupos de especies pone límites a la identificación po (mas) r criterios morfológicos. Objetivo. Evaluar la utilidad del ARN de transferencia mitocondrial para serina ARNt Ser en la determinación taxonómica de Lutzomyia. Materiales y métodos. Se analizaron siete especies flebotomíneas, L. trinidadensis, L. panamensis, L. cayennensis cayennensis, L. dubitans, L. gomezi, L. rangeliana y L. evansi. A partir de cada individuo, se extrajo, amplificó y obtuvo la secuencia del gen mitocondrial que codifica para el ARNtSer, delimitado por los genes citocromo b y NAD deshidrogenasa uno. La estructura secundaria del ARNt Ser se infirió teniendo como base las estructuras homólogas descritas en otros insectos del orden Diptera. Resultados. La longitud del gen ARNt Ser osciló entre 66 pb en L. gomezi y 69 pb en L. trinidadensis. En el alineamiento nucleotídico de 70 posiciones, se detectaron 14 sitios polimórficos, incluyendo cuatro eventos indel. La mayoría de las sustituciones correspondieron a las lupas dihidrouridina, ribotimidina-pseudouridina-citosina y variable, así como al extremo basal del brazo anticodón. Conclusión. Los cambios en la secuencia primaria de nucleótidos y los rearreglos en la estructura secundaria del ARNt Ser son potencialmente útiles para la discriminación taxonómica de las especies flebotomíneas estudiadas. Resumen en inglés Introduction. Lutzomyia sand flies are involved in the transmission of the parasite Leishmania spp. in America. The taxonomy of these vectors is traditionally based on morphological features of the adult stage, particularly the paired structures of the head and genitalia. Although these characters are useful to distinguish most species of Lutzomyia, morphological identification may be complicated by the similarities within subgenera and species group. Objective. To evalua (mas) te the utility of mitochondrial serine transfer RNA tRNA Ser for taxonomic identification of Lutzomyia. Materials and methods. Seven sand fly species, each representing one of the 27 taxonomic subdivisions in genus Lutzomyia, were analyzed including L. trinidadensis (Oswaldoi group), L. (Psychodopygus) panamensis, L.(Micropygomyia) cayennensis cayennensis, L. dubitans (Migonei group), L. (Lutzomyia) gomezi, L. rangeliana (ungrouped) and L. evansi (Verrucarum group). The mitochondrial tRNA Ser gene, flanked by the cytochrome b and NAD dehydrogenase subunit one genes, was extracted, amplified and sequenced from each specimen. Secondary structure of the tRNA Ser was predicted by comparisons with previously described homologous structures from other dipteran species. Results. The tRNA Ser gene ranged in size from 66 base pairs in L. gomezi to 69 base pairs in L. trinidadensis. Fourteen polymorphic sites, including four insertion-deletion events, were observed in the aligned 70 nucleotide positions. The majority of the substitutions were located in the dihydrouridine, ribothymidine-pseudouridine-cytosine and variable loops, as well as in the basal extreme of the anticodon arm. Conclusion. Changes of primary sequence of the tRNASer provided useful molecular characters for taxonomic identification of the sand fly species under consideration.

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Algunos aspectos básicos de evolución de virus ARN: importancia médica/ Some basic aspects on the evolution of the RNA virus: medical importance

Ayllón Valdés, Lucía; Valdivia Romero, Ángel; Mas García, Martha; Trespalacios Brey, Lucrecia; Cordero López, Girelda
2006-09-01

Resumen en español Se realizó una revisión de los conceptos más importantes relacionados con la evolución de los virus ARN. Los virus con genoma ARN son los parásitos intracelulares más abundantes en la biosfera. Además se resumió el estado actual de conocimientos sobre la estructura de las cuasiespecies virales y sus implicaciones biológicas, lo que permitirá a todos los profesionales, relacionados de una forma u otra con las enfermedades infecciosas, comprender mejor la adaptabi (mas) lidad de los virus, su poder patogénico y de persistencia, así como el diseño actual y futuro de estrategia para la prevención y el control de las enfermedades que ocasionan. Resumen en inglés A review of the most important concepts related to the evolution of the RNA virus was made. The viruses with RNA genome are the most abundant intracellular parasites in the biosphere. The current state of the knowledge about the structure of the viral quasispecies and their biological implications was also summarized, allowing all the professionals connected in one way or another with the infectious diseases to understand better the adaptability of the viruses, their path (mas) ogenic and persistence power, as well as the present and future design of the strategy for the prevention and control of the diseases they cause.

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Marcadores virológicos no convencionales en pacientes infectados con el virus de la inmunodeficiencia humana: ADN HIV-T, ADN HIV- 2LTR y ARN de HIV/ Non conventional virological markers in HIV-infected patients: T-HIV DNA, 2LTR-HIV DNA and HIV RNA

Gariglio, Rosana; Taborda, Miguel A.; Bortolozzi, Raúl; Mcdermott, Jennifer L.; Martini, Isabella; Borgognone, Mariana; Villanova, G. Vanina; Varnier, Oliviero E.; Giri, Adriana A.
2004-10-01

Resumen en español La terapia antirretroviral de alta eficacia (TAAE) induce una reducción marcada y persistente de la viremia plasmática, contribuyendo a disminuir la mortalidad y morbilidad de los pacientes HIV-positivos. Así, la carga viral (CV) es el método de referencia para evaluar la eficacia terapéutica. Sin embargo, aun en presencia de una TAAE eficiente no se ha logrado la erradicación viral. En este estudio analizamos la presencia del ADN total de HIV (ADN HIV-T), del ADN n (mas) o integrado con 2LTR (ADN HIV-2LTR) y del ARN de HIV, en un grupo de 55 pacientes HIV-positivos en distintos estadios clínicos, con y sin TAAE, mediante ensayos de PCR con revelado colorimétrico en microplaca, optimizados en nuestro laboratorio. La sensibilidad clínica del ARN del HIV fue evaluada con el bDNA, resultando del 74% y del 64%, respectivamente, con una concordancia del 85%. Este ensayo podría ser utilizado en el seguimiento de pacientes bajo TAAE. El ADN HIV-2LTR resultó positivo en el 54% aunque estuvo ausente en pacientes con elevada CV. Este marcador se consideraba un producto lábil y su presencia se asociaba a infección reciente. Sin embargo, actuales evidencias ponen en discusión su estabilidad por lo que su significado clínico debe ser reconsiderado. La ausencia del ADN HIV-2LTR en pacientes con CV detectable puede relacionarse con la heterogeneidad de la secuencia utilizada para su detección. El ADN HIV-T estuvo presente en el 100% de las muestras y resultaría relevante como marcador de remisión cuando se dispongan de terapias que efectivamente erradiquen la infección. Resumen en inglés Highly active antiretroviral therapy (HAART) induces a persistent reduction of the plasmatic viremia, contributing to decrease mortality and morbidity of infected people with human immunodeficiency virus (HIV). Thus, viral load (VL) is the reference method to evaluate therapy effectiveness. However, even in the presence of efficient HAART viral eradication was yet not achieved. In this study, we analyzed the presence of total HIV DNA (T-HIV DNA), non-integrated DNA with 2 (mas) LTR (2LTR-HIV DNA) and HIV RNA in a group of 55 HIV-positive subjects from Rosario City, with different clinical stages, with and without HAART. All markers were evaluated by PCR assays optimized in our laboratory that included colorimetric detection in microplate. HIV RNA clinical sensitivity was compared with a reference test, bDNA, resulting in 74% and 64% respectively, with an 85% of agreement. Thus, our HIV RNA assay could be used to monitor patients under HAART and at risk of infection. The 2LTR-HIV DNA was 54% positive although it was absent in patients with high VL. This marker was considered a labile product therefore its presence was associated with recent infection. However, current evidences question its stability. Thus, its clinical significance should be reconsidered. The absence of 2LTR-HIV DNA in patients with detectable VL may relate to the heterogeneity of the sequence used for its detection. T-HIV DNA was present in 100% of the samples and could be a relevant remission marker when therapies that effectively eradicate the infection became available.

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Sialoadenitis crónica revelando una hepatitis: a propósito de un caso/ Chronic Sialadenitis revealing hepatitis C: a case report

Madrid, Carlos; Courtois, Bruno; Duran, Damien
2004-10-01

Resumen en español Un varón de 53 años fue remitido con una historia clínica de neuropatía sensitiva periférica y de enfermedad de Raynaud, por sospechar un síndrome de Sjögren (SS). La biopsia de glándulas salivares labiales demostró las características clínicas habituales de la sialoadenitis linfocítica crónica. Como las pruebas, tanto clínicas como inmunológicas eran positivas, sospechamos una sialoadenitis linfocítica crónica simulando un síndrome de Sjögren. El enzim (mas) oinmunoanálisis y el inmunoblot recombinante eran positivos para el virus de la hepatitis C (VHC). El ARN circulante del VHC fue detectado por PCR. Una biopsia hepática reveló una hepatitis crónica persistente. En una segunda biopsia de las glándulas salivares menores, se extrajo el ARN viral. Se efectuaron una amplificación por PCR y una southern blot hybridization para el ARN del VHC. Despues de 8 meses de tratamiento por interferon alfa, el ARN del VHC ya no era detectable en el suero. El test de Schirmer mejoró objetivamente. La detección del ARN del VHC en las glándulas salivares de un paciente afectado por un síndrome similar al síndrome de Sjögren, sugiere que una infección directa de la glándulas salivares por el virus de la hepatitis C, podría desempeñar un papel importante en la patogénesis de las sialoadenitis relacionadas con el VHC. Resumen en inglés One 53-year-old male was referred with a history of sensitive peripheral neuropathy and Raynaud disease leading to suspect a Sjögren’s syndrome (SS). Labial salivary gland biopsy shown the classical features of chronic lymphocytic sialadenitis. As clinical and immunologic tests were positive, we conclude to a chronic lymphocytic sialadenitis simulating SS. Enzyme immunoassay and recombinant immunoblot were positive to HCV. Circulating HCV-RNA was detected by PCR. Liver (mas) biopsy revealed chronic persistent hepatitis. In one second biopsy, RNA was extracted. PCR amplification and southern blot hybridization for HCV-RNA were performed. After a 8-month-treatment by interferon alpha, HCV-RNA was no longer detected in the serum. There was an objective improvement of the Schirmer’s test. The detection of HCV-RNA in the salivary glands of a Sjögren’s like syndrome-patient suggests that a direct infection of the salivary glands by HCV could play an important role in the pathogenesis of HCV related sialadenitis.

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Tasa de crecimiento en larvas de Sardinella aurita Valenciennes, 1847 (Pisces: Clupeidae) del Morro de Puerto Santo, Venezuela/ GROWTH RATE OF Sardinella aurita VALENCIENNES, 1847 (PISCES: CLUPEIDAE) larvae in MORRO DE PUERTO SANTO, VENEZUELA/ TAXA DE CRESCIMENTO EM LARVAS DE Sardinella aurita VALENCIENNES, 1847 (PISCES: CLUPEIDAE) DO MORRO DE PUERTO SANTO, VENEZUELA

Balza, María Alejandra; Lemus, Mairin; Marín, Baumar
2007-05-01

Resumen en portugués Analisaram-se e relacionaram-se as mudanças diárias na microestrutura de anéis de crescimento dos otólitos sagitta de larvas de Sardinella aurita com o crescimento somático e bioquímico. O crescimento somático foi expressado como longitude/idade e o crescimento bioquímico com a relação ARN/ADN (Bulow, 1970). Determinaram-se a idade e o crescimento em 221 larvas coletadas no Morro de Puerto Santo, Venezuela, mediante análise dos incrementos diários nos otólito (mas) s sagitta e os caracteres morfométricos. Os ácidos nucléicos e a relação ARN/ADN foram determinados por fluorescência. A estrutura de tamanhos das larvas esteve compreendida entre 2,2 e 17 mm LS para as idades de 1 a 23 dias. O aumento de tamanho (longitude estándar, LS em mm) em função da idade está representado por LS= 2,76+0,60×idade (r²= 0,83; P Resumen en español Se analizó y relacionó los cambios diarios en la microestructura de anillos de crecimiento de los otolitos sagitta de larvas de Sardinella aurita con el crecimiento somático y bioquímico. El crecimiento somático fue expresado como longitud/edad y el crecimiento bioquímico con la relación ARN/ADN (Bulow, 1970). Se determinó la edad y el crecimiento en 221 larvas colectadas en el Morro de Puerto Santo, Venezuela, mediante análisis de los incrementos diarios en los (mas) otolitos sagitta y los caracteres morfométricos. Los ácidos nucleicos y la relación ARN/ADN se determinaron por fluorescencia. La estructura de tallas de las larvas estuvo comprendida entre 2,2 y 17mm LS para las edades de 1 a 23 días. El aumento de talla (longitud estándar, LS en mm) en función de la edad está representado por LS= 2,76+0,60×edad (r²= 0,83; P Resumen en inglés Daily changes in the microestructure of the sagitta otolith growth rings of Sardinella aurita larvae were related to somatic and biochemical growth. Somatic and biochemical growth were expressed as length/age and RNA/DNA ratio, respectively. Age and the growth of 221 sardine larvae from Morro de Puerto Santo, Venezuela were estimated measuring daily increments in sagitta otoliths and morfometric characters. The nucleic acids and the RNA/DNA ratio were determined by fluore (mas) scence. The larval size structure from days 1 to 23 ranged from 2.2 to 17.0mm LS. The increase in size (SL, standard length in mm) as a function of age is expressed by LS= 2.76+0.60×age (r²= 0.83; P

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Hepatitis C en pacientes VIH positivos/ Hepatitis C virus in HIV-positive patients

Bello Corredor, Marité; Montalvo Villalba, Ma. Caridad; Rodríguez Lay, Licel de los Ángeles; Valdés Alonso, Lidunka; Sariego Frómeta, Susel; Pedroso Flaquet, Plácido; Gutiérrez Moreno, Aidonis; Sánchez Wong, Meilin
2008-12-01

Resumen en español INTRODUCCIÓN: la infección por el virus de la hepatitis C (VHC) es un problema de salud mundial. El VHC y el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) comparten similares vías de transmisión y algunas características epidemiológicas; en coinfectados VHC/VIH, el comportamiento de la hepatitis y la evolución de la infección por VIH es acelerado. OBJETIVOS: contribuir al conocimiento de la infección por VHC en pacientes VIH (+), determinar la prevalencia de anticue (mas) rpos al VHC (anti-VHC) en un grupo de pacientes VIH (+), relacionar la detección del ARN-VHC con las fases VIH o sida, de estos pacientes y con el sexo. MÉTODOS: se estudiaron 1 065 muestras de sueros de pacientes VIH (+) recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia de Hepatitis viral, Instituto de Medicina Tropical "Pedro Kourí", durante 2007. Las técnicas utilizadas fueron la determinación de anticuerpos al VHC (anti-VHC) por UMELISA HCV y determinación de ARN del VHC por UMELOSA HCV (Centro de Inmunoensayo). RESULTADOS: 14,27 % de los pacientes VIH fueron positivos a anti-VHC; a un grupo de estos con cifras de transaminasas por encima de los valores normales, se les realizó la técnica de UMELOSA y se detectó un elevado porcentaje de positividad (77,7 %) al ARN a VHC, como se reporta en la literatura universal. De los pacientes que estaban replicando VHC, 80 % estaba en fase SIDA; además, predominaron los pacientes del sexo masculino. CONCLUSIONES: se confima la importancia de la infección por VHC en los pacientes VIH (+). Resumen en inglés BACKGROUND: the infection produced by the hepatitis C virus (HCV) is a world health problem. The HCV and the human immunodeficiency virus (HIV) share communicable ways and some epidemiological characteristics; in coinfected HCV/HIV patients, the behavior and the evolution of the infection in HIV patients is accelerated. OBJETIVES: to contribute to the expansion of knowledge on HCV infection in HIV-positive patients; to determine the anti-HCV prevalence in a group of HIV-p (mas) ositive patients; to associate the detection of the RNA-HCV with the HIV or AIDS stages in these patients and with the sex. METHODS: one thousand and sixty five serum samples from HIV-positive patients were examined in the National Reference Laboratory of Viral Hepatitis of "Pedro Kourí" Institute of Tropical Medicine during 2007. The used techniques were: antibodies to HCV determination using the UMELISA HCV and determination HCV RNA by UMELOSA HCV (Inmunoassay Center). RESULTS: in HIV-positive patients, 14.27 % was positive to anti-HVC; besides, a group of them with aminotransferase count above the normal values was applied UMELOSA, thus detecting a high percent (77.7 %) of positivity to HCV RNA, this results is in line with those reported in international literature. Almost 80 % of the patients that presented with HCV replication were already in the AIDS phase. The male sex was predominant. CONCLUSIONS: these results confirmed the weight of the HCV infection in HIV-positive patients.

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Técnicas diagnósticas de infección humana por hantavirus/ DIAGNOSTIC TECHNIQUES FOR HANTAVIRUS HUMAN INFECTION

GALENO A, T.M. HECTOR; VILLAGRA C, ELIECER; FERNANDEZ O, B.Q. JORGE; RAMIREZ V, B.Q. EUGENIO; MORA R, M.V.JUDITH
2000-01-01

Resumen en español Los hantavirus son virus envueltos, de genoma ARN trisegmentado. Los hantavirus americanos provienen de la subfamilia de roedores Sigmodontinae y pueden causar el síndrome cardiopulmonar por hantavirus (SCPH) mientras que los hantavirus europeos y asiáticos provienen de las subfamilias Murinae y Arvicolinae que pueden producir la fiebre hemorrágica con síndrome renal. En este artículo se describen las técnicas de laboratorio desarrolladas al momento actual para certificar la infección por hantavirus en humanos Resumen en inglés Hantavirus are enveloped viruses with trisegmented RNA. American isolates belong to subfamily Sigmodontinae rodents and can cause hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS) while European and Asiatic hantavirus belong to subfamilies Murinae and Arvicolinae and can produce hemorragic fever with renal syndrome. In this article the laboratory techniques employed at the present time to certify human hantavirus infection are described

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La función plaquetaria más allá de la hemostasis: participación en las enfermedades respiratorias/ Platelet function beyond haemostasis: Role in respiratory diseases

Guzmán Grenfell, Alberto M; Maldonado Noriega, Luis; Mendoza Atencio, Rexy; Hicks Gómez, Juan José
2005-09-01

Resumen en español Actualmente se sabe que las plaquetas, además de almacenar diversos mediadores químicos, también tienen la capacidad de realizar síntesis de varios tipos de proteínas a partir de ARN preformados y de interaccionar con diversos tipos de partículas, con componentes de la matriz extracelular y con varios tipos celulares. Estas características posibilitan que las plaquetas intervengan activamente, no sólo en la hemostasis y trombosis, sino también en la inflamación, remodelación tisular y posiblemente en la defensa innata. Resumen en inglés Platelets store different chemical mediators and synthetize various types of proteins from preformed RNA; they also interact with different particles, components of the extracellular matrix and with different kinds of cells. This characteristics enable platelets to have important roles In hemostasis, thrombosis, inflammation, tissue remodeling and possibly in mechanisms of innate defense.

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Expresión de los receptores para el Fc de la IgG en leucocitos de sangre periférica de pacientes con hepatitis C crónica/ Expression of Fc receptors for IgG in peripheral blood leucocytes from hepatitis C virus infected individuals

Peinado, María; Conesa, Angela; Dávila, Luisana; De Sanctis, Juan Bautista; Deibis, Leopoldo; Toro, Félix
2007-06-01

Resumen en español La respuesta inmunitaria representa un elemento fundamental en el control de la infección por el Virus de Hepatitis C (VHC). Factores de origen viral y del hospedero modulan dicha respuesta. El presente trabajo tuvo como objetivo caracterizar complejos inmunitarios, bajo la forma de crioglobulinas, de pacientes infectados con el VHC y evaluar la expresión de superficie de los receptores para el Fc de la IgG (FcγR) en subpoblaciones leucocitarias de sangre periféri (mas) ca de estos pacientes. Se seleccionaron 12 individuos VHC (+) y 12 sujetos sanos. De ambos grupos se tomaron muestras de suero para aislar crioglobulinas y sangre venosa con EDTA para evaluar la expresión de los FcγR CD64 (FcγRI), CD32 (FcγRII) y CD16 (FcγRIII) mediante citometría de flujo. La presencia de ARN del VHC en suero y crioglobulinas fue analizada mediante RT-PCR. Los resultados muestran que el 50% de los pacientes VHC (+) presentaron niveles elevados de crioglobulinas constituidas fundamentalmente por IgG. En 3 de 5 pacientes con crioglobulinas elevadas se identificó ARN del VHC. La expresión de CD64 se observó principalmente en monocitos (80%), CD32 en monocitos, linfocitos B y neutrófilos (> 90%) y CD16 en células NK y neutrófilos (85% y 95% respectivamente) no encontrándose diferencias significativas entre pacientes y controles. La densidad de expresión de CD32 resultó significativamente menor en poblaciones de monocitos y neutrófilos de pacientes en comparación con controles (p Resumen en inglés The immune response represents a fundamental element in the control of Hepatitis C virus (HCV) infection. Viral and cellular host factors may modulate this response. In the present study, we characterized immune complexes (cryoprecipitates) isolated form HCV-infected patients and evaluated the expression of Fc receptors for IgG (FcγR) in peripheral blood leucocytes of these patients. Twelve HCV (+) patients and 12 healthy control individuals were selected for this st (mas) udy. For each group, sera samples were collected for cryoglobulins isolation and characterization and EDTA-anticoagulated venous blood samples were collected for flow cytometry analysis of FcγR, CD64 (FcγRI), CD32 (FcγRII) and CD16 (FcγRIII) expression. Presence of HCV RNA in serum and cryoprecipitates was analysed by RT-PCR. Results show that 50% of HCV-infected patients present high levels of cryoglobulins mainly constituted by IgG. Three out of 5 cryoglobulins analyzed by RT-PCR were positive for HCV-RNA. Expression of CD64 was observed mainly in monocytes (80%), CD32 in monocytes, B lymphocytes and neutrophils (> 90%) and CD16 in NK cells and neutrophils (85% and 95% respectively). No differences were observed in the percentage of FcγR expression when comparing HCV-infected patients with healthy controls. On the contrary, density of expression of CD32 in monocytes and neutrophils cell populations of HCV patients was significantly lower than that observed in healthy controls (p

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Litiasis renal inducida por Indinavir/ Indinavir and renal lithiasis

Traba Villameytide, Mª L.; Fernández-Guerrero, M.
2004-08-01

Resumen en español El indinavir es un nuevo, específico y potente fármaco que actúa, como otros agentes anti-retrovirales, inhibiendo la proteasa del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH-1) o de la inmunodeficiencia adquirida (SIDA). El indinavir se une al centro activo del enzima, originando un descenso en plasma de ARN VIH-1 y un aumento de los linfocitos T-CD4 "helper" dando origen a un descenso del enzima, necesaria para la maduración y replicación del VIH-1. El presente traba (mas) jo estudia la cristaluria de dos de los nueve pacientes que padecían VIH-1 y/o SIDA tratados con indinavir, así como el cálculo formado por uno de los dos pacientes que presentaban cristaluria. El estudio se realizó con microscopio de luz polarizada y por espectrofotometría infrarroja, mostrando que la visualización de la cristaluria con microscopio de luz polarizada es útil para la caracterización de las mismas, así como para el estudio de los cálculos renales es útil el análisis por espectrofotometría infrarroja. Resumen en inglés Indinavir is a new specific and potent drug that inhibits, like other antiretroviral agents, the protease of immune deficiency virus (HIV) or acquired immune deficiency syndrome (AIDS), an enzyme necessary to maduration and replication of the virus. Indinavir has the capacity to bind the active site causing a decrease in plasma of HIV1-RNA and an increase of T-CD4 helper lymphocytes. The aim of this work is to study in HIV and/or AIDS patients treated with indinavir the c (mas) rystalluria and the formation of renal calculi due to the clearance of this drug. Two out of nine patients studied in this work presented abundant crystalluria and one of them presented spontaneously passed renal stone. Urinary crystals were studied under polarized-light microscopy and renal stone was analyzed by infrared spectroscopy.

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Síndrome Respiratorio Agudo Grave: El laboratorio de salud pública frente a una emergencia global/ Severe acute respiratory syndrome: The public health laboratory in a global emergency

Baumeister, Elsa G.; Lewis, Adrian P.; Bozzini, Juan P.; Savy, Vilma L.
2005-03-01

Resumen en español A fines del año 2002 se inicia un brote de neumonía atípica en el Sudeste asiático el cual se extiende posteriormente a otros continentes. El nuevo síndrome respiratorio agudo grave (SARS) era producido por un coronavirus novedoso. Debido a la gravedad de la situación y al riesgo de introducción de esta patología en Argentina, se implementaron técnicas de diagnóstico clásicas como la microscopía electrónica, y moleculares como una reacción de retrotranscripc (mas) ión seguida de una reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR). La inclusión en araldita de células infectadas con un coronavirus bovino permitió visualizar más fácilmente las partículas virales, pero requirió más tiempo en comparación con la coloración negativa de partículas libres de cultivos virales. La RT-PCR implementada fue capaz de detectar ARN de cepas de casos de Hong Kong y de Alemania. Resumen en inglés By the end of year 2002 there was an outbreak of atypical pneumonia in Southeast Asia which soon spread to other continents. This new severe acute respiratory syndrome (SARS) was produced by a novel coronavirus. Due to the severity of the situation and risk of introduction of this pathology in our country, the need to arrange specific laboratory diagnostic tests arose. Classic techniques, such as the electron microscopy and molecular biology test such as retrotranscriptio (mas) n followed by the polymerase chain reaction (RT-PCR) were implemented. The araldit included cells infected with bovine coronavirus which allowed the viral particles to be visualized easily but it took more time in comparison with the negative staining of free particles from viral cultures. RT-PCR was able to detect RNA of isolated viruses from cases in Hong Kong and Germany.

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Caracterización del Virus de la Encefalitis Equina del Este Mediante la Transcriptasa Reversa Reacción en Cadena de la Polimera y el Análisis del Polimorfismo de la Conformación de Cadenas Sencillas/ Characterization of Eastern Equine Encephalitis Virus by Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction and Analysis of Single

González, María C; Ruíz, Jhoanny; Rivero, José; Bermúdez, Víctor; Herrera, Flor
2009-07-01

Resumen en español El análisis de polimorfismo en la conformación de cadenas sencillas (SSCP, por sus siglas en inglés) se utilizó para caracterizar regiones del genoma de tres cepas de virus de encefalitis equina del este (VEEE), aisladas de cerebros de equinos muertos. Los segmentos de ARN fueron amplificados mediante la transcriptasa reversa acoplada a la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR). Se analizó un fragmento de 542 pb de la región 3’no traducible del ARNm 26S y un (mas) fragmento de 532 pb del gen de la proteína no estructural P4 (nsP4), encontrándose que la migración de las cadenas sencillas de estos fragmentos de ADNc fueron diferentes en estos aislados virales, lo que indica que presentan polimorfismo genético en estas regiones del genoma, el cual es característico de cepas de VEEE, variantes Sur Americanas. Resumen en inglés The single-strand conformation polymorphism (SSCP) analysis was developed to characterize RNA segments of the genome in three strains of virus eastern equine encephalitis (EEEV), isolated from dead equine brains. The RNA segments were amplified by the reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). The analyses of the 542 pb fragment from the 3’ untranslated region of the 26S mRNA and the 532 pb fragment of the nonstructural P4 protein (nsP4) gene were performe (mas) d. The results of the present investigation show that the migration of the single strands of the c-DNA fragments was different in these isolated viruses, which indicate genetic polymorphism in these genome regions, which is characteristic of EEEV strains from South American varieties.

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Infección natural de Lutzomyia cayennensis cayennensis con parásitos tripanosomatídeos (Kinetoplastida: Trypanosomatidae) en Los Montes de María, Colombia/ Natural infection of Lutzomyia cayennensis cayennensis with trypanosomatid parasites (Kinetoplastida: Trypanosomatidae) in Los Montes de María, Colombia

Cochero, Suljey; Anaya, Yosed; Díaz, Yirys; Paternina, Margaret; Luna, Arturo; Paternina, Luis; Bejarano, Eduar Elías
2007-04-01

Resumen en español Se determinó la presencia de flebotomíneos naturalmente infectados con parásitos tripanosomatídeos en Los Montes de María, Colombia, región endémica de leishmaniosis visceral y cutánea. Los especímenes se colectaron usando trampas de luz tipo CDC y trampas de papel impregnado con aceite de ricino instaladas en el intradomicilio y peridomicilio. Se identificaron 6 especies de Lutzomyia entre los 159 flebotomíneos recolectados: Lu. evansi, Lu. cayennensis cayennen (mas) sis, Lu. trinidadensis, Lu. atroclavata, Lu. gomezi y Lu. dubitans. En un grupo de 9 hembras de Lu. cayennensis cayennensis se amplificó un segmento de ADN de 800 pb del gen que codifica para el ARN de la subunidad pequeña ribosomal (ssrRNA) de la familia Trypanosomatidae . Este hallazgo constituyó la primera evidencia de infección natural de Lu. cayennensis cayennensis con parásitos tripanosomatídeos en Los Montes de María. Resumen en inglés The presence of sand flies naturally infected with trypanosomatid parasites was determined in Los Montes de María, Colombia, a region considered endemic for visceral and cutaneous leishmaniasis. Phlebotomines were collected using CDC light-traps, and sticky traps soaked with castor oil placed in the peri and intradomestic habitats. Six species of Lutzomyia were morphologically identified among the 159 sand flies captured: Lu. evansi, Lu. cayennensis cayennensis, Lu. trin (mas) idadensis, Lu. atroclavata, Lu. gomezi and Lu. dubitans. A DNA band of 800 pb corresponding to the small-subunit ribosomal RNA gene (ssrRNA) of the family Trypanosomatidae was amplified in one pool of nine females of Lu. cayennensis cayennensis. This finding constitutes the first evidence of natural infection of this sand fly species with trypanosomatid parasites in Los Montes de María.

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Detección cuantitativa del virus psorosis de cítricos mediante RT-PCR tiempo real/ Quantitative diagnosis of citrus psorosis virus by real time RT-PCR

Barragán-Valencia, Gabriela; Morales-Loredo, Alberto; Álvarez-Ojeda, M. Genoveva; Peña-del Río, M. Ángeles; Quintero-Zapata, Isela
2008-03-01

Resumen en español La RT-PCR tiempo real es útil para detectar el virus psorosis de cítricos (CPsV) y además permite evaluar la concentración viral que se puede usar para estudiar algunos aspectos de la enfermedad. En este trabajo se implementó un protocolo de RT-PCR tiempo real para la detección cuantitativa del CPsV, por lo que se diseñó un conjunto de iniciadores y una sonda Taqman con fundamento en una secuencia de 559 bases del gen responsable de la síntesis de la proteína de (mas) la cápside del CPsV procedente de tejido infectado de un árbol de campo. En el desarrollo de la curva estándar se obtuvo una R² = 0.998 de la cantidad de ARN molde con respecto a los valores de C T y eficiencia de amplificación de 94.5%. Se determinó la concentración viral en muestras de campo y se encontró que la presencia del virus en los árboles no es uniforme; solo se detectó el virus en 40% de las muestras analizadas. También se trabajó en invernadero con una planta inoculada con el virus y se detectó el virus en cada determinación. Resumen en inglés Real time RT-PCR is useful for detecting citrus psorosis virus (CPsV) and also permits the evaluation of the viral concentration that can be used to study some aspects of the disease. In this study a protocol of real time RT-PCR was implemented for the quantitative detection of CPsV, for which a group of primers were designed along with a Taqman probe based on a sequence of 559 bases of the gene responsible for the synthesis of the capsid protein of CPsV from the infected (mas) tissue of a field tree. In the development of the standard curve, a R² = 0.998 was obtained of the amount of mold RNA with respect to the values of C T and amplification efficiency of 94.5%. Viral concentration was determined in field samples and it was found that the presence of the virus in the trees is not uniform; the virus was detected in only 40% of the samples analyzed. Work was also carried out in the greenhouse with a plant inoculated with the virus, and the virus was detected in each determination.

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La proteína asociada a SLAM (SAP) regula la expresión de IFN-g en lepra/ The SLAM-associated protein (SAP) regulates IFN-g expression in leprosy

Quiroga, María F.; Martínez, Gustavo J.; Pasquinelli, Virginia; García, Verónica E.
2004-10-01

Resumen en español La inmunidad protectora contra Mycobacterium leprae requiere IFN-g. Los pacientes con lepra tuberculoide producen localmente citoquinas Th1, mientras que los pacientes lepromatosos producen citoquinas Th2. La molécula linfocitaria activadora de señales (SLAM) y la proteína asociada a SLAM (SAP) participan en la diferenciación celular que conduce a producción de patrones específicos de citoquinas. A fin de investigar la vía SLAM/SAP en la infección por M. leprae, d (mas) eterminamos expresión de ARN mensajero (ARNm) de SAP, IFN-g y SLAM en pacientes con lepra. Observamos que la expresión de SLAM correlacionó en forma directa con la expresión de IFN-g, mientras que la expresión de SAP correlacionó inversamente con la expresión de ambas proteínas. Así, nuestros resultados indican que SAP interferiría con las respuestas de citoquinas Th1 mientras que SLAM contribuiría con la respuesta Th1 en lepra, señalando a la vía SLAM/SAP como potencial blanco modulador de citoquinas en enfermedades con respuestas Th2 disfuncionales. Resumen en inglés Tuberculoid leprosy patients locally produce Th1 cytokines, while lepromatous patients produce Th2 cytokines. Signaling lymphocytic activation molecule (SLAM) and the SLAM-associated protein (SAP) participate in the differentiation process that leads to the production of specific patterns of cytokines by activated T cells. To investigate the SLAM/SAP pathway in M. leprae infection, we determined the expression of SAP, IFN-g and SLAM RNA messenger in leprosy patients. We f (mas) ound a direct correlation of SLAM expression with IFN-g expression, whereas the expression of SAP was inversely correlated with the expression of both SLAM and IFN-g. Therefore, our data indicate that SAP might interfere with Th1 cytokine responses while SLAM expression may contribute to Th1 responses in leprosy. This study further suggests that the SLAM/SAP pathway might be a focal point for therapeutic modulation of T cell cytokine responses in diseases characterized by dysfunctional Th2 responses.

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Estandarización de un método de detección molecular del virus influenza (H5N1) de alta patogenicidad/ Standardization of a molecular detection method of highly pathogenic avian influenza virus (H5N1)

Montalvo-Corral, Maricela; Reséndiz, Mónica; Santos-López, Gerardo; Vallejo-Ruiz, Verónica; Reyes-Leyva, Julio; Hernández, Jesús
2009-03-01

Resumen en español El virus de la influenza aviar H5N1 de alta patogenicidad mantiene el alerta mundial debido a su potencial zoonótico y pandémico. Surge entonces la necesidad de contar con herramientas para la detección temprana y de esta forma reducir el impacto potencial a la salud humana y animal. En este estudio se estandarizó un método de detección molecular de los genes de la matriz (M), hemaglutinina (H5) y neuraminidasa (N1) del virus de la influenza aviar H5N1 de alta patog (mas) enicidad de linaje asiático, mediante transcripción-reversa y reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RRT-PCR). A partir de un ARN viral de referencia cepa A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) se construyeron controles positivos mediante clonación de productos de PCR. Los estándares de naturaleza plasmídica se emplearon en la obtención de curvas estándar para determinar los límites de detección de la técnica. La sensibilidad observada para todos los genes analizados fue de 10² copias de ADN/μL. Las curvas mostraron una eficiencia superior al 90%, y R²>0,99. Este método puede ser útil en las campañas de monitoreo del virus en aves migratorias, así como para el tamizaje de muestras clínicas de humanos, en una emergencia de salud. Resumen en inglés Highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) H5N1 is a global threat due to its zoonotic and pandemic potential. Then, concern arises and the need to have early detection tools to minimize the impact on human and animal health. In this work, a molecular detection method was implemented to detect matrix (M), hemagglutinin (H5) and neuraminidase (N1) genes of HPAI avian influenza virus H5N1, based on real time RT-PCR (RRT-PCR). Positive controls were constructed from refe (mas) rence RNA viral A/Vietnam/1203/2004 (H5N1), cloned into plasmidic vectors and sequenced. Assay detection sensitivity was assessed with standard curves for each gene. Assay sensitivity was 10² DNA copies/μl in all cases. Curves showed amplification efficiency higher than 90% and R²>0.99. This method could be useful for bird monitoring campaigns and as a screening procedure for clinical samples.

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Lípidos de la dieta y cáncer/ Dietary lipids and cancer

Granados, S.; Quiles, J. L.; Gil, A.; Ramírez-Tortosa, M. C.
2006-05-01

Resumen en español El cáncer es una de las principales causas de muerte en los países occidentales. Entre los factores que contribuyen a la aparición de esta enfermedad, la dieta tiene un papel fundamental, y concretamente, las grasas son el principal componente relacionado con el incremento en la incidencia de la enfermedad cancerosa; sobre todo con el cáncer de mama, colorrectal, y prostático. De los lípidos de la dieta, se ha estudiado mucho el efecto beneficioso que tiene el aceit (mas) e de pescado, rico en ácidos grasos poliinsaturados de la serie n-3, así como el aceite de oliva, rico en ácidos grasos monoinsaturados -principalmente ácido oleico-. Sin embargo, se ha descrito un efecto negativo por parte de los ácidos grasos de la serie n-6 y de las grasas saturadas. La nutrición constituye un aspecto importante en la vida del paciente canceroso; actualmente, se diseñan fórmulas nutricionales suplementadas con ácidos grasos poliinsaturados de la serie n-3, y otros componentes, como la arginina, ARN, lisina, etc., con el fin de paliar los efectos derivados de esta patología. Los resultados demuestran el descenso en la morbilidad, y por tanto, aumento de la calidad de vida, un descenso de la mortalidad, y una disminución en los costes relacionados. Resumen en inglés Cancer is one of the main causes of death in Western countries. Among the factors that contribute to the appearance of this disease, diet has a fundamental role, and specifically fats are the main component related to the increase in the incidence of cancerous diseases, particularly breast, colon-rectal, and prostate cancer. From dietary lipids, much attention has been given to the beneficial effects of fish oil, rich in polyunsaturated fatty acids n-3 serie, as well as o (mas) f olive oil, rich in monounsaturated fatty acids -primarily oleic acid. On the contrary, a negative effect has been reported for polyunsaturated fatty acids n-6 serie and for saturated fatty acids. Nutrition constitutes an important aspect of the life of cancer patients. Currently, nutritional formulas are being designed with supplements of polyunsaturated n-3 fatty acids and other components such as arginine, RNA, lysine, etc., with the aim of ameliorating the effects of this pathology. The results demonstrate the lower morbility and therefore improved quality of life, a decline in mortality, and a reduction in related costs.

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Infección por el virus de la Lengua azul: activación de señales celulares que inducen apoptosis/ Bluetongue virus infection: signaling pathway activated during apoptosis

Mortola, E.; Larsen, A.
2009-09-01

Resumen en español El virus de la Lengua azul (VLA) es un ARN virus de doble cadena que induce apoptosis tanto en cultivos celulares como en tejidos blanco. Con el fin de dilucidar el mecanismo de apoptosis en la infección por el VLA, en el presente trabajo examinamos en detalle, por la técnica de Western blot, las señales celulares de caspasas, Bax, citocromo c, Smac/DIABLO y factor nuclear kappa B (NF-kB) que se activan en la infección viral. Hemos comprobado que luego de la infecció (mas) n in vitro con el VLA, se detectó la activación de la caspasa 8 y con ello el mecanismo extrínseco de la apoptosis. También detectamos por primera vez no sólo la activación de miembros de la familia Bcl-2 (Bax), sino también la liberación del citocromo c y la proteína Smac/DIABLO, confirmando que en la infección por el VLA está involucrado el mecanismo secuencial intrínseco de la apoptosis. Asimismo, demostramos que la infección por el VLA activa el NF-kB y que la apoptosis es sustancialmente reducida mediante la inhibición del mismo. La activación de las señales celulares tales como Bax, citocromo c, Smac/DIABLO y NF-kB presentados en este trabajo, esclarecen los mecanismos apoptóticos durante la infección por el VLA para una mayor comprensión del papel primario que juega la apoptosis en la patogénesis del virus. Resumen en inglés Bluetongue (BTV) is a double-stranded RNA virus that induces apoptosis both in mammalian cell cultures and in target tissues. To elucidate the apoptosis pathways in BTV infection, we have examined in detail the apoptosis mechanism by examination of caspases, Bax, cytochrome c, Smac/DIABLO and NF-kB signalling pathways. In this report, after cell infection with BTV, the activation of caspase 8 was detected, proving the extrinsic receptor binding apoptotic pathway. Apoptosi (mas) s followed a sequential pathway involving the detection of activated Bcl-2 family members. Furthermore, its translocation to the mitochondria, as well as the release of cytochrome c and Smac/Diablo confirmed that BTV apoptosis involves the sequential intrinsic pathway. In addition, we demonstrated that NF-kB was activated following BTV infection and cell treatment with an inhibitor peptide before BTV infection, prevented NF-kB activation and substantially reduced cellular apoptosis. Our accumulating data concerning the activation of Bax, cytochrome c, Smac/DIABLO and NF-kB clarify the mechanism of apoptosis during BTV infection, and confer a better understanding of the primary role of apoptosis in BTV pathogenesis.

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Hallazgos morfológicos en casos fatales de síndrome cardiopulmonar por hantavirus: Estudio de 7 autopsias/ Morphological findings in fatal cases of hantavirus cardiopulmonary syndrome: Report of 7 autopsies

Guzmán G, Pablo; Tapia E, Oscar; Villaseca H, Miguel; Araya O, Juan; Antonio P, Lilia; Lee O, Bolívar; Roa S, Juan
2010-10-01

Resumen en español Introducción: El síndrome cardiopulmonar por hantavirus (SCPH) es una enfermedad infecciosa aguda, caracterizada por insuficiencia cardio-respiratoria súbita y alta mortalidad, causada por un virus ARN del género Hantavirus, familia Bunyaviridae. Un 15% de los casos chilenos ha sido pesquisado en la Araucanía. Objetivo: Conocer en casos fatales de SCPH, sus características clínicas y morfológicas. Material y Método: Estudio descriptivo-retrospectivo de siete caso (mas) s fatales con examen postmortem, de SCPH, atendidos entre 1997 y 2009 en el Hospital Regional de Temuco. Resultados: Los casos fueron principalmente pacientes jóvenes, rurales, con un cuadro de compromiso respiratorio progresivo, con leucocitosis, trombopenia e infiltrado pulmonar intersticial bilateral. Los principales hallazgos histopatológicos fueron un acentuado edema pulmonar intra-alveolar e intersticial, con escaso daño epitelial e infiltrado mono-nuclear y leve edema miocárdico con infiltrado mononu-clear. Conclusiones: Los antecedentes epidemiológicos, clínicos y laboratorio permiten sospechar SCPH. En los casos fatales la autopsia permite diferenciar el SCPH de otras patologías similares y aporta tejidos para confirmar el diagnóstico Resumen en inglés Introduction: Hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS) is an acute infectious disease characterized by sudden cardiorespiratory failure and high mortality, caused by a RNA virus of the genus Hantavirus, family Bunyaviridae, 15% of Chilean cases have been detected in the Araucania Region. Objective: To determine in fatal cases of HCPS, clinical and morphological characteristics. Materials and Methods: Descriptive-retrospective analysis of seven fatal cases with postmorte (mas) m study of HCPS, attended between 1997 and 2009 at the Hospital of Temuco, Chile. Results: Cases were young patients from rural areas, and presented as an illness of progressive respiratory failure, with leukocytosis, thrombocytopenia and bilateral interstitial pulmonary infiltrates. Main morphological findings were marked intersticial and intraalveolar pulmonary edema, with minimal epithelial injury and mononuclear cell intersticial infiltrate and mild edematous intersticial inflamatory process. Conclusions: Epidemiological, clinical and laboratory background allow to suspect HCPS. In fatal cases, the autopsy makes possible to discard other similar pathologies and provide tissue for confirmation of the disease

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Resultados del tratamiento de la hepatitis crónica por VHC genotipo 4: Un análisis comparativo con el genotipo 1/ Results of the treatment of chronic hepatitis C genotype 4: A comparative analysis with genotype 1

López-Alonso, G.; Ágreda, M.; Devesa, M. J.; Cuenca, F.; Suárez, A.; Ortega, L.; Díaz-Rubio, M.; Ladero, J. M.
2008-04-01

Resumen en español Antecedentes y objetivos: casi todos los datos sobre la eficacia del tratamiento antiviral combinado en la infección por el virus de la hepatitis C (VHC) genotipo 4, que es poco frecuente en España, se han obtenido en países del Oriente Próximo. Aportamos nuestra experiencia en pacientes tratados en España con criterios homogéneos. Pacientes y métodos: en el periodo 2001-2007 hemos tratado a 30 enfermos con hepatitis crónica por VHC genotipo 4 (20 varones) con int (mas) erferón pegilado α-2b (26 casos) o α-2a (4 casos) y ribavirina en dosis ajustada al peso. En todos los casos se conoce el resultado del tratamiento y se dispone de bioquímica y datos virológicos basales, y en 24 de biopsia hepática. Hemos comparado estos resultados con los obtenidos en 355 pacientes infectados por VHC genotipo 1. Resultados: diez pacientes (33,3%) obtuvieron respuesta viral sostenida (RVS: ARN del VHC negativo en sangre a los 6 meses de finalizado el tratamiento), 12 no respondieron (fracaso viral primario), 4 recidivaron y 4 abandonaron por intolerancia. Estos resultados son muy similares a los obtenidos en el grupo de genotipo 1 (RVS: 35,1%). Conclusión: el genotipo 4 del VHC debe considerarse como tan "difícil de tratar" como el genotipo 1. La mayor eficacia del tratamiento en otras zonas geográficas (Oriente Próximo) pueden deberse a la diferente distribución de los subtipos virales existentes. Resumen en inglés Introduction: nearly all the data on the efficacy of combined antiviral therapy on chronic hepatitis C genotype 4 have been obtained in countries of Middle East. Genotype 4 is quite unusual in Spain. We report our experience in a group of Spanish patients treated with homogeneous criteria. Patients and methods: between 2001 and 2007 we have treated 30 patients with chronic hepatitis C genotype 4 (20 males) with pegylated Interferon a-2b (26 cases) or a-2a (4 cases) combin (mas) ed with ribavirin at a weight-adjusted dose. Results of therapy are known in all patients and liver biopsy is available in 24 cases. Results: ten patients (33.3%) obtained sustained viral response (SVR: HCV-RNA undetectable in blood 6 months after the end of therapy), 12 were primary non-responders, 4 relapsed after reaching undetectable HCV-RNA at the end of therapy and 4 interrupted the treatment due to severe adverse events. These results are very close to those obtained in 355 patients infected with HCV genotype 1. Conclusion: HCV genotype 4 should be considered as "difficult to treat". The better results of therapy in other geographical areas (Middle East) may be due to a different distribution of the subtypes of HCV genotype 4.

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Identificación de la secuencia del gen de la subunidad catalítica de la telomerasa en Plasmodium falciparum

Rubiano, Claudia Consuelo; Wasserman, Moisés
2005-03-01

Resumen en español Introducción. La enzima telomerasa participa en la regulación de la longitud de los telómeros al sintetizar nuevas repeticiones teloméricas que compensan las pérdidas en cada ronda de replicación del ADN. Por esta razón, el bloqueo de su actividad se plantea como un posible blanco de acción para detener el crecimiento de células con altas tasas de crecimiento. Tal es el caso de Plasmodium falciparum, parásito causante de la forma más grave de malaria humana, en (mas) la cual se sabe que hay actividad de telomerasa pero no se tiene información sobre la enzima misma. Metodología. Para hacer un acercamiento al estudio de la telomerasa en P. falciparum, se realizó un alineamiento múltiple de las secuencias de la subunidad catalítica de la telomerasa disponibles en bases de datos y se obtuvo una secuencia consenso, la cual se comparó con las secuencias generadas en el proyecto de genoma de P. falciparum. Se encontró una secuencia que podría corresponder a parte del gen de la telomerasa de P. falciparum. Para comprobarlo, se diseñaron iniciadores que se utilizaron en ensayos de amplificación sobre el ADN y el ARN del parásito. Resultados. Se amplificaron fragmentos de ADN correspondientes a motivos conservados en las telomerasas y se detectó la presencia del ARNm mediante trascripción reversa y PCR sobre el ADNc generado. De esta manera, al combinar la utilización de herramientas de bioinformática y su posterior comprobación mediante técnicas de biología molecular, se obtuvo la secuencia del gen de la subunidad catalítica de la telomerasa en P. falciparum y se comprobó su presencia y trascripción en el parásito. Resumen en inglés Identification of the gene sequence of telomerase catalitic subunit in Plasmodium falciparum. Introduction: The enzyme telomerase participates in the regulation of telomere length synthesizing new telomeric repeats to compensate the loss in each DNA replication cycle. Thus, telomerase is a possible target to stop the growth of cells with high replication rates. This is the case of Plasmodium falciparum, the parasite that causes the most severe kind of human malaria. It is (mas) known that it has telomerase activity but the information on the enzyme is very poor. Methods: In order to approach to the study of telomerase in P. falciparum, a multiple alignment was done using telomerase catalytic subunit sequences found in data bases. A consensus sequence was obtained, and it was compared with the sequences in the P. falciparum genome project and as a result, a sequence that could be part of the telomerase gene was found. To test that, a set of primers was designed and used to perform amplifications over DNA and RNA. Results: DNA fragments corresponding to telomerase conserved domains were amplified and by using reverse transcription and PCR over the cDNA, the presence of mRNA was detected. In this way, using bioinformatics tools and testing them with molecular biology techniques, the sequence of telomerase catalytic subunit gene (TERT) in P. falciparum was obtained and its presence and transcription were demonstrated.

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Alteraciones en el reclutamiento y activación de proteínas Rab durante la infección micobacteriana/ Alterations in recruitment and activation of Rab proteins during mycobacterial infection

Castaño, Diana; Rojas, Mauricio
2010-06-01

Resumen en español En el fagosoma, Mycobacterium spp. altera la activación y reclutamiento de diferentes proteínas "del gen Ras de cerebro de rata", comúnmente conocidas como Rab. En este manuscrito se revisa una serie de reportes que han demostrado que los fagosomas que contienen micobacterias tienen una expresión mayor y sostenida de Rab5, Rab11, Rab14 y Rab22a, y menor o ninguna expresión de Rab7, Rab9 y Rab6. Esto se correlaciona con aumento de la fusión de estos fagosomas con end (mas) osomas tempranos y de reciclaje, lo que les permite mantener ciertas características de compartimentos tempranos, permite que las bacterias obtengan acceso a nutrientes y previene la activación de mecanismos contra la micobacteria. La expresión de mutantes constitutivamente activos de las Rab de endosomas tempranos impide la maduración de fagosomas que contienen esferas de látex o micobacterias inactivadas por calor. Mientras que su silenciamiento, mediante ARN de interferencia o mediante dominantes negativos, induce la maduración de fagosomas micobacterianos. Los mecanismos exactos por los que las micobacterias alteran la dinámica de expresión de estas GTPasas, afectando la maduración fagolisosómica, no se han establecido. El problema podría explicarse por defectos en el reclutamiento de las proteínas que interactúan con Rab, como la cinasa-3 del fosfatidilinositol y el antígeno endosómico temprano 1. La identificación de los mecanismos empleados por Mycobacterium spp. para interrumpir el ciclo de activación de las Rab, será esencial para comprender la fisiopatología de la infección micobacteriana y útil como posibles blancos farmacológicos. Resumen en inglés At the phagosome level, Mycobacterium spp. alters activation and recruitment of several "Ras gene from rat brain" proteins, commonly known as Rab. Mycobacterial phagosomes have a greater and sustained expression of Rab5, Rab11, Rab14 and Rab22a, and lowered or no expression of Rab7, Rab9 and Rab6. This correlates with increased fusion of the phagosomes with early and recycling endosomes acquiring some features of early phogosomes, allowing the bacteria to gain access to n (mas) utrients and preventing the activation of anti-mycobacterial mechanisms. The expression of constitutively active mutants of Rab from the early stage endosomes prevents the maturation of phagosomes containing latex beads or heat-inactivated mycobacteria. Silencing of these mutants by interference RNA or dominant negative forms induces the maturation of mycobacterial phagosomes. The mechanisms have not been established by which mycobacteria alter the expression of these GTPases and thereby shift the phagolysosomal maturation. The problem can be explained by alterations in the recruitment of proteins that interact with Rab, such as phosphoinositide 3-kinases and early endosomal antigen 1. Identifying the mechanisms used by Mycobacterium spp. to disrupt the cycle of Rab activation will be essential to understand the pathophysiology of mycobacterial infections and usefully to potential drug targets.

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Infecciones concurrentes por dos serotipos del virus dengue durante un brote en el noroeste de Perú, 2008/ Concurrent infections by two dengue virus serotypes during an outbreak in northwestern Peru, 2008

Mamani, Enrique; Figueroa, Dana; García, María Paquita; Garaycochea, María del Carmen; Pozo, Edwar J.
2010-03-01

Resumen en español Objetivo. Describir la existencia de infecciones concurrentes por diferentes serotipos del virus dengue (DENV) en un brote ocurrido en el noroeste de Perú durante el 2008. Materiales y métodos. Se analizó 73 muestras séricas de pacientes con dengue en un brote en el noroeste de Perú entre mayo y junio de 2008. Para la serotipificación del DENV se utilizó técnicas de biología molecular; así, primero se realizó la extracción del ARN con el kit QIAamp viral RNA M (mas) ini, luego se realizó la transcripción inversa y amplificación de los fragmentos de ADNc viral mediante las técnicas de reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR multiplex) y de RT-Anidada PCR (RT-Nested PCR), y finalmente de realizó el secuenciamiento genético de los fragmentos de ADNc viral utilizando el kit Big Dye Terminator v.3,1. Resultados. Los 73 casos de dengue presentaron infecciones por diferentes serotipos: 34 (46,6%) por DENV-3, 29 (39,7%) por DENV-1, 4 (5,5%) por DENV-4 y 6 casos (8,2%) por DENV-1 y DENV-3. Las manifestaciones clínicas más frecuentes fueron fiebre y cefalea (100%), mialgia (94,5%), dolor ocular (83,6%), artralgia (78,1%), escalofríos (63,0%), nauseas/vómitos (38,4%), prueba de lazo positiva (30,1%) y erupción cutánea (20,5%). Los pacientes con infecciones concurrentes presentaron cuadros leves, excepto una paciente que presentó prueba de lazo positivo y sangrado genital. Conclusión. Es el primer reporte de pacientes peruanos con infecciones concurrentes por dos serotipos del DENV sin formas graves de la enfermedad. Resumen en inglés Objetives. To establish the existence of concurrent infections by different dengue virus (DENV) serotypes in an outbreak in the Northwestern in Peru during 2008. Material and methods. 73 serum samples from patients with dengue were analyzed during an outbreak that occurred in Northwestern in Peru between May and June 2008. Molecular biology techniques were used to serotype the DENV, thus, firstly the viral RNA viral was extracted using Viral QIAamp RNA mini kit (Qiagen, V (mas) alencia, California, USA), then the viral cDNA fragments were reverse transcripted and amplified by means of the Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) and the RT-Nested PCR region techniques and finally, genetic sequencing of the viral cDNA fragments were performed using the Big Dye Terminator v.3,1 kit. Results. The 73 dengue cases presented infections by different serotypes: 34 (46.6%) by DENV-3, 29 (39.7%) by DENV-1, 4 (5.5%) by DENV-4, and 6 (8.2%) concurrent infections by DENV-1 and DENV-3. The most frequent clinical manifestations observed among dengue patients were fever and headache (100%), myalgia (94.5%), ocular pain (83.6%), arthralgia (78.1%), shivers (63.0%), nausea/vomiting (38.4%), positive tourniquet test (30.1%), and rash (20.5%). All patients with concurrent infections presented light clinical course of dengue fever (DF) except one patient who had moderate hemorrhagic manifestations. Conclusion. This is the first Peruvian report of patients with concurrent infections of two DENV serotypes without severe clinical manifestations.

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Virus de la hepatitis C en un grupo de pacientes hematológicos y oncohematológicos/ Hepatitis C virus in a group of hematological and oncohematological patients

Vega R, Inés; León R, Alvaro; Zolezzi R, Paolina; Ibarra V, Humberto; Faúndez V, Cecilia; Montecinos V, Jorge
2001-01-01

Resumen en inglés Background: Little information is available in Chile about hepatitis C virus (HCV) in hematological and oncohematological patients. Aim: To evaluate the prevalence of hepatitis C virus markers in a group of hematological and oncohematological pediatric patients seen at Valdivia Regional Hospital. Patients and methods: Antibodies against virus C, determined by ELISA and viral RNA, determined using RT-polymerase chain reaction, were measured in 54 blood samples from childre (mas) n with hematological diseases (34 with Acute Lymphoblastic Leukaemia, 4 with Hodgkin Diseases, 4 with Haemolytic Anemia, 5 with Sarcomas, 2 with Non-Hodgkin Lymphoma, 2 with Thrombocytopenic Purpura, 1 with an Ependimoma, one with a Wilms Tumor and 1 with a Von Willebrand Disease). Results: All samples were negative for antibodies against hepatitis C virus. Viral RNA was found in four children, all with a diagnosis of acute lymphoblastic leukemia and who received chemotherapy and multiple transfusions. Conclusions: The prevalence of Viral RNA for hepatitis C virus in oncohematological patients in our study is high and associated with the use of chemotherapy and multiple transfusions (Rev Méd Chile 2001; 129: 18-22)

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Virus GB-C: ausencia de asociación con niveles de transaminasas, CD4 y carga vírica en pacientes con sida/ GB virus C: lack of association with aminotransferase levels, CD4 and HIV viral load in aids patients

López Calvo, S; Vela, A; Castro, A; Cid, A; Aguilera, A; Vega, P; Hermida, M; Regueiro, B. J.; Pedreira, J. D.
2003-04-01

Resumen en español Objetivo: Conocer la prevalencia del RNA-GBV-C en pacientes VIH positivos y determinar si existen diferencias entre VHG positivos y negativos en cuanto a situación inmunológica y afectación hepática. Métodos: Se determinó la presencia de RNA-GBV-C en el suero de 222 pacientes VIH positivos mediante una RT-PCR semi-automatizada. Se compararon los pacientes RNA-GBV-C positivos con los negativos en relación a una serie de parámetros clínicos y analíticos. La misma (mas) comparación se realizó de forma particular entre aquellos coinfectados con el VHC y GBV-C y los que sólo presentaban el GBV-C Resultados: La prevalencia del RNA-GBV-C fue del 28,8%. El virus hepatotropo más frecuente fue el VHC con el 71,6% de los casos. El 17% presentaban coinfección VHC y GBV-C y el 8,6% solo tenían el GBV-C. Los pacientes con RNA- GBV-C positivo tenían características clínicas y analíticas similares a los RNA-GBV-C negativos. Entre coinfectados VHC-GBV-C y los que presentaban el GBV-C como único virus se observó que el grupo de coinfectados presentó alteración de transaminasas y predominio de la transmisión parenteral como factor de riesgo para la infección VIH, frente al grupo GBV-C que presentó transaminasas normales y predominio de la transmisión sexual. No hubo diferencias entre ambos grupos en cuanto a la media de CD4 y cifras de RNA-VIH. Conclusiones: La positividad del RNA-GBV-C en pacientes VIH no influye en la presencia de enfermedad hepática que viene determinada en estos pacientes por la frecuente coinfección con otros virus hepatotropos. Tampoco parece influir en la viremia del VIH ni en la cifra de CD4. Resumen en inglés Objective: To study the prevalence of GBV-C-RNA in sera of HIV-infected patients and determine whether differences in immunological condition and hepatic disease exist between GBV-C positive and negative patients. Methods: The presence of GBV-C -RNA was determined in sera of 222 HIV-positive patients by semi-automated RT-PCR. A comparison of GBV-C-RNA positive and negative patients was made by studying a series of clinical and analytical parameters. This same comparison w (mas) as made in particular between those coinfected with HCV and GBV-C and those who only presented GBV-C. Results: Prevalence of GBV-C-RNA was 28.8%. The most frequent hepatotropic virus was HCV, appearing in 71.6% of cases. Coinfection with HCV and HGV was present in 17% and 8.6% only had GBV-C. Patients positive for GBV-C-RNA showed clinical and analytical characteristics similar to those found in GBV-C-RNA negative patients. Among the HCV-GBV-C coinfected and those presenting HGV as the only virus it was observed that the coinfected group presented alterations in transaminases and predominance of parenteral transmission as a risk factor for HIV, whereas the GBV-C group presented normal transaminases and predominance of sexual transmission. No differences were perceived in mean CD4 and HIV-RNA values in both groups. Conclusions: Being positive for GBV-C in HIV-positive patients does not influence the presence of hepatic disease that in these patients is frequently accompanied by coinfection with other hepatotropic viruses. Moreover, it does not seem to influence the viremia of the HIV nor the CD4 cell counts.

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Virología, pruebas diagnósticas, epidemiología y mecanismos de transmisión del VHC/ Virology, diagnostic tests, epidemiology and transmission mechanisms of Hepatits C virus

Huarte, M. P.; Casi, M. A.
2004-01-01

Resumen en español El virus de la hepatitis C es un virus humano, clasificado dentro de un tercer género, (Hepacivirus), de la familia de los Flaviviridae. Es un virus esférico, de aproximadamente 50 nm de diámetro, con una envoltura glicoproteica que contiene lípidos, y su genoma es una molécula de RNA de cadena simple. Se caracteriza por un alto grado de heterogeneidad genómica, cuya consecuencia evolutiva, a largo plazo, es la aparición de grupos virales genéticamente distintos, (mas) genotipos y quasiespecies. Existen distintas técnicas diagnósticas para detectar la infección por el VHC. Técnicas serológicas: la detección de IgG específica contra el VHC mediante enzimoinmunoensayos es el método más práctico para el diagnóstico de la infección por este virus. Los test de inmunoblots suplementarios se emplean para confirmar la especificidad del resultado del EIA. Técnicas moleculares: se han desarrollado técnicas cualitativas y cuantitativas para detectar RNA-VHC, basadas en la detección directa de los viriones. La patogenia de la hepatitis C no es bien conocida. Su prevalencia mundial se estima en un 3%, por lo que no se recomienda screening rutinario para su detección. La transmisión del VHC, se produce fundamentalmente por exposición percutánea a sangre infectada, observándose mayores tasas de infección en personas encarceladas, vagabundos, adictos a drogas vía parenteral, personas hemofílicas y pacientes en hemodiálisis. Aunque la transmisión sexual existe, parece que esta vía es poco eficaz, habiéndose observado mayor prevalencia en personas con múltiples parejas sexuales. La transmisión vertical, se estima en un 2%, alcanzando un 20 % en caso de coinfección materna por el VIH. Resumen en inglés The hepatitis C virus is a human virus, classified within a third type (Hepacivirus) of the Flaviviridae family. It is a spherical virus, of approximately 50 nm in diameter, with a glycoprotein covering that contains lipids, and its genome is a simple chain RNA molecule. It is characterised by a high degree of genomic heterogeneity, whose evolutionary consequence in the long term is the appearance of genetically different viral groups, genotypes and quasispecies. There ar (mas) e different diagnostic techniques for detecting hepatitis C virus infection. Serological assays: the detection of specific IgG against HCV by means of enzyme immunoassays is the most practical method for diagnosing infection by this virus. Supplementary immunblot tests are employed to confirm the specificity of the results of the EIA test. Molecular assays: qualitative and quantitative techniques have been developed for detecting RNA-HCV, based on the direct detection of the virions. The pathogeny of hepatitis C is not well understood. Its world prevalence is estimated at some 3%, which is why routine screening for its detection is not recommended. HCV transmission basically occurs through percutaneous exposure to infected blood, with higher rates observed in imprisoned persons, vagabonds, intravenous drug addicts, haemophiliacs and patients on haemodialysis. Although it can be transmitted sexually, it seems that this path is not very efficient, with a greater prevalence observed in persons with multiple sexual partners. Vertical transmission is estimated at some 2%, reaching 20% in cases of maternal coinfection with HIV.

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Utilidad de las redes neuronales artificiales en la predicción de cáncer de próstata en la biopsia transrectal/ The utility of artificial neural networks in the prediction of prostate cancer ontransrectal biopsy

Rodríguez Alonso, A.; Pertega Díaz, S.; González Blanco, A.; Pita Fernández, S.; Suárez Pascual, G.; Cuerpo Pérez, M.A.
2006-01-01

Resumen en español Objetivo: Determinar si el desarrollo de una red neuronal artificial (RNA) formada por variables clínicas permite predecir el resultado de la biopsia prostática (BP). Material y métodos: Pacientes (n=953) sometidos a BP en el Hospital Arquitecto Marcide, Ferrol, entre enero-2000 y junio-2005. Las variables estudiadas fueron edad, PSA, tacto rectal y volumen prostático, disponiendo de todos estos datos en 843 casos. Para determinar factores relacionados con el diagnós (mas) tico de cáncer de próstata (CP), se desarrollaron un análisis de regresión logística y una red neuronal "feed-forward", con tres nodos en su capa oculta y un nodo de salida, que representa la probabilidad de CP. Ambos modelos fueron construidos a partir de una muestra aleatoria de n=643 pacientes (set de derivación). La capacidad predictiva de ambos modelos se valoró con los 200 pacientes restantes (set de validación), mediante curvas ROC y su área bajo la curva (ABC). Resultados: Se detectó CP en 500 (59,3%) casos. Ajustando por edad, PSA, tacto rectal y volumen prostático, en un modelo de regresión logística multivariante, se observó que todas las variables predecían CP de forma independiente. Las ABC fueron de 0,693 para el PSA, 0,707 para el volumen prostático, 0,815 para la regresión logística y 0,819 para la RNA. La capacidad predictiva de la RNA fue significativamente superior a la del PSA (p=0,002) y volumen prostático (p Resumen en inglés Objective: To determine whether the development of an artificial neural network (ANN) made up of clinical variables allows for the prediction of prostate biopsy (PB) outcome. Materials and methods: Patients (n=953) underwent PB at the Arquitecto Marcide Hospital in Ferrol (Spain), between january 2000 and june 2005. The variables studied were age, PSA, digital rectal examination (DRE) and prostate volume, data for all of which were available in 843 cases. In order to dete (mas) rmine factors related to prostate cancer (PC) diagnosis, a logistic regression analysis and a feed-forward neural network were developed, including three hidden layer nodes and an output node, representing the probability of PC. Both models were constructed from a random sample of n=643 patients (derivation set). The predictive capacity was assessed with the remaining 200 patients (validation set), by means of ROC curves and the area under the curve (AUC). Results: PC was detected in 500 (59.3%) cases. Adjusting for age, PSA, digital rectal examination and prostate volume, in a multivariate logistic regression model it was observed that all the variables were independent predictors of PC. The AUC were 0.693 for PSA, 0.707 for prostate volume, 0.815 for logistic regression and 0.819 for ANN. The predictive capacity of the ANN was significantly higher than that of the PSA (p=0.002) and prostate volume (p

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Utilidad de la reacción de polimerasa en cadena para la detección de Mycoplasma pneumoniae en adultos mayores con neumonía adquirida en la comunidad/ Diagnostic utility of the polymerase chain reaction for the diagnosis of Mycoplasma pneumoniae in elderly patients with community-acquired pneumonia

MARTÍNEZ T, M. ANGÉLICA; PINO P, YENIFER; SALAZAR B, TANIA; JOVER L, ELY; CAROCA C, CLAUDIA; ESPINOZA N, M. ANGÉLICA; AVENDAÑO C, LUIS F.
2005-09-01

Resumen en español Mycoplasma pneumoniae es una causa frecuente de neumonía adquirida en la comunidad (NAC) en niños y adultos jóvenes, existiendo escasa información de su frecuencia en el adulto mayor. Se analizó la reacción de polimerasa en cadena (RPC) con dos pares de partidores, gen de la adhesina P1 y gen 16S rRNA, para la detección de M. pneumoniae en lavado faríngeo de 84 pacientes de 60-96 años con diagnóstico clínico de NAC, desde septiembre de 2002 hasta agosto de 2004 (mas) . Los resultados de la RPC fueron comparados con los de la serología mediante inmunofluorescencia indirecta (IFI). Se detectó infección por M. pneumoniae mediante serología o RPC en 11 de 84 pacientes (13,1%). La serología fue positiva en 8 (72,7%) y la RPC en 7 (63,6%) muestras. La serología en la muestra de suero en fase aguda fue positiva en 5 de 11 pacientes (45,4%), en 4 de ellos por la presencia de IgM. En 4 pacientes con serología positiva la RPC fue negativa. En 3 pacientes con serología negativa la RPC fue positiva. Las dos RPC mostraron 100% de correlación y la sensibilidad fue la misma; no se detectaron muestras con efecto inhibitorio de la reacción. En conclusión, M. pneumoniae debería ser considerado en la etiología de la NAC en adultos mayores. La detección de este microorganismo debe basarse en el uso combinado de serología y RPC Resumen en inglés Mycoplasma pneumoniae is a common cause of community-acquired pneumonia (CAP) in children and young adults, but limited information about its prevalence in the elderly is available. The polymerase chain reaction (PCR) with primers targeting the cytadhesine P1 gene and the 16S rRNA gene was analyzed for detecting M. pneumoniae in throat washings of 84 patients, aged 60-96 years, with clinical diagnosis of CAP, from September 2002 through August 2004, in Santiago, Chile. PC (mas) R results were compared with serology performed by indirect immunofluorescence (IFI). Specimens from 11 of 84 patients (13.1%) were positive for M. pneumoniae by any test. The IFI test was positive in 8 (72.7%) patients and PCR in 7 (63.6%) cases. The acute phase sera allowed diagnosis of M. pneumoniae in 5 of 11 patients (45.4%), 4 of them showing an IgM response. PCR was negative in 4 patients with positive serology and 3 patients were positive only by PCR. The two PCR primers showed 100% correlation, and a similar sensitivity; no inhibitory specimens for PCR were detected. In conclusion, M. pneumoniae should be considered as a potential etiologic agent of CAP in the elderly. Its detection must be performed by a combination of PCR and serology

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Use of an antisense RNA strategy to investigate the functional significance of Mn-catalase in the extreme thermophile Thermus thermophilus

Moreno, Renata; Hidalgo, Aurelio; Cava, Felipe; Fernández-Lafuente, Roberto; Manuel Guisán, José; Berenguer, José
2004-01-01

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Use of RNase P as antiviral agent

Gómez Castilla, Jordi; Toledano Díaz, Rosa; Mena Piñeiro, Ignacio; Sabariegos Jareño, Mª del Rosario
2010-05-20

Digital.CSIC (Spain)

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Upper-limit mutation rate estimation for a plant RNA virus

Sanjuán, Rafael; Agudelo-Romero, Patricia; Elena, Santiago F.
2009-05-12

Digital.CSIC (Spain)

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Una Técnica de Inteligencia Artificial para el Ajuste de uno de los Elementos que Definen una B-Spline Racional No Uniforme (NURBS)/ A Technique of Artificial Intelligence to Fit one of the Elements that Define a Non-Uniform Rational B-Spline (NURBS)

Mateus, Sandra P
2010-01-01

Resumen en español Dentro de las técnicas existentes de Inteligencia Artificial, se escogieron y adaptaron dos Redes Neuronales Artificiales (RNA) para realizar el ajuste de uno de los elementos que definen una B-Spline Racional No Uniforme (NURBS) y con ello obtener un modelado adecuado de la NURBS. Los elementos escogidos fueron los puntos de control. Las RNA utilizadas son las de Función de Base Radial y las de Kohonen o Mapas Auto-organizativos. Con base en el análisis de resultados (mas) y la caracterización de las RNA, la Función de Base Radial tuvo un desempeño más adecuado y óptimo para un número elevado de datos, lo cual es una desventaja de los Mapas Auto-organizativos. En este modelo se tiene que realizar procesos extras para determinar la neurona ganadora y realizar el reajuste de los pesos Resumen en inglés In the existing techniques of Artificial Intelligence, two Artificial Neural Networks (ANN) were selected and adapted to fit one of the elements that define a Non-Uniform Rational B-Spline (NURBS) and thus obtaining an appropriate modeling of the NURBS. The selected elements were the checkpoints. The ANN used were the Radial Basis Function and the Kohonen model or Self-Organizing Maps. Based on the analysis of the results and characterization of the ANN the Radial Basis F (mas) unction had a more appropriate and optimum performance for a large number of data, which is a disadvantage of the Self-Organizing Maps. In this model, additional processes must be done to determine the winning neuron and the weights must be refitted

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Tristetraprolina: Proteína reguladora del TNF-a de importancia patogénica en artritis reumatoide/ Tristhetraproline: TNF-a regulating protein, of pathogenic importance in rheumatoid arthritis

Cañas Dávila, Carlos Alberto; Iglesias Gamarra, Antonio
2006-09-01

Resumen en español La tristetraprolina (TTP) hace parte de una familia de proteínas del tipo dedo de zinc con secuencias repetidas CCCH, y consta de tres miembros conocidos en mamíferos, y un cuarto de reciente descubrimiento en ranas y peces. Aunque la TTP fue clonada hace más de 15 años, e identificada como un factor de transcripción, su verdadera función en la síntesis proteica va siendo dilucidada en los últimos años. Se sabe, por ejemplo, que la TTP se une a elementos ricos en (mas) AU (adenina-uridina) (AREs) del mRNAs que encoda el factor de necrosis tumoral a (TNF-a) y el factor estimulante de colonias de granulocitos/ macrófagos (GM-CSF). En ambos casos la unión produce desestabilización del mRNA y disminución de la producción de la proteína. Recientemente se tiene evidencia que la TTP puede acelerar la degradación del mRNA por remoción de su cola poliadenilada (deadenilación). En ratones con deficiencia de TTP se desarrolla un síndrome inflamatorio severo con artritis erosiva, autoinmunidad e hiperplasia mieloide. En pacientes con artritis reumatoidea (AR) hay una baja relación TTP/TNF-a indicando una falla en la producción de TTP en respuesta a la producción de TNF-a. Una inapropiada producción de TTP puede ser uno de los factores que contribuye al aumento en la actividad de la AR. El entendimiento de la regulación postranscripcional en la síntesis del TNF-a, es importante para el desarrollo de nuevas estrategias terapéuticas en AR y otras enfermedades en donde el TNF-a tenga importancia patogénica. Resumen en inglés he tristetraprolin (TTP) family of CCCH tandem zinc-finger proteins is composed of three known members in mammalians, with a fourth member recently identified in frogs and fish. Although TTP was first cloned more than 15 years ago as a transcriptional factor, it is only in the past few years that the physiological function for the protein has been discovered. TTP is now known to bind to the so-called class II AU-rich elements within the mRNAs that encode Tumour Necrosis F (mas) actor-a (TNF-a) and granulocyte/macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF). In both cases, this binding results in destabilization of the mRNA and decreased secretion of the protein. Recent evidence suggests that TTP can accomplish this accelerated mRNA degradation by first promoting removal of the polyadenylated tail from the mRNA (deadenylation). TTP deficient mice develop a deep inflammatory syndrome with erosive arthritis, autoimmunity and myeloid hyperplasia. In patients with rheumatoid arthritis a low TTP/TNF-a gene expression ratio could indicate failure to produce adequate amounts of TTP in response to increased TNF-a production. Inappropriate TTP production may be one factor that contributes to higher disease activity. Understanding the posttranscriptional regulation of TNF-a biosynthesis is important for the development of new treatment strategies in rheumatoid arthritis and other diseases which TNF-a has pathogenic importance.

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Transient expression of homologous hairpin RNA interferes with PVY transmission by aphids

Vargas, Marisol; Martínez-García, Belén; Díaz-Ruíz, José Ramón; Tenllado, Francisco
2008-03-19

Digital.CSIC (Spain)

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Three-dimensional model for the isolated recombinant influenza virus polymerase heterotrimer

Torreira, Eva; Schoehn, Guy; Fernández, Yolanda; Jorba, Núria; Ruigrok, Rob W. H.; Cusack, Stephen; Ortín, Juan; Llorca, Óscar
2007-05-21

Digital.CSIC (Spain)

43

The structure of a biologically active influenza virus ribonucleoprotein complex

Coloma, Rocío; Valpuesta, José M.; Arranz, Rocío; Carrascosa, José L.; Ortín, Juan; Martín-Benito, Jaime
2009-06-26

Digital.CSIC (Spain)

44

The sequence selectivity of KSRP explains its flexibility in the recognition of the RNA targets

Díaz-Moreno, Irene; García-Mayoral, María Flor; Hollingworth, David; Ramos, Andres
2008-08-06

Digital.CSIC (Spain)

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The host-dependent interaction of alpha-importins with influenza PB2 polymerase subunit is required for virus RNA replication

Resa-Infante, Patricia; Jorba, Núria; Zamarreño, Noelia; Fernández, Yolanda; Juárez, Silvia; Ortín, Juan
2008-12-10

Digital.CSIC (Spain)

48

The contribution of epistasis to the architecture of fitness in an RNA virus

Sanjuán, Rafael; Moya, Andrés; Elena, Santiago F.
2004-10-18

Digital.CSIC (Spain)

49

The Structure of the C-Terminal KH Domains of KSRP Reveals a Noncanonical Motif Important for mRNA Degradation

García-Mayoral, María Flor; Hollingworth, David; Masino, Laura; Díaz-Moreno, Irene; Kelly, Geoff; Chou, Chu-Fang; Chen, Ching-Yi; Ramos, Andres
2007-04-01

Digital.CSIC (Spain)

50

The Sinorhizobium meliloti RNA chaperone Hfq influences central carbon metabolism and the symbiotic interaction with alfalfa

Torres Quesada, Omar; Oruezabal, Roke I.; Peregrina, Alexandra; Jofré, Edgardo; Lloret, Javier; Rivilla, Rafael; Toro, Nicolás; Jiménez Zurdo, José I.
2010-03-06

Digital.CSIC (Spain)

53

T4 RNA ligase catalyzes the synthesis of dinucleoside polyphosphates

Atencia, Eva Ana; Madrid, Olga; Günther Sillero, María A.; Sillero, Antonio
1999-05-01

Digital.CSIC (Spain)

54

Suppression of viral infectivity through lethal defection

Grande-Pérez, Ana; Lázaro, Ester; Lowenstein, Pedro R.; Domingo, Esteban; Manrubia, Susanna C.
2005-03-14

Digital.CSIC (Spain)

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Structural organization of a viral IRES depends on the integrity of the GNRA motif

Fernández-Miragall, Olga; Martínez-Salas, Encarnación
2003-01-01

Digital.CSIC (Spain)

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Structural analysis of hepatitis C RNA genome using DNA microarrays

Martell, María; Briones, Carlos; Vicente, Aránzazu de; Pirón, María; Esteban, Juan I.; Guardia, Jaime; Gómez, Jordi
2004-06-24

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Strategies for introducing non-radioactive labels during the automated sequence analysis of nucleic acids.

Igloi, Gabor L
1998-04-01

Resumen en inglés Rapid, large-scale genome as well as diagnostic DNA sequencing projects are, at present, dependent on the use of sensitive automated sequencers that rely on the detection of fluorescent signals. This emission is not an intrinsic property of the biomolecules but is a property of an optical label that must be incorporated before, during or after the sequence specific reaction. The choice of strategy, that is to be reviewed here, is a function of both the chemistry and the e (mas) nzymology of the system as well as the nature of the fractionation and the physical parameters of the detection. One may differentiate beween the labelling of the primer, incorporation of the label during elongation or base specific termination with labelled terminators. In reviewing the development of each of these strategies, the conclusion is reached that, whereas labelled primers have universal applicability, the current generation of fluorescent terminators have in, conjunction with appropriate DNA polymerases, attained a refinement that strongly favours their use. However, since they are not available for all commercial sequencing systems, the alternative procedures are not merely of historic interest but are an essential component in DNA sequencing protocols. The possibility of automated direct sequence analysis of RNA has not been ignored completely

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Simple genomes, complex interactions: Epistasis in RNA virus

Elena, Santiago F.; Solé, Ricard V.; Sardayés, Josep
2010-01-01

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Silenciamiento de genes mediante RNA interferencia: Consideraciones sobre el mecanismo y diseño de los sistemas efectores

Correa de Adjounian, Maria Fernanda; Adjounian, Haroution; Adjounian, Sarkis Horacio
2008-06-01

Resumen en español La interferencia por RNA es una nueva poderosa herramienta molecular para silenciar genes a nivel post-transcripcional. Es utilizada para la búsqueda de las funciones asociadas a varios genes mediante, genómica reversa y como herramienta terapéutica para reducir o bloquear la expresión de genes alterados o sobre expresados, en terapia genética. La interferencia por RNA proporciona una estrategia fácil y rápida para degradar los RNA mensajeros mediante la introducci (mas) ón de un RNA pequeño de doble cadena homólogo (siRNA) al RNA mensajero celular de interés, removiéndolo de una manera secuencia específica. En este artículo de revisión se resumen el mecanismo básico propuesto para producir silenciamiento vía interferencia por RNA, algunos de los requisitos para producir los siRNA intracelulares capaces de producir silenciamiento, así como los posibles sistemas efectores para transferir éstos a las células o tejidos. La misma pretende ayudar a divulgar información sobre tópicos de Biología Molecular de actual interés médico. Resumen en inglés RNA interference (RNAi) is a powerful new molecular tool to dowregulate the gene expression at posttranscriptional level. It is being used in reverse genetic to found functions of several genes and as a therapeutic device to knockout or knockdown altered or over-expressed genes, in gene therapy. RNA interference now provides a fast and easy strategy to depleting mRNA by introducing double-stranded RNA homologous to a particular cellular mRNA, leading to its sequence speci (mas) fic removing. In this review we summarized the basic mechanism for RNAi, some of the structural requirements needed in the siRNA to be able to produce an efficient and specific silencing and some effectors systems used to deliver them inside the cells or tissue. This review is written to divulgate some topics in Molecular Biology of actual medical interest.

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Sequence variability within the tobacco retrotransposon Tnt1 population

Casacuberta, Josep M.; Vernhettes, Samantha; Grandbastien, Marie Angèle
1995-06-01

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Revisión de patogénesis y estrategias moleculares contra el virus del síndrome de la mancha blanca en camarones peneidos/ A review of pathogenesis and molecular strategies against white spot syndrome virus of penaeid shrimp

Bustillo-Ruiz, Martin I; Escobedo-Bonilla, César M; Sotelo-Mundo, Rogerio R
2009-04-01

Resumen en español RESUMEN El virus del síndrome de mancha blanca (WSSV) provoca graves mortandades en granjas de cultivo de camarones peneidos y serias pérdidas económicas. La secuencia y estructura genética excepcionales de WSSV lo colocan en su propia nueva familia, Nimaviridae. Recientemente, novedosas técnicas moleculares de alto rendimiento han permitido identificar y caracterizar varias proteínas estructurales de WSSV. Estas incluyen la secuenciación por `shotgun' y marcadores (mas) isobáricos para cuantificación absoluta y relativa (iTRAQ). Dichas técnicas han permitido caracterizar 14 nuevas proteínas de WSSV. La caracterización y localización de proteínas estructurales pueden ayudar a conocer la morfogénesis y patogénesis de WSSV. Ambos procesos son esenciales para entender el mecanismo de infección y para desarrollar nuevos métodos de control. Hasta ahora no existen tratamientos efectivos para combatir este virus en campo. Proteínas estructurales de WSSV como VP28 y VP19 han sido evaluadas para reducir el impacto de WSSV. Estas moléculas son esenciales en las etapas tempranas de infección. Bioensayos de neutralización usando anticuerpos específicos contra proteínas estructurales de WSSV han aumentado la supervivencia de camarones tratados. Recientemente, construcciones de RNA de interferencia (RNAi) dirigidos contra proteínas estructurales han sido usadas como una nueva herramienta para reducir/inhibir la replicación de WSSV. Una mejor comprensión de las interacciones hospedero-patógeno permitirá desarrollar nuevos métodos para controlar este virus. La localización y función de proteínas estructurales usando métodos de alto rendimiento contribuirá a implementar nuevas estrategias contra la infección. Métodos de intervención para bloquear la entrada del virus a la célula podrían ser valiosos productos de este tipo de investigaciones Resumen en inglés ABSTRACT White spot syndrome virus (WSSV) causes high mortality to farmed shrimp and serious economic losses. Its unique sequence and genome structure has placed WSSV in its own new family Nimaviridae. Recently, high performance molecular techniques have made it possible to identify and characterize several WSSV structural proteins. These include `shotgun' sequencing and isobaric tags for relative and absolute quantification (iTRAQ). Such techniques have made it possible (mas) to characterize 14 new WSSV proteins. Location and characterization of structural proteins can help to understand WSSV morphogenesis and pathogenesis. Both processes are essential to understand the mechanism of infection and to develop novel control methods. At present no effective treatments exist to fight WSSV in the field. WSSV structural proteins such as VP28 and VP19 have been evaluated to reduce the impact of WSSV. These molecules are essential early in the infection. Neutralization assays using specific antibodies against WSSV structural proteins have shown an increased survival of treated shrimp. Recently, RNA interference (RNAi) constructs directed against structural proteins have been used as a new tool to reduce/inhibit WSSV replication. A better comprehension of the host-pathogen interaction would allow the development of new methods to control WSSV. The use of high throughput techniques to determine the location and function of structural proteins will contribute to develop new strategies against infection. Intervention strategies aimed to block virus entry into the host cells may be a valuable output from these studies

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Resistencia a viroides inducida por ribozimas de cabeza de martillo y RNAs interferentes

Flores, Ricardo; Gago Zachert, Selma; Carbonell Olivares, Alberto-Tomás
2008-01-01

Digital.CSIC (Spain)

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RNase/Anti-RNase Activities of the Bacterial parD Toxin-Antitoxin System

Muñoz-Gómez, Ana J.; Lemonnier, Marc; Santos-Sierra, Sandra; Berzal-Herranz, Alfredo; Díaz-Orejas, Ramón
2005-05-01

Digital.CSIC (Spain)

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RNA nuclear export is blocked by poliovirus 2A protease and is concomitant with nucleoporin cleavage

Castelló, Alfredo; Izquierdo, José M.; Welnowska, Ewelina; Carrasco, Luis
2009-08-12

Digital.CSIC (Spain)

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RNA editing in plant mitochondria, cytoplasmic male sterility and plant breeding.

Araya, Alexandre; Zabaleta, Eduardo; Blanc, Valérie; Bégu, Dominique; Hernould, Michel; Mouras, Armand; Litvak, Simon
1998-04-01

Resumen en inglés RNA editing in plant mitochondria is a post-transcriptional process involving the partial change of C residues into U. These C to U changes lead to the synthesis of proteins with an amino acid sequence different to that predicted from the gene. Proteins produced from edited mRNAs are more similar to those from organisms where this process is absent. This biochemical process involves cytidine deamination. The cytoplasmic male sterility (CMS) phenotype generated by the inco (mas) mpatibility between the nuclear and the mitochondrial genomes is an important agronomical trait which prevents inbreeding and favors hybrid production. The hypothesis that RNA editing leads to functional proteins has been proposed. This hypothesis was tested by constructing transgenic plants expressing a mitochondrial protein translated from unedited mRNA. The transgenic "unedited" protein was addressed to the mitochondria leading to the appearance of mitochondrial dysfunction and generating the male sterile phenotype in transgenic tobacco plants. Male sterile plants were also obtained by expressing specifically a bacterial ribonuclease in the anthers. The economical benefits of artificially engineered male-sterile plants or carrying the (native) spontaneous CMS phenotype, implies the restoration to obtain fertile hybrids that will be used in agriculture. Restoration to fertility of transgenic plants was obtained either by crossing male-sterile plants carrying the "unedited" mRNA with plants carrying the same RNA, but in the antisense orientation or, in the case of plants expresing the ribonuclease, by crossing male-sterile plants with plants expressing an inhibitor specific of this enzyme

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RIBONUCLEASAS: [subtitle]SU POTENCIAL TERAPÉUTICO EN INFECCIONES VIRALES/ Ribonucleases: [subtitle]Theurapetical potential on Viral Infections

ÚSUGA, XIOMARA; RUGELES, MARÍA TERESA
2006-06-01

Resumen en español En la actualidad existe un gran interés por identificar proteínas o péptidos antimicrobianos que puedan ser herramientas terapéuticas que eviten el establecimiento o permitan el control de diferentes infecciones. Las ribonucleasas (RNasas), pertenecientes a la superfamilia Ribonucleasa A, son enzimas que participan en varios procesos fisiológicos, que van desde el procesamiento alternativo del RNA hasta la angiogénesis. Estas enzimas son expresadas por diferentes te (mas) jidos y exhiben especificidades variables contra diferentes sustratos de RNA. El potencial terapéutico de las RNasas se ha sugerido en procesos oncogénicos; adicionalmente, se ha descrito que tienen actividad antiviral directa y el potencial de activar células del sistema inmune innato induciendo su maduración y la producción de citoquinas proinflamatorias. Nuestro grupo de investigación ha realizado estudios que señalan la capacidad de cuatro RNasas recombinantes: EDN, 4EDN, RNasa A y angiogenina de inhibir la replicación del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 en linfocitos T de sangre periférica activados. En este artículo se revisará la clasificación de las ribonucleasas que constituyen la superfamilia RNasa A y se describirá, en forma detallada, lo que se conoce de la función biológica, acción antiviral y mecanismo de acción de las RNasas a las que se les ha reportado actividad antiviral. Resumen en inglés Currently, there is a great interest to identify proteins or antimicrobial peptides to be included in the therapeutic arsenal for preventing different infectious diseases. Ribonucleases (RNases) that belong to the Ribonuclease A superfamily participate in several physiologic processes, from alternative splicing of RNA to organogenesis. These enzymes are expressed by various tissues and exhibit variable specificities against different RNA substrates. The therapeutic potent (mas) ial of RNases has been suggested for oncogenic processes; in addition, direct antiviral activity and the potential to activate cells from the innate immune system, inducing their maturation and release of proinflammatory cytokines have been also associated with these enzymes. Our research team, have carried out studies that indicate the ability of four recombinant RNases: EDN, 4EDN, RNase A and angiogenin to inhibit HIV1 replication in activated peripheral blood T lymphocytes. In this article we review the classification of RNases that belong to the Ribonucleases A superfamily; we describe in detail what is known regarding the biologic function, inhibitory activity and mechanism of action of the RNases recognized by their antiviral activity.

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RELACIÓN DE LA EXPRESIÓN DE mARN DE LAS METALOPROTEINASAS 2 Y 9 Y EL INHIBIDOR TIMP-1 EN MOLA HIDATIDIFORME COMPLETA/ RELATIONSHIP BETWEEN METALLOPROTEINASES 2 AND 9 AND TIMP-1 INHIBITOR mRNA EXPRESSION IN HYDATIDIFORME MOLE/ RELAÇÃO DA EXPRESSÃO DE mRNA DAS METALOPROTEINASAS 2 E 9 E DO INHIBIDOR TIMP-1 NA MOLA HIDATIDIFORME COMPLETA

Pinzón, Martha L; Ortiz, Blanca L; Sánchez de Gómez, Myriam Y
2007-12-01

Resumen en portugués No início da gestação o fator de crescimento semelhante à insulina tipo II (IGF-II) é altamente expresso na placenta e poderia regular o comportamento invasivo das células trofoblásticas. Esta habilidade invasiva também depende da sua capacidade de produzir metaloproteinasas (MMP) e inibidores das mesmas (TIMP), expressão anormal da qual poderia contribuir em vários processos patológicos. Nas Doenças Trofoblásticas da Gestação (Gestational Trophoblastic Dis (mas) ease, ETG) estes fatores poderiam ser desregulados; deste modo a Mola Hidatidiforme Completa (MHC) produz coriocarcinoma que é um tumor invasivo e metastásico. O objetivo deste estudo era pesquisar a relação entre os níveis de mRNA do IGF-II, MMP-2, MMP-9 e TIMP-1, através da técnica de RT-PCR em tecidoos da MHC vs. placenta do primeiro semestre. Atividade das MMP foram avaliadas pelo ensaio de zimografia achando que em MHC aumenta; isto poderia relacionar o incremento do malignidade do trofoblasto com uma capacidade invasiva aumentada. A expressão mais alta do IGF-II nesta patologia pode também estar associada com atividade aumentada destas MMP. Uma relação aumentada da expressão do mRNA de MMP-9/TIMP-1 na MHC é sugerida como um preditor do incremento da malignidade do tecido trofoblástico . Resumen en español Durante el comienzo de la gestación el factor de crecimiento similar a la insulina tipo II (IGF-II) se expresa abundantemente en la placenta y podría regular el comportamiento invasivo de las células trofoblásticas. La habilidad invasiva dependerá también de la capacidad de secretar metaloproteinasas (MMPs), cuya expresión anormal contribuye a varios procesos patológicos. En la Enfermedad Trofoblástica Gestacional (ETG) estos factores podrían estar desregulados, (mas) así la mola hidatidiforme completa (MHC) conduce a la formación del coriocarcinoma, que es un tumor invasivo y metastásico. El objetivo de este estudio fue investigar la relación entre los niveles de mARN de IGF-II, MMP-2, MMP-9 y TIMP-1, por la técnica de RT-PCR, en tejidos de mola hidatidiforme vs. placentas de primer trimestre. La actividad de las MMPs se evaluó usando el ensayo de zimografía, encontrando que en MHC ésta se incrementa, lo cual podría relacionar la malignización del trofoblasto con el incremento en su capacidad invasiva. La expresión elevada de IGF-II en esta patología, también podría estar asociada con el incremento en la actividad de estas MMPs. Una mayor relación entre la expresión de mARNde MMP-9/TIMP-1 en la mola hidatidiforme completa se sugiere como predictor de malignización del tejido trofoblástico . Resumen en inglés At the beginning of gestation the Insulin Like Growth Factor II (IGF-II) is highly expressed in placenta and it could regulate the invasive behavior of trophoblastic cells. This invasive ability depends on its capability to secret metalloproteinases (MMPs) and tissue inhibitor of metalloproteinases (TIMPs), abnormal expression of which could contribute to several pathological processes.In the Gestational Trophoblastic Diseases (GTD) these factors could be unregulated, in (mas) this way complete hydatidiforme mole (CHM) produces the choriocarcinoma which is an invasive and metastasic tumor. The aim of this study was to investigate the relationship between IGF-II, MMP-2, MMP-9 and TIMP-1 mRNA levels by RT-PCR technique, in hydatidiform mole tissues vs. first normal trimester placentas. MMPs activity was evaluated using zimography assay finding that in CHM this is increased, which could relate trophoblast malignization with an increased invasive capability. The higher IGF-II mRNA expression in this pathology could, also, be associated with increased MMPs activity. A higher MMP-9/ TIMP-1 mRNA expression ratio in CHM is suggested as a predictor of trophoblastic tissue malignization .

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Quantification of canine cytokines using real time reverse transcriptase polymerase chain reaction/ Cuantificación de citocinas caninas mediante reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa reversa en tiempo real

Saldarriaga, Omar A.; Travi, Bruno L; Melby, Peter C
2006-10-01

Resumen en inglés Introduction.Canines are the principal domestic reservoirs of visceral leishmaniasis in both the Old and New World. The development of highly sensitive and quantitative methods, such as real time reverse transcriptase polymerase chain reaction for measurement of canine cytokines has not been exploited in studies of visceral leishmaniasis. Objective. To standardize the relative quantification of canine IFN-g, IL-4, IL-10, IL-12p40 and IL-12p35 using real time reverse trans (mas) criptase polymerase chain reaction. Materials and methods. RNA was isolated from PBMCs from 1 year-old foxhounds and cultured with or without Con A, LPS or Staphylococcus aureus extract. This RNA was used in one-step real time reverse transcriptase polymerase chain reaction to optimize the concentrations of the cytokine primers and probes, generate standard curves for each cytokine, confirm equivalent amplification efficiency of cytokine and normalizer (18S rRNA) RNA, and to quantify the expression of the cytokine RNA. The comparative Ct method was used to determine the relative levels of gene expression in the samples, expressed as the fold-increase relative to the control samples. Results. The regression coefficient for the standard curves and the amplification efficiencies of the cytokine and normalizer RNA indicated that the quantification was reliable over a broad concentration range of input RNA. Relative to control cells, activation of PBMCs led to increased expression of IFN-g (132-fold), IL-4 (8.8-fold), IL-10 (7.2-fold), and IL-12p40 (275-fold). Basal expression of IL-12p35 was also detected. Conclusion. This approach provides several advantages over conventional assays for cytokine measurement and can be exploited in the study of the immunopathogenesis and immunity in canine leishmaniasis.

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Primate-specific spliced PMCHL RNAs are non-protein coding in human and macaque tissues

Schmieder, Sandra; Darré-Toulemonde, Fleur; Arguel, Marie-Jeanne; Delerue-Audegond, Audrey; Christen, Richard; Nahon, Jean-Louis
2008-12-09

Digital.CSIC (Spain)

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Prevalencia de anticuerpos contra el virus de hepatitis C en unidades de diálisis de Cali-Colombia/ Prevalence of anti-HCV antibodies among patients on dialysis in Cali - Colombia

Ramírez, Roberto; Fernández, Julián; Guevara, Juan Guillermo; Valderrama, Luis Alfonso; León Castro, Adolfo; Arango Álvarez, Javier; Holguín R, Jaime
2010-03-01

Resumen en español Los pacientes con falla renal terminal en proceso de diálisis tienen un riesgo mayor de infección por el virus de la hepatitis C que la población general. El presente estudio se realizó con el objetivo de determinar la prevalencia actual de anticuerpos contra el virus de la hepatitis C en los pacientes que asisten a terapia dialítica en las unidades de diálisis de Cali. Se estudiaron 999 pacientes y se encontraron 29 (2,9%) con anti-HCV reactivo mediante la prueba d (mas) e Elisa de 3ª generación en estos pacientes; el RNA viral fue detectado por técnica de Real Time-PCR cualitativo-Amplicor Monitor 2.0 Roche Molecular Systems en 26 casos (89%). Conclusión: La prevalencia actual de anticuerpos contra el virus de la hepatitis C en las unidades de diálisis de Cali es muy baja (2,9%), y es comparable a lo reportado en países industrializados Resumen en inglés The prevalence of anti-HCV antibodies among patients on dialysis is consistently higher than in healthy populations, suggesting that dialysis patients may be at higher risk of acquiring HCV infection. The aim of our study was to determinate the prevalence of anti-HCV antibodies in patients whom attend to dialysis facilities in Cali, Colombia. 999 patients were tested using the third generation enzyme linked immunosorbent assay (ELISA-3), 29 patients were Anti-HCV positive (mas) (2,9% prevalence). All Anti-HCV positive patients were tested to detect the HCV- RNA using a real time-PCR qualitative test (Amplicor Monitor 2.0 Roche Molecular Systems), 26/29 patients were HCV-RNA positive (89%). Conclusions: The prevalence of anti-HCV antibodies in the dialysis facilities in Cali (2.9%) is very similar to the prevalence reported by industrialized countries.

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Presencia del virus del oeste del Nilo en el noreste de México/ Presence of west Nile virus in northeast Mexico

Fernández-Salas, Ildefonso; Garza-Rodríguez, María de Lourdes; Beaty, Barry J; Jiménez, Javier Ramos; Rivas-Estilla, Ana María
2007-07-01

Resumen en español OBJETIVO: Detectar la presencia del virus del oeste del Nilo (VON) en aves, equinos y seres humanos en el noreste de México. MATERIAL Y MÉTODOS: Se buscó en diferentes localidades del noreste de México la presencia de anticuerpos antivirus del oeste del Nilo (anti-VON) en suero de 33 aves, 24 caballos y 237 personas mediante pruebas de ELISA durante el periodo de julio de 2003 a julio de 2006. En los sueros humanos se buscó también el RNA-VON mediante RT-PCR. RESULT (mas) ADOS: Se encontraron tres aves seropositivas y 15 equinos. En el hombre, 40% de los sueros fue positivo para anticuerpos IgG y ninguno para anticuerpos IgM. CONCLUSIONES: El VON se encuentra activo en México y se suma a otras enfermedades emergentes transmitidas por vectores que representan un reto a la investigación y a los programas de prevención. Resumen en inglés OBJECTIVE: To investigate the presence of WNV in birds, horses and humans in northeast Mexico. MATERIAL AND METHODS: Serum samples from 33 birds, 24 horses and 237 humans were screened by ELISA for Anti-WNV antibodies. Human serum samples were also screened for WNV RNA using an RT-PCR assay. RESULTS: Positive sera were found in three birds and 15 horses. Forty percent of the human serum samples were positive for IgG antibodies and 0% for IgM antibodies and viral RNA. CONC (mas) LUSIONS: The results of this study show that WNV is present in northeast Mexico and it is a new emergent infectious agent that represents a challenge for research and prevention programs in Mexico.

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Presencia del virus del oeste del Nilo en el noreste de México/ Presence of west Nile virus in northeast Mexico

Fernández-Salas, Ildefonso; Garza-Rodríguez, María de Lourdes; Beaty, Barry J; Jiménez, Javier Ramos; Rivas-Estilla, Ana María
2007-06-01

Resumen en español OBJETIVO: Detectar la presencia del virus del oeste del Nilo (VON) en aves, equinos y seres humanos en el noreste de México. MATERIAL Y MÉTODOS: Se buscó en diferentes localidades del noreste de México la presencia de anticuerpos antivirus del oeste del Nilo (anti-VON) en suero de 33 aves, 24 caballos y 237 personas mediante pruebas de ELISA durante el periodo de julio de 2003 a julio de 2006. En los sueros humanos se buscó también el RNA-VON mediante RT-PCR. RESULT (mas) ADOS: Se encontraron tres aves seropositivas y 15 equinos. En el hombre, 40% de los sueros fue positivo para anticuerpos IgG y ninguno para anticuerpos IgM. CONCLUSIONES: El VON se encuentra activo en México y se suma a otras enfermedades emergentes transmitidas por vectores que representan un reto a la investigación y a los programas de prevención. Resumen en inglés OBJECTIVE: To investigate the presence of WNV in birds, horses and humans in northeast Mexico. MATERIAL AND METHODS: Serum samples from 33 birds, 24 horses and 237 humans were screened by ELISA for Anti-WNV antibodies. Human serum samples were also screened for WNV RNA using an RT-PCR assay. RESULTS: Positive sera were found in three birds and 15 horses. Forty percent of the human serum samples were positive for IgG antibodies and 0% for IgM antibodies and viral RNA. CONC (mas) LUSIONS: The results of this study show that WNV is present in northeast Mexico and it is a new emergent infectious agent that represents a challenge for research and prevention programs in Mexico.

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Preextinction viral RNA can interfere with infectivity

González-López, Claudia; Arias, Armando; Pariente, Nonia; Gómez-Mariano, Gema; Domingo, Esteban
2004-01-01

Digital.CSIC (Spain)

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Predicción del tipo de cambio peso-dólar utilizando Redes Neuronales Artificiales (rna)

Zapata Garrido, Luis Alberto; Díaz Mojica, Hugo Fabián
2008-06-01

Resumen en español El objetivo de este trabajo es realizar predicciones del tipo de cambio peso-dólar utilizando Redes Neuronales Artificiales (RNA´s), para lo cual la investigación se basó en determinar la relación existente entre los resultados obtenidos y los tipos de cambio vigentes en las fechas de estudio, determinar el tipo de red neuronal que más se adapta a la predicción de tipos de cambio y analizar el comportamiento de las variables de la RNA en el proceso de predicción d (mas) e los tipos de cambio. Para lograr esto, utilizando el software Easy-NN-plus, seleccionamos información de doce variables económicas de 2005 que sirvieron como entrada a un sistema de redes neuronales, en el que la salida era el tipo de cambio. Una vez realizado el entrenamiento de la red y establecidos los valores de las variables de entrada para el proceso de predicción, se obtuvieron los valores del tipo de cambio para el primer mes de 2006; de esta forma, se realizaron dieciocho pruebas, utilizando diferentes combinaciones de variables. Los resultados obtenidos muestran márgenes de error bajos entre las predicciones y los resultados reales. Resumen en inglés The objective of the present work is to realize predictions of the type of change peso-dollar being used Artificial Neuronal Networks (ANR´s), for which, the investigation was based to determine the existing relation between the obtained results and the effective types of change in the dates of study, to determine the type of neuronal network that adapts more to the prediction of types of change and to analyze the behavior of the variables of the ANR in the process of pr (mas) ediction of the types of change. In order to obtain this, using software Easy-N-extra, we selected information of twelve economic variables of the year 2005 that served as entrance to a system of neuronal networks, in that the exit was the type of change. Once realized the training of the network and established the values of the variables of entrance for the prediction process, the values of the type of change for the first month of year 2006 were obtained; of this form, eighteen tests were realized, using different combinations from variables. The obtained results show to low allowable errors between the predictions and the real results.

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Polynucleotide comprising sequences of wheat gliadins and use thereof for silencing by rnai

Barro Losada, Francisco; Pistón, Fernando; Gil Humanes, Javier; Martín Muñoz, Antonio Pedro
2010-08-12

Digital.CSIC (Spain)

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Polinucleótido que comprende secuencias de gliadinas de trigo y su uso para silenciamiento mediante RNAi.

Barro Losada, Francisco; Pistón, Fernando; Gil Humanes, Javier; Martín Muñoz, Antonio Pedro
2010-08-04

Digital.CSIC (Spain)

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Phenotypic effect of mutations in evolving populations of RNA molecules

Stich, Michael; Lázaro, Ester; Manrubia, Susanna C.
2010-02-17

Digital.CSIC (Spain)

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PRONOSTICANDO EL ÍNDICE ENSO VARIOS PASOS EN ADELANTE MEDIANTE TÉCNICAS DE MODELAMIENTO NO LINEAL/ FORECASTING ENSO SEVERAL STEPS AHEAD THROUGH NONLINEAR MODELING TECHNIQUES

Salini Calderón, Giovanni
2010-12-01

Resumen en español Se indica cómo manejar una gran base de datos consistente de series temporales no lineales, aplicando distintas técnicas de modelamiento no lineal a estas series. Aunque no existen guías explícitas de manipulación de series temporales no lineales en la profusa bibliografía actual, existen diferentes enfoques que pueden ser tomados en cuenta. Para ello se estudió una base de datos mensual correspondiente a datos del Fenómeno del Niño (ENSO), entre los años 1866 y (mas) 2006. Se explica cómo debe manipularse esta base de datos que poseen características de no linealidad, la cual será usada para hacer pronósticos varios pasos en adelante. Se aplicaron dos test estándar: Información Mutua Promedio (AMI) y Falsos Vecinos más Cercanos (FNN). Se obtuvo el espaciamiento óptimo de los datos, así como el número de datos hacia atrás necesarios para pronosticar valores hacia el futuro. Luego, se diseñaron varios modelos de redes neuronales artificiales (RNA), con diferentes reglas de aprendizajes, funciones de transferencia, elementos de procesamiento (o neuronas) en la capa escondida, etc., que permitieron hacer pronóstico de hasta 20 pasos en adelante. Las mejores redes correspondieron a aquellas que poseían como regla de aprendizaje la Regla Delta y la Regla Extendida, con función de transferencia sigmoide y tangente hiperbólica. El tipo de RNA usada fue una de multicapas alimentada hacia adelante y entrenada mediante la técnica de propagación hacia atrás. Se probaron redes con una, dos capas ocultas y sin ninguna capa. El mejor modelo que se obtuvo resultó ser uno consistente de una capa oculta Resumen en inglés We indicate how to handle a large database consisting of nonlinear time series, applying different nonlinear modelling techniques to this kind of times series. Nowadays in the current references there is no explicit guide of how to manipulate data from nonlinear time series; however, there are approaches that can be taken account. To this end we studied a monthly database corresponding to South Oscillation Index (SOI) and between the years 1886 to 2006. It explains how th (mas) ere must manipulated this database whose data possess nonlinear characteristic, which will be used to do forecasts several steps ahead. Two standard tests to this database were applied, the Average Mutual Information (AMI) and the False Nearest Neighbours (FNN). The optimal spacing of the information was obtained as well as the number of values backward necessary to predict values towards the future. Then, several models were designed of artificial neural nets (ANN), with different learning rules, function of transfer, elements of process (or neurons) in the hidden layer, etc., that allowed to do forecasting of up to 20 steps ahead. The best networks were those that possessed the rules of learning called extDBD and Delta-Rule, and sigmoid as well as hyperbolic tangent as function of transfer. The type of used network was one of feedforward multilayer perceptron and trained by means of backpropagation technique. Networks were proved by one, two hidden layers and without any hidden layer. The best model that was obtained it turned out to be one that consisted with an alone hidden layer

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Orientation of the central domains of KSRP and its implications for the interaction with the RNA targets

Díaz-Moreno, Irene; Hollingworth, David; Kelly, Geoff; Martin, Stephen; García-Mayoral, María Flor; Briata, Paola; Gherzi, Roberto; Ramos, Andres
2010-04-12

Digital.CSIC (Spain)

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Optimal viral strategies for bypassing RNA silencing

Rodrigo, Guillermo; Carrera, Javier; Jaramillo, Alfonso; Elena, Santiago F.
2010-06-23

Digital.CSIC (Spain)

92

Nucleic acid sequence comprising the RNA packaging signal of a group 1 coronavirus and the applications thereof

Enjuanes Sánchez, Luis; Escors Murugarren, David; Ortego Alonso, Francisco J.
2003-07-31

Digital.CSIC (Spain)

94

Nanoparticles comprising RNA ligands

Rademacher, Thomas W.; Gumma, Khalid; Martín Lomas, Manuel; Penades, Soledad; Ojeda, Rafael; Barrientes, África G.
2005-12-08

Digital.CSIC (Spain)

95

NMDA treatment stabilizes the mRNA encoding for α2 subunit of the NO-sensitive guanylyl cyclase by decreasing AUF1 protein level through a NO-cGMP-dependent mechanism

Torres, Magdalena; Jurado, Sandra; López, Elena; Reimunde, Francisco M.; Lamas, Santiago; Rodríguez-Pascual, Fernando
2005-06-16

Digital.CSIC (Spain)

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Microbial communities and immigration in volcanic environments of Canary Islands (Spain)

Portillo Guisado, María del Carmen; González Grau, Juan Miguel
2008-04-01

Digital.CSIC (Spain)

103

Method of interpfering with a virus infection in plants.

Tenllado, Francisco; Díaz Ruiz, José Ramón
2003-01-16

Digital.CSIC (Spain)

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Metabolically active microbial communities of yellow and grey colonizations on the walls of Altamira Cave, Spain

Portillo Guisado, María del Carmen; González Grau, Juan Miguel; Sáiz-Jiménez, Cesáreo
2007-10-10

Digital.CSIC (Spain)

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Metabolically active Crenarchaeota in Altamira Cave

Portillo Guisado, María del Carmen; González Grau, Juan Miguel; Sáiz-Jiménez, Cesáreo
2006-01-01

Digital.CSIC (Spain)

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Menores niveles tisulares de la enzima convertidora de angiotensina I homologa (ECA-2) y angiotensina-(1-9) están asociados a mayor remodelamiento de la pared aórtica de ratas hipertensas/ Lower tissue levels of homologous angiotensin I converting enzyme (ACE-2) and angiotensin 1-9 are associated to increased remodeling of the aortic wall of hypertensive rats

Ocaranza, María Paz; Moya, Jackeline; Pinto, Melissa; Escudero, Nicolás; Valenzuela, Francisco; Varas, Manuel; Godoy, Iván; Chiong, Mario; Lavandero, Sergio; Jalil, Jorge
2010-01-01

Resumen en español Antecedentes: Recientemente hemos propuesto en un modelo experimental de infarto al miocardio una significativa interregulación entre los niveles de la enzima convertidora de angiotensina I (ECA) y su homologa (ECA-2), junto con que angiotensina (Ang)-(1-9) más que Ang-(1-7) actuaría como un contrarregulador de Ang II. Sin embargo tal relación no se ha investigado en el remodelado aórtico hipertensivo. Objetivo: Determinar la expresion de ECA y ECA-2, los niveles de (mas) Angs I, II, (1-7) y (1-9) y los parámetros de remodelado de la pared aórtica de ratas hipertensas. Métodos: Ratas normotensas Lewis (n=18) fueron randomizadas a hipertension (HTA) por sobrecarga de presion (modelo Goldblatt, GB, 2 riñones-1 pinzado, n=9). Ratas pseudo-operadas se usaron como controles (S, n=9). A las 6 semanas post cirugía, se determinó la masa cardíaca relativa (MCR) y la presion arterial sistólica (PAS). En la aorta torácica se determinó el grosor de la túnica media (GTM), área de la TM (ATM), niveles de mRNA de ECA y ECA-2, factor de crecimiento transformante tipo ß (TGF-ß), inhibidor del activador de plasminógeno (PAI-1) y de la proteína quimioatractante de monocitos (MCP-1) por RT-PCR. La actividad y niveles proteicos de ECA y ECA-2 por fluorimetría y Western blot y los niveles de Angs I, II, (1-7) y (1-9) por HPLC y radioinmunoensayo. Resultados: La MCR y la PAS aumentaron significativamente (p), MCP-1 (53%,) junto con mayor actividad (89%,), niveles proteicos de ECA (130%,) y Ang II (48%,). Esos efectos se asociaron a una significativa disminución del mRNA, los niveles proteicos y actividad de ECA-2 (- 55%, -41%, y 54%, respectivamente) y a menores niveles aórticos (-25%,) de Ang- (1-9), sin diferencias en los niveles de ang-(1-7). Conclusion: Estos resultados fuertemente sugieren que en la hipertension arterial experimental, el remodelado de la pared aórtica está asociado a una interacción entre ECA y ECA-2 y los niveles de Ang II y Ang-(1-9), pero no de Ang-(1-7) Resumen en inglés Background: In experimental models of myocardial infarction we have recently proposed a significant inter-regulation between levels of Angiotensin I converting enzyme (ACE) and its homologous, ACE-2; in addition, we have proposed that Angiotensin 1-9 (Ang-(1-9)) rather than Ang-(1-7) counter regulates Ang II. These relations have not been investigated in hypertensive aortic wall remodeling. Aim: To measure de expression of ACE and ACE-2, the aortic wall levels of Ang I, A (mas) ng II, Ang-(1-7) and Ang-(1-9), along with parameters of aortic wall remodeling in hypertensive rats. Methods: 18 Lewis rats were randomized to Goldblatt (2 kidneys, 1 clamped) induced hypertension (n=9) or sham operation (controls, n=9). Six weeks after surgery, relative cardiac mass (RCM), systolic blood pressure (SBP), medial layer aortic wall thickness (MLT) and ML área (MLA) were measured. The aortic wall levels of ACE and ACE-2, tissue growth factor ß(TGF- ß), plasminogen activator inhibitor (PAI-1) and monocyte chemoattractant protein (MCP-1) were determined by RT-PCR. Activity and protein levels of ACE and ACE-2 were measured by fluorometry and Western Blot and ANG I, Ang II, Ang-(1-7) and Ang-(1-9) levels were determined using HPLC and radioimmunoassay. Results: RCM and SBP increased significantly in hypertensive as opossed to sham operated rats. Hypertensive rats had a significant (p

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Localization of coat protein and nucleic acid of Plum Pox Virus in Prunus Petiole and stem tissues

Rubio, Manuel; Gosálves, B.; Hernández, José Antonio; Dicenta, Federico; Martínez-Gómez, Pedro; Sánchez-Navarro, J. A.; Pallás Benet, Vicente
2004-01-01

Digital.CSIC (Spain)

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Leucoencefalopatía multifocal progresiva en pacientes con sida: Hepatotoxicidad de la terapia de alta eficacia (TARGA) en pacientes con coinfección por VHB o VHC/ Progressive multifocal leucoencephlopathy in AIDS patients: Hepatotoxicity of HAART in patients with hepatitis B or C

Blanco Barrios, A.; Zancada Díaz de Entre-Sotos, F.; Gutiérrez Vivas, A.; Calderón Mariño, N.
2005-08-01

Resumen en español La leucoencefalopatía multifocal progresiva (LMP) es un criterio diagnóstico de sida. Afecta al 1-8% de los pacientes con sida (según las series), con supervivencias de 4-6 meses antes de las terapias antirretrovirales de gran actividad (TARGA). Se observa sobre todo en pacientes usuarios a drogas por vía parenteral, con inmunodeficiencia avanzada (Carga vírica: log 5 copias/ ml y CD4 (mas) upervivencias más prolongadas. Las hepatitis víricas no son el único problema que se ha visto en pacientes con infección por VIH. Infecciones oportunistas y neoplasias, tales como el linfoma y sarcoma de Kaposi y problemas biliares han sido observados, si bien estos no son muy frecuentes, gracias a los nuevos tratamientos antirretrovirales. Sin embargo en pacientes con Hepatitis B o C el tratamiento antirretroviral puede causar mayor hepatotoxicidad. Resumen en inglés Progressive multifocal leukoencephalopathy (PML) develops in 1-8% of patients with AIDS, for which it is a disease-defining condition. PML presents mainly in severely immunocompromised male intravenous drug users, having viral loads greater than log5 RNA copies/mL and CD4 populations lower than 150 cells/mm3. Death of AIDS patients with PML occurred after only 4 to 6 months before the introduction of highly active antiretroviral therapies (HAART), the only ones that have (mas) shown to prolong survival. Viral hepatitis is not the only liver condition affecting patients with AIDS, opportunistic infections and neoplasms, such as lymphoma and Kaposi´s sarcoma, as well as biliary disease are also encountered but, fortunately, they are currently less frequent as a result of the new antiretroviral treatments. The risks of HAART hepatotoxicity in patients with hepatitis B or C have been studied by several groups.

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La melatonina reduce la respuesta de cortisol al ACTH en humanos/ Melatonin reduces cortisol response to ACTH in humans

Campino, Carmen; Valenzuela, Francisco; Arteaga, Eugenio; Torres-Farfán, Claudia; Trucco, Cristián; Velasco, Alfredo; Guzmán, Sergio; Serón-Ferré, María
2008-11-01

Resumen en inglés Background: Melatonin receptors are widely distributed in human tissues but they have not been reported in human adrenal gland. Aim: To assess if the human adrenal gland expresses melatonin receptors and if melatonin affeets cortisol response to ACTH in dexamethasone suppressed volunteers. Material and methods: Adrenal glands were obtained from 4 patients undergoing unilateral nephrectomy-adrenalectomy for renal cáncer. Expression of mRNA MT1 and MT2 melatonin receptors (mas) was measured by Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). The effect of melatonin on the response to intravenous (i.v.) ACTH was tested (randomized cross-over, double-blind, placebo-controlled tríal) in eight young healthy males pretreated with dexamethasone (1 mg) at 23:00 h. On the next day at 08:00 h, an i.v. Une was inserted, at 08:30 h, and after a blood sample, subjeets ingested 6 mg melatonin or placebo. At 09:00 h, 1-24 ACTH (Cortrosyn, 1µg/1.73 m² body surface área) was injected, drawing samples at 0, 15, 30, 45 and 60 minutes after. Melatonin, cortisol, cortisone, progesterone, aldosterone, DHEA-S, testosterone and prolactin were measured by immunoassay. Results: The four adrenal glands expressed only MT1 receptor mRNA. Melatonin ingestión reduced the cortisol response to ACTH from 14.6+1.45µg/dl at 60 min in the placebo group to 10.8+1.2µg/dl in the melatonin group (p

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La cuantificación de los sitios activos en las bases de DNA y RNA utilizando las funciones Fukui condensadas

Virginia Popa, M
2007-08-01

Resumen en español En este trabajo se calculan el momento dipolar, las funciones Fukui (FF), tomando en cuenta las cargas de Mulliken y las energías HOMO y LUMO para determinar los sitios activos de las bases de DNA y RNA (adenina, citosina, timina, guanina y uracilo) en fase gaseosa y en presencia del solvente. Se optimizaron las moléculas de DNA y RNA con los niveles de teoría AM1 en fase gas, HF/6-31G, LSDA/6-31++G, B3LYP/LANL2DZ, PBE/6-31++G y para uracilo se ha utilizado MP2/6-31++G (mas) , en fase gaseosa y en presencia de solvente ( =78.39) empleando el modelo de continuo polarizable de Tomasi (PCM). El momento dipolar grande inducido en las moléculas es dado por la presencia del solvente y es mayor cuando se introduce la correlación electrónica con PBE (Perdew-Burke-Ernzernhof) y el funcional local LSDA. Los primeros cuatro sitios activos encontrados indistintamente de los niveles de teoría utilizados coinciden con los datos experimentales presentes en la literatura. La diferencia HOMO-LUMO es muy pequeña cuando se utiliza DFT comparado con los métodos AM1, HF/6-31G y MP2/6-31++G. Si se conocen las energías de los orbitales frontera se pueden comparar sus energías con las de otros reactantes para determinar si es posible la existencia de un enlace o no y que tipo de enlace es. Resumen en inglés In this paper the dipolar moment, the Fukui functions by considering the Mulliken charges and the energies of HOMO (Highest Occupied Molecular Orbital) and LUMO (Lowest Unoccupied Molecular Orbital) are computed in order to determine the most active centers of DNA and RNA (adenine, guanine, cytosine, timine and uracile), being them in gas phase and the solvent. The DNA and RNA molecules are optimized by using the theory levels AM1 in gas phase, HF/6-31G, LSDA/6-31++G, B3L (mas) YP/LANL2DZ, PBE/6-31++G and, for uracil MP2/6-31++G has also been used, in gas phase and the solvent phase ( = 78.39) with the Tomasi model of continued polarizable. The larger dipole moment induced on the molecule is due to the presence of the solvent and become even large when the electronic correlation is introduced with the PBE (Perdew-Burke-Ernzernhof) and the local functional LSDA (Local Spin Density Approximation). The first four active sites found indiscriminately of the theory level employed coincide with the experimental data already reported in the literature. The HOMO-LUMO (gap) is small when the DFT (Density Function Theory) is used along with LSDA/6-31++G, comparing this value with the rest levels of theory. If the energies of the frontier orbital are known, then such energy levels can be compared to those of the reactants, making it possible to determine whether a bound exists or not, and if so what type of bound it is.

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Isolation of polysome-bound mRNA from solid tissues amenable for RT-PCR and profiling experiments

Müllner, Ernst W.; Prete, M. Julieta Del; Vernal, Rolando; Dolznig, Helmut; García-Sanz, José A.
2007-03-01

Digital.CSIC (Spain)

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Infectious clones.

Enjuanes Sánchez, Luis
2001-06-07

Digital.CSIC (Spain)

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Infectious Bursal Disease Virus: Ribonucleoprotein Complexes of a Double-Stranded RNA Virus

Luque Buzo, Daniel; Saugar, Irene; Rejas, María Teresa; Carrascosa, José L.; Rodríguez Aguirre, José F.; Castón, José R.
2009-02-27

Digital.CSIC (Spain)

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Infección crónica por el VHC/ Chronic Hepatitis C virus infection

Iñarrairaegui, M.; Elizalde, I.; Martínez Echeverría, A.; Zozaya, J. M.; Beloqui, R.; Martínez-Peñuela, J. M.
2004-01-01

Resumen en español Tras la infección aguda por el virus de la hepatitis C (VHC), un porcentaje importante de pacientes no aclara el virus y desarrollan una hepatitis crónica C. Los síntomas, cuando existen, suelen ser inespecíficos. Aproximadamente un tercio de los pacientes presentan además manifestaciones extrahepáticas de la infección, debidas fundamentalmente al linfotropismo del virus C. De éstas destacan, por su clara asociación con el VHC, la crioglobulinemia mixta y la prod (mas) ucción de autoanticuerpos (autoAc). Otras enfermedades como el linfoma no Hodgkin (LNH) o la tiroiditis autoinmune no tienen una asociación claramente establecida. Aunque la mayoría de los pacientes con hepatitis crónica C tienen niveles ligeros o moderadamente elevados y fluctuantes de transaminasas, hasta un tercio de los infectados pueden presentar niveles persistentemente normales de transaminasas. El diagnóstico de la infección crónica por el VHC se basa en pruebas serológicas, que detectan la presencia de anticuerpos frente al VHC, y en pruebas virológicas que detectan RNA del VHC, que confirman la existencia de infección activa. Por último, un aspecto importante en la infección crónica por el VHC, tras el diagnóstico, es establecer el estadio de fibrosis y el grado de inflamación, ya que ambas características son muy importantes para predecir la evolución natural y la necesidad de tratamiento. Hoy en día esta información sólo puede obtenerse mediante biopsia hepática, que está indicada en pacientes con infección crónica por el VHC y transaminasas elevadas. Su indicación en pacientes con transaminasas normales permanece todavía controvertida. Resumen en inglés Following acute hepatitis C virus infection (HCV), a significant percentage of patients do not clear the virus and develop a chronic hepatitis C. The symptoms, when they exist, are usually unspecific. Besides, approximately one third of the patients present extrahepatic manifestations of the infection, basically due to the lymphotropism of HCV. Outstanding amongst these, due to their clear association with HCV, are mixed cryoglobulinaemia and the production of autoantibod (mas) ies (autoAb). Other diseases such as non-Hodgkin lynphoma (NHL) or autoimmune thyroiditis do not have a clearly established association. Although the majority of patients with chronic hepatitis C have slight or moderately high levels and fluctuations of transaminases, as many as one third of those infected can show persistently normal levels of transaminases. The diagnosis of chronic HCV infection is based on serological tests, which detect the presence of antibodies against HCV, and on virological tests that detect RNA of the HCV, which confirm the existence of active infection. Finally, an important topic of chronic HCV infection, following diagnosis, is to ascertain the stage of fibrosis and the degree of inflammation, since both characteristics are very important for predicting the natural evolution and the need for treatment. Nowadays, this information can only be obtained through liver biopsy, which is recommended in patients with chronic HCV infection and high transaminases. Whether liver biopsy should be performed in patients with normal transaminases is still subject of controversy.

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Infección aguda por el VHC/ Acute hepatitis C virus infection

Martínez Echeverría, A.; Rodríguez Gutiérrez, C.; Elizalde, I.; Zozaya, J. M.
2004-01-01

Resumen en español La infección aguda por el virus C de la hepatitis produce un cuadro clínico y bioquímico no específico e indistinguible de los causados por otros virus hepatotropos. El diagnóstico específico de la hepatitis aguda por virus C se basa en la detección en sangre del RNA-VHC mediante una técnica de reacción en cadena de la polimerasa cuyo resultado será positivo a partir de 1-2 semanas tras el contacto inicial con el virus. Los anticuerpos frente al VHC se detectan (mas) más tardíamente (a las 7-8 semanas por término medio) no siendo útiles, como determinación aislada, para distinguir infección aguda de infección crónica o aclaramiento del virus (espontáneo o tras tratamiento). El 55-85% de los pacientes con infección aguda por el VHC no aclaran el virus y desarrollan una infección crónica con riesgo de evolución a cirrosis y de desarrollo de hepatocarcinoma. Por ello, la tendencia actual es tratar con interferón a todos aquellos pacientes en los que el RNA-VHC se mantenga positivo más allá de 3-4 meses tras el diagnóstico de la infección aguda. Resumen en inglés Acute hepatitis C virus infection produces clinical and biochemical features that is non-specific and indistinguishable from those caused by other hepatotropic viruses. The specific diagnosis of acute hepatitis C virus infection is based on the detection of serum RNA-HCV through a technique of PCR whose result will be positive after 1-2 weeks of the initial contact with the virus. The anti-bodies against HCV are detected later (after 7-8 weeks on average), and are not use (mas) ful, as an isolated determination, in distinguishing acute infection from chronic infection or in clearing the virus (spontaneous or following treatment). Fifty-five to eighty-five percent of patients with acute HCV infection do not clear the virus and develop a chronic infection with risk of evolution to cirrhosis and of developing hepatocellular carcinoma. For this reason, the present tendency is to treat with interferon all those patients in whom RNA-HCV remains positive after 3-4 months following diagnosis of acute infection.

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Importancia de las proteínas G heterotriméricas en la biología molecular del cáncer de próstata/ Importance of heterotrimeric G proteins in prostate cancer molecular biology

Prieto Villapun, J.C.; Solano Haro, R.M.; Carmena Sierra, M.J.; Sánchez-Chapado, M.
2005-12-01

Resumen en español Objetivo: Profundizar en el conocimiento de la implicación de las subunidades αs y αi de las proteínas G heterotriméricas en el cáncer prostático humano. Métodos: Tejido prostático de 9 pacientes sometidos a prostatectomía radical por cáncer prostático y 5 controles sometidos a cistoprostatectomía por carcinoma de vejiga. Se analizó la expresión de subunidades αs y αi (mRNA por RT-PCR y proteína por Western-blot), funcionalidad (actividad (mas) adenilil ciclasa, AC) y posibilidad de mutaciones (análisis de restricción enzimática y secuenciación del cDNA). Resultados: A nivel de mRNA, se detectó la expresión de subunidades αs, αi1, αi2 y αi3 en tejidos sanos y cancerosos. A nivel de proteína, la expresión de subunidades αs y αi1,2 disminuyó (25% y 40%, respectivamente) en cáncer de próstata. También disminuyó la expresión de αi3,0, mientras que la de ß no se modificó. La actividad basal AC en membranas de adenocarcinoma fue 40% inferior al control. La digestión con enzimas de restricción Eag I o AlwN I no permitió localizar mutaciones en αs. Sin embargo, la digestión a nivel de αi2 con BstU I sirvió para observar en tejido canceroso un cambio de Gln205 (triplete CAG) a Pro (CCG). Conclusiones: La funcionalidad y expresión de las subunidades de las proteínas G heterotriméricas están modificadas selectivamente en el adenocarcinoma prostático humano, concurriendo además alguna mutación puntual. La sustitución observada de Glu205 por Pro puede conllevar que la proteína αi2 resultante tenga muy baja actividad GTPasa y, por tanto, se encuentre estabilizada en su forma activa. Resumen en inglés Objective: To deep in the knowledge of the involvement of G-protein αs and αi subunits in human prostate cancer. Methods: Prostate tissue from 9 patients undergoing radical prostatectomy for prostate cancer and 5 controls undergoing cystoprostatectomy for bladder carcinoma. G-protein αs and αi subunits were studied for expression (mRNA by RT-PCR and protein by Western-blot), functionality (adenylyl cyclase activity, AC) and possibility of mutations (an (mas) alysis with restriction enzymes and cDNA sequentiation). Results: At mRNA level, the expression of αs, αi1, αi2 y αi3 was detected in healthy and cancerous tissues. At protein level, the expression of αs y αi1,2 diminished (25% and 40%, respectively) in prostate cancer. The expression of αi3/0 also diminished, whereas that of ί subunit was not modified. Basal AC activity in adenocarcinoma membranes was 40% inferior to the control. Digestion with restriction enzymes Eag I or AlwN I did not allow to locate mutations in αs. However, digestion at αi2 level with BstU I enzyme served to observe a change of Gln205 (CAG triplet) to Pro (CCG). Conclusions: The functionality and expression of heterotrimeric G proteins are selectively modified in human prostate adenocarcinoma, occurring in addition some punctual mutation. The observed substitution of Gln205 by Pro may result in a low GTPase activity for αi2 that, therefore, is stabilized in its active form.

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Impacto del tipo de resección (anatómico y no anatómico) en los resultados de la cirugía hepática para el tratamiento de las metástasis colorectales/ Surgery of liver metastases, anatomical vs non anatomical resections

JARUFE C, NICOLÁS
2009-04-01

Resumen en español Introducción: La cirugía resectiva de metástasis hepáticas ha demostrado aumentar la sobrevida especialmente en pacientes con metástasis de origen colorectal. Si deben hacerse resecciones locales o anatómicas está todavía en discusión. El objetivo de este trabajo es analizar y comparar las resecciones hepáticas anatómicas (RA) y las no-anatómicas (RNA) en el tratamiento de las metástasis hepáticas de origen colorrectal. Material y Método: Revisión retrospe (mas) ctiva de todos los pacientes operados por metástasis hepáticas colorectales desde el año 2000 al 2007. Se consideraron RA a todas aquellas realizadas según los principios de Couinaud y que incluyeran uno a más segmentos hepáticos. Las resecciones sub-segmentarias o locales se denominaron RNA. Resultados: De un total de 164 resecciones el 34.7% (57) son por metástasis colorectales. En 61% fueron RA, 23% RNA y 16% combinadas. Hubo un 28% de resecciones sincrónicas con el tumor primario. Un 19% corresponden a resecciones extendidas (5 ó más segmentos). La morbilidad global fue de 35% y mortalidad de 0%. Al comparar las distintas variables, el tiempo operatorio, el volumen de sangrado, la prolongación del tiempo de protrombina y la estadía en UCI, fueron significativamente mayores en las RA respecto a las RNA. Por otra parte, hubo mayor cantidad de cirugías RO en RA (p Resumen en inglés Introduction: Surgery of liver metastases has clear benefit in increases survival of patients with colorectal cáncer. If resection must be done on anatomical basis or only wedge resection is still in discussion. The objective of this work is to analyze and to compare the anatomical liver resections (RA) ver sus the not-anatomical ones (RNA) in the treatment of liver metastases from colorectal cancer. Material and Method: Retrospective revisión of all patients operated b (mas) y colorectal liver metastases from year 2000 to the 2007. RA was considered according to the principies of Couinaud and that included one or more liver segments. The sub-segmental or wedge resections were denominated RNA. Results: Of a total of 164 resections 34, 7% (57) were by colorectal metastases. 61% were RA, 23% RNA and 16% combined. There was 19% of extended resection (5 or more segments). The global morbidity was 35% and mortality of 0%. When comparing the different variables, the operating time, blood transfusions, prolongation of the prothrombin time and UCI stay, were significantly greater in the RA with respect to the RNA. On the other hand, there was greater amount of R0 surgeries in RA (p

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Identificación de especies en productos de origen animal mediante pcr/ PCR-Species-Identification in Animal Products

Aranguren-Méndez, José; Portillo, María; Ruiz, Jorge; Villasmil-Ontiveros, Yenen; Yáñez, Luis; Borjas, Lisbeth; Zabala, William
2009-04-01

Resumen en español La identificación de la especie en productos de origen animal (carne, leche o sus derivados) se hace necesaria y de exigencia por los consumidores modernos, entre otras razones: i) para evitar fraude económico, ya sea por sustitución o adulteración del mismo, ii) por motivos de salud humana, tales como alergias alimentarías, iii) por implicaciones culturales; de allí que se debe contar con herramientas analíticas y sensibles para dicha identificación tales como el (mas) análisis de fragmentos de ADN en especial de origen mitocondrial (gen 12S ARNr) dada su particularidad de ser especifica de especies. A tal fin se estableció una metodología de identificación mediante la amplificación de fragmentos específicos de ADN mitocondrial (ADNm) a partir de muestras biológicas de las principales especies animales implicadas en la producción de carnes o alimentos (bovina, porcina, ovina, caprina, equina, asnos, felina y canina), específicamente de una fracción parcial del gen 12s ARNr de una región conservada usando unos cebadores comunes para dichas especies, un “reverse” especifico de especie y análisis posterior mediante geles de agarosa al 1,5% y amplificación de fragmentos que oscilaron entre 150 y 364 pb. Los resultados indican que se puede identificar la especie a la que pertenece la muestra analizada en el 100% de los casos, ofreciendo una herramienta especifica para determinar la especie en alimentos de origen animal. Resumen en inglés Nowadays identification of animal-origin products (meat, milk and dairy products) is of paramount importance to costumers and specially as for species identification for a number of reasons: i) to avoid economic fraud for substitution or alteration of the product ; ii) to avoid health issues such as food allergies; iii) for culturals reasons. There for the value of analytic and sensitive identification tools such as DNA fragments analysis, especially those of mitochondria (mas) l origin (12S rRNA gene) because of its species-specific character. An identification methodology through amplification of a species-conserved region of 12S rRNA gene (forward primer) and of a species-specific region of the same gene (reverse primer). Template DNA was extracted from biological samples of bovine, swine, ovine, caprine, equine and canine origin. After 1.5% agarose gel electrophoresis, fragments ranging from 150 to 364 bp were observed. Results show that species could be easily identified through PCR in all cases and that this methodology could be a specific tool for determining the origin of animal products.

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IDENTIFICACION DEL CILINDRO NUDOSO EN IMÁGENES TC DE TROZAS PODADAS DE PINUS RADIATA UTILIZANDO REDES NEURONALES ARTIFICIALES/ IDENTIFICATION OF KNOTTY CORE IN PINUS RADIATA LOGS FROM COMPUTED TOMOGRAPHY IMAGES USING ARTIFICIAL NEURAL NETWORK

Rojas Espinoza, Gerson; Ortiz Irribarren, Oscar
2010-01-01

Resumen en español La factibilidad de identificar el cilindro nudoso en imágenes de tomografía computarizada de rayos X (TC) de trozas podadas de pino radiata (Pinus radiata D. Don), fue evaluada utilizando un método de clasificación supervisada basado en Redes Neuronales Artificiales (RNA). El proceso de clasificación consideró también la identificación de la zona libre de defectos y nudos. Treinta trozas podadas de pino radiata fueron escaneadas en un escáner médico multi-slice (mas) de rayos X, donde las imágenes TC resultantes fueron obtenidas cada 5 mm. Un total de 270 imágenes TC fueron clasificadas utilizando la técnica Redes Neuronal Artificial y los mapas temáticos resultantes, fueron filtrados con un filtro de mediana de 7 x 7. La precisión del proceso de clasificación de las imágenes TC fue obtenida a partir de una matriz de confusión y el estadístico Kappa. Los resultados indicaron que el cilindro nudoso puede ser identificado y separado con una precisión de 92.7%, mientras que para la precisión global se obtuvo un valor de 85.0%. Tras filtrar los mapas temáticos, los valores de precisión aumentaron a 96.3% y 92.3% para el cilindro nudoso y la precisión global, respectivamente. Los valores Kappa fueron de 0.607 y 0.764 para los mapas temáticos y mapas temáticos filtrados, respectivamente. Estos valores indicaron que existe un fuerte grado de conformidad entre los datos de referencia y el proceso de clasificación. Los resultados sugieren que es factible aplicar RNA como procedimiento de clasificación para identificar el cilindro nudoso en imágenes TC de trozas podadas de pino radiata Resumen en inglés The feasibility of identifying Knotty core in images of X-ray computed tomography (CT) of pruned radiata pine logs (Pinus radiata D. Don), was evaluated using a supervised classification method based on artificial neural networks (ANN). The classification process also considers the identification of the clear wood and knots. Thirty pruned radiata pine logs were scanned in a multi-slice scanner medical X-ray, where the resulting CT images were obtained every 5 mm. A total (mas) of 270 CT images were classified using the ANN, and the resulting thematic maps were filtered with a median filter of 7 x 7. The accuracy of the classification process of the CT images was obtained from a confusion matrix and Kappa statistics. The results indicated that the Knotty core can be identified and separated with an accuracy of 92.7%, while for the overall accuracy was obtained a value of 85.0%. After filtering thematic maps, the precision values increased to 96.3% and 92.3% for the defective core and overall accuracy, respectively. Kappa values were 0.607 and 0.764 for thematic maps and thematic maps filtered, respectively. These values indicate that there is a strong degree of agreement between reference data and classification process. The results suggest that it is feasible to apply artificial neural networks as classification procedure to identify the Knotty core in CT images of pruned radiata pine logs

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Hepatitis C aguda: Acute hepatitis C

Carvajal, John Jaime; Restrepo, Juan Carlos; Correa, Gonzalo
2008-03-01

Resumen en español La hepatitis C aguda es una enfermedad generalmente subclínica, de ahí que no se incluya en el diagnóstico diferencial de los pacientes con un cuadro agudo. Además diagnosticarla presenta dificultades ya que los anticuerpos contra el virus tardan en aparecer, pudiendo ser negativos cuando el paciente manifiesta los síntomas; en este punto la enfermedad podría diagnosticarse con el RNA viral, pero éste no es fácil que sea solicitado inicialmente. Se presenta un pac (mas) iente que ingresó por una hepatitis aguda en el que se descartaron causas virales como hepatitis A-B, Ebstein Barr, Citomegalovirus (CMV) hepatitis autoinmune, hepatotoxicidad y enfermedad hipoxicoisquémica, que explicaran la sintomatología y los hallazgos bioquímicos del paciente, en quien se demostró seroconversión contra el virus de la hepatitis C asociado a una carga viral elevada. Todo lo anterior es consistente con un diagnóstico de hepatitis C aguda. Se describe el manejo del paciente y las características de la enfermedad. Resumen en inglés Acute hepatitis C is usually a sub-clinical disease, thus it is not included in the differential diagnosis of patients with acute disease. Making the diagnosis is also difficult because the virus antibodies appear at later stages and many even be negative even if the patient has symptoms; at this point the diagnosis of the disease could be made with the viral RNA, but it is not easy to ask for it initially. A patient is admitted because of acute hepatitis where viral caus (mas) es such as hepatitis A-B, Epstein Barr, Cytomegalovirus (CMV), auto-immune hepatitis, hepatoxitiy and hypoxic-isquemic disease, that would explain the symptoms and bio-chemical findings were discarded. The patient’s seroconversion against Hepatitis C virus associated to a high viral load was demonstrated. All this is consistent with an acute Hepatitis C diagnosis. Patient’s management and disease characteristics are described. (Acta Med Colomb 2008; 33: 28-32).

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Grandes alcances de los RNAs pequeños RNA de interferencia y microRNA/ Great potential of small RNas: RNA interference and microRNA

Vázquez-Ortiz, Guelaguetza; Piña-Sánchez, Patricia; Salcedo, Mauricio
2006-08-01

Resumen en español El RNA de doble cadena puede inducir un silenciamiento secuencia-específico en eucarionte. Este proceso de silenciamiento se inicia cuando el RNAdc largo es procesado a RNA pequeño de 21 a 26 nucleótidos mediante la enzima RNAsa III Dicer. Estos RNA pequeños se incorporan a complejos efectores de silenciamiento, que son guiados a secuencias complementarias blanco. Existen diferentes tipos de silenciamiento, cuyas diferencias se basan principalmente en la naturaleza de (mas) la secuencia blanco y en la composición proteica de los complejos efectores. La ruta del RNA de interferencia (RNAi) se inicia cuando Dicer genera pequeños RNA de interferencia (siRNA) que se unen por complementariedad al mRNA para su degradación, utilizando el complejo RISC. De manera natural, los siRNA se originan de transposones y virus que producen RNAdc durante su replicación, así como también de otras secuencias repetidas transcritas bidireccionalmente. Algunas de las enzimas que conforman la maquinaria del RNAi como Dicer, entre otras, son codificadas por familias multigénicas en varias especies y también participan en otros mecanismos de silenciamiento mediado por RNA. Los microRNA son otros RNA pequeños que pueden inducir silenciamiento al unirse al mRNA. Éstos se generan de manera general cuando Dicer procesa estructuras de horquilla compuestas de regiones no codificantes, en genomas de plantas y animales. Los miRNA se incorporan a un complejo similar a RISC y, dependiendo de su grado de complementariedad con el mRNA blanco, pueden tener represión traduccional o bien digerir el mRNA. El silenciamiento mediado por miRNA es esencial para el desarrollo de plantas y animales. La inducción artificial del RNAi mediante siRNA o miRNA ha sido adoptada como una herramienta para inactivar la expresión génica, tanto en células en cultivo como en organismos vivos. En esta revisión se muestra el gran progreso en el entendimiento de los mecanismos que participan en la regulación génica mediada por RNA en animales y detalla algunos esfuerzos actuales para encauzar a estos mecanismos como una herramienta en la investigación y como posible terapia en enfermedades. Resumen en inglés Double-stranded RNA (dsRNA) induces a sequence-specific silencing in eukaryotic cells. This silencing process beggins when long dsRNA is cleaved to 21 to 26 long small RNA by means of the RNAse III-type enzyme Dicer. These small dsRNA are included into silencing effector complexes, that are targeted to complementary sequences. Small RNA dependent gene silencing can be achieved by distinct mechanisms based depending mainly on the nature of target sequences and on the prote (mas) ins present in the effector complex. The route of interference RNA (RNAi) begins when Dicer yields small interference RNA (siR-NA) that bind to complementary mRNA for its degradation, forming the RISC complex. siRNA are naturally formed from transposons and dsRNA viruses during its replication, as well as from other bidirectional transcribed repetitive sequences. Some of the enzymes thar are part of the RNAi machinery, including Dicer, are encoded by multigene families in many species, that also play a role in other mechanisms of RND-dependent gene silencing. MicroRNA's (miRNA) are other small RNA's that can induce gene silencing at the mRNA level. These are formed in a general manner when Dicer process hairpin structures resulting from the transcription of non-coding sequences from plant and animal genomes. miRNA's are integrated into a RISC-like complex, after which, depending on their degree of complementarity with target mRNA, can either repress translation or induce mRNA degradation. miRNA-dependent silencing is essential for the development of multicellular organisms. Artificial RNAi induction by means of siRNA or miRNA is being used as a tool to inactivate gene expression in culture cells and in living organisms. This review focuses on the progress in the understanding of the mechanisms involved in gene regulation by RNA in animals and details some current efforts to apply theses phenomena as a tool in research and in the therapeutic of human diseases.

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129

Gene silencing by RNAi in mouse Sertoli cells

González González, Emilio; López-Casas, Pedro P.; Mazo Martínez, Jesús del
2008-07-11

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131

Extremely high mutation rate of a hammerhead viroid

Gago Zachert, Selma; Elena, Santiago F.; Flores, Ricardo; Sanjuán, Rafael
2009-03-06

Digital.CSIC (Spain)

132

Evolutionary constraints to viroid evolution

Elena, Santiago F.; Gómez, Gustavo; Darós, José Antonio
2009-01-01

Digital.CSIC (Spain)

133

Evolutionary Constraints on Emergence of Plant RNA Viruses

Elena, Santiago F.; Caranta, C.; Aranda, M. A.; Tepfer, M.; López-Moya, J. J.
2010-01-01

Digital.CSIC (Spain)

134

Evidence of RNA editing in Leishmania braziliensis promastigotes

Ramírez, César; Puerta, Concepción; Requena Rolanía, José María
2011-03-01

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135

Estudio de utilización de Tenofovir DF en el tratamiento antirretroviral de gran actividad/ Use study of Tenofovir DF in highly active anti-retroviral therapy

Fernández Lisón, L. C.; Vázquez Domínguez, B.; Rodríguez Gómez, F. J.; Hevia Alonso, A.; Pujol de la Llave, E.
2006-12-01

Resumen en español Objetivo: Describir la eficacia y seguridad de tenofovir. Métodos: Estudio descriptivo, observacional. Análisis por intención de tratar. La variable principal fue la proporción de pacientes con supresión de la carga viral plasmática del VIH hasta indetectable. Las variables secundarias fueron la respuesta inmunológica, proporción de pacientes con variación positiva del número de CD4+ y la seguridad (eventos adversos clínicos y valores bioquímicos y hematológi (mas) cos). Se midió la causalidad por el algoritmo de Naranjo. Resultados: Se seleccionaron 154 pacientes, 12 fueron excluidos de todos los análisis. Las variables de eficacia fueron: La proporción de pacientes que disminuyeron la carga viral a 50 copias/ml o menos fue 28,16%, la media de descenso fue -1,29 ± 0,97 log10 copias/ml. La media de aumento de CD4 fue de 40,27 ± 141,50 cel/mm³ La seguridad fue similar a la ficha técnica, destacando tres casos de Síndrome de Fanconi. Conclusión: Tenofovir supone un antirretroviral de gran efectividad en el hospital con un perfil de seguridad óptimo. Resumen en inglés Objective: Describe the efficacy and safety of tenofovir. Methods: Observational, descriptive study. Data were analyzed for the intention-to-treat sample. The primary efficacy end-point included the proportion of patients with HIV-1 RNA level of 50 copies/ml or less. Secondary efficacy end points was the increase of the CD4 cell count at week 48. The primary safety end-point was the number of patients with abnormalities (clinical adverse events and laboratory toxicities). (mas) The causality of the adverse effects was measured by the Naranjo algorithm Results: 154 subjects were enrolled; 12 were excluded from all analyses. Efficacy end points: Plasma HIV-1 RNA response: -1.29 ± 0.97 log10 copies/ml; Patients with HIV-1 RNA levels of 50 copies/ml or less: 28.16%; CD4 cell count response: 40.27 ± 141.50 cel/mm³. Safety profile was similar to showed at prescribing information, 3 Fanconi Syndrome were detected. Conclusion: Tenofovir supposes an antiretroviral of high effectiveness in our hospital, with an optimum safety profile.

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Especies de Colletotrichum en chirimoya (Annona cherimola Mill.)/ Species of Colletotrichum in cherimoya (Annona cherimola Mill.)

Villanueva-Arce, Ramón; Yáñez-Morales, María de J.; Hernández-Anguiano, Ana M.
2008-09-01

Resumen en español Dado que hay pocos estudios fitosanitarios en el cultivo de chirimoya, el objetivo de este estudio fue generar información sobre las especies de Colletotrichum asociadas con diferentes síntomas de enfermedad en frutos y hojas de chirimoya. En medios de cultivo papa-dextrosa-agar y papa-zanahoria-agar se seleccionaron seis aislamientos de Colletotrichum de frutos y hojas recolectados en el Estado de Medra y Michoacán. Se identificaron y analizaron molecularmente tres es (mas) pecies de Colletotrichum considerando las estructuras morfológicas asexuales y sexuales, las diferencias en cultivo, la identificación molecular de los genes rARN por PCR-ITS y las pruebas de patogenicidad. En frutos se identificó C. fragarie, C. gloeosporioides y C. orbiculare como causantes de antracnosis, y C. gloeosporioides, de mancha negra y pudrición de pedúnculo. En hoja se encontró C. gloeosporioides asociado con síntomas de antracnosis. Las identificaciones se corroboraron molecularmente y las secuencias se depositaron en el Banco de Genes del NCBI. La especie C. orbiculare así como los síntomas de antracnosis, mancha negra y pudrición de pedúnculo constituyen nuevos reportes fitosanitarios en frutos y hojas de chirimoya. Resumen en inglés Given that there are few phytosanitary studies of the cherimoya crop, the objective of this study was to generate information of the species of Colletotrichum associated with different symptoms of disease in fruits and leaves of cherimoya. In culture media of potato-dextrose-agar and potato-carrot-agar, six isolates of Colletotrichum were selected of fruits and leaves collected in the State of México and Michoacán. Three species of Colletotrichum were identified and mol (mas) ecularly analyzed, considering the asexual and sexual morphological structures, the differences in culture, the molecular identification of the genes rRNA by PCR-ITS and the pathogenicity tests. In fruits, C. fragariae, C. gloeosporioides and C. orbiculare were identified as causes of anthracnosis, and C. gloeosporioides as causes of black spot and stem-end rot. In the leaf, C. gloeosporioides was found associated with symptoms of anthracnosis. The identifications were confirmed molecularly and the sequences were deposited in the Gene Bank of the NCBI. The species C. orbiculare, along with the symptoms of anthracnose, black spot and stem-end rot constitute new phytosanitary reports in fruits and leaves of cherimoya.

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Encefalopatía infantil asociada con la mutación A3243G MELAS/ Infantile encephalopathy associated with the MELAS A3243G mutation

Guevara-Campos, José; Gonzalez-Guevara, Lucía; Urbáez-Cano, José; Parada, Yulimar
2007-06-01

Resumen en español Las Encefalopatías mitocondriales son un grupo de enfermedades que tienen como base una alteración del ADN mt (ADN mitocondrial).El fenotipo MELAS (encefalomiopatía mitocondrial, con acidosis láctica y accidentes cerebro vasculares) se ha relacionado con la mutación A3243G en aproximadamente el 80% de los casos reportados. El fenotipo MERRF (epilepsia mioclónica con fibras rojas rasgadas) ha sido relacionado con las mutaciónes A8344G y A8566G del tARN Lys. Se descr (mas) ibe un lactante femenino de 7 meses de edad, con un cuadro de inicio temprano, que se acompañaba de una encefalopatía asociada a la mutación A3243G.En los exámenes de laboratorio destacaba una acidosis láctica y el estudio EEG mostraba signos compatibles con proceso encefalopático. Se administró ACTH durante un mes con mejoría clínica y encefalográfica. Actualmente recibe tratamiento a base de Vitaminas del complejo B, L-carnitina y alcalinizantes urinarios. Se concluye que en los lactantes que presentan convulsiones, retraso en su desarrollo psicomotor, acidosis láctica y el estudio encefalográfico compatible con una encefalopatía, debería realizarse análisis del ADN mt, para descartar una enfermedad mitocondrial. Resumen en inglés Mitochondrial encephalopathies are a group of diseases that have as their pathogenic basis an alteration of the mitochondrial DNA (mtDNA). The MELAS phenotype (mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes) has been related to mutation A3243G in approximately 80% of the cases reported. MERRF (epilepsy myoclonus with ragged red fibers) has been related to mutation A8344G and A8566G of tRNA Lys. We report the case of a 7 months-old female wit (mas) h early clinical signs of encephalopathy associated to the A3243G mutation. Laboratory tests showed lactic acidosis and the EEG pattern was compatible with an encephalopathic process. The infant was treated with ACTH during one month, with clinical and electroencephalographic improvements. Currently, she is receiving treatment with B-vitamins, L-Carnitine and urinary alkalizing agents. It is concluded that an analysis of mtDNA must be made in infants who present convulsions, delay in their psychomotor development, lactic acidosis and an EEG pattern compatible with an encephalopathy, to rule out a mitochondrial disease.

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El splicing alternativo del exón 5 de la citocromo p450 aromatasa podría ser un mecanismo de regulación de la producción de estrógenos en humanos/ Exon 5 alternative splicing of the cytochrome P450 aromatase could be a regulatory mechanism for estrogen production in humans

Pepe, Carolina M.; Saraco, Nora I.; Baquedano, María Sonia; Guercio, Gabriela; Vaiani, Elisa; Berensztein, Esperanza; Rivarola, Marco A.; Belgorosky, Alicia
2007-08-01

Resumen en español La enzima P450 aromatasa (P450Aro) participa en la síntesis de estrógenos a partir de andrógenos. La mutación c655G>A, descripta en forma heterocigota en una niña y en forma homocigota en un hombre adulto, ambos con déficit de aromatasa, genera la disrupción del sitio dador de splicing exón5-intrón5. Se ha postulado que la retención del intrón5 y la generación de una proteína truncada inactiva serían las consecuencias de esta mutación. Sorpresivamente, la p (mas) aciente presentó desarrollo espontáneo de mamas y niveles puberales de estradiol, sugiriendo una actividad aromatasa (AA) residual. En principio postulamos que la mutación c655G>A generaría la pérdida del exón5 con conservación del marco de lectura, generándose una proteína con menor actividad que podría explicar el déficit parcial. La expresión del ARNm sin exón5 (ARNm- E5) en linfocitos de la paciente sugiere una asociación entre la pérdida del exón y la presencia de la mutación; posteriormente confirmada realizando ensayos de splicing en células Y1. Sin embargo, la expresión del cDNAE5 en células Y1 presentó una AA nula que no explicaría un déficit parcial. La expresión del ARNm-E5 fue detectada en placenta, testículo y adrenal humanos como una variante de splicing normal. Estos resultados indicarían la ocurrencia de splicing alternativo (SA) en la zona codificante de P450Aro como un posible mecanismo regulador de la producción de estrógenos en tejidos esteroidogénicos humanos. La mutación c655G>A podría alterar los mecanismos fisiológicos reguladores del SA del exón5 favoreciendo su exclusión. De esta forma, bajos niveles de ARNm+E5 podrían expresarse aun en presencia de la mutación explicando el fenotipo de déficit parcial observado en la paciente. Resumen en inglés P450 aromatase (P450Aro), involved in androgen to estrogen conversion, is encoded by the CYP19 gene. P450Aro c655G>A mutation described in heterozygous form in a girl and in homozygous form in an adult male with P450Aro deficiency results in an aberrant splicing due to disruption of a donor splice site. A truncated inactive protein would be expected if intron5 is retained. Surprisingly, the girl described with this mutation showed spontaneous breast development and pubert (mas) al estradiol (E2) levels suggesting residual P450Aro activity (AA). Formerly, we postulate the in frame E5 skipping as a consequence of this mutation generating a protein with some degree of activity. When P450Aro mRNA expression was analysed from patient's lymphocytes, an aberrant spliced mRNA lacking E5 (-E5mRNA) was detected, suggesting an association between E5 skipping and the presence of the mutation. Splicing assays in Y1 cells confirmed this association. -Ex5 cDNA expression in Y1 cells resulted in an inactive protein that could not explain patient's phenotype. Exon 5 might be predicted as a poorly defined exon suggesting a susceptibility to splicing mutations and physiological alternative splicing (AS) events. Therefore, -Ex5mRNA was assessed as a natural occurring alternative transcript in normal human steroidogenic tissues. As P450Aro -E5mRNA expression was detected in human term placenta, prepubertal testis and prepubertal adrenal, we might speculate that AS of P450Aro coding region would occur in humans and would be involved in the complex AA regulation. Furthermore, tissue specific regulation of AS might suggest low expression of +E5mRNA from the c655G>A allele explaining residual AA evidenced in the affected girl.

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El nucléolo como un regulador del envejecimiento celular/ The nucleolus as a regulator of cellular senescence

Rosete, María; Padrós, María Rosa; Vindrola, Osvaldo
2007-04-01

Resumen en español El nucléolo, considerado únicamente como el sitio de síntesis de los ribosomas, actualmente representa una estructura nuclear dinámica que participa en la regulación de importantes procesos celulares. Numerosas evidencias han demostrado que el envejecimiento celular es una de las diversas funciones que son controladas por el nucléolo. Las mutaciones en las proteínas de localización nucleolar promueven el envejecimiento prematuro en levaduras y humanos. La carencia (mas) de represión en la transcripción de genes que codifican para el ARNr que se encuentran dañados, y las mutaciones en las helicasas del ADN encargadas de minimizar la formación de círculos extra-cromosómicos del ADN que codifica para el ARNr, provocan modificaciones en la estructura del nucléolo e inducen envejecimiento prematuro en levaduras. De igual manera, en los humanos la carencia de las helicasas del ADN localizadas en el nucléolo y que participan en el mantenimiento de la integridad genómica, favorecen el desarrollo de aquellas enfermedades asociadas con el envejecimiento acelerado. Además, la presencia de algunos componentes de la telomerasa en el nucléolo, indica que parte de la biosíntesis de esta enzima se realiza en esta estructura nuclear, sugiriendo una conexión entre el nucléolo y la síntesis de los telómeros en la regulación del envejecimiento celular. Por otra parte, el nucléolo secuestra proteínas para regular su actividad biológica durante el inicio o término de la vida replicativa celular. Resumen en inglés The nucleolus has been considered originally only as the site for the ribosome synthesis, but now it is well known that it represents a dynamic nuclear structure involved in important cellular processes. Several evidences have demonstrated that the nucleolus regulates the cellular senescence. Specific mutations on the DNAs codifying for nucleolar proteins induced premature senescence from yeast to human. The failure to repress the genes transcription codifying for damaged (mas) rRNA, and the mutations in DNA helicases, which minimizes the formation of DNA extra-chromosomal circles codifying for rRNA, modify the nucleolar structure and induce premature senescence in yeast. Similarly, in humans, the reduction of these DNA helicases levels, which are localized in the nucleoli and participate in maintenance of genomic integrity, helps to the development of those diseases associated with premature senescence. Furthermore, the presence in the nucleolus of some telomerase components, indicates that part of the biosynthesis of this enzyme occurred in this nuclear structure; suggesting a communication between the nucleolus and the synthesis of the telomeres in the regulation of cell senescence. On the other hand, the nucleolus sequesters proteins to regulate its own biological activity, from the start to the end of cellular replication. In addition this nuclear structure is involved in the biosynthesis of most cellular ribonucleoprotein particles, as well as in cell cycle regulation, making it central to gene expression. In conclusion, the nucleolus became a multifunctional subnuclear structure involved from cell proliferation to cell senescence.

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El factor de transferencia como inductor de la expresión de RNAm de IFN-γ e IL-2 en pollos vacunados contra influenza aviar/ Transfer factor acting as IFN-γ and IL-2 mRNA expression inductor in chicken vaccinated against avian influenza

Bravo-Blas, A; Téllez, R; Uribe, S; Salmerón, F; Valdés, L; Estrada-Parra, S; Cobos-Marín, L
2010-01-01

Resumen en español La influenza aviar es una enfermedad de gran importancia económica para la industria avícola. En México sólo se ha reportado la cepa H5N2 de baja patogenicidad y ésta se controla mediante la vacunación con virus inactivado. Esta vacuna en emulsión reduce la presencia de signos, pero no la eliminación viral. Desde hace más de 50 años se ha informado acerca de la eficacia del Factor de Transferencia (FT) como inmunomodulador en casos clínicos humanos y en menor c (mas) antidad en modelos animales. El objetivo de este trabajo fue el de establecer la dosis que produce un mayor porcentaje de expresión del RNAm de dos citocinas: IL-2 y de IFN-γ. Se diseñó un experimento para evidenciar la expresión del RNAm de estas dos citocinas en pollos previamente inoculados con FT específico para influenza aviar. En la primera fase se aplicaron 0,1, 1, y 10 unidades de FT a diferentes grupos de pollos, posteriormente se realizó la PCR a partir de tejido esplénico. En la segunda fase se aplicó el FT junto con la vacuna a tres nuevos grupos de pollos. Del experimento 1 solamente IL-2 tuvo un porcentaje mayor de positivos (58,33%) con 1 unidad (P Resumen en inglés Avian influenza is a disease of paramount economical importance for the poultry industry. In Mexico, only low pathogenicity H5N2 strain has been reported and it is controlled through inactivated-virus inoculation. This emulsified vaccine reduces clinical signs indeed, but not viral shedding. Over the last 50 years Transfer Factor (TF) has shown to be an efficient immunomodulator and has been used successfully in human clinical cases, and less commonly in animal models. Th (mas) e aim of this work was to establish an avian influenza-specific TF dose able to produce the highest percentage of mRNA expression of the following cytokines: IL-2 and IFN-γ. An experiment to show the mRNA expression of these cytokines in chicken previously inoculated with avian influenza-specific TF was set up. In the first experiment 0.1, 1 and 10 TF units were inoculated into 3 different groups of chickens; PCR for cytokines from splenic tissue was performed. For the second experiment, a second TF inoculation in combination with the vaccine was carried out using 3 new groups of chicken. Experiment 1: Only IL-2 expression was achieved in 58.33% of chickens using 1 TF unit (P

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Efecto de polifenoles de la dieta mediterránea sobre la proliferación y mediadores de la invasividad "in vitro" de la línea de cáncer vesical murino MB-49/ Effect of polyphenols in the mediterranean diet on proliferation and mediators of in vitro invasiveness of the mb-49 murine bladder cancer cell line

García Mediero, J.M.; Ferruelo Alonso, A.; Páez Borda, A.; Luján Galán, M.; Angulo Cuesta, J.; Chiva Robles, V.; Berenguer Sánchez, A.
2005-09-01

Resumen en español Objetivo: Evaluar el efecto de diferentes polifenoles sobre la proliferación y algunos mediadores implicados en el proceso de invasividad en la línea celular MB-49. Material y Métodos: Cultivos de células de cáncer vesical murino MB-49 se suplementaron con resveratrol, rutina, morina, quercetina y ácidos tánico y gálico, a diferentes concentraciones y se determinó la proliferación celular a las 24, 48 y 72 horas. Por otra parte, se cuantificó la expresión del (mas) activador del plasminógeno tipo Urokinasa (u-PA) y de su receptor (u-PAR), así como de la metaloproteinasas 9 (MMP-9) mediante PCR en tiempo real tras 24h de tratamiento con cada nutriente. Además, se valoró en el medio de cultivo, también tras 24 horas de incubación con los diferentes nutrientes, los niveles de MMP-9. Resultados: Todos los polifenoles estudiados consiguieron inhibir la proliferación de las células MB-49 de manera significativa, variando en los tiempos y dosis empleados. La expresión de del activador del plasminógeno tipo Urokinasa (u-PA) y de su receptor de alta afinidad (u-PAR) no se vieron modificados tras el tratamiento, siendo en algún caso ligeramente aumentada su expresión. Sin embargo, si se inhibió de manera significativa tanto la expresión como los niveles en el medio de cultivo de la MMP-9. Conclusiones: Los polifenoles de nuestra dieta habitual ejercen un efecto inhibidor sobre la proliferación y los mediadores de la invasividad tumoral vesical en células MB-49. Resumen en inglés Objective: To evaluate the effect of different polyphenols on the proliferation and invasive capacity of MB-49 murine bladder tumor cell lines and to identify the mediators involved in this process. Materials and Methods: MB-49 murine bladder cancer cells were cultured in media supplemented with resveratrol, rutin, morin, quercetin, gallic acid and tannic acid (all of them are polyphenols usually present in Mediterranean diet) for periods of 24, 48 and 72 hours to quantif (mas) y the expression of urokinase-type plasminogen activator (uPA) and its receptor (uPAR) in the culture medium, as well as of metalloproteinase-9 (MMP-9) and cell proliferation. Results: All the polyphenols studied significantly inhibited proliferation of MB-49 cells, varying according to the time periods and doses used. The cells in the media supplemented with the nutrients to study did not show inhibition of mRNA expression of urokinase-type plasminogen activator (uPA) or its high affinity receptor (uPAR). It was even slightly increased in certain cases. However, mRNA expression of metalloproteinase-9 was strongly inhibited. Conclusions: The polyphenols present in our usual diet exert an effect on the proliferation and mediators of bladder tumor invasiveness in MB-49 cells.

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Efecto de dietas ricas en Sacarosa, suplementadas o no con Grasa Poli-Insaturada, sobre la expresión Genética de la Subunidad E1a del Complejo Piruvato Deshidrogenasa dn Hígado de rata

Espinoza, J; De Marcucci, OL; Escalona, I; Rivero, D
2002-01-01

Resumen en español Cambios a largo plazo en la actividad del complejo piruvato deshidrogenasa (PDC) hepático en respuesta a distintas dietas modifican la cantidad de enzima presente. En este trabajo se determinaron los niveles de mRNA correspondientes a la subunidad E1alfa del complejo mediante RT-PCR semicuantitativo. Se determinó que la dieta rica en sacarosa produjo un incremento de 40% en los niveles de mRNA correspondiente a la subunidad E1alfa con respecto a los animales control lue (mas) go de 7 días. Al cabo de 14 a 21 días, el incremento fue de sólo 20%. La adición de aceite de pescado a las dietas redujo los niveles de mRNA a niveles indistinguibles del control en sólo 7 días. La regulación de la expresión del gene para E1alfa puede atribuirse a modificaciones en las tasas de transcripción genética o en la estabilidad del mensajero transcrito, en forma similar a las enzimas que regulan la lipogénesis. Resumen en inglés Studies on the long-term regulation of pyruvate dehydrogenase complex (PDC) have shown that the total amount of enzyme changes in response to different diets. In this report, the levels of mRNA for E1alpha subunit of the complex were estimated by semi-quantitative RT-PCR. A high-sucrose fat-free diet produced a 40% increase in the levels for the mRNA after a week. After 14-21 days of diet the increase was only by 20%, but the addition of polyunsaturated fat from fish oil (mas) reduced the levels of mRNA to the values obtained from control animals in only a week. Regulation of the expression of this gene may be due to changes in the rate of transcription or on the stability of the mRNA transcribed, as has been shown for other enzymes related to the control of lipogenesis.

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ESTUDIO DE SERIES TEMPORALES DE CONTAMINACIÓN AMBIENTAL MEDIANTE TÉCNICAS DE REDES NEURONALES ARTIFICIALES/ TIME SERIES ANALYSIS OF ATMOSPHERE POLLUTION DATA USING ARTIFICIAL NEURAL NETWORKS TECHNIQUES

Salini Calderón, Giovanni; Pérez Jara, Patricio
2006-12-01

Resumen en español Se diseñó una red neuronal artificial (RNA) para hacer predicciones de valores de concentraciones horarias de material particulado fino en la atmósfera. El estudio está basado en los datos de tres años de series de tiempo de pm2.5 (material particulado suspendido de 2,5 micrones de diámetro), obtenidos en una estación céntrica de la Red MACAM de la ciudad de Santiago de Chile, entre los años 1994 y 1996. Para obtener el espaciamiento óptimo de los datos, así co (mas) mo el número de datos hacia atrás necesarios para pronosticar el valor futuro, se aplicaron dos test estándar usados en estudio de sistemas dinámicos, como Información Mutua promedio (AMI) y Falsos Vecinos más Cercanos (FNN). De esta manera se encontró que lo más conveniente era considerar como entrada los datos de PM2.5 cada seis horas durante un día (cuatro datos), y en base a ellos predecir el dato siguiente. Una vez fijo el número de variables de entrada y elegida la variable a pronosticar, se diseñó un modelo predictivo basado en la técnica de RNA. El tipo de modelo de RNA usado fue uno de multicapas, alimentado hacia adelante y entrenado mediante la técnica de propagación hacia atrás. Se probaron redes sin capa oculta y con una y dos capas ocultas. El mejor modelo resultó ser con una capa oculta, a diferencia de lo obtenido en trabajo anterior que reportaba que la red sin capa oculta era más eficiente. Los resultados fueron más precisos que los obtenidos con un modelo de persistencia (el valor en seis horas más será el mismo que el actual) Resumen en inglés An artificial neural network for the forecasting of concentrations of fine particulate matter in the atmosphere was designed. The data set analyzed corresponds to three years of pm2.5 time series (particulate matter in suspension with aerodynamic diameter less than 2,5 microns), measured in a station that belongs to Santiago's monitoring network (Red MACAM) and is located near downtown. We consider measurements of concentrations between May and August for years between 19 (mas) 94 and 1996. In order to find the optimal time spacing between data and the number of values into the past necessary to forecast a future value, two standard tests were performed, Average Mutual Information (AMI) and False Nearest Neighbours (FNN). The results of these tests suggest that the most convenient choice for modelling was to use 4 data with 6 hour spacing on a given day as input in order to forecast the value at 6 AM on the following day. Once the number and type of input and output variables are fixed, we implemented a forecasting model based on the neural network technique. We used a feedforward multilayer neural network and we trained it with the backpropagation algorithm. We tested networks with none, one and two hidden layers. The best model was one with one hidden layer, in contradiction with a previous study that found that minimum error was obtained with a net without hidden layer. Forecasts with the neural network are more accurate than those produced with a persistence model (the value six hours ahead is the same as the actual value)

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Diversidad filogenética de especies de Microcoleus de costras biológicas de suelo de la península de Baja California, México/ Phylogenetic diversity of Microcoleus species from biological desert crusts of the Baja California Peninsula, Mexico

López-Cortés, Alejandro; Maya, Yolanda; García-Maldonado, José Q.
2010-04-01

Resumen en español Microcoleus vaginatus fue proclamada como especie cosmopolita. Este supuesto no lo confirman los estudios morfológicos previos que se realizaron en poblaciones naturales de costras de suelo en una región con historia geológica particular, llamada sierra de la Laguna (SL), al sur de la península de Baja California (México). Por ello, en este estudio se comparó la estructura de comunidades de cianobacterias, con énfasis en el género Microcoleus, en costras biológic (mas) as de 10 localidades situadas a lo largo de la península. Se analizaron y cotejaron poblaciones naturales de cianobacterias con cepas tipo de colecciones públicas: Microcoleus sociatus (Sammlung von Algenkulturen Germany-SAG 26.92), M. paludosus (SAG 1445. 1a), M. vaginatus (Pasteur Culture Collection-PCC 9802) y M. chthonoplastes (PCC 7420). Se realizaron análisis microscópicos y de clusters de patrones de bandeado de secuencias del 16S rRNA, obtenidos por electroforesis de gel en gradiente desnaturalizante (DGGE). En los análisis microscópicos de muestras naturales no se detectaron morfotipos de M. vaginatus en 6 de las 10 localidades, 4 de ellas de la SL. La comparación de patrones de bandeado obtenidos por DGGE mostró diferencias significativas en la estructura de las comunidades de cianobacterias y ausencia de bandas equivalentes a M. vaginatus (PCC9802), en todas las localidades de la SL. Resumen en inglés Microcoleus vaginatus has been proclaimed to be a cosmopolitan species. However, morphological studies performed on natural populations of cyanobacterial crusts in a region with a particular geological history at the southern part of the Baja California Peninsula, Mexico, called Sierra de la Laguna (SL), do not support the last assertion. We compared the community structure of cyanobacteria, with emphasis in the genus Microcoleus, in biological desert crusts from 10 diffe (mas) rent localities along the Baja California Peninsula. We analyzed natural cyanobacterial populations and matched them with type cultures from public collections: Microcoleus sociatus (Sammlung von Algenkulturen Germany- SAG 26.92), M. paludosus (SAG 1445. 1a), M. vaginatus (Pasteur Culture Collection-PCC 9802), and M. chthonoplastes (PCC 7420). Microscopy and cluster analysis of band patterns of 16S rRNA sequences from denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) were applied. The microscopic analysis of natural samples resulted in the undetection of morphotypes of M. vaginatus in 6 of the 10 localities, 4 or them from the SL. Comparison of band profiles from denaturing gradient gel electrophoresis showed significant differences in the natural cyanobacterial community structure and the absence of the band that matches with that of M. vaginatus (PCC 9802) in all of the SL localities.

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Differential inhibition of cellular and Sindbis virus translation by brefeldin A

Molina, Susana; Sanz, Miguel Ángel; Madan, Vanesa; Ventoso, Iván; Castelló, Alfredo; Carrasco, Luis
2007-03-23

Digital.CSIC (Spain)

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Diagnostico de Fallas en Motores de Inducción Mediante la Aplicación de Redes Neuronales Artificiales/ Fault Diagnosis in Induction Motors Using Artificial Neuronal Networks

Villada, Fernando; Cadavid, Diego R
2007-01-01

Resumen en español En este trabajo se presenta un algoritmo para diagnosticar fallas entre espiras del estator de motores de inducción mediante la aplicación de redes neuronales artificiales (RNA). Los patrones de entrenamiento de las RNA son obtenidos a partir de un modelo de máquina que permite simular fallas internas bajo diferentes condiciones de carga y desequilibrio de tensión. Se muestra la implementación del método utilizando un analizador de redes eléctricas y un procesador (mas) digital de señales (DSP). Los resultados obtenidos experimentalmente en dos motores de 2 Hp y 3 HP permiten concluir la fortaleza del algoritmo al permitir detectar fallas incipientes en motores de inducción y la factibilidad de implementación del mismo a nivel industrial Resumen en inglés A new algorithm to diagnose inter-turn faults in induction motors based on Artificial Neural Networks (ANN) is presented in this work. A machine model able to simulate internal faults under different load conditions and voltage unbalance was implemented and tested, in order to generate the training patterns of the ANN. An electrical network analyzer and a digital signal processor (DSP) are used to show the implementation of the method. Experimental results in a 2 Hp and 3 (mas) Hp induction motors show the robustness of the algorithm allowing detect incipient faults and its implementation feasibility at industrial plants

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Detección molecular de enfermedad mínima residual en melanoma y otros tumores sólidos/ Molecular detection of minimal residual disease in melanoma and solid tumors

Vázquez, Valeria; Otero, Laura L.; Laurent, Viviana E.; Gabri, Mariano R.; Gómez, Daniel E.; Alonso, Daniel F.
2009-02-01

Resumen en español La disponibilidad de métodos altamente sensibles y específicos para la detección de enfermedad mínima residual en pacientes con tumores sólidos podría tener importantes consecuencias pronósticas y terapéuticas. Uno de los métodos más usados para la detección molecular de células cancerosas es la técnica de RT-PCR, que permite la amplificación de secuencias de ARNm específicas de distintos tejidos. La misma fue aplicada por primera vez en la detección de c� (mas) �lulas tumorales circulantes en sangre periférica de pacientes con melanoma avanzado, poco tiempo después fue adaptada para la búsqueda de enfermedad mínima residual en otros tumores sólidos. El objetivo de la presente revisión es evaluar la información publicada desde el primer estudio sobre este tema en 1991 y analizar el valor clínico de los hallazgos obtenidos. Se discute también la importancia del manejo de la muestra y de la estandarización de los procedimientos de RT-PCR. Resumen en inglés The availability of highly sensitive and specific methods for the detection of minimal residual disease in patients with solid tumors may have important prognostic and therapeutic implications. One of the most widely used methods for the molecular detection of cancer cells is the RT-PCR technique, which leads to the amplification of tissue-specific mRNA. It was firstly applied in the detection of circulating tumor cells in peripheral blood of patients with advanced melano (mas) ma; and soon it was adapted for the detection of minimal residual disease in other solid tumors. The aim of the present review is to evaluate the published data since the first study in 1991 and to analyze the clinical value of the findings obtained. The importance of sample handling and standardization of RT-PCR procedures is also discussed.

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Detección de micrometástasis en médula ósea de pacientes con cáncer de vesícula biliar/ Detection of bone marrow micrometastases in patients with gallbladder cancer

Roa S, Juan C; de Aretxabala U, Xabier; Melo A, Angélica; Faría, Gaspar; Araya O, Juan C; Villaseca H, Miguel A; Guzmán G, Pablo; Roa E, Iván
2004-12-01

Resumen en inglés Background: There is a very strong documented correlation between the appearance of cancer cells in blood and occurrence of metastasis in gastrointestinal cancer. Aim: To determine MUC1, CK19, CK20 and CEA mRNA expression in bone marrow of patients with gallbladder cancer and evaluate its clinical significance. Material and methods: Sixty eight samples were analyzed, 38 bone marrow samples of gallbladder cancer patients, 20 healthy donors, and 10 frozen samples of gallbla (mas) dder cancer. Nested reverse transcriptase-polymerase chain reaction (nested RT-PCR) was used to analyze mRNA expression. Results: All frozen tumors were positive for CEA, CK19, and MUC1 mRNA and 70% were positive for CK20. Seventeen of 20 donor samples were positive for MUC1 and only one sample from donors was positive for both CK20 and CK19 mRNA. Among the 38 blood and bone marrow samples of gallbladder cancer patients, the expression of MUC1, CK19, CK20, and CEA, mRNA was 60.5% (23/38), 31.6% (12/38), 7.9% (3/38), and 7.9% (3/38), respectively. Disregarding the MUC1 results. 37% (14/38), 13% (5/38) and 5% (2/38) were positive for one, two and three markers respectively. Not significant differences were found in survival with a follow up to 12 months. Conclusion: Our results indicate that the molecular detection of tumor cells in bone marrow in patients with gallbladder carcinoma is technically possible, being CEA, CK19 and CK20 gene expression the best markers. The MUC1 gene expression marker was highly unspecific and it should not been considered. The detection of bone marrow micrometastasis might be helpful in prognosis and the selection of clinical treatment but a larger series with a longer follow-up should be studied (Rev Méd Chile 2004; 132: 1489-98)

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Detección de marcadores de malignidad en nódulos tiroideos por transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR)/ Detection of malignancy markers in thyroid nodules by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR)

Pineda B, Pedro; Rojas G, Paula; Liberman G, Claudio; Moyano S, Leonor; Goecke S, Irmgadt
2003-09-01

Resumen en inglés Nodular thyroid disease is a very common disorder with a low frequency of malignancy. The most accurate diagnostic test is fine needle aspiration biopsy (FNAB) of nodules with cytological analysis of the sample. However, this procedure has some limitations in the diagnosis of follicular and papillary thyroid carcinoma. Aim: To detect mRNA from specific malignancy markers in thyroid nodules and to evaluate their potential correlation with cytological and pathological diagn (mas) osis. Patients and methods: In 20 patients with thyroid nodules FNAB was performed prior to surgery. The main part of the FNAB sample was used to perform classical cytology. In the remaining of the sample were detected MUC-1, CD26, galectin-3 and TSH receptor mRNAs by RT-PCR technique. Results: Eight patients had positive cytology for papillary cancer; which was confirmed by pathology. Nine had suspicious or non conclusive cytological findings and 3 were negative for neoplastic cells; all 12 were pathologically benign. We detected TSH receptor and galectin-3 mRNA in almost all benign and malignant nodules. MUC-1 was present in 5/8 papillary carcinoma (62.5%), and 1/12 benign nodules (8.3%). CD26 was detected in 7/8 papillary carcinomas but also in 8/12 benign nodules. Conclusions: RT-PCR can be performed in very small samples of thyroid tissue to detect several mRNA markers. MUC-1 can be a potentially useful marker of malignancy in thyroid nodules. It can be detected by RT-PCR as a complementary technique in the diagnostic evaluation of thyroid nodules

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Detección de contaminación por Mollicutes en cultivos celulares mediante amplificación del gen 16S rARN/ Detection of Mollicutes contamination in cell cultures by 16S rRNA amplification

Sobarzo Aguayo, Gustavo; Martínez Tagle, María Angélica; Vidal Alvarez, Roberto; Martínez Torrens, María Cristina; Avendaño Carvajal, Luis Fidel
2006-12-01

Resumen en español La contaminación de los cultivos celulares por Mollicutes es un hecho frecuente en los laboratorios, reportándose hasta un 80% de cultivos contaminados, lo que resulta en ensayos experimentales poco confiables y en productos biológicos poco seguros. Los objetivos del presente estudio fueron: estimar la frecuencia de micoplasmas como contaminantes de cultivos celulares y analizar la eficiencia de un ensayo de PCR que emplea como ADN blanco al gen 16S rARN de los Mollicu (mas) tes. Se estudiaron 39 cultivos celulares, representativos de las líneas celulares más utilizadas y 17 cultivos celulares primarios, recibidos para análisis de contaminación, entre julio y diciembre de 2005. Se detectaron micoplasmas en 18/39 (46,2%) cultivos de líneas celulares, mientras que no se detectaron micoplasmas en los cultivos celulares primarios. El análisis mediante HpaII del espacio intergénico 16S-23S rARN de 6 cultivos positivos determinó dos patrones de restricción. La secuenciación del ADN de dos amplicones identificó a Mycoplasma hyorhinis y a Mycoplasma salivarium como micoplasmas contaminantes. La sensibilidad analítica de la PCR, determinada a partir de diluciones de un cultivo de Mycoplasma hominis fue 0,01 u.c.c./mL (unidades cambiadoras de color por mL), mientras que su especificidad analítica fue 100%. Los resultados de este estudio confirman la importancia de los micoplasmas como contaminantes de cultivos celulares y sugieren que la PCR dirigida al gen 16S rARN es un procedimiento útil para el diagnóstico de estos microorganismos. Resumen en inglés Up to 80% of cell cultures have been reported to be contaminated with Mollicutes, causing unreliable experimental results and giving rise to unsafe biological products. The aims of this study were to estimate the frequency of mycoplasmas as contaminants in cell cultures, and to analyze the performance of a PCR assay targeting the 16S rRNA of Mollicutes. Thirty-nine cell cultures representing the most used lines of cell cultures and 17 primary cell cultures submitted for d (mas) etection of mycoplasma contamination were studied between July and December 2005. Mycoplasmas were detected in 18/39 (46.2%) cell line cultures, and in none of the primary cell cultures. HpaII analysis of the 16S-23S rRNA intergenic space of 6 positive cultures belonging to different laboratories gave two different restriction patterns. The sequentiation of each of the two patterns identified Mycoplasma hyorhinis and Mycoplasma salivarium as the contaminant mycoplasmas. The analytic sensitivity of the 16S rRNA PCR was 0.01 color-changing units per mL, as determined for dilutions of a Mycoplasma hominis culture, whereas the analytical specificity was 100%. In conclusion, these results reaffirm the importance of mycoplasmas as cell culture contaminants, and suggest that 16S rRNA PCR is a reliable method for detection of these organisms as cell culture contaminants.

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Detección de Mycoplasma genitalium y correlación con manifestaciones clínicas en una población del estado Zulia, Venezuela/ Mycoplasma genitalium detection and correlation with clinical manifestations in population of the Zulia State, Venezuela

Arráiz R, Nailet; Colina Ch, Sonia; Marcucci J, Rafael; Rondón G, Netxibeth; Reyes S, Francia; Bermúdez P, Valmore; Romero F, Zoila
2008-08-01

Resumen en español Diversos estudios demuestran una asociación entre Mycoplasma genitalium y patologías urogenitales. El objetivo de este trabajo fue investigar la prevalencia de infecciones por M. genitalium en pacientes atendidas en clínicas privadas (n = 172). Se utilizaron ensayos de amplificación de genes 16S rARN y MgPa. La prevalencia de M. genitalium en esta población fue 7,5%. Mycoplasma genitalium fue detectado en 12,1 y 4,1%) de las pacientes sintomáticas y asintomáticas, (mas) respectivamente (p = 0,047). La infección se diagnosticó en pacientes con cervicitis (17,2%) y con secreción mucopurulenta (16,6%) y la mayor prevalencia de infecciones se registró en el grupo etario de 31 a 40 años. No se encontró asociación significativa entre la presencia de M. genitalium y manifestaciones clínicas individuales o edad de las pacientes (p > 0,05). La alta prevalencia de infecciones por M. genitalium, principalmente en pacientes con manifestaciones clínicas demostrada en este estudio, demanda la aplicación de estrategias diagnósticas en la población para investigar el significado clínico de estos microorganismos y reevaluar esquemas terapéuticos contra infecciones no gonocóccicas y no clamidiales Resumen en inglés Diverse studies demonstrate an association between Mycoplasma genitalium and urogenital pathologies. The aim of this study was to investigate the prevalence of M. genitalium in patients attending gynecological evaluation in private clinics (n = 172). DNA amplification assays of the genes 16S rRNA and MgPa were utilized. The prevalence of M. genitalium in the study population was 7.5%. M. genitalium was detected in 12.1% and 4.1% of the symptomatic and asymptomatic patient (mas) s, respectively (p = 0.047). The infection was diagnosed in patients with cervicitis (17.2%) and mucopurulent secretion (16.6%) and the highest prevalence of infections was registered in the 31-40 years age group. No significant association between the presence of M.genitalium and individual clinical manifestations or the patients age was showed (p > 0.05). The high prevalence of M. genitalium infections, mostly in patients with clinical manifestations showed in this study, warrants the application of diagnostic strategies in the population to investigate the clinical meaning of these microorganisms and to reevaluate therapeutic schemes against non-gonococcal and non-chlamydial infections

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Comportamiento de la mutación mtDNA A3243G en dos familias antioqueñas de pacientes diagnosticados con el síndrome MELAS/ Behavior of the mtDNA mutation A3243G in two antioquian families of patients with melas syndrome

Parra Marín, María Victoria; Cornejo Ochoa, Jose William; Duque Vélez, Constanza Elena; Ruíz Linares, Andrés; Bedoya Berrío, Gabriel
2010-03-01

Resumen en español Introducción: mutaciones en mtDNA causan citopatias mitocondriales, la más común de ellas es el síndrome MELAS; la transición A3243G en tRNA de leucina (tRNA Leu) se presenta en 80% de pacientes. La heteroplasmia, observada en citopatias mitocondriales, consiste en coexistencia de moléculas mutadas y normales en una célula, situación en la cual, dependiendo de su cantidad,afecta su función con expresión clínica variable. Objetivo: evaluar el comportamiento de l (mas) a cantidad de heteroplasmia de la mutación 3243G en su expresión clínica y en la dependencia de variantes nucleares. Pacientes y métodos: se buscaron mutaciones en el gen que codifica para el tRNA de leucina por secuencia y por PCR-RFLP en 34 pacientes, y se tamizó en familiares de los portadores de la mutación. Se tipificaron cuatro Specific Population Allele (SPA) en pacientes y familiares con la mutación A3243G. Resultados: se halló la mutación A3243G en el tRNA Leu en dos pacientes, luego de tamizar la mutación A3243G en ambas familias se evaluó la cantidad de mtDNA mutado (MDNA),encontrando que los casos índices de ambas familias esentaron la mayor cantidad de MDNA; en la primera familia se detectó la mutación en 15 miembros que presentaron diversos síntomas. En la segunda familia se detectó la mutación en un miembro con parálisis cerebral, en dos con migraña y en uno asintomático. Conclusiones: la severidad de los síntomas se correlaciona con la cantidad de MDNA, se encontróademás correlación entre mtDNA mutado (MDNA) y el Índice de Ancestría Amerindio en cada individuo (IAA), indicando una posible influencia del contexto nuclear amerindio en la segregación y replicación mitocondrial. Resumen en inglés Mitochondrial DNA mutations cause mitochondrial cytopathies. Among them Mitochondrial Encephalomyopathy, Lactic Acidosis, and Stroke-like episodes (MELA) is the commonest. The transition 3243A>G in the Leucine tRNA is present in 80% of the patients. Heteroplasmy is observed in mitochondrial cytopathies, characterized by the coexistence of mutant and wild type molecules in a cell. Depending on the level of heteroplasmy, function and clinical manifestations might result aff (mas) ected. Objective: To test the degree of heteroplasmy of the mutation 3243G on its expression (syntoms) and nuclear-variants dependence. Patients and methods: Mutations in the tRNA Leu gene were sought in 34 patients by sequencing and PCR-RFLP. Four SPA (specific population alleles) were typed in patients and their relatives carrying the mutation 3243A>G. Results: The mutation 3243A>G in the Leucine tRNA gene was found in two patients. This mutation was screened in their relatives and the amount of mutant DNA (MDNA) was assessed. The index cases presented with the higher amounts of MDNA in both families. In family one, the mutation was detected in 14 members, three of which presented with short stature, one with hearing loss, one with type 2 diabetes, 8 with migraine and one healthy individual. In family two the mutation was detected in one member with brain paralysis, two with migraine and one healthy individual. Conclusions: Severity of the symptoms in patients affected with MELAS is correlated with the amount of MDNA. Furthermore, it was found a correlation between MDNA and IAA, suggesting a possible effect of amerind nuclear ontext in The mitochondrial egregation and replication.

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Common and unique transcription factor requirements of human U1 and U6 snRNA genes

Bernués, Jordi; Simmen, Kenneth A.; Lewis, Joe D.; Gunderson, Samuel I.
1993-09-01

Digital.CSIC (Spain)

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Collective properties of evolving molecular quasispecies

Stich, Michael; Briones, Carlos; Manrubia, Susanna C.
2007-07-09

Digital.CSIC (Spain)

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Clonaje y caracterización molecular in silico de un transcrito de fosfolipasa A2 aislado del veneno de la serpiente peruana Lachesis muta/ Molecular cloning and characterization in silico of phospholipase A2 transcripto isolated from Lachesis muta peruvian snake venom

Jimenez, Karim L.; Zavaleta, Amparo I.; Izaguirre, Victor; Yarleque, Armando; Inga, Rosio R.
2010-12-01

Resumen en español Objetivo. Aislar y caracterizar in silico un transcrito del gen de fosfolipasa A2 (PLA2) aislado del veneno de Lachesis muta de la Amazonía peruana. Materiales y métodos. Se amplificó el transcrito del gen sPLA2 mediante la técnica de RT-PCR a partir de RNA total utilizando cebadores específicos, el producto de DNA amplificado se insertó en el vector pGEM para su posterior secuenciación. Mediante análisis bioinformático de la secuencia nucleotídica se determinó (mas) un marco de lectura abierta de 414 nucleótidos que codifica 138 aminoácidos, incluyendo16 aminoácidos del péptido señal, el peso molecular y el pI fueron de 13 976 kDa y 5,66 respectivamente. Resultados. La secuencia aminoacídica denominada Lm-PLA2- Perú, contiene Asp49, así como Tyr-28, Gly-30, Gly-32, His-48, Tyr52, Asp99 importantes para la actividad enzimática. La comparación de Lm-PLA2-Perú con las secuencias aminoacídicas de los bancos de datos mostró 93% de similitud con las sPLA2 de Lachesis stenophrys y más del 80% con otras sPLA2 de venenos de la familia Viperidae. El análisis filogenético de la secuencia nucleotídica del transcrito del gen sPLA2 indica que Lm-PLA2-Perú se agrupa con otras sPLA2 [Asp49] ácidas previamente aisladas del veneno de Bothriechis schlegelii con un 89% de identidad. El modelaje tridimensional de Lm-PLA2-Perú, presenta una estructura característica de sPLA2 del Grupo II formada por tres hélices-α, una lámina-β, una hélice corta y un lazo de unión con calcio. Conclusión. La secuencia nucleotídica corresponde al primer transcripto del gen de PLA2 clonado a partir del veneno de la serpiente Lachesis muta, que habita en la selva del Perú. Resumen en inglés Objective. Isolate and characterize in silico gene phospholipase A2 (PLA2) isolated from Lachesis muta venom of the Peruvian Amazon. Material and methods. Technique RT-PCR from total RNA was using specific primers, the amplified DNA product was inserted into the pGEM vector for subsequent sequencing. By bioinformatic analysis identified an open reading frame of 414 nucleotides that encoded 138 amino acids including a signal peptide of 16 aminoacids, molecular weight and p (mas) I were 13 976 kDa and 5.66 respectively. Results. The aminoacid sequence was called Lm-PLA2-Peru, contains an aspartate at position 49, this aminoacid in conjunction with other conserved residues such as Tyr-28, Gly-30, Gly-32, His-48, Tyr52, Asp99 are important for enzymatic activity. The comparison with the amino acid sequence data banks showed of similarity between PLA2 from Lachesis stenophrys (93%) and other PLA2 snake venoms and over 80% of other sPLA2 family Viperidae venoms. A phylogenetic analysis showed that Lm-PLA2-Peru grouped with other acidic [Asp49] sPLA2 previously isolated from Bothriechis schlegelii venom showing 89 % nucleotide sequence identity. Finally, the computer modeling indicated that enzyme had the characteristic structure of sPLA2 group II that consisted of three α-helices, a β-wing, a short helix and a calcium-binding loop. Conclusion. The nucleotide sequence corresponding to the first transcript of gene from PLA2 cloned of Lachesis muta venom, snake from the Peruvian rainforest.

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Carga viral en pacientes pediátricos VIH positivos con terapia antirretroviral/ Viral loads in pediatric HIV patients with antirretroviral treatment

Porto-Espinoza, Leticia; Moronta, Reyna; Cuadra-Sánchez, César; Callejas-Valero, Diana; Costa-León, Luciana; Monsalve-Castillo, Francisca; Bernardoni, Cecilia; Estévez, Jesús
2008-08-01

Resumen en inglés Background: Viral load in pediatric patients with HIV infections can help to make therapeutic decisions to modify the evolution of the disease. Aim: To evaluate viral load in positive HIV children with antiretroviral treatment. Material and methods: Viral load was measured every six months during three years in fifty pediatric patients chosen randomly in aged 1 to 12 years, using the Test Monitor HIV-1 AMPLICOR, versión 1.5. Results: During the three years follow up, the (mas) re was an increase in CD4 and CD8 lymphocyte count and decrease in the viral load. However, there was no significant relationship between lymphocyte subpopulation counts and viral loads. Conclusions: Viral load demonstrated to be an appropriate method to quantify plasma HIV-RNA. This tool can help to define the condition of a particular patient to predict clinical course of the disease and to assess the response to the treatment

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Características inmunológicas de las células epiteliales limbales: análisis in vitro de la función del TLR4/ Immunological characteristics of limbal epithelial cells: in vitro analysis of TLR4 function

Garfias, Y.; Linares, M.; Suárez, R.; Sánchez-Navarro, A.; Jiménez-Martínez, M.C.
2007-02-01

Resumen en español Objetivo: El objetivo del presente estudio fue determinar la expresión del TLR4 en el epitelio limbo esclero-corneal cultivado in vitro y determinar su función celular después de un estímulo con lipopolisacárido. Métodos: Las células epiteliales limbales fueron obtenidas a partir de rodetes esclero-corneales y se expandieron; las células fueron estimuladas con diferentes dosis de lipopolisacárido de E. Coli y Pseudomonas durante 24 h. Después de la estimulación (mas) las células fueron cosechadas e identificadas con anticuerpos contra TLR4 humano y analizadas por citometría de flujo; el mRNA total se obtuvo y se realizó RT-PCR para la identificación de TLR4. La secreción de TNF-alfa fue evaluada por ELISA en el sobrenadante. Resultados: Las células epiteliales limbales expandidas in vitro expresaron constitutivamente la molécula TLR4. Posterior a la estimulación con LPS, la expresión de TLR4 extracelular se aumentó tomando en cuenta la intensidad media de fluorescencia. Cuando se evaluó la expresión de mRNA de TLR4, la densidad aumentó, presentando el máximo de expresión con 10 ng/ml de LPS. Cuando la secreción de TNF-alfa fue evaluada, no se demostró diferencia en la concentración de esta citocina en el sobrenadante de las células estimuladas y las no estimuladas. Conclusiones: Aunque la expresión extracelular de TLR4 en las células epiteliales limbales estimuladas in vitro regula positivamente al TLR4, su función parece no estar asociada a la secreción de TNF-alfa por el epitelio limbal. Tomando en conjunto estos resultados coinciden con los propuestos que el epitelio corneal favorece que la córnea sea un sitio inmunoprivilegiado. Resumen en inglés The aim of the present study was to determine the expression of TLR4 on human limbal epithelial cells cultivated in vitro, and to determine its cellular function after stimulation with lipopolysaccharide (LPS). Methods: Limbal epithelial cells were isolated from sclera-corneal rims and stimulated for 24 hours with different doses of LPS from E. coli and from Pseudomonas. After stimulation, the cells were harvested, stained with antibodies against human TLR4 and analysed b (mas) y flow cytometry. mRNA was obtained and RT-PCR was performed for the identification of TLR4. Secretion of TNF-alpha by these cells was evaluated by ELISA of the supernatant. Results: Limbal epithelial cells expanded in vitro constitutively expressed the TLR4 molecule. After stimulation of cells with LPS the average fluorescence intensity increased, indicating that the expression of extracellular TLR4 was augmented. The expression of TLR4 mRNA was also increased with LPS stimulation, with maximum expression measured at 10 ng/ml LPS. The level of TNF-alpha in the supernatant was not different between the stimulated and the non-stimulated cells. Conclusions: Although stimulation of in vitro limbal epithelial cells with LPS up-regulates the extracellular expression of TLR4, the function of TLR4 does not seem to be associated with the secretion of TNF-alpha by these cells. These results are consistent with the proposal that the corneal epithelium is an immunosilent site in the eye.

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Caracterización molecular de los genes histona H2A y ARNsno-Cl de Trypanosoma rangeli: aplicación en pruebas diagnósticas/ Molecular characterization of histone H2A and snoRNA-Cl genes of Trypanosoma rangeli: application in diagnostic tests

Pavía, Paula Ximena; Cuervo, Claudia L; Gil, Juliana; Romero, Ibeth; Morales, Liliana; Díez, Hugo; Quintero, Claudia; del Portillo, Patricia; Vallejo, Gustavo Adolfo; Florez, Astrid C; Montilla, Marleny; Mercado, Marcela; Vacca, Miguel; Nicholls, Rubén Santiago; López, Manuel C; Puerta, Concepción J
2009-03-01

Resumen en español La aplicación de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar e identificar Trypanosoma rangeli y Trypanosoma rangeli presenta a menudo dificultades de interpretación. Así, algunas pruebas generan la amplificación de bandas similares provenientes de uno de los dos parásitos, fragmentos polimórficos de un mismo parásito, o la prevalencia en la detección de T. cruzi en infecciones mixtas. En este estudio se presentan y analizan los trabajos de investi (mas) gación básica realizados con el objeto de diseñar y estandarizar pruebas de PCR específicas de cada parásito. Los iniciadores TcH2AF/R se diseñaron sobre la base de la región diferencial observada entre las unidades génicas que contienen los genes h2a en estos tripanosomas. Esta pareja de iniciadores amplifican un fragmento de 234 pb específico para T. cruzi (cepas I y II). Los iniciadores TrF/R2 anillan en las regiones intergénicas del fragmento génico de 801 pb codificante para seis transcritos que forman la agrupación ARNsno-Cl en T. rangeli. Estos iniciadores amplifican un fragmento de 620 pb exclusivo de las cepas KP1(-) y KP1(+) de este parásito. La aplicación de estas PCR en vectores infectados y en pacientes con enfermedad de Chagas muestra que ambas pruebas constituyen herramientas útiles para el diagnóstico y la identificación diferencial de estos tripanosomátidos. Resumen en inglés The application of polymerase chain reaction (PCR) to detect Trypanosoma rangeli and Trypanosoma rangeli often presents interpretation challenges. For example, some tests yield the amplification of similar bands from either parasite, polymorphic fragments of the same parasite, or present deviation towards T. cruzi in mixed infections. In this study, the basic researching needed for designing and standardizating specific PCR tests for each parasite species PCR are shown an (mas) d analyzed. The TcH2AF/R primers were designed on the basis of the differential gene region observed between the histone h2a genic units of these parasites. These primers amplify a specific 234 bp fragment in T. cruzi (T. cruzi I and II strains). The TrF/R2 primers anneal to the intergenic regions of an 801 bp gene fragment encoding for six transcripts that conform the snoRNA-Cl cluster in T. rangeli. These primers amplify a fragment of 620 bp exclusively in KP1(-) and KP1(+) strains of the parasite. The application of these PCR tests in infected vectors and in chagasic patients show that both tests constitute useful tools for the diagnosis and differential identification of these Trypanosomatids.

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Caracterización molecular de Euptychiina (Lepidoptera: Satyrinae) del norte de la Cordillera Central de los Andes/ Molecular characterization of Euptychiina (Lepidoptera: Satyrinae) from the northern Central Cordillera of the Andes

MARÍN, MARIO ALEJANDRO; LÓPEZ, ANDRÉS; LUCCI FREITAS, ANDRÉ VICTOR; URIBE, SANDRA INÉS
2009-12-01

Resumen en español Euptychiina es considerado un grupo de difícil taxonomía debido a que presenta una alta diversidad de especies de homogeneidad morfológica aparente haciendo compleja su identificación. En este sentido, las secuencias de ADN proporcionan una herramienta útil para la diferenciación de especies al aportar información valiosa y complementaria al uso de caracteres morfológicos tradicionales. Se realizó una caracterización molecular de trece especies de Euptychiina co (mas) munes en el norte de la cordillera central de los Andes Colombianos empleando secuencias de ADN mitocondrial de la región 3- del gen Cyt b, el ARNtSer y el extremo 3- de ND1. En las secuencias del fragmento secuenciado se evidenciaron grados de variación que permitieron diferenciar todas las especies. La variación nucleotídica intraespecífica fue inferior a 2% y la interespecífica superior a 4%. Adicionalmente, se encontró en la región secuenciada un espaciador intergénico entre el Cyt b y el ARNtSer, el cual no había sido reportado para Nymphalidae. La variación nucleotídica en el espaciador a nivel interespecífico fue similar y complementaria a la encontrada en la región codificante. El fragmento secuenciado se presenta como una nueva herramienta para mejorar y complementar los estudios taxonómicos en grupos como este, donde se incluyen especies morfológicamente similares. La región propuesta combina varios genes con diferentes grados de variación nucleotidica aportando información útil en la identificación de especies. Resumen en inglés Euptychiina is considered a taxonomically difficult group given a high diversity of species and morphological homogeneity among them, making their identification complex. In this sense, DNA sequences offer a useful tool for species differentiation, providing valuable and complementary information to traditional morphological characters. The molecular characterization of thirteen Euptychiina species common to the northern Central Cordillera of the Colombian Andes was carri (mas) ed out using mitochondrial DNA sequences of the 3- Cyt b gene, the tRNA Ser and the terminal portion of 3- ND1. Sequences of the DNA fragments exhibited a degree of variation adequate for differentiating all species. Nucleotide variation was less than 2% at the intraspecific level and greater than 4% at the interspecific level. Additionally, an intergenic spacer was found in the Cyt b and the tRNA Ser that has not previously been reported for the Nymphalidae. Nucleotide variation in the spacer at the interspecific level was similar and complementary to that found in the coding region. The sequenced fragment is presented as a new tool to improve and complement taxonomic studies in groups like this, which include morphologically similar species. The proposed region combines various genes with different degrees of nucleotide variation, providing useful information for species identification.

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CTCF regulates the local epigenetic state of ribosomal DNA repeats

Nobelen, Suzanne van de; Rosa-Garrido, Manuel; Delgado, M. Dolores; Galjart, Niels; Sleutels, Frank
2010-11-08

Digital.CSIC (Spain)

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CARACTERIZACIÓN DEL TALLO ACEPTOR DEL tARN MEDIANTE DESCRIPTORES LOCALES BASADOS EN CARGAS PARCIALES/ tRNA ACCEPTOR STEM CHARACTERIZATION BY MEANS OF LOCAL DESCRIPTORS BASED ON PARTIAL CHARGES/ CARACTERIZAÇÃO DO TALO ACEITADOR DO tRNA MEDIANTE DESCRITORES LOCAIS BASEADOS EM CARGAS PARCIAIS

Marín Ray, M.; Daza, Édgar E.
2008-04-01

Resumen en portugués Nesse estudo é caracterizada a distribuição da carga do talo aceitador considerando- se todas as combinações possíveis dos pares Watson-Crick. O estudo realizouse com 256 fragmentos moleculares dos 10 nucleotídeos que modelam os três primeiros pares do talo aceitador, a base diferenciadora e o extremo CCA. Com o intuito de caracterizar cada nucleotídeo, foram propostos dois descritores locais baseados na distribuição de carga da base nitrogenada de cada nucleot (mas) ídeo, os quais se calculam a partir das cargas parciais de Mulliken obtidas de cálculos HF/6-31G. A caracterização e classificação dos talos segundo esses descritores demonstrou um particular comportamento da base diferenciadora em relação aos demais nucleotídeos do talo e uma forte influência sobre o extremo CCA. A classificação de nove variações do talo aceitador do tRNA mostrou uma boa relação estrutura-atividade que colocam em evidência a utilidade dos descritores propostos para caracterizar de maneira local a distribuição de carga dessas bio-moléculas. Resumen en español En este trabajo se caracteriza la distribución de carga del tallo aceptor del tARN, considerando todas las posibles combinaciones de pares Watson-Crick. El estudio se realizó con 256 fragmentos moleculares de 10 nucleótidos que modelan los tres primeros pares del tallo aceptor, la base diferenciadora y el extremo CCA. Para caracterizar los nucleótidos se proponen dos descriptores locales basados en la distribución de carga de la base nitrogenada de cada nucleótido, (mas) los cuales se calculan a partir de las cargas parciales de Mulliken obtenidas de cálculos HF/6-31G. La caracterización y clasificación de los tallos según estos descriptores mostró cómo la base diferenciadora tiene un comportamiento particular respecto a los demás nucleótidos del tallo y una fuerte influencia sobre el extremo CCA. La clasificación de nueve variaciones del tallo aceptor del tARNAla mostró una buena relación estructura-actividad que pone en evidencia la bondad de los descriptores propuestos para caracterizar de manera local la distribución de carga de estas biomoléculas. Resumen en inglés In this work the charge distribution of the tRNA acceptor stem is characterized, considering all the possible Watson- Crick base pair combinations. 256 RNA fragments modeled by 10 nucleotides were used in order to model the first three pairs of the acceptor stem, the discriminator base and the CCA end. We propose two local charge descriptors based on the charge distribution of the nitrogenated base to characterize each nucleotide. These descriptors were computed from atom (mas) ic partial charges derived from HF/6-31G calculations. From the characterization and classification of the stems according to the proposed descriptors, we found a special behavior for the discriminator base (in contrast to the other positions) and a strong effect of this position on the CCA end. The classification of nine variations of the tRNAAla acceptor stem showed a good structure-activity relationship that makes evident the usefulness of the proposed descriptors to characterize the local charge distributions of these biomolecules.

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CARACTERIZACIÓN BIOLÓGICA DE VARIANTES DE PLACA DE LA CEPA VACUNAL 17D CONTRA LA FIEBRE AMARILLA/ BIOLOGICAL CHARACTERISATION OF YELLOW FEVER 17D STRAIN PLAQUE VARIANTS/ CARACTERIZAÇÃO BIOLÓGICA DAS VARIANTES DA PLACA CEPA DA VACINA 17D CONTRA A FEBRE AMARELA

Rojas, María O; Camacho, Marcela; Grosso, María V
2009-04-01

Resumen en portugués A vacina colombiana 17D, contém pelo menos quatro fenótipos, denominados pequeno (0.3 - 1.2 mm), médio (1.3 -2.1mm), grande (2.2 - 3.0mm) e extra grande (>3.1 mm). A composição e distribuição percentual destes fenótipos, variou entre lotes e ampolas do mesmo lote. Cada variante foi clonada por diluição da vacina e seu efeito viral foi analisado em ratos; o fenótipo da placa pequena, esteve ligeiramente sub-representado nos lotes analisados e mostrou uma virulê (mas) ncia similar a da cepa silvestre neurotrópica francesa (LD50 >10-6), enquanto que, o fenótipo predominante e mais atenuado foi o médio (LD50:10-4). Os fenótipos grande e extra grande mostraram um estado viral intermediário (LD50:10-5) com relação aos anteriores. As análises da seqüência das variantes sobre uma região compreendida entre o extremo 3'NS5 e o início de 3'NCR, mostrou a proximidade entre aquelas variantes com algum grau de virulência, e entre a variante atenuada e a vacina colombiana. A heterogeneida-de da vacina 17D, constitui uma evidência da estrutura de qualquer espécie própria do vírus RNA e assinala como os casos de reações pós vacinação adversas, podem estar associadas com a aplicação das vacinas fabricadas a partir das cepas virais atenuadas. Resumen en español La vacuna colombiana 17D contiene por lo menos cuatro fenotipos, denominados pequeño (0,3-1,2 mm), mediano (1,3 -2,1 mm), grande (2,2 - 3,0 mm) y extra-grande (>3,1 mm). La composición y distribución porcentual de esos fenotipos variaron entre lotes y entre ampolletas de un mismo lote. Cada variante fue clonada por dilución de la vacuna y su efecto virulento fue analizado en ratones; el fenotipo de placa pequeño estuvo ligeramente sub representado en los lotes analiz (mas) ados y mostró una virulencia similar a la de la cepa silvestre neurotrópica francesa (DL50 >10-6), mientras que el fenotipo predominante y más atenuado fue el mediano (DL50:10-4). Los fenotipos grande y extragrande mostraron una virulencia intermedia (DL 50:10-5) con relación a los anteriores. Los análisis de secuencia de las variantes sobre una región comprendida entre el extremo 3'NS5 y el inicio de 3'NCR mostró la cercanía entre aquellas variantes con algún grado de virulencia, y entre la variante atenuada y la vacuna colombiana. La heterogeneidad de la vacuna 17D constituye una evidencia de la estructura de cuasiespecies propia de los virus RNA, y señala cómo los casos de reacciones pos vacunales adversas pueden estar asociados con la aplicación de vacunas fabricadas a partir de cepas virales atenuadas. Resumen en inglés The Colombian 17D vaccine contains at least four phenotypes denominated small (0.3 - 1.2 mm), medium (1.3 - 2.1 mm) large (2.2 - 3.0 mm) and extra-large (>3.1 mm). These phenotypes composition and percentage distribution vary between different production lots and between ampoules from a particular lot. Each variant was cloned by diluting the vaccine and its virulent effect was analysed in young mice. The small plaque phenotype was slightly under represented in the lots an (mas) alysed and showed similar virulence to the neurotropic French wild strain (LD50 >10-6), whilst the medium- sized phe-notype predominated and was the most attenuated (LD50:10-4). The large and extra-large phenotypes showed intermediate virulence (LD50:10-5) regarding the others. Sequence analysis of variants within the region between the 3'NS5 end and the beginning of 3'NCR showed the closeness between those variants having some degree of virulence and between the attenuated variant and the Colombian vaccine. The 17D vaccine's heterogeneity constitutes evidence of RNA virus quasi-specie structure and shows how adverse yellow fever vaccine reaction can be associated with applying vaccines produced from attenuated viral strains.

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Brote de parotiditis vírica en un colegio de Bizkaia en 2006/ Outbreak of Viral Parotiditis in a School in Bizkaia, Spain, in 2006

Millán Ortuondo, Eduardo; González Sancristóbal, Itxaso; López Soria, Leyre; Echevarría Mayo, Juan Emilio; Castro Laiz, Visitación de; Muniozguren Agirre, Nerea
2007-02-01

Resumen en español Fundamento: Recientemente se han registrado brotes de parotiditis en España y en otros países desarrollados. Los motivos barajados son la baja cobertura vacunal de las poblaciones afectadas y/o la baja efectividad de las cepas vacunales empleadas. Este trabajo describe un brote de parotiditis ocurrido en Bizkaia y valora la efectividad de las cepas vacunales y la utilidad de las pruebas diagnósticas actualmente empleadas. Métodos: Se etiquetaron como casos aquéllos c (mas) on clínica compatible y vínculo epidemiológico en el periodo de estudio (febrero-mayo-2006). Se recogieron muestras de sangre para estudio de IgM e IgG y de saliva para detección de RNA y genotipo. Se averiguó el estado vacunal y la cepa empleada mediante los registros del reparto vacunal. Se realizó un análisis univariante de los datos y se obtuvieron riesgos relativos según las cepas vacunales empleadas. Resultados: Se detectaron 63 casos; 52 eran alumnos del mismo colegio. El 50% tenía entre 9 y 13 años. El 88,5% de los casos del colegio estaba correctamente vacunado. La sensibilidad de la IgM fue del 9% y la de la PCR del 37%. El riesgo relativo de los alumnos vacunados con una primera dosis de cepa Rubini frente a los vacunados con cepa Jeryl-Lynn fue de 3,8 (IC95% 2,27-6,49). Conclusiones: La elevada cobertura vacunal no impide el desarrollo de brotes en lugares con un alto grado de exposición. La IgM se muestra poco sensible para el diagnóstico de parotiditis. Parece necesario replantearse las estrategias vacunales y los métodos diagnósticos actuales. Resumen en inglés Background: Outbreaks of parotiditis have recently been recorded in Spain and in other developed countries. The possible reasons currently under consideration are the low degree of immunization coverage among the populations involved and/or the low degree of effectiveness of the vaccine strains employed. This study describes one outbreak of parotiditis having occurred in Bizkaia and assesses the effectiveness of the vaccine strains and the usefulness of the diagnostic tes (mas) ts currently used. Methods: Those cases having compatible clinical symptoms and an epidemiological link within the period under study (February-May 2006) were labeled as cases. Blood samples were taken to study IgM and IgG and saliva for genotype and RNA detection. The immunization status and the strain used were found through the vaccine distribution records. A univariate analysis was conducted on the data and relative risks calculated according to the vaccine strains used. Results: A total of 63 cases were detected, 52 being students from one school. Fifty percent were 9-13 years of age. A total of 88.5% of the cases detected at the school had been properly immunized. The IgM sensitivity was 9% , PCR sensitivity being 37%. The relative risk of those students immunized with an initial dose of Rubini strain as compared to those immunized with Jeryl-Lynn strain was 3.8 (95% CI:2.27-6.49). Conclusions: The high degree of immunization coverage does not prevent outbreaks from occurring in places having a high degree of exposure. The IgM reveals itself to be sensitive to a very small degree for the diagnosis of parotiditis. It seems necessary that the current immunization strategies and diagnostic methods be reconsidered.

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Brote de parotiditis vírica en un colegio de Bizkaia en 2006/ Outbreak of Viral Parotiditis in a School in Bizkaia, Spain, in 2006

Millán Ortuondo, Eduardo; González Sancristóbal, Itxaso; López Soria, Leyre; Echevarría Mayo, Juan Emilio; Castro Laiz, Visitación de; Muniozguren Agirre, Nerea
2007-02-01

Resumen en español Fundamento: Recientemente se han registrado brotes de parotiditis en España y en otros países desarrollados. Los motivos barajados son la baja cobertura vacunal de las poblaciones afectadas y/o la baja efectividad de las cepas vacunales empleadas. Este trabajo describe un brote de parotiditis ocurrido en Bizkaia y valora la efectividad de las cepas vacunales y la utilidad de las pruebas diagnósticas actualmente empleadas. Métodos: Se etiquetaron como casos aquéllos c (mas) on clínica compatible y vínculo epidemiológico en el periodo de estudio (febrero-mayo-2006). Se recogieron muestras de sangre para estudio de IgM e IgG y de saliva para detección de RNA y genotipo. Se averiguó el estado vacunal y la cepa empleada mediante los registros del reparto vacunal. Se realizó un análisis univariante de los datos y se obtuvieron riesgos relativos según las cepas vacunales empleadas. Resultados: Se detectaron 63 casos; 52 eran alumnos del mismo colegio. El 50% tenía entre 9 y 13 años. El 88,5% de los casos del colegio estaba correctamente vacunado. La sensibilidad de la IgM fue del 9% y la de la PCR del 37%. El riesgo relativo de los alumnos vacunados con una primera dosis de cepa Rubini frente a los vacunados con cepa Jeryl-Lynn fue de 3,8 (IC95% 2,27-6,49). Conclusiones: La elevada cobertura vacunal no impide el desarrollo de brotes en lugares con un alto grado de exposición. La IgM se muestra poco sensible para el diagnóstico de parotiditis. Parece necesario replantearse las estrategias vacunales y los métodos diagnósticos actuales. Resumen en inglés Background: Outbreaks of parotiditis have recently been recorded in Spain and in other developed countries. The possible reasons currently under consideration are the low degree of immunization coverage among the populations involved and/or the low degree of effectiveness of the vaccine strains employed. This study describes one outbreak of parotiditis having occurred in Bizkaia and assesses the effectiveness of the vaccine strains and the usefulness of the diagnostic tes (mas) ts currently used. Methods: Those cases having compatible clinical symptoms and an epidemiological link within the period under study (February-May 2006) were labeled as cases. Blood samples were taken to study IgM and IgG and saliva for genotype and RNA detection. The immunization status and the strain used were found through the vaccine distribution records. A univariate analysis was conducted on the data and relative risks calculated according to the vaccine strains used. Results: A total of 63 cases were detected, 52 being students from one school. Fifty percent were 9-13 years of age. A total of 88.5% of the cases detected at the school had been properly immunized. The IgM sensitivity was 9% , PCR sensitivity being 37%. The relative risk of those students immunized with an initial dose of Rubini strain as compared to those immunized with Jeryl-Lynn strain was 3.8 (95% CI:2.27-6.49). Conclusions: The high degree of immunization coverage does not prevent outbreaks from occurring in places having a high degree of exposure. The IgM reveals itself to be sensitive to a very small degree for the diagnosis of parotiditis. It seems necessary that the current immunization strategies and diagnostic methods be reconsidered.

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Brote de micoplasmosis clínica por Mycoplasma ovis en ovinos de Salta, Argentina: Diagnóstico clínico, microbiológico y molecular/ Clinical mycoplasmosis outbreak due to Mycoplasma ovis in sheep from Salta, Argentina: Clinical, microbiological and molecular diagnosis

Aguirre, D. H.; Thompson, C.; Neumann, R. D.; Salatin, A. O.; Gaido, A. B.; Torioni de Echaide, S.
2009-12-01

Resumen en español Mycoplasma ovis es un parásito obligado de los eritrocitos de los pequeños rumiantes (ovinos, caprinos), en los que produce anemia crónica o aguda. Su distribución es mundial, aunque se desconoce la difusión de esta bacteria en la Argentina. Este trabajo describe un brote de micoplasmosis en un rebaño ovino de la localidad salteña de Rosario de la Frontera, ocurrido en enero de 2007. Durante ese brote resultó afectada la categoría de ovinos adultos, con una morta (mas) lidad del 17,8%. El diagnóstico en extendidos de sangre (tinción de Giemsa) reveló pequeños cuerpos basófilos, característicos de la infección por M. ovis, en todas las muestras examinadas (n = 11), lo que indica una alta prevalencia de la infección en la majada. El diagnóstico molecular (n = 9) confirmó los hallazgos mediante la amplificación de dos fragmentos del gen 16S rRNA. Este representa el tercer registro del microorganismo en la Argentina y el primero con expresión clínica a escala poblacional (rebaño). Resumen en inglés Mycoplasma ovis is an obligatory parasite of the erythrocytes from small ruminants (sheep, goat), wherein it causes chronic or acute anaemia. This agent shows worldwide distribution. However, its dispersion is still unknown in Argentina. This work describes an outbreak of mycoplasmosis occurred in January 2007 in a sheep flock from Rosario de la Frontera, Salta, Argentina. Adult sheep became ill with a mortality rate of 17.8%. All blood smears (n = 11) examined by Giemsa (mas) stain showed the presence of small basophile bodies characteristic of M. ovis infection, indicating a high prevalence of the infection in the flock. The molecular diagnosis (n = 9) confirmed the findings through the amplification of two fragments from the 16S rRNA gene. This is the third report of M. ovis in Argentina and the first one concomitant with clinical signs at flock level.

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Branched RNA: A New Architecture for RNA Interference

Aviñó, Anna; Ocampo, Sandra M.; Perales, José Carlos; Eritja Casadellà, Ramón
2011-03-01

Digital.CSIC (Spain)

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Bases genómicas del cáncer de mama: avances hacia la medicina personalizada/ Genomic basis for breast cancer: advances in personalized medicine

Hidalgo-Miranda, Alfredo; Jiménez-Sánchez, Gerardo
2009-01-01

Resumen en español El análisis genómico del cáncer de mama ha permitido el desarrollo de nuevas herramientas de predicción de riesgo y respuesta al tratamiento en esta enfermedad. Los perfiles de expresión génica han generado una mejor clasificación de los tumores e identificado subgrupos tumorales con características clínicas particulares. También se han reconocido patrones de pérdida y ganancia de DNA y expresión de micro-RNA relacionados con la carcinogénesis mamaria, tras i (mas) dentificar nuevos blancos potenciales. Los estudios de asociación del genoma completo han identificado variantes genéticas vinculadas con un mayor riesgo a presentar esta enfermedad, lo que hará posible tomar decisiones de salud pública mejor fundamentadas. Asimismo, los avances en la tecnología de secuenciación de DNA permitirán obtener información acerca de todas las alteraciones genéticas en los tumores. En esta revisión se describe el estado que guarda la investigación genómica en el cáncer de mama, así como la transición de estos hallazgos a la práctica clínica y la creación de las bases para el desarrollo de la medicina personalizada. Resumen en inglés Genomic analysis of breast cancer has allowed the development of new tools for the prediction of recurrence and the response to treatment of this disease. Gene expression profiles allow better tumor classification, identifying tumor subgroups with particular clinical outcomes. New potential molecular targets involved in breast carcinogenesis have also been identified through the analysis of DNA copy number aberrations and microRNA expression patterns. Whole genome associa (mas) tion studies have identified genetic variants associated with a higher risk to develop this tumor, providing more information for public health decisions. Progress in DNA sequencing methods will also allow for the analysis of all the genetic alterations present in a tumor. In this review, we describe the current state of genomic research in breast cancer as well as how these findings are being translated into clinical practice, contributing to development of personalized medicine.

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Bases genómicas del cáncer de mama: avances hacia la medicina personalizada/ Genomic basis for breast cancer: advances in personalized medicine

Hidalgo-Miranda, Alfredo; Jiménez-Sánchez, Gerardo
2009-01-01

Resumen en español El análisis genómico del cáncer de mama ha permitido el desarrollo de nuevas herramientas de predicción de riesgo y respuesta al tratamiento en esta enfermedad. Los perfiles de expresión génica han generado una mejor clasificación de los tumores e identificado subgrupos tumorales con características clínicas particulares. También se han reconocido patrones de pérdida y ganancia de DNA y expresión de micro-RNA relacionados con la carcinogénesis mamaria, tras i (mas) dentificar nuevos blancos potenciales. Los estudios de asociación del genoma completo han identificado variantes genéticas vinculadas con un mayor riesgo a presentar esta enfermedad, lo que hará posible tomar decisiones de salud pública mejor fundamentadas. Asimismo, los avances en la tecnología de secuenciación de DNA permitirán obtener información acerca de todas las alteraciones genéticas en los tumores. En esta revisión se describe el estado que guarda la investigación genómica en el cáncer de mama, así como la transición de estos hallazgos a la práctica clínica y la creación de las bases para el desarrollo de la medicina personalizada. Resumen en inglés Genomic analysis of breast cancer has allowed the development of new tools for the prediction of recurrence and the response to treatment of this disease. Gene expression profiles allow better tumor classification, identifying tumor subgroups with particular clinical outcomes. New potential molecular targets involved in breast carcinogenesis have also been identified through the analysis of DNA copy number aberrations and microRNA expression patterns. Whole genome associa (mas) tion studies have identified genetic variants associated with a higher risk to develop this tumor, providing more information for public health decisions. Progress in DNA sequencing methods will also allow for the analysis of all the genetic alterations present in a tumor. In this review, we describe the current state of genomic research in breast cancer as well as how these findings are being translated into clinical practice, contributing to development of personalized medicine.

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Banco de tumores en Chile, su aporte a la investigación: resultados de un proyecto piloto/ A pilot experience with a tumor bank

Roa E, Iván; Artigas A, Carmen G
2008-06-01

Resumen en inglés Background: Despite having the technical facilities and the knowledge, Chile did not have a tumor bank until recently. Aimn: To describe the results of the first three years of a tumor bank. Material and methods: All cases stored in a tumor bank from June 2004 tojune 2007 were included. Samples were frozen in isopentane, afterwards in liquid nitrogen and finally transferred to freezers at -80°C. Quality controls with DNA and RNA extraction and immunohistochemistry, were (mas) per formed. Results: In the study period, 1239 cases were collected and 79% were malignant tumors. In 78% of cases, samples from the tumor and of normal neighaboring tissue, were stored. Twenty six percent of samples were from breast cáncer and 22% for digestive tumors. Immunohistochemical expression ofvimentin was measured in 30 cases and the expression of Ki67 an p53 in 20 cases. Thirteen of 15 breast cáncer samples had expression of estrogen receptors. In 30 cases, DNA and RNA extraction was carried out, amplifying B-globin and B-actin. Moreover RNA was extracted from 63 gastríc cáncer, 30 colon cáncer and gallbladder cáncer samples, for specific projects. Conclusions: The creation of a tumor bank is feasible, preserving samples ofhigh biológical quality

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Aproximación a la metodología basada en árboles de decisión (CART): Mortalidad hospitalaria del infarto agudo de miocardio/ Approach to the methodology of classification and regression trees

Trujillano, Javier; Sarria-Santamera, Antonio; Esquerda, Aureli; Badia, Mariona; Palma, Matilde; March, Jaume
2008-02-01

Resumen en español Objetivo: : Realizar una aproximación a la metodología de árboles de decisión tipo CART (Classification and Regression Trees) desarrollando un modelo para calcular la probabilidad de muerte hospitalaria en infarto agudo de miocardio (IAM). Método: Se utiliza el conjunto mínimo básico de datos al alta hospitalaria (CMBD) de Andalucía, Cataluña, Madrid y País Vasco de los años 2001 y 2002, que incluye los casos con IAM como diagnóstico principal. Los 33.203 paci (mas) entes se dividen aleatoriamente (70 y 30 %) en grupo de desarrollo (GD = 23.277) y grupo de validación (GV = 9.926). Como CART se utiliza un modelo inductivo basado en el algoritmo de Breiman, con análisis de sensibilidad mediante el índice de Gini y sistema de validación cruzada. Se compara con un modelo de regresión logística (RL) y una red neuronal artificial (RNA) (multilayer perceptron). Los modelos desarrollados se contrastan en el GV y sus propiedades se comparan con el área bajo la curva ROC (ABC) (intervalo de confianza del 95%). Resultados: En el GD el CART con ABC = 0,85 (0,86-0,88), RL 0,87 (0,86-0,88) y RNA 0,85 (0,85-0,86). En el GV el CART con ABC = 0,85 (0,85-0,88), RL 0,86 (0,85-0,88) y RNA 0,84 (0,83-0,86). Conclusiones: Los 3 modelos obtienen resultados similares en su capacidad de discriminación. El modelo CART ofrece como ventaja su simplicidad de uso y de interpretación, ya que las reglas de decisión que generan pueden aplicarse sin necesidad de procesos matemáticos. Resumen en inglés Objective: To provide an overview of decision trees based on CART (Classification and Regression Trees) methodology. As an example, we developed a CART model intended to estimate the probability of intrahospital death from acute myocardial infarction (AMI). Method: We employed the minimum data set (MDS) of Andalusia, Catalonia, Madrid and the Basque Country (2001-2002), which included 33,203 patients with a diagnosis of AMI. The 33,203 patients were randomly divided (70% (mas) and 30%) into the development (DS; n = 23,277) and the validation (VS; n = 9,926) sets. The CART inductive model was based on Breiman's algorithm, with a sensitivity analysis based on the Gini index and cross-validation. We compared the results with those obtained by using both logistic regression (LR) and artificial neural network (ANN) (multilayer perceptron) models. The developed models were contrasted with the VS and their properties were evaluated with the area under the ROC curve (AUC) (95% confidence interval [CI]). Results: In the DS, the CART showed an AUC = 0.85 (0.86-0.88), LR 0.87 (0.86-0.88) and ANN 0.85 (0.85-0.86). In the VS, the CART showed an AUC = 0.85 (0.85-0.88), LR 0.86 (0.85-0.88) and ANN 0.84 (0.83-0.86). Conclusions: None of the methods tested outperformed the others in terms of discriminative ability. We found that the CART model was much easier to use and interpret, because the decision rules generated could be applied without the need for mathematical cal

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Aproximación a la metodología basada en árboles de decisión (CART). Mortalidad hospitalaria del infarto agudo de miocardio/ Approach to the methodology of classification and regression trees

Trujillano, Javier; Sarria-Santamera, Antonio; Esquerda, Aureli; Badia, Mariona; Palma, Matilde; March, Jaume
2008-02-01

Resumen en español Objetivo: : Realizar una aproximación a la metodología de árboles de decisión tipo CART (Classification and Regression Trees) desarrollando un modelo para calcular la probabilidad de muerte hospitalaria en infarto agudo de miocardio (IAM). Método: Se utiliza el conjunto mínimo básico de datos al alta hospitalaria (CMBD) de Andalucía, Cataluña, Madrid y País Vasco de los años 2001 y 2002, que incluye los casos con IAM como diagnóstico principal. Los 33.203 paci (mas) entes se dividen aleatoriamente (70 y 30 %) en grupo de desarrollo (GD = 23.277) y grupo de validación (GV = 9.926). Como CART se utiliza un modelo inductivo basado en el algoritmo de Breiman, con análisis de sensibilidad mediante el índice de Gini y sistema de validación cruzada. Se compara con un modelo de regresión logística (RL) y una red neuronal artificial (RNA) (multilayer perceptron). Los modelos desarrollados se contrastan en el GV y sus propiedades se comparan con el área bajo la curva ROC (ABC) (intervalo de confianza del 95%). Resultados: En el GD el CART con ABC = 0,85 (0,86-0,88), RL 0,87 (0,86-0,88) y RNA 0,85 (0,85-0,86). En el GV el CART con ABC = 0,85 (0,85-0,88), RL 0,86 (0,85-0,88) y RNA 0,84 (0,83-0,86). Conclusiones: Los 3 modelos obtienen resultados similares en su capacidad de discriminación. El modelo CART ofrece como ventaja su simplicidad de uso y de interpretación, ya que las reglas de decisión que generan pueden aplicarse sin necesidad de procesos matemáticos. Resumen en inglés Objective: To provide an overview of decision trees based on CART (Classification and Regression Trees) methodology. As an example, we developed a CART model intended to estimate the probability of intrahospital death from acute myocardial infarction (AMI). Method: We employed the minimum data set (MDS) of Andalusia, Catalonia, Madrid and the Basque Country (2001-2002), which included 33,203 patients with a diagnosis of AMI. The 33,203 patients were randomly divided (70% (mas) and 30%) into the development (DS; n = 23,277) and the validation (VS; n = 9,926) sets. The CART inductive model was based on Breiman's algorithm, with a sensitivity analysis based on the Gini index and cross-validation. We compared the results with those obtained by using both logistic regression (LR) and artificial neural network (ANN) (multilayer perceptron) models. The developed models were contrasted with the VS and their properties were evaluated with the area under the ROC curve (AUC) (95% confidence interval [CI]). Results: In the DS, the CART showed an AUC = 0.85 (0.86-0.88), LR 0.87 (0.86-0.88) and ANN 0.85 (0.85-0.86). In the VS, the CART showed an AUC = 0.85 (0.85-0.88), LR 0.86 (0.85-0.88) and ANN 0.84 (0.83-0.86). Conclusions: None of the methods tested outperformed the others in terms of discriminative ability. We found that the CART model was much easier to use and interpret, because the decision rules generated could be applied without the need for mathematical cal.

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Aplicación de las redes neuronales artificiales para la estratificación de riesgo de mortalidad hospitalaria/ Application of artificial neural networks for risk stratification of hospital mortality

Trujillano, J.; March, J.; Badia, M.; Rodríguez, A.; Sorribas, A.
2003-12-01

Resumen en español Objetivo: Comparar la capacidad de predicción de mortalidad hospitalaria de una red neuronal artificial (RNA) con el Acute Physiology and Chronic Health Evaluation II (APACHE II) y la regresión logística (RL), y comparar la asignación de probabilidades entre los distintos modelos. Método: Se recogen de forma prospectiva las variables necesarias para el cálculo del APACHE II. Disponemos de 1.146 pacientes asignándose aleatoriamente (70 y 30%) al grupo de Desarrollo (mas) (800) y al de Validación (346). Con las mismas variables se genera un modelo de RL y de RNA (perceptrón de 3 capas entrenado por algoritmo de backpropagation con remuestreo bootstrap y con 9 nodos en la capa oculta) en el grupo de desarrollo. Se comparan los tres modelos en función de los criterios de discriminación con el área bajo la curva ROC (ABC [IC del 95%]) y de calibración con el test de Hosmer-Lemeshow C (HLC). Las diferencias entre las probabilidades se valoran con el test de Bland-Altman. Resultados: En el grupo de validación, el APACHE II con ABC de 0,79 (0,75-0,84) y HLC de 11 (p = 0,329); modelo RL, ABC de 0,81 (0,76-0,85) y HLC de 29 (p = 0,0001), y en RNA, ABC de 0,82 (0,77-0,86) y HLC de 10 (p = 0,404). Los pacientes con mayores diferencias en la asignación de probabilidad entre RL y RN (8% del total) son pacientes con problemas neurológicos. Los peores resultados se obtienen en los pacientes traumáticos (ABC inferior a 0,75 en todos los modelos). En los pacientes respiratorios, la RNA alcanza los mejores resultados (ABC = 0,87 [0,78-0,91]). Conclusiones: Una RNA es capaz de estratificar el riesgo de mortalidad hospitalaria utilizando las variables del sistema APACHE II. La RNA consigue mejores resultados frente a RL, sin alcanzar significación, ya que no trabaja con restricciones lineales ni de independencia de variables, con una diferente asignación de probabilidad individual entre los modelos. Resumen en inglés Objective: To compare the ability of an artificial neural network (ANN) to predict hospital mortality with that of the Acute Physiology and Chronic Health Evaluation II (APACHE II) system and multiple logistic regression (LR). A secondary objective was to compare the allocation of individual probability among the models. Method: The variables required for calculating the APACHE II were prospectively collected. A total of 1146 patients were divided (randomly 70% and 30%) i (mas) nto the Development (800) and the Validation (346) sets. With the same variables an LR model and an ANN were carried out (a 3-layer perceptron trained by algorithm backpropagation with bootstrap resampling and with 9 nodes in the hidden layer) in the Development set. The models developed were contrasted with the Validation set and their discrimination properties were evaluated using the area under the ROC curve (AUC [95% CI]) and calibration with the Hosmer-Lemeshow C (HLC) test. Differences between the probabilities were evaluated using the Bland-Altman test. Results: The Validation set showed an APACHE II with an AUC = 0.79 (0.75-0.84) and HLC = 11 (p = 0.329); LR model AUC = 0.81 (0.76-0.85) and HLC = 29 (p = 0.0001) and an ANN AUC = 0.82 (0.77-0.86) and HLC = 10 (p = 0.404). The patients with the most important differences in the allocation of probability between LR and ANN (8% of the total) were neurological. The worst results were found in trauma patients with an AUC of not greater than 0.75 in all the models. In respiratory patients, the ANN achieved the best AUC = 0.87 (0.78-0.91). Conclusions: The ANN was able to stratify hospital mortality risk by using the APACHE II system variables. The ANN tended to achieve better results than LR, since, in order to work, it does not require lineal restrictions or independent variables. Allocation of individual probability differed in each model.

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Aplicación de las redes neuronales artificiales para la estratificación de riesgo de mortalidad hospitalaria/ Application of artificial neural networks for risk stratification of hospital mortality

Trujillano, J.; March, J.; Badia, M.; Rodríguez, A.; Sorribas, A.
2003-12-01

Resumen en español Objetivo: Comparar la capacidad de predicción de mortalidad hospitalaria de una red neuronal artificial (RNA) con el Acute Physiology and Chronic Health Evaluation II (APACHE II) y la regresión logística (RL), y comparar la asignación de probabilidades entre los distintos modelos. Método: Se recogen de forma prospectiva las variables necesarias para el cálculo del APACHE II. Disponemos de 1.146 pacientes asignándose aleatoriamente (70 y 30%) al grupo de Desarrollo (mas) (800) y al de Validación (346). Con las mismas variables se genera un modelo de RL y de RNA (perceptrón de 3 capas entrenado por algoritmo de backpropagation con remuestreo bootstrap y con 9 nodos en la capa oculta) en el grupo de desarrollo. Se comparan los tres modelos en función de los criterios de discriminación con el área bajo la curva ROC (ABC [IC del 95%]) y de calibración con el test de Hosmer-Lemeshow C (HLC). Las diferencias entre las probabilidades se valoran con el test de Bland-Altman. Resultados: En el grupo de validación, el APACHE II con ABC de 0,79 (0,75-0,84) y HLC de 11 (p = 0,329); modelo RL, ABC de 0,81 (0,76-0,85) y HLC de 29 (p = 0,0001), y en RNA, ABC de 0,82 (0,77-0,86) y HLC de 10 (p = 0,404). Los pacientes con mayores diferencias en la asignación de probabilidad entre RL y RN (8% del total) son pacientes con problemas neurológicos. Los peores resultados se obtienen en los pacientes traumáticos (ABC inferior a 0,75 en todos los modelos). En los pacientes respiratorios, la RNA alcanza los mejores resultados (ABC = 0,87 [0,78-0,91]). Conclusiones: Una RNA es capaz de estratificar el riesgo de mortalidad hospitalaria utilizando las variables del sistema APACHE II. La RNA consigue mejores resultados frente a RL, sin alcanzar significación, ya que no trabaja con restricciones lineales ni de independencia de variables, con una diferente asignación de probabilidad individual entre los modelos. Resumen en inglés Objective: To compare the ability of an artificial neural network (ANN) to predict hospital mortality with that of the Acute Physiology and Chronic Health Evaluation II (APACHE II) system and multiple logistic regression (LR). A secondary objective was to compare the allocation of individual probability among the models. Method: The variables required for calculating the APACHE II were prospectively collected. A total of 1146 patients were divided (randomly 70% and 30%) i (mas) nto the Development (800) and the Validation (346) sets. With the same variables an LR model and an ANN were carried out (a 3-layer perceptron trained by algorithm backpropagation with bootstrap resampling and with 9 nodes in the hidden layer) in the Development set. The models developed were contrasted with the Validation set and their discrimination properties were evaluated using the area under the ROC curve (AUC [95% CI]) and calibration with the Hosmer-Lemeshow C (HLC) test. Differences between the probabilities were evaluated using the Bland-Altman test. Results: The Validation set showed an APACHE II with an AUC = 0.79 (0.75-0.84) and HLC = 11 (p = 0.329); LR model AUC = 0.81 (0.76-0.85) and HLC = 29 (p = 0.0001) and an ANN AUC = 0.82 (0.77-0.86) and HLC = 10 (p = 0.404). The patients with the most important differences in the allocation of probability between LR and ANN (8% of the total) were neurological. The worst results were found in trauma patients with an AUC of not greater than 0.75 in all the models. In respiratory patients, the ANN achieved the best AUC = 0.87 (0.78-0.91). Conclusions: The ANN was able to stratify hospital mortality risk by using the APACHE II system variables. The ANN tended to achieve better results than LR, since, in order to work, it does not require lineal restrictions or independent variables. Allocation of individual probability differed in each model.

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Análisis molecular del proceso de transcripción de genes en eucariontes/ Molecular analysis of genome transcription in eukaryotes

Cabrejos M, María Eugenia; Tamayo C, Evelyn; Maldonado M, Edio
2001-09-01

Resumen en español El proceso de transcripción es altamente regulado en el que intervienen la RNA polimerasa y varios factores adicionales. La enzima RNA polimerasa II contiene entre 8 y 14 subunidades y es la enzima que transcrie los RNA que codifican para proteínas. La subunidad mayor de la RNA polimerasa II contiene en su región carboxilo terminal un dominio denominado CTD que consiste en repeticiones de un heptapéptido, el cual es fundamental para la regulación de la transcripción (mas) . El proceso de transcripción consiste de tres etapas: iniciación, elongación y terminación. A pesar que la RNA polimerasa II es una enzima multimérica, no puede reconocer los promotores e iniciar la transcripción en forma específica. Para iniciar la transcripción en forma específica requiere de factores adicionales, denominados factores generales de transcripción, los cuales se denominan TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF y TFIIH. Estos factores y la RNA polimerasa II se ensamblan sobre el promotor en forma secuencial, o preensamblados con la RNA polimerasa II. Los genes son activados en respuesta a señales fisiológicas, llevada a cabo por los activadores de la transcripción, los que se unen a secuencias intensificadoras que están ubicadas río arriba del sitio de iniciación. Para la activación de la transcripción, además de los activadores, se requiere de un complejo MED, el cual puede encontrarse libre o bien unido al CTD de la RNA polimerasa II. El DNA se encuentra compactado dentro del núcleo por histonas, las cuales representan un impedimento físico para que se forme un complejo de iniciación sobre el promotor. Existen enzimas que poseen la capacidad de modificar las histonas, que se denominan acetilasas, las cuales acetilan el dominio aminoterminal de las histonas, provocando una inestabilidad en el nucleosoma, lo cual permite que se forme un complejo de preiniciación de la transcripción. También existen factores que son capaces de desplazar los nucleosomas para permitir la unión de la RNA polimerasa II y sus factores al promotor Resumen en inglés The transcription process is highly regulated and requires RNA polymerase and additional factors. The enzyme RNA polymerase II is composed of 8 to 14 subunits and transcribes the messenger RNA. The largest subunit contains in the amino terminal region a domain which is named CTD. CTD is composed of repetitions of a heptapeptide sequence which is fundamental for the regulation of transcription. Although RNA polymerase is a multimeric enzyme it is not by itself able to reco (mas) gnize the promoters and initiate specific transcription. It requires auxiliary factors called the general transcription factors, TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF and TFIIH. These factors and RNA polymerase II are assembled at the promoter site in a step by step fashion or preassembled with RNA polymerase II. The genes are activated in response to physiological signals by activators which bind to the upstream elements of the promoter site. Also for the activation of transcription the MED complex is required. This can exist in the free form or bound to the CTD of RNA polymerase II. The DNA inside the nucleus is compacted by histones to form chromatin, which restricts the access of the transcription machinery to the promoter site. Enzymes called acetylases are able to modify the chromatin structure by acetylation of the N-terminal of the histones, producing a weakening in the DNA-histone contacts, thus allowing the transcription machinery access to the promoters and initiate transcription. There exists factors which are able to displace the nucleosomes to allow RNA polymerase II and factors to form a preinitiation complex on the DNA promoter site

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Análisis comparativo del gen P de Rinderpest Virus (RPV)/ Comparative analysis of Rinderpest Virus (RPV) P gene

Vagnozzi, A; Carrillo, C
2006-12-01

Resumen en español Rinderpest Virus (RPV) es el agente causal de una severa enfermedad del ganado doméstico. Es un virus envuelto, cuyo genoma RNA no segmentado, de cadena simple y negativa (-ssRNA), está organizado en seis genes no superpuestos. El gen P es el más complejo de dichos genes, codificando una proteína estructural (P) y dos no estructurales (C y V). La proteína P es esencial para la replicación viral y está involucrada en todos los aspectos del ciclo viral. En cambio, la (mas) s proteínas C y V son consideradas no esenciales para la replicación, al menos in vitro. En este trabajo hemos secuenciado el gen P de 16 aislamientos diferentes de RPV, y realizado el análisis comparativo de las secuencias obtenidas, poniendo el énfasis en las regiones conservadas en relación a su importancia funcional. Rinderpest ha sido una de las amenazas mas importantes para la salud del ganado domestico. En la actualidad la enfermedad se presenta en ciertas regiones de Asia y está en vías de ser erradicada del planeta. La secuenciación y el análisis comparativo realizado en este trabajo es una herramienta sumamente útil y eficiente tanto para seguimiento epidemiológico del virus como para la evaluación de su biología. Resumen en inglés Rinderpest Virus (RPV) is the causative agent of a serious disease of domestic cattle. RPV is an enveloped virus with a single stranded, non-segmented, negative RNA genome (-ssRNA), that is organized in six non-overlapping genes. P gene is the most complex of such genes. Its sequence codifies for a structural (P) and two non-structural proteins (C and V). The P protein is essential for viral replication and is involved in every aspect of the viral cycle, whereas, C and V (mas) proteins are non essential for viral replication, at least in vitro. Here we have made a comparative analysis of sequences of the P gene and its codified proteins from 16 different isolations of RPV, focusing in conserved regions and its functional role. Rinderpest has been one of the most important threats to the cattle health. Actually, the disease is present just in some regions of Asia. The present comparative genomic analysis will be useful as epidemiological work and an important contribution to the current knowledge of RPV biology.

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Angiomatosis bacilar por Bartonella quintana en un paciente con infección por virus de inmunodeficiencia humana/ Bacillary angiomatosis caused by Bartonella quintana in an human immunodeficiency virus positive patient

Vásquez T, Patricia; Chanqueo C, Leonardo; García C, Patricia; Poggi M, Helena; Ferrés G, Marcela; Bustos M, Marisol; Piottante B, Antonio
2007-04-01

Resumen en español Reportamos el primer caso de angiomatosis bacilar por Bartonella quintana en un paciente con infección por VIH en nuestro país. Este corresponde a un hombre de 27 años, heterosexual, indigente, seropositivo para VIH conocido desde septiembre de 2003, en control irregular. En abril de 2005, el paciente desarrolló un aumento progresivo de volumen en la región frontal y aparición de pápulas eritematosas en las extremidades, que luego se extendieron a la cara, tórax y (mas) mucosas, tornándose nodulares y violáceas. El diagnóstico de angiomatosis bacilar se planteó inicialmente por el cuadro clínico del paciente, siendo confirmado por serología y tinción de Warthin Starry positiva en la biopsia de piel. El agente causal se identificó como Bartonella quintana por RPC universal para el gen del 16S ARNr de un nódulo cutáneo. Se inició terapia antimicrobiana con azitromicina y ciprofloxacina, además de terapia antiretroviral, con desaparición de las lesiones en forma progresiva Resumen en inglés We report the first case of bacillary angiomatosis due to Bartonella quintana affecting a Chilean a HIV positive patient in Chile. He was a 27 years old, heterosexual male, indigentman known to be HIV positive serological status known from September, 2003, under irregular medical control. On April, 2005, he presented a progressive abscess in the frontal region and erythematous papules in the extremities, that extended to face, thorax and mucoses, becoming nodular and viol (mas) aceous lesions. Bacillary angiomatosis diagnosis was initially sustained on account of the clinical manifestations, and was confirmed by serology and Warthin Starry staining from a skin biopsy. The etiological agent was identified as Bartonella quintana through universal RPC performed from a cutaneous nodule to detect 16S rRNA gen. Azithromycin plus ciprofloxacin was started, besides of anti retroviral therapy antiretroviral, with the lesions being progressively disappearing

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Analysis of the interaction of influenza virus polymerase complex with human cell factors

Jorba, Núria; Juárez, Silvia; Torreira, Eva; Gastaminza, Pablo; Zamarreño, Noelia; Albar, Juan Pablo; Ortín, Juan
2008-05-19

Digital.CSIC (Spain)

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Aminoglucósidos-aminociclitoles: Características estructurales y nuevos aspectos sobre su resistencia/ Aminoglycosides-aminocyclitols: Structural characteristics and new aspects on resistance

Mella M, Sergio; Sepúlveda A, Marcela; González R, Gerardo; BelloT, Helia; Domínguez Y, Mariana; Zemelman Z, Raúl; Ramírez G, César
2004-12-01

Resumen en inglés The aminoglycoside-aminocyclitol antibiotics constitute one of the antibacterial agent families with greater activity upon aerobic Gram-negative bacilli. These compounds are formed by the combination of one amino-cyclic alcohol (aminocyclitol) and aminosaccharides (aminoglycosides) linked by glycosidic bonds. The strong bactericidal activity exhibited for these compounds is not only explained by their ability to inhibit the protein synthesis, but also by pleiotropic effec (mas) t altering the permeability of cytoplasmatic membrane. The penetration of these antibiotics to the bacterial cells is mediated by three well defined phases, being the two latest dependant of the proton-motive force. This fact explains that this kind of compounds have no antibacterial activity upon anaerobic bacteria. Bacterial resistance to aminoglycosides is mainly due to aminoglycoside-modifying enzymes (AME), which are commonly encoded by extrachromosomal genetic elements as are plasmids and transposons. Nevertheless, new mechanisms of resistance and genetic elements participating in the resistance to these compounds have been identified. Thus, recently the methylation of the 16S rRNA binding the aminoglycosides has been described. On the other hand, the gene cassettes acquire an increasing importance, because they can host a varied of families of antibiotic resistance genes, including the aminoglycoside-aminocyclitols. These gene cassettes are associated to integrons, which are able to integrate and express these antibiotic resistance determinants

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A new role for hth in the early pre-blastodermic divisions in drosophila.

Salvany, Lara; Aldaz, Silvia; Corsetti, Elise; Azpiazu, Natalia
2009-09-01

Digital.CSIC (Spain)

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A comparison of time series forecasting between artificial neural networks and box and jenkins methods/ Predicción con redes neuronales artificiales: comparación con las metodologías de box y jenkins

Collantes Duarte, Joanna; Colmenares La Cruz, Gerardo; Orlandoni Merli, Giampaolo; Rivas Echeverría, Franklin
2004-12-01

Resumen en español El objetivo principal de esta investigación es comparar las metodologías de Box y Jenkins: Modelo ARIMA y Modelo de Función de Transferencia (MFT), utilizadas frecuentemente en estadística para predicción con series de tiempo, con la técnica de la Inteligencia Artificial denominada Redes Neuronales Artificiales (RNA). Se proponen metodologías para predicción con una red neuronal artificial utilizando el algoritmo de retropropagación y las neuronas neo-difusas. El (mas) comportamiento de los métodos se analiza mediante casos de estudio y haciendo uso de criterios comparativos para las fases de ajuste y predicción. Resumen en inglés This paper deals with a comparison between Box and Jenkins methodologies and Artificial Neural Networks on time series forecasting. ARIMA and Transfer Function Models are compared with Neural Network Models. Performance of the building models are analysed using comparative criteria during the prediction and fitness stage.

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