Sample records for OLIGONUCLEOTIDOS (oligonucleotides)
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Utilidad en la combinación de oligonucleótidos universales para la detección del virus del papiloma humano en cáncer cervicouterino y lesiones premalignas/ Usefulness of combining universal oligonucleotides in detecting human papillomavirus in cervical cancer and premalignant lesions

Carrillo, Adela; Mohar, Alejandro; Meneses, Abelardo; Frías-Mendivil, Mauricio; Solorza, Gilberto; Lizano, Marcela
2004-02-01

Resumen en español OBJETIVO: Determinar la frecuencia y distribución del virus del papiloma humano en los diferentes estadios que conforman la historia natural del cáncer cérvico uterino, y optimizar la detección mediante el uso de diferentes oligonucleótidos universales. MATERIAL Y MÉTODOS: Se trata de un estudio transversal, descriptivo, en el que las muestras fueron colectadas durante enero a diciembre de 1999. El procesamiento de las muestras y el análisis de los datos se realiza (mas) ron en el Instituto Nacional de Cancerología en la Ciudad de México. Se hizo análisis comparativo con t de Student para valores continuos y con ji cuadrada para proporciones, y análisis de concordancia entre biopsia y exudado cervical con la prueba estadística de Kappa. Para la detección del virus se utilizó la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) con oligonucleótidos universales los cuales reconocen diferentes regiones del gen L1 (MY09/11; GP5/6; L1C1/2), y oligonucleótidos específicos para el VPH 16 y el VPH 18, así como secuenciación directa de los productos de la PCR. RESULTADOS: Se analizaron 154 muestras: 65 (42.2%) citologías normales, 45 (29.2%) lesiones de alto y bajo grado, y 44 (28.6%) de cáncer invasor. El VPH fue detectado en 95.5% de los casos de cáncer invasor, en 91.6% de lesiones de alto grado, en 66.7% de lesiones de bajo grado y en 23.1% de citologías normales, por la PCR con al menos uno de los juegos de oligonucleótidos utilizados. La detección fue más eficiente en las muestras obtenidas por biopsia que en los exudados cervicovaginales. El porcentaje total de detección del VPH con un juego de oligonucleótidos universales (37.6%) aumentó sustancialmente (60.4%) al combinarlo con otros dos juegos de oligonucleótidos universales. CONCLUSIONES: La presencia del VPH de alto riesgo es elevada inclusive en mujeres con epitelios cervicales con diagnóstico citológico normal. La detección del VPH mejora al utilizar distintos juegos de oligonucleótidos universales que reconocen la región L1 del VPH. Con una adecuada toma de muestra, el análisis para detección de ADN en exudado cérvico-vaginal es una buena alternativa de diagnóstico del VPH. Resumen en inglés OBJECTIVE: To determine the prevalence of human papillomavirus (HPV) infection at different stages of the natural history of cervical cancer. Also, to optimize its detection by means of different sets of general primers. MATERIAL AND METHODS: A descriptive, cross-sectional study was conducted between January and December 1999. Samples were processed and analyzed at the Instituto Nacional de Cancerología (National Cancerology Institute) in Mexico City. A comparative analy (mas) sis was performed using Student's t for continuous values and the chi-squared test for proportions. A contingency analysis was made between biopsy and cervical exudates with the Kappa statistic. HPV detection was done by PCR with general primers which recognize different regions of the L1 gene (MY09/11; GP5/6; L1C1/2) and with HPV16- and HPV18- specific primers, as well as direct sequencing of PCR products. RESULTS: In total, 154 samples were analyzed: 65 (42.2%) of them showed normal cytology; 45 (29.2%) high and low grade lesions; and 44 (28.6%) invasive cervical cancer. HPV was detected in 95.5% of invasive cervical cancers, in 91.6% of high grade lesions, in 66.7% of low grade lesions, and in 23.1% of normal smears, by PCR with at least one set of oligonucleotide primers. HPV detection was more efficient in biopsy specimens than in cervical scrapes. The total percentage of HPV detection us ing only one set of universal oligonucleotides (37.6%)increased to 60.4% when the other two sets of universal oligonucleotides were used. CONCLUSIONS:The frequency of high risk HPV is high even in women with reported normal cytology. HPV detection improves when different sets of general primers directed to the L1 region are used. HPV DNA screening in cervical scrapes may be a good alternative HPV diagnostic tool when the samples are appropriately taken.

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Utilidad en la combinación de oligonucleótidos universales para la detección del virus del papiloma humano en cáncer cervicouterino y lesiones premalignas/ Usefulness of combining universal oligonucleotides in detecting human papillomavirus in cervical cancer and premalignant lesions

Carrillo, Adela; Mohar, Alejandro; Meneses, Abelardo; Frías-Mendivil, Mauricio; Solorza, Gilberto; Lizano, Marcela
2004-02-01

Resumen en español OBJETIVO: Determinar la frecuencia y distribución del virus del papiloma humano en los diferentes estadios que conforman la historia natural del cáncer cérvico uterino, y optimizar la detección mediante el uso de diferentes oligonucleótidos universales. MATERIAL Y MÉTODOS: Se trata de un estudio transversal, descriptivo, en el que las muestras fueron colectadas durante enero a diciembre de 1999. El procesamiento de las muestras y el análisis de los datos se realiza (mas) ron en el Instituto Nacional de Cancerología en la Ciudad de México. Se hizo análisis comparativo con t de Student para valores continuos y con ji cuadrada para proporciones, y análisis de concordancia entre biopsia y exudado cervical con la prueba estadística de Kappa. Para la detección del virus se utilizó la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) con oligonucleótidos universales los cuales reconocen diferentes regiones del gen L1 (MY09/11; GP5/6; L1C1/2), y oligonucleótidos específicos para el VPH 16 y el VPH 18, así como secuenciación directa de los productos de la PCR. RESULTADOS: Se analizaron 154 muestras: 65 (42.2%) citologías normales, 45 (29.2%) lesiones de alto y bajo grado, y 44 (28.6%) de cáncer invasor. El VPH fue detectado en 95.5% de los casos de cáncer invasor, en 91.6% de lesiones de alto grado, en 66.7% de lesiones de bajo grado y en 23.1% de citologías normales, por la PCR con al menos uno de los juegos de oligonucleótidos utilizados. La detección fue más eficiente en las muestras obtenidas por biopsia que en los exudados cervicovaginales. El porcentaje total de detección del VPH con un juego de oligonucleótidos universales (37.6%) aumentó sustancialmente (60.4%) al combinarlo con otros dos juegos de oligonucleótidos universales. CONCLUSIONES: La presencia del VPH de alto riesgo es elevada inclusive en mujeres con epitelios cervicales con diagnóstico citológico normal. La detección del VPH mejora al utilizar distintos juegos de oligonucleótidos universales que reconocen la región L1 del VPH. Con una adecuada toma de muestra, el análisis para detección de ADN en exudado cérvico-vaginal es una buena alternativa de diagnóstico del VPH. Resumen en inglés OBJECTIVE: To determine the prevalence of human papillomavirus (HPV) infection at different stages of the natural history of cervical cancer. Also, to optimize its detection by means of different sets of general primers. MATERIAL AND METHODS: A descriptive, cross-sectional study was conducted between January and December 1999. Samples were processed and analyzed at the Instituto Nacional de Cancerología (National Cancerology Institute) in Mexico City. A comparative analy (mas) sis was performed using Student's t for continuous values and the chi-squared test for proportions. A contingency analysis was made between biopsy and cervical exudates with the Kappa statistic. HPV detection was done by PCR with general primers which recognize different regions of the L1 gene (MY09/11; GP5/6; L1C1/2) and with HPV16- and HPV18- specific primers, as well as direct sequencing of PCR products. RESULTS: In total, 154 samples were analyzed: 65 (42.2%) of them showed normal cytology; 45 (29.2%) high and low grade lesions; and 44 (28.6%) invasive cervical cancer. HPV was detected in 95.5% of invasive cervical cancers, in 91.6% of high grade lesions, in 66.7% of low grade lesions, and in 23.1% of normal smears, by PCR with at least one set of oligonucleotide primers. HPV detection was more efficient in biopsy specimens than in cervical scrapes. The total percentage of HPV detection us ing only one set of universal oligonucleotides (37.6%)increased to 60.4% when the other two sets of universal oligonucleotides were used. CONCLUSIONS:The frequency of high risk HPV is high even in women with reported normal cytology. HPV detection improves when different sets of general primers directed to the L1 region are used. HPV DNA screening in cervical scrapes may be a good alternative HPV diagnostic tool when the samples are appropriately taken.

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Uso de las Propiedades Fisicoquímicas de Oligonucleótidos como Biomarcadores/ Use of oligonucleotid physicochemical properties as biomarkers

Martínez Reyes, José; González Partida, Eduardo; Perez, Renee J.
2009-01-01

Resumen en español Marcadores biológicos (biomarcadores) son complejos moleculares que pueden estar presentes en fósiles, procedentes de biomoléculas de los organismos vivos. Debido a sus características generales son resistentes a la intemperie, la biodegradación, la evaporación y otros procesos biológicos, siendo comúnmente conservados en las rocas y pueden ser utilizados por geólogos, geoquímicos, arqueólogos, etc. para obtener información sobre la materia orgánica en las ro (mas) cas fuente, la presencia de petróleo, las condiciones ambientales durante su sedimentación (diagénesis), la madurez térmica experimentada por el petróleo y/o roca (catagénesis), el grado de biodegradación, algunos aspectos de la mineralogía de la roca fuente (litología), la edad de los fósiles y en caracterización de DNA (Acido Desoxirribonucleico). Los biomarcadores pueden ser oligonucleótidos, que son fragmentos de moléculas de DNA de cadena sencilla de determinada longitud. El DNA de fósiles puede formar enlaces cruzados entre si o con otras moléculas al paso del tiempo, dificultando el uso de técnicas como el PCR para su estudio, por ello, en el presente trabajo se aplicó a los oligonucleótidos la técnica de determinación de los valores de pKa (potencial de la constante de ionización), mediante espectrofotometría de luz ultravioleta en el intervalo básico de pH, usando como oligonucleótido modelo el d-AAAGAAA en solución acuosa de NaCl, titulándolo con solución de NaOH. Lo anterior también se realizo en presencia de una solución amortiguadora de pH (NaHCO3). Además se determinaron valores de pKa para el mismo compuesto a diferentes condiciones de temperatura, sales y mezclas de alcohol-agua como solvente. También se determinaron valores de pKa a los oligonucleótidos d-CCCGCCC y d-AAGAA. Los valores de pKa obtenidos varían entre 9 y 12. Estos resultados obtenidos son un aporte al conocimiento de las propiedades físicas de los oligonucleótidos, estos datos pueden ser especialmente útiles en el mencionado caso de dificultad para el uso de otras técnicas como el PCR para la caracterización e interpretación de los oligonucleótidos como biomarcadores. Resumen en inglés Biological markers (biomarkers) are complex molecular fossils from biomolecules in living organisms. Due to their general are resistant to weather, the biodegradation, evaporation and other biological processes, as commonly preserved in rocks and can be used by geologists, geochemists, archaeologists, etc. for information on organic matter in source rocks, the presence of oil, environmental conditions during sedimentation (diagenetic process), the thermal maturity experie (mas) nced by the oil and / or rock (catagenetic process), the degree of biodegradation, some aspects of mineralogy of the source rock (lithology), the age of fossils and characterization of DNA (deoxyribonucleic acid). Biomarkers can be oligonucleotides, which are stretches of DNA molecules of simple fixed-length string. DNA from fossils can form cross-links among themselves or with other molecules to the passage of time, hindering the use of techniques such as PCR for study, therefore, in this work was applied to oligonucleotides a technique for determining the pKa values (potential of the ionization constant), by UVspectrophotometry in the basic pH range, using as the model oligonucleotide d-AAAGAAA in NaCl aqueous solution, titrating it with NaOH solution. Also in the presence of a pH buffer solution (NaHCO3). Furthermore pKa values were determined for the same compound at different conditions of temperature, salts and mixtures of alcohol-water as solvent. We also assessed the pKa oligonucleotides d-CCCGCCC and d-AAGAA. pKa values were obtained on a range between 9 and 12. These results are a contribution to the knowledge of the physical properties of oligonucleotides, such data may be particularly useful in the aforementioned case of difficulty using other techniques such as PCR for the characterization and interpretation of oligonucleotides as biomarkers.

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Relación genética de materiales experimentales de chile tipo chilaca con variedades comerciales/ Genetic relationship between experimental long chilaca-type chili pepper materials and commercial varieties

Hermosillo-Cereceres, M. A.; González-García, J.; Romero-Gómez, S. J.; Luján-Favela, M.; Hernández-Martínez, A.; Arévalo-Gallegos, S.
2008-12-01

Resumen en español Utilizar variedades extranjeras de chile tipo chilaca ha traído como consecuencia altos costos en la producción y limitaciones para su aceptación, debido entre otras cosas, a la carencia de sabor y picor agradable. Buscando mejorar esas características, se desarrolló un programa de mejoramiento genético a partir de tres variedades comerciales (Colegio 64, Negro y Sandía), donde se obtuvieron 11 materiales que reúnen las características que exigen los consumidores (mas) . Para conocer la relación genética de estos materiales con sus progenitores, se utilizó la técnica denominada PCR-RAPDs. Se probaron 20 oligonucleótidos y se encontró que cinco de éstos presentaron polimorfismos entre las tres variedades comerciales. Posteriormente, estas variedades se compararon con los 11 genotipos utilizando los oligonucleótidos seleccionados. La relación genética de los once materiales con las tres variedades comerciales se determinó mediante el índice de Jacard, encontrando un alto grado de similaridad (86%), mostrando distancias genéticas que varían entre 0.825 y 1 para el grupo uno (dos genotipos) y entre 0.083 y 0.101 para el grupo dos (12 genotipos). Resumen en inglés The use of foreign varieties of chilaca-type chili peppers has had negative consequences: high production costs and limited acceptance primarily because of a lack of a pleasant spicy flavor. To improve these characteristics, a plant breeding program was developed with 3 commercial varieties (Colegio 64, Negro and Sandía), from which 11 materials were obtained with characteristics accepted by consumers. To determine the genetic relationship of these materials with their p (mas) arents, the PCR-RAPDs technique was used. Twenty oligonucleotides were tested and five of these exhibited polymorphism among the three commercial varieties. Later, these varieties were compared with 11 genotypes using the selected oligonucleotides. The genetic relationship of the 11 materials to the three commercial varieties was determined by the Jacard index. Results showed that 86% of the studied materials had a high degree of similarity, with genetic distances that varied from 0.825 to 1 for group one (two genotypes) and from 0.083 to 0.101 for group two (twelve genotypes).

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Caracterización molecular de cepas toxigénicas de Staphylococci aisladas de operarios de plantas de alimentos/ Molecular characterization of toxigenic Staphylococci strains isolated from food handlers

VANEGAS, MARÍA CONSUELO; MARTÍNEZ, AIDA JULIANA; MEDRANO, MAYRA VIVIANA
2006-09-01

Resumen en español Resumen Objetivo. Utilizar la técnica de amplificación aleatoria de ADN polimórfico ( random amplification of polymorphic DNA, RAPD para caracterizar molecularmente cepas de Staphylococci productoras de toxinas, aisladas de operarios de plantas de producción de alimentos. Materiales y métodos. Se utilizaron 31 aislamientos enterotoxigénicos de Staphylococci para la extracción y cuantificación de ADN. Posteriormente, se realizó un ciclo general de amplificación u (mas) tilizando los oligonucleótidos HLWL-74 y arbitrario, seguido por la visualización de los productos de RAPD por electroforesis en gel de agarosa. Resultados. Para los dos oligonucleótidos utilizados, se observaron de 1 a 15 bandas, dos linajes, divididos en tres conglomerados (A, B y C). El oligonucleótido arbitrario generó 10 bandas polimórficas (66,66%) y el oligonucleótido HLWL-74 arrojó 13 bandas altamente polimórficas (86,66%). Cada oligonucleótido mostró un agrupamiento diferente de cada una de las cepas, lo cual muestra una alta diversidad de aislamientos de Staphylococci presentes en humanos. Conclusiones. Se presentó una alta diversidad molecular en cuanto a aislamientos de garganta, nariz y manos de un mismo individuo, así como en todos los aislamientos analizados, lo cual demuestra que las cepas enterotoxigénicas de Staphylococci encontradas en los operarios analizados tienen una alta diversidad molecular. Resumen en inglés Objective. To use Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) to compare molecularly enterotoxigenic Staphylococci strains isolated from people working in food processing plants. Materials and methods. 31 Staphylococci enterotoxigenic isolates were used for extraction and quantification of DNA, followed by a general amplification cycle with the HLWL-74 and arbitrary oligonucleotides with visualization of the RAPD products by agarose gel electrophoresis. Results. The two oli (mas) gonucleotides used generated 1 to 15 bands, two mayor lineages divided in three clusters (A, B, and C). The arbitrary oligonucleotide generated 10 polymorphic bands (66.66%), the HLWL-74 oligonucleotide generated 13 polymorphic bands (86.66%). Each oligonucleotide generated a different type of grouping with respect to each of the strains analyzed. This shows a high diversity between the human isolates of Staphylococci. Conclusion. A high molecular diversity was present amongst throat, nose and hands isolates from the same person, and among the analyzed isolates; this demonstrates a high molecular diversity in Staphylococci enterotoxigenic isolates.

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Confirmación de la presencia en Cuba del virus linfotrópico tipo I de las células T humanas mediante la reacción en cadena de la polimerasa

ROLO GÓMEZ, FELIPE; BLANCO DE ARMAS, MADELINE; MATO LUIS, JORGE; LUBIÁN CABALLERO, ANA LUISA; DÍAZ TORRES, HÉCTOR
1997-12-01

Resumen en español Se estudiaron por reacción en cadena de la polimerasa los primeros casos diagnosticados en Cuba como seropositivos al HTLV-I/II (virus linfotrópicos de las células T humanas), con el objetivo de diferenciar el tipo de virus causante de la infección. Se utilizaron 3 juegos de oligonucleótidos cebadores y los productos de amplificación fueron detectados mediante hibridación con oligosondas específicas. El 100 % de los casos resultaron positivos para el HTLV-I, no se (mas) encontró positividad para el HTLV-II. Se confirmó la presencia en Cuba de este retrovirus, aunque la seroprevalencia es baja si se tiene en cuenta que el Caribe es una zona endémica para el HTLV-I. Resumen en inglés The first cases diagnoses in Cuba as HTLV-I/II seropositives (human T lymphotropic virus) were studied by polymerase chain reaction aimed at differentiating the type of virus causing the infection. 3 kits of primer oligonucleotides were used and the amplification products were detected by hybridization with specific oligoprobes. 100 % of the cases were HTLV-I positives. No HTLV-II positivity was found. It was confirmed the presence in Cuba of this retrovirus, eventhough the seroprevalence is low if it is taken into consideration that the Caribbean is an endemic zone for HTLV-1.

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Aplicación de la técnica de reacción en cadena de la polimerasa para la detección de secuencias de Papillomavirus humano

Soto, Yudira; Muné, Mayra; Goicolea, Adibel; Morales, Estrella; Michell Santoyo, Jean; Valdés, Odalys; Ramírez, Rosa; Pimentel, Tamara
1998-12-01

Resumen en español Se aplicó la técnica de reacción en cadena de la polimerasa para la detección de secuencias de Papillomavirus humano (PVH) mediante controles de líneas celulares de cáncer cervical y tejidos obtenidos por biopsia con diagnóstico clínico positivo a PVH. Se utilizó un juego de oligonucleótidos consenso, que son complementarios a una región altamente conservada dentro del marco de lectura abierta E1 del genoma viral de los PVH que afectan la mucosa cervical. Con e (mas) ste juego de cebadores fue posible amplificar secuencias de ácido desoxirribonucleico (ADN) correspondientes a los PVH 6 y 11, considerados dentro del grupo de bajo riesgo y de los PVH 16, 18, 31 y 33 comprendidos en el grupo de alto riego. El estudio de la sensibilidad de la técnica de amplificación arrojó como resultado un nivel de detección de 3,5 partículas virales por cada genoma diploide celular. Resumen en inglés The polymerase chain reaction technique was applied to detect sequences of human Papillomavirus (HPV) by controls of cellular lines of cervical cancer and of tissues obtained through biopsy with a HPV-positive clinical diagnosis. A set of consensus oligonucleotides, which are complementary to a highly conserved region within the open reading frame El of the viral genome of HPV affecting the cervical mucosa, was used. With these primers it was possible to amplify DNA seque (mas) nces corresponding to HPV 6 and 11, considered in the low risk group, and to HPV 16, 18, 31 and 33, included in the high risk group. The study of the sensitivity of the amplification technique showed a level of detection of 3,5 viral particles per each cellular diploid genome.

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Detección de Bacillus cereus toxigénicos en productos lácteos con especias y leches deshidratadas colectadas en Costa Rica/ Toxigenic Bacillus cereus detection in lactic products with spices and dehydrated milk collected in Costa Rica

Blanco, Walter; Arias, María Laura; Pérez, Cristian; Rodríguez, César; Chaves, Carolina
2009-12-01

Resumen en español Bacillus cereus es un bacilo Gram-positivo de amplia distribución en la naturaleza y asociado a diversos tipos de alimentos que, bajo ciertas circunstancias causa patologías de diversa índole. Se han descrito cepas diarrogénicas y eméticas basándose en el tipo de toxinas producidas. Con el fin de determinar el riesgo de salud que representa en esta bacteria, se determinó el potencial toxigénico de cepas aisladas a partir de quesos maduros con especias, quesos crem (mas) a con especias y leches deshidratadas expendidas en San José, Costa Rica, mediante un PCR múltiple con oligonucleótidos específicos para los genes codificantes de las toxinas HBL y Nhe. A partir de 45 muestras recolectadas, se obtuvieron 15 aislamientos de B. cereus, (60% provenientes de queso crema con especias, 7% de leche deshidratada y 13% de queso maduro con especias). Todas las cepas estudiadas presentaron al menos uno de los genes analizados, seis de ellas provenientes de leches deshidratadas y quesos crema, exhibieron evidencia molecular de los genes nheB, nheA, nheC, hblD, hblA y hblC lo cual permite confirmar la correlación descrita para la presencia de los operones codificantes para la HBL y la Nhe. No obstante, la no detección de un gen no puede considerarse como prueba definitiva de su ausencia dado que existen polimorfismos en las secuencias de los genes aquí analizados. Los resultados demuestran que múltiples cepas de B. cereus encontradas en lácteos comprados en Costa Rica contienen los genes necesarios para sintetizar toxinas, por lo tanto es importante el manejo adecuado de estos productos ya que eventualmente pueden representar un riesgo para la salud pública. Resumen en inglés Bacillus cereus is a Gram positive rod widely distributed in nature and associated to different types of food that, under some circumstances, may cause pathology to human beings. Diarrheic and emetic strains have been described based on the type of toxins produced. In order to determine the risk to health represented by this bacteria, the toxigenic potential of strains isolated from cheese with spices, spread cheese with spices and dehydrated milk, all sold in San José, (mas) Costa Rica, were determined using a multiplex PCR technique with oligonucleotides specific for the genes coding toxins HBL and Nhe. From 45 samples collected, 15 isolates of B cereus were obtained (60% coming from spread cheese with spices 7% from dehydrated milk and 13% from cheese with spices). All the strains analyzed presented at least one of the genes analyzed; six of them, coming from dehydrated milk and spread cheese, showed molecular evidence of the genes nheB, nheA, nheC, hblD, hblA y hblC, confirming the correlation described for the presence of operons codifying for HBL and Nhe. Nevertheless, the no detection of a gene cannot be considered as a definitive proof of its absence, given the existence of polymorphism in the sequences of the genes analyzed. The results obtained show that multiple of the B cereus strains found in lactic products from Costa Rica have the necessary genes for synthesizing toxins, so the correct handling of these products is very important since they can represent a risk for public health.

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Identificación fenotípica y molecular de b-lactamasas de espectro extendido TEM y SHV producidas por Escherichia coli y Klebsiella spp. aislados clínicos de hospitales/ Phenotypic and molecular identification of extended-spectrum b-lactamase (ESBL) TEM and SHV produced by clinical isolates Escherichia coli and Klebsiella spp. in hospitals

González Mesa, Leonora; Ramos Morí, Astrid; Nadal Becerra, Loreta; Morffi Figueroa, Janet; Hernández Robledo, Ernesto; Álvarez, Ana Berta; Marchena Bequer, Juan. J.; González Alemán, Mabel; Vallin Plous, Carlos
2007-04-01

Resumen en español Se evaluó la prevalencia de b-lactamasas de espectro extendido (BLEE) tipo TEM y SHV producidas por Escherichia coli y Klebsiella spp. y se determinó la susceptibilidad a otras familias de antimicrobianos. Un total de 326 cepas fueron colectadas entre 2002-2004, procedentes de hospitales en Ciudad de La Habana; los ensayos de susceptibilidad se realizaron de acuerdo con las guías NCCLS y fueron confirmados como productores de BLEE, por el método de doble difusión con (mas) discos. La caracterización molecular se realizó mediante la reacción en cadena de la polimerasa, utilizando oligonucleótidos específicos para detectar los genes blaTEM y blaSHV. El fenotipo BLEE fue detectado en 31 de los aislados de Escherichia coli (10 %); de estos 19 (61 %) fueron portadores del gen blaTEM, 5 (16 %) del gen blaSHV; 4 (12 %) portaban ambos genes y 11 (35 %) no portaban ninguno de los genes evaluados. En las cepas de Klebsiella spp. el fenotipo BLEE fue detectado en 10 aislados (36 %) y solo una cepa presentó genotipo blaTEM 1 (10 %). Los antimicrobianos más activos frente Escherichia coli fueron ciprofloxacina (64,5 %) y gentamicina (58,07 %). Los mismos antimicrobianos fueron los más activos para Klebsiella spp., con igual sensibilidad (70 %). Los carbapenémicos aún permanecen activos en las cepas productoras de BLEE, no obstante su uso debe vigilarse cuidadosamente. Resumen en inglés Nosocomial infections caused by gram-negative bacilli which produce extended spectrum β-lactamase (ESBL) are associated with the increase of morbidity and mortality in hospitals. The objective of this study was to evaluate the frequency of ESBL, specifically the TEM and SHV type, produced by Escherichia coli and Klebsiella spp. strains, and also to determine the antimicrobial susceptibility of these isolates in comparison with other antibiotic families. A total of 32 (mas) 6 strains were collected between 2002-2004 from hospitals in Havana City. The susceptibility tests were carried out according to the NCCLS guides and they were confirmed as . ESBL producers by the double disk diffusion method. The molecular characterization of these enzymes was determined by polymerase chain reaction (PCR), using two sets of oligonucleotides to amplify genes encoding TEM and SHV type b-lactamase. The ESBL phenotype was detected in 31 (10 %) Escherichia coli isolates, 19 of these strains (61 %) carried the blaTEM genes, 5 (16 %) blaSHV genes, 4 (12 %) strains carried both genes and 11 strains (35 %) carried the non-ESBL blaTEM and blaSHV genes. In Klebsiella spp the ESBL phenotype was detected in 10 (36 %) isolates, only one strain carried the blaTEM gene. The most active antimicrobials against Escherichia coli were ciprofloxacin (64.5 %) and gentamicin (58.07 %); in the case of Klebsiella spp. the same antimicrobials were the most active with similar susceptibility (70 %) for both. The carbapenems still remain the most active antibiotics against Escherichia coli and Klebsiella spp. strains, which are ESBL producers. However, their use should be closely controlled.

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Detección de geminivirus asociados a la alstroemeria (alstroemeria l.) En villa guerrero, estado de México/ Detection of geminivirus associated to alstroemeria (alstroemeria l.) In villa guerrero, state of Mexico/ Detecção de geminivírus associados a alstroemeria (alstroemeria l.) Em villa guerrero, estado do México

Cervantes-Díaz, Lourdes; Zavaleta-Mejía, Emma; Rojas-Martínez, Reina Isabel; Alanís-Martínez, Iobana; Ochoa-Martínez, Daniel Leobardo; Valadez-Moctezuma, Ernestina; Grimaldo-Juárez, Onécimo
2009-12-01

Resumen en portugués Em plantações de alstroemeria (Alstroemeria L.) de Villa Guerrero, Estado do México, se tem detectado plantas com sintomas similares aos induzidos por geminivírus em outros cultivos hortícolas. Em ditas plantações também tem sido observada a presença da mosquinha branca, considerada como o vetor mais eficiente destes vírus. O objetivo do presente trabalho foi detectar a presença de geminivírus em plantas de alstroemeria. Mediante PCR, usando os iniciadores Mot (mas) CP2118/MotCP2123, obteve-se um segmento de ~600pb, similar ao do controle positivo correspondente a chile infectado com o begomovírus pepper huasteco yellow vein virus (PHYVV, antes pepper huasteco virus) em plantas sintomáticas, enquanto que nas assintomáticas a detecção foi negativa. Plantas de Nicotiana glutinosa, N. benthamiana, N. rustica, N. tabacum var. xanthi e Datura stramonium inoculadas por biobalística com DNA total obtido de alstroemerias com sintomas e positivas a PHYVV mediante PCR, mostraram mosaicos leves e deformação de folhas, enquanto que em plantas de Capsicum annuum se observaram mosaicos, necrose em nervaduras e protuberâncias em folhas. Com o DNA destas plantas também se obtiveram bandas correspondentes ao PHYVV, mas nas monocotiledóneas bombardeadas, incluindo alstroemeria, não foi detectado o fragmento. A sequência de oligonucleotídeos dos produtos de PCR mostrou 98% de homologia com o begomovírus PHYVV. Embora não foi possível reproduzir em alstroemeria os sintomas observados em campo, sím foi evidenciada, mediante PCR, a presença de um geminivírus similar ao PHYVV em tecido de plantas sintomáticas. Resumen en español En plantaciones de alstroemeria (Alstroemeria L.) de Villa Guerrero, Estado de México, se han detectado plantas con síntomas similares a los inducidos por geminivirus en otros cultivos hortícolas. En dichas plantaciones también se ha observado la presencia de la mosquita blanca, considerada como el vector más eficiente de estos virus. El objetivo del presente trabajo fue detectar la presencia de geminivirus en plantas de alstroemeria. Mediante PCR, usando los iniciad (mas) ores MotCP2118/MotCP2123, se obtuvo un segmento de ~600pb, similar al del control positivo correspondiente a chile infectado con el begomovirus pepper huasteco yellow vein virus (PHYVV, antes pepper huasteco virus) en plantas sintomáticas, mientras que en las asintomáticas la detección fue negativa. Plantas de Nicotiana glutinosa, N. benthamiana, N. rustica, N. tabacum var. xanthi y Datura stramonium inoculadas por biobalística con ADN total obtenido de alstroemerias con síntomas y positivas a PHYVV mediante PCR, mostraron mosaicos leves y deformación de hojas, mientras que en plantas de Capsicum annuum se observaron mosaicos, necrosis en nervaduras y abultamientos en hojas. Con el ADN de estas plantas también se obtuvieron bandas correspondientes al PHYVV, pero en las monocotiledóneas bombardeadas, incluyendo alstroemeria, no fue detectado el fragmento. La secuencia de oligonucleótidos de los productos de PCR mostró 98% de homología con el begomovirus PHYVV. Aunque no fue posible reproducir en alstroemeria los síntomas observados en campo, sí se evidenció mediante PCR la presencia de un geminivirus similar al PHYVV en tejido de plantas sintomáticas. Resumen en inglés In alstroemeria (Alstroemeria L.) plantations located in Villa Guerrero, Mexico State, plants with symptoms similar to those induced by geminivirus in other horticultural crops have been detected. In addition, the presence of whiteflies, which are considered the most efficient vectors of these viruses, has been observed in these plantations. The goal of this work was to detect the presence of this geminivirus species in alstroemeria plants. By means of PCR analysis using (mas) primers MotCP2118/MotCP2123, a fragment of ~600pb similar to the amplicon obtained from PHYVV-infected positive control was amplified only from symptomatic plants. Nicotiana glutinosa, N. benthamiana, N. rustica, N. tabacum var. xanthi and Datura stramonium plants were inoculated by bombardment with total DNA obtained from symptomatic alstroemerias and positive to PHYVV by means of PCR. Inoculated plants showed mild mosaics and deformation of leaves, whereas in the leaves of Capsicum annum plants, mosaics, vein necrosis and blisters were observed. Using DNA from these plants as template in PCR, amplicons corresponded to PHYVV were also obtained; however, in bombarded monocotyledons, including alstroemeria, this fragment was not detected. The sequence of oligonucleotides from the PCR products showed 98% homology to PHYVV geminivirus. Even though symptoms presented by alstroemeria plants in the field were not reproduced, the presence of a geminivirus similar to PHYVV in tissue of symptomatic plants was evidenced through PCR.

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Ética científica de la terapia génica de individuos: Urgencia de la Cirugía Génica del ADN/ Scientific ethics of gene therapy for individuals: The urgency for DNA gene surgery

Valenzuela, Carlos Y
2003-10-01

Resumen en inglés Gene therapy for individuals is mainly directed to somatic or germ cells. The present technology aims to insert a DNA segment in the recipient cells. This therapy is useful in Mendelian recessive diseases. There is an ethical moratorium to perform insertion gene therapy in germ cells, because this procedure increases the human genome. Somatic cell gene therapy cures individuals but increases the gene frequency of genetic diseases in the population. This occurs because the (mas) descendants of the cured patient should carry his or her «ill» genes. We denote by «DNA gene surgery» the procedure that replaces «ill» nucleotide(s) by healthy one(s) conserving the genome size and the gene context of expression and regulation. Several procedures for gene surgery have been applied to cells and animals. Those based on DNA repair as Chimeric RNA/DNA, one stranded oligonucleotides and tristranded DNA. Those based on DNA recombination with oligo-DNA or one stranded DNA, and transposable DNA segments. Gene surgery can be applied to germ cell gene therapy without ethical contraindications. It can cure Mendelian dominant diseases and it can be applied to heterozygotes. It preserves the regulation and expression gene context. If a technical safe procedure is available, the entire mankind could be treated and cured of all the Mendelian diseases, in one generation. Susceptibilities for all diseases could also be treated. The moratorium for research on germ cell gene therapy by gene surgery should be interrupted. Safe gene surgery is a moral imperative for gene therapy of patients and their descendants, for the treatment of dominant genetic diseases and for heterozygous carriers of recessive disorders (Rev Méd Chile 2003; 131: 1208-14)

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14

cDNA-AFLP analysis of seed germination in Arabidopsis thaliana identifies transposons and new genomic sequences

Gutiérrez de Diego, Juana; Rodríguez García, David; Rodríguez Lorenzo, José Luis; Grappin, Philippe; Cervantes, Emilio
2006-03-01

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15

Water-soluble carbosilane dendrimers protect phosphorothioate oligonucleotides from binding to serum proteins

Chenco, Louis; Bermejo Marín, Jesús F.; Ortega, Paula; Shcharbin, Dzmitry; Pedziwiatr, Elzbieta; Klajnert, Barbara; Mata, Javier F. de la; Eritja Casadellà, Ramón; Gómez, Rafael
2007-05-14

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16

Up-regulation of tumor suppressor carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 in human colon cancer Caco-2 cells following repetitive exposure to dietary levels of a polyphenol-rich chokeberry juice

Bermúdez-Soto, María J.; Larrosa, Mar; Garcia-Cantalejo, Jesús M.; Espín de Gea, Juan Carlos; Tomás Barberán, Francisco; García-Conesa, María Teresa
2007-04-01

Digital.CSIC (Spain)

17

The transcription factor early growth response factor-1 (EGR-1) promotes apoptosis of neuroblastoma cells

Pignatelli, Miguel; Luna Medina, Rosario de; Pérez-rendón, Arturo; Santos, Ángel; Pérez Castillo, Ana
2003-08-01

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18

The structure of plasmid-encoded transcriptional repressor CopG unliganded and bound to its operator

Gomis-Rüth, F. Xavier; Solà, Maria; Acebo, Paloma; Párraga, Antonio; Guasch, Alicia; Eritja Casadellà, Ramón; González, Ana; Solar, Gloria del; Coll, Miquel
1998-12-15

Digital.CSIC (Spain)

19

The reg4 gene, amplified in the early stages of pancreatic cancer development, is a promising therapeutic target

Legoffic, Aude; Calvo, Ezequiel; Cano, Carla; Folch-Puy, Emma; Barthet, Marc; Delpero, Jean Robert; Ferrés-Masó, Montse; Dagorn, Jean Charles; Closa, Daniel; Iovanna, Juan Lucio
2009-10-16

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20

The major olive pollen allergen (Ole e I) shows both gametophytic and sporophytic expression during anther development, and its synthesis and storage takes place in the RER

Alché Ramírez, Juan de Dios; Castro López, Antonio Jesús; Olmedilla, Adela; Fernández, Mari Carmen; Rodríguez, Rosalía; Villalba, Mayte; Rodríguez García, María I.
1999-01-01

Digital.CSIC (Spain)

21

The Relaxase of the Rhizobium etli Symbiotic Plasmid Shows nic Site cis-Acting Preference

Pérez-Mendoza, Daniel; Lucas, María; Muñoz, Socorro; Olivares, José; Cruz, Fernando de la; Sanjuán, Juan
2006-11-01

Digital.CSIC (Spain)

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24

Synthesis of oligonucleotide conjugates carrying viologen and fluorescent compounds

Alvira, Margarita; Quinn, Susan J.; Aviñó, Anna; Fitzmaurice, Donald; Eritja Casadellà, Ramón
2008-04-01

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25

Synthesis and characterization of oligodeoxynucleotides containing the mutagenic base analogue 4-O-ethylthymine

Fernández-Forner, D.; Palom, Y.; Ikuta, S.; Pedroso, E.; Eritja Casadellà, Ramón
1990-10-11

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26

Structural properties of g,t-parallel duplexes

Aviñó, Anna; Cubero, Elena; Gargallo, Raimundo; González, Carlos; Orozco, Modesto; Eritja Casadellà, Ramón
2010-02-21

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27

Structural and functional divergence of two fish aquaporin-1 water channels following teleost-specific gene duplication

Tingaud-Sequeira, Angèle; Chauvigné, François; Fabra, Mercedes; Lozano, Juan José; Raldúa, Demetrio; Cerdà, Joan
2008-09-23

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28

Structural analysis of hepatitis C RNA genome using DNA microarrays

Martell, María; Briones, Carlos; Vicente, Aránzazu de; Pirón, María; Esteban, Juan I.; Guardia, Jaime; Gómez, Jordi
2004-06-24

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29

Structural Properties of G,T-Parallel Duplexes

Aviñó, Anna; Cubero, Elena; Gargallo, Raimundo; González, Carlos; Orozco, Modesto
2010-01-01

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32

Species-specific repetitive extragenic palindromic (REP) sequences in Pseudomonas putida

Aranda-Olmedo, Isabel; Tobes, Raquel; Manzanera, Maximino; Ramos, Juan L.; Marqués, Silvia
2002-01-01

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34

Serum-dependent transcriptional networks identify distinct functional roles for H-Ras and N-Ras during initial stages of the cell cycle

Castellano, Esther; Guerrero Arroyo, María del Carmen; Núñez, Alejandro; Rivas, Javier de las; Santos de Dios, Eugenio
2009-11-01

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Reporte del primer caso de enfermedad de Chagas transplacentaria analizado por AP-PCR en Moniquirá, Boyacá/ The first case of congenital Chagas' disease analyzed by AP-PCR in Colombia

Pavia, Paula Ximena; Montilla, Marleny; Flórez, Carolina; Herrera, Giomar; Ospina, Juan Manuel; Manrique, Fred; Nicholls, Rubén Santiago; Puerta, Concepción
2009-12-01

Resumen en español Introducción. La principal vía de transmisión de la enfermedad de Chagas es por medio de los insectos vectores de la familia Reduviidae. Sin embargo, el parásito también puede ser transmitido de madres infectadas al feto in utero. Hasta la fecha no existen informes de casos de Chagas transplacentario en Colombia. Objetivo. Presentar un caso de transmisión transplacentaria ocurrido en Moniquirá, Boyacá, Colombia, y confirmarlo con el análisis de las cepas aisladas (mas) de la madre y de su bebé mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) con cebadores arbitrarios. Materiales y métodos. De los hemocultivos positivos de una madre chagásica y su hijo, se extrajo el ADN de los tripanosomas y se caracterizá la especie y grupo por PCR. El genotipo de las cepas se determinó mediante AP-PCR con los iniciadores basados en los genes de b-globina (5'™-CCTCACCTTCTTTCATGGAG-3'™) y del ARNr 16S (5'™-ACGGGCAGTGTGTACAAGACC-3'™), en reacciones diferentes. Resultados. Las cepas de Trypanosoma cruzi aisladas de los hemocultivos de la madre y de su hijo mostraron el mismo perfil de amplificación por ambas pruebas de AP-PCR, concordante con el observado en las cepas T. cruzi I utilizadas como control. En los hemocultivos procedentes del reción nacido se encontrá también T. cruzi II. Conclusiones. Éste es el primer caso de enfermedad de Chagas transplacentaria reportado en el municipio de Moniquirá, que demuestra que esta forma de transmisión ocurre en el país. La presencia de infección mixta por ambos grupos de T. cruzi en las muestras del recién nacido, sugiere infección mixta en la madre, con mayor prevalencia de T. cruzi I, al menos en el hemocultivo. Resumen en inglés Introduction. The main route of Chagas disease transmission is through vectors of the insect family Reduviidae. However, the parasite can also be transmitted from infected mothers to their fetus in utero. Until now, no cases of congenital Chagas disease have been reported in Colombia. Objective. A congenital Chagas disease case occurred in Moniquirá County, Boyacá, Colombia. It was confirmed by comparing strains isolated from the mother and her baby using polymerase cha (mas) in reaction (PCR) with arbitrary primers. Materials and methods. The parasite DNA was extracted from positive blood cultures of the aflicted mother and her son. The species confirmation and group detection were performed by PCR. The strain genotypes were determined by AP-PCR with two oligonucleotides based on the genes for the b-globin (5'™-CCTCACCTTCTTTCATGGAG-3'™) and 16S RrNA (5'™-ACGGGCAGTGTGTACAAGACC-3'™), in differente reactions. Results. The T. cruzi strains isolated from the blood cultures of the mother and her son showed the same amplification profile by the two AP-PCR tests; this corresponded with profiles of the T. cruzi I strains used as controls. However, T. cruzi II was also found in the blood culture from the newborn. Conclusions. This is the first case of Chagas disease transmission reported in Moniquirá, demonstrating that this form of transmission occurs in Colombia. The presence of both groups of T. cruzi in the newborn sample suggests mixed infection in the mother as well, with a higher prevalence of T. cruzi I, at least in the mother's blood culture.

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Reduced dietary intake of carbohydrates by obese subjects results in decreased concentrations of butyrate and butyrate-producing bacteria in feces

Duncan, Sylvia H.; Belenguer, Álvaro; Holtrop, Grietje; Johnstone, Alexandra M.; Flint, Harry J.; Lobley, Gerald E.
2007-01-01

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38

Reacción en cadena de polimerasa (PCR) para detectar formas infectivas de Onchocerca volvulus en Simulium metallicum s.l. (Diptera: Simuliidae), en áreas endémicas de Venezuela/ Polymerase chain reaction (PCR) for detecting infective forms of Onchocerca volvulus in Simulium metallicum s.l. (Diptera: Simuliidae) in Venezuelan endemic areas

Fernández, Alexis; Ramírez-Pérez, Jaime; Shuler, Harland; Rodríguez, Noris
2008-06-01

Resumen en español Presentamos los resultados obtenidos después de un estudio parasitológico realizado en tres áreas endémicas de oncocercosis localizadas en los focos nor-central y nor-oriental de Venezuela. Durante aproximadamente 1 año, se capturaron hembras de simúlidos posándose sobre atractante humano en las márgenes de los ríos y las proximidades de las viviendas donde habían sido detectados casos de oncocercosis. Se capturaron un total de 95.251 moscas paras; de los cuales (mas) solo 0,05% correspondió a Simulium exiguum s.l. y el resto a Simulium metallicum s.l. Todos fueron sometidos a ruptura mecánica para separar cabezas y cuerpo. Las cabezas fueron separadas en grupos de 50 para la extracción de ADN genómico. El ADN fue utilizado para evaluar la infectividad natural por Onchocerca volvulus, mediante la Reacción en Cadena de la Polimerasa con oligonucleotidos especie-específicos. La prevalencia de moscas infectadas fue calculada mediante el programa Poolsreen ó prueba de grupo. Los resultados revelan larvas infectivas de O. volvulus en La Cuesta (Foco nor-oriental, estado Anzoátegui) con una prevalencia de 9/10.000; seguido por Santa Rosa (Foco nor -central, Estado Carabobo) con 5/10.000, el menor índice de prevalencia fue encontrado en La Carapa (Foco nor-oriental, Estado Monagas) con 3/10.000 de positividad, calculado con un intervalo de confianza de 95%. Estos resultados demuestran la utilidad de la técnica para estudios entomológicos a gran escala y la detección especifica de larvas infectivas de O. volvulus causante de la oncocercosis en la población humana. Resumen en inglés We present the results obtained after a parasitological study carried out in three onchocerciasis endemic areas located in the North-Central and North- Oriental foci in Venezuela. During one year, adult females of Simulium spp. were captured when landing on human attractants along rivers and in the proximity of houses where onchocerciasis cases had been detected. A total of 95,251 black flies were captured, from this total, only 0.05% were identified as S. exiguum s.l. an (mas) d the rest were Simulium metallicum s.l. All the specimens were submitted to mechanical disruption for head and body separation. The heads were grouped in pools of 50 for genomic DNA extraction. The DNA was used to evaluate the natural infectivity by O. volvulus using the Polymerase Chain Reaction technique with species specific oligonucleotides. The prevalence of infective flies, was calculated using the Poolscreen program; the results indicated a positivity of 9/10,000 flies for the locality of La Cuesta (North-eastern focus, Anzoátegui State), followed for Santa Rosa (North- Central focus, Carabobo State) with a prevalence of 5/10,000, and finally La Carapa (North-eastern focus, Monagas State) with the lowest index (3/10,000) of infectivity. These results are demonstrating the utility of the technique for large scale entomological studies and the specific detection of O. volvulus, infective larvae, the causal agent of human onchocerciasis.

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Protonation studies and multivariate curve resolution on oligodeoxynucleotides carrying the mutagenic base 2-aminopurine

Gargallo, Raimundo; Vives Blázquez, Montse; Tauler Ferré, Romà; Eritja Casadellà, Ramón
2001-11-01

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Presencia de Guanilil Ciclasas sensibles a los Péptidos Natriuréticos Anp y Cnp en el Músculo Liso Traqueal de Bovino

Borges, A; Sánchez de Villarroel, S; Lippo de Becemberg, I; Alfonzo, MJ; Gonzalez de Alfonzo, R
2002-01-01

Resumen en español La producción de GMP cíclico en el músculo liso traqueobronquial de bovino (MLTB) es catalizada por guanilil ciclasas soluble (sGC) y particulada (mGC). Para la identificación de la mGC involucrada en la regulación muscarínica, via receptores M2 y M3, del tono de MLTB, se amplificó a partir de cDNA obtenido del MLTB una región conservada en el dominio catalítico de todas las GC. La secuenciación de los productos de RT-PCR reveló que el 76% de los transcriptos c (mas) odifican para la subunidad beta1 de sGC y el 24% para la isoforma B (sensible al péptido CNP) de la mGC. RT-PCRs con oligonucléotidos isoforma-específicos mostraron que las isoformas sensibles a los péptidos ANP y guanilina también se expresan en el MLTB. La activación máxima de mGC obtenida con CNP resultó significativamente (p > 0.001) superior a la lograda con ANP, indicando que la isoforma B es la mGC predominante en este tejido. Resumen en inglés Cyclic GMP production in bovine airway smooth muscle (BASM) is mediated through soluble (sGC) and membrane-bound (mGC) guanylyl cyclases. A muscarinic-sensitive mGC exists in BASM which activity is regulated dually by M2- and M3-receptor subtypes. To identify the mGC involved in muscarinic regulation of BASM tone, RT-PCR from total RNA was performed using degenerate oligonucleotides designed for a conserved region within the GC catalytic domain. Sequencing of products rev (mas) ealed that 76% of all transcripts corresponded to the sGC beta1 subunit and 24% to the B-type (CNP-sensitive) mGC. cGMP production by BASM plasma membrane and soluble fractions confirmed that sGC activity is 3-fold with respect to mGC activity. RT-PCR using isoform-specific oligonucleotides showed that ANP-sensitive and guanylyn-sensitive mGCs are also expressed in BASM. mGC activity was significantly (p

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41

Preliminary study on genetic variability of Dicrocoelium dendriticum determined by random amplified polymorphic DNA

Sandoval, Hilda; Manga-González, M. Yolanda; Campo, Raquel; García, Pedro; Castro, José María; Pérez de la Vega, Marcelino
1999-03-01

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42

Optimization of the palindromic order of the TtgR operator enhances binding cooperativity

Krell, Tino; Terán, Wilson; López Mayorga, Obdulio; Rivas, Germán; Jiménez, Mercedes; Daniels, Craig; Molina Henares, Antonio Jesús; Martínez Bueno, Manuel; Gallegos, María Trinidad; Ramos, Juan L.
2007-06-22

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45

New insights into molecular pathways associated with flatfish ovarian development and atresia revealed by transcriptional analysis

Tingaud-Sequeira, Angèle; Chauvigné, François; Lozano, Juan José; Agulleiro, María J.; Asensio, Esther; Cerdà, Joan
2009-09-15

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46

New insights into molecular pathways associated with flatfish ovarian development and atresia revealed by transcriptional analysis

Tingaud-Sequeira, Angèle; Chauvigné, François; Lozano, Juan José; Agulleiro Gozalbo, María Josep; Asensio, Esther; Cerdà, Joan
2009-09-15

Digital.CSIC (Spain)

47

Natural bacterioplankton assemblage composition during blooms of Alexandrium spp. (Dinophyceae) in NW Mediterranean coastal waters

Garcés, Esther; Vila, Magda; Reñé, Albert; Alonso-Sáez, Laura; Anglès, Silvia; Lugliè, Antonella; Masó, Mercedes; Gasol, Josep M.
2007-01-01

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48

Nanomechanics for specific biological detection

Álvarez, Mar; Carrascosa, Laura G.; Tamayo, Javier; Calle Martín, Ana; Lechuga, Laura M.
2003-07-28

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49

Multivariate curve resolution: a powerful tool for the analysis of conformational transitions in nucleic acids

Jaumot, Joaquim; Escaja, Nuria; Gargallo, Raimundo; González, Carlos; Pedroso, Enrique; Tauler Ferré, Romà
2002-09-01

Digital.CSIC (Spain)

51

Monitoring of HAB species in the Mediterranean Sea through molecular methods

Penna, Antonella; Bertozzini, Elena; Battocchi, Cecilia; Galluzzi, Luca; Giacobbe, Maria Grazia; Vila, Magda; Garcés, Esther; Lugliè, Antonella; Magnant, Mauro
2007-01-01

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53

Molecular cloning and pattern of expression of an alpha-L-fucosidase gene from pea seedlings

Augur, Christopher; Stiefel, Virginia; Darvin, Alan; Albersheim, Peter; Puigdomènech, Pere
1995-10-01

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55

Microarray-based identification of antigenic variants of foot-and-mouth disease virus: a bioinformatics quality assessment

Martín, Verónica; Perales, Celia; Abia, David; Ortíz, Ángel R.; Domingo, Esteban; Briones, Carlos
2006-05-18

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56

Method for the diagnosis and/or prognosis of breast cancer

Olmeda, David; Moreno-Bueno, Gema; Portillo Pérez, Francisco; Cano García, Amparo
2009-03-12

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58

Method for detecting and identifying peronospora arborescens

Muñoz Ledesma, Francisco Javier; Jiménez Díaz, Rafael Manuel; Landa del Castillo, Blanca; Montes Borrego, Miguel
2008-07-10

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Linfomas asociados con la infección por el virus de la inmunodeficiencia humana: subtipos histológicos y asociación con los virus de Epstein Barr y Herpes-8/ AIDS related lymphomas: Histopathological subtypes and association with Epstein Barr virus and Human Herpes virus type-8

Corti, Marcelo; de Dios Soler, Marcela; Bare, Patricia; Villafañe, María F.; de Tezanos Pinto, Miguel; Pérez Bianco, Raúl; Narbaitz, Marina
2010-04-01

Resumen en español Los linfomas no Hodgkin (LNH) constituyen la segunda neoplasia definitoria de Sida más frecuente. En el presente trabajo se evaluaron 48 casos de linfomas asociados con la enfermedad debida al virus de la inmunodeficiencia humana (HIV) diagnosticados en la División Histopatología del Instituto de Investigaciones Hematológicas de la Academia Nacional de Medicina. Se incluyeron en la investigación 5 mujeres y 43 hombres con una mediana de edad al momento del diagnósti (mas) co de la neoplasia de 37 años. La evaluación morfológica se realizó en cortes coloreados con hematoxilina-eosina, estudio inmunohistoquímico para la detección del virus de Epstein Barr (VEB) en 48/48 casos, y mediante sonda oligonucleotídica biotinilada para la detección del ADN del Herpes virus humano tipo-8 (HHV-8) en 14/14 linfomas plasmoblásticos (LP). Todos fueron linfomas de fenotipo B, con un curso clínico agresivo y enfermedad neoplásica avanzada al momento del diagnóstico. Se pudo demostrar la fuerte asociación del VEB con los linfomas asociados al sida, con frecuencias que variaron según el subtipo histológico: 16/21 (76%) para los linfomas difusos de grandes células; 1/3 casos (33%) de linfomas de Burkitt y 3/4 (75%) en los linfomas primarios del sistema nervioso central. Globalmente, el genoma del VEB se detectó en 20/28 (71%) de las muestras de biopsias de LNH de esta serie. La detección del HHV-8 resultó negativa en los 14 LP. Los linfomas de Hodgkin fueron más frecuentes en varones,18/20 (90%), con un curso clínico agresivo y franco predominio de los subtipos histológicos de peor pronóstico (90% de casos). En estas neoplasias también se comprobó una frecuente asociación patogénica con el VEB (90% de casos). Resumen en inglés Non-Hodgkin lymphomas (NHL) of the B-cell type are the second most common neoplasm among patients with human immunodeficiency virus (HIV) infection and AIDS. Here, we evaluated 48 cases of AIDS-related lymphomas (ARL) diagnosed at the Histopathological Division of the Instituto de Investigaciones Hematológicas of the National Academy of Medicine. Five were females and 43 were males with a median of age of 37 years at the time of the diagnosis. Micrometer sections were pr (mas) epared and stained with hematoxilin-eosin; immunohistochemical examination for the presence of Epstein-Barr virus (EBV) was carried out in 48/48 cases. Additionally, biotinilated oligonucleotides were used to determine the presence of DNA of the Human Herpes virus type-8 (HHV-8) in 14/14 biopsy smears corresponding to plasmablastic lymphomas (PL). All were fenotype B cell lymphomas with an aggressive course and advanced neoplasm disease at the time of diagnosis. Virological findings showed the strong association between EBV and AIDS-related NHL. According to the histopathological subtype, the EBV genome was detected in 16/21 (76%) diffuse large B cell lymphomas, 1/3 Burkitt lymphoma and 3/4 (75%) of primary central nervous system lymphomas. Globally, EBV genome was detected in 20/28 NHL of this series. Detection of HHV-8 was negative in all cases of PL. Hodgkin lymphoma were more frequent in males 18/20 (90%), with an aggressive clinical course and a significant predominance of the subtypes associated with worse prognosis (90% of cases). We detected a significant association between EBV and HL (90% of cases). We consider that all cases of AIDS related lymphomas should be assessed for the presence of EBV because its presence may play a role in the prognosis.

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60

Lab-on-a-chip platforms based on highly sensitive nanophotonic Si biosensors for single nucleotide DNA testing

Sánchez del Río, José; Carrascosa, Laura G.; Blanco, Francisco; Moreno, M.; Berganzo Ruiz, Javier; Calle Martín, Ana; Domínguez, Carlos; Lechuga, Laura M.
2007-02-14

Digital.CSIC (Spain)

63

Insulin-like growth factor-I stimulates neurogenesis in chick retina by regulating expression of the alpha 6 integrin subunit

Frade López, José María; Martí, Elisa; Bovolenta, Paola; Rodríguez Peña, Ángeles; Pérez-García, David; Rohrer, Hermann; Edgar, David; Rodríguez-Tébar, Alfredo
1996-08-01

Digital.CSIC (Spain)

64

Insights into the innate immunity of the Mediterranean mussel Mytilus galloprovincialis

Venier, Paola; Varotto, Laura; Rosani, Umberto; Millino, Caterina; Celegato, Barbara; Bernante, Filippo; Lanfranchi, Gerolamo; Novoa, Beatriz; Roch, Philippe; Figueras, Antonio; Pallavicini, Alberto
2011-01-26

Digital.CSIC (Spain)

65

Influence of the linker type on the Au–S binding properties of thiol and disulfide-modified DNA self-assembly on polycrystalline gold

Martinez, Lidia; Carrascosa, Laura G.; Huttel, Yves; Lechuga, Laura M.; Román García, Elisa Leonor
2010-04-07

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66

Induction of nitric oxide synthase-2 proceeds with the concomitant downregulation of the endogenous caveolin levels

Navarro-Lérida, Inmaculada; Portolés, María Teresa; Álvarez Barrientos, Alberto; Gavilanes, Francisco; Boscá, Lisardo; Rodríguez-Crespo, Ignacio
2004-04-01

Digital.CSIC (Spain)

67

Impact of pH on Lactate Formation and Utilization by Human Fecal Microbial Communities

Belenguer, Álvaro; Duncan, Sylvia H.; Holtrop, Grietje; Anderson, Susan E.; Lobley, Gerald E.; Flint, Harry J.
2007-01-01

Digital.CSIC (Spain)

69

Identification of S-alleles in almond using multiplex PCR

Sánchez-Pérez, Raquel; Dicenta, Federico; Martínez-Gómez, Pedro
2004-08-01

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70

Hexachlorobenzene, a Dioxin-Type Compound, Increases Malic Enzyme Gene Transcription through a Mechanism Involving the Thyroid Hormone Response Element

Loaiza-Pérez, Andrea I.; Seisdedos, Maria-Teresa; Kleiman de Pisarev, Diana L.; Sancovich, Horacio A.; Randi, Andrea S.; Ferramola de Sancovich, Ana M.; Santisteban, Pilar
1999-09-01

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72

Global patterns of sequence evolution in Drosophila

Gallach, Miguel; Arnau, Vicente; Marín, Ignacio
2007-11-09

Digital.CSIC (Spain)

73

Genomic resources for a commercial flatfish, the Senegalese sole (Solea senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design, and development of the Soleamold bioinformatic platform

Cerdà, Joan; Mercadé, Jaume; Lozano, Juan José; Manchado, Manuel; Tingaud-Sequeira, Angèle; Astola, Antonio; Infante, Carlos; Halm, Silke; Viñas, Jordi; Castellana, Bárbara; Asensio, Esther; Cañavate, José Pedro; Martínez-Rodríguez, Gonzalo; Piferrer, Francesc; Planas, Josep V.; Prat, Francesc; Yúfera, Manuel; Durany, Olga; Subirada, Francesc; Rosell, Elisabet; Maes, Tamara
2008-10-30

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75

From a Short Amino Acidic Sequence to the Complete Gene

Miñambres Rodríguez, Baltasar; Olivera, Elías R.; García, Belén; Naharro, Germán; Luengo, José M.
2000-01-01

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76

Fast comparison of DNA sequences by oligonucleotide profiling

Arnau, Vicente; Gallach, Miguel; Marín, Ignacio
2008-02-28

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77

Extracción simplificada de ADN en especies de Candida/ DNA simplified extraction in Candida species

Hartung de Caprilesa, Claudia; Mata-Essayag¹, Sofía; Abate², Teresa; de Waard³, Jakobus; Pérez¹, Celina; Olaizola¹, Carolina; Roselló¹, Arantza; Colella¹, María Teresa
2005-02-01

Resumen en español La pared de doble contorno de las levaduras hace difícil que se realice la lisis para la extracción del ADN genómico en Candida spp. Existen numerosos protocolos que se basan en métodos enzimáticos y/o físicos. Sin embargo son laboriosos y relativamente caros. El objetivo de este trabajo fue simplificar la extracción de ADN para usar el homogenato obtenido en la amplificación aleatoria de segmentos de ADN (RAPD) asimétrico con un cebador reverso corto CAND R de l (mas) a secuencia repetitiva de C. albicans CARE 2. Mediante choque térmico se logró obtener suficiente cantidad de ADN de las diferentes especies de Candida para reproducir los diferentes patrones de bandas características de cada una de las especies Resumen en inglés Abstract The double membrane of pathogenic yeast make the extraction of genomic DNA difficult. The aim of this study was to simplify the extraction of yeast DNA. We report that the use of heat is an easy, efficient and time-saving technique to obtain a homogenate containing high yields of good quality DNA. The use of these technique also prevents the use of toxic components, where small traces may be inhibit the random amplified polymorphic DNA technique. Using a reverse (mas) primer (CAND-R), a sequence of 20 oligonucleotides present in the repetitive sequence CARE-2 of C. albicans, we were able to reproduce several bands patterns of different Candida species

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79

Eng1p, an Endo-1,3-β-Glucanase Localized at the Daughter Side of the Septum, Is Involved in Cell Separation in Saccharomyces cerevisiae

Martín-Cuadrado, Ana Belén; Rey Iglesias, Francisco del; Vázquez de Aldana, Carlos R.; Baladrón, Victoriano

ENG1 (YNR067c), a gene encoding a new endo-1,3-β-glucanase, was cloned by screening a genomic library with a DNA probe obtained by PCR with synthetic oligonucleotides designed according to conserved regions found between yeast exo-1,3-β-glucanases (Exg1p, Exg2p, and Ssg1p). Eng1p shows strong sequen...

DRIVER (Spanish)

80

Eng1p, an Endo-1,3-β-Glucanase Localized at the Daughter Side of the Septum, Is Involved in Cell Separation in Saccharomyces cerevisiae

Martín-Cuadrado, Ana Belén; Rey Iglesias, Francisco del; Vázquez de Aldana, Carlos R.; Baladrón, Victoriano; Ufano, Sandra; Dueñas, Encarnación
2002-10-01

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81

Differential gene expression profile in omental adipose tissue in women with polycystic ovary syndrome

Cortón, Marta; Botella-Carretero, José I.; Benguria, Alberto; Villuendas, Gemma; Zaballos, Ángel; San Millán, José L.; Escobar-Morreale, Héctor F.; Peral, Belén
2007-01-01

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82

Differential expression of genes mapping to recurrently abnormal chromosomal regions characterize neuroblastic tumours with distinct ploidy status

Lavarino, Cinzia; Garcia, Idoia; Mackintosh, Carlos; Cheung, Nai-Kong V.; Domenech, Gema; Ríos, José; Perez, Noelia; Rodríguez, Eva; Torres, Carmen de; Gerald, William L.; Tuset, Esperanza; Acosta, Sandra; Beleta, Helena; Álava, Enrique de; Mora, Jaume
2008-08-13

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83

Detection of microalgal resting cysts in European coastal sediments using a PCR-based assay

Penna, Antonella; Battocchi, Cecilia; Garcés, Esther; Anglès, Silvia; Cucchiari, Emellina; Totti, Cecilia; Kremp, Anke; Satta, Cecilia Teodora; Giacobbe, Maria Grazia; Bravo, Isabel; Bastianini, Mauro
2010-02-01

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84

Detection and identification of bacteriophages of lactic acid bacteria by means of multiple polymerase chain reaction (MULTI-PCR) and applications thereof .

Álvarez González, Miguel Ángel; Hernández Magadán, Alfonso; Ariza Cobos, Manuela; Griselda Binetti, Ana; Martín Martín, M. Cruz; Río Lagar, Beatriz del; Fernández García, María
2006-12-28

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85

DNA-triplex stabilizing properties of 8-aminoguanine

Soliva, Robert; Güimil García, Ramón; Blas, J. Ramón; Eritja Casadellà, Ramón; Asensio, Juan Luis; González, Carlos; Luque, F. Javier; Orozco, Modesto
2000-11-15

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87

Control of cell behavior during vertebrate development by Slug, a zinc finger gene

Nieto, M. Ángela; Sargent, Michael G.; Wilkinson, David G.; Cooke, J.
1994-05-06

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88

Common and unique transcription factor requirements of human U1 and U6 snRNA genes

Bernués, Jordi; Simmen, Kenneth A.; Lewis, Joe D.; Gunderson, Samuel I.
1993-09-01

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90

Characterization of the CaENG1 gene encoding an endo-1,3-β-glucanase involved in cell separation in Candida albicans

Esteban, Pedro Felipe; Ríos, Inmaculada; García, Raúl; Dueñas, Encarnación; Plá, Jesús; Sánchez-Pérez, Miguel; Vázquez de Aldana, Carlos R.; Rey Iglesias, Francisco del
2005-11-16

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91

Changes in the gene expression profile of Arabidopsis thaliana after infection with Tobacco etch virus

Agudelo-Romero, Patricia; Carbonell, Pablo; de la Iglesia, Francisca; Carrera, Javier; Rodrigo, Guillermo; Jaramillo, Alfonso; Pérez Amador, Miguel A.; Elena, Santiago F.
2008-08-07

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93

Analysis of DNA processing reactions in bacterial conjugation by using suicide oligonucleotides

González Pérez, Blanca; Lucas, María; Cooke, Leonie A.; Vyle, Joseph S.; Cruz, Fernando de la; Moncalián, Gabriel

PMID: 17660746.-- Publisher final full-text version available at: http://dx.doi.org/10.1038/sj.emboj.7601806.-- Supplementary material for this paper available at: http://www.nature.com/emboj/journal/v26/n16/extref/7601806s1.doc | Protein TrwC is the conjugative relaxase responsible for DNA processi...

DRIVER (Spanish)

94

Analysis of DNA processing reactions in bacterial conjugation by using suicide oligonucleotides

González Pérez, Blanca; Lucas, María; Cooke, Leonie A.; Vyle, Joseph S.; Cruz, Fernando de la; Moncalián, Gabriel
2007-07-26

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96

Alelos del complejo principal de histocompatibilidad clase II DRB1*/DQB1* de la población wayúu de la Guajira venezolana/ Mayor histocompatibility complex class II, DRB1*/DQB1* alleles of amerindian wayúu from Venezuela

Echeverría, Miriam; Rivera, Sergio; Hassanhi, Manzur; Fuenmayor, Alba; Márquez, Georgina; González, Maczi; Zabala, William
2008-08-01

Resumen en español Con el propósito de establecer las frecuencias alélicas y haplotípicas de los antígenos HLA de clase II de la población wayúu de la Guajira venezolana, se estudiaron 53 individuos pertenecientes a ese grupo étnico, adultos de ambos sexos, no relacionados y ubicados en diferentes comunidades del municipio Páez del estado Zulia, Venezuela. El ADN de sangre periférica se amplificó utilizando la técnica de Reacción en Cadena de la polimerasa (PCR-SSP) y posterior (mas) hibridación con sondas secuencia específica (PCR-SSO), para identificar los loci DQB1* y DRB1.* Las frecuencias alélicas (fa) se calcularon con la fórmula fa = 2 x homocigotos + heterocigotos/2 x N; para el desequilibrio de enlace se aplicó D=Ö d/N - Ö b+d/N x c+d/N y X². Las distancias genéticas fueron determinadas sobre la base de los datos previamente reportados de las poblaciones indígenas wayúu colombiana; barí, yucpa y warao de Venezuela, la caucásica de Madrid y la negra de Sao Paulo Brasil, según la fórmula Cos qn = åÖPi x Pj, d = Ö1 - cos qn. El alelo más frecuentemente observado en los wayúu venezolanos fue DRB1* 0411, con 19,54%, seguido del DRB1* 0403, con 18,75% y el DRB1* 1602, con 10,94%. La frecuencia más alta para el locus DQB1* fue el 0302, con 53,58%, seguido por el DQB1* 0301, con 27,14% y el DQB1* 0402, con 7,86%. Los haplotipos DRB1*0411-DQB1*0302 y DRB1* 1602-DQB1*0301 se mostraron en desequilibrio de ligamiento en la población wayúu venezolana. El dendograma muestra a la población wayúu venezolana con identidad propia, muy cercana a la población wayúu colombiana, seguida del par yucpa-barí del mismo estado Zulia, seguido, a su vez, de la población warao (ubicada al este de Venezuela). El bloque de las poblaciones indígenas se observa bien separado de los caucásicos españoles y de los negros de Sao Paulo, Brasil. Resumen en inglés In order to establish the alelic and haplotypic frequencies of HLA of class II systems in Wayúu population of the Venezuelan Guajira 53 individuals of the Wayúu ethnic group studied of the Venezuelan Guajira, adult of both sexes, not related located in different communities from the Páez municipality of the state Zulia ,Venezuela. The DNA of peripheral blood was extracted , was amplified using the technique of Chain Reaction of Polimerasa (PCR) and later hibridation wi (mas) th sequences specific oligonucleotides (PCR-SSO), for the tipificación of loci DQB1* and DRB1*. The genetic distances were determined on the basis of the data previously reported of the indigenous populations Colombian Wayúu, Barí, Yucpa, Warao of Venezuela, the caucasian of Madrid and the black of Sao Paulo, Brazil, by Cos qn = åÖPi x Pj, d = Ö1 - cos qn. The allelic frequency (af) was determined by af = 2 x homozygous + heterozygous /2 x N. I stupefy more frequently observed in Venezuelan the Wayúu population was DRB1* 0411 with 19.54%, followed of DRB1* 0403 with 18.75% and DRB1* 1602 with 10.94%. The high frequency but for locus DQB1* was the 0302 with 53.58% followed by DQB1* 0301 with 27.14% and DQB1* 0402 with 7.86%. Haplotipos DRB1*0411-DQB1*0302 and DRB1* 1602-DQB1*0301 were in linkage disequilibria (D= Öd/N - Öb+d/N x c+d/N and X² test) in Venezuelan the Wayúu population. The dendrograma shows Venezuelan the Wayúu population with own identity, very near colombian the Wayúu population, followed of the pair Yucpa - Barí of he himself Zulia state followed of the Warao population (this of Venezuela). The block of the indigenous populations is observed well separated of the Spanish and black caucasians of Sao Paulo, Brasil.

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97

A simple method for N-15 labelling of exocyclic amino groups in synthetic oligodeoxynucleotides

Acedo, Montse; Fàbrega, Carme; Aviñó, Anna; Goodman, Myron; Fagan, Patricia; Wemmer, David; Eritja Casadellà, Ramón
1994-01-01

Digital.CSIC (Spain)

98

A sequence motif enriched in regions bound by the Drosophila dosage compensation complex

Gallach, Miguel; Arnau, Vicente; Aldecoa, Rodrigo; Marín, Ignacio
2010-03-12

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99

A novel p34cdc2-binding and activating protein that is necessary and sufficient to trigger G2/M progression in Xenopus oocytes

Ferby, Ingvar; Blazquez, Montserrat; Palmer, Amparo; Eritja Casadellà, Ramón; Nebreda, Angel R.
1999-08-15

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100

A highly sensitive microsystem based on nanomechanical biosensors for genomics applications

Lechuga, Laura M.; Tamayo, Javier; Álvarez, Mar; Carrascosa, Laura G.; Yufera, A.; Rueda, A.; Plaza, José Antonio; Zinoviev, Kirill; Domínguez, Carlos; Zaballos, Ángel; Moreno, M.; Martínez-Alonso, Carlos; Wen, Danyi; Harris, N.; Bringer, C.; Bardinal, V.; Camps, T.; Vergnenègre, C.; Fontaine, C.; Díaz, Vicente; Bernad, Antonio
2006-10-25

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