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ADN bacteriano en pacientes con cirrosis y ascitis estéril: Papel como marcador de translocación bacteriana y herramienta pronóstica/ Bacterial DNA in patients with cirrhosis ans sterile ascites: Its role as a marker of bacterial translocation and prognosis tool

González-Navajas, J. M.; Francés, R.; Such, J.
2007-10-01

Resumen en español Durante la última década hemos presenciado un aumento de la cantidad de datos relativos a la presencia de translocación bacteriana en los modelos experimentales de cirrosis. Sin embargo, los estudios clínicos se han visto limitados por la falta de métodos no invasivos para estudiar dicho fenómeno. En los últimos años, las investigaciones realizadas en nuestro laboratorio se han centrado en la detección del ADN bacteriano en el suero y el líquido ascítico de los (mas) pacientes con cirrosis y ascitis estéril, y en las implicaciones clínicas que ello conlleva. Al principio, gracias a un método basado en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y el secuenciamiento automatizado de nucleótidos, pudimos detectar e identificar la presencia de fragmentos de ADN bacteriano en dichos pacientes con ascitis no neutrocítica y con cultivo negativo. Desde entonces hemos acumulado una serie de datos que indican que la presencia de ADN bacteriano podría desempeñar un papel importante no sólo como marcador de translocación bacteriana, sino también como factor pronóstico a corto plazo. Expondremos aquí el pasado, el presente y el futuro de esta línea de investigación. Resumen en inglés During the last decade, we have witnessed an increase in the amount of data related with the presence of bacterial translocation in experimental models of cirrhosis. However, clinical studies have been limited by the lack of non-invasive methods to study this phenomenon. Over the past years, the research developed in our laboratory has been focused on the detection of bacterial DNA in serum and ascitic fluid of patients with cirrhosis and sterile ascites, the clinical and (mas) immunological implications of such finding. Initially, by means of a polymerase chain reaction (PCR)-based method and automated nucleotide sequencing, we were able to detect and identify the presence of fragments of bacterial DNA in the mentioned patients with culture-negative, non-neutrocytic ascites. Since then, we have accumulated a core of data suggesting that the presence of bacterial DNA may have an important role not only as a marker of bacterial translocation, but also as a short-term prognostic factor. Here, we discuss the past, present and future of this line of investigation.

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Análisis de ADN mitocondrial en una muestra de restos óseos arcaicos del periodo Herrera en la sabana de Bogotá/ Mitochondrial DNA analysis on pre-Columbian bone remains of the Herrera period

Silva, Alejandro; Briceño, Ignacio; Burgos, Javier; Torres, Diana; Villegas, Victoria; Gómez, Alberto; Bernal, Jaime Eduardo; Rodríguez, José Vicente
2008-12-01

Resumen en español Introducción. Los restos óseos arcaicos son fuente privilegiada de información biológica y su caracterización genética permite confirmar o descartar filiaciones propuestas por otras aproximaciones científicas. La historia precolombina de los Andes orientales se divide en tres periodos principales: i) un poblamiento temprano por parte de grupos cazadores-recolectores; ii) un periodo intermedio (Herrera) de pueblos con agricultura incipiente, y iii) un periodo tardí (mas) o de pueblos chibchas, agrícolas y alfareros (agroalfarero). Objetivo. Analizar el ADN mitocondrial de restos óseos del periodo Herrera. Materiales y métodos. Se analizaron 11 individuos pertenecientes al yacimiento arqueológico Madrid 2-41, con una edad aproximada de 2.000 años. Un fragmento (192 pb) del segmento hipervariable I fue amplificado y secuenciado, siguiendo criterios estrictos de autenticidad de ADN arcaico. Las secuencias se compararon con las existentes en bases de datos de Norteamérica y Europa usando herramientas bioinformáticas. Resultados. Todas las secuencias resultaron idénticas y fueron clasificadas como haplogrupo B. Esto puede relacionarse con el tipo de entierro ritual practicado en Madrid 2-41, es decir, probablemente los individuos analizados hagan parte de una familia jerárquicamente importante en la antigua sociedad Herrera. La búsqueda de secuencias homólogas en las bases de datos estadounidense y europea no arrojó coincidencias exactas, aunque existe el reporte de un individuo amazónico de ~4.000 años de antigüedad (Brasil) cuya secuencia coincide con la hallada en Madrid 2-41. Conclusión. Los individuos del yacimiento arqueológico Madrid 2-41 están estrechamente emparentados entre sí por línea materna y presentan una secuencia aparentemente ausente en poblaciones actuales. Resumen en inglés Introduction. Ancient bone remains constitute an important source of biological information, and their genetic characterization allows the confirmation or rebuttal of human affiliations proposed on the basis of non-molecular approaches. Pre-Columbian history of the Eastern Andes in Colombia has been divided into three main periods: (i) an early colonization by groups of hunter-gatherers, (ii) an intermediate period “Herrera” characterized by primitive agriculture and (i (mas) ii) a late stage of Chibcha-speaking groups, with agriculture and ceramics (“agroalfarero”). Objective. The mitochondrial DNA on ancient bone remains of the Herrera period were analyzed for comparison with modern and other ancient DNAs. Materials and methods. Mitochondrial DNA was extracted from 11 Herrera individuals [~2,000 years before present (YBP)] found in the Madrid 2-41 archaeological site near Bogotá, Colombia. A 192 bp segment of the hypervariable segment I was amplified and sequenced, following stringent archaic DNA authenticity criteria. The sequences were compared with those in American and European databases using bioinformatics tools. Results. All individuals had identical sequences and were classified as haplogroup B. This identity may be related to the type of ritual burial performed in the site, probably exclusively for members of a hierarchically important family of the ancient Herrera society. The search for homologous sequences in the American and European mtDNA data bases produced no identical coincidences, although a Brazilian Amazonic individual (~4,000 YBP) was recorded with a matching sequence. Conclusion. Individuals buried in the Madrid 2-41 site were maternally closely related and showed a mtDNA sequence that is apparently absent in contemporary populations.

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Aislamiento de ADN de calidad para la amplificación al azar de adn polimórfico de mango/ Isolation of DNA suitable for the random amplification of polymorphic dna of mango

Saldaña, Gustavo A; Salazar, Efraín G
2007-12-01

Resumen en español Con la finalidad de caracterizar los distintos genotipos del Banco de Germoplasma de mango del Centro Nacional de Investigaciones Agropecuarias (CENIAP) a través de RAPD, fueron ajustadas las condiciones para la extracción de ADN nuclear a partir de tejido foliar. Se realizaron pruebas para calibrar el buffer de extracción, comparándose 4 soluciones de lisis y las condiciones iniciales de incubación del tejido macerado. De igual manera se hicieron pruebas factoriales (mas) de niveles de pesos de tejido foliar y volumen de buffer de lisis y las condiciones de precipitación del ADN, lavado del sedimento final y efecto de la liofilización en la resuspensión del sedimento de ADN. De los 4 protocolos distintos de extracción, se obtuvo una mayor cantidad de ADN con la metodología desarrollada por Doyle y Doyle. Los mejores resultados se obtuvieron macerando 250 mg de tejido foliar joven en 900 µl de tampón CTAB 2X con Tris Base calentado a 60 °C, e incubando el macerado por 1 hora a la misma temperatura. El almacenamiento de las muestras a -20 °C hasta el día siguiente mejoró la precipitación del ADN al agregar isopropanol 98% frío. La incubación del ADN a 37 °C con la solución de lavado (etanol 70%) permitió obtener sedimentos blancos. Finalmente la resuspensión del sedimento de ADN se mejora al liofilizar los tejidos a -50 °C durante 3 h. La metodología probó ser eficiente con las variedades de mango, Mangifera indica L., estudiadas, permitiendo extraer ADN genómico en concentraciones superiores a 350 ng/µl en todos los casos. Resumen en inglés In order to genetically characterize the different genotypes of the Mango Germplasm Collection of the National Center for Agricultural Research (INIACENIAP) through RAPD, conditions for DNA isolation from leaf tissue were adjusted. Tests for calibrating buffer extractions were done by comparing four lysis solutions and the initial conditions for incubating macerated tissue. Test to obtain optimal leaf tissue:lysis buffer ratio were performed. Also, DNA precipitation condi (mas) tions, DNA pellet washing solutions and effect of liophylization on DNA pellet resuspension were studied. Of the four DNA extraction protocols studied, higher amounts of DNA were obtained with the Doyle and Doyle (1990) methodology. Best results were obtained by macerating 250 mg of leaf tissue with 900µl 2X CTAB-TRIS base lysis buffer, preheated at 60 °C. All the solution was incubated at 60 °C for 1 hr. Storing macerate at -20 °C for 24 hrs increased DNA precipitation when using cold 98% isopropanol. Washing pellets at 37 °C with 70% ethanol produced white sediments. Finally, improvements of resuspension of DNA pellet in TE buffer occurred when tissues were liophylized at 50 °C for 3 hrs. Methodology proved efficient to isolate DNA from all the studied varieties. DNA concentration was higher than 350ng/µl in all cases.

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Detección de ADN de Trypanosoma cruzi en la placenta y fetos de ratones con infección chagásica aguda/ Detection of Trypanosoma cruzi DNA in the placenta and fetuses of mice with chagasic acute infection

Alarcón, Maritza; Pérez, Mary Carmen; Villarreal, Juana; Araujo, Sonia; Goncalves, Loredana; González, Anajulia; Moreno, Elio; Lugo-Yarbuh, Ana
2009-09-01

Resumen en español El objetivo del presente estudio consistió en detectar la presencia de ADN de Trypanosoma cruzi en la placenta y tejidos de fetos provenientes de ratones (Mus musculus) NMRI inoculadas con 22 × 10³ tripomastigotes metacíclicos de la cepa M/HOM/BRA/53/Y por vía intraperitoneal. Los ratones hembras fueron preñadas durante la fase aguda de la infección. El curso de la parasitemia patente por T. cruzi fue evaluada antes del apareamiento y durante el periodo de gestaci� (mas) �n. A los veinte días de gestación los animales fueron sacrificados y los fetos con sus placentas fueron removidos para evaluar la infección por T. cruzi. Las muestras de placenta, corazón y músculo esquelético fetal fueron fijadas en formalina neutra al 10%, incluidas en parafina y coloreadas con hematoxilina y eosina (HE). El estudio histopatológico de los tejidos fetales reveló la presencia de infiltrado inflamatorio de células mononucleares y polimorfonucleares y sin parasitismo tisular. La amplificación del ADN de T. cruzi por la reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) demostró reacción positiva en el 18% de las placentas de los ratones hembras infectadas preñadas. Las muestras de corazón y músculo esquelético de los fetos provenientes de madres infectadas con T. cruzi no mostraron la presencia de ADN del parásito. Los cortes de placenta y de músculo esquelético analizados por inmunotinción con Peroxidasa anti Peroxidasa mostraron antígeno de T. cruzi en esos tejidos. Los resultados obtenidos por PCR en los tejidos fetales pudieran relacionarse con la virulencia y tropismo asociados con las características biológicas y genética de la cepa de T. cruzi, utilizada en la infección experimental de los ratones hembras. Resumen en inglés The objective of the present study was to detect the presence of Trypanosoma cruzi DNA in the placenta and fetal tissues of NMRI mice (Mus musculus) inoculated with 22 × 10³ trypomastigotes metacyclic of the M/HOM/BRA/53/Y strain by intraperitoneal route. Mice were pregnant in the acute phase of the infection. The course of patent parasitemia by T. cruzi was evaluated before mating and during pregnancy. At day twenty of gestation, animals were sacrificed and the fetuses (mas) and their placentas were removed to evaluate T. cruzi infection. Samples of fetal placenta, heart and skeletal muscle were fixed in 10%, formalin, included in paraffin and stained with hematoxilin and eosin (HE). The histopathological study of sections of fetal tissues revealed inflammatory infiltrates with mononuclear and polymorphonuclear cells and without parasitism in these tissues. The amplification of T. cruzi DNA by Polymerase Chain Reaction (PCR) showed a positive reaction in 18% of placental tissue of pregnant infected mice. The samples of heart and skeletal muscle of the fetuses of mothers infected with T. cruzi did not show the presence T. cruzi DNA. The placenta and skeletal muscle of the fetuses analyzed by Peroxidase anti Peroxidase inmunostaining showed T. cruzi antigens in those tissues. Negative results by PCR in fetal tissues might be related with the virulence and tropism associated with the biological and genetic characteristic Of the T. cruzi strain used in the experimental infection of female mice.

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Presencia de ADN bacteriano en el tejido valvular de pacientes con cardiopatía reumática crónica/ Presence of bacterial DNA in valvular tissue of patients with rheumatic heart disease

Figueroa, Fernando E; Carrión A, Flavio; Valenzuela M, Sylvia; Turner G, Eduardo; Aceitón E, Cristian; Hirigoyen P, Carolina; Bogdanic W, Katherine; Solís D, Claudia; Mansilla A, Karina; Urra G, Soledad
2007-08-01

Resumen en inglés Background: Rheumatic heart disease (RHD) is a delayed consequence of a pharyngeal infection with Group A streptococcus (GAS), usually ascribed to a cross-reactive immune response to the host cardiac tissues. Acute rheumatic fever (ARF) and its ensuing valvular sequelae are thus considered the prototype of a post-infectious autoimmune disease, with no direct evidence of residual streptococcal antigen in diseased valvular tissues. However, recent studies concerning the ant (mas) igenic specificity and clonality of intralesional lymphocytes have revealed oligoclonal expansions characteristic of an antigen specific response, that might be related to GAS. Aim: To search for bacterial DNA in valvular tissue from RHD patients and controls. Material and methods: We extracted DNA from surgically excised valve specimens from 15 RHD patients and 6 non RHD controls and tested for the presence of bacterial DNA by Polymerase Chain Reaction (PCR) with primers for 16S rRNA. Results: Eighty percent (12/15) of valve specimens from RHD patients were positive for bacterial DNA, as opposed to none of the valves (n =6) from non RHD controls. Conclusions: These results suggest that GAS might persist in valvular tissue in patients with ARF and contribute to the inflammatory scarring lesion that leads to cardiovascular sequelae (Rev Méd Chile 2007; 135: 959-66)

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En busca del ADN de la escritura en Historia de una absolución familiar de Germán Marín/ In search of the DNA of the writing in Historia de una absolución familiar by Germán Marín

Fuentes Leal, Mariela
2010-01-01

Resumen en español Entendemos la escritura en Historia de una absolución familiar de Germán Marín como una metáfora de la espiral del ADN, en tanto reflexión sobre sí misma en busca de su origen y línea de fuga del discurso literario hacia la vida del propio autor y en cuya propuesta narrativa se concatenan la imaginación y la memoria Resumen en inglés We understand the writing in Historia de una absolución familiar by Germán Marín as a metaphor of the DNA spiral, while the reflection about itself in search of its origin and the escape line of the literary speech towards the life of the author himself and in whose narrative proposal the imagination and memory link each other

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Obtención de ADN polimerasa de Thermus aquaticus en un laboratorio de mediana complejidad/ Thermus aquaticus polymerase DNA's production in a medium complexity laboratory

Pérez, Fernando; Baridón, María de los Ángeles; Henen, Jaime; Venegoni, Graciela
2006-12-01

Resumen en inglés La PCR (reacción en cadena de la polimerasa) es una técnica de diagnóstico molecular muy sensible, capaz de revelar tan sólo una copia de ADN en una mezcla compleja del mismo. El punto central para la difusión de esta metodología fue el descubrimiento de una ADN polimerasa estable al calor aislada de Thermus aquaticus (taq ADN pol), lo cual permitió automatizar el proceso de PCR usando un ciclador térmico, sin la necesidad de una adición continua de ADN polimeras (mas) a fresca. El objetivo del trabajo fue adaptar un método para la obtención de taq ADN pol en un laboratorio hospitalario de mediana complejidad usando el equipamiento y los medios de cultivo disponibles. Con este método se consiguió producir un extracto crudo de 10.000 unidades de enzima, de fácil purificación, que mostró tener muy buena actividad enzimática por lo cual es posible utilizarla en una amplia variedad de aplicaciones (PCR clásica, PCR anidada, PCR transcriptasa reversa). La actividad enzimática para estos casos fue comparable con la de la taq polimerasa que se adquiere en el mercado. The PCR (Polymerase Chain Reaction) is a technique of molecular diagnosis so sensitive that it is capable of revealing a single copy of the DNA searched for in a complex mixture of DNA. The main point for the difussion of the methodology was the discovery of an isolated DNA polymerase of the Thermus aquaticus stable to heat (taq DNA pol), which has permitted automatizing the process of PCR by using a thermal cycler, without the need of a continous addition of fresh DNA polymerase. The aim of the work was to adapt a method for the attainment of taq DNA pol in a hospital lab of medium complexity, by using the equipment and means of culture available. With this method, it was possible to produce a raw extract of 10,000 units of enzyme, of easy purification, which proved to have a wide range of applications (classic PCR, nested PCR, reverse transcriptase PCR). The enzymatic activity for these cases was comparable to that of the taq polymerase that is obtained in the market.

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Amplificación del adn de la subunidad-1 del receptor n-metil-d-aspartato (nmdar-1) en el hipotálamo ovino mediante la técnica de rt-pcr/ Dna amplification of the n-methyl-d-aspartate receptor subunit-1 (nmdar-1) in sheep hypothalamus by rt-pcr

Ruiz E, Ana Z; Kittok, Roger
2006-10-01

Resumen en español El receptor N-metil-D-aspartato (NMDAR), uno de los principales receptores de los aminoácidos excitatorios, ha sido involucrado en el control de la secreción de la hormona luteinizante (LH) al facilitar la liberación de la hormona liberadora de la hormona luteinizante (LHRH). La capacidad del NMDAR para estimular la liberación de la LHRH está significativamente comprometida en animales castrados. En este estudio se plantearon tres objetivos: Primero, estandarizar las (mas) condiciones óptimas para re-amplificar el ADN de la subunidad-1 del NMDAR (NMDAR-1) en ovino. Segundo, determinar si existe diferencia en la distribución del ADN de la NMDAR-1 en los diferentes cuadrantes hipotalámicos del ovino no castrado y finalmente, determinar si las hormonas sexuales testiculares están involucradas en la expresión del NMDAR en el hipotálamo. El ADN de la NMDAR-1 procedente de cuatro cuadrantes del hipotálamo (cuadrantes dorsal-rostral, ventral-rostral, dorsal-caudal, y ventral-caudal) fue amplificado mediante la técnica de RT-PCR. Las condiciones óptimas encontradas para amplificar el ADN de la NMDAR-1 fueron 1,5 mM CIMg2, 100 nM de los oligonucleótidos iniciadores y 59°C como temperatura de hibridación. No se observó efecto del cuadrante del hipotálamo sobre la expresión del ADN de la NMDAR-1 en el hipotálamo del ovino no castrado. La castración redujo (P Resumen en inglés The N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR), one of the excitatory amino acid receptors, has been implicated in the control of luteinizing hormone (LH) secretion through facilitation of luteinizing hormone releasing-hormone (LHRH). Interestingly, the ability of NMDAR to stimulate LHRH release is significantly compromised in castrated animals. The present study had three aims. Firstly, to standardize the optimal conditions used to amplify the DNA for NMDAR subtype-1 (NMDAR-1 (mas) ) in the sheep. Second, to determine whether a difference exists in the distribution of DNA for NMDAR-1 in different hypothalamic regions in intact male sheep. Finally, to determine if testicular steroid hormones are involved in NMDA receptor expression in the hypothalamus. The DNA of NMDAR-1 was amplified by RT-PCR in four quadrants of the hypothalamus (dorsal-rostral, ventral-rostral, dorsal-caudal, and ventral-caudal quadrant) of intact and castrated male sheep. The optimal conditions to amplify the DNA of NMDAR-1 were 1.5 mM MgCl2, 100 nM of primers and 59°C annealing temperature. In experiment 1, there was no effect of quadrant on the DNA expression of NMDAR-1 in the hypothalamus of the intact male sheep. Experiment 2 revealed that castration reduced (P

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REPARACIÓN DEL ADN: UNA POSIBLE RELACIÓN ENTRE LA DEFICIENCIA DE FOLATO Y LA MUERTE NEURONAL/ DNA Repair: A Link Between Folate Deficiency and Neuronal Cell Death

RAMÍREZ, NELSON J; ARBOLEDA, GONZALO; ARBOLEDA, HUMBERTO
2007-11-01

Resumen en español El presente artículo explora el papel que desempeña el folato como conocido metabolito del ciclo de un carbono (OCM, del inglés onecarbon metabolism) en la alteración de la integridad de las células nerviosas. Aquí se discute evidencia reciente de la literatura que muestra la reparación del ADN como un proceso relacionado con la apoptosis neuronal inducida por ausencia de folato. Resumen en inglés This essay explores the role of folate in disruption of neural cell integrity. Here, it is discussed recent evidence which shows DNA reparation as a process related to neuronal apoptosis induced by folate depletion.

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Purificación de ADN genómico humano para el diagnóstico del lupus eritematoso sistémico/ Purification of human genomic DNA for the diagnosis of the systemic lupus erythematosus

Hernández Betancourt, Oscar; Debesa Padilla, Aime; Quesada Leiva, Lídice
2009-02-01

Resumen en español Fundamento: La molécula de ADN constituye un antígeno necesario en el recubrimiento de un sistema inmunoenzimático destinado al diagnóstico de enfermedades autoinmunes, específicamente del lupus eritomatoso sistémico. Por otra parte, esta molécula se emplea en la obtención de anticuerpos monoclonales anti ADN de doble cadena. Objetivo: Se evaluó la calidad del ADN humano purificado por el método del fenol:cloroformo con fines diagnósticos. La molécula fue obte (mas) nida por primera vez en el Centro de Inmunología y Productos Biológicos de Camagüey. Método: El ADN se extrajo a partir de tejido prostático de un paciente con hiperplasia prostática benigna. Se realizó la técnica convencional de fenol:cloroformo/alcohol isoamilico. El tejido fue previamente tratado con Pronasa a 56ºC. La corrida electroforética se realizó en gel de agarosa 0,8 %, y se determinó la relación 260/280nm mediante espectrofotometría, con la finalidad de evaluar la integridad de la macromolécula, así como el grado de pureza de la misma respectivamente. Resultados: No se observó degradación de la molécula de ADN genómico humano, y la relación 260/280 fue de 1,6. La molécula de ADN humana fue ensayada en el recubrimiento de un ELISA destinado al diagnóstico del Lupus, y su comparación con ADN plásmidico no arrojó diferencias significativas (p= 0.710). Conclusiones: El método aquí descrito proporcionó una molécula de ácido nucleico con la calidad requerida para ser utilizada en el sistema inmunoenzimático destinado al diagnóstico del lupus eritematoso sistémico. Resumen en inglés Background: The DNA molecule constitutes a necessary antigen in the capping of an immunoenzymatic system dedicated to the diagnosis of autoimmune diseases, specifically of the systemic lupus erythematosus. On the other hand, this molecule is used for obtaining the anti DNA monoclonal antibodies´ of double chain. Objective: The quality of the purified human DNA was evaluated by the phenol method: chloroform with diagnostic purposes. The molecule for the first time was obt (mas) ained in the Center of Immunology and Biological Products of Camagüey. Method: The DNA was extracted from a patient's prostatic tissue with benign prostatic hyperplasia. The conventional technique of phenol: chloroform / isoamyl alcohol was perfomed. The tissue was previously treated with Pronasa at 56ºC. The agarose gel electrophoresis was performed at 0,8% and the relationship 260/280nm was determined by spectrophotometry, with the purpose of evaluating the integrity of the macromolecule, as well as its grade of purity respectively. Results: It was not observed degradation of the human genomic DNA molecule, and the relationship 260/280 was about 1,6. The human DNA molecule was tested in the capping of an ELISA dedicated to lupus diagnosis, and its comparison with plasmid DNA did not show significant differences (p = 0.710). Conclusions: The described method, provided a nucleic acid molecule with the quality required to be used in the immunoenzymatic system dedicated to the diagnosis of the systemic lupus erythematosus.

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Vacunas de ADN: inducción de la respuesta inmunitaria/ DNA Vaccines: Induction of the immune response

Mota-Sánchez, Javier
2009-01-01

Resumen en español La efectividad de las vacunas y la inmunización en la prevención de las enfermedades infecciosas es uno de los grandes avances de la medicina. En la actualidad, el acceso a la tecnología de punta en el área de la genómica y la proteómica ha hecho posible acelerar el desarrollo de nuevos modelos de vacunas con características mejoradas en aspectos fundamentales, como la inmunogenicidad y la seguridad. A casi dos décadas del primer informe, en el cual se demostró q (mas) ue un gen puede expresarse mediante la inyección directa de ADN desnudo, las vacunas de ADN han probado ser eficientes para inducir una respuesta inmunitaria protectora contra parásitos, virus y bacterias en diversos modelos animales. Esta revisión tiene por objetivo presentar un panorama general de las vacunas de ADN y los mecanismos mediante los cuales la inmunización con antígenos insertados en vectores de ADN (plásmidos) inducen una respuesta inmunitaria. Resumen en inglés The effectiveness of vaccines and immunization in the prevention of infectious diseases is one of the greatest successes in medicine. In recent years, with access to cutting edge genomic and proteomic technology, it is possible to accelerate the development of new and improved vaccines with better immunogenicity and safety characteristics. Since the first report almost two decades ago, where it was demonstrated that gene expression is possible by directed injection of nak (mas) ed DNA, DNA vaccines have been proven to induce protective immune responses against parasites, virus and bacterium in diverse animal disease models. This review aims to present an overview about DNA vaccines and the mechanisms by which immune responses are induced after immunization with plasmid DNA-encoded antigens.

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Vacunas de ADN: inducción de la respuesta inmunitaria/ DNA Vaccines: Induction of the immune response

Mota-Sánchez, Javier
2009-01-01

Resumen en español La efectividad de las vacunas y la inmunización en la prevención de las enfermedades infecciosas es uno de los grandes avances de la medicina. En la actualidad, el acceso a la tecnología de punta en el área de la genómica y la proteómica ha hecho posible acelerar el desarrollo de nuevos modelos de vacunas con características mejoradas en aspectos fundamentales, como la inmunogenicidad y la seguridad. A casi dos décadas del primer informe, en el cual se demostró q (mas) ue un gen puede expresarse mediante la inyección directa de ADN desnudo, las vacunas de ADN han probado ser eficientes para inducir una respuesta inmunitaria protectora contra parásitos, virus y bacterias en diversos modelos animales. Esta revisión tiene por objetivo presentar un panorama general de las vacunas de ADN y los mecanismos mediante los cuales la inmunización con antígenos insertados en vectores de ADN (plásmidos) inducen una respuesta inmunitaria. Resumen en inglés The effectiveness of vaccines and immunization in the prevention of infectious diseases is one of the greatest successes in medicine. In recent years, with access to cutting edge genomic and proteomic technology, it is possible to accelerate the development of new and improved vaccines with better immunogenicity and safety characteristics. Since the first report almost two decades ago, where it was demonstrated that gene expression is possible by directed injection of nak (mas) ed DNA, DNA vaccines have been proven to induce protective immune responses against parasites, virus and bacterium in diverse animal disease models. This review aims to present an overview about DNA vaccines and the mechanisms by which immune responses are induced after immunization with plasmid DNA-encoded antigens.

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Aumento del daño en el ADN y estrés oxidativo en espermatozoides de pacientes con oligozoospermia idiopática y antecedentes de criptorquidismo/ Extent of sperm DNA damage in spermatozoa from men examined for infertility. Relationship with oxidative stress

Smith G, Rosita; Kaune G, Heidy; Parodi Ch, Daniela; Madariaga A, Marcia; Morales D, Ignacio; Ríos S, Rafael; Castro G, Andrea
2007-03-01

Resumen en inglés Background: Cryptorchidism and oligozoospermia are clinical conditions closely associated with impaired fertility. Oxidative stress and related sperm DNA damage have been identified as significant causes of male infertility. Aim: To determine the extent of sperm nuclear DNA damage in patients affected with idiopathic oligozoospermia or undescended testes and to examine its relationship with oxidative stress. Patients and methods: We studied 20 patients with idiopathic oli (mas) gozoospermia and 18 with undescended testes (who previously underwent orchiopexy) and 25 normozoospermic healthy controls. All subjects underwent semen analysis. Sperm DNA damage was evaluated by the sperm chromatin structure assay/flow cytometry (SCSA-FCM) and by the dUTP-biotin nick end labeling (TUNEL) assay. Levels of reactive oxygen species (ROS) and total antioxidant capacity (TAC) were assessed by a chemiluminescence assay. Results: DFI (percentage of sperm with denatured DNA) values and percentage of TUNEL positive cells were significantly greater in patients with oligozoospermia (DFI: 28.8±5.6; TUNEL+: 26.9±3.0) or cryptorchidism (DFI: 26.4±10.1; TUNEL+: 29.1±3.9), compared with controls (DFI: 7.1±0.9; TUNEL+: 14.2±1.2). Similarly, both groups of patients had significantly higher (p

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Metilación del ADN: un fenómeno epigenético de importancia médica/ DNA methylation: an epigenetic process of medical importance

Rodríguez Dorantes, Mauricio; Téllez Ascencio, Nelly; Cerbón, Marco A.; López, Marisol; Cervantes, Alicia
2004-02-01

Resumen en español La metilación del ADN en dinucleótidos CpG es uno de los mecanismos epigenéticos implicados en la regulación de la expresión génica en mamíferos. Los patrones de metilación son específicos para cada especie y tipo de tejido. La maquinaria implicada comprende diferentes proteínas reguladoras incluyendo a las ADN metiltransferasas, desmetilasas putativas, proteínas de unión a CpG metilados, enzimas modificadoras de histonas y complejos remodeladores de la cromat (mas) ina. La metilación del ADN es de vital importancia para mantener el silenciamiento génico en el desarrollo normal, la impronta genómica y la inactivación del cromosoma X. En contraste, alteraciones en ella están implicadas en algunas enfermedades humanas, especialmente aquéllas relacionadas con defectos en el desarrollo y el proceso neoplásico. Esta revisión resume los aspectos moleculares de la metilación del ADN y su participación en el desarrollo normal, el cáncer y en algunas patologías humanas en las que los mecanismos epigenéticos han sido implicados. El conocimiento de las modificaciones epigenéticas que ocurren en las enfermedades humanas será importante para su manejo futuro. Los cambios en los patrones de metilación podrán ser empleados como marcadores en cáncer y el estado potencialmente reversible de este proceso constituye un blanco ideal para crear estrategias terapéuticas que impliquen la reactivación o el re-silenciamiento de genes específicos. Resumen en inglés Methylation of CpG dinucleotides is an epigenetic mechanism involved in the regulation of gene expression in mammals. The patterns of CpG methylation are specie and tissue specific. The biological machinery of this system comprises a variety of regulatory proteins including DNA methyltransferases, putative demethylases, methyl-CpG binding proteins, histones modifying enzymes and chromatin remodeling complexes. DNA methylation maintains gene silencing and participates in n (mas) ormal development, genomic imprinting and X chromosome inactivation. In contrast, alterations in DNA methylation participate in the induction of some human diseases, especially those involving developmental defects and tumorigenesis. This review summarizes the molecular aspects of DNA methylation and its implications in cancer and other human diseases in which this epigenetic mechanism has been involved. Our understanding of the epigenetic changes that occur in human diseases will be very important for future management. Changes in the patterns of methylation can be used as markers in cancer and their potentially reversible state creates a target for therapeutic strategies involving specific gene re-activation or re-silencing.

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Detección de anticuerpos IgG contra el ADN de doble cadena mediante ELISA utilizando como recubrimiento ADN xenógeno, alógeno y autólogo/ Detection of IgG antibodies to ELISA-double-chain DNA using xenogenous, allogenic and autologous

Suárez Román, Gipsis; González Griego, Antonio Mario; Fernández Romero, Tammy; Romero Sáez, Mónica
2009-03-01

Resumen en español El ADN xenógeno empleado como recubrimiento de un enzimoinmunoensayo indirecto, para la detección de anticuerpos IgG contra el ADN de doble cadena es de difícil obtención y muy costoso. OBJETIVO: evaluar la utilidad del ADN alógeno y autólogo como antígeno de recubrimiento para determinar estos anticuerpos. MÉTODOS: se empleó como recubrimiento ADN de timo de ternera, ADN de dos sujetos supuestamente sanos y ADN de cuatro pacientes con diagnóstico de Lupus Erite (mas) matoso Sistémico. El análisis de la presencia de los anticuerpos se realizó en suero de los cuatro individuos enfermos. RESULTADOS: se obtuvo un 100 % de coincidencia en los resultados, así como pocas diferencias en la capacidad de discriminación del método con el empleo de los tres tipos de ADN. CONCLUSIONES: el ADN humano (alógeno y autólogo) es igualmente útil como recubrimiento de este enzimoinmunoensayo que el ADN xenógeno. Resumen en inglés Xenogenous DNA used as coating of an indirect enzyme-immunoassay for detection of IgG to double-chain DNA is very difficult to obtain and it is very expensive. OBJECTIVE: To assess usefulness of allogenic and autologous DNA coating antigen to determine these antibodies. METHODS: We used as coating the DNA from calf thymus, DNA from two subjects supposedly healthy, and DNA from 4 patients diagnosed with systemic lupus erythematosus (DLE), Analysis of antibodies presence wa (mas) s carried out in serum from 4 sick subjects. RESULTS: We achieved a 100% of coincidence in results, as well as a few differences in method discrimination ability using the three types of DNA. CONCLUSIONS: Human DNA (allogenic and autologous) is also useful as coating of this enzyme-immunoassay that the xenogenous DNA one.

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Estimulación de la síntesis de ADN y de proteínas del ciclo celular por auxinas durante la germinación de maíz/ Auxin-Stimulation of DNA synthesis and cell cycle proteins during maize germination

Arellano, Yazmín; García, Elpidio; Vázquez-Ramos, Jorge M.
2008-09-01

Resumen en español El establecimiento y progreso del ciclo celular son eventos importantes para la germinación de las semillas. En maíz las auxinas y las citocininas añadidas exógenamente estimulan la síntesis de ADN durante las horas tempranas de la germinación y este efecto depende, en mayor o menor grado, de la presencia de sacarosa en el medio de imbibición. No obstante, en ausencia de hormonas añadidas exógenamente, la presencia o ausencia de sacarosa no afecta la síntesis de (mas) ADN a tiempos tempranos o tardíos de la germinación. Por tanto, el efecto de los fitorreguladores se relacionaría más con la estimulación de una acción mitogénica, que con el proceso germinativo per se. Al medir la presencia de proteínas específicas de las fases G1 y S del ciclo celular, en presencia de auxinas, fue evidente que marcadores de G1 como las ciclinas D2;1 y D4;1, o bien marcadores de la fase S como ciclina A1 o PCNA, no cambiaron sus niveles durante la germinación. Además, los niveles de un marcador de G1, la ciclina D5;2 y un marcador de la fase S, la ADN polimerasa α, aumentaron visiblemente en respuesta a la adición de auxinas. Esta respuesta y en particular la de la ADN polimerasa α, podría explicar el aumento en la síntesis de ADN causada por la adición de auxinas en ejes embrionarios durante la germinación. Resumen en inglés The establishment and progress of the cell cycle are important events for the germination of seeds. In maize the auxins and the exogeniously added cytokinins stimulate the synthesis of DNA during the early hours of germination, and this effect depends, to a greater or lesser extent, on the presence of sucrose in the imbibition buffer. However, in the absence of exogeniously added hormones, the presence or absence of sucrose does not affect the synthesis of DNA at early or (mas) late times of germination. Therefore, the effect of the phytoregulators would be more related to the stimulation of a mitogenic action, than to the germinative process per se. When measuring the presence of specific proteins of the phases G1 and S of the cell cycle, in the presence of auxins, it was evident that markers of G1 such as the cyclins D2;1 and D4;1, or markers of the S phase such as cyclin A1 or PCNA, did not change their levels during germination. Besides, the levels of a marker of G1, the cyclin D5;2 and a marker of the S phase, the DNA polymerase a, increased visibly in response to the addition of auxins. This response and in particular that of DNA polymerase a, could explain the increase in the synthesis of DNA caused by the addition of auxins in embryonic axes during germination.

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Determinación de anticuerpos IgG contra el ADN de doble cadena mediante ELISA utilizando como recubrimiento ADN xenógeno y alógeno/ Determination of IgG antibodies to double-chain DNA by ELISA using the xenogenic and allogenic DNA as coat

Suárez Román, Gipsis; González Griego, Antonio Mario; Fernández Romero, Tammy; González Ramírez, Victoria Esther
2008-06-01

Resumen en español El ADN xenógeno empleado como recubrimiento de un inmunoensayo enzimático indirecto, para la determinación de anticuerpos IgG contra el ADN de doble cadena, es de difícil obtención y muy costoso. Por tal motivo, el objetivo del presente trabajo es evaluar la utilidad del ADN alógeno como antígeno de recubrimiento para detectar estos anticuerpos. Se empleó como recubrimiento ADN de timo de ternera y ADN de 6 sujetos supuestamente sanos. El análisis de la presencia (mas) de los anticuerpos se realizó en suero de 16 individuos con diagnóstico de Lupus Eritematoso Sistémico. Se obtuvo un 100% de coincidencia en los resultados, así como pocas diferencias en la capacidad de discriminación del método con el empleo de los dos tipos de ADN. Según lo anterior se concluye que el ADN humano es útil como recubrimiento de este enzimoinmunoensayo. La obtención de dicho antígeno es menos costosa que la del ADN de timo de ternera Resumen en inglés Obtaining of the xenogenic DNA used as coat of a indirect enzymoimmunoassay, to determine IgG antibodies to double-chain DNA is difficult, and also it is very expensive. Thus, aim of this paper is to valuate usefulness of allogenic DNA as coat antigen to detect these antibodies. As coat we used DNA from calf thymus, and DNA from 6 subjects supposedly healthy. Analysis of presence of antibodies war carried out in sera from 16 individuals with diagnosis of systemic lupus er (mas) ythematosus. There was a 100% of coincidence in results, as well as a few differences in discrimination ability of method using the two types of DNA. According above mentioned, we conclude that human DNA is useful as coat of this enzymoimmunoassay. Achievement of such antigen is less expensive than that of DNA from calf thymus.

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Determinación de anticuerpos IgG contra el ADN de doble cadena mediante ELISA utilizando como recubrimiento ADN xenógeno y alógeno/ Determination of IgG antibodies versus dsDNA by ELISA using xenogenous and halogenous DNA coating

Suárez Román, Gipsis; González Griego, Antonio Mario; Fernández Romero, Tammy; González Ramírez, Victoria Esther
2007-12-01

Resumen en español Se evaluó la utilidad del ADN alógeno como antígeno de recubrimiento para detectar los anticuerpos IgG contra el ADN de doble cadena. El ADN xenógeno empleado como recubrimiento de un enzimoinmunoensayo indirecto, para la determinación de estos anticuerpos, es de difícil obtención y muy costoso. Se empleó como recubrimiento ADN de timo de ternera y ADN de 6 sujetos supuestamente sanos. El análisis de la presencia de los anticuerpos se realizó en suero de 16 indi (mas) viduos con diagnóstico de lupus eritematoso sistémico. Se obtuvo 100 % de coincidencia en los resultados, así como pocas diferencias en la capacidad de discriminación del método con el empleo de los 2 tipos de ADN. Según lo anterior se concluyó que el ADN humano es útil como recubrimiento de este enzimoinmunoensayo. La obtención de este antígeno es menos costosa que la del ADN de timo de ternera. Resumen en inglés The usefulness of allogenous DNA as a coating antigen to detect IgG antibodies versus dsDNA was evaluated. The xenogenous DNA used as a coating of an indirect immunoenzimatic assay for determining these antibodies is difficult to obtain and very expensive. Calf thymus DNA and DNA from 6 apparently sound subjects was utilized for coating. The analysis of the presence of antibodies was made in serum from 16 individuals with diagnosis of systemic lupus erythematosus. 100 % o (mas) f coincidence was obtained in the results. A few differences in the discrimination capacity of the method with the use of two DNA types were observed. According to the above, it was concluded that human DNA is useful as a coating of this enzymoimmunoassay. The obtention of such antigen cost less than that of the calf thymus.

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Comparación entre 5 métodos para la extracción de ADN de Triatomíneos: su utilización en la técnica de ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD)/ Comparison among 5 methods for the extraction of Triatominae DNA: its use in the random amplified polymorphic DNA technique

Fraga Nodarse, Jorge; Rodríguez, Jinnay; Fuentes, Omar; Castex, Mayda; Fernández-Calienes, Aymé
2004-12-01

Resumen en español Se evaluó la aplicabilidad de 5 protocolos útiles para la extracción del ADN genómico de Triatomíneos, y se describió el método del acetato de potasio modificado, como un método con el que se obtiene un alto rendimiento y pureza del ADN en el menor tiempo y costo, para su utilización como molde en la técnica de ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD [la cual es un método simple para detectar el polimorfismo genético del ADN]) y probablemente en otras técn (mas) icas moleculares basadas en la amplificación por la reacción en cadena de la polimerasa. La calidad del ADN constituye un elemento crucial para esta técnica, la cual necesita un método de extracción de ADN lo más estandarizado posible con el que se obtenga un ADN puro, no degradado, libre de ARN y de inhibidores de la reacción en cadena de la polimerasa: porque cambios en la pureza afectan los perfiles de amplificación y esto se manifiesta en la presencia de bandas falsas y en la poca reproducibilidad del ensayo. Resumen en inglés The applicability of 5 protocols useful for the extraction of genomic DNA of triatominae was evaluated and the modified potassium acetate method was described as a method with which a high yield and purity of DNA is obtained in the shortest time and at the lowest cost to be used as a mold in the random amplified polymorphic DNA technique (simple method to detect the DNA genetic polymorphism) and probably in other molecular techniqeus based in the PCR amplification. The DN (mas) A quality is a crucial element for this technique, which needs a DNA extraction method as standardized as possible to obtain a pure non degraded DNA free of RNA and of PCR inhibitors, because changes in the purity can affect the amplification profiles and this is manifested in the presence of false bands and in the little reproducibility of the assay.

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Comparación de protocolos de extracción de ADN con muestras de aleta y larva de peces: extracción modificada con cloruro de sodio/ Comparison of DNA extraction protocols of fish fin and larvae samples: modified salt (NaCl) extraction

Lopera-Barrero, Nelson M; Povh, Jayme A; Ribeiro, Ricardo P; Gomes, Patricia C; Jacometo, Carolina B; Silva Lopes, Tais da
2008-04-01

Resumen en español El uso de apropiados métodos de muestreo, tipo de tejido y la utilización de protocolos viables de extracción del ADN son aspectos críticos en estudios basados en PCR. Los métodos de extracción de ADN deben ser simples, reproducibles, económicos y no contaminantes. Este trabajo tuvo por objetivo comparar un protocolo modificado de extracción con sal común (NaCl) y un protocolo modificado de extracción con fenol-cloroformo para la obtención de ADN genómico en a (mas) lta cantidad y calidad desde muestras de aleta y larva de pez (Brycon orbignyanus, Piaractus mesopotamicus, Oreochromis niloticus, Leporinus elongatus y Prochilodus lineatus). Las muestras aisladas de diferentes especies de peces usando la extracción con sal común permitieron obtener ADN de buena calidad (relación DNA/RNA 1.8-2.2) y fue usado con éxito en la amplificación de los marcadores moleculares RAPD y microsatélite. Esto demostró la misma efectividad de la extracción de ADN con sal común en comparación con el protocolo modificado de extracción con fenol-cloroformo. Este procedimiento de extracción de ADN constituye una alternativa y un reemplazo eficaz para los protocolos anteriores por mejorar los estudios moleculares en peces Resumen en inglés The use of appropriate sampling methods, the type of tissue or sample and the use of viable DNA extraction protocols are critical issues in studies based on PCR. In an attempt to identify a simple, reproducible, inexpensive and non-toxic method for obtaining high quality and quantity genomic DNA from fish fin and larvae samples, modified salt extraction protocol and modified phenol-chloroform extraction protocol were compared. The samples obtained from different fish spec (mas) ies (Brycon orbignyanus, Piaractus mesopotamicus, Oreochromis niloticus, Leporinas elongatus and Prochilodus lineatus) using salt extraction showed good DNA quality and quantity (DNA/RNA relationship 1.8-2.2). These DNA samples were successfully used in the amplification of RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) and microsatellite molecular markers, demonstrating the same effectiveness of this protocol in comparison with modified phenol-chloroform extraction protocol. This DNA extraction procedure constitutes an alternative and efficient replacement for previous protocols for improving fish molecular studies

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Valor pronóstico de la ploidía del ADN y la morfometría nuclear en el cáncer de próstata metastásico/ Prognostic value of DNA ploidy and nuclear morphometry in metastatic prostate cancer

Martínez Jabaloyas, J.M.; Jiménez Sánchez, A; Ruiz Cerdá, J.L.; Sanz Chinesta, S.; Sempere, A.; Jiménez Cruz, J.F.
2004-04-01

Resumen en español FUNDAMENTO: Conocer el valor pronóstico de la ploidía del ADN y la morfometría nuclear determinadas en el foco tumoral primario en pacientes afectos de cáncer de próstata con metástasis óseas. MÉTODOS: Estudio retrospectivo sobre 54 pacientes con adenocarcinoma de próstata y metástasis óseas tratados con supresión androgénica. En todos ellos se realizó análisis de ADN (citometría de flujo) sobre tejido tumoral desparafinado y estudio de morfometría nuclea (mas) r. También se analizó la edad, la puntuación de Gleason, la categoría T, el hematocrito, el nivel de albúmina sanguínea, las fosfatasas alcalinas, fosfatasas ácidas prostáticas, y el número de focos metastásicos que aparecían en el rastreo. Se realizaron estudios univariantes y multivariantes de supervivencia mediante el método de Kaplan-Meier y de riesgos proporcionales de Cox, respectivamente. Finalmente, realizamos un análisis de regresión logística multivariante para los factores pronósticos clásicos y otro en el que se añadieron los experimentales (ploidía de ADN y morfometría nuclear), con la intención de conocer qué factores pueden predecir el que un paciente alcance la mediana de supervivencia y en qué medida los factores experimentales mejoran dicha predicción. RESULTADOS: En el análisis univariante de supervivencia tuvieron carácter pronóstico la categoría T, el nivel de albúmina, las fosfatasas alcalinas, la puntuación de Gleason, el rastreo óseo, la ploidía del ADN y el área nuclear media. En el multivariante únicamente aportaron información pronóstica independiente la puntuación de Gleason, el rastreo óseo, el área nuclear media y la ploidía del ADN. En el estudio de regresión logística para factores pronósticos clásicos únicamente el Gleason tiene capacidad predictiva (sensibilidad 89,3%, especificidad 64%), mientras que al introducir los factores experimentales también el rastreo óseo y la ploidía del ADN son significativos (sensibilidad 90% y especificidad 72%). CONCLUSIONES: El estudio de contenido de ADN y de morfometría nuclear del foco tumoral primitivo aporta información pronóstica independiente en el análisis de supervivencia para el cáncer de próstata metastásico. Sin embargo, la escasa mejora en la capacidad predictiva sobre los factores pronósticos clásicos cuestionan su utilidad en la práctica clínica. Resumen en inglés PURPOSE: To assess the prognostic value of DNA ploidy and nuclear morphometry in metastatic prostate cancer after androgenic deprivation treatment. METHODS: Fifty four patients with prostate cancer and bone metastases who had undergone androgenic suppression treatment were retrospectively studied. The deoxyribonucleic acid (DNA) content was analysed by flow cytometry. Nuclear morphometry characterized 14 nuclear descriptors. The study also included age, Gleason score, T i (mas) fication, haematocrite, serum albumin, serum alkaline phosphatase, serum prostatic acid phosphatase and the amount of metastatic foci detected during radioisotope bone scan. Univariate survival analyses were performed and Cox’s proportional hazards model was used to identify significant prognostic factors. To assess how the experimental factors improve the capacity of the ical factors for predicting the patients who reach median survival, logistic regression multivariate analysis was performed for the ical prognostic factors only and after added experimental variables (DNA content and Nuclear Area). RESULTS: The univariate survival analyses assigned a prognostic value to T category, level of albumin, alkaline phosphatase, Gleason score, bone scan, DNA ploidy and mean nuclear area. In the case of the Cox regression model only Gleason score, bone scan, mean nuclear area and DNA ploidy provided independent prognostic information. In logistic regression for ic prognostic factors only Gleason score is significant (sensibility 89,3%, specificity 64%). However, when the experimental factors are added, in addition to Gleason score, radioisotope bone scan and DNA ploidy are of prognostic value (sensibility 90% and specificity 72%). CONCLUSIONS: The study of DNA content and nuclear morphometry in the primitive tumor provides independent prognostic information in survival analysis for patients with metastatic prostate cancer. However, there is limited improvement with respect to the ical factors in predicting survival. This questions its utility in the daily clinical usage.

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Identificación de una secuencia de ADN genómico de Leishmania especifica del subgénero Leishmania/ Identification of a genomic DNA sequence of Leishmania, specific of Leishmania subgenus

Orué, Andrea; De Abreu, Nancy Y; Martínez, Clara; Mendoza-León, Alexis
2008-06-01

Resumen en español Leishmania es el agente causante de la compleja enfermedad conocida como leishmaniasis. Las distintas especies de este parásito protozoario se encuentran agrupadas en dos subgéneros, Viannia y Leishmania, de acuerdo a su desarrollo en el mosquito vector. Un ensayo de PCR, β500-PCR, específico del subgénero Viannia, ha sido desarrollado utilizando la secuencia de ADN genómico denominada β500. En este trabajo se presenta el aislamiento e identificación de un (mas) a secuencia genómica de 280 pb, L280, a partir del ADN genómico de Leishmania (Leishmania) mexicana luego de aplicar el ensayo β500-PCR en condiciones de baja rigurosidad. La secuenciación parcial de L280 permitió diseñar un ensayo de PCR (L280-PCR) que generó un producto de amplificación de 260 pb, en distintas condiciones de rigurosidad, cuando se utilizó el ADN genómico de distintas especies pertenecientes al subgénero Leishmania. El ensayo L280-PCR resultó negativo para el ADN genómico de distintas especies del subgénero Viannia al igual que para el ADN de otros organismos kinetoplastidos o humano. Los resultados sugieren que el ensayo L280-PCR es específico del subgénero Leishmania. Resumen en inglés Leishmania is the causal agent of the leishmaniasis disease. The different species of this protozoa parasite are grouped in two subgenera, Viannia and Leishmania, according to their development in the sandfly vector. A specific PCR assay, β500-PCR, has been developed for the Viannia subgenus using the genomic β500 DNA sequence. In the present work we present the isolation and identification of a genomic sequence of 280 bp, L280, obtained from genomic DNA of Leis (mas) hmania (Leishmania) mexicana after application of the β500-PCR assay at low stringency. After partial sequencing of L280 a PCR assay was generated, L280-PCR, this yielded a product of 260 bp at different conditions of stringency, when genomic DNA of different species of Leishmania subgenus was used. The L280-PCR assay was negative to genomic DNA of species belonging to the Viannia subgenus and also to other kinetoplastid organisms and human. The results suggest specificity of the L280-PCR assay for the Leishmania subgenus.

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Evaluación pre-analítica de dos métodos de extracción de ADN para la amplificación del gen de la pneumolisina (PLY) de Streptococcus pneumoniae, en muestras de hemocultivo/ Assessment of two DNA extraction methods to amplify the pneumolysin gene (PLY) from blood culture samples of Streptococcus pneumoniae

Hernández G, Carolina; Durán T, Claudia; Ulloa F, María Teresa; Prado J, Valeria
2004-05-01

Resumen en inglés Background: Streptococcus pneumoniae is a common etiologic agent of invasive respiratory infections among children under 5 years of age and older adults. Isolation rates of S. pneumoniae by traditional culture techniques are low. Aim: To study the sensitivity and specificity of two different DNA extraction methods to amplify the ply gene, applied to three different types of blood culture broths, experimentally inoculated with S. pneumoniae. Material and methods: DNA was e (mas) xtracted from the cultures using an organic method or a technique that consists in dilution, washing with NaOH and concentration of the sample. This was followed by PCR amplification of a 355 pb fragment of the pneumolysin gene (ply). Results: The organic DNA extraction method inhibited the PCR reaction at all concetrations studied (0.6 to 10(6) colony forming units/mL). Using the NaOH extraction, ply gene amplification was positive in all three blood culture broths, but only at concentrations of 10³ colony forming units/mL or higher. Using the same DNA extraction method, PCR was negative when the broths were inoculated with seven other related bacterial species, which results in a 100% specificity. Conclusions: Detection of S. pneumoniae by amplification of ply gene from blood cultures using the protocol of NaOH for DNA extraction is specific and provides results in a short lapse. However, the diagnostic sensitivity is not optimal, wich limits its clinical use (Rev Méd Chile 2004; 132: 533-8)

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Evaluación de la unión espermatozoide-ADN exógeno en espermatozoides porcinos eyaculados y epididimarios/ Evaluation of binding sperm-exogenous DNA in ejaculate and epididimary porcine spermatozoa

García-Vázquez, FA; Gutiérrez-Adán, A; Gadea, J
2009-01-01

Resumen en español La transgénesis es una potente herramienta biotecnológica para la generación de animales modificados genéticamente con aplicaciones en diversas áreas como veterinaria, biomedicina y agricultura. En 1989 se describe un nuevo método para la producción de animales transgénicos, la transgénesis mediada por espermatozoides (SMGT). Este método está basado en la habilidad intrínseca de las células espermáticas para unir ADN exógeno y permitir su transferencia al i (mas) nterior de los ovocitos. El objetivo de este estudio fue comparar la capacidad de transferencia de ADN exógeno que presenta el espermatozoide eyaculado libre de plasma seminal vs epididimario, así como la viabilidad y cinética de unión mediante la citometría de flujo. Los resultados que obtuvimos mostraron que los espermatozoides epididimarios presentan una capacidad similar a los eyaculados y centrifugados tanto en el grado de unión al ADN (12,63 ± 1,23% vs 10,94 ± 1,05%, P = 0,31) como en la viabilidad (espermatozoides no viables 14,64 ± 0,94% vs 13,42 ± 0,61%, P = 0,23) a lo largo del tiempo de incubación. La mayor parte de dicha unión tiene lugar en los espermatozoides no viables para ambos tipos de espermatozoides (10,53 ± 1,01% vs 9,89 ± 0,97%, P = 0,98). En relación a la cinética de unión, observamos que para ambos grupos experimentales el mayor porcentaje de unión con el transgén ocurre en los primeros 15 minutos de coincubación, a partir del cual la unión se mantiene más o menos constante hasta los 120 minutos. Con este estudio hemos demostrado que tanto espermatozoides epididimarios como eyaculados son capaces de interactuar con el ADN exógeno, por lo que se podría utilizar la SMGT combinada con técnicas de reproducción asistida como la ICSI para la obtención de embriones y lechones transgénicos Resumen en inglés Transgenic biotechnology is a powerful tool for the generation of genetically modified animals with applications in various fields such as veterinary, agriculture and biomedicine. Sperm mediated gene transfer (SMGT) is an interesting tool for animal transgenesis consisting on the intrinsic ability of the spermatic cells to bind and internalize exogenous DNA and allow their transfer into oocytes after fertilization, to become part of the genome of the new embryo. The semin (mas) al plasma plays an important role acting as a natural barrier and protecting the spermatozoa from exogenous molecules that could compromise their integrity. So, the epididymal spermatozoa are a valuable model to explore the possible effect of seminal plasma components. The objective of this study was to evaluate the interaction among sperm and transgene using Epididymal (EP) vs Ejaculated (EJ) sperm without seminal plasma. Linealized plasmid (GFP) (5.7 kb) labelled with fluorescein was added (1x10(8) spermatozoa/ml + 5µg DNA/ml) and incubated at 16 ºC. DNA binding and viability were measured simultaneously by flow cytometry during 120 minutes of incubation. The results showed that EP spermatozoa present a similar DNA-binding ability (12.63 ± 1.23% vs 10.94 ± 1.05%, P = 0.31) and viability throughout the incubation (14.64 ± 0.94% vs 13.42 ± 0.61%, P = 0.23) than EJ. We only detected a greater percentage of living DNA-bound spermatozoa in EP compared to EJ (2.10 ± 0.33% vs 1.05 ± 0.14%, P

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Comparación de métodos de extracción de ADN de sangre para detectar ADN fúngico por PCR/ Comparison of different methods of DNA extraction from blood to detect fungal DNA by PCR

Jewtuchowicz, V. M.; Finquelievich, J. L.; Durán, E.; Mujica, M. T.; Iovannitti, C. A.
2007-03-01

Resumen en español La infección fúngica invasora (IFI) está asociada a un alto índice de mortalidad, que alcanza el 50% debido a la frecuente falla en el tratamiento antifúngico. Existen dificultades para realizar un diagnóstico micológico rápido y certero dada la baja sensibilidad de los métodos convencionales, especialmente en pacientes neutropénicos y con SIDA. Numerosos métodos para diagnosticar infecciones micóticas basados en el estudio del ADN fúngico están actualmente (mas) en desarrollo. Nosotros evaluamos la utilidad de dos procedimientos de extracción y purificación del ADN fúngico presente en sangre para su posterior detección por PCR. Ambos métodos resultaron igualmente eficientes para obtener ADNs de óptima calidad y para realizar la técnica de PCR con los iniciadores universales para hongos ITS 1 e ITS 4. Resumen en inglés Invasive fungal infections (IFI) are associated with high mortality by reaching levels of 50%, and also with a significant failure in antifungical treatments. This fact mostly obeys to difficulties in obtaining a fast and accurate mycologic diagnosis due to the low sensitivity of conventional methods, mainly in neutropenic and AIDS patients. Various methods based on fungal DNA study are currently being used for the diagnosis of mycotic infections. We herein evaluated two (mas) procedures of extraction and purification of fungal DNA in blood for their use in PCR detection. Both of them showed equal efficiency in obtaining high performance DNA with universal primers ITS 1and ITS 4 as target.

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EVALUACIÓN DE DIFERENTES MÉTODOS DE EXTRACCIÓN DE ADN DE MICOPLASMAS PARA SU EMPLEO EN EL DIAGNÓSTICO POR PCR/ EVALUATION OF DIFFERENT DNA EXTRACTION METHODS FROM MYCOPLASMA TO BE EMPLOYEES IN THE DIAGNOSTIC BY PCR

Hernández, Yenney; Lobo, Evelyn; Martínez, Siomara; Zamora, Loidy
2009-08-01

Resumen en español El objetivo del presente trabajo fue evaluar diferentes métodos de extracción de ADN de micoplasmas, para su empleo en el diagnóstico por PCR. La caracterización de la cepa de Mycoplasma arginini utilizada como control positivo, se realizó con el empleo de los estudios morfológicos y las pruebas bioquímicas y enzimáticas. A continuación se procedió a la obtención de un cultivo homogéneo de la cepa de Mycoplasma arginini, que permitiera evaluar tres métodos de (mas) extracción de ADN de micoplasmas para su utilización en el ensayo de PCR. Se probaron los métodos de extracción fenol _cloroformo, centrifugación y centrifugación con choque térmico en muestras clínicas de cultivos celulares, sueros y productos biofarmacéuticos, que habían sido testadas por el método de cultivo y la Hibridación de Ácidos Nucleicos (HAN). Como resultado se obtuvo la cepa de Mycoplasma arginini caracterizada y evaluada. Tanto el método de fenol-cloroformo, como la centrifugación y centrifugación con choque térmico, más sencillos, brindaron similares resultados cuando se realizó la PCR utilizando la cepa tipo de Mycoplasma arginini. Se demostró que los métodos de choque térmico y centrifugación son eficientes para la obtención de ADN de micoplasmas a partir de muestras clínicas con el empleo de la PCR, comparándose estos resultados con los obtenidos por cultivo y la HAN. Resumen en inglés The aim of this work was to evaluate different DNA extraction methods of mycoplasma with the use of PCR. The characterization of Mycoplasma arginini strain use as positive control in this test was carried out, by means of morphological studies and biochemical and enzymatic tests, in order to obtain a homogenous culture, which allowed evaluating three mycoplasma DNA extraction methods for their use in the PCR test. Methods based on centrifuge and thermal shock with centrif (mas) uge were proven for the DNA extraction in cell culture clinical samples, sera and biopharmaceutical products, which had been tested by culture method and Nucleic Acid Hybridization (NAH). Mycoplasma arginini, strain was characterized and evaluated. Either phenol-chloroform extraction as well as two more simple methods describe above, brought the same results when the PCR assay was carried out using M. arginini strain. It has been demonstrated that the methods based on centrifuge and thermal shock with centrifuge are efficient to obtain Mycoplasma DNA from clinical samples with the use of PCR, comparing these results with those obtained by culture method and NAH.

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Efecto de la centrifugación sobre la membrana plasmática y el ADN de espermatozoides bovinos/ Effect of centrifugation on plasma membrane and DNA of bovine spermatozoa/ Efeito da centrifugação sobre a membrana plasmática e o DNA de espermatozóides bovinos

Urrego, Rodrigo; Ríos, Andrea; Olivera Ángel, Martha; Camargo, Omar
2008-03-01

Resumen en portugués O objetivo de este estudo foi determinar se a integridade da membrana plasmática e o DNA dos espermatozóides podem ser afetados pela centrifugação realizada no processo de lavado e seleção. Os espermatozóides foram submetidos a diferentes tempos de centrifugação (10, 30 e 45 min); foi utilizado um controle negativo com espermatozóides não centrifugados e um controle positivo com espermatozóides submetidos a estresse oxidativo com peróxido de hidrogênio (H2O2 (mas) ) (200 µM). Para avaliar a integridade da membrana foi utilizado o teste hipoosmótica (HOST) e para avaliar a fragmentação do DNA Fo utilizado o ensaio cometa: A análise estatística se realizou mediante o teste de Fisher. A centrifugação durante 10, 30 e 45 min, apresentou um efeito estatisticamente significativo sobre o dano no DNA, em relação aos espermatozóides não centrifugados (p0.05) na reação positiva à prova HOST, o qual ocorreu ao comparar os não centrifugados e os centrifugados por 45 min (p Resumen en español El objetivo de este estudio fue determinar si la integridad de la membrana plasmática y el ADN de los espermatozoides pueden ser afectados por la centrifugación realizada en el proceso de lavado y selección. Los espermatozoides fueron sometidos a diferentes tiempos de centrifugación (10, 30 y 45 min); se utilizó un control negativo con espermatozoides no centrifugados y un control positivo con espermatozoides sometidos a estrés oxidativo con peroxido de hidrógeno ( (mas) H2O2) (200 µM). Para evaluar la integridad de la membrana se utilizó la prueba hipoosmótica (HOST) y para evaluar la fragmentación del ADN se utilizó el ensayo cometa: El análisis estadístico se realizó mediante la prueba de Fisher. La centrifugación durante 10, 30 y 45 min, presentó un efecto estadísticamente significativo sobre el daño en el ADN, respecto de los espermatozoides no centrifugados (p0.05) en la reacción positiva a la prueba HOST, lo cual sí sucedió (p Resumen en inglés The aim of this study was to evaluate the effects of different times of centrifugation on plasma membrane integrity and DNA of bovine sperm cells, by means of the hyposmotic test (HOST) and the comet assay, respectively. The sperm cells were centrifuged at 700 x g for 10, 30 or 45 min. No-centrifuged thawed semen served as negative control whereas hydrogen peroxide (H2O2) (200 mM) treated sperm cells were used as a positive control. The results indicate that while the int (mas) egrity of the plasma membrane was not affected by centrifugation, bovine sperm DNA was damaged independently of centrifugation times. Significant differences between negative control and treatments were found (p

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Modificación de un protocolo estándar de extracción de ADN para flebotominos pequeños (Phlebotominae: Lutzomyia)/ Modification of a standard protocol for DNA extraction from smaller sandflies (Phlebotominae: Lutzomyia)

GOLCZER, GABRIEL; ARRIVILLAGA, JAZZMÍN
2008-12-01

Resumen en español Se evaluó el rendimiento de un protocolo de acetato de potasio con modificaciones menores para la extracción del ADN genómico. Los resultados evidencian que empleando el protocolo modificado se obtuvo un ADN de mayor rendimiento (0,61, concentración de 37,34 ng/µL) respecto al protocolo original. La amplificación del ADN vía PCR para regiones mitocondriales evidencia su calidad alta ADN para estudios poblacionales a nivel molecular, en el menor tiempo y costo, sin el uso de reactivos altamente tóxicos. Resumen en inglés We evaluated the yield of a potassium acetate protocol with minor modifications for the extraction of genomic DNA. The results showed that using the modified protocol gave a higher DNA yield (0.61, and concentration 37.34 ng/µL) was obtained with respect to the original protocol. The amplification of DNA by PCR for mitochondrial regions demonstrated the high quality of this DNA for molecular population studies, in less time and cost, without the use of highly toxic reagents.

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Extracción simplificada de ADN en especies de Candida/ DNA simplified extraction in Candida species

Hartung de Caprilesa, Claudia; Mata-Essayag¹, Sofía; Abate², Teresa; de Waard³, Jakobus; Pérez¹, Celina; Olaizola¹, Carolina; Roselló¹, Arantza; Colella¹, María Teresa
2005-02-01

Resumen en español La pared de doble contorno de las levaduras hace difícil que se realice la lisis para la extracción del ADN genómico en Candida spp. Existen numerosos protocolos que se basan en métodos enzimáticos y/o físicos. Sin embargo son laboriosos y relativamente caros. El objetivo de este trabajo fue simplificar la extracción de ADN para usar el homogenato obtenido en la amplificación aleatoria de segmentos de ADN (RAPD) asimétrico con un cebador reverso corto CAND R de l (mas) a secuencia repetitiva de C. albicans CARE 2. Mediante choque térmico se logró obtener suficiente cantidad de ADN de las diferentes especies de Candida para reproducir los diferentes patrones de bandas características de cada una de las especies Resumen en inglés Abstract The double membrane of pathogenic yeast make the extraction of genomic DNA difficult. The aim of this study was to simplify the extraction of yeast DNA. We report that the use of heat is an easy, efficient and time-saving technique to obtain a homogenate containing high yields of good quality DNA. The use of these technique also prevents the use of toxic components, where small traces may be inhibit the random amplified polymorphic DNA technique. Using a reverse (mas) primer (CAND-R), a sequence of 20 oligonucleotides present in the repetitive sequence CARE-2 of C. albicans, we were able to reproduce several bands patterns of different Candida species

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Transgénesis mediada por espermatozoides en la especie porcina: efecto de la presencia de ADN exógeno sobre la calidad seminal y evaluación de la producción in vivo de embriones transgénicos/ Sperm mediated gene transfer in pigs: Effect of exogenous DNA presence in seminal quality and evaluation of in vivo transgenic embryo production

García-Vázquez, Francisco Alberto; Ruiz, Salvador; Grullón, Luis Alberto; de Ondiz, Aitor; Gutiérrez-Adán, Alfonso; Gadea, Joaquín
2010-02-01

Resumen en español Una alternativa biotecnológica para la producción de animales transgénicos es la transgénesis mediada por espermatozoides (SMGT), basada en la habilidad de las células espermáticas de unir e interiorizar ADN exógeno. En este estudio se plantearon dos objetivos principales: 1) evaluar el efecto de la presencia de ADN exógeno sobre la calidad seminal y 2) evaluar la eficiencia en la producción de embriones transgénicos porcinos in vivo mediante inseminación intra (mas) uterina quirúrgica con espermatozoides incubados con el transgén. Para alcanzar estos objetivos, los espermatozoides (libres de plasma seminal) fueron incubados en presencia del transgén EGFP (proteína verde fluorescente) durante 2 h a 16°C (en una relación de 10(8) cels/mL y 5 µg ADN/mL). Se valoró la motilidad, motilidad progresiva e integridad de membrana de los espermatozoides incubados, en presencia o ausencia del transgén. Los resultados mostraron que la presencia del ADN no afectó a ninguno de los parámetros seminales estudiados. Con muestras seminales incubadas con el transgén se llevaron a cabo inseminaciones intrauterinas mediante laparotomía en 4 hembras prepúberes. A los 6-7 días tras la inseminación se recolectaron los embriones, para evaluar la tasa de fecundación y la expresión de la proteína verde fluorescente EGFP en los mismos. El número medio de cuerpos lúteos por cerda fue de 10,50 ± 2,90 con una tasa de recolección de 11,90%. Se recolectó un total de 5 embriones presentando todos ellos un estado normal de desarrollo y una alta calidad (dos de ellos presentaban más de 400 células por embrión). Cuando fue analizada la expresión mediante microscopia de fluorescencia, ninguno de ellos expresaba la proteína EGFP. Este resultado, bajo las condiciones experimentales del presente estudio, podría indicar que el transgén se una en su mayoría a espermatozoides con baja viabilidad por lo que la probabilidad de que los espermatozoides vivos unan el ADN y sean capaces de fecundar en comparación con espermatozoides sin el transgén es realmente baja. Resumen en inglés An alternative technology for producing transgenic animals is sperm mediated gene transfer (SMGT), based on the ability of sperm cells to bind and internalize exogenous DNA. The aims of this work were: 1) evaluate the effects of the presence of exogenous DNA in the seminal quality and 2) evaluate the efficiency of transgenic embryos production by surgery artificial insemination using sperm mediated gene transfer technique. Fresh spermatozoa (removed seminal plasma) were i (mas) ncubated with DNA (EGFP) at 16°C for 2 h (10(8) cells/mL and 5 µg DNA/mL). At first motility, progressive motility and viability were evaluated in spermatozoa incubated with or without exogenous DNA. The results showed that the presence of the DNA did not affect any of the studied sperm parameters (motility, progressive motility and viability). On the other hand insemination was carried out in 4 gilts by laparotomy in utero tubaric junction. Six-seven days after insemination blastocysts were collected and fertilization rate and transgene expression were determined. The mean number of corpora lutea/gilt was 10.50 ± 2.90 with a mean recovery rate of 11.90%. After the surgery, a total of 5 embryos were recovered and the percentage of normally developed embryos was 100% and with a high quality (two of them had more than 400 cells). When the blastocysts recovered after 6-7 days post-insemination were analyzed by fluorescence microscopy, it was revealed that none of them expressed protein EGFP. These results show the possibility that exogenous DNA bound to the sperm with low viability and only a low percentage to viable sperm, so the probability that live sperm bind the DNA and are able to fertilize in comparison with live sperm without the transgene are really low.

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Evaluación de varias técnicas de extracción de ADN de Cryptococcus spp. a partir de muestras ambientales/ Cryptococcus spp. DNA extraction from environmental samples

Castañeda, Alexandra; McEwen, Juan; Hidalgo, Marylin; Castañeda, Elizabeth
2004-09-01

Resumen en español El género Cryptococcus comprende, al menos, 38 especies, pero sólo 3 se han informado como patógenas para el hombre y los animales: Cryptococcus laurentii, Cryptococcus albidus y Cryptococcus neoformans; esta última es la más frecuente. La infección se adquiere por la inhalación de los propágulos infectantes del medio ambiente. Los estudios del hábitat se han realizado con técnicas de extracción con soluciones tampón y cultivos en medios selectivos. El objetiv (mas) o del trabajo fue evaluar varias técnicas de extracción del ADN de Cryptococcus spp . a partir de muestras ambientales. Como controles se emplearon aislamientos de C. neoformans, C. albidus, C. laurentii y Paracoccidiodes brasiliensis. Se emplearon vermiculitas, suelos contaminados en el laboratorio con 10 a 10 6 blastoconidias/g y muestras naturalmente colonizadas con C. neoformans. El ADN se extrajo con métodos físicos, químicos y con un estuche comercial, y se purificó usando bloques de agarosa y columnas de sílica. Para la amplificación con PCR se emplearon los iniciadores CN4-CN5 específicos para C. neoformans. Sólo el estuche comercial permitió extraer y purificar el ADN de las muestras de suelos contaminados hasta una concentración de 10 blastoconidias/g de suelo y de una de las muestras naturalmente colonizadas. Con este trabajo se logró la extracción y amplificación de ADN de Cryptococcus spp. a partir de muestras ambientales lo cual constituye una herramienta importante para delimitar las áreas ecológicas de C. neoformans en nuestro país. Resumen en inglés The genus Cryptococcus encompasses 38 species, but only 3 are associated with disease in humans and animals, Cryptococcus laurentii, Cryptococcus albidus and Cryptococcus neoformans. The last one is the most frequently reported. The disease is acquired by the inhalation of infectious propagules present in the environment. The habitat has been established using extraction techniques with buffer supplemented with antibiotics and plating in selective media. The aim of this w (mas) ork was to evaluate several DNA extraction techniques for Cryptocococus spp . from environmental samples. The control isolates were C. neoformans, C. albidus, C. laurentii and Paracoccidiodes brasiliensis. We also used vermiculita and soil samples contaminated with different yeast concentrations (10 to 10 6 cells/g) and samples naturally contaminated with C. neoformans. DNA was extracted with physical and chemical methods and with a commercial kit, and the DNA was purified with agarose blocks and silica columns. For the PCR amplification we used the CN4-CN5 primers, which are specific for C. neoformans. Only the commercial kit allowed DNA extraction and amplification from contaminated soil samples up to a concentration of 10 cells/g and from one sample naturally colonized. With this work we extracted and amplified DNA from Cryptococcus spp. from environmental samples with appropriate PCR specificity, it will be a tool to establish the ecological areas of C. neoformans in our country.

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Comparación de métodos de lisis y extracción de ADN de trofozoítos de Giardia lamblia/ COMPARISON OF LYSIS METHODS AND DNA EXTRACTION OF GIARDIA LAMBLIA TROPHOZOITES

MOLINA, NORA B; POLVERINO, DANIELA; MINVIELLE, MARTA C; APEZTEGUÍA, MARÍA; AGUILAR, MARIO; BASUALDO, JUAN A
2006-12-01

Resumen en español Se evaluó la eficiencia de procedimientos de lisis y tratamientos de extracción de ADN de trofozoítos de Giardia lamblia respecto a la eficiencia de ruptura, cantidad y pureza de ADN, además de los tiempos de procesamiento y costos. Se testearon cinco métodos de lisis (agua destilada y calor; agua destilada, calor y proteinasa K; buffer de lisis D; buffer de lisis E y un kit comercial) y tres métodos de purificación de ADN (fenol:cloroformo: isoamílico; Chelex 100 (mas) y un kit comercial). Los datos obtenidos se analizaron estadísticamente. La combinación de buffer de lisis E y Chelex fue un método simple y económico, que produjo alto rendimiento de ADN con baja pureza. Ella técnica comercial fue un método simple, más costoso que produjo bajas cantidades de ADN con un nivel de pureza apropiado para estudios moleculares Resumen en inglés The efficiency of lysis procedures and DNA purification treatments of Giardia lamblia trophozoites were evaluated regarding the breaking-up efficiency, quantity and pureness of DNA, processing time and costs. Five lysis methods (distilled water and heating; distilled water, heating and proteinase K; buffer D Lysis; buffer E lysis, and commercial kit), and three DNA purification methods (phenol:chloroform:isoamilic, Chelex 100 and commercial kit) were tested. The obtained (mas) data were statistically analyzed. The buffer E lysis and Chelex combination was simple and economic method which produced high DNA performance with low pureness. Commercial kit was simple and expensive method which generated low yields of DNA with appropriate purity level for molecular analysis

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El diagnóstico prenatal no invasor: análisis de células y ADN fetal circulantes en la sangre materna/ Non invasive prenatal diagnosis: analysis of circulating fetal DNA and cells in maternal blood

Olaya, Natalia; Jaramillo Posada, Diana
2009-12-01

Resumen en español El diagnóstico prenatal temprano y no invasor por medio del análisis de células o ADN fetales circulantes en la sangre materna es un área prometedora de la obstetricia moderna. Entre las enfermedades que se pueden diagnosticar o cuyo comportamiento es posible predecir por estos métodos se encuentran la preeclampsia, la restricción del crecimiento intrauterino y el parto pretérmino. Algunas condiciones fetales que podrían detectarse son el sexo, ciertas anomalías (mas) cromosómicas y los defectos de un solo gen. Sin embargo, estas técnicas tienen limitaciones y hasta el momento no se practican de manera rutinaria. Con esta revisión pretendemos darles a los lectores información actualizada sobre las principales técnicas para el estudio de las células y el ADN fetales circulantes en la sangre materna y sus aplicaciones. Para tal fin se hizo una búsqueda en revistas indexadas hasta 2008 en las bases Pubmed, Scielo y Latindex y se escogieron, a juicio de las autoras, artículos especialmente relevantes. Resumen en inglés Non invasive prenatal diagnosis: analysis of circulating fetal DNA and cells in maternal blood Prenatal non invasive diagnosis by means of analyses of foetal DNA or cells circulating in maternal blood is one of the most promising areas of obstetrics. Among maternal diseases that could be diagnosed by these methods, or whose behaviour could be predicted, are preeclampsia, growth restriction and preterm labour. Some foetal conditions that could be detected are sex, chromoso (mas) mal anomalies and single-gene defects. However, these are complex and expensive techniques that are not regularly performed in health care institutions. With this review we intend to provide the readers with up to date information on the main techniques available for the study of circulating foetal cells and DNA, and on their possible clinical applications. The review was based on a search for journals indexed up to 2008 in Pubmed, Scielo and Latindex. Especially relevant articles were chosen by the authors.

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Estudios de parentesco mediante marcadores del ADN: Experiencia en resolución de casos en los últimos seis años/ Kinship determination using DNA markers

Jorquera G, Hugo; Acuña P, Mónica; Cifuentes L, Lucía
2008-02-01

Resumen en inglés Autosomal and Y chromosome short tandem repeats (STRs) and mitochondrial DNA polymorphisms are the most commonly used molecular tools for determination of kinship. Aim: To report a revision of 1,120 kinship cases (paternity and others) analyzed in our laboratory. Material and methods: Revision of all kinship cases analyzed between years 2001-2006. Autosomal and Y chromosome STRs and mitochondrial DNA polymorphisms were analyzed in DNA extracted from blood samples. Results (mas) : Paternity was excluded in 27.2% of cases. This figure did not change significantly along years. Most paternity exclusions were confirmed by the discordance in 5 genetic markers (30.5%), followed by exclusion of 4 and 6 genetic markers (20.3 and 20% respectively). Two studied cases were paternal and maternal exclusions, corresponding to a change of children between two families. In one case, the paternal line was assessed through Y chromosome markers, studying 16 STRs of this chromosome, positively confirming this paternal relationship. Another case was analyzed for maternal line using mitochondrial DNA analysis. In six cases, a genetic marker with a paternal-sibling mutation, was observed. The criteria for the determination of mutation was the finding of only one discordant marker between at ¡east thirteen markers analyzed in each case. Also, an increase or decrease in one unit repeated in tandem (tetranucleotide) between the alleged father and the son was also required. One subject had a double mutation. In this case, paternity was confirmed analyzing thirteen autosomic STRs and five Y-STRs. Conclusions: The authors have acquired great expertise in kinship analysis and had established criteria to solve complex kinship cases

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Evaluación de la calidad del espermatozoide humano: comparación entre la integridad del ADN espermático y variables del semen/ Evaluation of the quality of the human spermatozoon: comparison between spermatic DNA integrity and semen variables

Cruz, Ibis; Colmenares, Melisa; Berrueta-Carrillo, Leidith; Gomez-Perez, Roald; Montes, Henry; Berrueta, Lisbeth; Salmen, Siham; Osuna, Jesús Alfonso
2010-03-01

Resumen en español El análisis del semen no tiene valor predictivo absoluto de fertilidad, pero informa sobre el potencial de fertilidad del varón, el cual está relacionado con la calidad de sus espermatozoides y de otras variables del semen. Se ha comprobado que los valores del semen pueden mostrar gran variabilidad en un mismo individuo. Esto explica por que un hombre cuyas variables no son absolutamente normales, puede lograr un embarazo en su pareja. Dentro de los parámetros tradici (mas) onalmente utilizados en la evaluación clínica de la fertilidad masculina se encuentran: la concentración, la movilidad y la morfología espermática; además de medir estas variables, nuevos procedimientos han sido incorporados para evaluar la capacidad funcional de los espermatozoides, uno de los que ha alcanzado particular importancia en la última década es la medida de la integridad del ADN nuclear. La fragmentación del ADN consiste en interrupciones en las cadenas simples o dobles del ADN que ocurre frecuentemente en la muestra de pacientes no fértiles. Se ha llevado a cabo un estudio clínico, en muestras de semen provenientes de pacientes que acudieron al laboratorio de Andrología de la Universidad de los Andes, colectadas entre marzo del 2007 y marzo del 2009, a fin de establecer comparaciones entre los parámetros convencionales y la medición de la integridad de la cromatina espermática, mediante citometría de flujo. Los resultados obtenidos mostraron correlaciones evidentes entre los parámetros convencionales y la integridad del ADN espermático y aportan datos de gran utilidad en el estudio clínico integral de la infertilidad masculina. Resumen en inglés Semen analysis does not have an absolute predictive value on fertility, however it is a reflection of male fertility potential, which is related to its spermatozoa quality and other semen variables. Great variability in human semen parameters has been demonstrated within a single individual, an observation that could explain why a male with low semen quality can successfully fertilize an egg. Although conventional semen analysis, such as sperm concentration, motility and (mas) morphology, provide important information about the clinical status of male fertility, new procedures to predict the sperm functional capability have been developed in the last decade, such as analysis of nuclear DNA integrity, which have improved considerably the clinical diagnosis of male infertility, and increased the knowledge about spermatozoa function. DNA fragmentation consist in interruptions, both in single and double DNA strains, that frequently occur in sperm samples from infertile patients. We have conducted a clinical study in semen samples from patients who have attended the Andrology laboratory of the University of Los Andes, between March 2007 and March 2009. The aim of this study was to compare sperm DNA integrity, analyzed by flow cytometry, with traditional semen parameters. Our results show remarkable correlations between conventional human semen variables and sperm chromatin integrity, contributing to asses an integral evaluation of sperm quality allowing the analysis of its fertilizing potential in clinical studies.

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Marcadores virológicos no convencionales en pacientes infectados con el virus de la inmunodeficiencia humana: ADN HIV-T, ADN HIV- 2LTR y ARN de HIV/ Non conventional virological markers in HIV-infected patients: T-HIV DNA, 2LTR-HIV DNA and HIV RNA

Gariglio, Rosana; Taborda, Miguel A.; Bortolozzi, Raúl; Mcdermott, Jennifer L.; Martini, Isabella; Borgognone, Mariana; Villanova, G. Vanina; Varnier, Oliviero E.; Giri, Adriana A.
2004-10-01

Resumen en español La terapia antirretroviral de alta eficacia (TAAE) induce una reducción marcada y persistente de la viremia plasmática, contribuyendo a disminuir la mortalidad y morbilidad de los pacientes HIV-positivos. Así, la carga viral (CV) es el método de referencia para evaluar la eficacia terapéutica. Sin embargo, aun en presencia de una TAAE eficiente no se ha logrado la erradicación viral. En este estudio analizamos la presencia del ADN total de HIV (ADN HIV-T), del ADN n (mas) o integrado con 2LTR (ADN HIV-2LTR) y del ARN de HIV, en un grupo de 55 pacientes HIV-positivos en distintos estadios clínicos, con y sin TAAE, mediante ensayos de PCR con revelado colorimétrico en microplaca, optimizados en nuestro laboratorio. La sensibilidad clínica del ARN del HIV fue evaluada con el bDNA, resultando del 74% y del 64%, respectivamente, con una concordancia del 85%. Este ensayo podría ser utilizado en el seguimiento de pacientes bajo TAAE. El ADN HIV-2LTR resultó positivo en el 54% aunque estuvo ausente en pacientes con elevada CV. Este marcador se consideraba un producto lábil y su presencia se asociaba a infección reciente. Sin embargo, actuales evidencias ponen en discusión su estabilidad por lo que su significado clínico debe ser reconsiderado. La ausencia del ADN HIV-2LTR en pacientes con CV detectable puede relacionarse con la heterogeneidad de la secuencia utilizada para su detección. El ADN HIV-T estuvo presente en el 100% de las muestras y resultaría relevante como marcador de remisión cuando se dispongan de terapias que efectivamente erradiquen la infección. Resumen en inglés Highly active antiretroviral therapy (HAART) induces a persistent reduction of the plasmatic viremia, contributing to decrease mortality and morbidity of infected people with human immunodeficiency virus (HIV). Thus, viral load (VL) is the reference method to evaluate therapy effectiveness. However, even in the presence of efficient HAART viral eradication was yet not achieved. In this study, we analyzed the presence of total HIV DNA (T-HIV DNA), non-integrated DNA with 2 (mas) LTR (2LTR-HIV DNA) and HIV RNA in a group of 55 HIV-positive subjects from Rosario City, with different clinical stages, with and without HAART. All markers were evaluated by PCR assays optimized in our laboratory that included colorimetric detection in microplate. HIV RNA clinical sensitivity was compared with a reference test, bDNA, resulting in 74% and 64% respectively, with an 85% of agreement. Thus, our HIV RNA assay could be used to monitor patients under HAART and at risk of infection. The 2LTR-HIV DNA was 54% positive although it was absent in patients with high VL. This marker was considered a labile product therefore its presence was associated with recent infection. However, current evidences question its stability. Thus, its clinical significance should be reconsidered. The absence of 2LTR-HIV DNA in patients with detectable VL may relate to the heterogeneity of the sequence used for its detection. T-HIV DNA was present in 100% of the samples and could be a relevant remission marker when therapies that effectively eradicate the infection became available.

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Identificación de especies de Leishmania por la técnica de amplificación al azar del ADN polimórfico/ Identification of Leishmania species by the random amplified polymorphic DNA technique

Monzote Fidalgo, Lianet; Ordeñana Pilotos, Raiza; Fraga Nodarse, Jorge; Montalvo Álvarez, Ana M.; Montano Goodrige, Ivón
2009-08-01

Resumen en español INTRODUCCIÓN: la leishmaniosis ha sido clasificada por la Organización Mundial de la Salud como una de las enfermedades tropicales más importantes. El control de esta parasitosis es muy difícil, porque no existen vacunas y el tratamiento es tóxico e insatisfactorio. Es de crucial importancia establecer un método de diagnóstico oportuno junto a la identificación del parásito, lo cual incide en la selección del tratamiento adecuado y en el diseño de las medidas d (mas) e control apropiadas. Recientemente, los avances en biología molecular han permitido la caracterización de especies de Leishmania por diferentes métodos. La técnica de ADN polimórfico amplificado al azar es una técnica simple para detectar el polimorfismo genético del ADN. OBJETIVO: estandarizar la técnica de ADN polimórfico amplificado al azar para su utilización en la tipificación de especies de Leishmania del Nuevo Mundo. MÉTODOS: empleando una concentración de cebador de 5 pmol, 75 ng de ADN molde, 2 mM de cloruro de magnesio y 2 U de Taq ADN polimerasa en 25 mL de reacción, se obtuvieron patrones de amplificación reproducibles. La técnica optimizada de ADN polimórfico amplificado al azar se empleó para determinar las diferencias genéticas entre 10 cepas de referencia de Leishmania, con la utilización de 6 juegos de cebadores comerciales diseñados al azar. La relación filogenética entre las especies estudiadas se determinó utilizando la estrategia de agrupaciones mediante el método de UPGMA. RESULTADOS: los cebadores OPA 3, 4 y 8 permitieron diferenciar las 10 cepas de referencia de Leishmania estudiadas. Se obtuvieron 2 grupos genéticos bien definidos donde se agrupan las especies del subgénero Leishmania y Viannia, respectivamente; los 2 subgéneros mostraron diferencias genéticas. CONCLUSIONES: de esta forma se cuenta en el laboratorio con la técnica del ADN polimórfico amplificado al azar optimizada para la identificación de especies de Leishmania. Resumen en inglés INTRODUCTION: leishmaniosis has been regarded by the World Health Organization as one of the most important tropical diseases. It is very difficult to control such parasitosis because there are not vaccines, and therapy is generally toxic and unsatisfactory. It is of vital importance to set prompt diagnostic method along with identification of the parasite in order to select the suitable treatment and to design the most convenient control measures. Recently, the advances (mas) in molecular biology have made it possible to characterize Leishmania species by different methods. The random amplified polymorphic DNA technique is a simple method to detect the genetic polymorphic DNA. OBJECTIVE: to standardize the random amplified polymorphic DNA technique for its use in New World Leishmania species typing. METHODS: by using 5 pmol primer concentration, 75 ng of template DNA, 2 mM of magnesium chloride and 2 U of polymerase DNA Taq in 25µL reaction, two reproducible amplification patters were obtained. The optimized random amplified polymorphic DNA technique served to determine the genetic differences among ten reference strains of Leishmania, with 6 sets of randomly designed conventional primers. The UP GMA method-based grouping strategy determined the phylogenetic relation among the studied species. RESULTS: OPA primers -3, 4 and 8 allowed distinguishing the ten reference strains of Leishmania under study. Two well defined genetic groups including species of Leishmania and Viannia subgenres were obtained; these 2 subgenres showed genetic differences. CONCLUSIONS: in this way, our laboratory has the optimized random amplified polymorphic DNA for the identification of Leishmania species.

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Ética científica de la terapia génica de individuos: Urgencia de la Cirugía Génica del ADN/ Scientific ethics of gene therapy for individuals: The urgency for DNA gene surgery

Valenzuela, Carlos Y
2003-10-01

Resumen en inglés Gene therapy for individuals is mainly directed to somatic or germ cells. The present technology aims to insert a DNA segment in the recipient cells. This therapy is useful in Mendelian recessive diseases. There is an ethical moratorium to perform insertion gene therapy in germ cells, because this procedure increases the human genome. Somatic cell gene therapy cures individuals but increases the gene frequency of genetic diseases in the population. This occurs because the (mas) descendants of the cured patient should carry his or her «ill» genes. We denote by «DNA gene surgery» the procedure that replaces «ill» nucleotide(s) by healthy one(s) conserving the genome size and the gene context of expression and regulation. Several procedures for gene surgery have been applied to cells and animals. Those based on DNA repair as Chimeric RNA/DNA, one stranded oligonucleotides and tristranded DNA. Those based on DNA recombination with oligo-DNA or one stranded DNA, and transposable DNA segments. Gene surgery can be applied to germ cell gene therapy without ethical contraindications. It can cure Mendelian dominant diseases and it can be applied to heterozygotes. It preserves the regulation and expression gene context. If a technical safe procedure is available, the entire mankind could be treated and cured of all the Mendelian diseases, in one generation. Susceptibilities for all diseases could also be treated. The moratorium for research on germ cell gene therapy by gene surgery should be interrupted. Safe gene surgery is a moral imperative for gene therapy of patients and their descendants, for the treatment of dominant genetic diseases and for heterozygous carriers of recessive disorders (Rev Méd Chile 2003; 131: 1208-14)

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DETERMINACIÓN DEL SEXO FETAL MEDIANTE ADN LIBRE FETAL EN PLASMA MATERNO

Illanes L, Sebastián; Searovic V, Paola; Pino L, Karla; Trebilcock G, Juan; Figueroa D, Horacio; Kottman G, Cristián; Arraztoa V, Juan Antonio
2008-01-01

Resumen en español Objetivo: Establecer la validez diagnóstica de la identificación del sexo fetal en plasma de mujeres embarazadas durante la primera mitad del embarazo mediante medición de ADN libre fetal (ffDNA) en sangre materna. Método: Se extrajo 20 mi de sangre periférica a 25 pacientes entre las 5 y 15 semanas de gestación, previo consentimiento informado. Se separó el plasma mediante centrifugación obteniéndose ADN genómi-co total (materno y fetal), y se analizó por trip (mas) licado mediante PCR en tiempo real (q-PCR), con partidores específicos para secuencia del cromosoma Y (DYS14). El sexo fetal se confirmó mediante ecografía realizada entre las 20 y 25 semanas. Resultados: 12 pacientes presentaron amplificación para DYS14, siendo diagnosticados como fetos masculinos. La menor edad gestacional de diagnóstico fue 6+4 semanas. En 9 pacientes no se generó señal, estableciéndose el sexo fetal como femenino. Hubo 4 casos en donde no se cumplieron los criterios para definir el sexo fetal, estableciéndose estos como indeterminados (todos ellos antes de las 8+3 semanas). La probabilidad de diagnosticar el sexo a partir del test fue de 84% (21 de 25 pacientes). Considerando solo los 21 casos donde se pudo realizar un diagnóstico, la ecografía confirmó el sexo en todos ellos, obteniéndose una correlación del 100%. Conclusión: Es posible diagnosticar el sexo fetal en sangre materna utilizando ffDNA durante la primera mitad del embarazo Resumen en inglés Objective: To valídate the use of cell free fetal DNA (ffDNA) in maternal plasma to predict fetal sex in the first half of pregnancy. Method: A prospective observational cohort study of 25 pregnancies between 5 and 15 weeks of gestation was studied (median gestational age of 9+1 weeks). Maternal blood was taken and q-PCR was carried out to detect the multi-copy Y chromosome associated DSY14 gene. The end point was gender as assessed by ultrasound at 20-25 weeks. Results: (mas) A Y signal was obtained in 12 patients, so a male fetus was predicted. The earliest signal was at 6+4 weeks. In 9 patients we didn't have any signal, so a female fetus was diagnosed. There were 4 cases where the criterion to define fetal sex was not fulfilled and were classified as equivocal (all of them before 8+3 weeks). The probability to predict fetal sex from the test was 84% (21 of 25 patients). However, when the diagnosis of fetal sex is made, there is a 100% correlation between the ultrasound and Q-PCR. Conclusión: Free fetal DNA in maternal plasma allows prediction of fetal sex in the first half of pregnancy

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DNA molecule with insulating activity against chromosomal position effects in gene transfer processes in animal cells | Molécula de ADN con actividad aisladora de efectos de posición cromosomales en procesos de transferencia génica en células animales

Montoliu, Lluís; Giraldo, Patricia; Busturia, Ana

Filing Date: 2002-05-10.-- Priority DataES P200101133 (2001-05-18). | [EN] The invention relates to a DNA molecule or a fragment of said DNA molecule obtained from the LCR (Locus Control Region) sequence of the mouse tyrosinase gene. Said sequence has insulating activity against chromosomal positio...

DRIVER (Spanish)

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Quantifying RNA and DNA in planktonic organisms with SYBR Green II and nucleases. Part B. Quantification in natural samples. | Cuantificación de ADN y ARN en organismos planctónicos marinos mediante SYBR Green II y nucleasas Parte B. Cuantificaciones en muestras naturales.

Roldán, Cristina; Berdalet, Elisa; Olivar, M. Pilar

Extraction procedures for RNA and DNA in crude extracts of natural microplankton samples are developed. The methodology is compatible with the fluorometric assay of RNA and DNA developed by Berdalet et al. (2005). Mechanical cell disruption using a manual tissue grinder is combined with chemical ext...

DRIVER (Spanish)

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Quantifying RNA and DNA in planktonic organisms with SYBR Green II and nucleases. Part A. Optimisation of the assay | Cuantificación de ARN y ADN en organismos planctónicos marinos mediante SYBR Green II y nucleasas. Parte A: Optimización del ensayo

Berdalet, Elisa; Roldán, Cristina; Olivar, M. Pilar; Lysnes, Kristine

Assay protocols for RNA and DNA in crude plankton extracts using the fluorochrome SYBR Green II are developed here. The method is based on the fluorescence in 3 aliquots: the first measures RNA after DNA digestion; the second measures DNA after RNA digestion; and the third measures residual fluoresc...

DRIVER (Spanish)

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Normalización de un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para la cuantificación del herpesvirus humano 8/ Standardization of a real-time polymerase chain reaction system for quantification of human herpesvirus 8

Martínez Rodríguez, Pedro Ariel; Muné Jiménez, Mayra; Soto Brito, Yudira; Ramírez Bartutis, Rosa; Correa Sierra, Consuelo; Alfonso Castellanos, Melkis; Kourí Cardellá, Vivian
2009-08-01

Resumen en español OBJETIVO: normalizar un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para determinar la carga viral del herpesvirus humano 8, en diferentes muestras clínicas de pacientes en los que se sospeche la infección por este agente. MÉTODOS: se evaluaron 3 de los métodos reportados internacionalmente para obtener ADN estándar en la construcción de curvas externas estándar, que permiten determinar el número de copias de ADN diana en la muestra problema. RE (mas) SULTADOS: se obtuvieron 3 ADN estándar a partir del clonaje de un fragmento del gen ORF26 del herpesvirus humano 8 en un vector (ADN plasmídico), con la utilización de productos purificados de reacción en cadena de la polimerasa y el empleo de ADN genómico de la línea celular BCBL. Se pudieron construir las curvas patrón a partir de cada uno de los ADN estándar obtenidos, los que mostraron una fuerte correlación lineal (r= -1) y valores muy bajos de error a lo largo de 6 magnitudes de concentración de ADN diana. El límite inferior de detección a partir del ADN plasmídico y de los productos de reacción en cadena de la polimerasa fue de hasta 100 copias, mientras que con el ADN genómico fue de hasta 10 copias; este último sistema resultó el más sensible. CONCLUSIONES: la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real normalizada a partir de los 3 ADN estándar probó ser un sistema rápido, específico y altamente sensible que permitirá un mejor diagnóstico y además desarrollar estudios sobre la patogenia de la infección por el herpesvirus humano 8 en Cuba. Resumen en inglés OBJECTIVE: to standardize a real-time polymerase chain reaction system to determine the human herpes virus 8 viral load in several samples from patients suspected of this type of infection. METHODS: three internationally known methods were evaluated to obtain standard DNA in standard external curve constructions, which allow determining the number of target DNA copies in the suspected samples. RESULTS: three standards DNA were obtained from cloning ORF26 gene fragment of (mas) human herpesvirus 8 in a vector (plasmid DNA), with the use of purified polymerase chain reaction products and of genomic DNA of BCBL cell lines. The pattern curves were constructed on the basis of each of the resulting standard DNA, which showed strong linear correlation (r= -1) and very low error values throughout 6 target DNA concentrations. The lower detection limit based on plasmid DNA and the polymerase chain reaction products was 100 copies, whereas that obtained with genomic DNA reached up to 10 copies; this last system turned to be the most susceptible. CONCLUSIONS: real-time polymerase chain reaction system, standardized for the three standard DNA proved to be a rapid, specific and highly sensitive system for better diagnosis, and for the development of studies on the pathogenesis of human herpesvirus 8 infection in Cuba.

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Establecimiento de un protocolo rapds eficiente para plantas de ñame/ Establishment of an efficient rapd protocol for yam plants

Oropeza C, Maira; Marilyn R, Erick A; Vargas C, Teresa Edith
2006-12-01

Resumen en español Dada la importancia del cultivo de ñame, Dioscorea alata en Venezuela y el resto del mundo, en el Laboratorio de Biotecnología Vegetal de la Universidad Central de Venezuela se logró establecer sistemas de regeneración in vitro para esta especie vía Organogénesis y Micropropagación. Basado en la posibilidad de evaluar la variabilidad genética de estas plantas, en el trabajo se estableció un protocolo de Amplificación al Azar del ADN Polimórfico (RAPDs) para el (mas) ADN de plantas de ñame. Esta investigación constó de 4 pasos: 1) Extracción del ADN: se realizó con el protocolo propuesto por Doyle y Doyle (1990), modificado con tratamiento con solución limpiadora: (Etanol 76% en 10 mM (NH4COOH)) y precipitación de oligosacáridos con Acetato de Amonio (NH4COOH) 7,5 M; 2) Evaluación del ADN extraído: se realizó mediante el uso de un espectrofotómetro según el protocolo planteado por Sambrook et al. en 1989; 3) Amplificación vía RAPDs del ADN extraído: según el protocolo planteado por Ramser et al. en 1997; 4) Comprobación de la amplificación del ADN extraído: en gel de agarosa 1,8%. Con las modificaciones aquí señaladas se logró obtener un protocolo adecuado de extracción y amplificación del ADN de D. alata. Resumen en inglés Because of the importance of yam, Dioscorea alata plants in Venezuela and the world, in the Plant Biotechnology Laboratory at the Universidad Central de Venezuela, in vitro culture systems via organogenesis and micropropagation for this plant species were established. Based on the possibility of evaluating genetic variability in regenerated plants, a protocol of Random Amplification Polymorphic DNA (RAPD) for yam plants was developed. This research was made up of four ste (mas) ps: 1) DNA extraction following Doyle and Doyle (1990) protocol modified with a cleaning treatment with 76% Ethanol in 10 mM NH4COOH and oligosaccharides precipitation with 7,5 M NH4COOH; 2) Spectrophotometric evaluation of extracted DNA according to Sambrook et al. (1989); 3) RAPD amplification of extracted DNA following the protocol established by Ramser et al. (1997) and 4) Verification of the amplification of extracted DNA using 1,8% agarose gel. Good quality D. alata DNA extracts and efficient DNA random amplifications were obtained using the modifications incorporated in our protocol.

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Biología molecular en Infectología: Parte I: Desarrollo y metodologías/ MOLECULAR BIOLOGY IN INFECTIOUS DISEASES: PART I. DEVELOPMENT AND METHODOLOGIES

CORVALÁN R, ALEJANDRO
2002-01-01

Resumen en español El origen de la biología molecular se puede rastrear hasta fines del siglo XIX; sin embargo, el descubrimiento de la estructura del ADN se considera como el inicio de esta disciplina. Los avances producidos por la biología molecular en la década del ´60 nos permiten contar hoy con herramientas para el estudio de microorga-nismos a nivel molecular. En particular, el descubrimiento de la ADN polimerasa y las propiedades de hibridación del ADN son algunos de los descubr (mas) imientos que aplicados hoy día en la reacción de polimerasa en cadena, la amplificación isotérmica y la hibridación con ADN ramificado, se han transformado en herramientas útiles en el diagnóstico y cuantificación de agentes infecciosos. Finalmente la secuenciación de genomas bacterianos completos permitirá el desarrollo de nuevos métodos para el diagnóstico y tratamiento de enfermedades infecciosas Resumen en inglés Eventhough Molecular Biology was iniciated at the end of the XIX century, the discovery of the structure of DNA is considered the beginning of this field. Advances during 1960-1970 produced methods and technologies to study microorganisms at molecular level. In particular, the discovery of DNA polymerase and the specificity of DNA reanaturation are the bases for Polymerase Chain Reaction, Transcription Mediated Amplification, and Branched DNA methods useful for diagnosis (mas) and direct quantitation of infectious agents. Finally, the complete genome sequence should ultimately result in new methods for diagnosing and treating infectious diseases

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Determinación por quimioluminiscencia del contenido de telómero en biopsias de archivo de cáncer de colon/ Chemiluminescent measurement of telomere DNA content in archival biopsies of colon adenocarcinoma

Morán, Yeinmy; Valderrama, Elvis; Camargo, María Eugenia; Rivero, María Belén; Chiurillo, Miguel Angel
2007-12-01

Resumen en español Los telómeros son complejos nucleoproteicos que protegen los extremos de cromosomas eucariotas de fenómenos de degradación y recombinación. En humanos, los telómeros miden 10-12 kpb en células somáticas normales, pero pueden reducirse hasta apenas 1-2 kpb en células tumorales de rápido crecimiento, debido a la replicación incompleta de estas estructuras en cada división mitótica. Los telómeros se acortan con la edad, lo cual puede estar asociado a inestabilid (mas) ad genómica y a un incremento del riesgo de sufrir cáncer. El análisis de fragmentos de restricción teloméricos por Southern blot es en la actualidad el método estándar para la medición de la longitud de los telómeros. Sin embargo, una determinación precisa no es posible cuando el ADN está fragmentado o es escaso, como es el caso de las biopsias incluidas en parafina. En este trabajo se adecuó un ensayo de slot blot para cuantificar el contenido relativo, en lugar de la longitud, del ADN telomérico a partir de muestras de archivo de adenocarcinoma de colon. El contenido de ADN telomérico pudo ser medido de manera reproducible con apenas 75 ng de ADN genómico altamente degradado empleando detección de la hibridización por quimioluminiscencia. Resumen en inglés Telomeres are nucleoprotein complexes that protect the ends of eucaryotic chromosomes from degradation and recombination. In humans, telomeres measure 10-12 kbp in normal somatic cells, but they scarcely reach 1-2 kbp in tumor cells of rapid growth, due to the incomplete replication of these structures in each mitotic division. Telomeres shorten with age, which can be associated to genomic instability and to an increment of the risk of suffering from cancer. The standard (mas) method to measure the telomere length is the analysis of telomeric restriction fragments by Southern blot. However, a precise determination is not possible when the DNA is broken into small fragments or if it is scarce. In this work, a slot blot assay was adapted to quantify the relative content, instead of the length, of telomeric DNA from paraffin-embedded archival specimens of colon adenocarcinoma. The telomeric DNA content could be reproducibly measured with hardly 75 ng of highly degraded genomic DNA by chemiluminescent detection for hybridization.

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Tasa de crecimiento en larvas de Sardinella aurita Valenciennes, 1847 (Pisces: Clupeidae) del Morro de Puerto Santo, Venezuela/ GROWTH RATE OF Sardinella aurita VALENCIENNES, 1847 (PISCES: CLUPEIDAE) larvae in MORRO DE PUERTO SANTO, VENEZUELA/ TAXA DE CRESCIMENTO EM LARVAS DE Sardinella aurita VALENCIENNES, 1847 (PISCES: CLUPEIDAE) DO MORRO DE PUERTO SANTO, VENEZUELA

Balza, María Alejandra; Lemus, Mairin; Marín, Baumar
2007-05-01

Resumen en portugués Analisaram-se e relacionaram-se as mudanças diárias na microestrutura de anéis de crescimento dos otólitos sagitta de larvas de Sardinella aurita com o crescimento somático e bioquímico. O crescimento somático foi expressado como longitude/idade e o crescimento bioquímico com a relação ARN/ADN (Bulow, 1970). Determinaram-se a idade e o crescimento em 221 larvas coletadas no Morro de Puerto Santo, Venezuela, mediante análise dos incrementos diários nos otólito (mas) s sagitta e os caracteres morfométricos. Os ácidos nucléicos e a relação ARN/ADN foram determinados por fluorescência. A estrutura de tamanhos das larvas esteve compreendida entre 2,2 e 17 mm LS para as idades de 1 a 23 dias. O aumento de tamanho (longitude estándar, LS em mm) em função da idade está representado por LS= 2,76+0,60×idade (r²= 0,83; P Resumen en español Se analizó y relacionó los cambios diarios en la microestructura de anillos de crecimiento de los otolitos sagitta de larvas de Sardinella aurita con el crecimiento somático y bioquímico. El crecimiento somático fue expresado como longitud/edad y el crecimiento bioquímico con la relación ARN/ADN (Bulow, 1970). Se determinó la edad y el crecimiento en 221 larvas colectadas en el Morro de Puerto Santo, Venezuela, mediante análisis de los incrementos diarios en los (mas) otolitos sagitta y los caracteres morfométricos. Los ácidos nucleicos y la relación ARN/ADN se determinaron por fluorescencia. La estructura de tallas de las larvas estuvo comprendida entre 2,2 y 17mm LS para las edades de 1 a 23 días. El aumento de talla (longitud estándar, LS en mm) en función de la edad está representado por LS= 2,76+0,60×edad (r²= 0,83; P Resumen en inglés Daily changes in the microestructure of the sagitta otolith growth rings of Sardinella aurita larvae were related to somatic and biochemical growth. Somatic and biochemical growth were expressed as length/age and RNA/DNA ratio, respectively. Age and the growth of 221 sardine larvae from Morro de Puerto Santo, Venezuela were estimated measuring daily increments in sagitta otoliths and morfometric characters. The nucleic acids and the RNA/DNA ratio were determined by fluore (mas) scence. The larval size structure from days 1 to 23 ranged from 2.2 to 17.0mm LS. The increase in size (SL, standard length in mm) as a function of age is expressed by LS= 2.76+0.60×age (r²= 0.83; P

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Exploración del efecto protector frente a radicales libres de derivados de la uva (Vitis vinifera L. Cv. Tannat) en Saccharomyces cerevisiae/ Analysis of a putative protection against free radicals by grape derivatives (Vitis vinifera L. Cv. Tannat) in Saccharomyces cerevisiae

Bracesco, N.; Salvo, V. A.; Rocha, S.; Dell, M.; Carrau, F.; Nunes, E.
2007-03-01

Resumen en español Se exploró un posible efecto protector del genoma por parte de un derivado de la uva (vino Tannat). Se utilizaron poblaciones celulares haploides y diploides de Saccharomyces cerevisiae como modelo eucariota. Muestras celulares se expusieron a H2O2 en medio nutriente. El ADN se analizó por densitometría láser, luego de su aislamiento y separación por electroforesis con campos pulsados. Se aplicó la distribución de Poisson para la determinación de roturas dobles. E (mas) l número de roturas dobles del ADN y la frecuencia mutagénica aumentaron en función de la dosis de H2O2, disminuyendo la probabilidad de sobrevida. La combinación de H2O2 con vino Tannat aumentó significa-tivamente la probabilidad de sobrevida y disminuyó el número de roturas dobles. No se observó efecto mutagénico por el vino Tannat. Estos efectos pudieron simularse utilizando altas concentraciones de α-tocoferol. Los resultados indican que un derivado de Vitis vinifera puede, en ciertas condiciones, disminuir las dobles roturas de ADN producidas por el H2O2 e incrementar las probabilidades de sobrevida celular. Los blancos involucrados podrían ser, entre otros, componentes intracelulares de las cascadas redox y/o enzimas de reparación del ADN. Resumen en inglés The aim of this work was to analyse a possible genome protection provided by a grape derivative (Tannat wine) in yeast cell populations exposed to H2O2. Haploid and diploid strains of Saccharomyces cerevisiae were used as eukaryotic model. Cell samples were exposed to H2O2 in a nutrient medium. Chromosomal DNA was analysed after isolation and separation by pulsed field electrophoresis. Double strand breaks were determined by laser densitometry and application of Poisson d (mas) istribution. Both haploid and diploid cells showed H2O2 dose dependent DNA fractionation, as well as an increase of lethal -and mutation- events. Upon combination of the Tannat wine and H2O2 a significant decrease of double strand breaks was observed, in association with an increase in surviving fractions. No mutagenic effect was observed after wine exposure. Part of the observations regarding protective wine effect were simulated by exposure to high concentrations of α-tocopherol. Present results indicate that a grape derivative could act as a genome protector increasing cell survival probabilities. Among others, the involved molecular targets could be components of transduction redox cascades as well as DNA repair enzymes.

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Identificación de Histoplasma capsulatum en muestras clínicas mediante la técnica de PCR en dos rondas/ Detection of Histoplasma Capsulatum by Nested-PCR in Clinical Specimens

Colella, María Teresa; Mata, Sofía; Hartung, Claudia; Pérez, Celina; Roselló, Arantza; Olaizola, Carolina; Fernández, Carmen; Magaldi, Silvia; Toro, Félix
2007-12-01

Resumen en español La histoplasmosis es una micosis profunda de distribución mundial cuyo diagnóstico se fundamenta en estudios clínicos, micológicos e inmunológicos. La identificación del agente etiológico en muestras biológicas es difícil de realizar. Se evaluó la técnica de PCR en dos rondas para identificar ADN de Histoplasma capsulatum en muestras clínicas (sangre y médula ósea) y cultivos del hongo. Se ensayaron 3 métodos de aislamiento de ADN basados en los reactivos T (mas) iocianato de Guanidina, Cloruro de Bencilo y Triton-X-100. La técnica de aislamiento con Tiocianato de guanidina resultó de fácil aplicación en muestras clínicas. Sin embargo, se obtuvo un mayor rendimiento de ADN con el reactivo Triton-X-100. La aplicación de la prueba de PCR generó un amplificado de 210 pares de bases el cual fue identificado tanto en las cepas de referencia de H. capsulatum como en 5 muestras de sangre y 2 muestras de médula ósea. Para confirmar la especificidad de la prueba se analizaron cepas de otros hongos no relacionados, Paracoccidioides brasiliensis, Candida glabrata, Cryptococcus neoformans y Coccidioides immitis (C posadasii) las cuales resultaron negativas. La técnica de PCR mostró una sensibilidad de hasta 10pg de ADN de H. capsulatum confirmándose así su utilidad como herramienta de diagnóstico molecular. Resumen en inglés Histoplasmosis is a systemic mycosis whose diagnosis is based on clinical, mycological and immunological criteria. Identification of its etiological agent in biological samples is difficult to perform. We evaluated a nested-PCR technique to identify Histoplasma capsulatum in clinical specimens (blood and bone marrow) and reference strains. Three different methods for DNA isolation were tested based on the reagents Guanidine thiocyanate, Benzoyl chloride and Triton X-100. (mas) Among these procedures, Guanidine thiocyanate-based method yielded by utmost good quality DNA and was easy to perform when used with clinical specimens. However, a better recovery of DNA was accomplished with the Triton-X-100 method. Reference strains of Paracoccidioides brasiliensis, Candida glabrata, Cryptococcus neoformans and Coccidioides immitis (C posadasii)were tested to assess PCR assay specificity. The samples were amplified by nested-PCR and analyzed by 3% agarose gel electrophoresis. Each of the reference strains showed the same signal upon amplification with a DNA band of 210 bases pairs, as well as 5 blood samples and 2 bone marrow specimens, with high sensitivity (10 picograms of Histoplasma capsulatum DNA) and specificity (no cross reactivity with P. brasiliensis, C. glabrata, C. neoformans and C. immitis). This technique has proved to be useful as a diagnostic technique.

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Encefalopatía infantil asociada con la mutación A3243G MELAS/ Infantile encephalopathy associated with the MELAS A3243G mutation

Guevara-Campos, José; Gonzalez-Guevara, Lucía; Urbáez-Cano, José; Parada, Yulimar
2007-06-01

Resumen en español Las Encefalopatías mitocondriales son un grupo de enfermedades que tienen como base una alteración del ADN mt (ADN mitocondrial).El fenotipo MELAS (encefalomiopatía mitocondrial, con acidosis láctica y accidentes cerebro vasculares) se ha relacionado con la mutación A3243G en aproximadamente el 80% de los casos reportados. El fenotipo MERRF (epilepsia mioclónica con fibras rojas rasgadas) ha sido relacionado con las mutaciónes A8344G y A8566G del tARN Lys. Se descr (mas) ibe un lactante femenino de 7 meses de edad, con un cuadro de inicio temprano, que se acompañaba de una encefalopatía asociada a la mutación A3243G.En los exámenes de laboratorio destacaba una acidosis láctica y el estudio EEG mostraba signos compatibles con proceso encefalopático. Se administró ACTH durante un mes con mejoría clínica y encefalográfica. Actualmente recibe tratamiento a base de Vitaminas del complejo B, L-carnitina y alcalinizantes urinarios. Se concluye que en los lactantes que presentan convulsiones, retraso en su desarrollo psicomotor, acidosis láctica y el estudio encefalográfico compatible con una encefalopatía, debería realizarse análisis del ADN mt, para descartar una enfermedad mitocondrial. Resumen en inglés Mitochondrial encephalopathies are a group of diseases that have as their pathogenic basis an alteration of the mitochondrial DNA (mtDNA). The MELAS phenotype (mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes) has been related to mutation A3243G in approximately 80% of the cases reported. MERRF (epilepsy myoclonus with ragged red fibers) has been related to mutation A8344G and A8566G of tRNA Lys. We report the case of a 7 months-old female wit (mas) h early clinical signs of encephalopathy associated to the A3243G mutation. Laboratory tests showed lactic acidosis and the EEG pattern was compatible with an encephalopathic process. The infant was treated with ACTH during one month, with clinical and electroencephalographic improvements. Currently, she is receiving treatment with B-vitamins, L-Carnitine and urinary alkalizing agents. It is concluded that an analysis of mtDNA must be made in infants who present convulsions, delay in their psychomotor development, lactic acidosis and an EEG pattern compatible with an encephalopathy, to rule out a mitochondrial disease.

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Empleo del AMPLICOR HIV-1 DNA test v 1.5 en el diagnóstico de la infección perinatal por el VIH-1 en Cuba/ Use of Amplicor HIV-1 DNA test v.1.5 in diagnosis of perinatal infection from HIV-1 in Cuba

Machado Zaldívar, Liuber Y.; Blanco de Armas, Madeline; Lubián Caballero, Ana Luisa; Díaz Torres, Héctor M.
2010-08-01

Resumen en español INTRODUCCIÓN: la amplificación del ADN proviral del VIH-1, constituye un método preferencial para el diagnóstico perinatal, empleado en Cuba desde 1992. El estuche AMPLICOR HIV-1 DNA es un ensayo cualitativo in vitro para la detección del ADN proviral de VIH-1 en sangre total. OBJETIVO: en el presente trabajo se reportan los resultados del empleo de este estuche por primera vez en Cuba para el diagnóstico perinatal de VIH-1. MÉTODOS: entre 2005 y 2007 se trabajaron (mas) mediante el estuche AMPLICOR HIV-1 DNA, 346 muestras de sangre total de niños nacidos de madres seropositivas al VIH-1. RESULTADOS: del total de muestras trabajadas, 6 resultaron positivas y 340 fueron negativas. CONCLUSIONES: el estuche fue reproducible en las condiciones cubanas y los resultados obtenidos permitieron realizar el diagnóstico y seguimiento de niños nacidos de madres seropositivas. Resumen en inglés INTRODUCTION: HIV-1 proviral DNA amplification is the preferential method for HIV diagnosis infection in infants and it has been used in Cuba since 1992. AMPLICOR HIV-1 DNA kit is an in vitro qualitative assay for the detection of HIV-1 proviral DNA in the whole blood. OBJECTIVE: this paper showed the results of the use of this kit for the first time in Cuba for the perinatal diagnosis of HIV-1 infection. METHODS: three hundred forty six whole blood samples from children (mas) of HIV seropositive women were analyzed by the AMPLICOR HIV-1 DNA kit in the period 2005-2007. RESULTS: among the tested samples, six were positive, and 340 negative. CONCLUSIONS: the assay was reproducible under the Cuban conditions and the achieved results made the diagnosis and follow up of children of HIV-1 seropositive mothers possible.

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Problemas y retos de futuro de la genética forense en el siglo XXI/ Problems and future challenges of forensic genetics in the XXI century

Carracedo, A.; Salas, A.; Lareu, M.V.
2010-06-01

Resumen en español Desde que en 1985 Alec Jeffreys introdujo la huella genética ha habido una evolución continua en el tipo de marcadores y en las tecnologías utilizadas en genética forense. Los microsatélites en cromosomas autonómicos son actualmente los marcadores más utilizados, junto con polimorfismos en cromosomas sexuales y el ADN mitocondrial, pero los polimorfismos nucleotídicos simples (SNPs) van emergiendo como marcadores de futuro y son ya útiles para muchas aplicaciones (mas) específicas, lo que, junto con nuevas técnicas de ultrasecuenciación de genomas, abre nuevas posibilidades no soñadas hace unos años. Con todo, los retos prioritarios de la genética forense no son esencialmente tecnológicos: la valoración estadística de la prueba del ADN en los casos complejos (particularmente en mezclas o muestras de contacto), la comunicación del valor de la prueba, el control de calidad, el futuro de la I+D, la formación, los estándares éticos, entre otros, son problemas a los que nos tenemos que enfrentar con urgencia. Resumen en inglés Since the discovery of polymorphisms in repetitive DNA by Alec Jeffreys and coworkers in 1985 the type of biomarkers and technologies used in forensic genetics has experienced a continuous evolution. Microsatellites in autosomal chromosomes known as STRs and polymorphism in the sexual chromosome and mitochondrial DNA are the most commonly used but new markers are arising and SNPs together with the new sequencing technologies are open new possibilities and a range a new ap (mas) plications. Nevertheless the challenges in the field are not technological: the statistical evaluation of DNA testing, the communication of the weight of the evidence and the correct understanding of this value, educational and ethical issues or the future of R&D are problems that should be urgently faced.

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Importancia de los estudios de biología molecular en el asesoramiento genético de familias argentinas con retinoblastoma/ The relevance of molecular biology studies in the genetic counselling of argentine retinoblastoma families

Parma, D.L.; Dalamon, V.K.; Fernández, C.; Szijan, I.; Damel, A.
2009-11-01

Resumen en español Objetivo: Evaluar la importancia de la detección de mutaciones del gen RB1 en el asesoramiento genético de las familias argentinas con retinoblastoma. Métodos: Se incluyeron en este estudio 34 familias argentinas con Retinoblastoma (Rb) bilateral y unilateral. Se analizaron 130 muestras de ADN de leucocitos, tumores y vellosidades coriónicas, por ensayos de Biología Molecular indirectos y directos, como Southern blot, segregación de los polimorfismos BamHI, Rbi4, Xb (mas) aI y Rb 1.20 (PCR-RFLP, PCR-STR), PCR-heteroduplex y secuenciación del gen RB1. Resultados: El análisis molecular fue informativo en 18 familias de las 34 incluidas en el estudio (53%), el 56% con Rb bilateral y el 44% con Rb unilateral. Se contó con muestras de ADN tumoral de 11 pacientes que se estudiaron para detectar pérdida de heterocigosidad (LOH), que posibilitó identificar el alelo RB1 mutado en 9 pacientes (82%). Cuando no se analizaron las muestras tumorales, los estudios fueron informativos solo en 9 de los 23 pacientes (39%); se utilizó la detección directa en 17 pacientes (41% informativo) e indirecta en 20 (60% informativo). Conclusiones: Los resultados demuestran la necesidad de contar con ADN del tumor, cuando el paciente fue enucleado, y acentúan la importancia de la detección directa de la mutación en familias con Rb esporádico temprano sin muestra tumoral. Los estudios de biología molecular contribuyeron con el adecuado asesoramiento genético de pacientes argentinos y sus familiares y el diseño apropiado de su tratamiento temprano. Resumen en inglés Objective: Evaluate the relevance of RB1 mutations detection in the genetic counselling of Argentine retinoblastoma families. Methods: We included in this study 34 Argentine families with bilateral and unilateral Retinoblastoma (Rb). 130 DNA samples from leukocytes, tumors and chorionic villus were analyzed by indirect and direct molecular biology assays like Southern blot, segregation of polymorphisms BamHI, Rbi4, XbaI y Rb 1.20 (PCR-RFLP, PCR-STR), PCR-heteroduplex and (mas) sequencing of RB1 gene. Results: Molecular biology analysis was informative in 18 out of 34 families studied (53%), 56% with bilateral and 44% with unilateral Rb. DNA tumor samples of 11 patients were available and could be studied by loss of heterozygosity (LOH) detection, that allowed us to identify the mutated RB1 allele in 9 (82%) patients. When tumor samples were not analized, the studies were informative only in 9 out of 23 patients (39%); we used direct mutation detection in 17 (41% informative) and indirect assays in 20 (60% informative) patients. Conclusions: The results prove the necessity to have DNA tumor, when the patient has been enucleated, and emphasize the importance of direct mutation detection in families with early sporadic Rb without tumor sample. The RB1 molecular biology contributed to the adequate genetic counselling of Argentine patients and relatives and their appropriate early treatment planning.

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Identificación de la secuencia del gen de la subunidad catalítica de la telomerasa en Plasmodium falciparum

Rubiano, Claudia Consuelo; Wasserman, Moisés
2005-03-01

Resumen en español Introducción. La enzima telomerasa participa en la regulación de la longitud de los telómeros al sintetizar nuevas repeticiones teloméricas que compensan las pérdidas en cada ronda de replicación del ADN. Por esta razón, el bloqueo de su actividad se plantea como un posible blanco de acción para detener el crecimiento de células con altas tasas de crecimiento. Tal es el caso de Plasmodium falciparum, parásito causante de la forma más grave de malaria humana, en (mas) la cual se sabe que hay actividad de telomerasa pero no se tiene información sobre la enzima misma. Metodología. Para hacer un acercamiento al estudio de la telomerasa en P. falciparum, se realizó un alineamiento múltiple de las secuencias de la subunidad catalítica de la telomerasa disponibles en bases de datos y se obtuvo una secuencia consenso, la cual se comparó con las secuencias generadas en el proyecto de genoma de P. falciparum. Se encontró una secuencia que podría corresponder a parte del gen de la telomerasa de P. falciparum. Para comprobarlo, se diseñaron iniciadores que se utilizaron en ensayos de amplificación sobre el ADN y el ARN del parásito. Resultados. Se amplificaron fragmentos de ADN correspondientes a motivos conservados en las telomerasas y se detectó la presencia del ARNm mediante trascripción reversa y PCR sobre el ADNc generado. De esta manera, al combinar la utilización de herramientas de bioinformática y su posterior comprobación mediante técnicas de biología molecular, se obtuvo la secuencia del gen de la subunidad catalítica de la telomerasa en P. falciparum y se comprobó su presencia y trascripción en el parásito. Resumen en inglés Identification of the gene sequence of telomerase catalitic subunit in Plasmodium falciparum. Introduction: The enzyme telomerase participates in the regulation of telomere length synthesizing new telomeric repeats to compensate the loss in each DNA replication cycle. Thus, telomerase is a possible target to stop the growth of cells with high replication rates. This is the case of Plasmodium falciparum, the parasite that causes the most severe kind of human malaria. It is (mas) known that it has telomerase activity but the information on the enzyme is very poor. Methods: In order to approach to the study of telomerase in P. falciparum, a multiple alignment was done using telomerase catalytic subunit sequences found in data bases. A consensus sequence was obtained, and it was compared with the sequences in the P. falciparum genome project and as a result, a sequence that could be part of the telomerase gene was found. To test that, a set of primers was designed and used to perform amplifications over DNA and RNA. Results: DNA fragments corresponding to telomerase conserved domains were amplified and by using reverse transcription and PCR over the cDNA, the presence of mRNA was detected. In this way, using bioinformatics tools and testing them with molecular biology techniques, the sequence of telomerase catalytic subunit gene (TERT) in P. falciparum was obtained and its presence and transcription were demonstrated.

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Expansión clónica y caracterización genómica del proceso de integración del virus linfotrópico humano tipo I en la leucemia/linfoma de células T en adultos/ Clonal expansion and genomic characterization of the human T-cell lymphotropic virus type I during the integration process in adult T-cell leukemia/lymphoma

Salcedo-Cifuentes, Mercedes; Cabrera, Jesús; Cuesta-Astroz, Yesid; Carrascal, Edwin; Eizuru, Yoshito; Domínguez, Martha C; Sánchez, Adalberto; García-Vallejo, Felipe
2009-06-01

Resumen en español Introducción. Aunque la integración del virus linfotrópico humano tipo I no es al azar, se desconocen muchos de los detalles de este proceso. Objetivo. Evaluar las características de la cromatina celular adyacente a secuencias provirales en pacientes con leucemia/linfoma de células T en adultos asociada al virus. Materiales y métodos. Se extrajo el ADN de biopsias de siete pacientes colombianos con leucemia/linfoma de células T en adultos y positivos para el virus (mas) linfotrópico humano tipo I. Éste se amplificó mediante reacción inversa en cadena de la polimerasa, para determinar el grado de expansión clónica y su composición de nucleótidos. A partir de 61 secuencias de ADN humano adyacentes a provirus, provenientes de pacientes leucémicos colombianos y japoneses, se efectuó un análisis in silico para obtener datos sobre su integración, las características de la cromatina y sus funciones asociadas. Resultados. La expansión de clones celulares fue predominantemente oligoclónica. De las 61 secuencias de ADN adyacente a provirus, se seleccionaron 155 alineamientos que cumplieron con los criterios de inclusión (homologías≥95%, e-value≤0,05). De éstos, 74,84% fueron secuencias no codificantes repetidas y no repetidas. El 45,95% de las integraciones provirales se localizó en los cromosomas de los grupos A y B. Se observaron tendencias de integración hacia exones de genes que se replican tempranamente, regulan el ciclo celular y participan en la transducción de señales. Conclusiones. Los resultados permiten postular que la integración del virus linfotrópico humano tipo I se dirigiría hacia un ambiente genómico caracterizado por elevado contenido de C:G, genes de replicación temprana que regularían el ciclo celular y la transducción de señales. Resumen en inglés Introduction. Although the integration of human T-cell lymphotropic virus type I into the T-cells is not a random process, the mechanistic details are not understood. Objectives. The characteristics of the flanking host chromatin were evaluated at the integration sites in adult T-cell leukaemia/lymphoma (ATLL) patients infected with the virus. Materials and methods. From seven leukemic Colombian patients positive for the human T-cell lymphotropic virus type I (HTLV-I), ly (mas) mphocyte DNA samples were extracted and amplified by inverse polymerase chain reaction (IPCR). Clonal expansion and human genome nucleotide composition in an extension of 50 bp was determined. To establish the characteristics of the human genome flanking provirus, 61 IPCR sequences from Colombian and Japanese ATLL patients, were analyzed in silico to obtain insights about the genomic structure, functions and nature of associated chromatin. Results. The clonal expansion of cell clones was predominantly oligoclonal. From 61 IPCR sequences, 155 alignments with homology higher than 95% (e-value

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Identidad genética del hongo causante del primer caso de coccidioidomicosis descripto por Alejandro Posadas en 1892/ Genetic characterization of the fungus involved in the first case of coccidioidomycosis described by Alejandro Posadas in 1892

Canteros, Cristina E; Toranzo, Adriana; Suárez-Alvarez, Roberto; Davel, Graciela; Castañon-Olivares, Laura R; Nápoli, José
2009-04-01

Resumen en español En 1892, Alejandro Posadas documentó el primer caso mundial de coccidioidomicosis en un paciente argentino de nombre Domingo Escurra. Con el objetivo de identificar la especie de Coccidioides involucrado en ese caso, analizamos una pieza de necropsia del paciente, conservada en el Museo de Patología de la Facultad de Medicina de la Universidad de Buenos Aires, Argentina. La porción del tejido con mayor número de endosporas del hongo libres e integras fue elegida utili (mas) zando una coloración inmunohistoquímica específica. El ADN fúngico fue amplificado usando una PCR anidada que reconoce un fragmento del gen Ag2/PRA cuyo polimorfismo diferencia Coccidioides immitis y C. posadasii. Se amplificó además, el ADN de dos cepas de referencia: C. immitis (M38-05) y C. posadasii (1-NL) y de cuatro aislamientos de Coccidioides de pacientes argentinos. Los fragmentos amplificados fueron secuenciados en ambas hebras. Las secuencias fueron editadas, alineadas y comparadas con las depositadas en GenBank C. posadasii (Acceso N° AY536446, cepa Silveira) y C. immitis (Acceso N° AY536445). Las secuencias del Coccidioides del caso Escurra, de los aislamientos argentinos y de la cepa 1-NL fueron idénticos entre sí y mostraron una mutación puntual de C→G en la posición 1228 en comparación con la secuencia de C. posadasii, cepa Silveira. Este es el primer trabajo donde se busca ADN de Coccidioides en una pieza anatómica de museo con más de 100 años de antigüedad. Los resultados confirman que el primer caso de coccidioidomicosis o enfermedad de Posadas documentado mundialmente fue producido por el recientemente descripto C. posadasii. Resumen en inglés In 1892 Alejandro Posadas described the first worldwide case of coccidioidomycosis in a patient named Domingo Escurra. A preserved necropsy piece from the patient's remains is conserved in the Museum of Pathology of the Medical School, Buenos Aires University. Paraffin-embedded specimens obtained from this piece served to identify the fungus involved in the case. Histological slices from different lesion sites were submitted to a genus-specific immunohistochemical stainin (mas) g in order to select the more suited areas in terms of abundance/integrity of fungal esporangia and endospora. Fungal DNA was amplified from selected deparaffinated slices using a nested PCR designed to amplify a segment of the gen Ag2/PRA and differentiate C. immitis from C. posadasii. This PCR was also applied to two reference strains (C. immitis M38-05, C. posadasii 1-NL) and isolates obtained from four recent coccidioidomycosis cases occurred in Argentina. Amplified products were submitted to sequencing of both DNA strands. The obtained sequences were edited, aligned and compared with C. posadasii (Access N° AY536446, strain Silveira) and C. immitis (Access N° AY536445) deposited in GenBank. DNA sequences from Escurra's lesions were 100% homologous to the recent Argentinean cases and the reference strain 1-NL. A single point C→G difference in position 1228 was observed with respect to sequence of strain C. posadasii Silveira. For the first time, Coccidioides DNA is recovered from a museum piece which is more than 100-year-old. Our results confirm that the original case of Posadas's disease was caused by the recently described C. posadasii.

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Epigenética en asma/ Epigenetics in asthma

Vergara Rivera, Candelaria; Sánchez Caraballo, Jorge Mario; Martínez Alfaro, Beatriz; Caraballo Gracia, Luis
2009-12-01

Resumen en español El asma es una enfermedad respiratoria crónica con alta heredabilidad. Se ha propuesto que en su patogénesis participan varios genes con efectos variables al igual que factores ambientales, y se ha sugerido que los mecanismos epigenéticos pueden mediar parte del efecto de los factores ambientales en el comienzo y la evolución de la enfermedad. La epigenética describe los cambios en la expresión génica heredables durante las mitosis y meiosis que no son codificados (mas) en la secuencia de ADN. Ellos incluyen la metilación o desmetilación del ADN y la acetilación, desacetilación, ubiquitinación, sumoilación y fosforilación de histonas, cambios en los microARN y alteraciones cromatínicas. En esta revisión se describen hallazgos que establecen una relación entre algunos mecanismos epigenéticos y el proceso inflamatorio y la exposición a factores ambientales en el asma. Ellos incluyen: el aumento en la actividad de las acetilasas de histonas y de la expresión de las enzimas acetiladoras; la disminución de las enzimas desacetiladoras en los pulmones de individuos asmáticos; el aumento de la expresión del factor nuclear NF-?B durante el proceso inflamatorio alérgico; cambios en la metilación/desmetilación del ADN durante la diferenciación de los linfocitos y la estimulación/supresión de genes como los de la IL-4 y el IFN-?, respectivamente. El humo del cigarrillo, las infecciones bacterianas y virales, la dieta materna y la polución ambiental son otros factores que desencadenan procesos epigenéticos como la acetilación de histonas, la inducción de citoquinas inflamatorias, la inactivación de las desacetilasas de histonas, la polarización de la respuesta inmune hacia el tipo Th2 y una mayor producción de IgE y citoquinas de este perfil. Se revisan también los efectos epigenéticos resultantes de la terapia con corticoides y teofilina y otros factores que podrían influir en el riesgo de asma en la infancia como la ingesta materna de frutas, legumbres, aceites de pescado, vitaminas, minerales y probióticos y el uso de antibióticos durante el embarazo. Resumen en inglés Epigenetics in asthma Asthma is a chronic respiratory disease with a high heritability. It has been postulated that several genes with variable effects are involved in its pathogenesis along with environmental factors. It has been suggested that epigenetic mechanisms can mediate the effects of environmental factors on the onset and progression of the disease. Epigenetics describes inheritable changes in gene expression inherited during meiosis and mitosis that are not enc (mas) oded in the DNA sequence. They include DNA methylation/ demethylation, acetylation, deacetylation, ubiquitination, SUMOylation and phosphorylation of histones, changes in microARN and alterations of chromatine. In this article we review some findings that establish a relationship between some epigenetic mechanisms and the inflammatory process in asthma and exposure to environmental factors. They include increasing the activity of histone acetyl-transferases and the expression of histone acetylating enzymes, decrease of deacetylating enzymes in the lungs of asthmatics; increased expression of the transcription factor NF-?B in the allergic inflammatory process, changes in methylation/demethlylation of DNA during the differentiation of lymphocytes and the stimulation/ suppression of IL-4 and IFN? genes, respectively. Smoking, bacterial and viral infections, maternal diet and environmental pollution are also factors that trigger epigenetic processes such as histone acetylation and induction of inflammatory cytokines, inactivation of histone deacetytransferases, polarization of the immune response toward the Th2 type and increased production of IgE and cytokines of this profile. We review the epigenetic effects resulting from therapy with corticosteroids and theophylline, and other factors that might influence the risk of asthma in childhood such as maternal intake of fruits, vegetables, fish oils, vitamins, minerals, and the use of probiotics and antibiotics during pregnancy.

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Diagnóstico molecular de histoplasmosis humana en muestras de sangre entera/ Molecular diagnosis of human histoplasmosis in whole blood samples

Toranzo, A. I.; Tiraboschi, I. N.; Fernández, N.; Ibarra-Camou, B.; Rivas, M. C.; Lee, W.; Davel, G.; Canteros, C. E.
2009-03-01

Resumen en español Se evaluó el uso de sangre entera para el diagnóstico molecular de histoplasmosis utilizando un método artesanal de extracción de ADN fúngico y una PCR anidada que amplifica una porción del gen HcP100 específica de Histoplasma capsulatum. La sangre entera se trató con liticasa, enzima lisante de Trichoderma harzianum y proteinasa K, seguido de una extracción fenólica. Este tratamiento permitió una lisis completa de las células, mostró buen rendimiento en la o (mas) btención de ADN y posibilitó la detección de la banda de 210 pb específica de H. capsulatum en la PCR anidada. El límite de detección fue de 0,25-1 levaduras/ml de sangre. El método se evaluó en 31 muestras de sangre de 19 pacientes con diagnóstico microbiológico de histoplasmosis, en 21 muestras de pacientes con otras micosis o infecciones por micobacterias y en 30 controles sanos. La PCR fue positiva en sangre para 17/19 pacientes con histoplasmosis (14/15 inmunocomprometidos y 3/4 sin inmunocompromiso aparente). Las muestras de sangre de los 30 controles sanos y de 20 pacientes con otras patologías fueron negativas, sólo hubo un falso positivo correspondiente a un paciente con infección por Mycobacterium avium-intracellulare. El método presentó 89% de sensibilidad y 96% de especificidad para el diagnóstico de histoplasmosis en sangre entera. Resumen en inglés To assess the value of using whole blood samples for the molecular diagnosis of histoplasmosis, we applied an in-house DNA extraction method and a nested PCR targeting a 210 bp specific segment of the Histoplasma capsulatum HcP100 gene. A whole blood volume of 2.5-3 milliliters was centrifuged and the cellular pellet was treated with Trichoderma harzianum lyticase and proteinase K prior to applying a conventional phenol DNA extraction. This procedure allowed complete cell (mas) lysis, high DNA yield and specific amplification. The PCR detection limit was 0.25-1 yeast cells/ml of blood sample. The method was assessed on 31 blood samples from 19 patients with microbiological diagnosis of histoplasmosis, 30 healthy persons and 21 patients with other mycoses or mycobacterial diseases. Positive results were obtained in samples from 17/19 patients with histoplasmosis (14/15 immunocompromised and 3/4 without known immunological disorder). Blood samples from the 30 healthy controls and 20 patients with other conditions proved negative; the only false positive result was obtained from a patient with Mycobacterium avium-intracellulare infection. With 89% sensitivity and 98% specificity, this molecular method for detection of the agent in blood shows promising for the rapid diagnosis of human histoplasmosis.

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Telomeros y reparación de daño genómico: su implicancia en patología humana/ Telomeres and genomic damage repair: Their implication in human pathology

Perez, M. del R.; Dubner, D.; Michelín, S.; Gisone, P.; Carosella, E.
2002-12-01

Resumen en español Los telómeros, complejos funcionales que protegen los extremos de los cromosomas eucariotes, participan en la regulación de la proliferación celular y pueden jugar un rol en la estabilización de ciertas regiones del genoma en respuesta a estrés genotóxico. Su relevancia en patología humana se ha puesto de manifiesto en numerosas enfermedades que comparten como rasgo común la inestabilidad genómica, en las que se comprobaron alteraciones del metabolismo teloméric (mas) o. Muchas de ellas se encuentran asociadas a hipersensibilidad a radiaciones ionizantes y susceptibilidad al cáncer. Además de las proteínas específicas que forman parte del complejo telomérico otras proteínas implicadas en la maquinaria de reparación del ADN tales como ATM, BRCA1, BRCA2 , sistema PARP/ tankirasa, complejo DNA-PK, y complejo RAD50- MRE11-NBS1, se encuentran en estrecha asociación con el mismo. Esto sugiere que el telómero secuestra proteínas de reparación para el mantenimiento de su propia estructura, las que podrían asimismo ser liberadas hacia sitios de daño en el ADN genómico. Esta comunicación describe los aspectos más relevantes de la estructura y función de los telómeros y su vinculación con los procesos de recombinación homóloga, recombinación no homóloga (NHEJ), sistema V(D)J y sistemas de reparación de apareamientos erróneos (MMR), considerando ciertas condiciones patológicas que exhiben alteraciones en algunos estos mecanismos. Se aborda en forma particular la respuesta celular a las radiaciones ionizantes y su relación con el metabolismo telomérico como un modelo de estudio de genotoxicidad. Resumen en inglés Telomeres, functional complexes that protect eukaryotic chromosome ends, participate in the regulation of cell proliferation and could play a role in the stabilization of genomic regions in response to genotoxic stress. Their significance in human pathology becomes evident in several diseases sharing genomic instability as a common trait, in which alterations of the telomere metabolism have been demonstrated. Many of them are also associated with hypersensitivity to ioniz (mas) ing radiation and cancer susceptibility. Besides the specific proteins belonging to the telomeric complex, other proteins involved in the DNA repair machinery, such as ATM, BRCA1, BRCA2, PARP/ tankyrase system, DNA-PK and RAD50-MRE11-NBS1 complexes, are closely related with the telomere. This suggests that the telomere sequesters DNA repair proteins for its own structure maintenance, which could also be released toward damaged sites in the genomic DNA. This communication describes essential aspects of telomere structure and function and their links with homologous recombination, non-homologous end-joining (NHEJ), V(D)J system and mismatch-repair (MMR). Several pathological conditions exhibiting alterations in some of these mechanisms are also considered. The cell response to ionizing radiation and its relationship with the telomeric metabolism is particularly taken into account as a model for studying genotoxicity.

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Genotipificación del virus papiloma humano en mujeres con adenocarcinoma cervical de la Región de La Araucanía-Chile/ Human papillomavirus genotyping in cervical adenocarcinoma in the Region of La Araucanía-Chile

Melo A, Angélica; García M, Patricia; Capurro V, Italo; Guzmán G, Pablo; Brebi M, Priscila; Ili G, Carmen; López M, Jaime; Roa S, Juan C
2010-08-01

Resumen en español El virus papiloma humano (VPH) es el principal factor causal del cáncer cervicouterino (CCU). Así, detectar y genotipificar el VPH es importante para conocer la frecuencia de los genotipos presentes en la región. En este trabajo se estudiaron 44 biopsias de adenocarcinoma cervical (ACC). Para la detección del VPH se empleó una reacción de polimerasa en cadena anidada dirigida al gen L1 (RPCL1), para la genotipificación viral se utilizaron enzimas de restricción (R (mas) sa I, Dde I, Pst I) y secuenciación. Se detectó ADN viral mediante RPCL1 anidada en 100% de las biopias. Se logró tipificar 38/44 casos: 81,6% VPH 16; 13,2% VPH 18; 2,6% VPH 33 y 2,6% VPH 18/33. Conclusiones: La metodología fue exitosa para identificar el tipo viral en 86% de las biopsias. Se observó una estrecha asociación ACC-VPH, especialmente con el tipo viral 16, detectado en 81,6% de los casos tipificados Resumen en inglés Human papillomavirus (HPV) is the main cause of cervical cancer. Thus, HPV detection and typing becomes important in order to know the frequency of genotypes present in the region. In this paper we studied 44 biopsies of cervical adenocarcinoma. For HPV detection nested polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify the L1 gene. For viral typing restriction enzymes (Rsa I, Dde I, Pst I) and DNA sequencing were used. Viral DNA was detected by nested L1 PCR in 100% of (mas) biopsies; 38/44 cases could be typed: 81.6% HPV16; 13.2% HPV 18; 2.6% VPH 33 and 2.6% HPV 18/33. Conclusions: The technique was successful in identifying the virus type in 86% of biopsies. There was a strong association ACC-HPV, especially with the viral type 16, detected in 81.6% of established cases

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La epigenética y los estudios en gemelos en el campo de la psiquiatría/ Epigenetics and twin studies in psychiatric domains

González Ramírez, Adriana Estrella; Díaz Martínez, Alejandro; Díaz-Anzaldúa, Adriana
2008-06-01

Resumen en español La secuencia de ADN genómico que caracteriza a nuestra especie constituye la piedra fundamental de la vida humana; parte de ella se refleja en la secuencia del ARN y a través de éste se dicta la información necesaria para que nuestras células produzcan proteínas. La genética contribuye de manera importante a los avances en el campo médico. Los descubrimientos genéticos han permitido desarrollar estrategias para modificar, prevenir y proponer nuevas terapias para (mas) diversas enfermedades. En el siglo XIX, Gregor Johann Mendel desarrolló un modelo teórico capaz de predecir la naturaleza y propiedades de los mecanismos de la herencia, que sigue siendo indispensable para explicar la base de la herencia humana. Otro suceso determinante en la historia de la Medicina se dio a conocer casi nueve décadas después cuando James Watson y Francis Crick describieron su modelo estructural para el ADN. Posteriormente se introdujeron la clonación posicional y la reacción en cadena de la polimerasa; más recientemente se publicó cerca del 99% de la secuencia del genoma humano. El período actual se conoce como la era post-genómica, ya que además de descifrar genomas completos, los investigadores pretenden, entre otras cosas, esclarecer los mecanismos que influyen en la activación e inactivación de los genes, lo cual en parte involucra un nivel epigenético. En las ciencias médicas los gemelos constituyen un grupo idóneo para abordar el estudio de las enfermedades hereditarias. En este tipo de padecimientos suelen observarse similitudes entre parientes, en especial si se trata de gemelos monocigóticos. Sin embargo, aun en este tipo de hermanos se detectan diferencias importantes. Parámetros como los grados de concordancia y porcentajes de heredabilidad han puesto de manifiesto que un gemelo monocigótico puede presentar trastornos hereditarios que su co-gemelo nunca tendrá. La epigenética es el estudio de los cambios en la función de los genes que no afectan la secuencia del ADN, por modificaciones que tienen lugar principalmente en las citosinas de éste y en las histonas de la cromatina. Se ha determinado que las modificaciones epigenéticas son mucho más frecuentes que aquellas que modifican la secuencia del ADN, por lo que constituyen uno de los fundamentos de la diversidad biológica, muestran la manera en que el ambiente puede modular la expresión genética y contribuyen así a nuestro fenotipo. Esta revisión reúne datos sobre la posible relevancia de la epigenética en el estudio de los trastornos mentales y como posible explicación parcial de las diferencias observadas entre gemelos >. Un conocimiento más profundo de los patrones epigenéticos podría contribuir a identificar factores de riesgo para estos trastornos. Resumen en inglés The sequence of the human genome integrates the keystone of our life. Part of it is transcribed to RNA, which in turn provides the information required by our cells to produce proteins. Discoveries in the genetics field have been essential to medicine and have been used to develop strategies to modify, prevent and propose new therapeutic approaches for human diseases. In the 19th Century, Gregor Johann Mendel developed a theoretical model which was able to predict in an a (mas) ccurate way hereditary mechanisms; indeed, his laws still explain the basis of human inheritance. Almost ninety years later, James Watson and Francis Crick announced their double-helix model of the DNA molecule. Then, positional cloning and the polymerase chain reaction (PCR) were introduced; more recently, almost 99% of the sequence of our genome was made public. The current period of time is known as the post-genomic era, due to the fact that researchers are not only obtaining the complete sequences of thousands of genomes, but are also searching for clues that may help understand the mechanisms that affect gene activation and deactivation, in which epigenetic factors are also involved. In medical domains, twins constitute a suitable group to study inherited disorders. Dizygotic or fraternal twins are produced by different egg and sperm cells, and even when these two fertilization events occur simultaneously, dizygotic twins share approximately the same percentage of genetic material than any pair of siblings, that is, around 50%. Some authors have suggested that the tendency for spontaneous dizygotic twinning could be attributed to a double ovulation which is genetically determined in an autosomal dominant manner. Monozygotic, as opposed to dizygotic twins, are produced by a single zygote whose cells are dissociated and originate two independent organisms; approximately a third of monozygotic twins are separated before the 5th day after fertilization, and the rest between the 5th and the 15th day. Most monozygotic twins are very similar; nevertheless, some few exceptions prove that in fact they actually do not have to be identical. Relatives of a person with a mental disorder tend to share traits associated with this disease, especially if the patient and the relative are monozygotic twins. However, important differences may be detected even between each pair of identical twins. Parameters such as concordance and heritability have shown that a monozygotic twin can develop an inherited disorder while his or her co-twin will always be disease-free. In addition to differences in susceptibility to inherited diseases, this kind of twins can display dissimilarities in somatic cell mutations (more overtly noticeable when ageing), their set of antibodies and T cell receptors, their number of mitochondrial DNA molecules, and chromosome X inactivation patterns in women, all of which are the main subject of many ongoing studies. A recent report shows that from 160 monozygotic twin pairs who were 3 to 74 years old, epigenetic patterns were identical early in life, but differences were more obvious at older ages, especially if twins were raised apart or if they had different medical history. Medical conditions, but also environmental factors such as pregnancy tobacco exposure, physical activity, and diet could contribute to differences in epigenetic patterns. It has been shown that epigenetic modifications (or epi-mutations) are more frequent than the ones that modify DNA sequence, so they are part of the fundamental causes of biological diversity, and they show how environment can modulate gene expression and contribute to our phenotype. Even when twin studies are sometimes considered purely genetic, they also give information about the influence of environmental factors. However, it is important to consider with caution the results from this type of studies. Heritability estimates are not unchangeable facts. They depend on the sample being analyzed, the genes involved in the specific sample, the characteristics of the environmental factors which members of this group were exposed to, and the precise moment the study was done. Epigenetics refers to changes that do not alter the DNA sequence but affect gene function due to chemical modifications which mainly occur in DNA cytosines and in chromatin-related histones. Epigenetic processes are covalent modifications which include the addition of functional groups (methyl, acetyl, phosphate, etc.) or proteins (ubiquitin, SUMO, etc.) to the DNA molecule or to associated proteins. These modifications contribute to the activation or inhibition of transcription, which leads to changes in messenger ARN expression that can ultimately influence the onset of disease. Pseudogenes are still being excluded while new genes are being confirmed in our genome sequence, but the current estimates indicate that each one of our nucleated cells contains almost 22000 genes (excluding mitochondrial DNA) which encode for polypeptides and more than 4,000 whose final product is RNA. Gene expression is partially controlled by DNA coiling around globular proteins called histones, which constitute a structure known as chromatin, a DNA-protein complex that represents the packaging of 3.25 billion base pairs of our genetic information. Physical and chemical chromatin modifications can also affect gene expression by changing DNA-protein interactions; in general terms, genes are inhibited when chromatin is packed and they are active when it is free. These dynamic states are controlled by epigenetic reversible modifications on DNA methylation or by changes in histones. It has been shown that subtle epigenetic differences between any two human beings are associated with dissimilar final chromatin remodeling, as well as expression/repression of genes.

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Caracterización del gen de la citotoxina vacuolizante de Helicobacter pylori a partir de biopsias gástricas de pacientes residentes en Tolima, Colombia/ Characterization of the Helicobacter pylori vacuolating cytotoxin gene in gastric biopsy specimens from patients living in Tolima, Colombia

López, A. M.; Delgado, M. P.; Jaramillo, C.; Amézquita, A.; Parra, G.; Echeverry, M. M.
2009-03-01

Resumen en español Helicobacter pylori es una bacteria que coloniza la mucosa gástrica de los humanos. Este microorganismo produce una citotoxina vacuolizante conocida como VacA y codificada por el gen vacA, el que se considera un factor de virulencia importante. Las cepas de H. pylori con diferentes alelos de vacA exhiben una gran variedad de fenotipos, algunos de los cuales han sido asociados con enfermedades gastroduodenales. El presente estudio pretende aportar datos sobre la prevalenc (mas) ia de H. pylori y de los genotipos de vacA en pacientes residentes en Tolima (Colombia), así como determinar la relación entre estos datos y el desarrollo de diferentes patologías gastroduodenales. Se incluyeron en este análisis 73 pacientes con diferentes patologías gástricas. Con el ADN total extraído de cada biopsia, se determinó la presencia de la bacteria mediante la amplificación de un fragmento específico del gen 16S ADNr. También se realizó la genotipificación del gen vacA por PCR. De las 50 muestras genotipificadas, el 52% mostró el alelo vacA s1m1, el 42% el alelo vacA s2m2, el 4% el s1m2 y el 2% los alelos s1,s2,m1,m2. Se evidenció una mayor sensibilidad en la detección de H. pylori por medio del gen vacA que por el gen 16S ADNr. En la población evaluada no se encontró asociación entre el genotipo de vacA y la presencia de las distintas patologías incluidas en este estudio. Resumen en inglés Helicobacter pylori successfully colonizes the gastric niche. These bacteria produce a vacuolating cytotoxin known as VacA, which is codified by the vacA gene. This protein represents an important virulence factor. H. pylori strains have different vacA alleles, which show a variety of phenotypes that have been associated with gastrointestinal diseases. The aim of this study was to generate data about the prevalence of H. pylori and the vacA genotype in Tolima (Colombia) r (mas) esidents, and to evaluate if there exists a relationship between these data and the development of different gastrointestinal pathologies. Seventy three patients with different pathologies were included. The DNA extracted from biopsy specimens was analyzed and the presence of bacteria was determined by amplifying a fragment of the 16 rDNA gene. The vacA genotype was also determined by PCR. Fifty-two percent out of the 50 genotyped samples showed vacA s1m1 allele, 42% vacA s2m2, 4% s1m2, and 2% s1,s2,m1,m2. A higher sensitivity for the detection of H. pylori was evidenced by amplifying the vacA gene rather than the 16S rDNA gene. No association was found between the vacA genotype and the gastrointestinal diseases included in the study.

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Análisis por LSSP-PCR de la variabilidad genética de Trypanosoma cruzi en sangre y órganos de ratones/ Genetic variability of Trypanosoma cruzi in blood and organs of infected mice determined by LSSP-PCR

Mejía, Ana María; Triana, Omar
2005-03-01

Resumen en español Introducción. La enfermedad de Chagas, causada por Trypanosoma cruzi, presenta un curso clínico variable que oscila desde casos asintomáticos a casos crónicos. T. cruzi tiene una estructura clonal y las cepas infectivas son a menudo multiclonales. La variabilidad genética de T. cruzi puede ser un determinante para el tropismo diferencial a tejidos y, consecuentemente, para las formas clínicas de la enfermedad. Objetivo. Caracterizar genéticamente los parásitos de (mas) sangre y órganos de ratones infectados con dos cepas colombianas de T. cruzi. Materiales y métodos. Se infectaron ratones con dos cepas colombianas de T. cruzi con el fin de determinar la infección en sangre y órganos. Para esto, se evaluó la sensibilidad de tres marcadores moleculares diferentes, y se determinó la variabilidad genética de los clones por la técnica de reacción en cadena de la polimerasa de baja astringencia con un único iniciador específico (LSSP-PCR), utilizando el marcador del ADN del cinetoplasto (kADN). Los perfiles de bandas obtenidos con la LSSP-PCR se analizaron por el método de neighbor-joining. Resultados y conclusiones. Nuestros resultados confirmaron la presencia de los dos grupos de T. cruzi en las cepas y el carácter policlonal de éstas. El marcador más sensible fue el kADN y el órgano más afectado, el corazón. Se encontraron diferencias genéticas entre los clones presentes en la sangre y los órganos de los ratones infectados. En conclusión, estos resultados apoyan el uso de la LSSP-PCR para el entendimiento de la epidemiología de la enfermedad de Chagas. Resumen en inglés Introduction: Chagas’ disease, caused by Trypanosoma cruzi, has a variable clinical course, ranging from asymptomatic infection to chronic disease. T. cruzi has a clonal population structure and infecting strains are often multiclonal. Genetic variability of T. cruzi could be one of the determinant factors of differential tissue tropism and consequently of the clinical forms of the disease. Objective: To genetically characterize the parasites of two Colombian Trypanosoma (mas) cruzi strains in blood and organs of experimentally infected mice. Materials and methods: Mice were infected with two Colombian T. cruzi strains to determine the infection in blood and organs. The sensitivity of three different molecular markers was evaluated, and the genetic variability of the clones was determined. The latter was attained by means of low-stringency single specific primer polymerase chain reaction (LSSP-PCR) using kinetoplast DNA (kDNA) marker. The kDNA signatures obtained with the LSSP-PCR were analyzed by neighbor-joining. Results and conclusions: Our results confirmed the presence of the two lineages of T. cruzi and the multiclonal character of the two strains. The most sensitive marker was the kDNA. The most affected organ was the heart, which showed the greatest number of positive results with the three markers. There were genetic differences between the clones found in blood and organs of infected mice. Overall, these results support the use of the LSSP-PCR technique for the study of the molecular epidemiology of Chagas’ disease.

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Nuevas aplicaciones en identificación genética/ New applications in genetic identification

Álvarez-Cubero, M.J.; Mtnez.-Gonzalez, L.J.; Saiz, M.; Álvarez, J.C.; Lorente, J.A.
2010-06-01

Resumen en español Cada vez más, los avances en identificación genética permiten la aplicación de estas técnicas a áreas muy diferentes. Los progresos científicos y tecnológicos en las herramientas utilizadas en genética forense han permitido nuevas aplicaciones de este campo en otras disciplinas. En este trabajo se pretenden abordar algunas de esas nuevas alternativas. La primera de ellas es la creación de bases de datos genéticas civiles que ha permitido el desarrollo de dos pr (mas) ogramas de identificación de personas: programa FÉNIX de identificación de cadáveres y restos humanos desaparecidos y la iniciativa DNA-PROKIDS que lucha contra el tráfico de seres humanos y pretende reunir a las víctimas con sus familias. En la última década, cada vez con más frecuencia aparece el análisis del ADN en proyectos de historia, paleontología,… Es en estos casos donde nos encontramos con muestras antiguas. Por tanto, una segunda aplicación es el trabajo con aDNA, del que mostramos varios ejemplos. Gracias a estas nuevas técnicas se han podido identificar los restos de varios personajes históricos, el Zar Nicolás II de Rusia, Cristóbal Colón y sus familiares, Blanca de Navarra y el Príncipe de Viana y el general Miranda; así como la recuperación de especies en peligro de extinción y la caracterización de elementos históricos. Por último, tienen gran importancia sus aplicaciones en biomedicina, ya que cada día es más frecuente la colaboración entre grupos forenses y otras especialidades médicas. Dos ejemplos de ello serían, la caracterización de muestras provenientes de tumores y en la asociación de enfermedades a haplotipos genéticos. Resumen en inglés More now than ever, advances in genetic identification allow the application of these new techniques to different fields. Scientific and technological progress in the tools used in forensic genetics has permitted new implementations of this field to others. In this paper, some of the newest alternatives will be tackled. Firstly, the creation of a civil genetic database has allowed the development of programs for human identification. FENIX, program, to identify corpses an (mas) d missing human remains and DNA-PROKIDS that fights against human trafficking and hopes to reunite victims with their families. In the last decade, it is becoming more common to encounter DNA analysis in history projects, paleontology and so on. It is in such cases that we find ancient samples. So, another application is the work with aDNA of which we will show some examples. Thanks to these new techniques some historical remains of important personages have been identified, Zar Nicolás II of Rusia, Cristobal Colombus and his relatives, Blanca of Navarra, the Prince of Viana and the general Miranda; as well as the recovery of some species in danger of extinction and the characterization of some historical elements. Lastly, it has also a great relevance the applications of these techniques to biomedicine, given than the collaboration between forensic groups and other medical specialities is more and more frequent theses days. Two examples of this situation will be the characterization of tumor samples and the association of some diseases with genetic haplotypes.

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Virus de transmisión sexual: relación semen y virus/ Virus of Sexual transmission: Semen and virus relationship

Zea-Mazo, J.W.; Negrette-Mejía, Y.A.; Cardona-Maya, W.
2010-12-01

Resumen en español Introducción: Actualmente, existe debate sobre la posibilidad de «infección»/interacción de los espermatozoides con diferentes virus, inclusive para algunos virus se intentan dilucidar mecanismos y receptores que podrían estar involucrados en esta interacción. Adicionalmente, se ha reportado la presencia de algunos genomas virales en el DNA espermático, planteando la posibilidad de transmitir la infección a la pareja y a la descendencia. Objetivo: En la presente (mas) revisión se pretende describir los mecanismos de infección de algunos virus a las fracciones seminales, pretendiendo mediante una revisión bibliográfica, responder a la pregunta ¿cómo los virus de transmisión sexual infectan al semen? Materiales y métodos: Se realizo una búsqueda bibliográfica sobre la interacción de virus y espermatozoides. Resultados: Algunos virus pueden interactuar con los espermatozoides y estos podrían transferir el virus a la descendencia; sin embargo, en la mayoría de los casos, los receptores que permiten esta interacción no están claramente descritos. Conclusiones: A pesar de la información actual, nuevos estudios experimentales son necesarios para determinar el papel de los espermatozoides en la diseminación de la infecciones de transmisión sexual. Resumen en inglés Introduction: The possible "infection"/interaction processes between sperm and different microorganisms are being under discussion nowadays. This process might include some viruses and even recent investigations are aiming to elucidate the mechanisms and the receptors that may be involved in this interaction. Furthermore, it has been reported the presence of some viral genomes within the sperm DNA, raising the possibility of transmitting the infection to the partner and o (mas) ffspring. Objective: The aim of this review is to describe the mechanisms by how viruses could possibly infect some seminal fractions. This is pursued by performing a literature review for answering the question: how the sexually transmitted virus could be infecting sperm? Materials and methods: We carried out a bibliographic review about sperm and virus interaction. Results: Some viruses interact with sperm cells; and sperm cells could transfer the viruses to offspring, however, in most cases, the receptors that allow this interaction are not clearly described. Conclusions: Based on the current information, new in vitro studies are needed to determine the role of sperm in spreading viruses of sexually transmitted infections.

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Variabilidad del DNA mitocondrial en razas ovinas ibéricas Mitochondrial DNA variability in spanish sheep breeds

San Primitivo, F.; Molina Alcalá, Antonio; Pedrosa, S.; Arranz, J.J.; Brito, N.V.; Bayón, Y.

Mitochondrial DNA variability was studied in indigenous Iberian sheep and results analysed for each of the four morphological trunks. Three maternal lineages, B, A and C were identified. Mean nucleotide diversity for each of the ovine groups was estimated, showing a lower value for the churro trunk,...

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Use of biotechnology for preserving rare fruit germplasm

Martínez-Gómez, Pedro; Majourhat, Khalid; Zeinalabedini, Mehrshad; Erogul, Deniz; Khayam-Nekoui, Mojtaba; Grigorian, Vazgin; Hafidi, Abdellatif; Piqueras, Abel; Gradziel, Thomas M.
2007-01-01

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Understanding the role of thiol and disulfide self-assembled DNA receptor monolayers for biosensing applications

Carrascosa, Laura G.; Martinez, Lidia; Huttel, Yves; Román García, Elisa Leonor; Lechuga, Laura M.
2010-04-01

Digital.CSIC (Spain)

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Ultrasensitive Detection of Genetically Modified Maize DNA by Capillary Gel Electrophoresis with Laser-Induced Fluorescence Using Different Fluorescent Intercalating Dyes

García-Cañas, Virginia; González, Ramón; Cifuentes, Alejandro

In this work, four different fluorescent intercalating dyes are compared for the ultrasensitive CGE−LIF detection of DNA from transgenic maize in flours. The fluorescent intercalating dyes compared are YOPRO-1, SYBR-Green-I, Ethidium bromide (EthBr), and EnhanCE. For all the four dyes optimum concen...

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Técnicas empleadas para el estudio de la interacción entre agentes antitumorales y el DNA

García, M. A.; Pascual-Teresa, B. de
2004-02-01

Resumen en español Los procesos oncológicos se caracterizan por un aumento incontrolado de la proliferación celular y en ellos está implicada la molécula de DNA. El DNA es la diana biológica con la que interaccionan muchos de los fármacos antitumorales y diversos compuestos potencialmente antineoplásicos. Tras muchos años de trabajo, los investigadores han sido capaces de diseñar y sintetizar numerosos compuestos que se unen al DNA por diferentes mecanismos y entre ellos se encuent (mas) ran muchos de los agentes antitumorales conocidos. Diversas técnicas nos permiten hoy en día establecer los tipos de interacciones que tienen lugar entre los ligandos y el DNA, algunas de ellas son ya clásicas y otras, sin embargo, son de reciente desarrollo. Una combinación racional de métodos puede ayudar a determinar el mecanismo molecular de la unión, a establecer relaciones estructura-actividad y, lo que es más importante, a diseñar de forma racional nuevos agentes. Resumen en inglés Oncological processes are characterized by an uncontrolled cell replication always associated to DNA implication. DNA molecule is the biological target for the action of many antitumor drugs and potential antineoplastic compounds. As a result of many years of work, researchers have been able to design and synthesize a great number of compounds binding to DNA through different mechanisms, among which many known antitumor agents are found. Several techniques allow us nowada (mas) ys to establish the type of interactions between DNA and its ligands, some classical and some recently developed. A reasoned combination of methods can help to differentiate the molecular mechanisms of the binding processes, to establish the structure-activity relationships, and, what is more important, to develop reasoned designs for the discovery of new agents.

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Tuberculosis: from prehistory to Robert Koch, as revealed by ancient DNA

Donoghue, HD; Spigelman, M; Greenblatt, CL; Lev-Maor, G; Bar-Gal, GK; Matheson, C; Vernon, K; Nerlich, AG; Zink, AR

During the past 10 years palaeomicrobiology, a new scientific discipline, has developed. The study of ancient pathogens by direct detection of their DNA has answered several historical questions and shown changes to pathogens over time. However, ancient DNA (aDNA) continues to be controversial and g...

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Trombopenia asociada a esclerodermia localizada/ Thrombocytopenia associated to localized scleroderma

Rondón, P.; Aguilar, A.; Gallego, M.
2001-02-01

Resumen en español Presentamos dos pacientes con esclerodermia localizada que desarrollaron trombocitopenia. En uno de los casos se evidenció ana y anticuerpos anti-DNA positivo. La aparición de trombocitopenia en esclerodermia localizada sugiere un mecanismo autoinmune, tanto por la respuesta a esteroides como por la existencia de autoanticuerpos. Esta posible asociación establece la necesidad de buscar alteraciones hematológicas, tanto en la esclerodermia sistémica, como en la localizada. Resumen en inglés Two patients are reported with localized scleroderma who developed thrombocytopenia. One of these patients had a positive antinuclear antibody (ana) and Anti-DNA antibodies tests . The ocurrence of thrombocytopenia in localized scleroderma suggests an autoimmune mechanism , by the response to steroids and the presence of positive autoantibodies.This possible association emphasizes the need to look for hematologic disorders in patients with systemic, as well as localized scleroderma.

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Transgenic plant cells expressing a recombinan plant E2F peptide

Gutiérrez Armenta, Crisanto; Xie, Qi; Ramírez Parra, Elena

Filing Date: 1999-05-07 -- Priority Data: ES P 9800975 (1998-05-08),ES P 9800981 (1998-05-11) | A method of controlling plant growth and/or cellular DNA replication and/or cell cycle progression, differentiation and development comprising increasing or decreasing E2F activity in a plant cell. | Pee...

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Transformation of Escherichia coli with DNA from Saccharomyces cerevisiae cell lysates

Adam, Ana Cristina; González Blasco, Gracia; Rubio Texeira, Marta; Polaina Molina, Julio

We developed a system to monitor the transfer of heterologous DNA from a genetically manipulated strain of Saccharomyces cerevisiae to Escherichia coli. This system is based on a yeast strain that carries multiple integrated copies of a pUC-derived plasmid. The bacterial sequences are maintained in ...

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Transformation of Escherichia coli with DNA from Saccharomyces cerevisiae cell lysates

Adam, Ana Cristina; González Blasco, Gracia; Rubio Texeira, Marta; Polaina Molina, Julio
1999-12-01

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Transcriptomal profiling of the cellular response to DNA damage mediated by Slug (Snai2).

Pérez-Caro, M.; Bermejo-Rodríguez, C.; González-Herrero, I.; Sánchez-Beato, M.; Piris, M. A.; Sánchez-García, I.

Final full-text versión of the paper available at: http://dx.doi.org/10.1038/sj.bjc.6604084 | Snai2-deficient cells are radiosensitive to DNA damage. The function of Snai2 in response to DNA damage seems to be critical for itsfunction in normal development and cancer. Here, we applied a functional ...

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Transcriptomal profiling of the cellular response to DNA damage mediated by Slug (Snai2).

Pérez-Caro, M.; Bermejo-Rodríguez, C.; González-Herrero, I.; Sánchez-Beato, M.; Piris, M. A.; Sánchez-García, I.
2008-01-01

Digital.CSIC (Spain)

87

Three-dimensional crystal structure of the A-tract DNA dodecamer d(CGCAAATTTGCG) complexed with the minor-groove-binding drug Hoechst 33258

Vega, M. Cristina; García Sáez, Isabel; Aymamí, Joan; Eritja Casadellà, Ramón; Van Der Marel, Gijs A.; Van Boom, Jacques H.; Rich, Alexander; Coll, Miquel
1994-06-15

Digital.CSIC (Spain)

89

The structure of plasmid-encoded transcriptional repressor CopG unliganded and bound to its operator

Gomis-Rüth, F. Xavier; Solà, Maria; Acebo, Paloma; Párraga, Antonio; Guasch, Alicia; Eritja Casadellà, Ramón; González, Ana; Solar, Gloria del; Coll, Miquel
1998-12-15

Digital.CSIC (Spain)

90

The role of DNA-binding specificity in the evolution of bacterial regulatory networks

Lozada-Chávez, Irma; Espinosa Angarica, Vladimir; Collado-Vides, Julio; Contreras-Moreira, Bruno

The definitive version is available at:http://www.sciencedirect.com/science/journal/00222836 | Understanding the mechanisms by which transcriptional regulatory networks (TRNs) change through evolution is a fundamental problem. Here we analyze this question using data from Escherichia coli and Baci...

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The association of DNA and stable catanionic amino acid-based vesicles

Rosa, Mónica; Morán, María del Carmen; Miguel, Maria da Graça; Lindman, Björn

15 pages, 14 figures.-- Printed version published on Jul 5, 2007. | Cationic surfactants associate strongly to DNA and compact but are often toxic. The interaction of some novel cationic amino acid-basedsurfactants, which may enhance transfection and appear to be nontoxic, is described. Acationic a...

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The association of DNA and stable catanionic amino acid-based vesicles

Rosa, Mónica; Morán, María del Carmen; Miguel, Maria da Graça; Lindman, Björn
2007-01-13

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The GAGA factor of Drosophila binds triple-stranded DNA

Jiménez García, Emilio; Vaquero, Alejandro; Espinás, María Luisa; Soliva, Robert; Orozco, Modesto; Bernués, Jordi; Azorín, Ferran
1998-09-18

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The G2 checkpoint activated by DNA damage does not prevent genome instability in plant cells

Carballo, Jesús A.; Pincheira, Juana; Torre, Consuelo de la

Root growth, G2 length, and the frequency of aberrant mitoses and apoptotic nuclei were recorded after a single X-ray irradiation, ranging from 2.5 to 40 Gy, in Allium cepa L. root meristematic cells. After 72 h of recovery, root growth was reduced in a dose-dependent manner from 10 to 40 Gy, but no...

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The Drosophila spn-D gene encodes a RAD51C-like protein that is required exclusively during meiosis

Abdu, Uri; González-Reyes, Acaimo; Ghabrial, Amin; Schüpbach, Trudi

Sequence data from this article have been deposited with the Gen-Bank data libraries under accession no. AY257540. | In Drosophila, mutations in double-strand DNA break (DSB) repair enzymes, such as spn-B, activate a meiotic checkpoint leading to dorsal-ventral patterning defects in the egg and an a...

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Terapia génica con citocinas contra cáncer cervicouterino/ Gene therapy with cytokines against cervical cancer

Bermúdez-Morales, Víctor Hugo; Peralta-Zaragoza, Oscar; Madrid-Marina, Vicente
2005-12-01

Resumen en español La terapia génica es una excelente alternativa para el tratamiento de muchas enfermedades. La capacidad para manipular el DNA ha permitido dirigir la terapia génica para corregir la función de un gen alterado, aumentar la expresión de un gen o activar la respuesta inmune. Así, se puede proponer el uso del DNA como un medicamento capaz de controlar, corregir o curar una enfermedad. La terapia génica contra cáncer tiene un potencial enorme, y en la última década se (mas) han obtenido resultados muy alentadores del uso del DNA para controlar diversas neoplasias en modelos animales, lo cual ha permitido su aplicación en protocolos experimentales en humanos. Esta revisión concentra una reseña de los fundamentos de la terapia génica y su aplicación en cáncer cervical, desde el punto de vista de las alteraciones de la respuesta inmune enfocadas al microambiente tumoral y el uso de las citocinas como moduladores de la respuesta inmune. Resumen en inglés Gene therapy is an excellent alternative for treatment of many diseases. Capacity to manipulate the DNA has allowed direct the gene therapy to correct the function of an altered gene, to increase the expression of a gene and to favour the activation of the immune response. This way, it can intend the use of the DNA like medication able to control, to correct or to cure many diseases. Gene therapy against cancer has an enormous potential, and actually the use of the DNA ha (mas) s increased to control diverse cancer in animal models, with very encouraging results that have allowed its applications in experimental protocols in human. This work concentrates a review of the foundations of the gene therapy and its application on cervical cancer, from the point of view of the alterations of the immune system focused on the tumour micro-environment, and the use of the cytokines as immunomodulators.

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Terapia génica con citocinas contra cáncer cervicouterino/ Gene therapy with cytokines against cervical cancer

Bermúdez-Morales, Víctor Hugo; Peralta-Zaragoza, Oscar; Madrid-Marina, Vicente
2005-12-01

Resumen en español La terapia génica es una excelente alternativa para el tratamiento de muchas enfermedades. La capacidad para manipular el DNA ha permitido dirigir la terapia génica para corregir la función de un gen alterado, aumentar la expresión de un gen o activar la respuesta inmune. Así, se puede proponer el uso del DNA como un medicamento capaz de controlar, corregir o curar una enfermedad. La terapia génica contra cáncer tiene un potencial enorme, y en la última década se (mas) han obtenido resultados muy alentadores del uso del DNA para controlar diversas neoplasias en modelos animales, lo cual ha permitido su aplicación en protocolos experimentales en humanos. Esta revisión concentra una reseña de los fundamentos de la terapia génica y su aplicación en cáncer cervical, desde el punto de vista de las alteraciones de la respuesta inmune enfocadas al microambiente tumoral y el uso de las citocinas como moduladores de la respuesta inmune. Resumen en inglés Gene therapy is an excellent alternative for treatment of many diseases. Capacity to manipulate the DNA has allowed direct the gene therapy to correct the function of an altered gene, to increase the expression of a gene and to favour the activation of the immune response. This way, it can intend the use of the DNA like medication able to control, to correct or to cure many diseases. Gene therapy against cancer has an enormous potential, and actually the use of the DNA ha (mas) s increased to control diverse cancer in animal models, with very encouraging results that have allowed its applications in experimental protocols in human. This work concentrates a review of the foundations of the gene therapy and its application on cervical cancer, from the point of view of the alterations of the immune system focused on the tumour micro-environment, and the use of the cytokines as immunomodulators.

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TRANSTHYRETIN GENE ANALYSIS IN EUROPEAN PATIENTS WITH SUSPECTED FAMILIAL AMYLOID POLYNEUROPATHY

REILLY, MM; ADAMS, D; BOOTH, DR; DAVIS, MB; SAID, G; LAUBRIATBIANCHIN, M; PEPYS, MB; THOMAS, PK; HARDING, AE

We investigated 99 patients from 64 European families (51 French, II British, one Italian and one Spanish) with suspected familial amyloid polyneuropathy (FAP) for transthyretin (TTR) gene mutations. Thirty-nine families were found to have point mutations causing the following amino acid substitutio...

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101

Síndrome renal-coloboma/ Renal-coloboma syndrome

Asensio Sánchez, VM; Corral Azor, A; Bartolomé Aragón, A; Paz García, M. de
2002-11-01

Resumen en español Caso Clínico: Describimos el caso de una mujer con foseta papilar y una hipolasia renal bilateral, como síndrome papilorrenal. El análisis del DNA para las mutaciones del PAX2 determinó una mutación heterocigota (nucleótido 619 del exon 9). Un tío y un primo carnal eran portadores de la misma mutación en el PAX2. Discusión: La asociación de colobomas del nervio óptico y anomalías renales forman parte de un síndrome autosómico dominante por mutaciones en el g (mas) en PAX2. La expresión de la enfermedad oftalmológica y renal es muy variable; los oftalmólogos deben chequear la función renal cuando un coloboma sea detectado. Resumen en inglés Case report: We describe a woman with optic disc pit and bilateral renal hypoplasia as a papillorenal syndrome. DNA analysis for PAX2 mutations revealed a heterozygous mutation (nucleotide 619 in exon 9). A first uncle and a cousin had the same PAX2 mutation. Discussion: The association of optic nerve colobomas and renal anomalies comprises a autosomal dominant syndrome for mutations in the PAX2 gene. Ophthalmic and renal diseases are highly variable; the ophthalmologist must check for a renal problem when a coloboma is detected.

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Structure and inhibition of herpesvirus DNA packaging terminase nuclease domain

Nadal, Marta; Mas, Philippe J.; Blanco, Alexandre G.; Arnan, Carme; Solà, Maria; Hart, Darren J.; Coll, Miquel
2010-09-14

Digital.CSIC (Spain)

105

Structural Features of Φ 29 Single-stranded DNA-binding Protein: II. global conformation of Φ 29 single-stranded dna-binding protein and the effects of complex formation on the protein and the single-stranded DNA

Soengas, María S.; Reyes Mateo, C.; Rivas, Germán; Salas, Margarita; Acuña Fernandez, Alberto Ulises

The strand-displacement mechanism of Bacillus subtilis phage Φ29 DNA replication occurs through replicative intermediates with high amounts of single-stranded DNA (ssDNA). These ssDNA must be covered by the viral ssDNA-binding protein, Φ29 SSB, to be replicated in vivo. To understand the characteris...

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Strategies for introducing non-radioactive labels during the automated sequence analysis of nucleic acids.

Igloi, Gabor L
1998-04-01

Resumen en inglés Rapid, large-scale genome as well as diagnostic DNA sequencing projects are, at present, dependent on the use of sensitive automated sequencers that rely on the detection of fluorescent signals. This emission is not an intrinsic property of the biomolecules but is a property of an optical label that must be incorporated before, during or after the sequence specific reaction. The choice of strategy, that is to be reviewed here, is a function of both the chemistry and the e (mas) nzymology of the system as well as the nature of the fractionation and the physical parameters of the detection. One may differentiate beween the labelling of the primer, incorporation of the label during elongation or base specific termination with labelled terminators. In reviewing the development of each of these strategies, the conclusion is reached that, whereas labelled primers have universal applicability, the current generation of fluorescent terminators have in, conjunction with appropriate DNA polymerases, attained a refinement that strongly favours their use. However, since they are not available for all commercial sequencing systems, the alternative procedures are not merely of historic interest but are an essential component in DNA sequencing protocols. The possibility of automated direct sequence analysis of RNA has not been ignored completely

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Specific function of phosphoinositide 3-kinase beta in the control of DNA replication

Marqués, Miriam; Kumara, Amit; Poveda, Ana M.; Zuluaga, Susana; Hernández, Carmen; Jackson, Shaun; Pasero, Philippe

6 pages, 5 figures.-- Printed version published May 5, 2009. | Supporting information (Suppl. Methods and figs. S1-S9) available at: http://www.pnas.org/cgi/content/full/0812000106/DCSupplemental | Class I(A) phosphoinositide 3-kinase (PI3K) are enzymes comprised of a p85 regulatory and a p110 catal...

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Specific function of phosphoinositide 3-kinase beta in the control of DNA replication

Marqués, Miriam; Kumar, Amit; Poveda, Ana M.; Zuluaga, Susana; Hernández, Carmen; Jackson, Shaun; Pasero, Philippe; Carrera, Ana C.
2009-04-22

Digital.CSIC (Spain)

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Small-scale total DNA extraction from bacteria and yeast for PCR applications

Ruiz-Barba, José Luis; Maldonado-Barragán, Antonio; Jiménez Díaz, Rufino
2010-01-01

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Selective inhibition of yeast regulons by daunorubicin: A transcriptome-wide analysis

Rojas, Marta; Casado, Marta; Portugal, José; Piña, Benjamin

BackgroundThe antitumor drug daunorubicin exerts some of its cytotoxic effects by binding to DNA and inhibiting the transcription of different genes. We analysed this effect in vivo at the transcriptome level using the budding yeast Saccharomyces cerevisiae as a model and sublethal (IC40) concentra...

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Securin Is a Target of the UV Response Pathway in Mammalian Cells

Romero, Francisco; Gil-Bernabé, Ana M.; Sáez, Carmen; Japón, Miguel A.; Pintor-Toro, José A.; Tortolero, María

All eukaryotic cells possess elaborate mechanisms to protect genome integrity and ensure survival after DNAdamage, ceasing proliferation and granting time for DNA repair. Securin is an inhibitory protein that is boundto a protease called Separase to inhibit sister chromatid separation until the on...

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Roles of nibrin and ATM/ATR kinases on the G2 checkpoint under endogenous or radio-induced DNA damage

Marcelain, Katherine; Torre, Consuelo de la; González, Patricio; Pincheira, Juana

Checkpoint response to DNA damage involves the activation of DNA repair and G2 lengthening subpathways. The roles of nibrin (NBS1) and the ATM/ATR kinases in the G2 DNA damage checkpoint, evoked by endogenous and radio-induced DNA damage, were analyzed in control, A-T and NBS lymphoblast cell lines....

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Roles of nibrin and ATM/ATR kinases on the G2 checkpoint under endogenous or radio-induced DNA damage

Marcelain, Katherine; Torre, Consuelo de la; González, Patricio; Pincheira, Juana
2005-07-01

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115

Revelado de manchas latentes: efectividad del luminol y evaluación de su efecto sobre el estudio del DNA/ Development of latent stains: effectiveness of luminol and evaluation of its effect on DNA analysis

Castelló Ponce, A.; Álvarez Seguí, M.; Miquel Feucht, M.; Verdú Pascual, F.A.
2002-04-01

Resumen en español Con frecuencia, las ropas manchadas de sangre durante un acto violento son lavadas para tratar de eliminar los vestigios. El análisis del DNA mediante PCR ha dotado a la criminalística de la posibilidad de estudiar indicios mínimos que, con otros métodos, sería imposible analizar. Este tipo de muestra plantea una mayor dificultad en la detección de la mancha. En el presente trabajo se analiza la sensibilidad del luminol para encontrar manchas de sangre invisibles. S (mas) obre estas manchas se intenta extraer y amplificar DNA. Los resultados indican que el luminol es muy eficaz para detectar indicios invisibles. Además, en las condiciones experimentales con las que se ha elaborado este trabajo, no se produce interferencia del reactivo en la posterior extracción y amplificación del DNA. Resumen en inglés Frequently, clothes stained with blood during a violent act are washed to try to eliminate the traces. The analysis of DNA by means of PCR has provided criminalistics with the possibility of studying minimum traces which would be impossible to analyse by other methods. Detection of the stain is extremely difficult in this type of sample. The present paper examines the sensitivity of luminol for finding invisible blood stains, and an attempt is made to extract and amplify (mas) DNA from them. The results show that luminol is very efficient for the detection of invisible stains. In the experimental conditions used in this work, the reagent does not interfere in the posterior extraction and amplification of DNA.

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Recommendations for the classification and nomenclature of the DNA-beta satellites of begomoviruses.

Moriones Alonso, Enrique

The symptom modulating, single-stranded DNA satellites (known as DNA ) associated withbegomoviruses (family Geminiviridae) have proven to be widespread and importantcomponents of a large number of plant diseases across the Old World. Since they were firstidentified in 2000, over 260 full-length ...

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Recent advances in the application of capillary electromigration methods for food analysis

García-Cañas, Virginia; Cifuentes, Alejandro

This review covers the application of capillary electromigration methods to analyze foods and food components, including amino acids, biogenic amines, peptides, proteins, DNAs, carbohydrates, phenols, polyphenols, pigments, toxins, pesticides, vitamins, additives, small organic and inorganic ions, c...

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Reacciones de síntesis de DNA (in vitro) que emplean DNA polimerasa de phi 29 modificada y un fragmento de DNA que codifica dicha polimerasa

Salas, Margarita; Blanco, Luis; Bernad, Antonio

Traducción de Patente Europea E90908867 (fecha de solicitud, 13/04/1990).-- Titulares: Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), United States Biochemical Corporation. | Este invento se refiere al uso de DNA polimerasasdel tipo Φ29 modficadas, en particularDNA polimerasas del tipo Φ2...

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Quantitative monitoring of colonization of olive genotypes by Verticillium dahliae pathotypes with real-time polymerase chain reaction

Mercado-Blanco, Jesús; Collado-Romero, M.; Parrilla-Araujo, S.; Jiménez-Díaz, Rafael M.
2003-08-01

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124

Protein-DNA interface dissection

Sebastián, Álvaro; Contreras-Moreira, Bruno
2010-11-08

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Protein p56 from the Bacillus subtilis phage phi 29 inhibits DNA-binding ability of uracil-DNA glycosylase

Serrano-Heras, Gemma; Ruiz-Masó, José A.; del Solar, Gloria; Espinosa, Manuel; Bravo, Alicia; Salas, Margarita

Protein p56 (56 amino acids) from the Bacillus subtilis phage phi 29 inactivates the host uracil-DNA glycosylase (UDG), an enzyme involved in the base excision repair pathway. At present, p56 is the only known example of a UDG inhibitor encoded by a non-uracil containing viral DNA. Using analytical ...

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Protein p56 from the Bacillus subtilis phage phi 29 inhibits DNA-binding ability of uracil-DNA glycosylase

Serrano-Heras, Gemma; Ruiz-Masó, José A.; Solar, Gloria del; Espinosa, Manuel; Bravo, Alicia; Salas, Margarita
2007-08-13

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127

Production of highly knotted DNA by means of cosmid circularization inside phage capsids

Trigueros, Sonia; Roca, Joaquim

This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1472-6750/7/94 | [Background] The formation of DNA knots is common during biological transactions. Yet, functional implications of knotted DNA are not fully understood. Moreover, potential applications of DNA molecules condensed by means o...

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Process for obtaining specific probes of strain or specie | Procedimiento para obtener sondas específicas de estirpe o de especie

Pérez Martínez, Gaspar; Miralles Aracil, Mª Carmen

Filing Date: 1996-02-08.-- Priority DataES P 9500269 (1995-02-09) | The invention provides for the rapid and simple selection of fragments of DNA amplified by a non specific PCR reaction, fragments which are then used as specific probes of strain or specie, as desired. The fragments extracted from ...

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Preliminary study on genetic variability of Dicrocoelium dendriticum determined by random amplified polymorphic DNA

Sandoval, Hilda; Manga-González, M. Yolanda; Campo, Raquel; García, Pedro; Castro, José María; Pérez de la Vega, Marcelino

2 figures, 2 tables.-- PMID: 11269322 [PubMed]. | Genetic variability of adult specimens of Dicrocoelium dendriticum has been studied using random amplified polymorphic DNA (RAPD). The worms were collected from the infected livers of different sheep from several localities in León province (NW Spain...

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Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes

Angarica, VE; Pérez, A.G.; Vasconcelos, A.T.; Collado-Vides, Julio; Contreras-Moreira, Bruno

BackgroundThe specific recognition of genomic cis-regulatory elements by transcription factors (TFs) plays an essential role in the regulation of coordinated gene expression. Studying the mechanisms determining binding specificity in protein-DNA interactions is thus an important goal. Most current ...

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Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes

Angarica, V. E.; Pérez, A.G.; Vasconcelos, A.T.; Collado-Vides, Julio; Contreras-Moreira, Bruno
2008-01-01

Digital.CSIC (Spain)

134

Population Genetics of Vibrio vulnificus: Identification of Two Divisions and a Distinct Eel-Pathogenic Clone

Gutacker, Michaela; Conza, Nadine; Benagli, Cinzia; Pedroli, Ambra; Bernasconi, Marco Valerio; Permin, Lise

Genetic relationships among 62 Vibrio vulnificus strains of different geographical and host origins were analyzed by multilocus enzyme electrophoresis (MLEE), random amplification of polymorphic DNA (RAPD), and sequence analyses of the recA and glnA genes. Out of 15 genetic loci analyzed by MLEE, 11...

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135

Plasmid Heterogeneity in Spanish Isolates of Agrobacterium tumefaciens from Thirteen Different Hosts

Albiach, Maria R.; Lopez, Maria M.

Plasmid DNA was isolated from 80 Spanish isolates of Agrobacterium tumefaciens from 13 hosts of several geographical and temporal origins. One to five plasmids occurred in all of the isolates studied. Plasmid sizes varied between 5 and greater than 1,000 MDa. Generally, there was no correlation betw...

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136

Plant retinoblastoma-associated proteins

Gutiérrez Armenta, Crisanto; Xie, Qi; Sanz Burgos, Andrés; Suarez López, Paula

Filing Date: 1997-06-12 -- Priority Data: ES PCT/ES96/00130 (1996-06-13) | The present invention is based on the isolation and characterization of a plant cell DNA sequence encoding for a retinoblastoma protein. Such finding is based on the structural and functional properties of the plant retinobla...

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Plant retinoblastoma-associated gene

Gutiérrez Armenta, Crisanto; Sanz Burgos, Andrés; Xie, Qi; Suarez Lopez, Paula

Filing Date: 1998-12-14 -- Priority DataWO PCT/ES96/600130 (1996-06-13) | The present invention is based on the isolation and characterization of a plant cell DNA sequence encoding for a retinoblastoma protein. Such finding is based on the structural and functional properties of the plant retinobla...

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138

Plant proteins

Gutiérrez Armenta, Crisanto; Sanz Burgos, Andrés

Filing Date 2001-01-29; Priority Data ES PCT/ES96/00130 (1996-06-13) | The present invention is based on the isolation and characterization of a plant cell DNA sequence encoding for a retinoblastoma protein. Such finding is based on the structural and functional properties of the plant retinoblastom...

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Plant proteins

Gutiérrez Armenta, Crisanto; Sanz Burgos, Andrés

Filing Date: 2001-01-29 -- Priority Data: ES PCT/ES96/00130 (1996-06-13) | The present invention is based on the isolation and characterization of a plant cell DNA sequence encoding for a retinoblastoma protein. Such finding is based on the structural and functional properties of the plant retinobla...

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Phylogenetic, morphological, and chemotaxonomic incongruence in the North American endemic genus Echinacea

Flagel, Lex E.; Rapp, Ryan A.; Grover, Corrinne E.; Widrlechner, Mark P.; Hawkins, Jennifer; Grafenberg, Jessie L.

10 pages, 2 figures, 4 tables, 1 appendix.-- Supporting information (2 files) available at: http://www.amjbot.org/cgi/content/full/95/6/756/DC1 | The study of recently formed species is important because it can help us to better understand organismal divergence and the speciation process. However, t...

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Phi 29 DNA polymerase residues Tyr59, His61 and Phe69 of the highly conserved ExoII motif are essential for interaction with the terminal protein

Eisenbrandt, Ralf; Lázaro, José M.; Salas, Margarita; de Vega, Miguel

Phage phi 29 encodes a DNA-dependent DNA polymerase belonging to the eukaryotic-type (family B) subgroup of DNA polymerases that use a protein as the primer for initiation of DNA synthesis. In one of the most important motifs present in the 3'5' exonucleolytic domain of proofreading DNA polymerases,...

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144

Peculiarities of the DNA of MM1, a temperate phage of Streptococcus pneumoniae | Peculiaridades del DNA de MM1, un fago atemperado de Streptococcus pneumoniae

Obregón, Virginia; García López, José Luis; García López, Ernesto; López, Rubens; García González, Pedro Aurelio

The abundant presence of temperate phages in the chromosomes of clinical isolates of Streptococcus pneumoniae has been well documented. The genome of MM1, a temperate phage of pneumococcus, has been isolated as a DNA-protein complex. The protein is covalently bound to the DNA, was iodinatedin vitro...

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145

Peculiarities of the DNA of MM1, a temperate phage of Streptococcus pneumoniae

Obregón, Virginia; García López, José Luis; García López, Ernesto; López, Rubens; García González, Pedro Aurelio
2004-06-01

Digital.CSIC (Spain)

146

Parallel Evolution of the Genetic Code in Arthropod Mitochondrial Genomes

Abascal, Federico; Posada, David; Knight, Robin D.; Zardoya, Rafael

The genetic code provides the translation table necessary to transform the information contained in DNA into the language of proteins. In this table, a correspondence between each codon and each amino acid is established: tRNA is the main adaptor that links the two. Although the genetic code is near...

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147

Overexpression of human DNA polymerase µ (Pol µ) in a Burkitt's lymphoma cell line affects the somatic hypermutation rate

Ruiz, José F.; Lucas, Daniel; García-Palomero, Esther; Saez, Ana I.; González, Manuel A.; Piris, Miguel A.

DNA polymerase µ (Pol µ) is a DNA-dependent DNA polymerase closely related to terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT), and prone to induce template/primer misalignments and misincorporation. In addition to a proposed general role in non-homologous end joining of double-strand breaks, its mutagen...

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148

Overexpression of human DNA polymerase µ (Pol µ) in a Burkitt's lymphoma cell line affects the somatic hypermutation rate

Ruiz, José F.; Lucas, Daniel; García-Palomero, Esther; Saez, Ana I.; González, Manuel A.; Piris, Miguel A.; Bernad, Antonio; Blanco, Luis
2004-11-01

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149

Origen de los Changos: Análisis de ADNmt antiguo sugiere descendencia de pescadores de la cultura Chinchorro (7.900 - 4.000 A.P.)/ Origins of Changos: Mitochondrial DNA analysis suggests Chinchorro culture fishermen ancestry

ROTHHAMMER, FRANCISCO; MORAGA, MAURICIO; SANTORO, CALOGERO M; ARRIAZA, BERNARDO T
2010-02-01

Resumen en inglés Sophisticated molecular genetics techniques allow the typification and posterior comparison of antique haplogroups and mitochondrial DNA sequences from prehistoric groups with contemporary populations. This adds a chronological dimension to these studies and contributes to have a better knowledge of the genetic composition of the Chilean population. This article gives scientific support, using molecular methodology, to the alleged biological links that joined the descenda (mas) nts of proto historic Chango fishermen from Puposo cove, a place located 15 kilometers north of Taltal, with prehistoric fishermen from Chinchorro culture, that developed in Northern Chile and Southern Peru between 7900 and 4000 A.C

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150

Nucleoporins Prevent DNA Damage Accumulation by Modulating Ulp1-dependent Sumoylation Processes

Palancade, Benoit; Xianpeng, Liu; García Rubio, María; Aguilera, Andrés; Xiaolan, Zhao; Doye, Valérie

Final full-text version of the paper available at: http://dx.doi.org/10.1091/mbc.E07-02-0123. Copyright © 2007 by The American Society for Cell Biology.-- PMCID: PMC1949349.-- Supplementary material available at: http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=1949349&blobname=mbc_E07-02-0123_...

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Nucleoporins Prevent DNA Damage Accumulation by Modulating Ulp1-dependent Sumoylation Processes

Palancade, Benoit; Xianpeng, Liu; García-Rubio, María L.; Aguilera, Andrés; Xiaolan, Zhao; Doye, Valérie
2007-08-01

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152

Novel display of knotted DNA molecules by two-dimensional gel electrophoresis

Trigueros, Sonia; Arsuaga, Javier; Vázquez, María E.; Sumners, De Witt; Roca, Joaquim
2001-07-01

Digital.CSIC (Spain)

154

Murine stem cells and applications thereof

Sánchez García, Isidro; Pérez-Caro, Maria; Voces-Sánchez, Felipe

Filing Date: 2006-05-24.--Priority Data:EP 05076219.4 (2005-05-24) | The invention relates to animal solid tumour models which comprise a transgenic non-human mammal containing in its genome a DNA construct that comprises a gene created and/or activated by a genetic anomaly associated with human ca...

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155

Molecular methods for detecting guar additions to locust bean gum.

Benedí Benito, Vicente Javier; Domenéch Sanchez, Antonio; Hernández, M.; Alberti Serrano, Sebastian; Roselló, Josep A.
2001-09-13

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156

Molecular Systematics of Dictyostelids: 5.8S Ribosomal DNA and Internal Transcribed Spacer Region Analyses

Romeralo, María; Escalante, Ricardo; Sastre, Leandro; Lado, Carlos

The variability and adaptability of the amoebae from the class Dictyosteliomycetes greatly complicate their systematics. The nucleotide sequences of the ribosomal internal transcribed spacers and the 5.8S ribosomal DNA gene have been determined for 28 isolates, and their utility to discriminate betw...

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157

Mitochondrial DNA variability in viviparous and ovoviviparous populations of the urodele Salamandra salamandra

Dopazo, H.; Boto, Luis; Alberch, P.

Mitochondrial DNA analysis of 13 populations of S. salamandra along a transectacross the North of the Iberian Peninsula showed values of divergence betweenhaplotypes ranging from d= 0.41% to 5.91%. Phenetic and cladistic analysisgrouped the isofemale lineages into two main clusters with contrasti...

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158

Mispair extension fidelity of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptases with amino acid substitutions affecting Tyr115

Martín-Hernández, Ana M.; Gutiérrez-Rivas, Mónica; Domingo, Esteban; Menéndez-Arias, Luis

The role of Tyr115 of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase (HIV-1 RT) in the mispair extension fidelity of DNA dependent DNA synthesis was analysed by using a series of 15 mutant enzymes with substitutions at Tyr115. Their kinetic parameters for elongation using homopolymeric RN...

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159

Mispair extension fidelity of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptases with amino acid substitutions affecting Tyr115

Martín-Hernández, Ana M.; Gutiérrez-Rivas, Mónica; Domingo, Esteban; Menéndez-Arias, Luis
1997-01-01

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160

Microsatellite data support subpopulation structuring among Basques

Perez-Miranda, AM; Alfonso-Sanchez, MA; Kalantar, A; Garcia-Obregon, S; de Pancorbo, MM; Pena, JA; Herrera, RJ

Genomic diversity based on 13 short tandem repeat (STR) loci (D3S1358, vWA, FGA, D8S1179, D21S11, D18S51, D5S818, D13S317, D7S820, D16S539, TH01, TPOX, and CSF1PO) is reported for the first time in Basques from the provinces of Guipuzcoa and Navarre (Spain). STR data from previous studies on Basques...

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161

Microarrays de DNA en el cáncer oral/ DNA microarrays in oral cancer

Otero Rey, Eva; García García, Abel; Barros Angueira, Francisco; Torres Español, María; Gándara Rey, José Manuel; Somoza Martín, Manuel
2004-10-01

Resumen en español Uno de los principales objetivos en la investigación sobre el cáncer en la actualidad es el estudio de marcadores que puedan predecir el pronóstico o la respuesta al tratamiento de forma individual. El número de genes implicados en los distintos pasos de la carcinogénesis oral aumenta a medida que se investiga sobre el tema. Los microarrays de DNA permiten el análisis simultáneo de la expresión de cientos de genes de un tejido en un solo experimento. El formato pa (mas) ralelo del ensayo permite el estudio de diferencias en la expresión genética entre células normales y enfermas, puesto que la actividad de cada gen en el microarray puede ser comparada en dos poblaciones celulares distintas. El objetivo de este trabajo es hacer una breve revisión de los estudios realizados por diversos autores que han intentado identificar genes relacionados con el cáncer oral, así como clasificarlo en subgrupos según los patrones de expresión genética; lo que permitirá una precoz detección, mejor diagnóstico y pronóstico del cáncer oral. Resumen en inglés One of the principal aims of modern cancer research is to identify markers allowing individual prediction of prognosis or response to treatment. In this connection, the number of genes thought to be involved in the different stages of different types of oral cancer increases apace. DNA microarrays allow simultaneous evaluation of the expression of hundreds of genes in a single assay. The parallel format of microassay slides is designed to allow rapid comparison of gene ex (mas) pression between two samples, for example tumor cells and healthy cells. This article reviews studies that have aimed to identify genes related to oral cancer, and to classify these genes into groups that are commonly co-expressed. These studies suggest that DNA microarrays are set to become routine tools in the detection, diagnosis, characterization and treatment of oral cancers.

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162

Mice with targeted disruption of p8 gene show increased sensitivity to lipopolysaccharide and DNA microarray analysis of livers reveals an aberrant gene expression response

Vasseur, Sophie; Hoffmeister, Albrecht; Garcia-Montero, Andrés; Barthet, Marc; Saint-Michel, Laure; Berthézène, Patrice

This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-230X/3/25 | [Background] p8 is a DNA-binding protein induced in many tissues in response to LPS treatment.Hence, p8 could be a mediator of LPS-associated effects or, on the contrary, p8 expression may bepart of the protective mechan...

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163

Method for the detection of minority genomes in virus quasispecies using DNA microchips

Domingo, Esteban; Briones, Carlos; Baranowski, Eric; Arias, Armando; Parro, Victor; Martin, Carmen; Gómez, Jordi

Filing Date: 2004-07-13 | A method for designing an individual antiviral therapy for a subject against a viral quasispecies responsible for a pathological state in said subject, comprising: a) extracting from said subject a sample suspected to contain said viral quasispecies; b) detecting minori...

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Method for the detection of minority genomes in virus quasispecies using DNA microchips

Briones, Carlos; Martín, Carmen; Escarmis, Cristina; Baranowski, Eric; Parro, Victor; Gómez, Jordi; Domingo, Esteban

Filing Date: 2004-07-13 | A method for designing an individual antiviral therapy for a subject against a viral quasispecies responsible for a pathological state in said subject, comprising: a) extracting from said subject a sample suspected to contain said viral quasispecies; b) detecting minori...

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Method for improving plant tolerance to environmental stress

Pagès, Montserrat; Kizis, Dimosthenis; Sanz Molinero, Ana

Filing date: 2002-03-28 --Priority data: EP 01870069.0 (2001-03-28)US 60/301,912 (2001-06-29) | Provided are DNA sequences encoding a novel type of AP2 domain-containing transcription factor as well as methods for obtaining similar sequences. Also described are methods for obtaining plants with im...

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Mechanistic Insights into the Role of Val75 of HIV-1 Reverse Transcriptase in Misinsertion and Mispair Extension Fidelity of DNA Synthesis

Matamoros, Tania; Kim, Baek; Menéndez-Arias, Luis

Article available at http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2007.11.021 | The side chain of Val75 stabilizes the fingers subdomain of the human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase (RT), while its peptide backbone interacts with the single-stranded DNA template (at nucleotide + 1) and with t...

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167

Mechanism of G2-Repair to preserve chromosome integrity and its inhibition by caffeine

López-Sáez, J. F.; González-Fernández, A.; Hernández, P.; Zamorano, E.; Navarrete, M. H.
1988-01-01

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168

Manifestaciones renales y neuropsiquiátricas en pacientes con lupus eritematoso sistémico y anticuerpos anti-P ribosomal/ Renal and neuropsychiatric manifestations in patients with systemic lupus erythematosus and ribosomal P protein autoantibodies

Quintana, Gerardo; Rojas, Cilia; Restrepo, José Félix; Fernández, Andrés; Martínez, José; Rondón, Federico; Sánchez, Álvaro; Iglesias, Antonio
2006-09-01

Resumen en español Los auto anticuerpos contra la proteína P ribosomal (anti-P ribosomales) se presentan en aproximadamente el 15% de los pacientes con lupus eritematoso sistémico (LES). Estos anticuerpos fueron inicialmente asociados con psicosis lúpica y enfermedad neuropsiquiátrica. Posteriormente se reconoció su asociación con alto riesgo de compromiso renal y hepático. Objetivos: evaluar la coexistencia serológica y clínica de anticuerpos anti-P ribosomal y anti-DNA en pacient (mas) es con LES con compromiso renal y neuropsiquiátrico. Materiales y métodos: casos: 12 pacientes con lupus neuropsiquiátrico (cambios conductuales 6, depresión 4, alucinaciones 3, alteración cognitiva 2, convulsiones 2 y psicosis 2). Controles: 13 pacientes con actividad por LES sin evidencia de manifestaciones neuropsiquiátricas. Todos los pacientes estuvieron activos para el tiempo de la evaluación. Los anticuerpos anti-P ribosomal fueron determinados por ELISA y los anti-dcDNA por el método de Crithidia luciliae. La función renal fue valorada por medición de creatinina y el compromiso renal con uroanálisis. Resultados: la edad media fue de 39 años, 2 hombres / 23 mujeres. Ocho casos (66,6%) y seis (46,1%) controles tenían compromiso renal. El 20% de los pacientes fueron positivos para anti-P ribosomal (5/25 pacientes: 2 controles y 3 casos). El 36% de los pacientes tenían anticuerpos anti-dsDNA (30,7% controles y 41,6% casos). La presencia de anticuerpo P ribosomal estuvo asociada con anti-dcDNA (p = 0,002) y con nefritis lúpica (p = 0,046), pero no hubo asociación entre el anti-P ribosomal y las manifestaciones neuropsiquiátricas (p = 0,645). Conclusiones: la presencia de anticuerpos anti-P ribosomal está asociada con anti-dcDNA y nefritis lúpica. Este estudio no encontró asociación estadísticamente significante entre anti-P ribosomal y manifestaciones neuropsiquiátricas del LES. Resumen en inglés Summary The ribosomal P protein autoantibodies are present in approximately 15% of patients with Systemic Lupus Erythematosus (SLE). These antibodies were initially associated with lupus psychosis and neuropsychiatric diseases. Posteriorly, they were associated to a higher risk of renal and liver involvement in patients with SLE. Objective: to evaluate the serologic and clinic coexistence of ribosomal P protein autoantibodies and anti-dsDNA in patients with SLE with renal (mas) and neuropsychiatric manifestations. Materials and Methods: cases: 12 patients with neuropsychiatric and renal involvement (behavior changes 6, depression 4, hallucinations 3, cognitive impairment 2, seizures 2 and psychosis 2). Controls: 13 patients with active SLE, without evidence of neuropsychiatric manifestations. SLE was active in all patients during the process of evaluations. The anti-ribosomal P protein antibodies were determined by ELISA and the dsDNA antibodies by Crithidia luciliae´s immunofluorescence test. The renal function was evaluated by serum creatinin and urinalyses. Results: the median age was 39 years, 2 men/23 women. 8 cases (66.6%) and 7 controls (53.8 %) have renal involvement. 20% of patients were positive for anti P-ribosomal antibodies (5/25 patients: 2 controls and 3 cases). 36% of patients have anti dsDNA antibodies (30.7% controls and 41.6% cases). The presence of anti-ribosomal P protein antibodies was associated with anti dsDNA antibodies (p = 0.002) and with lupus nephritis (p = 0.046), but no association between ribosomal P protein autoantibodies and neuropsychiatric manifestations was found (p = 0.645). Conclusions: the P-ribosomal antibodies are associated with anti-dsDNA and lupus nephritis. This study did not show statistically significant associations between ribosomal P protein autoantibodies and neuropsychiatric manifestations in patients with SLE.

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169

Long-term impact of acid resin waste deposits on soil quality of forest areas II. Biological indicators.

Pérez de Mora, Alfredo; Madejón, Engracia; Cabrera, Francisco; Buegger, Franz; Fuß, Roland; Pritsch, Karin; Schloter, Michael
2008-01-01

Digital.CSIC (Spain)

170

Leptospira interrogans survey by PCR in wild rodents coming from different urban areas of Palermo, Italy/ Encuesta acerca de Leptospira interrogans mediante RCP en roedores salvajes procedentes de diferentes áreas urbanas de Palermo, Italia

Vitale, María; Di Bella, Carobelo; Agnello, Stefano; Curro, Victoria; Vicari, Domenico; Vitale, Fabrizio
2007-04-01

Resumen en inglés DNA extracted from the kidneys of rodents captured in different urban areas of Palermo, Italy, had been analysed for the presence of pathogenic L. interrogans sensu latu DNA. PCR analysis had shown that in rodents captured close to green areas and small river up to 40% animals give positive PCR results. Not many cases of human leptospirosis are reported in Sicilian island in which hot season is usually dry. But considering climate change toward subtropical aspect in Sicil (mas) y, with hot humid summer and sudden thunderstorm, screening for L.interrogans sensu latu prevalence can be useful for leptospirosis risk analysis on human population.

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171

Lack of sugar discrimination by human Pol µ requires a single glycine residue

Ruiz, José F.; Juárez, Raquel; García-Díaz, Miguel; Terrados, Gloria; Picher, Angel J.; González-Barrera, Sergio

DNA polymerase mu (Pol µ) is a novel family X DNA polymerase that has been suggested to play a role in micro-homology mediated joining and repair of double strand breaks. We show here that human Pol µ is not able to discriminate against the 2'-OH group of the sugar moiety. It inserts rNTPs with an e...

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172

Lack of sugar discrimination by human Pol µ requires a single glycine residue

Ruiz, José F.; Juárez, Raquel; García-Díaz, Miguel; Terrados, Gloria; Picher, Ángel J.; González-Barrera, Sergio; Fernández de Henestrosa, Antonio; Blanco, Luis
2003-01-01

Digital.CSIC (Spain)

174

La inversión de la carga de la prueba: la experiencia latinoamericana peruana/ Shifting the burden of proof: the Peruvian experience

Rospigliosi, Enrique Varsi
2006-12-01

Resumen en portugués No Peru, a Lei 28547, de 08.01.2005, regulamenta procedimentos para o estabelecimento da filiação. A paternidade é imputada ao pai, declarada pela mãe. Um único caminho é admitido para contestação: submeter-se a exame em DNA, em um período de até dez dias após a notificação. Resumen en inglés In Peru, the Law N° 28457 (08/01/2005) regulates the action to stablish the filiation. In this way, the presumed father is declared by sentence father of the child. The only way to contest the action - within next ten days since the notification of the action - is to submit to the DNA analysis.

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175

La dicotomía de los virus polioma: ¿Infección lítica o inducción de neoplasias?/ The paradox of polyomaviruses Lytic infection or tumor induction?

Sanjuan, Norberto A.
2004-02-01

Resumen en español Los virus Polioma murinos provocan infecciones líticas en cultivos de células de ratón y transforman in vitro células de rata a través de la interacción de su oncogén mT con diversos reguladores celulares. Luego de su inoculación en ratones neonatos inducen neoplasias epiteliales y mesenquimáticas. Se ha propuesto que las cepas de polioma más oncogénicas son aquellas que previamente replican más en el ratón. Sin embargo, a nivel de una sola célula la infecci (mas) ón lítica y la transformación deberían ser mutuamente excluyentes. En cada neoplasia han sido descriptos 3 tipos celulares según expresen el DNA viral solo o concomitantemente con la proteína mayor de la cápside VP1, o que no contengan DNA viral ni VP-1. En nuestro laboratorio detectamos la existencia de un cuarto tipo celular en las neoplasias, en el que se expresa la totalidad del genoma viral pero no ocurre el ensamblaje, probablemente por alteraciones en la fosforilación de VP-1. Se discuten los mecanismos de migración intracelular de Polioma, la diseminación en el ratón y los factores que podrían estar involucrados en la inducción de neoplasias o en la infección lítica inducidas por el virus. Resumen en inglés Murine polyomaviruses can produce lytic infections in mouse cell cultures or transform in vitro rat fibroblasts through a complex interaction with key cellular regulators. After infection of newborn mice, some strains of polyomavirus induce epithelial and mesenchymal tumors. It has been described that there is a direct relationship between viral dissemination in the mouse and tumor induction. However, at a single cell level lytic infection and transformation would not be (mas) able to coexist. The existence of 3 distinct cell populations in polyoma-induced tumors, classified according to the presence or absence of viral DNA and viral capsid protein VP-1 have been described. We have reported a fourth type of cell in the neoplasms, that can express the early and the late viral genes but do not allow virus assembly, probably due to underphosphorylation of VP-1. The mechanisms of polyoma intracellular migration and dissemination in the mouse are discussed, related to the virus’ ability of tumor induction.

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176

La cuantificación de los sitios activos en las bases de DNA y RNA utilizando las funciones Fukui condensadas

Virginia Popa, M
2007-08-01

Resumen en español En este trabajo se calculan el momento dipolar, las funciones Fukui (FF), tomando en cuenta las cargas de Mulliken y las energías HOMO y LUMO para determinar los sitios activos de las bases de DNA y RNA (adenina, citosina, timina, guanina y uracilo) en fase gaseosa y en presencia del solvente. Se optimizaron las moléculas de DNA y RNA con los niveles de teoría AM1 en fase gas, HF/6-31G, LSDA/6-31++G, B3LYP/LANL2DZ, PBE/6-31++G y para uracilo se ha utilizado MP2/6-31++G (mas) , en fase gaseosa y en presencia de solvente ( =78.39) empleando el modelo de continuo polarizable de Tomasi (PCM). El momento dipolar grande inducido en las moléculas es dado por la presencia del solvente y es mayor cuando se introduce la correlación electrónica con PBE (Perdew-Burke-Ernzernhof) y el funcional local LSDA. Los primeros cuatro sitios activos encontrados indistintamente de los niveles de teoría utilizados coinciden con los datos experimentales presentes en la literatura. La diferencia HOMO-LUMO es muy pequeña cuando se utiliza DFT comparado con los métodos AM1, HF/6-31G y MP2/6-31++G. Si se conocen las energías de los orbitales frontera se pueden comparar sus energías con las de otros reactantes para determinar si es posible la existencia de un enlace o no y que tipo de enlace es. Resumen en inglés In this paper the dipolar moment, the Fukui functions by considering the Mulliken charges and the energies of HOMO (Highest Occupied Molecular Orbital) and LUMO (Lowest Unoccupied Molecular Orbital) are computed in order to determine the most active centers of DNA and RNA (adenine, guanine, cytosine, timine and uracile), being them in gas phase and the solvent. The DNA and RNA molecules are optimized by using the theory levels AM1 in gas phase, HF/6-31G, LSDA/6-31++G, B3L (mas) YP/LANL2DZ, PBE/6-31++G and, for uracil MP2/6-31++G has also been used, in gas phase and the solvent phase ( = 78.39) with the Tomasi model of continued polarizable. The larger dipole moment induced on the molecule is due to the presence of the solvent and become even large when the electronic correlation is introduced with the PBE (Perdew-Burke-Ernzernhof) and the local functional LSDA (Local Spin Density Approximation). The first four active sites found indiscriminately of the theory level employed coincide with the experimental data already reported in the literature. The HOMO-LUMO (gap) is small when the DFT (Density Function Theory) is used along with LSDA/6-31++G, comparing this value with the rest levels of theory. If the energies of the frontier orbital are known, then such energy levels can be compared to those of the reactants, making it possible to determine whether a bound exists or not, and if so what type of bound it is.

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La DNA polimerasa del bacteriófago phi 29: análisis mutacional de la interacción con la proteína terminal. Base estructural de la procesividad y la capacidad de desplazamiento de banda

Rodríguez García, Irene

Tesis doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Biología Molecular, 24-11-2006 | Bacteriophage φ29 encodes a DNA-dependent DNA polymerase belonging to theeukaryotic-type (family B) subgroup of DNA polymerases that use a protein as primer for...

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Isolation and characterization of promoters from the Lactobacillus casei temperate bacteriophage A2

García Suárez, María Pilar; Bascarán, Victoria; Rodríguez González, Ana; Suárez Fernández, Juan Evaristo

Random Sau3AI DNA fragments from the temperate Lactobacillus bacteriophage A2 were cloned into the promoter-probe plasmid pGKV210. Seven DNA fragments with promoter activity were selected, after transformation of Escherichia coli and Lactococcus lactis, subsp. lactis, through the chloramphenicol res...

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Isolation and characterization of culturable bacteria from tropical coastal waters/ Aislamiento y caracterización de bacterias cultivables de aguas costeras tropicales

Lee, C-W; Ng, A Y-F; Narayanan, K; Sim, E U-H; Ng, C-C
2009-06-01

Resumen en español En este estudio se aislaron y caracterizaron algunas bacterias cultivables de las aguas costeras tropicales de Malasia Peninsular. Se obtuvieron entre 0.23 y 1.85 x 10³ ufc mL-1 en medio de cultivo Zobell 2216E, y se cultivaron 0.04% a 0.12% de los conteos totales de bacterias. Se seleccionaron diferentes cepas bacterianas mediante RFLP del gen 16S rDNA usando cuatro enzimas de restricción (Ddel, Hhal, Rsal y Sau3AI), de las cuales Hhal produjo más patrones de RFLP. Se (mas) obtuvieron un total de 54 cepas singulares, las cuales fueron identificadas por su secuencia 16S rDNA. Estas cepas bacterianas fueron divididas en cinco clases: 38 cepas de γ-proteobacterias (61.1%), 3 cepas de α-proteobacterias (5.5%), 2 cepas del grupo Cytophaga-Flavobacter-Bacteroides (3.7%), 3 cepas de bacterias Gram positivas con alto contenido de GC (5.5%) y 13 cepas de bacterias Gram positivas con bajo contenido de GC (24.1%). Estos aislados tienen un buen potencial para futuros estudios biotecnológicos ya que 56% de ellos presentaron actividad de la enzima amilasa, mientras que 36% y 18% presentaron actividad de las enzimas proteasa y lipasa, respectivamente. La mayoría (>70%) de los aislados produjeron poli-B-hidroxibutirato. Resumen en inglés In this study we isolated and characterized some culturable bacteria from tropical coastal waters of Peninsular Malaysia. We obtained between 0.23 and 1.85 x 10³ cfu mL-1 in the Zobell 2216E medium, and cultured 0.04% to 0.12% of total bacterial counts. Different bacterial strains were then selected by 16S rDNA RFLP using four restriction enzymes (Ddel, Hhal, Rsal, and Sau3AI), of which Hhal gave the most RFLP patterns. A total of 54 unique strains were obtained and thes (mas) e were identified by their 16S rDNA gene sequence. These bacterial strains could be divided into five classes: 38 strains of γ-Proteobacteria (61.1%); 3 strains of α-Proteobacteria (5.5%); 2 strains of the Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides group (3.7%); 3 strains of high GC, Gram-positive bacteria (5.5%); and 13 strains of low GC, Gram-positive bacteria (24.1%). These isolates have good potential for further biotechnological studies since about 56% of the isolates exhibited amylase activity, whereas 36% and 18% of the isolates had protease and lipase, respectively. Most (>70%) of the isolates also produced poly-B-hydroxybutyrate.

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181

Involvement of phage phi 29 DNA polymerase and terminal protein subdomains in conferring specificity during initiation of protein-primed DNA replication

Pérez-Arnaiz, Patricia; Longás, Elisa; Villar, Laurentino; Lázaro, José M.; Salas, Margarita; de Vega, Miguel

To initiate phi 29 DNA replication, the DNA polymerase has to form a complex with the homologous primer terminal protein (TP) that further recognizes the replication origins of the homologous TP-DNA placed at both ends of the linear genome. By means of chimerical proteins, constructed by swapping th...

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182

Involvement of phage phi 29 DNA polymerase and terminal protein subdomains in conferring specificity during initiation of protein-primed DNA replication

Pérez-Arnaiz, Patricia; Longás, Elisa; Villar, Laurentino; Lázaro, José M.; Salas, Margarita; de Vega, Miguel

To initiate phi 29 DNA replication, the DNA polymerase has to form a complex with the homologous primer terminal protein (TP) that further recognizes the replication origins of the homologous TP-DNA placed at both ends of the linear genome. By means of chimerical proteins, constructed by swapping th...

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Involvement of phage phi 29 DNA polymerase and terminal protein subdomains in conferring specificity during initiation of protein-primed DNA replication

Pérez-Arnaiz, Patricia; Longás, Elisa; Villar, Laurentino; Lázaro, José M.; Salas, Margarita; Vega, Miguel de
2007-10-02

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Involvement of phage phi 29 DNA polymerase and terminal protein subdomains in conferring specificity during initiation of protein-primed DNA replication

Pérez-Arnaiz, Patricia; Longás, Elisa; Villar, Laurentino; Lázaro, José M.; Salas, Margarita; Vega, Miguel de
2007-10-02

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185

Interaction between ATM and PARP-1 in response to DNA damage and sensitization of ATM deficient cells through PARP inhibition

Aguilar-Quesada, Rocío; Muñoz-Gámez, José A.; Martín-Oliva, David; Peralta, Andreína; Valenzuela, María Teresa

This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2199/8/29 | ATM and PARP-1 are two of the most important players in the cell's response to DNA damage.PARP-1 and ATM recognize and bound to both single and double strand DNA breaks in responseto different triggers. Here we report th...

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186

Inhibitors of enzyme 06-alkylguanine-DNA-methyltransferase for cancer treatment

Ramírez Ortiz, Angel; Morreale de León, Antonio; Gil Redondo, Rubén; Ruiz, Federico M.; Fábrega Clavería, Carme; Bravo Sicilia, Jerónimo
2009-12-10

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187

Influence of the linker type on the Au–S binding properties of thiol and disulfide-modified DNA self-assembly on polycrystalline gold

Martinez, Lidia; Carrascosa, Laura G.; Huttel, Yves; Lechuga, Laura M.; Román García, Elisa Leonor
2010-04-07

Digital.CSIC (Spain)

188

Infectious clones.

Enjuanes Sánchez, Luis
2001-06-07

Digital.CSIC (Spain)

189

Infección bacteriémica por Nocardia otitidiscaviarum: revisión a propósito de un caso/ Bacteremic infection due to Nocardia Otitidiscaviarum: case report and review

Candel, F. J.; González, J.; Matesanz, M.; Cinza, R.; Cías, R.; Candel, I.; Pontes, J. A.; Roca-Arbonés, V.; Picazo, J. J.
2005-10-01

Resumen en español Presentamos un caso de neumonía bacteremica causada por Nocardia otitidiscaviarum en un paciente con bronconeumopatia crónica obstructiva corticodependiente. Los cultivos de sangre y esputo en medios para micobacterias resultaron positivos y la identificación se realizó mediante la secuenciación de 16S rDNA. En el presente artículo se realiza una revisión de conjunto sobre el agente etiológico y se practica el estudio de susceptibilidad de la cepa mediante la técnica de E-Test. Resumen en inglés We present a case of bacteremic pneumonia caused by Nocardia otitidiscaviarum in a corticodependent COPD. Blood and sputum cultures on Mycobacterial media were positives and identification was done using 16S rDNA sequencing. In this article we review the most relevant comunications about Nocardia spp infection and study the strain susceptibility using E-test.

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190

Induction of DNA synthesis by ligation of the CD53 tetraspanin antigen in primary cultures of rat mesangial cells

Yunta, M.; Rodriguez-Barbero, A.; Arevalo, M.; López-Novoa, José M.; Lazo, P.A.

Peer reviewed

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191

Inducción de la fragmentación del DNA por Antraceno y Benzo(a)Pireno en leucocitos polimorfonucleares humanos in vitro

Uribe-Hernández, Raúl; Pérez-Zapata, Aura Judith
2005-07-01

Resumen en portugués Quantificou-se a indução da fragmentação da cadeia de DNA em leucócitos polimorfonucleraes (PMN) humanos devida à exposição ao antraceno e benzo-a-pireno (B(a)P), e se avaliou a relação entre a produção de radical superóxido e ditos compostos. Determinou-se a citotoxicidade letal do antraceno, que apresentou maior potencial (CL50= 0,352µM) que o B(a)P (3,23µM). Observou-se um incremento dose-dependente da produção de radical superóxido somente sob a expo (mas) sição ao B(a)P (R= 0,96; P Resumen en español Se cuantificó la inducción de la fragmentación de la cadena de DNA en leucocitos polimorfonucleraes (PMN) humanos, debida a la exposición al antraceno y benzo(a)pireno (B(a)P), y se evaluó la relación entre la producción de radical superóxido y dichos compuestos. Se determinó la citotoxicidad letal del antraceno, que presentó mayor potencial (CL50= 0,352µM) que el B(a)P (3,23µM). Se observó un incremento dosis-dependiente de la producción de radical superóx (mas) ido únicamente bajo la exposición al B(a)P (R= 0,96; P Resumen en inglés The induction of the DNA fragmentation in human polymorphonuclear leukocytes by exposure to anthracene and benzo(a)pyrene (B(a)P) was determined, and the relation with radical superoxide production and lethal cytotoxicity of these compounds were evaluated. Anthracene showed higher citotoxicity (LC50= 3.23µM) than B(a)P (0.352µM). A dose-dependent increase in superoxide radical production was only observed after B(a)P exposure, with a proportional relation (R= 0.96; P(mas) 01). Anthracene did not induce a significant genotoxicity effect, while B(a)P produced significant induction of DNA fragmentation at concentrations of 0.023-2.35µM (P

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193

Impairment of transcription elongation by R-loops in vitro

Tous, Cristina; Aguilera, Andrés

PMID: 17603014.-- Final version of the paper available at: http://www.sciencedirect.com/science/journal/0006291X | Transcription elongation causes a local change in DNA superhelicity. An excess of negative supercoiling may lead to opening of DNA strands that could allow formation of R-loops. In yeas...

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194

Identification of sequence elements contributing to the intrinsic curvature of the mouse satellite DNA repeat

Carrera, Pilar; Martínez-Balbás, Miguel A.; Portugal, José; Azorín, Ferran
1991-10-01

Digital.CSIC (Spain)

195

Identification of Pratylenchus thornei, the cereal and legume root-lesion nematode, based on SCAR-PCR and satellite DNA.

Carrasco-Ballesteros, S.; Castillo, Pablo; Adams, B. J.; Pérez Artés, E.

Two different molecular tools for thediagnosis of the cereal and legume root-lesionnematode Pratylenchus thornei were developed.A randomly amplified DNA (RAPD) fragmentspecific to P. thornei was identified. Aftersequencing the fragment, longer primers weredesigned that complement the terminal ...

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197

INMUNOGENICIDAD DE LA PROTEÍNA RECOMBINANTE ASP1R DE Ancylostoma caninum EN UN MODELO MURINO/ IMMUNOGENICITY OF THE PROTEIN RECOMBINANT ASP1R OF A caninum IN A MURINE MODEL

Giraldo G, María; Castaño O, Jhon C
2009-08-01

Resumen en español Objetivo. Construir un plásmido recombinante que exprese la proteína ASP1r de Ancylostoma caninum y evaluar su capacidad inmunogénica en un modelo murino. Materiales y métodos. Se realizó extracción de ARN de parásitos adultos de Ancylostoma caninum, se amplificó por RT-PCR el gen de la proteína ASP1. Este gen fue insertado en el vector pcDNA3. El inserto fue digerido con Bamh1 y EcoR1 y clonado direccionalmente. Posteriormente, se llevó a cabo transformación y (mas) selección de las células de E. coli DH5a competentes con el producto de la ligación. Se realizó un tamizaje por PCR confirmando la presencia del gen ASP1. El vector pcDNA3-ASP1 fue administrado vía intraglandular en la parotida e intramuscular en ratones Balb/c. En estos animales se les realizó determinación de anticuerpos en suero y saliva mediante las técnicas de ELISA e inmunohistoquímica. Resultados. Se determinó que el plásmido pcDNA3-ASP1 fue incorporado y expresado células E. coli DH5a. Este plásmido recombinante indujo la producción de anticuerpos Anti-ASP1 específicos en ratones Balb/c. Conclusiones. Se logró demostrar que la utilización de pcDNA3-ASP1 no produjo reacciones desfavorables en ratones Balb/c, además indujo respuesta humoral contra la proteína pcDNA3-ASP1 de excreción/secreción de Ancylostoma caninum en ratones. Resumen en inglés Objective. To construct a recombinant plasmid expressing the ASP1r protein of A. caninum and evaluate its immunogenic capacity in a murine model. Materials and methods. RNA of adults of Ancylostoma caninum was amplified by reverse transcription polymerase chain reaction. The ASP1 protein gene was inserted into the pcDNA3 vector. Plasmid was digested with Bamh1 and EcoR1 and cloning was performed directionally. Later a transformation and selection of E. coli DH5a cell comp (mas) etent with the product for the ligation was made. Then, a screening by PCR was carried out to confirm the presence of ASP1 gene. PcDNA3-ASP1 was inoculated by intraglandular parotide and intramuscular route in Balb/c mice. Antibodies in these animals was measured in serum and saliva by ELISA and immunochemistry. Results. PcDNA3-ASP1 was incorporated and expressed in E. coli DH5a cell. This recombinant plásmid was able to produce antibodies anti-ASP1 specific in Balb/c mice. Discussion. It was possible to demonstrate that using of pcDNA3-ASP1 did not display reactogenicity and it did not produce unfavorable reactions, futhermore, it induced a humoral response against the excreción/secretion protein of Ancylostoma caninum in mice.

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199

IDENTIFICACIÓN MOLECULAR DE POBLACIONES BACTERIANAS ASOCIADAS AL CARACOL PALA (Strombus gigas) DEL CARIBE COLOMBIANO/ Molecular Identification Of Bacterial Populations Associated To Queen Conch (Strombus gigas) From Colombian Caribbe

ACOSTA, EDINSON ANDRÉS; GÓMEZ, ELIANA; ROMERO TABAREZ, MAGALLY; CADAVID RESTREPO, GLORIA ESTER; MORENO HERRERA, CLAUDIA XIMENA
2009-08-01

Resumen en español El caracol Pala, Strombus gigas (Strombidae), es de gran importancia ecológica y socioeconómica en el área caribeña colombiana. Sin embargo, es una especie catalogada como "vulnerable" y existe muy poca información referente a las especies bacterianas asociadas al caracol que puedan ser importantes para el desarrollo, manejo productivo y de seguridad acuícola de estos gastrópodos. En este trabajo, nosotros empleamos un estudio microbiológico y molecular de la regi (mas) ón intergénica entre los genes 16S y 23S rDNA, análisis del gen rDNA 16S y secuenciación, para analizar las bacterias asociadas al caracol Pala (S. gigas). La composición de bacterias cultivables asociadas fue evaluada por su capacidad para crecer en agar marino y en medios de cultivos selectivos. De un total de 28 muestras analizadas encontramos que el número de bacterias cultivadas en condiciones aerobias fue de alrededor 10(6) ufc mL-1 donde las bacterias pertenecientes a la familia Vibrionacea fueron las más abundantes, cerca de >10(5) ufc mL-1. El análisis molecular de la región intergénica entre los genes 16S y 23S rDNA de las diferentes muestras, reveló una gran complejidad bacteriana asociada a S. gigas. Las secuencias de los amplificados del gen rDNA 16S identificó Pseudoalteromonas sp., Halomonas sp., Psycrobacter sp., Cobetia sp., Pseudomonas sp. y Vibrios sp. Nuestros resultados podrían sugerir un rol importante de estas bacterias como componentes de la comunidad asociada al S. gigas. Esta información puede complementar los estudios que se están implementando en los procesos para la conservación y repoblamiento de las poblaciones de S. gigas en Colombia. Resumen en inglés The Queen Conch, Strombus gigas (Strombidae), is a species of great ecological and socioeconomic importance in the Caribbean area of Colombia. However, it is currently catalogued as "vulnerable"; there is limited information concerning the bacterial species associated with conch and important in the management of hatcheries for higher productivity and safety of these gastropods. In this study, we used a microbiology and molecular approach using the 16S-23S intergenic regi (mas) on, the 16S rDNA analysis and sequencing to determine the bacterial populations associated with Queen Conch (S. gigas). Also, the capacity to grow in marine agar and selective culture media was used to evaluate the composition of bacteria associated. The 28 total samples analysed we found the number of bacteria recovered after aerobic culture about 10ˆ6 cfu mL-1 and most belong to the Vibrionaceae family in the order of 10ˆ5 ufc mL-1. The molecular results of the spacer regions between the 16 and 23S genes from the different analyzed samples indicated a great complexity in the bacterial population associated to S. gigas. The sequencing of the amplicons of 16S rDNA identifies Pseudoalteromonas sp, Halomonas sp., Psycrobacter sp., Cobetia sp., Pseudomonas sp. and Vibrios sp. This suggests these bacteria can play an important role as components of the bacterial community associated to S. gigas. This information can help to improve both the management of hatcheries for higher productivity and for the implementation for the conservation processes of Colombian S. gigas.

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200

Human securin, hPTTG, is associated with Ku heterodimer, the regulatory subunit of the DNA-dependent protein kinase

Romero, Francisco; Multon, Marie-Christine; Ramos-Morales, Francisco; Domínguez, África; Bernal, Juan A.; Pintor-Toro, José A.; Tortolero, María
2001-01-01

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201

How to exchange your partner. Workshop on Recombination Mechanisms and the Maintenance of Genomic Stability

Aguilera, Andrés; Boulton, Simon J.

Presented at the European Molecular Biology Organization workshop, Seillac, France, 15-19 May 2006, organized by S. West, A. Nicolas and M. Foiani.-- Final full-text version of the paper available at: http://dx.doi.org/10.1038/sj.embor.7400872 | The accurate repair of DNA double-strand breaks (DSBs)...

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203

Highly reproducible Capillary Gel Electrophoresis (CGE) of DNA fragments using uncoated columns. Detection of genetically modified maize by PCR-CGE

García-Cañas, Virginia; González, Ramón; Cifuentes, Alejandro

In this work a capillary gel electrophoresis (CGE) method is presented that yields reproducible separations of DNA fragments using commercially available polymers together with bare fused silica capillaries. The method combines a washing routine of the column with 0.1 M hydrochloride acid followed b...

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205

High throughput SNP discovery and genotyping in grapevine (Vitis vinifera L.) by combining a re-sequencing approach and SNPlex technology

Lijavetzky, Diego; Cabezas, José A.; Ibáñez, Ana; Rodríguez, Virginia; Martínez-Zapater, José M.

This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/8/424 | [Background] Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most abundant type of DNA sequence polymorphisms.Their higher availability and stability when compared to simple sequence repeats (SSRs) provide enhanced possib...

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206
207

Genome wide, supercoiling-dependent in vivo binding of a viral protein involved in DNA replication and transcriptional control

González-Huici, Víctor; Salas, Margarita; Hermoso, José M.

Protein p6 of Bacillus subtilis bacteriophage phi 29 is essential for phage development. In vitro it activates the initiation of DNA replication and is involved in the early to late transcriptional switch. These activities require the formation of a nucleoprotein complex in which the DNA forms a rig...

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211

Genetic analysis of FAM46A in Spanish families with autosomal recessive retinitis pigmentosa: characterisation of novel VNTRs

Barragan, I; Borrego, S; Abd El-Aziz, MM; El Ashry, MF; Abu-Safieh, L; Bhattacharya, SS; Antinolo, G

Retinitis pigmentosa (RP) is a group of retinal dystrophies characterised primarily by rod photoreceptor cell degeneration. Exhibiting great clinical and genetic heterogeneity, RP be inherited as an autosomal dominant (ad) and recessive (ar), X-linked (xl) and digenic disorder. RP25, a locus for arR...

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213

Functional characterization of highly processive protein-primed DNA polymerases from phages Nf and GA-1, endowed with a potent strand displacement capacity

Longás, Elisa; de Vega, Miguel; Lázaro, José M.; Salas, Margarita

This paper shows that the protein-primed DNA polymerases encoded by bacteriophages Nf and GA-1, unlike other DNA polymerases, do not require unwinding or processivity factors for efficient synthesis of full-length terminal protein (TP)-DNA. Analysis of their polymerization activity shows that both D...

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214

Functional characterization of highly processive protein-primed DNA polymerases from phages Nf and GA-1, endowed with a potent strand displacement capacity

Longás, Elisa; de Vega, Miguel; Lázaro, José M.; Salas, Margarita

PMCID: PMC1635332Article available at http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkl769 | This paper shows that the protein-primed DNA polymerases encoded by bacteriophages Nf and GA-1, unlike other DNA polymerases, do not require unwinding or processivity factors for efficient synthesis of full-length termina...

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217

Function of the C-terminus of phi 29 DNA polymerase in DNA and terminal protein binding

Truniger, Verónica; Lázaro, José M.; Salas, Margarita

The thumb subdomain, located in various family B DNA polymerases in the C-terminal region, has been shown in their crystal structures to move upon binding of DNA, changing its conformation to nearly completely wrap around the DNA. It has therefore been involved in DNA binding. In agreement with this...

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Fast comparison of DNA sequences by oligonucleotide profiling

Arnau, Vicente; Gallach, Miguel; Marín, Ignacio

Provisional abstact and full-text PDF files correspond to the article as it appeared upon acceptance. Fully formatted PDF and final abstract will be made available soon. | Technical Note | [Background] The comparison of DNA sequences is a traditional problem in genomics and bioinformatics. Many new ...

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220

Fast comparison of DNA sequences by oligonucleotide profiling

Arnau, Vicente; Gallach, Miguel; Marín, Ignacio
2008-02-28

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Exploratory data analysis of DNA microarrays by multivariate curve resolution

Jaumot, Joaquim; Tauler Ferré, Romà; Gargallo, Raimundo

14 pages, 3 tables, 4 figures. | In this work, the application of a multivariate curve resolution procedure based on alternating least squares optimization (MCR-ALS) for the analysis of data from DNA microarrays is proposed. For this purpose, simulated and publicly available experimental data sets h...

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223

Evaluación del daño en el DNA espermático/ Assessing sperm DNA damage

Cortés-Gutiérrez, E.I.; Dávila-Rodríguez, M.I.; López-Fernández, C.; Fernández, J.L.; Gosálvez, J.
2007-02-01

Resumen en español La esterilidad afecta a casi un 20% de las parejas en edad reproductiva y en la mitad de los casos el factor masculino tiene un papel relevante. Entre los parámetros clásicos que determinan una buena calidad seminal, tales como, la motilidad espermática, la morfología o el estado de los acrosomas y de las membranas, la integridad de la molécula de DNA es crucial para llevar a cabo una fecundación con éxito. Sin embargo, el estudio de este último parámetro no es s (mas) encillo, hecho que ha dificultado su incorporación rutinaria en la elaboración de los seminogramas. La presente revisión tiene dos objetivos: 1) presentar una visión actualizada de aquellas tecnologías que se consideran más eficaces para el estudio de la fragmentación del DNA en el espermatozoide, teniendo en cuenta la posibilidad de su uso en los laboratorios de andrología y de acuerdo con la complejidad intrínseca al proceso, el equipamiento y los recursos disponibles, y 2) analizar sus efectos e implicaciones sobre la fecundación, desarrollo embrionario y fertilidad. Resumen en inglés Infertility affects almost 20% of couples in reproductive age and the male factor being responsible of 50% of this infertility. Among the classic parameters that determine a good seminal quality such as sperm motility, sperm morphology or the quality of the of acrosomes and/or sperm membranes, the integrity of the DNA molecule is crucial to carry out a successful fertilization. Nevertheless, the study of this parameter has not been straightforward approached. This fact ha (mas) s shunned its incorporation, as a routine technique, within a standard seminogram. The aim of the present review is to summarize and update those technologies that are considered more successful to study sperm DNA fragmentation with special emphasis to: 1) the levels of technological complexity and the possibility of its use in laboratories of andrology, according with the equipment and the resources available, and 2) the effects and possible implications of high level of sperm DNA fragmentation for fecundation, embryo development and fertility.

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226

Entropically-driven binding of mithramycin in the minor groove of C/G-rich DNA sequences

Barceló, Francisca; Scotta, Claudia; Ortiz-Lombardía, Miguel; Méndez, Carmen; Salas, José A.; Portugal, José

Final full-text version available at: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkm037.-- Supplementary Data is available. | The antitumour antibiotic mithramycin A (MTA) is a DNA minor-groove binding ligand. It binds to C/G-rich tracts as a dimer that forms in the presence of divalent cations such as Mg2+. Dif...

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227

Entropically-driven binding of mithramycin in the minor groove of C/G-rich DNA sequences

Barceló, Francisca; Scotta, Claudia; Ortiz-Lombardía, Miguel; Méndez, Carmen; Salas, José A.; Portugal, José
2007-03-16

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228

Enhancement of DNA, cDNA synthesis and fidelity at high temperatures by a dimeric single-stranded DNA-binding protein

Perales, Celia; Cava, Felipe; Meijer, Wilfried J.J.; Berenguer, José

Bacterial single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) are required for DNA replication and repair. We have over-expressed and purified the native form and two His-tagged fusions of the SSB from Thermus thermophilus (TthSSB). The three proteins were found as dimers in solution. They bound in vitro to...

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230

Effect of Transgene Concentration, Flanking Matrix Attachment Regions, and RecA-Coating on the Efficiency of Mouse Transgenesis Mediated by Intracytoplasmic Sperm Injection

Moreira, Pedro N.; Pérez-Crespo, Miriam; Ramírez, Miguel Ángel; Pozueta, Julio; Montoliu, Lluís; Gutiérrez-Adán, Alfonso
2006-10-11

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231

Dynamic structures of Bacillus subtilis RecN–DNA complexes

Sánchez, Humberto; Cárdenas, Paula P.; Yoshimura, Shige H.; Takeyasu, Kunio; Alonso, Juan Carlos

Genetic and cytological evidences suggest that Bacillus subtilis RecN acts prior to and after endprocessing of DNA double-strand ends via homologous recombination, appears to participate in the assembly of a DNA repair centre and interacts with incoming single-stranded (ss) DNA during natural transf...

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232

Dynamic structures of Bacillus subtilis RecN–DNA complexes

Sánchez, Humberto; Cárdenas, Paula P.; Yoshimura, Shige H.; Takeyasu, Kunio; Alonso, Juan Carlos
2008-01-01

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233

Drosophila mus301/spindle-C Encodes a Helicase With an Essential Role in Double-Strand DNA Break Repair and Meiotic Progression

McCaffrey, Ruth; St Johnston, Daniel; González-Reyes, Acaimo

PMCID: PMC1667076 | mus301 was identified independently in two genetic screens, one for mutants hypersensitive to chemical mutagens and another for maternal mutants with eggshell defects. mus301 is required for the proper specification of the oocyte and for progression through meiosis in the Drosoph...

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234

Distrofia corneal granular autosómica dominante causada por mutación del gen TGFBI en una familia mexicana/ Autosomal dominant granular corneal dystrophy caused by a TGFBI gene mutation in a mexican family

Zenteno, J.C.; Santacruz-Valdés, C.; Ramírez-Miranda, A.
2006-07-01

Resumen en español Objetivo: Las distrofias corneales son un grupo de alteraciones hereditarias en las que una acumulación progresiva de material amiloide, hialino o mixto en las distintas capas corneales produce disminución de la transparencia corneal. Se describen las características clínicas y los estudios moleculares del gen TGFBI en una paciente Mexicana con una distrofia corneal estromal de tipo granular. Métodos: Examen oftalmológico completo, caracterización fenotípica de la (mas) distrofia corneal, y análisis del gen TGFBI por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y por secuenciación nucleotídica, en DNA de la propósita y de un hermano afectado. Resultados: Las lesiones corneales observadas en la paciente fueron compatibles con el diagnóstico de distrofia corneal estromal de tipo granular (clásica). No se observaron lesiones en las otras capas corneales. El análisis del gen TGFBI en DNA de la paciente y de un hermano afectado reveló una mutación puntual, de adenina a guanina, en el exón 14 de TGFBI que origina un cambio de histidina a arginina en el aminoácido 626 (H626R) de la proteína TGFBI. Conclusiones: Éste es el primer caso en el que se demuestra que una distrofia corneal granular es causada por la mutación H626R en TGFBI. Esta mutación ha sido reportada consistentemente en la distrofia estromal de tipo empalizada, clínicamente diferente a la granular. Nuestros datos indican que existen excepciones en la aparente correlación genotipo-fenoitipo establecida en el grupo de distrofias corneales asociadas a mutación en el gen TGFBI. Resumen en inglés Objective: To describe the clinical data and the results of molecular analyses of the TGFBI gene in a patient with classic granular stromal corneal dystrophy (type I). Methods: A female patient aged 60-years complaining of a long-standing decrease of visual acuity bilaterally associated with photophobia and foreign body sensation, underwent a complete ophthalmologic examination. Molecular analyses of DNA from the patient and from an affected brother included PCR amplifica (mas) tion of exons 4, 11, 12, and 14 of the TGFBI gene and direct automated sequencing of the PCR products. Results: The affected patient showed a pattern of corneal stromal lesions that was compatible with a diagnosis of classic granular dystrophy. No involvement of other corneal layers was evident. Molecular analysis disclosed a point mutation in exon 14 of the TGFBI gene which consisted of an adenine to guanine change at nucleotide position 1924, predicting a substitution of arginine instead of histidine at residue 626 of the TGFBI protein (H626R). An identical mutation was detected in DNA from her affected brother. Conclusions: This is the first time that a case of stromal granular dystrophy has been demonstrated to be caused by the H626R mutation, a molecular defect classically detected in the phenotypically distinct lattice corneal dystrophy. Our data indicate that the same molecular defects in the TGFBI gene lead to different phenotypes in stromal dystrophies, thus expanding the genotypic-phenotypic spectrum in this group of corneal diseases.

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235

Dissociation of protamine-DNA complexes by Xenopus nucleoplasmin and minichromosome assembly in vitro

Ruíz Lara, Simón A.; Cornudella, Lluís; Rodríguez Campos, Antonio
1996-08-15

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236

Discovering semantic features in the literature: a foundation for building functional associations

Chagoyen, Mónica; Carmona-Sáez, Pedro; Shatkay, Hagit; Carazo, José M.; Pascual-Montano, Alberto

This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/41 | [Background] Experimental techniques such as DNA microarray, serial analysis of gene expression(SAGE) and mass spectrometry proteomics, among others, are generating large amounts of datarelated to genes and proteins at d...

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237

Digoxygenin-Labelled DNA-Probe: A Rapid Non-Radioactive Method for Hepatitis B Virus DNA Detection in Serum

Buti, María; Jardi, R.; Rodríguez Frías, F.; Arranz, J. A.; Casacuberta, Josep M.; San Segundo, Blanca
1991-01-01

Digital.CSIC (Spain)

238

Differentiation of microorganisms DNA amplification consists of identification of fungi by mitochondrial and yeasts by means of a colony from a cultivation plate.

Querol Simón, Amparo; López Alonso, Mª Victoria; Barrio, Eladio; Fernández Espinar, María Teresa; Ramón Vidal, Daniel
2003-06-06

Digital.CSIC (Spain)

239

Different genetic requirements for repair of replication-born double-strand breaks by sister-chromatid recombination and break-induced replication

Cortés-Ledesma, Felipe; Tous, Cristina; Aguilera, Andrés

PMCID: PMC2095809 | Homologous recombination (HR) is the major mechanism used to repair double-strand breaks (DSBs) that result from replication, but a study of repair of DSBs specifically induced during S-phase is lacking. Using an inverted-repeat assay in which a DSB is generated by the encounteri...

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242

Detection of a Salmonella enterica Serovar California Strain Spreading in Spanish Feed Mills and Genetic Characterization with DNA Microarrays

Blackmer, Felisa; Rementeria, Aitor; Vivanco, Ana Belén; Gonzalez, Iratxe; Gisakis, Vassilis; Alvarez, Juan; Porwollik, Steffen

We performed an epidemiological study on Salmonella isolated from raw plant-based feed in Spanish mills. Overall, 32 different Salmonella serovars were detected. Despite its rare occurrence in humans and animals, Salmonella enterica serovar California was found to be the predominant serovar in Spani...

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243

Detection of Genetically Modified Organisms in Foods by DNA Amplification Techniques

García-Cañas, Virginia; Cifuentes, Alejandro; González, Ramón

In this article, the different DNA amplification techniques that are being used for detecting genetically modified organisms (GMOs) in foods are examined. This study intends to provide an updated overview (including works published till June 2002) on the principal applications of such techniques tog...

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244

Detection of Genetically Modified Organisms in Foods by DNA Amplification Techniques

García-Cañas, Virginia; Cifuentes, Alejandro; González, Ramón
2004-11-01

Digital.CSIC (Spain)

245

Detection of DNA Adducts Derived from the Reactive Metabolite of Furan cis-2-Butene-1,4-dia

Byrns, Michael C.; Vu, Choua C.; Neidigh, Jonathan W.; Abad, José Luis; Jones, Roger A.; Peterson, Lisa A.
2006-02-28

Digital.CSIC (Spain)

246

Detección molecular de Dientamoeba fragilis en heces: eliminación de los inhibidores de la DNA polimerasa/ MOLECULAR DETECTION OF Dientamoeba fragilis IN FAECES: REMOVAL OF DNA- POLYMERASE INHIBITORS

MENGHI, CLAUDIA IRENE; GATTA, CLAUDIA LILIANA; MAKIYA, R; CESAR MÉNDEZ, OSCAR
2006-12-01

Resumen en español Se realizó un estudio de purificación del DNA de los trofozoitos de Dientamoeba fragilis a partir de muestras fecales humanas congeladas, no fijadas en formol, y con elevadas concentraciones de inhibidores de la DNA polimerasa. Para tal fin, se utilizaron columnas ("spin-columns") disponibles en el comercio. Esta metodología se comparó con una técnica tradicional de purificación con fenol/cloroformo. Ambos métodos fueron seguidos de la amplificación del DNA de D. (mas) fragilis por una "nested" PCR y posterior electroforesis en un gel de agarosa de los amplicones obtenidos. La extracción del DNA a partir de trofozoitos de D. fragilis - mediante el procedimiento de las columnas - produjo DNA de elevada calidad, libre de impurezas e inhibidores de la polimerasa. Por el contrario, con la técnica de fenol/cloroformo se observó la inhibición de la enzima, cuando se analizaron los productos de amplificación. Además, se confirmó que el agregado de SAF (solución de acetato de sodio - ácido acético - formol) a las muestras fecales afecta la integridad del DNA y como consecuencia impide su posterior amplificación Resumen en inglés We report an assay for the DNA purification of Dientamoeba fragilis trophozoites by means of a commercially available spin-columns technique from frozen non-formalin-fixed human stool specimens containing high concentrations of DNA -polymerase inhibitors. This method was compared with a phenol/chloroform technique; followed both of them by an amplification assay and an electrophoresis of amplicons. A nested PCR assay was developed to allow the detection of D. fragilis DNA (mas) . The DNA extraction from D. fragilis trophozoites using a fast spin-columns procedure, yielded high-quality DNA, free of impurities and enzyme inhibitors; in contrast with the phenol/chloroform technique, where inhibition was observed when the amplification products were analyzed by agarose-gel electrophoresis. Besides, the addition of SAF (sodium acetate-acetic acid-formalin) to faecal specimens, that affects the integrity of DNA and, consequently, hinders its further amplification, was confirmed

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247

Detección de variabilidad genética en aislamientos de Cercospora kikuchii contaminantes de un mismo sembradío de soja/ Detection of genetic variability in Cercospora kikuchii isolates from a single soybean field

Lurá, M. C.; Di Conza, J. A.; González, A. M.; Latorre Rapela, M. G.; Turino, L.; Ibáñez, M. M.; Iacona, V.
2007-03-01

Resumen en español El conocimiento de la epidemiología y la estructura poblacional de Cercospora kikuchii está poco desarrollado y no se han comunicado estudios al respecto en la Argentina. El objetivo de este trabajo fue seleccionar oligonucleótidos que permitan detectar variabilidad genética en aislamientos de C. kikuchii obtenidos a partir de soja proveniente de un mismo sembradío, mediante la aplicación de RAPD. Se trabajó con 6 aislamientos de C. kikuchii, 5 de ellos se obtuvier (mas) on a partir de trozos de tejido enfermo y el restante provenía de una colección de cultivos. De los 7 oligonucleótidos empleados, 5 resultaron útiles para el estudio poblacional de los aislamientos de C. kikuchii. Resumen en inglés Current knowledge about epidemiology and population structure of Cercospora kikuchii is little developed and no studies regarding this subject have been reported in Argentina. The aim of this work was to select primers to study genetic variability in C. kikuchii isolated from the same soybean field using RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA). RAPD was applied to the DNA of 5 C. kikuchii, isolated from diseased tissue of the soybean in the same field, another isolate, f (mas) rom a strain collection. Out of seven primers, five of them proved to be useful to study the population of C. kikuchii isolates.

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248

Detección de deleciones en DNA mitocondrial heteroplásmico por medio de PCR en el Síndrome de Kearns-Sayre/ PCR-based detection of heteroplasmic deleted mitochondrial DNA in Kearns-Sayre Syndrome

Ramírez-Miranda, A.; Navas-Pérez, A.; Gurria-Quintana, L.; Vargas-Ortega, J.; Murillo-Correa, C.; Zenteno, J.C.
2008-03-01

Resumen en español Objetivo: El síndrome de Kearns-Sayre (SKS) es un trastorno neuromuscular causado por defectos genéticos en el DNA mitocondrial siendo deleciones de tamaño variable la alteración mas común. Se describen las características clínicas y los resultados del análisis molecular del DNA mitocondrial en una paciente Mexicana con Síndrome de Kearns-Sayre. Métodos: Examen oftalmológico completo, caracterización fenotípica del Síndrome de Kearns-Sayre y análisis del DN (mas) A mitocondrial mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Se discuten correlaciones genotipo-fenotipo. Resultados: La paciente afectada mostró ptosis, oftalmoplejia progresiva externa cambios pigmentarios en retina periférica y bloqueo de rama derecha del haz de His. Los análisis moleculares revelaron una deleción de ~5 kb en el DNA mitocondrial además de trazas de DNA sin alteraciones indicando heteroplasmia. Conclusiones: El análisis molecular del DNA mitocondrial confirmó el diagnostico clínico de síndrome de Kearns-Sayre. La utilización de PCR, como se describe en este trabajo, es un método rápido y económico para el diagnóstico de la deleción común de 4977 pb en el síndrome de Kearns-Sayre. En estos casos, el diagnóstico por PCR evitaría procedimientos diagnósticos invasivos y traumáticos como biopsia muscular o punción lumbar. Resumen en inglés Objective: To describe the clinical data and the results of molecular analyses of the mitochondrial DNA in a patient with Kearns-Sayre Syndrome. Methods: Molecular analyses of mitochondrial DNA from the patient included PCR amplification of a region where the common Kearns- Sayre deletion is located and Genotype-Phenotype correlations are discussed. Results: The affected patient showed ptosis, progressive external ophthalmoplegia, pigmentary changes in the peripheral reti (mas) na and right bundle block. Molecular analysis disclosed a ~5kb deletion in the mitochondrial DNA and some wild type mtDNA indicating heteroplasmy. Conclusions: Molecular analysis of mitochondrial DNA confirmed the clinical diagnosis of Kearns-Sayre syndrome. PCR provides a rapid method to identify the common 4997 bp deletion in Kearns-Sayre syndrome. In such cases, PCR diagnosis could avoid invasive methods such as muscle biopsy or spinal tap.

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249

DR_SEQAN: a PC/Windows-based software to evaluate drug

Garriga, César; Menéndez-Arias, Luis

This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2334/6/44 | [Background] Genotypic assays based on DNA sequencing of part or the whole reversetranscriptase (RT)- and protease (PR)-coding regions of the human immunodeficiency virus type 1(HIV-1) genome have become part of the rout...

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250

DNA-sequence and metal-ion specificity of the formation of *H-DNA

Bernués, Jordi; Beltrán, Ramón; Casasnovas, José María; Azorín, Ferran
1990-07-25

Digital.CSIC (Spain)

251

DNA-damage response in the basidiomycete fungus Ustilago maydis relies in a sole Chk1-like kinase

Pérez-Martín, José

Article in Press | Chk1 is a protein kinase that acts as a key signal transducer within the complex network responsible of the cellular response to different DNA damages. It is a conserved element along the eukaryotic kingdom, together with a second checkpoint kinase, called Chk2/Rad53. In fact, all...

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253

DNA sequence-specific recognition by a transcriptional regulator requires indirect readout of A-tracts

Mendieta, Jesús; Pérez-Lago, Laura; Salas, Margarita; Camacho, Ana

PMCID: PMC1904284.-- The definitive version is available at: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkm180 | The bacteriophage Ø29 transcriptional regulator p4 binds to promoters of different intrinsic activities. The p4–DNA complex contains two identical protomers that make similar interactions with the tar...

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254

DNA removal from a purification process of recombinant hepatitis B surface antigen

Beldarraín Iznaga, Alejandro; Candelario Frontera, Mayda; Rodríguez Uramis, Javier; Tejera González, José Blas; Calvo Parra, Yodelis; Madruga González, Yoel
2007-01-01

Resumen en inglés We studied the capacity of an API-rHBsAg purification process to eliminate DNA contamination from yeast-host cell. Firstly, was demonstrated consistency of manufacturing purification process to remove DNA, from (3.9 ± 1.9)10(8) pg/dose in starting material to (3.4 ± 1.6) pg/dose, equivalent to 8.2 log in Active Pharmaceutical Ingredient (API), measuring DNA quantity in several unit operations along manufacturing process for twenty batches, five consecutive in 2000, 2001 (mas) , 2003 and 2005. These values for API, lower than 10 pg/dose, accomplish current WHO requirements for Hepatitis B vaccines obtaining by recombinant DNA technology (WHO, 1989; European Pharmacopoeia, 2001a). The main removal factor for manufacturing process, equivalent to 6.4-log, was reached in negative anion-exchange chromatography. Then, the capacity of immunoaffinity chromatography and positive anion-exchange chromatography to remove chromosomal DNA purified from yeast-host cell was assessed using a scaled-down chromatographic process which was shown to yield product meeting purity criteria set for the manufacturing process. Log10 reductions for DNA through the immunoaffinity chromatography and positive anion-exchange chromatography were 7.3 ± 0.1, and 5.8 ± 0.1 respectively. Overall, these studies indicate that total DNA clearance factor for API-rHBsAg manufacturing process was 19.4 log, 2.4 times higher than the real DNA contamination, indicating that API-rHBsAg manufacturing as described here have sufficient DNA reducing capacity to achieved a high margin of DNA safety

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255

DNA recombinante derivado del virus de la sharka y vector de expresión de proteínas heterólogas basado en dicho DNA recombinante

Fernández Fernández, M.ª del Rosario; López-Moya Gómez, Juan José; García Álvarez, Juan Antonio

Referencia OEPM: P9900698.-- Fecha de solicitud: 07/04/1999.-- Titular: Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). | DNA recombinante derivado del virus de la sharka y vector de expresión de proteínas heterólogas basado en dicho DNA recombinante (ver figura en archivo de texto adjunto)....

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256

DNA recombinante derivado del virus de la sharka y vector de expresión de proteínas heterólogas basado en dicho DNA recombinante

Fernández Fernández, M.ª del Rosario; López-Moya Gómez, Juan José; García Álvarez, Juan Antonio
2002-06-16

Digital.CSIC (Spain)

257

DNA polymerase mu and uses thereof

Blanco, Luis

Fecha de solicitud: 2001-03-05 -- Fecha de prioridad: 2000-03-03 -- Titulares: Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) | A novel DNA polymerase (Pol μ) and nucleic acid encoding it is provided from both human and murine sources. Human Pol μ is 494 amino acids long and has about 40 % s...

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259

DNA melting within a binary σ(54)-promoter DNA complex

Cannon, Wendy; Gallegos, María Trinidad; Buck, Martin

9 pages, 7 figures, 1 table.-- PMID: 11036081 [PubMed].-- Available online Oct 17, 2000.-- Full-text version available Open Access at the journal site. | The σ(54) subunit of the bacterial RNA polymerase requires the action of specialized enhancer-binding activators to initiate transcription. Here w...

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260

DNA melting within a binary σ(54)-promoter DNA complex

Cannon, Wendy; Gallegos, María Trinidad; Buck, Martin
2001-01-05

Digital.CSIC (Spain)

262

DNA knots reveal a chiral organization of DNA in phage capsids

Arsuaga, Javier; Vázquez, Mariel; McGuirk, Paul; Trigueros, Sonia; Summers, De Witt
2005-06-15

Digital.CSIC (Spain)

263

DNA Simulation of Genetic Algorithms: Fitness Computation

Calvino, Maria; Gomez, Nuria; Mingo, Luis

* This work has been partially supported by Spanish Project TIC2003-9319-c03-03 “Neural Networks andNetworks of Evolutionary Processors”. In this paper a computational mode is presented base on DNA molecules. This model incorporates thetheoretical simulation of the principal operations in genetic a...

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264

DNA (Cytosine-C5) methyltransferase inhibition by oligodeoxyribonucleotides containing 2-(1H)-pyrimidinone (zebularine aglycon) at the enzymatic target site

Van Bemmel, Dana M.; Brank, Adam S.; Eritja Casadellà, Ramón; Márquez, Víctor E.; Christman, Judith K.
2009-05-23

Digital.CSIC (Spain)

265

Contribution of histones H2A and H2B to the folding of nucleosomal DNA

Jordano, Juan; Montero, F.; Palacián, Enrique
1984-01-01

Digital.CSIC (Spain)

266

Composición genética de la población chilena: Distribución de polimorfismos de DNA mitocondrial en grupos originarios y en la población mixta de Santiago/ Genetic composition of the Chilean population: Analysis of mitochondrial DNA polymorphisms

Rocco P, Paola; Morales G, Carmen; Moraga V, Mauricio; Miquel P, Juan Francisco; Nervi O, Flavio; Llop R, Elena; Carvallo S, Pilar; Rothhammer E, Francisco
2002-02-01

Resumen en inglés Background: The analysis of mitochondrial DNA restriction site polymorphisms assigns most Latin American aborigines to four haplogroups. These are characterized by determined polymorphic restriction sites and a deletion of 9 base pairs in the intergenic region V. Aim: To study the distribution of mitochondrial DNA haplogroups in Chilean aboriginal groups, as well as in the mixed population of Santiago. Material and methods: One hundred twenty Aymara subjects and 23 Atacam (mas) eño subjects from the Northern part of Chile and 162 randomly chosen subjects residing in Santiago were studied. DNA was extracted from peripheral lymphocytes. Mitochondrial DNA was amplified by means of polymerase chain reaction. Results: The frequency of haplogroup B decreases from north to south. Aymaras in the north have the highest frequency (64%) and it is absent among the Yamanas (previously studied) in the extreme South. Haplogroups C and D show an inverse tendency. It is noteworthy that 84% of mitochondrial haplogroups of the mixed population of Santiago are of Amerindian origin whereas the Y-chromosomes are mainly European. Conclusions: The peculiar distribution of haplotypes indicate that the population of Santiago is the result of an asymmetric mating system in which the females ancestors were mainly Amerindian and the male ancestors mainly European (Rev Méd Chile 2002; 130: 125-31)

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267

Comportamiento de la mutación mtDNA A3243G en dos familias antioqueñas de pacientes diagnosticados con el síndrome MELAS/ Behavior of the mtDNA mutation A3243G in two antioquian families of patients with melas syndrome

Parra Marín, María Victoria; Cornejo Ochoa, Jose William; Duque Vélez, Constanza Elena; Ruíz Linares, Andrés; Bedoya Berrío, Gabriel
2010-03-01

Resumen en español Introducción: mutaciones en mtDNA causan citopatias mitocondriales, la más común de ellas es el síndrome MELAS; la transición A3243G en tRNA de leucina (tRNA Leu) se presenta en 80% de pacientes. La heteroplasmia, observada en citopatias mitocondriales, consiste en coexistencia de moléculas mutadas y normales en una célula, situación en la cual, dependiendo de su cantidad,afecta su función con expresión clínica variable. Objetivo: evaluar el comportamiento de l (mas) a cantidad de heteroplasmia de la mutación 3243G en su expresión clínica y en la dependencia de variantes nucleares. Pacientes y métodos: se buscaron mutaciones en el gen que codifica para el tRNA de leucina por secuencia y por PCR-RFLP en 34 pacientes, y se tamizó en familiares de los portadores de la mutación. Se tipificaron cuatro Specific Population Allele (SPA) en pacientes y familiares con la mutación A3243G. Resultados: se halló la mutación A3243G en el tRNA Leu en dos pacientes, luego de tamizar la mutación A3243G en ambas familias se evaluó la cantidad de mtDNA mutado (MDNA),encontrando que los casos índices de ambas familias esentaron la mayor cantidad de MDNA; en la primera familia se detectó la mutación en 15 miembros que presentaron diversos síntomas. En la segunda familia se detectó la mutación en un miembro con parálisis cerebral, en dos con migraña y en uno asintomático. Conclusiones: la severidad de los síntomas se correlaciona con la cantidad de MDNA, se encontróademás correlación entre mtDNA mutado (MDNA) y el Índice de Ancestría Amerindio en cada individuo (IAA), indicando una posible influencia del contexto nuclear amerindio en la segregación y replicación mitocondrial. Resumen en inglés Mitochondrial DNA mutations cause mitochondrial cytopathies. Among them Mitochondrial Encephalomyopathy, Lactic Acidosis, and Stroke-like episodes (MELA) is the commonest. The transition 3243A>G in the Leucine tRNA is present in 80% of the patients. Heteroplasmy is observed in mitochondrial cytopathies, characterized by the coexistence of mutant and wild type molecules in a cell. Depending on the level of heteroplasmy, function and clinical manifestations might result aff (mas) ected. Objective: To test the degree of heteroplasmy of the mutation 3243G on its expression (syntoms) and nuclear-variants dependence. Patients and methods: Mutations in the tRNA Leu gene were sought in 34 patients by sequencing and PCR-RFLP. Four SPA (specific population alleles) were typed in patients and their relatives carrying the mutation 3243A>G. Results: The mutation 3243A>G in the Leucine tRNA gene was found in two patients. This mutation was screened in their relatives and the amount of mutant DNA (MDNA) was assessed. The index cases presented with the higher amounts of MDNA in both families. In family one, the mutation was detected in 14 members, three of which presented with short stature, one with hearing loss, one with type 2 diabetes, 8 with migraine and one healthy individual. In family two the mutation was detected in one member with brain paralysis, two with migraine and one healthy individual. Conclusions: Severity of the symptoms in patients affected with MELAS is correlated with the amount of MDNA. Furthermore, it was found a correlation between MDNA and IAA, suggesting a possible effect of amerind nuclear ontext in The mitochondrial egregation and replication.

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268

Comparison of DNA binding across protein superfamilies

Contreras-Moreira, B; Sancho, J; Espinosa Angarica, V

Specific protein-DNA interactions are central to a wide group of processes in the cell and have been studied both experimentally and computationally over the years. Despite the increasing collection of protein-DNA complexes, so far only a few studies have aimed at dissecting the structural characte...

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269

Comparison of DNA binding across protein superfamilies

Contreras-Moreira, Bruno; Sancho Sanz, Javier; Espinosa Angarica, Vladimir
2009-01-01

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270

Compaction process of calf thymus DNA by mixed cationic-zwitterionic liposomes: a physicochemical study

Rodríguez-Pulido, Alberto; Aicart, Emilio; Llorca, Óscar; Junquera, Elena
2008-02-21

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271

Comment on “Direct and Real-Time Visualization of the Disassembly of a Single RecA-DNA-ATPγS Complex Using AFM Imaging in Fluid”

Van der Heijden, Thijn; Moreno-Herrero, Fernando; Kanaar, Roland; Wyman, Claire; Dekker, Cees
2006-11-11

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272

Combining microsatellite markers and capillary gel electrophoresis with laser-induced fluorescence to identify the grape (Vitis vinifera) variety of musts

Rodríguez-Plaza, P.; González, Ramón; Moreno-Arribas, M. V.; Polo, M. C.; Bravo, G.; Martínez-Zapater, José M.; Martínez Rodríguez, María del Carmen; Cifuentes, Alejandro
2006-01-31

Digital.CSIC (Spain)

273

Chloroplast DNA phylogeography reveals colonisation history of a Neotropical tree, Cedrela odorata L., in Mesoamerica.

Cavers, S.; Navarro, C.; Lowe, A. J.

Spanish Cedar (Cedrela odorata L.) is a globally important timber species which has been severely exploited in Mesoamerica for over 200 years. Using polymerase chain reaction–restriction fragment length polymorphisms, its chloroplast (cp) DNA phylogeography was studied in Mesoamerica with samples fr...

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274

Characterization of two highly similar Rad51 homologs of Physcomitrella patens

Ayora, Silvia; Piruat, José I.; Luna, Rosa; Reiss, Bernd; Russo, Vincenzo E. A.; Aguilera, Andrés; Alonso, Juan Carlos

PMID: 11829501.-- Final full-text version of the paper available at: http://www.sciencedirect.com/science/journal/00222836 | The moss Physcomitrella patens, which is a land plant with efficient homologous recombination, encodes two Rad51 proteins (PpaRad51.1 and PpaRad51.2). The PpaRad51.1 and PpaRa...

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275

Characterization of a Natural Mutator Variant of Human DNA Polymerase l which Promotes Chromosomal Instability by Compromising NHEJ

Terrados, Gloria; Gapp, Jean-Pascal; Canitrot, Yvan; Garcia-Diaz, Miguel; Bebenek, Katarzyna; Kirchhoff, Tomas; Villanueva, Alberto; Boudsocq, François; Bergoglio, Valerie; Cazaux, Christophe; Kunkel, Thomas A.; Hoffmann, Jean-Sebastien; Blanco, Luis
2009-06-10

Digital.CSIC (Spain)

276

Characterization of SpPol4, a unique X-family DNA polymerase in Schizosaccharomyces pombe

González-Barrera, Sergio; Sánchez, Arancha; Ruiz, José F.; Juárez, Raquel; Picher, Angel J.; Terrados, Gloria

As predicted by the amino acid sequence, the purified protein coded by Schizosaccharomyces pombe SPAC2F7.06c is a DNA polymerase (SpPol4) whose biochemical properties resemble those of other X family (PolX) members. Thus, this new PolX is template-dependent, polymerizes in a distributive manner, lac...

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277

Centromere-localized breaks indicate the generation of DNA damage by the mitotic spindle

Alonso Guerrero, Astrid; Cano Gamero, Mercedes; Trachana, Varvara; Fütterer, Agnes; Pacios-Bras, Cristina; Panadero Díaz-Concha, Nuria; Cigudosa, Juan Cruz; Martínez-Alonso, Carlos; Van Wely, Karel H. M.
2010-02-08

Digital.CSIC (Spain)

278

Binding of phage phi 29 architectural protein p6 to the viral genome: evidence for topological restriction of the phage linear DNA

González-Huici, Victor; Alcorlo, Martín; Salas, Margarita; Hermoso, José M.

Bacillus subtilis phage phi 29 protein p6 is required for DNA replication and promotes the switch from early to late transcription. In vivo it binds all along the viral linear DNA, which suggests a global role as an architectural protein; in contrast, binding to bacterial DNA is negligible. This spe...

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Bases moleculares del cáncer/ Molecular basis of cancer

Meza-Junco, Judith; Montaño-Loza, Aldo; Aguayo-González, Alvaro
2006-02-01

Resumen en español El cáncer comprende un grupo de enfermedades caracterizadas por proliferación autónoma de células neoplásicas que tienen varias alteraciones, incluyendo mutaciones e inestabilidad genética. Las funciones celulares son controladas por proteínas codificadas por DNA que está organizado en genes y los estudios moleculares han mostrado que el cáncer es el paradigma de una enfermedad genética adquirida. El proceso de producción de las proteínas involucra una serie d (mas) e eventos, cada uno de éstos con sus respectivas enzimas, las cuales también son codificadas por DNA y reguladas por otras proteínas. La mayoría de estos eventos puede verse afectada y eventualmente desencadenar una alteración en la cantidad o estructura proteica, que a su vez afecte la función celular. Sin embargo, mientras que la función celular puede ser alterada por disturbios de un gen, la transformación maligna requiere que ocurran dos o más anormalidades en la misma célula. Si bien, existen mecanismos responsables del mantenimiento y la reparación de DNA, su estructura básica y el orden de sus bases de nucleótidos puede mutar. Estas mutaciones pueden heredarse u ocurrir de manera esporádica y pueden presentarse en todas las células o sólo en las células tumorales. A nivel de los nucleótidos, estas mutaciones pueden ser sustituciones, adiciones o deleciones. Más adelante se discutirán varios oncogenes, incluyendo el p53, c-fms y Ras, que pueden activarse por mutaciones puntuales que originen la sustitución de aminoácidos en puntos críticos de la proteína. Este artículo examina los conceptos actuales relacionados con los mecanismos celulares causales de las alteraciones moleculares que caracterizan el desarrollo del cáncer. Resumen en inglés Cancer is a group of diseases characterized by an autonomous proliferation of neoplastia cells which have a number of alterations, including mutations and genetic instability. Cellular functions are controlled by proteins, and because these proteins are encoded by DNA organized into genes, molecular studies have shown that cancer is a paradigm of acquired genetic disease. The process of protein production involves a cascade of several different steps, each with its attend (mas) ant enzymes, which are also encoded by DNA and regulated by other proteins. Most steps in the process can be affected, eventually leading to an alteration in the amount or structure of proteins, which in turn affects cellular function. However, whereas cellular function may be altered by disturbance of one gene, malignant transformation is thought to require two or more abnormalities occurring in the same cell. Although there are mechanisms responsible for DNA maintenance and repair, the basic structure of DNA and the order of the nucleotide bases can be mutated. These mutations can be inherited or can occur sporadically, and can be present in all cells or only in the tumor cells. At the nucleotide level, these mutations can be substitutions, additions or deletions. Several of the oncogenes discussed below, including the pB3, c-fms, and Ras genes, can be activated by point mutations that lead to aminoacid substitution in critical portions of the protein. This article examines the current concepts relating to cellular mechanism that underlie the molecular alterations that characterize the development of cancer.

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281

Bases genómicas del cáncer de mama: avances hacia la medicina personalizada/ Genomic basis for breast cancer: advances in personalized medicine

Hidalgo-Miranda, Alfredo; Jiménez-Sánchez, Gerardo
2009-01-01

Resumen en español El análisis genómico del cáncer de mama ha permitido el desarrollo de nuevas herramientas de predicción de riesgo y respuesta al tratamiento en esta enfermedad. Los perfiles de expresión génica han generado una mejor clasificación de los tumores e identificado subgrupos tumorales con características clínicas particulares. También se han reconocido patrones de pérdida y ganancia de DNA y expresión de micro-RNA relacionados con la carcinogénesis mamaria, tras i (mas) dentificar nuevos blancos potenciales. Los estudios de asociación del genoma completo han identificado variantes genéticas vinculadas con un mayor riesgo a presentar esta enfermedad, lo que hará posible tomar decisiones de salud pública mejor fundamentadas. Asimismo, los avances en la tecnología de secuenciación de DNA permitirán obtener información acerca de todas las alteraciones genéticas en los tumores. En esta revisión se describe el estado que guarda la investigación genómica en el cáncer de mama, así como la transición de estos hallazgos a la práctica clínica y la creación de las bases para el desarrollo de la medicina personalizada. Resumen en inglés Genomic analysis of breast cancer has allowed the development of new tools for the prediction of recurrence and the response to treatment of this disease. Gene expression profiles allow better tumor classification, identifying tumor subgroups with particular clinical outcomes. New potential molecular targets involved in breast carcinogenesis have also been identified through the analysis of DNA copy number aberrations and microRNA expression patterns. Whole genome associa (mas) tion studies have identified genetic variants associated with a higher risk to develop this tumor, providing more information for public health decisions. Progress in DNA sequencing methods will also allow for the analysis of all the genetic alterations present in a tumor. In this review, we describe the current state of genomic research in breast cancer as well as how these findings are being translated into clinical practice, contributing to development of personalized medicine.

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282

Bases genómicas del cáncer de mama: avances hacia la medicina personalizada/ Genomic basis for breast cancer: advances in personalized medicine

Hidalgo-Miranda, Alfredo; Jiménez-Sánchez, Gerardo
2009-01-01

Resumen en español El análisis genómico del cáncer de mama ha permitido el desarrollo de nuevas herramientas de predicción de riesgo y respuesta al tratamiento en esta enfermedad. Los perfiles de expresión génica han generado una mejor clasificación de los tumores e identificado subgrupos tumorales con características clínicas particulares. También se han reconocido patrones de pérdida y ganancia de DNA y expresión de micro-RNA relacionados con la carcinogénesis mamaria, tras i (mas) dentificar nuevos blancos potenciales. Los estudios de asociación del genoma completo han identificado variantes genéticas vinculadas con un mayor riesgo a presentar esta enfermedad, lo que hará posible tomar decisiones de salud pública mejor fundamentadas. Asimismo, los avances en la tecnología de secuenciación de DNA permitirán obtener información acerca de todas las alteraciones genéticas en los tumores. En esta revisión se describe el estado que guarda la investigación genómica en el cáncer de mama, así como la transición de estos hallazgos a la práctica clínica y la creación de las bases para el desarrollo de la medicina personalizada. Resumen en inglés Genomic analysis of breast cancer has allowed the development of new tools for the prediction of recurrence and the response to treatment of this disease. Gene expression profiles allow better tumor classification, identifying tumor subgroups with particular clinical outcomes. New potential molecular targets involved in breast carcinogenesis have also been identified through the analysis of DNA copy number aberrations and microRNA expression patterns. Whole genome associa (mas) tion studies have identified genetic variants associated with a higher risk to develop this tumor, providing more information for public health decisions. Progress in DNA sequencing methods will also allow for the analysis of all the genetic alterations present in a tumor. In this review, we describe the current state of genomic research in breast cancer as well as how these findings are being translated into clinical practice, contributing to development of personalized medicine.

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Bacillus subtilis SbcC protein plays an important role in DNA inter-strand cross-link repair

Mascarenhas, Judita; Sánchez, Humberto; Tadesse, Serkalem; Kidane, Dawit; Krisnamurthy, Mahalakshmi

This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2199/7/20 | [Background] Several distinct pathways for the repair of damaged DNA exist in all cells. DNA modifications are repairedby base excision or nucleotide excision repair, while DNA double strand breaks (DSBs) can be repaired ...

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Bacillus subtilis SbcC protein plays an important role in DNA inter-strand cross-link repair

Mascarenhas, Judita; Sánchez, Humberto; Tadesse, Serkalem; Kidane, Dawit; Krisnamurthy, Mahalakshmi; Alonso, Juan Carlos; Graumann, Peter L.
2006-06-16

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Atomic force microscopy shows that vaccinia topoisomerase IB generates filaments on DNA in a cooperative fashion

Moreno-Herrero, Fernando; Holtzer, Laurent; Koster, Daniel A.; Shuman, Stewart; Dekker, Cees; Dekker, Nynke H.

9 pages, 6 figures.-- PMID: 16237128 [PubMed].-- PMCID: PMC1258176. | Type IB DNA topoisomerases cleave and rejoin one strand of the DNA duplex, allowing for the removal of supercoils generated during replication and transcription. In addition, electron microscopy of cellular and viral TopIB–DNA com...

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Atomic force microscopy shows that vaccinia topoisomerase IB generates filaments on DNA in a cooperative fashion

Moreno-Herrero, Fernando; Holtzer, Laurent; Koster, Daniel A.; Shuman, Stewart; Dekker, Cees; Dekker, Nynke H.
2005-10-19

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Asociación de niveles de lípidos y haplogrupos Amerindios de DNA mitocondrial en individuos chilenos hipercolesterolémicos tratados con Atorvastatina/ Association of serum lipid levéis and mitochondrial DNA Amerindian haplogroups in hypercholesterolemic subjects receiving atorvastatin

Lagos, Jenny; Lemus, Jessica; Sierra, Fernando; Mella, Ricardo; Fuentes, Felipe; Ocares, Gerson; Rosales, Alexy; Salazar, Luis; Durán, Daniel; Guzmán, Neftalí
2010-08-01

Resumen en español Resumen: Introducción: La respuesta terapéutica a estatuías se ve influenciada por factores como la edad, género y etnicidad. Con respecto a esto, el background genético de la población chilena es predominantemente Amerindio, definido por la presencia de haplogrupos Amerindios A, B, C y D de DNA mitocondrial (mtDNA). Así, el objetivo del estudio fue evaluar la potencial asociación entre la presencia de haplogrupos Amerindios de mtDNA y niveles de lípidos en indiv (mas) iduos chilenos hipercolesterolémicos tratados con Atorvastatina. Métodos: Un total de 42 individuos en dos centros de salud del sur de Chile fueron incluidos en el estudio. En el grupo de pacientes se evaluó la presencia de haplogrupos Amerindios de mtDNA por PCR-RFLP, además de la cuantificación de Colesterol Total, Triglicéridos, Colesterol-HDL y Colesterol-LDL, antes y después del tratamiento con Atorvastatina (10 mg/día). Resultados: El 88.1% de los sujetos presentó algún haplogrupo Amerindio, no observándose diferencias en los niveles de lípidos pre- tratamiento de acuerdo al haplogrupo. Interesantemente, individuos de haplogrupo B presentaron niveles mayores de Colesterol Total (B: 254 ± 30 mg/dl v/s C: 213 ± 48 mg/dl, D: 230 ± 50 mg/dl; p= 0.0319) y Colesterol-LDL (B: 157 ± 34 mg/dl v/s C: 118 ± 45 mg/dl, D: 135 ± 42 mg/dl; p=0.0344) post-tratamiento. Conclusiones: El haplogrupo B se asocia a niveles mayores de lípidos post-tratamiento en pacientes tratados con Atorvastatina. Estos hallazgos sugieren por primera vez, que la presencia de haplogrupo B de mtDNA determinaría una menor respuesta al tratamiento con Atorvastatina en individuos chilenos con background genético amerindio Resumen en inglés Background: Therapeutic response to statins is influenced by age, gender and ethnicity. The genetic background of the Chilean population is predominantly Amerindian, defined by the presence of mitochondrial DNA (mtDNA) Amerindian haplogroups A, B, C and D Amerindian haplogroups and serum lipid levéis in hypercholesterolemic Chilean subjects receiving atorvastatin Methods: 42 subjects from southern Chile were included. The presence of mtDNA Amerindian haplogroups was eval (mas) uated by PCR-RFLP; in addition, total cholesterol, triglycerides, HDL-cholesterol and LDL-cholesterol were measured before and after treatment with atorvastatin 10 mg/day. Aim: to evaluate a possible association of mtDNA. Ameridian haplogroups and serum lipid levels in hypercholesterolemic Chilean subjects neceiving atorvastatin. Resulte: 88.1% of subjects exhibited some Amerindian haplogroup. No relation of lipid levéis with haplogroups was observed before treatment. Interestingly, haplogroup B individuáis had higher levéis of total cholesterol compared to other haplogroups after treatment (haplogroup B : 254 ± 30 mg/dl; C : 213 ± 48 mg/dl; D : 230 ± 50 mg/dl, p=0.0319). Corresponding levéis for LDL-cholesterol after treatment in the three groups were 157 ± 34,118 ±45 and 135 ±42 mg/ di, respectively, p=0.0344. Conclusión: Compared to other haplogroups, haplogroup B is associated to higher levéis of lipids after treatment with atorvastatin. For the first time, these findings suggest that the presence of mtDNA haplogroup B determines a dimished response to atorvastatin in Chilean subjets with an Amerindian genetic background

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Arabidopsis ORC1 is a PHD-containing H3K4me3 effector that regulates transcription

Sánchez, María de la Paz; Gutiérrez Armenta, Crisanto

6 pages, 5 figures.-- Supplementary information (Suppl. figures S1-S8, tables S1-S2, 10 pages) available at: http://www.pnas.org/content/suppl/2009/01/26/0811093106.DCSupplemental/0811093106SI.pdf | Control of gene expression depends on a complex and delicate balance of various posttranslational mod...

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An HIV-1 clade C DNA prime, NYVAC boost vaccine regimen induces reliable, polyfunctional, and long-lasting T cell responses

Harari, Alexandre; Bart, Pierre-Alexandre; Stöhr, Wolfgang; Tapia, Gonzalo; García, Miguel; Medjitna-Rais, Emmanuelle

15 pages, 8 figures.-- PMID: 18195071 [PubMed].-- PMCID: PMC2234371. | The EuroVacc 02 phase I trial has evaluated the safety and immunogenicity of a prime-boost regimen comprising recombinant DNA and the poxvirus vector NYVAC, both expressing a common immunogen consisting of Env, Gag, Pol, and Nef ...

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Alternating d(GA)n DNA sequences form antiparallel stranded homoduplexes stabilized by the formation of G.A base pairs

Huertas, Dori; Bellsolell, L.; Casasnovas, José María; Coll, Miquel; Azorín, Ferran
1993-10-01

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292

Altered Hematopoiesis in Mice Lacking DNA Polymerase μ Is Due to Inefficient Double-Strand Break Repair

Lucas, Daniel; Escudero, Beatriz; Ligos, José Manuel; Segovia, Jose Carlos; Estrada, Juan Camilo; Terrados, Gloria

Polymerase mu (Polμ) is an error-prone, DNA-directed DNA polymerase that participates in non-homologous end-joining (NHEJ) repair. In vivo, Polμ deficiency results in impaired Vκ-Jκ recombination and altered somatic hypermutation and centroblast development. In Polμ−/− mice, hematopoietic developmen...

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ANALISIS DEL CARIOTIPO Y DETECCIÓN DE LOS GENES 5S y 18S/25S rDNA EN CHAETANTHERA MICROPHYLLA (CASS.) HOOK. ET ARN. (ASTERACEAE)/ KAYYOTYPE ANALYSIS AND DETECTION OF 5S AND 18S/25S rDNA GENE SEQUENCES IN CHAETANTHERA MICROPHYLLA (CASS.) HOOK. ET ARN. (ASTERACEAE)

Baeza, Carlos M; Schrader, Otto
2005-01-01

Resumen en inglés Double fluorescence in situ hybridization was used to examine the karyotype of Chaetanthera microphylla (Cass.) Hook et Arn. from Chile, including the location of 5S and 18S/25S rDNA gene sequences. The species is 2n = 24, with 8m + 4st chromosomes. Signals of 5S and 18/25S rDNA were seen in two of the 12 chromosome pairs: n° 2 and 6

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A specific loop in human DNA polymerase mu allows switching between creative and DNA-instructed synthesis

Juárez, Raquel; Ruiz, José F.; Nick McElhinny, Stephanie A.; Ramsden, Dale; Blanco, Luis

Human DNA polymerase mu (Polµ) is a family X member that has terminal transferase activity but, in spite of a non-orthodox selection of the template information, displays its maximal catalytic efficiency in DNA-templated reactions. As terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT), Polµ has a specific ...

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A specific loop in human DNA polymerase mu allows switching between creative and DNA-instructed synthesis

Juárez, Raquel; Ruiz, José F.; Nick McElhinny, Stephanie A.; Ramsden, Dale; Blanco, Luis
2006-09-08

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A positively charged residue of phi 29 DNA polymerase, highly conserved in DNA polymerases from families A and B, is involved in binding the incoming nucleotide

Truniger, Verónica; Lázaro, José M.; Esteban, Francisco J.; Blanco, Luis; Salas, Margarita

Alignment of the protein sequence of DNA-dependent DNA polymerases has allowed the definition of a new motif, lying adjacent to motif B in the direction of the N-terminus and therefore named pre-motif B. Both motifs are located in the fingers subdomain, shown to rotate towards the active site to for...

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A new connection of mRNP biogenesis and export with transcription-coupled repair

Gaillard, Hélène; Wellinger, Ralf Erik; Aguilera, Andrés

PMCID: PMC1919492 | Although DNA repair is faster in the transcribed strand of active genes, little is known about the possible contribution of mRNP biogenesis and export in transcription-coupled repair (TCR). Interestingly, mutants of THO, a transcription complex involved in maintenance of genome i...

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A highly conserved Tyrosine residue of family B DNA polymerases contributes to dictate translesion synthesis past 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine

de Vega, Miguel; Salas, Margarita

The harmfulness of 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine (8oxodG) damage resides on its dual coding potential, as it can pair with the correct dCMP (dC) or the incorrect dAMP (dA). Here, we investigate the translesional synthesis ability of family B phi 29 DNA polymerase on 8oxodG-containing templates...

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A New Root-Knot Nematode Parasitizing Sea Rocket from Spanish Mediterranean Coastal Dunes: Meloidogyne dunensis n. sp. (Nematoda: Meloidogynidae)

Palomares Rius, Juan E.; Troccoli, Alberto; Vovlas, Nicola; Liébanas, Gracia; Landa, Blanca B.; Castillo, Pablo

High infection rates of European sea rocket feeder roots by an unknown root-knot nematode were found in a coastal dune soil at Cullera (Valencia) in central eastern Spain. Morphometry, esterase and malate dehydrogenase electrophoretic phenotypes and phylogenetic trees demonstrated that this nematode...

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A DNA biosensor based on peptide nucleic acids on gold surfaces

Mateo Martí, Eva; Briones, Carlos; Pradier, C. M.; Martín Gago, José Ángel
2007-04-15

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