Sample records for CLASIFICACION DEL DNA (dna sequencing)
from WorldWideScience.org

Sample records 1 - 20 shown. Select sample records:



1

Caracterización de Klebsiella pneumoniae productora de la beta-lactamasa SHV-5, en una unidad de cuidados intensivos/ Characterization of SHV-5 beta-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae in an intensive care unit

Andrade, Verónica; Silva, Jesús; Grupo de Resistencia Bacteriana
2004-12-01

Resumen en español OBJETIVO: Caracterizar molecularmente los aislamientos de Klebsiella pneumoniae obtenidos de pacientes pediátricos y del personal de salud en la unidad de cuidados intensivos de un hospital de tercer nivel de atención en la Ciudad de México, Distrito Federal. MATERIAL Y MÉTODOS: Se analizaron 15 aislamientos de Klebsiella pneumoniae colectadas de un brote durante el mes de junio de 1996, ocho de pacientes y siete de personal del Hospital Infantil de México. Los aisla (mas) mientos fueron caracterizados por electroforesis en gel de campos pulsados (EGCP), amplificación azarosa del polimorfismo de ADN por reacción en cadena de la polimerasa (AAPD-PCR), y serotipificación, isoelectroenfoque de beta-lactamasas y secuenciación nucleotídica de productos de la reacción en cadena de la polimerasa. RESULTADOS: El serotipo predominante fue el 61 y correlacionó con los perfiles de AAPD-PCR y EGCP en 11 de los 15 aislamientos. Se identificó una clona predominante productora de SHV-5 con una alta letalidad. CONCLUSIONES: Las técnicas de biología molecular fueron herramientas muy útiles en la caracterización de la clona de K. pneumoniae identificada en pacientes y el personal hospitalario, que sugirieron una posible transmisión cruzada. Estos resultados ilustran que se debe apoyar el fortalecimiento de los programas de control para evitar la diseminación de infecciones nosocomiales en esa unidad en estudio. Resumen en inglés OBJECTIVE: To perform the molecular characterization of Klebsiella pneumoniae isolates from pediatric patients and health care workers at the intensive care unit of a tertiary care hospital in Mexico City. MATERIAL AND METHODS: Fifteen Klebsiella pneumoniae isolates collected during an outbreak in June 1996 were analyzed; eight were from patients and seven from health care workers of Mexico's Children's Hospital. Characterization of isolates was carried out by pulsed fiel (mas) d gel electrophoresis (PFGE), random amplified polymorphic DNA polymerase chain reaction (RAPD-PCR) and serotyping, beta-Lactamase isoelectric focusing (IEF), and nucleotide sequencing of PCR products. RESULTS: Serotype 61 was predominant and correlated with genomic fingerprints of RAPD and PFGE in 11 of 15 isolates. One SHV-5-producer predominant clone with a high case-fatality rate was identified. CONCLUSIONS: Molecular biology techniques are useful tools to characterize the K. pneumoniae clone isolated from patients and health care workers, suggesting potential cross-transmission. These data call for strengthening control programs to prevent dissemination of nosocomial infections in the studied hospital.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

2

Caracterización de Klebsiella pneumoniae productora de la beta-lactamasa SHV-5, en una unidad de cuidados intensivos/ Characterization of SHV-5 beta-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae in an intensive care unit

Andrade, Verónica; Silva, Jesús; Grupo de Resistencia Bacteriana
2004-12-01

Resumen en español OBJETIVO: Caracterizar molecularmente los aislamientos de Klebsiella pneumoniae obtenidos de pacientes pediátricos y del personal de salud en la unidad de cuidados intensivos de un hospital de tercer nivel de atención en la Ciudad de México, Distrito Federal. MATERIAL Y MÉTODOS: Se analizaron 15 aislamientos de Klebsiella pneumoniae colectadas de un brote durante el mes de junio de 1996, ocho de pacientes y siete de personal del Hospital Infantil de México. Los aisla (mas) mientos fueron caracterizados por electroforesis en gel de campos pulsados (EGCP), amplificación azarosa del polimorfismo de ADN por reacción en cadena de la polimerasa (AAPD-PCR), y serotipificación, isoelectroenfoque de beta-lactamasas y secuenciación nucleotídica de productos de la reacción en cadena de la polimerasa. RESULTADOS: El serotipo predominante fue el 61 y correlacionó con los perfiles de AAPD-PCR y EGCP en 11 de los 15 aislamientos. Se identificó una clona predominante productora de SHV-5 con una alta letalidad. CONCLUSIONES: Las técnicas de biología molecular fueron herramientas muy útiles en la caracterización de la clona de K. pneumoniae identificada en pacientes y el personal hospitalario, que sugirieron una posible transmisión cruzada. Estos resultados ilustran que se debe apoyar el fortalecimiento de los programas de control para evitar la diseminación de infecciones nosocomiales en esa unidad en estudio. Resumen en inglés OBJECTIVE: To perform the molecular characterization of Klebsiella pneumoniae isolates from pediatric patients and health care workers at the intensive care unit of a tertiary care hospital in Mexico City. MATERIAL AND METHODS: Fifteen Klebsiella pneumoniae isolates collected during an outbreak in June 1996 were analyzed; eight were from patients and seven from health care workers of Mexico's Children's Hospital. Characterization of isolates was carried out by pulsed fiel (mas) d gel electrophoresis (PFGE), random amplified polymorphic DNA polymerase chain reaction (RAPD-PCR) and serotyping, beta-Lactamase isoelectric focusing (IEF), and nucleotide sequencing of PCR products. RESULTS: Serotype 61 was predominant and correlated with genomic fingerprints of RAPD and PFGE in 11 of 15 isolates. One SHV-5-producer predominant clone with a high case-fatality rate was identified. CONCLUSIONS: Molecular biology techniques are useful tools to characterize the K. pneumoniae clone isolated from patients and health care workers, suggesting potential cross-transmission. These data call for strengthening control programs to prevent dissemination of nosocomial infections in the studied hospital.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

3

Identificación de una secuencia de ADN genómico de Leishmania especifica del subgénero Leishmania/ Identification of a genomic DNA sequence of Leishmania, specific of Leishmania subgenus

Orué, Andrea; De Abreu, Nancy Y; Martínez, Clara; Mendoza-León, Alexis
2008-06-01

Resumen en español Leishmania es el agente causante de la compleja enfermedad conocida como leishmaniasis. Las distintas especies de este parásito protozoario se encuentran agrupadas en dos subgéneros, Viannia y Leishmania, de acuerdo a su desarrollo en el mosquito vector. Un ensayo de PCR, β500-PCR, específico del subgénero Viannia, ha sido desarrollado utilizando la secuencia de ADN genómico denominada β500. En este trabajo se presenta el aislamiento e identificación de un (mas) a secuencia genómica de 280 pb, L280, a partir del ADN genómico de Leishmania (Leishmania) mexicana luego de aplicar el ensayo β500-PCR en condiciones de baja rigurosidad. La secuenciación parcial de L280 permitió diseñar un ensayo de PCR (L280-PCR) que generó un producto de amplificación de 260 pb, en distintas condiciones de rigurosidad, cuando se utilizó el ADN genómico de distintas especies pertenecientes al subgénero Leishmania. El ensayo L280-PCR resultó negativo para el ADN genómico de distintas especies del subgénero Viannia al igual que para el ADN de otros organismos kinetoplastidos o humano. Los resultados sugieren que el ensayo L280-PCR es específico del subgénero Leishmania. Resumen en inglés Leishmania is the causal agent of the leishmaniasis disease. The different species of this protozoa parasite are grouped in two subgenera, Viannia and Leishmania, according to their development in the sandfly vector. A specific PCR assay, β500-PCR, has been developed for the Viannia subgenus using the genomic β500 DNA sequence. In the present work we present the isolation and identification of a genomic sequence of 280 bp, L280, obtained from genomic DNA of Leis (mas) hmania (Leishmania) mexicana after application of the β500-PCR assay at low stringency. After partial sequencing of L280 a PCR assay was generated, L280-PCR, this yielded a product of 260 bp at different conditions of stringency, when genomic DNA of different species of Leishmania subgenus was used. The L280-PCR assay was negative to genomic DNA of species belonging to the Viannia subgenus and also to other kinetoplastid organisms and human. The results suggest specificity of the L280-PCR assay for the Leishmania subgenus.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

4

Corrosivity of H2S-producing bacteria isolated from formation waters used in secondary crude-oil recovery/ Corrosividad de bacterias productoras de H2S aisladas de aguas de formación utilizadas en la recuperación secundaria de crudo

Duque, Zoilabet; Chicote, Eduardo; Sarró, M. Isabel; Moreno, Diego A; de Romero, Matilde F; Pérez, Orlando A
2004-08-01

Resumen en español La industria petrolera en sus sistemas de inyección de agua para la recuperación secundaria de crudo ha presentado problemas de Corrosión Microbiana asociados con la presencia de Bacterias Reductoras de Sulfato (BRS), productoras de H2S; lo cual es considerado por diferentes investigadores como el principal causante de los problemas de corrosión bacteriana en los sistemas de distribución y almacenamiento de aguas naturales. Ante lo anteriormente planteado y dado que (mas) en los tratamientos y controles microbiológicos actuales generalmente no son considerados otros grupos bacterianos, resulta significativo investigar la presencia de microorganismos anaerobios productores de este metabolito agresivo o de sus derivados en los sistemas de inyección de agua. En este artículo se reporta la evaluación de la actividad y corrosividad de una cepa BRS y otra No-BRS aisladas de un sistema de inyección e identificadas por secuenciación del ADN como Desulfovibrio termitidis (BRS) y Escherichia coli (No-BRS). Los resultados establecen una significativa diferencia de actividad en los medios selectivos seleccionados. Principalmente, la generación de sulfuro por el proceso desasimilatorio del sulfato es mucho mayor que la del grupo que lo genera por vía fermentativa, al igual que la corrosividad sobre acero al carbono API 5L grado X65 determinada por los potenciales de corrosión, resistencia de polarización y pérdida de peso durante 60 horas de evaluación en medios selectivos sin sales ferrosas. No obstante, la evaluación por microscopía electrónica de barrido indicó el desarrollo de biopelículas y ataques localizados en el acero por ambas bacterias, lo cual confirma la necesidad de indagar la participación de estos grupos anaerobios No-BRS y su consideración a efectos de realizar un mejor control de la corrosión bacteriana. Resumen en inglés There have been problems in the water-injection systems of the oil industry due to Microbiologically Induced Corrosion (MIC), associated with the presence of Sulphate-Reducing Bacteria (SRB), which produce H2S. Several investigators consider that this is the principal cause of bacterial corrosion in natural-water storage and distribution systems. Given the fact that other groups of bacteria are not considered in current microbiological treatments and controls, it would be (mas) useful to investigate the presence of other anaerobic microorganisms that produce this aggressive metabolite or its derivatives in water-injection systems. This article reports on SRB and Non-SRB strains isolated from injection systems and identified by DNA sequencing, among them, Desulfovibrio termitidis (SRB) and Escherichia coli (Non-SRB). Evaluation of the activity and corrosivity of the two types of bacteria indicated that there was a significant difference in activity in the selective media, mainly that sulphide generation by the sulphate dissimilation process is much greater than that of the group that generates it by fermentation, as well as corrosivity on the carbon steel API 5L grade X65, as determined by open circuit potential, polarization resistance and weight loss during 60 hours’ evaluation in selective media with no ferrous salts. Nevertheless, Scanning Electron Microscopy indicated biofilm development and localized attacks on the steel by both types of bacteria, which confirms the need for investigating and considering the role of these Non-SRB anaerobic groups so as to exercise better control over bacterial corrosion.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

5

Clonaje de la proteína de choque térmico de 20 kDa de Leishmania amazonensis/ Cloning of 20 kDa heat shock protein of Leishmania amazonensis

Montalvo Álvarez, Ana Margarita; Folgueira Fernández, Cristina; Requena Rolanía, José María
2009-08-01

Resumen en español INTRODUCCIÓN: la inducción de las proteínas de choque térmico constituyen un mecanismo homeostático que protege a las células del efecto destructivo del calor u otras condiciones de estrés ambiental, paralelamente, ellas cumplen importantes funciones celulares. La proteína de choque térmico de 20 kDa se reportó recientemente en Leishmania amazonensis. OBJETIVO: describir la metodología utilizada para realizar el clonaje de las proteínas de choque térmico, lo (mas) que permitió acometer estudios de algunas propiedades biológicas. MÉTODOS: la región codificante del gen hsp20 se amplificó mediante la reacción en cadena de la polimerasa con cebadores adecuados. El producto amplificado se clonó inicialmente en el vector pCR2.1 (Invitrogen) y después en el vector de expresión en procariotas pET-28b (Novagen), para obtener proteína recombinante. De manera paralela, el mismo fragmento se clonó en el vector de expresión en eucariotas pcDNA3 (Invitrogen) para obtener un posible preparado vacunal de ADN. Se realizó la secuenciación nucleotídica de los clones obtenidos, con la finalidad de verificar su fidelidad. RESULTADOS: se obtuvieron plásmidos recombinantes que codifican la HSP20 de Leishmania, y permiten la obtención de proteína recombinante y de ADN en forma masiva. CONCLUSIONES: ambos plásmidos fueron útiles para estudiar algunas de las propiedades biológicas de esta proteína. Este acercamiento puede ser de interés en otros trabajos de esta índole y constituir una guía metodológica. Resumen en inglés INTRODUCTION: the induction of heat shock proteins is a homeostatic mechanism that protects cells from the deleterious effects of thermal and other environmental stresses. In addition, they have important cell functions. The 20kDa heat shock protein in Leishmania amazonensis was recently reported. OBJECTIVE: to describe the methodology used for cloning of heat shock proteins, which allowed the study of some biological properties. METHODS: the hsp20 gene coding region was (mas) amplified by polymerase chain reaction using adequate primers. The amplified product was initially cloned in pCR2.1 vector (Invitrogen) and then in pET-28b vector (Novagen), to obtain recombinant protein. The same fragment was cloned also in the eukariote expression vector pcDNA3 (Invitrogen). The nucleotidic sequencing of the different clones was made, in order to verify their fidelity. RESULTS: the recombinant plasmids that encode HSP20 protein in Leishmania and allow obtaining massively recombinant protein and DNA were produced. CONCLUSIONS: both plasmids were useful to study some of the biological properties of this protein. This approach could be useful for similar research and represent a suitable methodological guideline.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

6

Secuenciación de un fragmento de ADNc homólogo a interleucina-1 alfa humana derivado de leucocitos de armadillo (Dasypus novemcinctus)/ Sequencing of an armadillo (Dasypus novemcinctus) leukocyte-derived cDNA fragment homolog to human interleukin-1 alpha

Flores-Medina, Saúl; Díaz-García, Francisco J.; Guerra-Infante, Fernando M.
2008-09-01

Resumen en español Se realizó detección del ARN mensajero (ARNm) mediante un ensayo de transcripción reversa acoplada a la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) específico para la detección de Interleucina-1 alfa humana en leucocitos de armadillo estimulados con acetato de forbol miristato (PMA, por su siglas en inglés); esta estrategia permitió amplificar un fragmento de ADN de 491 pares de bases. Adicionalmente, la secuencia mostró alta homología nucleotídica con las sec (mas) uencias de ADNc humano (99%), mono (93%), cerdo (82%), caballo (81%) y llama (81%), mientras que la secuencia deducida de aminoácidos fue compatible con el precursor de la proteína IL-1a humana. Estos resultados sugieren presencia del gen de interleucina-1 en el genoma del armadillo; sin embargo, es necesario caracterizar la secuencia completa del gen y comprobar la funcionalidad de la proteína traducida para dilucidar los mecanismos de la respuesta inmune del armadillo contra Mycobacterium leprae. Resumen en inglés Messenger RNA (RNAm) detection was done by a reverse-transcription assay coupled to the polymerase chain reaction (RT-PCR) specific for human interleukin-1 alpha on armadillo leukocytes stimulated with phorbol myristate acetate (PMA). This strategy allowed amplifying a DNA fragment of 491 bp. Furthermore, the sequence showed high nucleotide homology with the human (99%), monkey (93%), pig (82%), horse (81%) and llama (81%) cDNA. Meanwhile, the deduced amino acid sequence (mas) was compatible with the precursor of the human interleukin-1 alpha. These results suggest the presence of the interleukin-1 gene in the armadillo genome. However, it is necessary to characterize the complete sequence of the gene and prove the functionality of the translated protein to clarify the immune response mechanisms in the armadillo against Mycobacterium leprae.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

7

Guerra Civil Española (1936-1939): identificación de restos humanos procedentes de fosas comunes en Cataluña mediante análisis de ADN Mitocondrial. A propósito de un caso/ Spanish Civil War (1936-1939): identification of human remains from mass graves in Catalonia using mitochondrial DNA analysis. A case report

Crespillo, M.; Paredes, M.; Arimany, J.; Guerrero, L.; Valverde, JL.
2004-10-01

Resumen en español La identificación de personas desaparecidas durante la Guerra Civil española se ha convertido en un tema de interés social. El presente trabajo describe la identificación del primer cadáver exhumado en Cataluña procedente de una fosa común de la guerra civil. Como técnicas confirmativas a la metodología clásica empleada en la identificación de restos humanos (antropométricas, fórmula del análisis dental...) la ciencia forense encuentra en el análisis del AD (mas) N una herramienta útil. La identificación se llevó a cabo analizando la región de control del ADN mitocondrial debido a la antigüedad de los restos humanos (aproximadamente 65 años) y a que la única muestra de referencia disponible procedía de un lejano pariente materno (sobrina). Los productos de secuenciación fueron analizados utilizando un ABI PRISM 310 (AB). Tras cumplir con todos los requisitos de aceptación de las secuencias y descartada la posible presencia de contaminaciones eventuales, se observó una total coincidencia entre las secuencias del ADNmt del fémur y la muestra de referencia aportada por el familiar. La secuencia obtenida era 16298C, 263G, 315.1C y después de consultar una base de datos de 2192 individuos caucásicos esta secuencia fue observada una vez, de modo que la frecuencia de esta secuencia es de 0.0013. Los resultados obtenidos apoyan el hecho de que cuando los análisis convencionales de ADN nuclear son inviables el análisis de ADNmt se convierte en una útil y poderosa herramienta. Resumen en inglés The identification of missing people during the Spanish civil war has become a subject of social interest. The present work describes the identification of the first corpse from a mass grave exhumed in Catalonia. As confirmatory technique to the classic methodology used in the identification of human skeletal remains (anthropometrics, dental charts...) forensic science finds in the DNA analysis an useful tool. The identification was carried out analyzing the control regio (mas) n of mitochondrial DNA due to the antiquity of the human remains (approximately 65 years) and because the only available sample of reference came from a distant maternal relative (niece). The sequencing products were analyzed using the genetic analyzer ABI PRISM 310 (AB). After fulfilling all the requirements of acceptance of the sequences and eliminated the possible presence of contaminations, a match was observed between the mtDNA sequences obtained for both samples, femur and the sample of reference contributed by the relative. The obtained sequence was 16298C, 263G, 315.1C and only one ocurrence of this sequence was observed in a database of 2192 Caucasian individuals (frequency 0,0013). The obtained results support the fact that when conventional nuclear DNA typing is not possible the analysis of mtDNA becomes an useful and powerful tool.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

8

Código de barras del ADN y sus posibles aplicaciones en el campo de la Entomología/ DNA barcoding and its possible applications to the field of Entomology

Lanteri, Analía A.
2007-12-01

Resumen en español En este artículo se abordan algunos aspectos de la controversia sobre la iniciativa «Código de barras del ADN», y se hace hincapié en sus potenciales aplicaciones en Entomología. Esta iniciativa propone emplear información dentro de una misma región génica (gen mitocondrial de la Citocromo c Oxidasa I = COI), en todas las especies vivientes y con condiciones de secuenciación universalmente aceptadas y estandarizadas. En la actualidad, no pretende sustituir la ta (mas) xonomía alfa y la filogenia sino agilizar las tareas de identificación, especialmente en el campo de la Biomedicina (identificación de patógenos, parásitos y vectores), el control de plagas (intercepción de especies invasoras, cualquiera sea su estado de desarrollo ontogenético) y los estudios sobre conservación de la biodiversidad. Para arribar a una correcta delimitación de las especies biológicas es preciso contar con las secuencias de COI de numerosos individuos a lo largo de todo su rango geográfico y además, secuencias de genes nucleares e información morfológica y biológica detallada. Las «Unidades Evolutivas Significativas», identificadas sobre la base del «código de barras», podrían corresponder tanto a morfoespecies como a especies crípticas y a subespecies o linajes con diferentes preferencias de huéspedes. La integración del «código de barras del ADN», el trabajo de campo, las colecciones de museos y la investigación científica resultan imprescindibles para que esta herramienta redunde en avances significativos en el campo de la Sistemática Entomológica. Resumen en inglés This article deals with some of the most controversial issues of the DNA barcode initiative, focusing on its potential applications to Entomology. The barcoding proposes using information within the same gene region (Cytocrome c Oxidase I= COI mitochondrial gene), in all living species and under standard conditions of sequencing. At present, it does not attempt to replace alpha taxonomy or phylogeny, but to accelerate the task of identification, particularly, in the field (mas) s of Biomedicine (identification of pathogens, parasites and vectors), Pest Control (interception of all ontogenetic stages of alien invasive insects) and studies on Biodiversity Conservation. For an accurate delimitation of biological species, it is necessary to undertake exhaustive sampling of COI sequences along their geographical range, as well as to sequence nuclear genes, and to accomplish detailed morphological and biological information. The «Evolutionary Significant Units» based on «DNA barcoding» might correspond to morphospecies, cryptic species, subspecies or lineages with different host preferences. The integration of «DNA barcode», field work, collections of museums and scientific research are essential for this tool to make a fruitful impact on the field of Systematic Entomology.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

9

Utilidad en la combinación de oligonucleótidos universales para la detección del virus del papiloma humano en cáncer cervicouterino y lesiones premalignas/ Usefulness of combining universal oligonucleotides in detecting human papillomavirus in cervical cancer and premalignant lesions

Carrillo, Adela; Mohar, Alejandro; Meneses, Abelardo; Frías-Mendivil, Mauricio; Solorza, Gilberto; Lizano, Marcela
2004-02-01

Resumen en español OBJETIVO: Determinar la frecuencia y distribución del virus del papiloma humano en los diferentes estadios que conforman la historia natural del cáncer cérvico uterino, y optimizar la detección mediante el uso de diferentes oligonucleótidos universales. MATERIAL Y MÉTODOS: Se trata de un estudio transversal, descriptivo, en el que las muestras fueron colectadas durante enero a diciembre de 1999. El procesamiento de las muestras y el análisis de los datos se realiza (mas) ron en el Instituto Nacional de Cancerología en la Ciudad de México. Se hizo análisis comparativo con t de Student para valores continuos y con ji cuadrada para proporciones, y análisis de concordancia entre biopsia y exudado cervical con la prueba estadística de Kappa. Para la detección del virus se utilizó la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) con oligonucleótidos universales los cuales reconocen diferentes regiones del gen L1 (MY09/11; GP5/6; L1C1/2), y oligonucleótidos específicos para el VPH 16 y el VPH 18, así como secuenciación directa de los productos de la PCR. RESULTADOS: Se analizaron 154 muestras: 65 (42.2%) citologías normales, 45 (29.2%) lesiones de alto y bajo grado, y 44 (28.6%) de cáncer invasor. El VPH fue detectado en 95.5% de los casos de cáncer invasor, en 91.6% de lesiones de alto grado, en 66.7% de lesiones de bajo grado y en 23.1% de citologías normales, por la PCR con al menos uno de los juegos de oligonucleótidos utilizados. La detección fue más eficiente en las muestras obtenidas por biopsia que en los exudados cervicovaginales. El porcentaje total de detección del VPH con un juego de oligonucleótidos universales (37.6%) aumentó sustancialmente (60.4%) al combinarlo con otros dos juegos de oligonucleótidos universales. CONCLUSIONES: La presencia del VPH de alto riesgo es elevada inclusive en mujeres con epitelios cervicales con diagnóstico citológico normal. La detección del VPH mejora al utilizar distintos juegos de oligonucleótidos universales que reconocen la región L1 del VPH. Con una adecuada toma de muestra, el análisis para detección de ADN en exudado cérvico-vaginal es una buena alternativa de diagnóstico del VPH. Resumen en inglés OBJECTIVE: To determine the prevalence of human papillomavirus (HPV) infection at different stages of the natural history of cervical cancer. Also, to optimize its detection by means of different sets of general primers. MATERIAL AND METHODS: A descriptive, cross-sectional study was conducted between January and December 1999. Samples were processed and analyzed at the Instituto Nacional de Cancerología (National Cancerology Institute) in Mexico City. A comparative analy (mas) sis was performed using Student's t for continuous values and the chi-squared test for proportions. A contingency analysis was made between biopsy and cervical exudates with the Kappa statistic. HPV detection was done by PCR with general primers which recognize different regions of the L1 gene (MY09/11; GP5/6; L1C1/2) and with HPV16- and HPV18- specific primers, as well as direct sequencing of PCR products. RESULTS: In total, 154 samples were analyzed: 65 (42.2%) of them showed normal cytology; 45 (29.2%) high and low grade lesions; and 44 (28.6%) invasive cervical cancer. HPV was detected in 95.5% of invasive cervical cancers, in 91.6% of high grade lesions, in 66.7% of low grade lesions, and in 23.1% of normal smears, by PCR with at least one set of oligonucleotide primers. HPV detection was more efficient in biopsy specimens than in cervical scrapes. The total percentage of HPV detection us ing only one set of universal oligonucleotides (37.6%)increased to 60.4% when the other two sets of universal oligonucleotides were used. CONCLUSIONS:The frequency of high risk HPV is high even in women with reported normal cytology. HPV detection improves when different sets of general primers directed to the L1 region are used. HPV DNA screening in cervical scrapes may be a good alternative HPV diagnostic tool when the samples are appropriately taken.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

10

Utilidad en la combinación de oligonucleótidos universales para la detección del virus del papiloma humano en cáncer cervicouterino y lesiones premalignas/ Usefulness of combining universal oligonucleotides in detecting human papillomavirus in cervical cancer and premalignant lesions

Carrillo, Adela; Mohar, Alejandro; Meneses, Abelardo; Frías-Mendivil, Mauricio; Solorza, Gilberto; Lizano, Marcela
2004-02-01

Resumen en español OBJETIVO: Determinar la frecuencia y distribución del virus del papiloma humano en los diferentes estadios que conforman la historia natural del cáncer cérvico uterino, y optimizar la detección mediante el uso de diferentes oligonucleótidos universales. MATERIAL Y MÉTODOS: Se trata de un estudio transversal, descriptivo, en el que las muestras fueron colectadas durante enero a diciembre de 1999. El procesamiento de las muestras y el análisis de los datos se realiza (mas) ron en el Instituto Nacional de Cancerología en la Ciudad de México. Se hizo análisis comparativo con t de Student para valores continuos y con ji cuadrada para proporciones, y análisis de concordancia entre biopsia y exudado cervical con la prueba estadística de Kappa. Para la detección del virus se utilizó la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) con oligonucleótidos universales los cuales reconocen diferentes regiones del gen L1 (MY09/11; GP5/6; L1C1/2), y oligonucleótidos específicos para el VPH 16 y el VPH 18, así como secuenciación directa de los productos de la PCR. RESULTADOS: Se analizaron 154 muestras: 65 (42.2%) citologías normales, 45 (29.2%) lesiones de alto y bajo grado, y 44 (28.6%) de cáncer invasor. El VPH fue detectado en 95.5% de los casos de cáncer invasor, en 91.6% de lesiones de alto grado, en 66.7% de lesiones de bajo grado y en 23.1% de citologías normales, por la PCR con al menos uno de los juegos de oligonucleótidos utilizados. La detección fue más eficiente en las muestras obtenidas por biopsia que en los exudados cervicovaginales. El porcentaje total de detección del VPH con un juego de oligonucleótidos universales (37.6%) aumentó sustancialmente (60.4%) al combinarlo con otros dos juegos de oligonucleótidos universales. CONCLUSIONES: La presencia del VPH de alto riesgo es elevada inclusive en mujeres con epitelios cervicales con diagnóstico citológico normal. La detección del VPH mejora al utilizar distintos juegos de oligonucleótidos universales que reconocen la región L1 del VPH. Con una adecuada toma de muestra, el análisis para detección de ADN en exudado cérvico-vaginal es una buena alternativa de diagnóstico del VPH. Resumen en inglés OBJECTIVE: To determine the prevalence of human papillomavirus (HPV) infection at different stages of the natural history of cervical cancer. Also, to optimize its detection by means of different sets of general primers. MATERIAL AND METHODS: A descriptive, cross-sectional study was conducted between January and December 1999. Samples were processed and analyzed at the Instituto Nacional de Cancerología (National Cancerology Institute) in Mexico City. A comparative analy (mas) sis was performed using Student's t for continuous values and the chi-squared test for proportions. A contingency analysis was made between biopsy and cervical exudates with the Kappa statistic. HPV detection was done by PCR with general primers which recognize different regions of the L1 gene (MY09/11; GP5/6; L1C1/2) and with HPV16- and HPV18- specific primers, as well as direct sequencing of PCR products. RESULTS: In total, 154 samples were analyzed: 65 (42.2%) of them showed normal cytology; 45 (29.2%) high and low grade lesions; and 44 (28.6%) invasive cervical cancer. HPV was detected in 95.5% of invasive cervical cancers, in 91.6% of high grade lesions, in 66.7% of low grade lesions, and in 23.1% of normal smears, by PCR with at least one set of oligonucleotide primers. HPV detection was more efficient in biopsy specimens than in cervical scrapes. The total percentage of HPV detection us ing only one set of universal oligonucleotides (37.6%)increased to 60.4% when the other two sets of universal oligonucleotides were used. CONCLUSIONS:The frequency of high risk HPV is high even in women with reported normal cytology. HPV detection improves when different sets of general primers directed to the L1 region are used. HPV DNA screening in cervical scrapes may be a good alternative HPV diagnostic tool when the samples are appropriately taken.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

11

DIVERSIDAD GENÉTICA DE Peronospora sparsa (PERONOSPORACEAE) EN CULTIVOS DE ROSA DE COLOMBIA/ Genetic Diversity of Peronospora sparsa (Peronosporaceae) on Rose Crops From Colombia

AYALA-VÁSQUEZ, MARILUZ; ARGEL-ROLDAN, LUZ EDITH; JARAMILLO-VILLEGAS, SONIA; MARÍN-MONTOYA, MAURICIO
2008-04-01

Resumen en español El mildeo velloso de la rosa es la enfermedad más limitante de este cultivo en Colombia . Aunque algunos trabajos de investigación se han adelantado recientemente sobre la epidemiología de esta enfermedad, uno de los campos menos estudiados es el nivel de variabilidad de su agente causal. El conocimiento de este aspecto es fundamental para definir las estrategias de manejo, especialmente aquellas relacionadas con la resistencia genética y el control químico. Los obje (mas) tivos de esta investigación fueron confirmar la identidad taxonómica del agente causal del mildeo velloso de la rosa y profundizar en el conocimiento de su estructura poblacional en Colombia . Para esto se colectaron 34 aislamientos del pseudohongo en cultivos de rosas ubicados en Antioquia y la sabana de Bogotá y se extrajo su ADN, para proceder a la amplificación mediante PCR de la región ITS del ADNr utilizando los primers especieespecíficos PS3 y PS1. Dichos productos se emplearon tanto para su secuenciación directa como para la evaluación de variabilidad genética mediante la técnica PCRRFLP, resultados que se complementaron con la utilización de los marcadores RAPD y RAMS. La presencia de un amplicón de aproximadamente 700 pb que compartió un porcentaje de identidad del 100% con secuencias depositadas en el GenBank, permitió confirmar a los aislamientos como pertenecientes a Peronospora sparsa, mientras que el análisis de RFLP, RAPD y RAMS indicó un muy bajo nivel de variabilidad entre todos los aislamientos, concluyéndose que la población de P. sparsa en Colombia es predominantemente clonal. Resumen en inglés Downy mildew of roses is the most restrictive disease of this crop in Colombia . Although some studies have been carried out on the epidemiology of this disease, one of the fields less studied is the level of variability of its causal agent. The knowledge of this aspect is fundamental to define management strategies, especially those related with the genetic resistance and the chemical control. The objectives of this research were to confirm the taxonomic identity of the (mas) causal agent of downy mildew of rose and to deepen in the knowledge of their population structure in Colombia. Thirtyfour isolates of the pseudofungi were collected in rose crops located in Antioquia and the Savanna of Bogota and their DNA was extracted to amplify by PCR the ITS region of the DNAr using the species-specific primers PS3 and PS1. The products were used for their direct sequencing and to evaluate genetic variability by PCR-RFLP. Additionally the study was complemented throught RAPD and RAMS markers. Presence of a band of approximately 700 pb that shared a percentage of identity of 100% with sequences deposited in the GenBank, allowed to confirm the identity of the isolates as belonging to Peronospora sparsa, while the analysis of RFLP, RAPD and RAMS indicated a very low level of variability among all the isolates, concluding that the population of P. sparsa in Colombia is predominantly clonal.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

12

Medicina genómica: Aplicaciones del polimorfismo de un nucleótido y micromatrices de ADN/ Genomic Medicine: Polymorphisms and microarray applications

Spalvieri, Monica P.; Rotenberg, Rosa G.
2004-12-01

Resumen en español Esta actualización tiene por objeto difundir un nuevo enfoque de las variaciones del ADN entre individuos y comentar las nuevas tecnologías para su detección. La secuenciación total del genoma humano es el comienzo para conocer la diversidad genética. La unidad de medida reconocida de esta variabilidad es el polimorfismo de un solo nucleótido (single nucleotide polymorphism o SNP). El estudio de los SNPs está restringido a la investigación pero las numerosas publi (mas) caciones sobre el tema hacen vislumbrar su entrada en la práctica clínica. Se presentan ejemplos del uso de SNPs como marcadores moleculares en la genotipificación étnica, la expresión génica de enfermedades y como potenciales blancos farmacológicos. Se comenta la técnica de las matrices (arrays) que facilita el estudio de múltiples secuencias de genes mediante chips de diseño específico. Los métodos convencionales analizan hasta un máximo de 20 genes, mientras que una sola micromatriz provee información sobre decenas de miles de genes simultáneamente con una genotipificación rápida y exacta. Los avances de la biotecnología permitirán conocer, además de la secuencia de cada gen, la frecuencia y ubicación exacta de los SNPs y su influencia en los comportamientos celulares. Si bien la validez de los resultados y la eficiencia de las micromatrices son aún controvertidos, el conocimiento y caracterización del perfil genético de un paciente impulsará seguramente un cambio radical en la prevención, diagnóstico, pronóstico y tratamiento de las enfermedades humanas. Resumen en inglés This update shows new concepts related to the significance of DNA variations among individuals, as well as to their detection by using a new technology. The sequencing of the human genome is only the beginning of what will enable us to understand genetic diversity. The unit of DNA variability is the polymorphism of a single nucleotide (SNP). At present, studies on SNPs are restricted to basic research but the large number of papers on this subject makes feasible their ent (mas) rance into clinical practice. We illustrate here the use of SNPs as molecular markers in ethnical genotyping, gene expression in some diseases and as potential targets in pharmacological response, and also introduce the technology of arrays. Microarrays experiments allow the quantification and comparison of gene expression on a large scale, at the same time, by using special chips and array designs. Conventional methods provide data from up to 20 genes, while a single microarray may provide information about thousands of them simultaneously, leading to a more rapid and accurate genotyping. Biotechnology improvements will facilitate our knowledge of each gene sequence, the frequency and exact location of SNPs and their influence on cellular behavior. Although experimental efficiency and validity of results from microarrays are still controversial, the knowledge and characterization of a patient's genetic profile will lead, undoubtedly, to advances in prevention, diagnosis, prognosis and treatment of human diseases.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

13

Importancia de los estudios de biología molecular en el asesoramiento genético de familias argentinas con retinoblastoma/ The relevance of molecular biology studies in the genetic counselling of argentine retinoblastoma families

Parma, D.L.; Dalamon, V.K.; Fernández, C.; Szijan, I.; Damel, A.
2009-11-01

Resumen en español Objetivo: Evaluar la importancia de la detección de mutaciones del gen RB1 en el asesoramiento genético de las familias argentinas con retinoblastoma. Métodos: Se incluyeron en este estudio 34 familias argentinas con Retinoblastoma (Rb) bilateral y unilateral. Se analizaron 130 muestras de ADN de leucocitos, tumores y vellosidades coriónicas, por ensayos de Biología Molecular indirectos y directos, como Southern blot, segregación de los polimorfismos BamHI, Rbi4, Xb (mas) aI y Rb 1.20 (PCR-RFLP, PCR-STR), PCR-heteroduplex y secuenciación del gen RB1. Resultados: El análisis molecular fue informativo en 18 familias de las 34 incluidas en el estudio (53%), el 56% con Rb bilateral y el 44% con Rb unilateral. Se contó con muestras de ADN tumoral de 11 pacientes que se estudiaron para detectar pérdida de heterocigosidad (LOH), que posibilitó identificar el alelo RB1 mutado en 9 pacientes (82%). Cuando no se analizaron las muestras tumorales, los estudios fueron informativos solo en 9 de los 23 pacientes (39%); se utilizó la detección directa en 17 pacientes (41% informativo) e indirecta en 20 (60% informativo). Conclusiones: Los resultados demuestran la necesidad de contar con ADN del tumor, cuando el paciente fue enucleado, y acentúan la importancia de la detección directa de la mutación en familias con Rb esporádico temprano sin muestra tumoral. Los estudios de biología molecular contribuyeron con el adecuado asesoramiento genético de pacientes argentinos y sus familiares y el diseño apropiado de su tratamiento temprano. Resumen en inglés Objective: Evaluate the relevance of RB1 mutations detection in the genetic counselling of Argentine retinoblastoma families. Methods: We included in this study 34 Argentine families with bilateral and unilateral Retinoblastoma (Rb). 130 DNA samples from leukocytes, tumors and chorionic villus were analyzed by indirect and direct molecular biology assays like Southern blot, segregation of polymorphisms BamHI, Rbi4, XbaI y Rb 1.20 (PCR-RFLP, PCR-STR), PCR-heteroduplex and (mas) sequencing of RB1 gene. Results: Molecular biology analysis was informative in 18 out of 34 families studied (53%), 56% with bilateral and 44% with unilateral Rb. DNA tumor samples of 11 patients were available and could be studied by loss of heterozygosity (LOH) detection, that allowed us to identify the mutated RB1 allele in 9 (82%) patients. When tumor samples were not analized, the studies were informative only in 9 out of 23 patients (39%); we used direct mutation detection in 17 (41% informative) and indirect assays in 20 (60% informative) patients. Conclusions: The results prove the necessity to have DNA tumor, when the patient has been enucleated, and emphasize the importance of direct mutation detection in families with early sporadic Rb without tumor sample. The RB1 molecular biology contributed to the adequate genetic counselling of Argentine patients and relatives and their appropriate early treatment planning.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

14

Detección de mutaciones en los genes K-ras, H-ras y EGFR en muestras de plasma sanguíneo y cepillado cervical de pacientes con neoplasia intraepitelial cervical (NIC) III y cáncer de cuello uterino/ Detection of genes mutations in the K-RAS, H-RAS and EGFR in samples of blood plasma and cervical smears for patients with cervical intraepithelial neoplasia III and cervical cancer

García, Dabeiba Adriana; Arias, Yazmín Rocío; Ancízar Aristizábal, Fabio
2009-03-01

Resumen en español Introducción: El cáncer cervical es el segundo cáncer más importante en mujeres a nivel mundial y la segunda causa de muerte en mujeres por cáncer. Se ha demostrado que el proceso de carcinogénesis cervical presenta componentes tanto genéticos, epigenéticos y medio ambientales. En la actualidad, muchos estudios se encaminan en la búsqueda de marcadores moleculares como mutaciones en oncogenes y/o genes tumor supresor que se asocien con la progresión de esta enti (mas) dad. Los genes candidatos más estudiados en cáncer cervical en distintas poblaciones han sido H-ras, K-ras, EGFR entre otros. Objetivos: Se identificó el virus de papiloma humano (VPH) genérico y específico en el ADN libre de plasma y de cepillado cervical de pacientes con cáncer cervical invasivo y con neoplasia intraepitelial cervical (NIC) III además de evaluar alteraciones genéticas, como mutaciones en los genes H-ras, K-ras y EGFR. Metodología: Para ello se detectó el VPH genérico mediante PCR con los iniciadores GP5+/GP6+, y específico para VPH 16 y 18 en la región E6/E7. Para detectar las mutaciones en el codón 12 de H-ras, codones 12 y 13 de K-Ras y el exón 21 de EGFR se realizó mediante secuenciación directa de los productos de PCR de estos fragmentos génicos. Resultados: Obteniendo una buena correlación entre las muestras de plasma sanguíneo y los cepillados cervicales, tanto para los hallazgos de VPH p=0.0374 como para las mutaciones evaluadas p=0. En general, para EGFR en el exón 21 no se encontraron mutaciones, al igual que para los codones 12 y 13 en K-ras y codón 12 en H-ras. Conclusión: El uso del ADN presente en el plasma puede ser relevante para el análisis de mutaciones y de la presencia de marcadores tumorales cuando no se dispone de otras muestras. Resumen en inglés Introduction: Cervical cancer is the second most important cancer in women worldwide, and the second cause of cancer death in women. It has been shown that the process of cervical carcinogenesis presents as genetic and epigenetic components as environmental issues. At present, many studies are addressed in searching for molecular markers such as mutations in oncogenes and/or tumor suppressor genes that are associated with the progression of this disease, the most studied (mas) candidate genes in cervical cancer in different populations have been H-ras, K-ras, EGFR among others. Objective: The present study identified human papilloma virus (HPV) generic and specific in DNA-free plasma and cervical smears of invasive cervical cancer patients and patients with cervical intraepithelial neoplasia (CIN) III in addition to assessing genetic alterations, such as mutations in the genes H-ras, EGFR and K-ras. Methods: To do so generic HPV was detected by PCR with primers GP5+/GP6+, and specific HPV 16 and 18 in E6/E7 region; to detect mutations in codon 12 of H-ras, codons 12 and 13 of K-ras and EGFR exon 21 was conducted by direct sequencing of PCR products of these gene fragments. Results: Getting a good correlation between samples of blood plasma and cervical smears for both; the findings of HPV p=0.0374 and evaluated mutations p=0. In general, for EGFR in exon 21 mutations were not found, as for codons 12 and 13 in K-ras and codon 12 in H-ras. Conclusion: The use of DNA in plasma may be relevant to the analysis of mutations and the presences of tumor markers are not available from other samples.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

15

Obtención de clones recombinantes que expresan las proteínas prM-E-NS1 del virus dengue serotipo 2/ Obtaining recombinant clones expressing dengue virus serotype 2 prM-E-NS1 proteins

Muné Jiménez, Mayra; Harn, Donald; Soto, Yudira; Ramírez, Rosa; Alfonso, Melkis; D´dara, Akran
2008-04-01

Resumen en español OBJETIVO: obtener clones recombinantes que expresen diferentes proteínas del virus dengue 2 en un vector de expresión en células eucariotas. MÉTODOS: se realizó el clonaje de los genes prM, envoltura (E) y 65 aminoácidos (aa) de la proteína NS1 del virus dengue serotipo 2 (cepa Nueva Guinea C) en un vector de expresión en células eucariotas pcDNA (3.1). La obtención de los genes correspondientes a la zona prM/E/NS1 y prM/E truncada en 100 aa se realizó mediante (mas) reacción en cadena de la polimerasa (RCP). La detección de los posibles clones recombinantes se llevó a cabo mediante las técnicas de RCP, análisis de restricción enzimática y secuenciación nucleotídica. Se realizó la transfección de la línea celular CHO con cada plásmido recombinante. Para determinar la expresión transciente de los genes clonados se empleó la técnica de inmunofluorescencia indirecta (IFI) y trascripción reversa-RCP (TR-RCP). RESULTADOS: se obtuvieron bandas de 2 202 y 1 600 pares de bases (pb), respectivamente. Se estudiaron 20 posibles colonias recombinantes, de las cuales, 7 resultaron positivas para prM-E-NS1 y 5 para prM/E truncada. Se obtuvieron células fluorescentes 48 h después de transfectadas, además una RCP positiva a ese mismo tiempo, lo que indicó la presencia de las proteínas en las células transfectadas. CONCLUSIONES: el vector empleado fue eficiente para el clonaje y la expresión de las proteínas seleccionadas, por lo que las construcciones genéticas obtenidas pudieran ser evaluadas en animales como posibles candidatos vacunales para la obtención de una vacuna de ADN contra el dengue. Resumen en inglés OBJECTIVE: To obtain recombinant clones expressing different dengue virus 2 proteins in an expression vector of eukaryote cells. METHODS: Cloning of prM genes, E envelope and 65 amino-acids (aa) of dengue virus serotype 2 NS1 proteins (Nueva Guinea strain) in an expression vector of pcDNA eukaryote cells (3.1). The prM/E/NS1 zone and the truncated prM/E zone at 100 aa genes were obtained by polymerase chain reaction (PCR). Possible recombinant clones were detected using P (mas) CR, enzyme restriction analysis and nucleotide sequencing. Transfection of the CHO cell line with each recombinant plasmid was performed. Indirect immunofluorescence and reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) determined the transient expression of cloned genes. RESULTS: Bands of 2 202 and 1 600 base pairs (bp) respectively were obtained. Twenty possible recombinant colonies were studied, 7 of them were pr-E-NSI-positive and 5 truncated prM/E-positive. Fluorescent cells emerged 48 hours after being transfected in addition to positive PCR, all of which indicated that the studied proteins were present in transfected cells. CONCLUSIONS: The used vector proved to be efficient for cloning and expression of the selected proteins; therefore, the obtained genetic constructions could be evaluated in animals as likely vaccinal candidates for a dengue virus DNA vaccine.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

16

El picudo del algodonero en la Argentina: Principales resultados e implicancias de los estudios moleculares/ The cotton boll weevil in Argentina: Main results and implications of the molecular studies

Lanteri, Analía A.; Confalonieri, Viviana A.; Scataglini, M. Amalia
2003-12-01

Resumen en español Después de diez años del primer registro del picudo del algodonero, Anthonomus grandis Boheman (Coleoptera, Curculionidae), en la Argentina, el insecto ha llegado a la zona algodonera del Chaco. Los estudios moleculares realizados sobre poblaciones de la Argentina, Brasil y Paraguay, y posibles poblaciones fuente de EE.UU y México, han aportado información relevante para el control de la plaga. Se aplicaron las técnicas de RAPD (Polimorfismos del ADN Amplificados al (mas) Azar) y de secuenciación de los genes mitocondriales de la Citocromo Oxidasa I y II, las cuales permitieron identificar dos linajes principales de picudos: a) linajes con escasa o nula variabilidad medida en términos de heterocigosis y diversidad haplotípica, considerados colonizadores recientes, y asociados con ambientes xerófilos y cultivos de algodón (provincia de Formosa); b) linajes con una elevada variabilidad y diversidad haplotípica, considerados ancestrales, y asociados con áreas de vegetación nativa de la selva misionera (Parque Nacional Iguazú). Se supone que ambos linajes tendrían diferentes orígenes, adaptaciones y preferencias de huéspedes, y que en este momento se estarían hidridando en zonas de ecotono. Se postula que el picudo se hallaría presente en América del Sur como consecuencia de una dispersión natural asociada principalmente con sus huéspedes silvestres de los géneros Gossypium y Cienfuegosia, probablemente desde el Pleistoceno. Por otra parte no se descarta la posibilidad de una o más introducciones desde EE.UU. hacia Brasil, mediante el comercio del algodón. Se destaca la importancia del cultivo extensivo del algodón, y de la deforestación y formación de corredores entre fragmentos de selva, para explicar la dispersión rápida de la plaga durante los últimos 20 años, en áreas algodoneras y/o no algodoneras pero afectadas por serios disturbios ambientales, como por ejemplo la provincia de Misiones. Resumen en inglés Ten years after the first record of the cotton boll weevil, Anthonomus grandis Boheman (Coleoptera, Curculionidae), in Argentina, the insect arrived in the cotton area of Chaco. Molecular studies on populations from Argentina, Brazil and Paraguay, and possible source populations from USA and Mexico, provided helpful information to control the pest. RAPD technique (Random Analysis of Polymorphic DNA) and sequencing of Cytochrome Oxidase I and II mitochondrial genes, allowe (mas) d to differentiate two main lineages: a) lineages with scarce or null variability measured by heterocigosis and haplotypic diversity, considered recent colonizers, and associated with xerophytic environments and cotton areas (Formosa province); b) lineages with high genetic variability and haplotypic diversity, considered ancestral, and associated with areas of wild vegetation as the subtropical forests of Misiones (Iguazú National Park). Both lineages probably have different origins, adaptations and host preferences, and at present would be hibridizing in ecotonal areas. We propose that the boll weevil probably occurs in South America as a consequence of a natural dispersal associated to wild hosts, mainly of the genera Gossypium and Cienfuegosia, probably since Pleistocene times. On the other hand, there is a possibility of introductions from USA to Brazil, trough the commercial exchange. Extensive cotton cultivation and deforestation, with formation of corridors connecting fragments of forests would explain the rapid dispersal of the pest during the last 20 years, in cotton and/or non cotton areas under environmental impact, such as the Misiones province.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

17

Las epidermolisis bullosas distróficas en México: 2470insG representa la mutación más común en 21 familias/ 2470insG, represents the commonest mutation in mexican patients with dystrophic bullous epidermolysis: A study of 21 families

Salas-Alanis, Julio César; McGrath, John A.
2006-02-01

Resumen en español Antecedentes: Las epidermolisis ampollosas congénitas son enfermedades caracterizadas por ampollas en piel y mucosas al mínimo traumatismo. Son tres tipos: simple, unión y distrófica. Las epidermolisis ampollosas distróficas (EAD) son causadas por mutaciones en el gen COL 7Al que codifica la producción del colágeno tipo VII localizado en las fibrillas de anclaje de la unión dermo-epidérmica. Objetivo: Determinar las bases moleculares de las EAD en México. Materi (mas) al y métodos: se analizaron ADN de 21 familias mexicanas con EAD. Se realizó reacción en cadena de la polimerasa, estudios de heteroduplex secuenciación de nucleótidos en ADN de los pacientes. Resultados: Se detectó 59 de 67 mutaciones en 36 pacientes. Se encontraron seis mutaciones de tipo codón de terminación prematuro, substitución de glicina, remoción de intrones de novo y depleción interna. La mutación comúnmente más encontrada fue la 2470insG, en 21 (58.35%) de 36 pacientes. Conclusiones: En pacientes con EAD, la mutación 2470insG es la más frecuente en México. Recomendamos analizar esta mutación a Mexicanos con EAD como primera opción. Estos resultados son útiles para clasificar los subtipos de EAD, dar asesoramiento genético, así como para entender un poco más la fisiopatología de esta enfermedad mecano ampollosa. Resumen en inglés Background: Type VII collagen gene (COL 7 Al) mutations are the cause of dystrophic epidermolysis bullosa (DEB), but most mutations are specific to individual families and there is limited data on the nature of COL 7 Al mutations in certain ethnic populations. Objective. To determine the molecular basis of DEB in Mexican patients and describe the most frequent mutation among this ethnic population. Methods: Most subjects were approached at FUNDACION DEBRA MEXICO AC. Molec (mas) ular analysis was performed by polymerase chain reaction (PCR) of genomic DNA using COL 7 A l-specific primers, heteroduplex analysis, and direct nucleotide sequencing. Results: Fifty nine of 67 COL 7 Al possible mutations (88%) were identified; 36 individuals (31 recessive, five dominant) from 21 families. Recessive mutations included six frameshift mutations, four silent glycine substitutions and two splice site mutations. Conclusions: The present study informs a different kind of mutation observed in our patient population. Only two mutations informed in this study had been described earlier among another ethnic group. The most frequent mutation was 2470insG, affecting 21(58.3%) out of 36 patients with DEB. These new data will be helpful in facilitating the accurate diagnosis of an DEB subtype, and will add further insight into the pathophysiology of this mechanobullous disease.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

18

UNVEILING THE AETIOLOGY OF PAPAYA DISEASES IN CUBA, DEMOCRATIC REPUBLIC OF CONGO (DRC) AND ETHIPIA/ DESCUBRIENDO LA ETIOLOGÍA DE ENFERMEDADES DE LA FRUTA BOMBA EN CUBA, REPÚBLICA DEMOCRÁTICA DEL CONGO (DRC) y ETIOPÍA

Arocha, Y; Almeida, R; Vigheri, N; Nkoy-Florent; Betts, P; Monger, W. A.; Harju, V; Mumford, R.A; Bekele, B; Tadesse8, Dereje; Jones, P
2008-04-01

Resumen en español La fruta bomba se encuentra entre los frutales más comunes que se cultivan en Etiopía. Está siendo afectada por un desorden tipo declinamiento, recientemente informado en las principales parcelas, y causando pérdidas superiores al 30%. En North Kivu, DRC, es el principal cultivo de supervivencia, cultivado para la obtención de látex que se exporta a Europa, para la producción de papaína. Desde 1997, la enfermedad se ha expandido gradualmente, afectando seriamente (mas) los niveles de látex. En Cuba, la fruta bomba se ha convertido en uno de los más importantes cultivos de exportación, principalmente para los mercados canadiense y europeo. Recientemente, la enfermedad similar al cogollo arrepollado, papaya bunchy top like-disease (PBT-like) ha sido asociada con el grupo fitoplásmico, 16SrII, Candidatus Phytoplasma aurantifolia, en el este de Cuba; sin embargo, no existe información acerca de la situación de la enfermedad a lo largo del país. Por otra parte, se requiere conocer los patógenos asociados con las enfermedades de la fruta bomba en Etiopía y DRC. Durante el 2005-06, se colectaron muestras foliares de los tres países, incluyendo plantas sanas, las cuales fueron evaluadas para ricketsias, virus de la mancha anular y fitoplasmas, los cuales han sido los patógenos de plantas comúnmente asociados con enfermedades de la fruta bomba a nivel mundial. El ADN y ARN total fueron extraídos y analizados mediante ensayos de PCR y secuenciación de genes blanco. El fitoplasma 16SrII fue identificado en más del 95% de las muestras afectadas con PBT-like en Cuba y declinamiento en Etiopía. Por otra parte, se asoció un aislado del virus del mosaico del melón de Marruecos, Moroccan watermelon mosaic virus (MWMV) (familia Potyviridae) con la enfermedad en fruta bomba en DRC. Resumen en inglés Papaya is amongst the most common fruits grown in Ethiopia and it is being affected by a decline disorder recently reported as causing yield losses over 30% in the major farms. In North Kivu, DRC, papaya is the major cash crop grown for latex, which is exported to Europe for papaine production. Since 1997, a disease has been gradually spread and seriously affected the papaya crop and latex yields. In Cuba, papaya has become one of the most important export crops, mainly f (mas) or the Canadian and European markets. Recently, a papaya bunchy top like disease (PBT-like) has been associated with the 16SrII phytoplasma group, Candidatus Phytoplasma aurantifolia, in the east of Cuba; however, there is no information about the situation of the disease throughout the country. On the other hand, it is required to know the pathogens associated with papaya diseases in Ethiopia and DRC. During 2005-06, leaf samples, including from healthy plants, were collected from symptom papaya plantations surveyed in the three countries and they were tested for rickettsias, papaya ringspot virus and phytoplasmas, which have been the most common plant pathogens associated with papaya diseases worldwide. Total DNA and RNA were extracted and indexed by PCR assays and sequencing of target genes. A 16SrII phytoplasma was identified in more than 95 % of the samples affected with PBT-like in Cuba and the decline disorder in Ethiopia, while a Moroccan Watermelon Mosaic Virus (MWMV) isolate (Potyviridae family) was associated with the papaya disease in DRC.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

19

Mutación fundadora en una familia argentina con cáncer colorrectal hereditario/ Detection of a founder mutation in an Argentine family with hereditary non polyposis colorectal cancer

Gómez, Laura; Adi, José; Ibarra, Jorge; Roqué, María
2010-02-01

Resumen en español El cáncer colorrectal hereditario no poliposo (CCHNP) se relaciona con mutaciones en los genes reparadores de ADN (MLH1, MSH2 y MSH6). La mayoría de estas alteraciones son familia-específicas y su detección suele requerir la secuenciación completa de los genes relacionados. Se detectó una mutación puntual (2269-2270insT) en el último codón del gen MLH1 en familias de un área del norte de Italia (Reggio Emilia) y su origen se considera debido a un efecto fundador (mas) . En este trabajo presentamos una familia mendocina con CCHNP portadora de la misma mutación, cuyos ancestros eran oriundos de Reggio Emilia. Para la detección de la mutación se diseñó una estrategia basada en PCR y posterior corte enzimático. La mutación fue hallada en tres integrantes de la familia estudiada, dos de los cuales no presentaban sintomatología clínica. Estos pacientes fueron seguidos preventivamente mediante colonoscopias. La metodología utilizada en nuestro laboratorio fue específica y sensible para la detección de una mutación previamente registrada y permitió realizar el diagnóstico genético molecular en el país, evitando el envío de muestras al extranjero. Es de importancia destacar que el diagnóstico genético pre-sintomático de cáncer hereditario, enfocado desde un grupo multidisciplinario de profesionales, permite un mejor seguimiento y apoyo a las familias afectadas. Resumen en inglés Hereditary non polyposis colorectal cancer (HNPCC) has been related to mutations in the DNA mismatch repair genes (MLH1, MSH2 y MSH6). Mutation detection analysis requires the complete sequencing of these genes, given the high frequency of family-specific alterations. A point mutation (2269- 2270insT) in the last codon of the MLH1 gene has been detected in families from a northern region of Italy (Reggio Emilia).Given that this alteration was registered only in people fro (mas) m this region, it has been considered a founder mutation. In this work, we present an Argentine HNPCC family whose ancestors were natives from the Reggio Emilia, Italy, and who were carriers for this mutation. In order to detect the genetic alteration, a PCR was developed followed by a restriction enzyme incubation assay. The mutation was detected in 3 family members, two of them without clinical symptoms. The PCR/restriction enzyme methodology has been sensitive and specific for the detection of this mutation. It has allowed the performance of a pre-symptomatic genetic diagnosis in the Argentine HNPCC family, avoiding sending samples abroad. It is worth mentioning that pre-symptomatic diagnosis of hereditary cancers allows enhanced surveillance and support for the affected families when it is performed by a multidisciplinary group.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

20

Genotipificación del virus papiloma humano en mujeres con adenocarcinoma cervical de la Región de La Araucanía-Chile/ Human papillomavirus genotyping in cervical adenocarcinoma in the Region of La Araucanía-Chile

Melo A, Angélica; García M, Patricia; Capurro V, Italo; Guzmán G, Pablo; Brebi M, Priscila; Ili G, Carmen; López M, Jaime; Roa S, Juan C
2010-08-01

Resumen en español El virus papiloma humano (VPH) es el principal factor causal del cáncer cervicouterino (CCU). Así, detectar y genotipificar el VPH es importante para conocer la frecuencia de los genotipos presentes en la región. En este trabajo se estudiaron 44 biopsias de adenocarcinoma cervical (ACC). Para la detección del VPH se empleó una reacción de polimerasa en cadena anidada dirigida al gen L1 (RPCL1), para la genotipificación viral se utilizaron enzimas de restricción (R (mas) sa I, Dde I, Pst I) y secuenciación. Se detectó ADN viral mediante RPCL1 anidada en 100% de las biopias. Se logró tipificar 38/44 casos: 81,6% VPH 16; 13,2% VPH 18; 2,6% VPH 33 y 2,6% VPH 18/33. Conclusiones: La metodología fue exitosa para identificar el tipo viral en 86% de las biopsias. Se observó una estrecha asociación ACC-VPH, especialmente con el tipo viral 16, detectado en 81,6% de los casos tipificados Resumen en inglés Human papillomavirus (HPV) is the main cause of cervical cancer. Thus, HPV detection and typing becomes important in order to know the frequency of genotypes present in the region. In this paper we studied 44 biopsies of cervical adenocarcinoma. For HPV detection nested polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify the L1 gene. For viral typing restriction enzymes (Rsa I, Dde I, Pst I) and DNA sequencing were used. Viral DNA was detected by nested L1 PCR in 100% of (mas) biopsies; 38/44 cases could be typed: 81.6% HPV16; 13.2% HPV 18; 2.6% VPH 33 and 2.6% HPV 18/33. Conclusions: The technique was successful in identifying the virus type in 86% of biopsies. There was a strong association ACC-HPV, especially with the viral type 16, detected in 81.6% of established cases

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

22

cDNA-AFLP analysis of seed germination in Arabidopsis thaliana identifies transposons and new genomic sequences

Gutiérrez de Diego, Juana; Rodríguez García, David; Rodríguez Lorenzo, José Luis; Grappin, Philippe; Cervantes, Emilio
2006-03-01

Digital.CSIC (Spain)

24

Use of biotechnology for preserving rare fruit germplasm

Martínez-Gómez, Pedro; Majourhat, Khalid; Zeinalabedini, Mehrshad; Erogul, Deniz; Khayam-Nekoui, Mojtaba; Grigorian, Vazgin; Hafidi, Abdellatif; Piqueras, Abel; Gradziel, Thomas M.
2007-01-01

Digital.CSIC (Spain)

25

Tribal and Subtribal Delimitation and Phylogeny of the Cardueae (Asteraceae): A Combined Nuclear and Chloroplast DNA Analysis

Garcia-Jacas, Núria; Garnatje, Teresa; Susanna de la Serna, Alfonso; Vilatersana, Roser
2001-01-01

Digital.CSIC (Spain)

26

Transformation of Escherichia coli with DNA from Saccharomyces cerevisiae cell lysates

Adam, Ana Cristina; González Blasco, Gracia; Rubio Texeira, Marta; Polaina Molina, Julio
1999-12-01

Digital.CSIC (Spain)

27

Transcriptional analysis of multigene family 110 of African swine fever virus

Almazán, Fernando; Rodríguez, Javier M.; Andrés, Germán; Pérez Sánchez, Ricardo; Viñuela Díaz, Eladio; Rodríguez, José F.
1992-11-01

Digital.CSIC (Spain)

28

Three-dimensional crystal structure of the A-tract DNA dodecamer d(CGCAAATTTGCG) complexed with the minor-groove-binding drug Hoechst 33258

Vega, M. Cristina; García Sáez, Isabel; Aymamí, Joan; Eritja Casadellà, Ramón; Van Der Marel, Gijs A.; Van Boom, Jacques H.; Rich, Alexander; Coll, Miquel
1994-06-15

Digital.CSIC (Spain)

30

The identification of nuclear proteins that bind the homopyrimidine strand of d(GA.TC)n DNA sequences, but not the homopurine strand

García Bassets, Iván; Ortiz Lombardía, Miguel; Romero, Asunción; Canals, Francesc; Avilés, Francesc X.; Azorín, Ferran
1999-08-15

Digital.CSIC (Spain)

31

The SIDER2 elements, interspersed repeated sequences that populate the Leishmania genomes, constitute subfamilies showing chromosomal proximity relationship

Requena Rolanía, José María; Folgueira Fernández, Cristina; López López, Manuel Carlos; Thomas, María del Carmen
2008-06-02

Digital.CSIC (Spain)

32

The GAGA factor of Drosophila binds triple-stranded DNA

Jiménez García, Emilio; Vaquero, Alejandro; Espinás, María Luisa; Soliva, Robert; Orozco, Modesto; Bernués, Jordi; Azorín, Ferran
1998-09-18

Digital.CSIC (Spain)

33

Targeted retrieval and analysis of five neandertal mtDNA genomes

Briggs, Adrian W.; Good, Jeffrey M.; Green, Richard E.; Krause, Johannes; Maricic, Tomislav; Stenzel, Udo; Lalueza-Fox, Carles; Rudan, Pavao; Brajković, Dejana; Kućan, Zeljko; Gusić, Ivan; Schmitz, Ralf; Doronichev, Vladimir B.; Golovanova, Liubov V.; Rasilla, Marco de la; Fortea, Javier; Rosas, Antonio; Pääbo, Svante
2009-07-17

Digital.CSIC (Spain)

34

Targeted Investigation of the Neandertal Genome by Array-Based Sequence Capture.

Burbano, Hernán A.; Hodges, Emily; Green, Richard E.; Briggs, Adrian W.; Krause, Johannes; Meyer, Matthias; Good, Jeffrey M.; Maricic, Tomislav; Johnson, Philip L. F.; Xuan, Zhenyu; Rooks, Michelle; Bhattacharjee, Arindam; Brizuela, Leonardo; Albert, Frank W.; Marco de la, Rasilla; Fortea, Javier; Rosas, Antonio; Lachmann, Michael; Hannon, Gregory J.; Pääbo, Svante
2010-05-07

Digital.CSIC (Spain)

37

Synthesis and G-Quadruplex-Binding Properties of Defined Acridine Oligomers

Ferreira, Rubén; Aviñó, Anna; Pérez-Tomás, Ricardo; Gargallo, Raimundo; Eritja Casadellà, Ramón
2010-01-01

Digital.CSIC (Spain)

41

Structural (and sequence-based) analysis of transcriptional regulation

Contreras-Moreira, Bruno; Lozada-Chávez, Irma; Espinosa Angarica, Vladimir
2008-01-01

Digital.CSIC (Spain)

42

Strategies for introducing non-radioactive labels during the automated sequence analysis of nucleic acids.

Igloi, Gabor L
1998-04-01

Resumen en inglés Rapid, large-scale genome as well as diagnostic DNA sequencing projects are, at present, dependent on the use of sensitive automated sequencers that rely on the detection of fluorescent signals. This emission is not an intrinsic property of the biomolecules but is a property of an optical label that must be incorporated before, during or after the sequence specific reaction. The choice of strategy, that is to be reviewed here, is a function of both the chemistry and the e (mas) nzymology of the system as well as the nature of the fractionation and the physical parameters of the detection. One may differentiate beween the labelling of the primer, incorporation of the label during elongation or base specific termination with labelled terminators. In reviewing the development of each of these strategies, the conclusion is reached that, whereas labelled primers have universal applicability, the current generation of fluorescent terminators have in, conjunction with appropriate DNA polymerases, attained a refinement that strongly favours their use. However, since they are not available for all commercial sequencing systems, the alternative procedures are not merely of historic interest but are an essential component in DNA sequencing protocols. The possibility of automated direct sequence analysis of RNA has not been ignored completely

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

43

Statistical analysis of post mortem DNA damage-derived miscoding lesions in Neandertal mitochondrial DNA

Vives, Sergi; Gilbert, M. Thomas; Arenas, Conchita; Gigli, Elena; Lao, Oscar; Lalueza-Fox, Carles
2008-07-10

Digital.CSIC (Spain)

44

Species-specific repetitive extragenic palindromic (REP) sequences in Pseudomonas putida

Aranda-Olmedo, Isabel; Tobes, Raquel; Manzanera, Maximino; Ramos, Juan L.; Marqués, Silvia
2002-01-01

Digital.CSIC (Spain)

46

Sensibilidad antimicrobiana y caracterización de cepas de Streptococcus pyogenes aisladas de un brote de escarlatina/ Antimicrobial sensitivity and typing of Streptococcus pyogenes strains isolated during a scarlet fever outbreak

Pedraza-Avilés, Alberto González; Ortiz-Zaragoza, Catalina; Mota-Vázquez, Ricardo; Dickinson-Bannack, Ma Eloísa; Dávila-Mendoza, Rocío; Fernández-Ortega, Miguel Angel
2002-09-01

Resumen en español Objetivo. Evaluar la actividad in vitro de 13 antibióticos contra 47 Streptococcus pyogenes grupo A (SGA). Determinar la presencia de genes que codifican para exotoxina pirogénica estreptocóccica A (SpeA) y serotipos con base en proteína M. Material y métodos. Estudio transversal hecho en el Centro de Salud Dr. José Castro Villagrana sobre un brote de escarlatina en el Colegio Espíritu de América, entre diciembre de 1999 y enero de 2000. El número de niños estud (mas) iados fue 137. Se extrajeron porcentajes de sensibilidad. La concentración inhibitoria mínima (CIM) se obtuvo por microdilución semiautomatizada. Se utilizó un secuenciador automatizado de DNA para el análisis de variación de secuencias en los genes que codifican para proteína M y SpeA. Resultados. Todas las cepas fueron sensibles a beta-lactámicos y clindamicina; 12.7% fueron resistentes a eritromicina. El serotipo M2 fue el más frecuente, 27 del total. Prácticamente todas las bacterias (96%) con el gen SpeA tienen el gen que codifica para el serotipo M2. Conclusiones. Debido a la reciente reaparición de infecciones por SGA se sugiere realizar estudios tanto de sensibilidad a macrólidos y beta-lactámicos, como de epidemiología molecular. Resumen en inglés Objective. To evaluate the in vitro activities of 13 antimicrobial agents against 47 group A Streptococcus pyogenes (GAS) strains, and to determine the presence of genes encoding streptococcal pyrogenic exotoxin A (SpeA) and the M--protein serotypes. Materials and Methods. A cross-sectional study was conducted at Centro de Salud Dr. José Castro Villagrana, during a scarlet fever outbreak occurring between December 1999 and January 2000, among 137 children at Colegio Esp� (mas) �ritu de América. Minimum Inhibitory Concentrations (MICs) were obtained by the semiautomated microdilution method. Automated DNA sequencing was used for analysis of sequence variation in genes encoding the M protein, and SpeA. Results. All strains were sensitive to betalactams and clindamycin. Six (12.7%) were resistant to erythromycin. The M2 type was the most frequently isolated GAS (27); almost all (96%) bacteria with the SpeA gene had the gene encoding the M2 protein. Conclusions. The recent resurgence of GAS infections calls for molecular epidemiology research and studies on the sensitivity to macrolides and beta-lactams.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

47

Sensibilidad antimicrobiana y caracterización de cepas de Streptococcus pyogenes aisladas de un brote de escarlatina/ Antimicrobial sensitivity and typing of Streptococcus pyogenes strains isolated during a scarlet fever outbreak

Pedraza-Avilés, Alberto González; Ortiz-Zaragoza, Catalina; Mota-Vázquez, Ricardo; Dickinson-Bannack, Ma Eloísa; Dávila-Mendoza, Rocío; Fernández-Ortega, Miguel Angel
2002-09-01

Resumen en español Objetivo. Evaluar la actividad in vitro de 13 antibióticos contra 47 Streptococcus pyogenes grupo A (SGA). Determinar la presencia de genes que codifican para exotoxina pirogénica estreptocóccica A (SpeA) y serotipos con base en proteína M. Material y métodos. Estudio transversal hecho en el Centro de Salud Dr. José Castro Villagrana sobre un brote de escarlatina en el Colegio Espíritu de América, entre diciembre de 1999 y enero de 2000. El número de niños estud (mas) iados fue 137. Se extrajeron porcentajes de sensibilidad. La concentración inhibitoria mínima (CIM) se obtuvo por microdilución semiautomatizada. Se utilizó un secuenciador automatizado de DNA para el análisis de variación de secuencias en los genes que codifican para proteína M y SpeA. Resultados. Todas las cepas fueron sensibles a beta-lactámicos y clindamicina; 12.7% fueron resistentes a eritromicina. El serotipo M2 fue el más frecuente, 27 del total. Prácticamente todas las bacterias (96%) con el gen SpeA tienen el gen que codifica para el serotipo M2. Conclusiones. Debido a la reciente reaparición de infecciones por SGA se sugiere realizar estudios tanto de sensibilidad a macrólidos y beta-lactámicos, como de epidemiología molecular. Resumen en inglés Objective. To evaluate the in vitro activities of 13 antimicrobial agents against 47 group A Streptococcus pyogenes (GAS) strains, and to determine the presence of genes encoding streptococcal pyrogenic exotoxin A (SpeA) and the M--protein serotypes. Materials and Methods. A cross-sectional study was conducted at Centro de Salud Dr. José Castro Villagrana, during a scarlet fever outbreak occurring between December 1999 and January 2000, among 137 children at Colegio Esp� (mas) �ritu de América. Minimum Inhibitory Concentrations (MICs) were obtained by the semiautomated microdilution method. Automated DNA sequencing was used for analysis of sequence variation in genes encoding the M protein, and SpeA. Results. All strains were sensitive to betalactams and clindamycin. Six (12.7%) were resistant to erythromycin. The M2 type was the most frequently isolated GAS (27); almost all (96%) bacteria with the SpeA gene had the gene encoding the M2 protein. Conclusions. The recent resurgence of GAS infections calls for molecular epidemiology research and studies on the sensitivity to macrolides and beta-lactams.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

48

Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference

Álvarez, Inés; Wendel, Jonathan F.
2003-07-16

Digital.CSIC (Spain)

52

Problemas y retos de futuro de la genética forense en el siglo XXI/ Problems and future challenges of forensic genetics in the XXI century

Carracedo, A.; Salas, A.; Lareu, M.V.
2010-06-01

Resumen en español Desde que en 1985 Alec Jeffreys introdujo la huella genética ha habido una evolución continua en el tipo de marcadores y en las tecnologías utilizadas en genética forense. Los microsatélites en cromosomas autonómicos son actualmente los marcadores más utilizados, junto con polimorfismos en cromosomas sexuales y el ADN mitocondrial, pero los polimorfismos nucleotídicos simples (SNPs) van emergiendo como marcadores de futuro y son ya útiles para muchas aplicaciones (mas) específicas, lo que, junto con nuevas técnicas de ultrasecuenciación de genomas, abre nuevas posibilidades no soñadas hace unos años. Con todo, los retos prioritarios de la genética forense no son esencialmente tecnológicos: la valoración estadística de la prueba del ADN en los casos complejos (particularmente en mezclas o muestras de contacto), la comunicación del valor de la prueba, el control de calidad, el futuro de la I+D, la formación, los estándares éticos, entre otros, son problemas a los que nos tenemos que enfrentar con urgencia. Resumen en inglés Since the discovery of polymorphisms in repetitive DNA by Alec Jeffreys and coworkers in 1985 the type of biomarkers and technologies used in forensic genetics has experienced a continuous evolution. Microsatellites in autosomal chromosomes known as STRs and polymorphism in the sexual chromosome and mitochondrial DNA are the most commonly used but new markers are arising and SNPs together with the new sequencing technologies are open new possibilities and a range a new ap (mas) plications. Nevertheless the challenges in the field are not technological: the statistical evaluation of DNA testing, the communication of the weight of the evidence and the correct understanding of this value, educational and ethical issues or the future of R&D are problems that should be urgently faced.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

53

Prevalencia de resistencia primaria en pacientes con infección reciente por VIH-1 en Chile/ Prevalence of primary antiretroviral resistance among HIV infected patients in Chile

AFANI S, ALEJANDRO; BELTRÁN B, CARLOS; GALLARDO O, ANA MARÍA; ROESSLER V, PATRICIA; ACEVEDO M, WILLIAM; VÁSQUEZ T, PATRICIA
2010-06-01

Resumen en inglés Background: The main cause of virological failure during AIDS treatment is the resistance to antiretroviral medications (ARV). Aim: To search for mutations associated with ARV resistance in recently HIV-1 infected patients naïve to treatment, in Chile. Material and Methods: Patients over 18 years old with HIV-1 infection, naïve to antiretroviral drugs before the study were included. Patients with CD4 cell counts less than 200 cells/mm³, viral load below 2.000 copies/mL (mas) or any condition indicative of advanced AIDS were excluded. Criteria for diagnosis of recent infection (

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

54

Presencia de Guanilil Ciclasas sensibles a los Péptidos Natriuréticos Anp y Cnp en el Músculo Liso Traqueal de Bovino

Borges, A; Sánchez de Villarroel, S; Lippo de Becemberg, I; Alfonzo, MJ; Gonzalez de Alfonzo, R
2002-01-01

Resumen en español La producción de GMP cíclico en el músculo liso traqueobronquial de bovino (MLTB) es catalizada por guanilil ciclasas soluble (sGC) y particulada (mGC). Para la identificación de la mGC involucrada en la regulación muscarínica, via receptores M2 y M3, del tono de MLTB, se amplificó a partir de cDNA obtenido del MLTB una región conservada en el dominio catalítico de todas las GC. La secuenciación de los productos de RT-PCR reveló que el 76% de los transcriptos c (mas) odifican para la subunidad beta1 de sGC y el 24% para la isoforma B (sensible al péptido CNP) de la mGC. RT-PCRs con oligonucléotidos isoforma-específicos mostraron que las isoformas sensibles a los péptidos ANP y guanilina también se expresan en el MLTB. La activación máxima de mGC obtenida con CNP resultó significativamente (p > 0.001) superior a la lograda con ANP, indicando que la isoforma B es la mGC predominante en este tejido. Resumen en inglés Cyclic GMP production in bovine airway smooth muscle (BASM) is mediated through soluble (sGC) and membrane-bound (mGC) guanylyl cyclases. A muscarinic-sensitive mGC exists in BASM which activity is regulated dually by M2- and M3-receptor subtypes. To identify the mGC involved in muscarinic regulation of BASM tone, RT-PCR from total RNA was performed using degenerate oligonucleotides designed for a conserved region within the GC catalytic domain. Sequencing of products rev (mas) ealed that 76% of all transcripts corresponded to the sGC beta1 subunit and 24% to the B-type (CNP-sensitive) mGC. cGMP production by BASM plasma membrane and soluble fractions confirmed that sGC activity is 3-fold with respect to mGC activity. RT-PCR using isoform-specific oligonucleotides showed that ANP-sensitive and guanylyn-sensitive mGCs are also expressed in BASM. mGC activity was significantly (p

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

55

Preliminary study on genetic variability of Dicrocoelium dendriticum determined by random amplified polymorphic DNA

Sandoval, Hilda; Manga-González, M. Yolanda; Campo, Raquel; García, Pedro; Castro, José María; Pérez de la Vega, Marcelino
1999-03-01

Digital.CSIC (Spain)

56

Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes

Angarica, V. E.; Pérez, A.G.; Vasconcelos, A.T.; Collado-Vides, Julio; Contreras-Moreira, Bruno
2008-01-01

Digital.CSIC (Spain)

57

Porfiria variegata en Chile: identificación de mutaciones en el gen protoporfirinógeno oxidasa y su implicancia diagnóstica/ Identification of mutations in the protoporphyrin oxidase gene and its diagnostic implications in porphyria variegata in Chile

Wolff, Carlos; Frank, Jorge; Poblete-Gutiérrez, Pamela
2006-08-01

Resumen en español La porfiria variegata (PV), enfermedad de origen genético con forma de herencia autosómica dominante, se debe a deficiencia en la actividad protoporfirinógeno oxidasa (PPOX). Su diagnóstico se basa en antecedentes clínicos y se confirma con análisis bioquímicos. Éstos, en algunos casos, pueden presentar limitaciones para establecer el diagnóstico definitivo de la variedad de porfiria aguda, situación en que el estudio genético molecular puede resultar útil. Se (mas) efectuó estudio genético en trece familias chilenas usando amplificación del gen PPOX por PCR, electroforesis conformacional y secuenciación automática de DNA. Cinco de estas familias incluían pacientes índices sintomáticos con diagnóstico bioquímico establecido de PV; otras siete familias incluían pacientes índices con estudio bioquímico no concluyente de la variedad de porfiria aguda y, finalmente, una familia con diagnóstico previo de protoporfiria eritropoyética (PPE). Además, se estudiaron 78 familiares asintomáticos y 50 personas sanas, no relacionadas, como controles. En cinco familias el estudio genético confirmó el diagnóstico bioquímico previo de PV. El 50% de los familiares asintomáticos resultaron ser portadores de una mutación en el gen PPOX. Se identificaron tres mutaciones por sustitución de bases: la R168H, descrita en familias de origen alemán y dos nuevas mutaciones, designadas L74P y G232S. También se identificaron dos mutaciones por deleción de bases designadas 1330delCT y la 1239delTACAC. La primera, que había sido descrita previamente en tres familias suecas, se encontró en cuatro familias chilenas. La segunda se encontró en siete familias y no ha sido descrita previamente. El estudio genético permitió mostrar que un paciente que originalmente fue diagnosticado con PPE correspondía a un heterocigoto compuesto para dos mutaciones en el gen PPOX. En conclusión, los estudios moleculares permitieron confirmar el diagnóstico de PV en cinco familias, efectuar diagnóstico de PV en familias en las cuales los datos bioquímicos no eran concluyentes, corregir el diagnóstico original en una familia e identificar portadores asintomáticos entre los familiares de los pacientes índices. Los estudios genéticos moleculares ayudan a realizar un adecuado consejo genético a pacientes y familiares y hace posible practicar prevención de las crisis agudas de porfiria, las que son potencialmente mortales. Resumen en inglés Variegate porphyria (VP) results from a hereditary deficiency of protoporphyrinogen oxidase (PPOX) that is transmitted in an autosomal dominan fashion. The diagnosis is based on the clinical symptoms and is confirmed biochemically. Sometimes, however, these diagnostic tools reveal limitations in establishing the definitive diagnosis of the prevailing type of acute porphyria. In these patients, molecular genetic analyses can be useful. We performed molecular genetic studie (mas) s in 13 Chilean families by PCR amplification of the PPOX gene, conformation sensitive gel electrophoresis, and automated DNA sequencing. In five symptomatic patients from different families, respectively, the biochemical data confirmed the diagnosis of VP. In seven other families, however, the biochemical studies were not conclusive. Furthermore, the original biochemical analysis in one clinically severely affected patient from a further family even suggested the diagnosis of erythropoietic protoporphyria (EPP). Beside the respective index patients, we studied 78 asymptomatic family members and 50 healthy, unrelated individuals for control purposes. In five families, the previous diagnosis of VP could be confirmed genetically. Further, half of the asymptomatic relatives revealed a mutation in the PPOX gene, consisting of three missense mutations and two deletion mutations. Mutation R168H that had been already described previously in German VP families was found in a Chilean family of German origin. Further, two novel missense mutations, designated L74P and G232S, could be detected. In four Chilean families, we found the deletion 1330deICT that had also been previously described in three Swedish VP families. The second deletion, 1239delTACAC, has not been described anywhere else but Chile and could be identified in seven families. One patient who was initially diagnosed with EPP turned out to be a compound heterozygote for mutations on both alíeles of the PPOX gene. In conclusion, our molecular genetic analyses unequivocally confirmed the diagnosis of VP in seven families who originally had revealed inconclusive biochemical data. Further, early genetic analysis allows for the identification of asymptomatic mutation carriers, thereby offering the possibility of adequate counselling and the prevention of potentially life-threatening acute porphyric attacks.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

58

Polimorfismo G691S, L769L y S836S del proto-oncogen RET no se asocian a mayor riesgo de cáncer medular tiroideo esporádico en pacientes chilenos/ G691S, L769L and S836S ret proto-oncogene polymorphisms are not associated with higher risk to sporadic medullary thyroid carcinoma in Chilean patients

Wohllk G, Nelson; Soto C, Emiliano; Bravo A, Maritza; Becker C, Pedro
2005-04-01

Resumen en inglés Background: Medullary thyroid carcinoma (MTC) may occur either as sporadic or as hereditary. Even though the sporadic form corresponds to the majority of cases, the pathogenesis is still unclear. Several polymorphisms of the ret proto-oncogene, including those located in exon 11, 13, 14 and 15 have been described in the general population and some of them seem to be over-represented in sporadic MTC patients from European countries, especially G691S, L769L and S836S. Aim: (mas) To evaluate the allele frequencies of these variants in Chilean patients and controls and to determine if these polymorphisms would be associated with the development of sporadic MTC from a different genetic population base. Subjects and Methods: Fifty sporadic MTC patients and 50 normal subjects were tested for G691S, L769L, S836S and S904S polymorphisms. The extracted genomic DNA was initially analyzed by direct sequencing of PCR products in patients. The presence or absence of each polymorphism was also assessed in patients and in control by restriction digestion. Results: The allele frequencies showed a similar level of the G691S, L769L and S904S variants in both groups. Of interest, we found an under-representation of S836S polymorphism in the sporadic MTC group but this number was not statistically significant (p=0.141). Conclusions: We did not find an over representation of the G691S, L769 and S836S. These results argue against the validity of the association of these polymorphisms as contributing factors in the development of sporadic MTC based on a Chilean population and raise questions about the importance of these polymorphisms overall

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

59

Plant retinoblastoma-associated proteins

Gutiérrez Armenta, Crisanto; Xie, Qi; Sanz Burgos, Andrés; Suarez López, Paula
1997-12-18

Digital.CSIC (Spain)

60

Plant retinoblastoma-associated gene

Gutiérrez Armenta, Crisanto; Sanz Burgos, Andrés; Xie, Qi; Suarez López, Paula
2002-05-07

Digital.CSIC (Spain)

61

Phylogeny and DNA barcoding of inquiline oak gallwasps (Hymenoptera: Cynipidae) of the Western Palaearctic

Zoltán, Ács; Challis, Richard J.; Bihari, Péter; Blaxter, Mark; Hayward, Alexander; Melika, George; Csóka, György; Pénzes, Zsolt; Pujade-Villar, Juli; Nieves-Aldrey, J. L.; Schönrogge, Karsten; Stone, Graham N.
2009-12-01

Digital.CSIC (Spain)

62

Phylogenetic analysis of Verticillium dahliae vegetative compatibility groups

Collado-Romero, M.; Mercado-Blanco, Jesús; Olivares-García, Concepción; Jiménez-Díaz, Rafael M.
2008-09-01

Digital.CSIC (Spain)

63

Paleogenomics in a Temperate Environment: Shotgun Sequencing from an Extinct Mediterranean Caprine

Ramírez, Oscar; Gigli, Elena; Bover, P.; Alcover, Josep Antoni; Bertranpetit, Jaume; Castresana, José

6 pages and 4 figures | [Background]Numerous endemic mammals, including dwarf elephants, goats, hippos and deers, evolved in isolation in the Mediterranean islands during the Pliocene and Pleistocene. Most of them subsequently became extinct during the Holocene. Recently developed high-throughput s...

DRIVER (Spanish)

64

Paleogenomics in a Temperate Environment: Shotgun Sequencing from an Extinct Mediterranean Caprine

Ramírez, Oscar; Gigli, Elena; Bover, P.; Alcover, Josep Antoni; Bertranpetit, Jaume; Castresana, José; Lalueza-Fox, Carles
2009-05-22

Digital.CSIC (Spain)

65
66

Optimización del método SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) que favorece el aislamiento de loci polimórficos para estudios filogenéticos en taxa cercanamente relacionados/ Optimization to the SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) favors the isolation of polymorphic loci for phylogenetic studies in closely related taxa

González, Dolores
2010-04-01

Resumen en español Las secuencias génicas han contribuido enormemente a los estudios filogenéticos en plantas. Sin embargo, una desventaja importante en las secuencias de varios loci es su baja resolución filogenética para resolver las relaciones de taxa cercanamente relacionados. En este trabajo se propone una modificación al método SCAR que consiste en: a) digerir fragmentos polimórficos generados con marcadores RAPD en lugar de clonarlos, b) secuenciar los fragmentos digeridos y c (mas) ) alinear las secuencias para diseñar oligos específicos. Esta estrategia permitió comparar de manera más rápida y sencilla regiones variables útiles para los análisis filogenéticos en rangos taxonómicos menos inclusivos. Resumen en inglés DNA sequence data have made a tremendous contribution to plant phylogenetics. Nonetheless, a notable shortcoming of several loci has been the poor phylogenetic resolution of relationships among closely related species. In this study a modification to the SCAR method is proposed that consists of: a) digestion of polymorphic RAPD fragments instead of cloning them, b) sequencing of the digested fragments, and c) alignment of sequences for designing specific primers. This simple approach allowed us to find variable DNA loci suitable for phylogenetic analysis at lower taxonomic ranks.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

67

Ocurrencia de hongos y etiología de la secadera de la fresa con diferentes sistemas de manejo agronómico/ Fungi prevalence and etiology of strawberry dry wilt under different crop management systems

Ceja-Torres, Luis F.; Mora-Aguilera, Gustavo; Téliz, Daniel; Mora-Aguilera, Antonio; Sánchez-García, Prometeo; Muñoz-Ruíz, Carlos; Tlapal-Bolaños, Bertha; De La Torre-Almaraz, Rodolfo
2008-06-01

Resumen en español En México, la secadera de la fresa (Fragaria x ananassa) se ha asociado con un complejo fungoso demostrándose únicamente la implicación de Fusarium oxysporum (Fox). Por tanto, en el presente estudio se determinó la asociación de hongos y pseudohongos con la enfermedad en diferentes sistemas de manejo agronómico y se verificó la patogenicidad. Dos muestreos se realizaron en el ciclo 2002/03 y tres en 2003/04 en 16 localidades del Valle de Zamora, Michoacán, Méxic (mas) o. Se sembraron 2640 secciones de raíces y 365 de coronas necróticas y 400 secciones de tejido asintomático en medio de cultivo papa-dextrosa-agar (PDA) y uno selectivo con antibióticos y fungicida PCNB (PARPH). Fox, F. solani (Fso), Cylindrocarpon sp. (Cyl), Pythium aphanidermatum (Pyt), Phytophthora sp. (Phy), Rhizoctonia fragariae (Rhi), Verticillium alboatrum (Ver) y Colletotrichum sp. (Col) se asociaron a la secadera. Fox fue la especie más frecuente (p Resumen en inglés In México, strawberry dry wilt (Fragaria x ananassa) has been associated with a fungus complex in which only the implication of Fusarium oxysporum (Fox) is evident. Therefore, in the present study the association of fungi and pseudofungi with the disease was determined in different systems of agronomical management, and pathogenicity was verified. Two samplings were made in the 2002/03 season and three in 2003/04 in 16 localities of the Valley of Zamora, Michoacán, Méx (mas) ico, where 2640 sections of roots and 365 of necrotic crowns were sown, along with 400 sections of asymptomatic tissue in potato-dextrose-agar (PDA) culture medium and a selective medium with antibiotics and PCNB (PARPH) fungicide. Fox, F. solani (Fso), Cylindrocarpon sp. (Cyl), Pythium aphanidermatum (Pyt), Phytophthora sp. (Phy), Rhizoctonia fragariae (Rhi), Verticillium albo-atrum (Ver) and Colletotrichum sp. (Col) were associated with the dry wilt. Fox was the most frequent species (p=0.05) and the only one that showed an increase from flowering to fructification of 47 to 62% in root and 77 to 83% in crown. In plantations with plastic mulch and drip irrigation (A + G), Fox decreased by 18% with respect to unmulched soil with gravity irrigation, whereas Cyl increased by 15% in A + G (p=0.05). The clay and clay loam soil contrasted in the detection of Fox (46.8 and 12.4%) and Rhi (9.1 and 43.7%). Symptoms of wilting with necrosis in root and crown and general death were reproduced with individual inoculations of Fox (100%), Pyt (100%), Phy (100%), Rhi (60%) and combinations of Fox with Rhi (100%), Pyt (100%) and Cyl (100%). This is the first report that implies Phytophthora sp., P. aphanidermatum and R. fragariae as causal pathogens of dry wilt in México. The morphological identification of Fox and Rhi was confirmed by sequencing of the intergenic region of the rDNA.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

70

Mutación puntual del gen supresor de tumores TP53 en lesiones preneoplásicas y neoplásicas del estómago: cross- sectional study in a high risk region/ Mutations of TP53 suppressor gene in pre-neoplastic and neoplastic lesions of the stomach

Araya O, Juan Carlos; Roa S, Juan Carlos; Villaseca H, Miguel Angel; Roa E, Iván; Guzmán G, Pablo; Alvarado C, César
2003-04-01

Resumen en inglés Background: In the current model for the development of gastric cancer, regions of multifocal atrophic gastritis give rise to intestinal metaplasia, dysplasia and finally, adenocarcinoma. Aim: To study the frequency and characteristics of TP53 gene mutations in preneoplastic and neoplastic lesions of the stomach. Material and methods: DNA sequencing of the TP53 gene was performed in 46 patients with gastric carcinoma. Normal mucosa, intestinal metaplasia and invasive aden (mas) ocarcinoma tissues were obtained by scraping 6-µm histological sections from formalin-fixed and paraffin-embedded tissue. Results: DNA sequencing of exons 5-9 of the TP53 gene demonstrated a mutation in 31% of patients. These findings were seen both in tumoral tissue (13 cases) and in intestinal metaplasia (2 cases). Most mutations were found in exons 5 and 8, and the majority of them were transitions (10 out of 19 mutations). Discussion: Patients with gastric cancer showed a frequency of TP53 mutations similar to that previously communicated in populations with low gastric cancer risk. Moreover, there was a predominance of transitions, genetic alterations that are identified with carcinogenesis associated with N-nitrosamine compounds. Finally, mutations of TP53 gene were detected in areas of intestinal metaplasia (Rev Méd Chile 2003; 131: 359-65)

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

71

Mutaciones en genes gyrA y gyrB en cepas de bacilos Gram negativos aisladas en hospitales chilenos y su relación con la resistencia a fluoroquinolonas/ Mutations in gyrA and gyrB genes among strains of Gram-negative bacilli isolated from Chilean hospitals and their relation with resistance to fluoroquinolones

De la Fuente C, Mery; Dauros S, Priscila; Bello T, Helia; Domínguez Y, Mariana; Mella M, Sergio; Sepúlveda A, Marcela; Zemelman Z, Raúl; González R, Gerardo
2007-09-01

Resumen en inglés Background: A progressive frequency of resistance to fluorquinolones is observed among Gram-negative bacilli. Aim: To investigate the mechanism of resistance to fluoroquinolones mediated by mutations affecting gyrA and gyrB genes in strains of Gram negative bacüli isolated from CMean hospitals. Material and method: Minimal inhibitory concentration of fluoroquinolones was determined in 91 randomly selected nalidixic acid-resistant strains of Escherichia coli, Klebsiella p (mas) neumoniae, Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa, isolated from hospitals of 12 Chilean cities. Quinolone resistance determining region (QRDR) was amplified by PCR and mutations were determined by restriction fragment length polymorphism (RFLP) and DNA sequencing. Results: Strains with mutation in codon 83 of gyrA showed decreased susceptibility to ciprofloxacin with MICs ranging from 0.25 to 1024 fig/ml. The sequencing of PCR products for gyrA indicated amino acid changes in the QRDR region. One strain ofE. coli presented a double mutation, in codon 83 Ser to Leu as well as in codon 87 Asp to Asn. In strains ofK. pneumoniae, however, the change of codon 83 was Ser to Tyr, in A. baumannii was Ser to Leu and in P. aeruginosa was Thr to He. No strains with mutations affecting gyrB were found. Conclusions: Mutations in codon 83 of gyrA is a frequent genetic event involved in the mechanism leading to decreased susceptibility to fluoroquinolone in strains of Gram-negative bacilli

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

72

Mutaciones de línea germinal del proto-oncogen ret en pacientes chilenos con cáncer medular tiroideo hereditario y esporádico/ Germline mutations of the ret proto- oncogen in Chilean patients with hereditary and sporadic medullary thyroid carcinoma

Wohllk G, Nelson; Becker C, Pedro; Youlton R, Ronald; J Cote, Gilbert; F Gagel, Robert
2001-07-01

Resumen en inglés Background: Medullary thyroid carcinoma (MTC) may occur either as a sporadic or familial disease. Multiple endocrine neoplasia (MEN) type 2, inherited as an autosomal dominant disease, is characterized by MTC only (FMTC) or coexistence of MTC with other endocrine neoplasia (NEM 2A, 2B). Germline mutations of the RET proto-oncogene (cRet) are found in the inherited forms and in some apparently sporadic MTC cases. Aim: To study RET mutations in 8 families with MEN 2. Materi (mas) al and methods: RET mutations were screened in peripheral blood DNA from 18 patients and 87 high risk carriers belonging to 8 MEN 2 families and 52 sporadic MTC. Exons 10, 11, 13, 14, 15 and 16 of the c-Ret were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and examined by direct sequencing of PCR products and/or restriction enzyme analysis. Results: Five MEN 2A and one FMTC families with a germline mutation at codon 634, one MEN 2A and one FMTC family carrying a mutation at codon 620 were identified. Mutations were found in 23 out of 87 high risk carriers. In addition, we detected a S891A (exon 15) germline mutation in a sporadic MTC patient and in one out of her three sons and V804M (exon 14) in another sporadic MTC case and in one out of his six relatives, indicating in both cases the presence of a sporadic misclassified familial disease. Conclusions: These results underscore the importance of routine application of c-Ret testing in all cases of MTC either familial or sporadic. (Rev Méd Chile 2001; 129: 713-8)

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

76

Molecular methods for detecting guar additions to locust bean gum.

Benedí Benito, Vicente Javier; Domenéch Sanchez, Antonio; Hernández, M.; Alberti Serrano, Sebastian; Roselló, Josep A.
2001-09-13

Digital.CSIC (Spain)

77

Molecular characterization of almond cultivars and related wild species using nuclear and chloroplast DNA markers

Zeinalabedini, Mehrshad; Majourhat, Khalid; Khayam-Nekoui, Mojtaba; Grigorian, Vazgin; Toorchi, M.; Dicenta, Federico; Martínez-Gómez, Pedro
2007-01-01

Digital.CSIC (Spain)

78

Molecular analysis of the 21-kb bacteriocin-encoding plasmid pEF1 from Enterococcus faecium 6T1a

Ruiz-Barba, José Luis; Caballero-Guerrero, Belén; Maldonado-Barragán, Antonio; Jiménez Díaz, Rufino
2010-01-01

Digital.CSIC (Spain)

79

Molecular analysis of a putative transposable retroelement from the Zea genus with internal clusters of tandem repeats

Monfort, Amparo; Vicient, Carlos M.; Raz, Regina; Puigdomènech, Pere; Martínez-Izquierdo, José A.
1995-12-31

Digital.CSIC (Spain)

80

Mispair extension fidelity of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptases with amino acid substitutions affecting Tyr115

Martín-Hernández, Ana M.; Gutiérrez-Rivas, Mónica; Domingo, Esteban; Menéndez-Arias, Luis
1997-01-01

Digital.CSIC (Spain)

81

Methylation status of ANAPC1, CDKN2A and TP53 promoter genes in individuals with gastric cancer

Lima, E. M.; Leal, M. F.; Burbano, R. R.; Khayat, A. S.; Assumpção, P. P.; Bello, M. J.; Rey, J. A.; Smith, M. A. C.; Casartelli, C.
2008-06-01

Digital.CSIC (Spain)

82

Method for the effective insertion of group in introns into specific target dna sites.

Toro, Nicolás; Martínez-Abarca, Francisco; Jiménez Zurdo, José I.
2002-08-01

Digital.CSIC (Spain)

83

Method for improving plant tolerance to environmental stress

Pagès, Montserrat; Kizis, Dimosthenis; Sanz Molinero, Ana
2002-10-10

Digital.CSIC (Spain)

84

Metagenomic retrieval of a ribosomal DNA repeat array from an uncultured marine alveolate

Massana, Ramón; Karniol, Baruch; Pommier, Thomas; Bodaker, Idan; Béjà, Oded

9 pages, 4 figures, 1 table.-- PMID: 18266757 [PubMed].-- Printed version published May 2008. | The aim of this study was to explore the use of large-scale sequencing to better describe the genome content of naturally occurring, uncultured protists. We constructed a metagenomic fosmid library from a...

DRIVER (Spanish)

85

Marcadores genéticos en hipertensión esencial/ Genetic markers in essential hypertension

PASSALACQUA, CRISTÓBAL; CASTILLO TAUCHER, SILVIA
2010-06-01

Resumen en inglés Essential hypertension (HTA) is a multifactorial disease and in Chile, its prevalence is 33.7%. There is a genetic predisposition to develop hypertension, whose magnitude is approximately 30 to 50%. At present, some factors are known to increase the risk for cardiovascular disease, but widely accepted biomarkers for screening are missing. The frst studies that looked for candidate genes have focused on the reninangiotensin - aldosterone, aducina, adrenoreceptors ß, G pro (mas) tein subunits, G protein signaling regulators, kinases associated with G proteins and Rho kinases. Studies of DNA sequencing, search for polymorphisms and variants through single nucleotide polymorphisms, have been used to seek partnerships with complex or multifactorial diseases, like HTA. Examples of these are: components of collagen proteins, genes related to cell myocardial proteins belonging to cytochrome P450 and growth factors, among others. It is still unlikely to count in a near future with a universal marker. Most probably, a series of markers that confer susceptibility to a specifc individual will have to be used in prevention programs or personalized therapy

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

87

La región intergénica del gen H2A apoya las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+) de Trypanosoma rangeli/ The intergenic region of the histone h2a gene supports two major lineages of Trypanosoma rangeli

Suárez, Brian Alejandro; Cuervo, Claudia Liliana; Puerta, Concepción Judith
2007-09-01

Resumen en español Introducción. Con base en la amplificación del ADN de los minicírculos del cinetoplasto y de los genes miniexón, Trypanosoma rangeli ha sido clasificado en las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+). Objetivo. Comparar la región intergénica de los genes H2A entre cepas KP1(+) y KP1(-) de T. rangeli, con el fin de aportar evidencias a dicha división. Materiales y métodos. Se amplificó, clonó y determinó la secuencia de la región intergénica de los genes h2a de las cep (mas) as KP1(-) Tre y 5048 y de la cepa Choachí KP1(+). Dichas secuencias, junto con las reportadas para las cepas C23 KP1(-) y H14 KP1(+), fueron utilizadas para la reconstrucción de árboles filogenéticos basados en los métodos de neighbor-joining, máxima parsimonia y máxima verosimilitud, utilizando la cepa Y de Trypanosoma cruzi como grupo raíz externo. Resultados. Se evidenció heterogeneidad intraespecífica en el tamaño de la región estudiada, soportados por valores bootstrap de 85% (neighbor-joining), 66% (máxima parsimonia) y 57% (máxima verosimilitud), los resultados indican que las cepas KP1(-) se agrupan aparte, claramente diferenciadas de las cepas KP1(+), las cuales presentan una mayor heterogeneidad intraespecífica en tamaño y secuencia. Además, se encontró mayor proximidad filogenética entre T. rangeli y T. cruzi que entre T. rangeli y Trypanosoma brucei. Conclusiones. Los análisis filogenéticos basados en la región intergénica de los genes h2a de las cepas estudiadas apoyan la división de T. rangeli en las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+). Sin embargo, se requiere estudiar un mayor número de cepas para confirmar estos hallazgos. Resumen en inglés Introduction. Trypanosoma rangeli has been classified in the KP1(+) and KP1(-) subpopulations, based on the mini-exon gene and kinetoplast DNA minicircle amplification profiles. Objective. The intergenic region of the histone h2a gene was compared between KP1(+) and KP1(-) strains of T. rangeli to substantiate this classification. Materials and methods. The amplification, cloning and sequencing of the h2a gene intergenic region was undertaken for the Tre and 5048 KP1(-) s (mas) trains for comparison with the Choachí KP1(+) strain. These sequences, along with those previously reported for the KP1 (+) and KP1 (-) H14 and C23 strains, were used to reconstruct phylogenetic trees based on the "neighbor-joining", maximum parsimony and maximum likelihood methods. The Y strain of Trypanosoma cruzi was chosen as the outgroup. Results. Intra-specific heterogeneity was observed in the size of the gene region under study, supported by bootstarp values of 85% (neighbor-joining), 66% (maximum parsimony) and 57% (maximum likelihood). The KP1(-) strains were grouped apart, clearly differentiated from the KP1(+) strains. The latter demonstrated a higher intra-specific heterogeneity, both in sequence length and composition. In addition, a closer phylogenetic relationship between T. rangeli and T. cruzi was found to be more closely related to one another than to T. rangeli and Trypanosoma brucei. Conclusion. Phylogenetic analyses of analyzed strains based on the intergenic region of the h2a genes supported the T. rangeli grouping in two major subpopulations known as KP1(+) and KP1(-) strains. However, a higher number of strains are needed to confirm this finding.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

88

La citogenética molecular y su aplicación en el estudio de los genomas vegetales/ Molecular cytogenetics in plant genome analysis

Herrera, Juan Carlos
2007-06-01

Resumen en español La citogenética es la disciplina que estudia las implicaciones genéticas de la estructura y el comportamiento de los cromosomas. Durante las últimas dos décadas los estudios citogenéticos avanzaron gracias a la información generada por métodos clásicos, los cuales permitieron establecer los primeros modelos citogenéticos en especies como tomate, trigo y arroz. Al final del siglo pasado los estudios citogenéticos mostraron un avance significativo gracias a la imp (mas) lementación de nuevas técnicas destinadas al análisis de cromosomas, tanto mitóticos como meióticos, entre las cuales se destacan el bandeo de cromosomas y la hibridación in situ sobre cromosomas. Actualmente, la mayoría de las técnicas de citogénetica molecular se basan en la tecnología de la hibridación in situ fluorescente o FISH (fluorescent in situ hybridization). Esta tecnología abrió la posibilidad de estudiar regiones específicas de la cromatina directamente sobre los cromosomas, gracias a la información derivada de la secuencia misma del ADN, y no solamente por simples características morfológicas. Como consecuencia, la citogenética molecular ha adquirido una importancia cada vez mayor en los diferentes proyectos de mapeo genético que se adelantan actualmente. En la presente revisión se hace una descripción breve de la progresión que han tenido las técnicas de citogenética, desde la llamada 'citogenética clásica' hasta las técnicas actuales de alta resolución. Esta descripción histórica es seguida de varios ejemplos concretos que ilustran la utilización de la FISH, no sólo en el mejoramiento genético de los cultivos, sino también en el estudio estructural y funcional de los genomas vegetales. Resumen en inglés Cytogenetics would be defined as a discipline concerned with the genetic implications of chromosome structure and behavior. During past twenty years cytogenetics studies were carried out due to the information derived from classical methods based on chromosome deletions and translocations. As a result of such studies, the first cytogenetic models in such species as tomato, wheat, and rice were created. Significant advances in most plant cytogenetic systems have occurred i (mas) n the last quarter of the 20 century with the introduction of chromosome banding, in situ hybridization, and other techniques for the analysis of somatic and meiotic chromosomes. Most of current cytogenetic protocols are based on the fluorescent in situ hybridization (FISH) technology. This DNA:DNA in situ method had opened a possibility to address chromatin regions of individual chromosomes on the basis of DNA sequence information in addition of mere morphological features. With genome mapping projects underway sequencing chromosomes and genomes, cytogenetic research had become more relevant. In this review, a historical perspective of chromosome research during the last 80 years is presented. It shows the progression of the 'classical cytogenetics' up to current 'molecular cytogenetics' founded on high resolution techniques such as FISH. The diversity of applications is illustrated through some practical examples of valuable current utilization of FISH-based methodologies in plant breeding programs, as well as in structural and functional genomics.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

90

Infectious clones.

Enjuanes Sánchez, Luis
2001-06-07

Digital.CSIC (Spain)

91

Infección bacteriémica por Nocardia otitidiscaviarum: revisión a propósito de un caso/ Bacteremic infection due to Nocardia Otitidiscaviarum: case report and review

Candel, F. J.; González, J.; Matesanz, M.; Cinza, R.; Cías, R.; Candel, I.; Pontes, J. A.; Roca-Arbonés, V.; Picazo, J. J.
2005-10-01

Resumen en español Presentamos un caso de neumonía bacteremica causada por Nocardia otitidiscaviarum en un paciente con bronconeumopatia crónica obstructiva corticodependiente. Los cultivos de sangre y esputo en medios para micobacterias resultaron positivos y la identificación se realizó mediante la secuenciación de 16S rDNA. En el presente artículo se realiza una revisión de conjunto sobre el agente etiológico y se practica el estudio de susceptibilidad de la cepa mediante la técnica de E-Test. Resumen en inglés We present a case of bacteremic pneumonia caused by Nocardia otitidiscaviarum in a corticodependent COPD. Blood and sputum cultures on Mycobacterial media were positives and identification was done using 16S rDNA sequencing. In this article we review the most relevant comunications about Nocardia spp infection and study the strain susceptibility using E-test.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

92

Infecciones concurrentes por dos serotipos del virus dengue durante un brote en el noroeste de Perú, 2008/ Concurrent infections by two dengue virus serotypes during an outbreak in northwestern Peru, 2008

Mamani, Enrique; Figueroa, Dana; García, María Paquita; Garaycochea, María del Carmen; Pozo, Edwar J.
2010-03-01

Resumen en español Objetivo. Describir la existencia de infecciones concurrentes por diferentes serotipos del virus dengue (DENV) en un brote ocurrido en el noroeste de Perú durante el 2008. Materiales y métodos. Se analizó 73 muestras séricas de pacientes con dengue en un brote en el noroeste de Perú entre mayo y junio de 2008. Para la serotipificación del DENV se utilizó técnicas de biología molecular; así, primero se realizó la extracción del ARN con el kit QIAamp viral RNA M (mas) ini, luego se realizó la transcripción inversa y amplificación de los fragmentos de ADNc viral mediante las técnicas de reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR multiplex) y de RT-Anidada PCR (RT-Nested PCR), y finalmente de realizó el secuenciamiento genético de los fragmentos de ADNc viral utilizando el kit Big Dye Terminator v.3,1. Resultados. Los 73 casos de dengue presentaron infecciones por diferentes serotipos: 34 (46,6%) por DENV-3, 29 (39,7%) por DENV-1, 4 (5,5%) por DENV-4 y 6 casos (8,2%) por DENV-1 y DENV-3. Las manifestaciones clínicas más frecuentes fueron fiebre y cefalea (100%), mialgia (94,5%), dolor ocular (83,6%), artralgia (78,1%), escalofríos (63,0%), nauseas/vómitos (38,4%), prueba de lazo positiva (30,1%) y erupción cutánea (20,5%). Los pacientes con infecciones concurrentes presentaron cuadros leves, excepto una paciente que presentó prueba de lazo positivo y sangrado genital. Conclusión. Es el primer reporte de pacientes peruanos con infecciones concurrentes por dos serotipos del DENV sin formas graves de la enfermedad. Resumen en inglés Objetives. To establish the existence of concurrent infections by different dengue virus (DENV) serotypes in an outbreak in the Northwestern in Peru during 2008. Material and methods. 73 serum samples from patients with dengue were analyzed during an outbreak that occurred in Northwestern in Peru between May and June 2008. Molecular biology techniques were used to serotype the DENV, thus, firstly the viral RNA viral was extracted using Viral QIAamp RNA mini kit (Qiagen, V (mas) alencia, California, USA), then the viral cDNA fragments were reverse transcripted and amplified by means of the Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) and the RT-Nested PCR region techniques and finally, genetic sequencing of the viral cDNA fragments were performed using the Big Dye Terminator v.3,1 kit. Results. The 73 dengue cases presented infections by different serotypes: 34 (46.6%) by DENV-3, 29 (39.7%) by DENV-1, 4 (5.5%) by DENV-4, and 6 (8.2%) concurrent infections by DENV-1 and DENV-3. The most frequent clinical manifestations observed among dengue patients were fever and headache (100%), myalgia (94.5%), ocular pain (83.6%), arthralgia (78.1%), shivers (63.0%), nausea/vomiting (38.4%), positive tourniquet test (30.1%), and rash (20.5%). All patients with concurrent infections presented light clinical course of dengue fever (DF) except one patient who had moderate hemorrhagic manifestations. Conclusion. This is the first Peruvian report of patients with concurrent infections of two DENV serotypes without severe clinical manifestations.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

94

Identification of sequence elements contributing to the intrinsic curvature of the mouse satellite DNA repeat

Carrera, Pilar; Martínez-Balbás, Miguel A.; Portugal, José; Azorín, Ferran
1991-10-01

Digital.CSIC (Spain)

95

Identification of a novel Rhizobium meliloti nodulation efficiency nfe gene homolog of Agrobacterium ornithine cyclodeaminase

Soto, María José; Zorzano, Adolfo; García-Rodríguez, Fernando; Mercado-Blanco, Jesús; López-Lara, Isabel M.; Olivares, José; Toro, Nicolás
1994-11-01

Digital.CSIC (Spain)

96

Identification of Pratylenchus thornei, the cereal and legume root-lesion nematode, based on SCAR-PCR and satellite DNA.

Carrasco-Ballesteros, S.; Castillo, Pablo; Adams, B. J.; Pérez-Artés, Encarnación
2007-06-02

Digital.CSIC (Spain)

98

Identificación por métodos moleculares de adenovirus asociados a conjuntivitis/ Identification of adenovirus associated with conjunctivitis by molecular methodology

Mejía-López, H.; Matías-Florentino, M.; Vélez-Montoya, R.
2006-07-01

Resumen en español Objetivo: Por medio de métodos moleculares como la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) y la secuenciación del material genético, identificar adenovirus en pacientes con conjuntivitis. Métodos: Se procesaron muestras de raspado del saco conjuntival inferior de 51 pacientes (39 diagnosticados con conjuntivitis folicular y 12 diagnosticados con conjuntivitis vernal) para identificar adenovirus por medio de la PCR genérica. Todas las muestras positivas en la PCR g (mas) enérica, fueron cultivadas en células VERO para el aislamiento del virus, éste se demostró por inmunofluorescencia. Se utilizó la PCR múltiple para la caracterización de los serotipos aislados y las variantes genéticas se identificaron mediante la secuenciación automatizada. Resultados: Veintiocho de los pacientes diagnosticados con conjuntivitis folicular y seis de los diagnosticados con conjuntivitis vernal resultaron positivos a adenovirus (67%). El cultivo en células VERO permitió el aislamiento del virus de 8 muestras. Sólo tres de los aislados fueron identificados (un serotipo Ad1 y dos Ad2) por la PCR múltiple que identifica adenovirus del subgénero C. Por secuenciación automatizada se identificó una variante genética correspondiente al Ad1, mientras que los aislados de Ad2 fueron idénticos a los reportados en el Banco de Genes. Conclusiones: La Reacción en Cadena de la Polimerasa y la Secuenciación son herramientas útiles para la identificación y caracterización de agentes causantes de enfermedades tales como la Conjuntivitis por Adenovirus. Resumen en inglés Objective: To identify adenovirus in patients with conjunctivitis by molecular methods such as the Polymerase Chain Reaction (PCR) and DNA sequencing. Methods: Samples of scrapings from the inferior fornix of 51 patients (39 diagnosed with Follicular Conjunctivitis and 12 diagnosed with Vernal Conjunctivitis) were processed by generic PCR to identify adenovirus. All the samples that were PCR positive were cultured on VERO cells for virus isolation, with this being demonst (mas) rated by immunofluorescence. For the identification of the isolated serotype, the multiplex PCR was utilized and DNA automated sequencing was employed to identify the genetic variants. Results: Twenty-eight of the individuals diagnosed with Follicular Conjunctivitis and six of those diagnosed with Vernal Conjunctivitis, had positive results to adenovirus (67%). The cultures in VERO cells allowed the isolation of eight samples. Only three of the isolated viruses (one Ad1 and two Ad2) were identified by the multiplex PCR used to identify the subgenus C adenovirus. An Ad1 genetic variant was identified by automated sequencing while the Ad2 serotypes were identical to the ones reported by Genbank. Conclusions: The Polymerase Chain Reaction and DNA sequencing are useful tools to identify and characterize microorganisms responsible for diseases such as conjunctivitis caused by adenoviruses.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

99

Identificación de mutaciones en el gen CYBB que llevan al fenotipo de la enfermedad granulomatosa crónica ligada al cromosoma X: Reporte de una nueva mutación/ Report of a new mutation in CYBB gene in two patients with X linked chronic granulomatous disease

Agudelo-Flórez, Piedad; Navarro V, Sara; Luttges D, Pamela; López, Juan Alvaro; Norambuena R, Ximena; Navarrete S, Carmen Luz; Quezada L, Arnoldo; Spencer Y, Michael; Condino-Neto, Antonio; Cornejo De L, Mónica
2006-08-01

Resumen en inglés Background: The X-linked form of chronic granulomatous disease (CGD) is a primary immunodeficiency that affects phagocytes of the innate immune system and is characterized by an increased susceptibility to severe bacterial and fungal infections. It is caused by mutations in the CYBB gene, which encodes the 91-kD subunit of phagocyte NADPH oxidase. Aim: To identify the mutation in the CYBB gene in two unrelated patients from Chile with the diagnosis of X-linked CGD and the (mas) ir families. Patients and methods: The molecular genetic defects of two unrelated patients from Chile with X-linked CGD caused by defects in the CYBB gene were investigated. The underlying mutation was investigated by single strand conformation polymorphism (SSCP) analysis of PCR-amplified genomic DNA and by sequencing of the affected gene region. Results: We found an insertion c.1267_1268insA in exon 10 leading to a frameshift mutation. This mutation is a novel report. We also identified a splice site mutation in the other patient, that presented a c.1326 +1 G>A substitution in intron 10. The mutation was also detectable in his heterozygous mother. Conclusions: This is the first report of the clinical and molecular characterization of Chilean patients with mutations in CYBB gene (Rev Méd Chile 2006; 134: 965-72)

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

100

Identificación de especies de Naegleria en sitios recreativos en Hornos, Sonora/ Identification of Naegleria species in recreational areas in Hornos, Sonora

Guzmán-Fierros, Eunice; De Jonckheere, Johan F; Lares-Villa, Fernando
2008-06-01

Resumen en español Por medio de técnicas moleculares se han identificado más de 47 especies del género Naegleria, pero en los estudios hechos en México sólo 4 han sido identificadas. El objetivo de este estudio fue identificar el mayor número de Naegleria spp. en sitios recreativos en Hornos, Sonora. Para ésto, se seleccionaron 9 sitios que se muestrearon durante los meses de junio a septiembre de 2004. Se identificaron genéticamente 15 especies aisladas mediante secuenciación de D (mas) NA ribosomal, 9 ejemplares como N. lovaniensis, 5 como N. tihangensis y 1 como N. americana. Es la primera vez que se registra la presencia de N. americana y N. tihangensis en la región; esta última especie está muy relacionada con otra amiba patógena, N. australiensis. Una de las cepas aisladas de N. lovaniensis resultó ser única porque difiere en 1 par de bases de las otras cepas de esta especie. Resumen en inglés By means of molecular techniques more than 47 species of the genus Naegleria have been identified, but in Mexico, only 4 of these species have been so identified. The objective of this study was to identify a higher number of Naegleria spp. in recreational areas in Hornos, Sonora. Nine sites were selected and sampling was performed from June to September of 2004. Fifteen isolated species were identified genetically by means of sequencing ribosomal DNA, 9 specimens as N. l (mas) ovaniensis, 5 as N. tihangensis and 1 as N. americana. It is the first time that N. americana and N. tihangensis are reported in this region. The latter species is closely related to another pathogenic amoeba, N. australiensis. One of the isolated strains of N. lovaniensis is unique because it differs by 1 bp from the other strains of this species.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

101

Identidad genética del hongo causante del primer caso de coccidioidomicosis descripto por Alejandro Posadas en 1892/ Genetic characterization of the fungus involved in the first case of coccidioidomycosis described by Alejandro Posadas in 1892

Canteros, Cristina E; Toranzo, Adriana; Suárez-Alvarez, Roberto; Davel, Graciela; Castañon-Olivares, Laura R; Nápoli, José
2009-04-01

Resumen en español En 1892, Alejandro Posadas documentó el primer caso mundial de coccidioidomicosis en un paciente argentino de nombre Domingo Escurra. Con el objetivo de identificar la especie de Coccidioides involucrado en ese caso, analizamos una pieza de necropsia del paciente, conservada en el Museo de Patología de la Facultad de Medicina de la Universidad de Buenos Aires, Argentina. La porción del tejido con mayor número de endosporas del hongo libres e integras fue elegida utili (mas) zando una coloración inmunohistoquímica específica. El ADN fúngico fue amplificado usando una PCR anidada que reconoce un fragmento del gen Ag2/PRA cuyo polimorfismo diferencia Coccidioides immitis y C. posadasii. Se amplificó además, el ADN de dos cepas de referencia: C. immitis (M38-05) y C. posadasii (1-NL) y de cuatro aislamientos de Coccidioides de pacientes argentinos. Los fragmentos amplificados fueron secuenciados en ambas hebras. Las secuencias fueron editadas, alineadas y comparadas con las depositadas en GenBank C. posadasii (Acceso N° AY536446, cepa Silveira) y C. immitis (Acceso N° AY536445). Las secuencias del Coccidioides del caso Escurra, de los aislamientos argentinos y de la cepa 1-NL fueron idénticos entre sí y mostraron una mutación puntual de C→G en la posición 1228 en comparación con la secuencia de C. posadasii, cepa Silveira. Este es el primer trabajo donde se busca ADN de Coccidioides en una pieza anatómica de museo con más de 100 años de antigüedad. Los resultados confirman que el primer caso de coccidioidomicosis o enfermedad de Posadas documentado mundialmente fue producido por el recientemente descripto C. posadasii. Resumen en inglés In 1892 Alejandro Posadas described the first worldwide case of coccidioidomycosis in a patient named Domingo Escurra. A preserved necropsy piece from the patient's remains is conserved in the Museum of Pathology of the Medical School, Buenos Aires University. Paraffin-embedded specimens obtained from this piece served to identify the fungus involved in the case. Histological slices from different lesion sites were submitted to a genus-specific immunohistochemical stainin (mas) g in order to select the more suited areas in terms of abundance/integrity of fungal esporangia and endospora. Fungal DNA was amplified from selected deparaffinated slices using a nested PCR designed to amplify a segment of the gen Ag2/PRA and differentiate C. immitis from C. posadasii. This PCR was also applied to two reference strains (C. immitis M38-05, C. posadasii 1-NL) and isolates obtained from four recent coccidioidomycosis cases occurred in Argentina. Amplified products were submitted to sequencing of both DNA strands. The obtained sequences were edited, aligned and compared with C. posadasii (Access N° AY536446, strain Silveira) and C. immitis (Access N° AY536445) deposited in GenBank. DNA sequences from Escurra's lesions were 100% homologous to the recent Argentinean cases and the reference strain 1-NL. A single point C→G difference in position 1228 was observed with respect to sequence of strain C. posadasii Silveira. For the first time, Coccidioides DNA is recovered from a museum piece which is more than 100-year-old. Our results confirm that the original case of Posadas's disease was caused by the recently described C. posadasii.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

102

IDENTIFICACIÓN MOLECULAR DE POBLACIONES BACTERIANAS ASOCIADAS AL CARACOL PALA (Strombus gigas) DEL CARIBE COLOMBIANO/ Molecular Identification Of Bacterial Populations Associated To Queen Conch (Strombus gigas) From Colombian Caribbe

ACOSTA, EDINSON ANDRÉS; GÓMEZ, ELIANA; ROMERO TABAREZ, MAGALLY; CADAVID RESTREPO, GLORIA ESTER; MORENO HERRERA, CLAUDIA XIMENA
2009-08-01

Resumen en español El caracol Pala, Strombus gigas (Strombidae), es de gran importancia ecológica y socioeconómica en el área caribeña colombiana. Sin embargo, es una especie catalogada como "vulnerable" y existe muy poca información referente a las especies bacterianas asociadas al caracol que puedan ser importantes para el desarrollo, manejo productivo y de seguridad acuícola de estos gastrópodos. En este trabajo, nosotros empleamos un estudio microbiológico y molecular de la regi (mas) ón intergénica entre los genes 16S y 23S rDNA, análisis del gen rDNA 16S y secuenciación, para analizar las bacterias asociadas al caracol Pala (S. gigas). La composición de bacterias cultivables asociadas fue evaluada por su capacidad para crecer en agar marino y en medios de cultivos selectivos. De un total de 28 muestras analizadas encontramos que el número de bacterias cultivadas en condiciones aerobias fue de alrededor 10(6) ufc mL-1 donde las bacterias pertenecientes a la familia Vibrionacea fueron las más abundantes, cerca de >10(5) ufc mL-1. El análisis molecular de la región intergénica entre los genes 16S y 23S rDNA de las diferentes muestras, reveló una gran complejidad bacteriana asociada a S. gigas. Las secuencias de los amplificados del gen rDNA 16S identificó Pseudoalteromonas sp., Halomonas sp., Psycrobacter sp., Cobetia sp., Pseudomonas sp. y Vibrios sp. Nuestros resultados podrían sugerir un rol importante de estas bacterias como componentes de la comunidad asociada al S. gigas. Esta información puede complementar los estudios que se están implementando en los procesos para la conservación y repoblamiento de las poblaciones de S. gigas en Colombia. Resumen en inglés The Queen Conch, Strombus gigas (Strombidae), is a species of great ecological and socioeconomic importance in the Caribbean area of Colombia. However, it is currently catalogued as "vulnerable"; there is limited information concerning the bacterial species associated with conch and important in the management of hatcheries for higher productivity and safety of these gastropods. In this study, we used a microbiology and molecular approach using the 16S-23S intergenic regi (mas) on, the 16S rDNA analysis and sequencing to determine the bacterial populations associated with Queen Conch (S. gigas). Also, the capacity to grow in marine agar and selective culture media was used to evaluate the composition of bacteria associated. The 28 total samples analysed we found the number of bacteria recovered after aerobic culture about 10ˆ6 cfu mL-1 and most belong to the Vibrionaceae family in the order of 10ˆ5 ufc mL-1. The molecular results of the spacer regions between the 16 and 23S genes from the different analyzed samples indicated a great complexity in the bacterial population associated to S. gigas. The sequencing of the amplicons of 16S rDNA identifies Pseudoalteromonas sp, Halomonas sp., Psycrobacter sp., Cobetia sp., Pseudomonas sp. and Vibrios sp. This suggests these bacteria can play an important role as components of the bacterial community associated to S. gigas. This information can help to improve both the management of hatcheries for higher productivity and for the implementation for the conservation processes of Colombian S. gigas.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

103

How many of Cassini anagrams should there be? Molecular systematics and phylogenetic relationships in the Filago group (Asteraceae, Gnaphalieae), with special focus on the genus Filago.

Galbany-Casals, Mercé; Andrés-Sánchez, Santiago; Garcia-Jacas, Núria; Susanna de la Serna, Alfonso; Rico, Enrique; Martínez Ortega, M. Montserrat
2010-12-01

Digital.CSIC (Spain)

104

High throughput SNP discovery and genotyping in grapevine (Vitis vinifera L.) by combining a re-sequencing approach and SNPlex technology

Lijavetzky, Diego; Cabezas, José A.; Ibáñez, Ana; Rodríguez, Virginia; Martínez-Zapater, José M.

This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/8/424 | [Background] Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most abundant type of DNA sequence polymorphisms.Their higher availability and stability when compared to simple sequence repeats (SSRs) provide enhanced possib...

DRIVER (Spanish)

105

High throughput SNP discovery and genotyping in grapevine (Vitis vinifera L.) by combining a re-sequencing approach and SNPlex technology

Lijavetzky, Diego; Cabezas, José A.; Ibáñez, Ana; Rodríguez, Virginia; Martínez-Zapater, José M.
2007-11-19

Digital.CSIC (Spain)

106

High sequence variability of myticin transcripts in hemocytes of immune-stimulated mussels suggests ancient host-pathogen interactions

Pallavicini, Alberto; Costa Portela, María del Mar; Gestal, Camino; Dréos, René; Figueras, Antonio; Venier, Paola
2008-01-01

Digital.CSIC (Spain)

107
108

Global patterns of sequence evolution in Drosophila

Gallach, Miguel; Arnau, Vicente; Marín, Ignacio
2007-11-09

Digital.CSIC (Spain)

109

Genome-wide BAC-end sequencing of Cucumis melo using two BAC libraries

González, Víctor M.; Rodríguez Moreno, Luis; Centeno, Emilio; Benjak, Andrej; García-Mas, Jordi; Puigdomènech, Pere; Aranda, Miguel A.
2010-11-05

Digital.CSIC (Spain)

110

Genetic relationship among seven specialized forms of Fusarium oxysporum determined by DNA sequencing of the ITS region and AFLPs

Arroyo García, Rosa; Cenis Anadón, José Luis; Tello Marquina, Julio César; Martínez Zapater, José Miguel; Cifuentes Romo, Dina

[ENG] The fungus Fusarium oxysporum Sch.: Fr. present a high biological and genetic variability, manifested the exixtence of many specialized forms and races. With the goal of evaluating the genetic relationship among different specialized forms, an experiment was carried out involving the applicati...

DRIVER (Spanish)

111

Generic delimitation and phylogeny of the Carduncellus-Carthamus complex (Asteraceae) based on ITS sequences

Vilatersana, Roser; Susanna de la Serna, Alfonso; Garcia-Jacas, Núria; Garnatje, Teresa
2000-01-01

Digital.CSIC (Spain)

112

Generic Delimitation and Phylogeny of the Subtribe Centaureinae (Asteraceae): A Combined Nuclear and Chloroplast DNA Analysis

Garcia-Jacas, Núria; Susanna de la Serna, Alfonso; Garnatje, Teresa; Vilatersana, Roser
2001-01-01

Digital.CSIC (Spain)

115

From a Short Amino Acidic Sequence to the Complete Gene

Miñambres Rodríguez, Baltasar; Olivera, Elías R.; García, Belén; Naharro, Germán; Luengo, José M.
2000-01-01

Digital.CSIC (Spain)

116

Fast comparison of DNA sequences by oligonucleotide profiling

Arnau, Vicente; Gallach, Miguel; Marín, Ignacio
2008-02-28

Digital.CSIC (Spain)

121

Entropically-driven binding of mithramycin in the minor groove of C/G-rich DNA sequences

Barceló, Francisca; Scotta, Claudia; Ortiz-Lombardía, Miguel; Méndez, Carmen; Salas, José A.; Portugal, José
2007-03-16

Digital.CSIC (Spain)

122

Entorno genético de CTX-M-2 en aislamientos de Klebsiella pneumoniae provenientes de pacientes hospitalizados en Uruguay/ Genetic environment of CTX-M-2 in Klebsiella pneumoniae isolates from hospitalized patients in Uruguay

Vignoli, R.; Cordeiro, N.; Seija, V.; Schelotto, F.; Radice, M.; Ayala, J.; Power, P.; Gutkind, G.
2006-04-01

Resumen en español Se estudiaron las cepas de Klebsiella pneumoniae K96005 y K13, productoras de la beta-lactamasa de espectro extendido CTX-M-2, aisladas durante 1996 y 2003, respectivamente, de pacientes hospitalizados en Uruguay. Se realizó la caracterización del entorno génico del gen blaCTX-M-2 mediante mapeo por PCR y secuenciación de los amplicones. Los resultados revelan que en ambos aislamientos el gen codificante de dicha enzima se encuentra en un integrón complejo de clase 1 (mas) , asociado a la presencia de orf513. El integrón identificado, cuyo arreglo de genes es aac(6')-Ib, blaOXA-2, orfD, asociados a orf513-blaCTX-M-2, parece estar ampliamente diseminado en la región del Río de la Plata. Resumen en inglés We studied two CTX-M-2-producing Klebsiella pneumoniae clinical strains, K96005 and K13, isolated from hospitalized patients in Uruguay, during 1996 and 2003, respectively. The genomic surroundings of blaCTX-M-2 were characterized by PCR-mapping and DNA sequencing. Our results show that blaCTX-M-2 is included in a complex class-1 integron (InK13), associated with an orf513 in both isolates. The genetic array of the integron, aac(6')-Ib, blaCTX-M-2, orfD (gene cassette reg (mas) ion), associated with an orf513-blaCTX-M-2, seems to be widely disseminated over the Río de la Plata region.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

123

Effect of Transgene Concentration, Flanking Matrix Attachment Regions, and RecA-Coating on the Efficiency of Mouse Transgenesis Mediated by Intracytoplasmic Sperm Injection

Moreira, Pedro N.; Pérez-Crespo, Miriam; Ramírez, Miguel Ángel; Pozueta, Julio; Montoliu, Lluís; Gutiérrez-Adán, Alfonso
2006-10-11

Digital.CSIC (Spain)

124

Efecto de la inoculación de la cepa Sphingomonas paucimobilis 20006FA sobre la composición de un consorcio bacteriano degradador de fenantreno/ Effect of the inoculant strain Sphingomonas paucimobilis 20006FA on the bacterial composition of a phenanthrene-degrading consortium

Madueño, L.; Coppotelli, B. M.; Morelli, I. S.
2009-06-01

Resumen en español Se estudió el efecto de la inoculación con la cepa Sphingomonas paucimobilis 20006FA sobre la composición bacteriana de un consorcio degradador de fenantreno en cultivos discontinuos (batch) con 8 repiques sucesivos. El consorcio original se obtuvo a partir de un suelo prístino. A los fines del estudio, se obtuvieron y mantuvieron dos consorcios: uno inoculado (F200+I) y otro sin inocular (F200). Se estudió la diversidad bacteriana de los consorcios mediante el anál (mas) isis de microorganismos cultivables (por caracterización fenotípica y genotípica) y totales (por PCR-DGGE). A lo largo de los repiques sucesivos pudo observarse en ambos consorcios una tendencia a la pérdida de la capacidad degradadora de fenantreno, acompañada por una disminución de la diversidad bacteriana. Si bien la inoculación no produjo cambios significativos en la capacidad degradadora de fenantreno de los consorcios (29,9% para F200 y 27,6% para F200+I hacia el tercer repique), sí produjo cambios en la composición bacteriana, ya que los perfiles de DGGE revelaron una dinámica estructural diferente en el consorcio inoculado. En ambos consorcios se pudo observar la presencia de una banda intensa posicionada a la misma altura que el ADN del inóculo en el gel de DGGE; sin embargo, los cultivos aislados de los consorcios que presentaban idéntica posición de banda en el perfil PCR-DGGE que la cepa S. paucimobilis 20006FA mostraron baja similitud con la cepa inoculada mediante la técnica de RAPD. Resumen en inglés The effect of the inoculant strain Sphingomonas paucimobilis 20006FA on the bacterial composition of a phenanthrene-degrading consortium obtained from a pristine soil in sequencing batch cultures was studied. Inoculated (F200+I) and non-inoculated (F200) phenanthrene-degrading consortia, were obtained. Bacterial diversity of consortia was studied at cultivable (phenotype and genotype characterization) and non-cultivable (PCR-DGGE) levels. During the successive cultures, a (mas) loss in the phenanthrene-degrading capacity and a decrease in the bacterial diversity were observed in both consortia. Although inoculation did not produce any significant changes in the consortia phenanthrene-degrading capacity (29.9% F200 and 27.6% F200+I), it did produce changes in the bacterial composition, showing a differential structural dynamics in the DGGE profiles of the inoculated consortium. In both consortia, a dominant band placed at the same position as that of the DNA of the inoculant strain in the DGGE gel could be observed. However, isolated cultures from the consortia which had an identical band position to that of S. paucimobilis 20006FA in the PCR-DGGE profile showed low similarity with respect to the inoculant strain (RAPD).

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

125

Distrofia corneal granular autosómica dominante causada por mutación del gen TGFBI en una familia mexicana/ Autosomal dominant granular corneal dystrophy caused by a TGFBI gene mutation in a mexican family

Zenteno, J.C.; Santacruz-Valdés, C.; Ramírez-Miranda, A.
2006-07-01

Resumen en español Objetivo: Las distrofias corneales son un grupo de alteraciones hereditarias en las que una acumulación progresiva de material amiloide, hialino o mixto en las distintas capas corneales produce disminución de la transparencia corneal. Se describen las características clínicas y los estudios moleculares del gen TGFBI en una paciente Mexicana con una distrofia corneal estromal de tipo granular. Métodos: Examen oftalmológico completo, caracterización fenotípica de la (mas) distrofia corneal, y análisis del gen TGFBI por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y por secuenciación nucleotídica, en DNA de la propósita y de un hermano afectado. Resultados: Las lesiones corneales observadas en la paciente fueron compatibles con el diagnóstico de distrofia corneal estromal de tipo granular (clásica). No se observaron lesiones en las otras capas corneales. El análisis del gen TGFBI en DNA de la paciente y de un hermano afectado reveló una mutación puntual, de adenina a guanina, en el exón 14 de TGFBI que origina un cambio de histidina a arginina en el aminoácido 626 (H626R) de la proteína TGFBI. Conclusiones: Éste es el primer caso en el que se demuestra que una distrofia corneal granular es causada por la mutación H626R en TGFBI. Esta mutación ha sido reportada consistentemente en la distrofia estromal de tipo empalizada, clínicamente diferente a la granular. Nuestros datos indican que existen excepciones en la aparente correlación genotipo-fenoitipo establecida en el grupo de distrofias corneales asociadas a mutación en el gen TGFBI. Resumen en inglés Objective: To describe the clinical data and the results of molecular analyses of the TGFBI gene in a patient with classic granular stromal corneal dystrophy (type I). Methods: A female patient aged 60-years complaining of a long-standing decrease of visual acuity bilaterally associated with photophobia and foreign body sensation, underwent a complete ophthalmologic examination. Molecular analyses of DNA from the patient and from an affected brother included PCR amplifica (mas) tion of exons 4, 11, 12, and 14 of the TGFBI gene and direct automated sequencing of the PCR products. Results: The affected patient showed a pattern of corneal stromal lesions that was compatible with a diagnosis of classic granular dystrophy. No involvement of other corneal layers was evident. Molecular analysis disclosed a point mutation in exon 14 of the TGFBI gene which consisted of an adenine to guanine change at nucleotide position 1924, predicting a substitution of arginine instead of histidine at residue 626 of the TGFBI protein (H626R). An identical mutation was detected in DNA from her affected brother. Conclusions: This is the first time that a case of stromal granular dystrophy has been demonstrated to be caused by the H626R mutation, a molecular defect classically detected in the phenotypically distinct lattice corneal dystrophy. Our data indicate that the same molecular defects in the TGFBI gene lead to different phenotypes in stromal dystrophies, thus expanding the genotypic-phenotypic spectrum in this group of corneal diseases.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

126

Disentangling Vector-Borne Transmission Networks: A Universal DNA Barcoding Method to Identify Vertebrate Hosts from Arthropod Bloodmeals

Alcaide, Miguel; Rico, Ciro; Ruiz, Santiago; Soriguer, Ramón C.; Muñoz, Joaquín; Figuerola, Jordi
2009-09-21

Digital.CSIC (Spain)

127

Diagnóstico de pseudotuberculosis en ovinos patagónicos/ Diagnosis of caseous lymphadenitis in sheep from Patagonia

Estevao Belchior, S.; Gallardoz, A.; Ábalos, A.; Díaz, Y.; Álvarez, L.; Callejo, R.; Prieto, M.; Jodor, N.; Jensen, O.
2007-03-01

Resumen en español La linfadenitis caseosa (LAC) es una enfermedad bacteriana supurativa crónica que afecta a ovinos. El agente etiológico es Corynebacterium pseudotuberculosis. El diagnóstico diferencial con otras afecciones que presentan manifestaciones clínicas similares sólo puede hacerse sobre la base del aislamiento y la identificación del agente etiológico. El objetivo de este trabajo fue caracterizar metabólica y genéticamente al agente causal de abscesos granulomatosos obs (mas) ervados en ovinos en la región patagónica. En las muestras, se observó un contenido caseoso rodeado de una membrana fibrosa, y en el examen histopatológico, un centro de necrosis caseosa rodeado por células epitelioides, linfocitos y polinucleares. Mediante estudios microscópicos, bacteriológicos y moleculares fue confirmada la infección causada por C. pseudotuberculosis biovar ovis. Resumen en inglés Caseous lymphadenitis (CLA) is a chronic bacterial, infectious and contagious disease caused by Corynebacterium pseudotuberculosis. It affects sheep and results in abscesses of the lymph nodes in subcutaneous tissue, as well as in internal organs such as lungs, liver and kidneys. Differential diagnosis of the disease is based on the isolation and biochemical identification of the etiological agent. The purpose of this study was to characterize the bacteria isolated from t (mas) ypical CLA lesions in sheep from Patagonia, Argentina, at metabolic and genetic levels. Macroscopic observations show a fibrous membrane containing caseous necrotic tissue. Histopathological analysis shows an eosinophilic necrotic area surrounded by epitheloid cells and polymorphonuclear infiltration. Other analyses performed such as microscopic observations, in vitro culture, biochemical tests and 16s rDNA sequencing confirmed diagnosis of caseous lymphadenitis due to C. pseudotuberculosis.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

129

Determinación de una mutación en el gen BRCA1 en una familia que presenta cáncer de mama hereditario/ Determination of a BRCA1 gene mutation in a family with hereditary breast cancer

Gallardo C, Marcela; Faúndez J, Paola; Cruz, Adolfo; Rodríguez, Mario; Alvarez Z, Manuel; Carvallo SQ, Pilar
2004-02-01

Resumen en inglés Background: Breast cancer is the main cause of death among women between 40 and 55 years old, in whom the hereditary cases are common. Therefore, the molecular diagnosis of germ line mutations involved in breast cancer susceptibility is relevant. BRCA1 and BRCA2 have been described as the two major genes involved in familial breast/ovarian cancer. We are performing a screening of BRCA1 and BRCA2 genes, in a group of 50 high risk Chilean families for breast/ovarian cancer. (mas) We have detected a mutation, 3936 C>T, that leads to a truncated protein, in two affected women from one of the families in study. Aim: To report the results of the screening for 3936 C>T in healthy relatives of index women. Material and me-thods: The molecular diagnosis of this mutation was offered to the healthy members of this family, and 17 relatives accepted to be tested. The region of the BRCA1 gene that includes the 3936 C>T mutation, was analyzed through PCR amplification, digestion with restriction enzyme BstNI, and direct sequencing. Results: 3936 C>T DNA mutation was present in 8 relatives. Conclusions: Considering the high risk of having a mutation in the BRCA1 gene, specially in pre-menopausal women, the molecualr diagnosis, genetic and clinical counseling are highly relevant. In Chile the molecualr diagnosis is still not widely applied (Rev Méd Chile 2004; 132: 203-8)

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

130

Detección del gen blaVIM-2 en cepas de Pseudomonas aeruginosa productoras de metalo ß-lactamasa aisladas en una unidad de cuidados intensivos en Ciudad Bolívar, Venezuela/ blaVIM-2 gene detection in metallo-ß-lactamase-producing Pseudomonas aeruginosa strains isolated in an Intensive Care Unit in Ciudad Bolívar, Venezuela

Guevara, Armando; de Waard, Jacobus; Araque, María
2009-08-01

Resumen en español Se estudiaron 10 cepas de Pseudomonas aeruginosa con resistencia a cefalosporinas y carbapenémicos con el objeto de determinar la presencia de genes que median la producción de metalo ß-lactamasas. Estas cepas se aislaron de pacientes con infección nosocomial hospitalizados en la Unidad de Cuidados Intensivos (UCI) del Complejo Hospitalario "Ruiz y Paéz" de Ciudad Bolívar, estado Bolívar, Venezuela, durante el período 2003 - 2006. En todas las cepas se detectó la (mas) actividad de una metalo-enzima, mediante la prueba del sinergismo del doble disco. La amplificación por la reacción de polimerasa en cadena de los genes que codifican para las metalo ß-lactamasas de las familias IMP, VIM y SPM, y su posterior secuenciación, permitió confirmar la presencia de metalo p-lactamasas de tipo VIM-2. Estos resultados sugieren que es necesario mantener bajo vigilancia epidemiológica a estas cepas, establecer estrategias de laboratorio para su detección oportuna e implementar nuevas políticas que aseguren el uso adecuado de los antibacterianos en esta institución Resumen en inglés Ten Pseudomonas aeruginosa strains with resistance to broad-spectrum cephalosporin and carbapenems were studied to determine the presence of genes that mediate the productionof metallo-p-lactamases. These strains were isolated from patients with nosocomial infection at the Intensive Care Unit of the Complejo Hospitalario "Ruiz y Paéz" of Ciudad Bolívar, Bolívar State, Venezuela, from 2003 to 2006. In all isolates a metallo-enzyme activity was detected by using the doub (mas) le disk synergism test. PCR amplification of genes encoding the families IMP, VIM and SPM metallo-ß-lactamases showed the presence of a blaVIM gene in all strains studied. DNA sequencing revealed that all isolates showed the presence of blaVIM-2These results suggest that it is necessary to keep these strains under epidemiologic surveillance, establish laboratory strategies for opportune detection and the imple-mentation of new policies to ensure the appropriate use of antibiotics in this institution

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

131

Detección de una mutación no estándar en el Proto-oncogen RET por mutagénesis dirigida/ Detection of a non-standard mutation in the ret protoncogene by site directed mutagenesis

Real, Sebastián; Gómez, Laura; Perinetti, Héctor; Mayorga, Luis S.; Pusiol, Eduardo; Roque, María
2005-03-01

Resumen en español El síndrome de MEN2A es una enfermedad autosómica dominante que se caracteriza por el desarrollo de cáncer medular de tiroides, feocromocitoma e hiperplasia de paratiroides. Mutaciones en el ret proto-oncogén se asocian con MEN2A, con una penetrancia cercana al 100%. El gen se encuentra en el cromosoma 10q11.2 y codifica para una proteína transmembrana con función de receptor del tipo tirosina quinasa. Mutaciones que afectan el dominio extracelular de la proteína e (mas) stimulan la dimerización espontánea del receptor y un aumento de la actividad de tirosina quinasa basal. El codón 634 codifica para una cisteína, y es considerado un sitio hot-spot por encontrarse mutado en el 85% de las familias con MEN2A. Para este sitio, nuestro grupo desarrolló en 2002 una metodología de detección indirecta y económica. Ante una familia sospechada de MEN2A, se aplicó esta estrategia, que reveló un codón 634 sano. Por posterior secuenciación se confirmó que el paciente índice portaba una mutación en el codón 611. Se desarrolló una nueva estrategia familia-específica por PCR mutagénica, que permitió diagnosticar en nuestro país a todos los integrantes de la familia con costos accesibles. Un niño en el cual se halló la mutación, fue tiroidectomizado preventivamente, y a la fecha goza de buena salud. De esta manera, combinando la estrategia de detección de mutaciones en el sitio hot-spot y un posterior diseño de otra metodología familia-específica se pudo diagnosticar e intervenir preventivamente a la familia, sin enviar todas las muestras al extranjero. Resumen en inglés MEN2A is an autosomic dominant disease, characterized by medullary thyroid cancer, pheochromocytoma and parathyroid hyperplasia. Mutations in the ret proto-oncogene are associated with this disease, with almost 100% of pennetrance. The gene, situated on chromosome 10q11.2, codes for a transmembrane protein with a tirosinkinase-like receptor function. Mutations that affect its extracellular domain, stimulate spontaneous homodimerization and elevate the basal tirosinkinase (mas) activity. The codon 634 of the gene is considered a hot-spot site, since it is mutated in 85% of the MEN2A families. Our group developed in 2002 an indirect and costless strategy to detect alterations in this site. We present a family suspected of having MEN2A. We applied our PCR based indirect strategy on the DNA of the index patient and found that there was no mutation in that site. Posterior sequencing of exon 10 and 11 confirmed that the mutation affecting this family was in codon 611. Thus, we developed a new costless family-specific strategy based on mutagenic PCR and enzymatic cuts to diagnose all the family members. A seven-year old boy with this mutation was preventively thyroidectomized. In this way, combining the indirect methodology for codon 634 previously developed by our group, and a posterior family-specific mutation detection strategy, we were able to diagnose and intervene presymptomaticly the family members, avoiding sending all the samples to foreign centers.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

132

Detección de DNA de herpesvirus equino tipos 1 y 4 en mononucleares de sangre periférica y ganglio trigémino de equinos. Infección, latencia y una aproximación a la neuropatogénesis de la cepa circulante/ Equine herpesvirus 1 and 4 DNA detection in peripheral blood mononuclear cells and trigeminal ganglion of equines: Infection, latency and approximation to neuropathogenesis of the strain/ Detecção de DNA tipos de herpesvírus eqüino 1 e 4 nas células mononucleares do sangue periférico e os gânglios trigémeo de cavalos. Infecção, latência e de uma abordagem para o neuropatogénesis da cepa circulante

Ruíz Sáenz, Julián; Góez, Yenny; López Herrera, Albeiro
2008-09-01

Resumen en portugués A infecção primária por Herpesvirus Eqüino tipo 1 e 4 (HVE-1 e HVE-4) inicia no tracto respiratório superior; depois, há uma viremia primária envolvidos no B e linfócitos T, que permite que o vírus chegue a outros sistemas e produtos biológicos abortos no último terço da gestação, morte neonatal de potros e síndromes neurológicas, devido sobretudo ao facto de HVE-1. Devido à descoberta de anticorpos contra o HVE-1 e HVE-4 cavalos em dois departamentos da (mas) Colômbia, O objetivo deste estudo foi o de detectar a presença do genoma viral em MNSP cavalo seropositivos para HVE-1 e HVE-4 4 os gânglios do trigémeo de cavalos em um curativo na planta do departamento de Antioquia. Através de uma PCR semianidada foram amplificados genes codificantes para a glicoproteína Hs (GH) HVE-1 e B (GB) de HVE-4. Em 28 e 19% do MNSP contendo o gene para a GH e no Reino Unido, respectivamente. No 57,8 e 47,7% dos gânglios trigêmeo avaliados foi atingido amplificar genes GH e GB, respectivamente. Para determinar se a estirpe do HVE-1 circulantes no departamento de Antioquia tinha potencial neuropatogénico, foi amplificado e sequenciado o gene da DNA polimerase viral, que pode apresentar uma mutação associada com neuropatogénesis. No entanto, nenhuma das cepas seqüenciadas possuía essa mutação. Os resultados confirmam a presença de infecção e de HVE -1 HVE-4, no departamento de Antioquia, sugerindo que há animais com infecção latente que poderia ser uma fonte de infecção para outros animais sensíveis. Resumen en español La infección primaria por Herpesvirus Equino tipos 1 y 4 (HVE-1 y HVE-4) se inicia en el tracto respiratorio superior; luego se produce una viremia primaria en la que intervienen linfocitos B y T, la cual le permite al virus alcanzar otros sistemas orgánicos y producir abortos en el último tercio de la gestación, muerte neonatal de potros y síndromes neurológicos, principalmente por causa del HVE-1. Debido al hallazgo de anticuerpos contra HVE-1 y HVE-4 en caballos (mas) de dos departamentos de Colombia, el propósito de este estudio fue detectar la presencia del genoma viral en Mononucleares de Sangre Periférica (MNSP) de caballos seropositivos para HVE-1 y HVE-4 y en ganglios trigéminos de equinos en una planta de faenado del departamento de Antioquia. Por medio de una PCR semianidada se amplificaron los genes que codifican por las glicoproteína Hs (gH) de HVE-1 y B (gB) de HVE-4. El 28 y el 19% de los MNSP contenían el gen de la gH y de la gB, respectivamente. En el 57.8 y 47.7% de los ganglios trigéminos evaluados se logró amplificar los genes gH y gB, respectivamente. Para determinar si la cepa de HVE-1 circulante en el departamento de Antioquia poseía potencial neuropatogénico, se amplificó y secuenció el gen de la DNA polimerasa viral, que puede presentar una mutación asociada con neuropatogénesis. Sin embargo, ninguna de las cepas secuenciadas poseía dicha mutación. Los resultados confirman la presencia de la infección por HVE -1 y HVE-4 en el departamento de Antioquia, lo que sugiere que existen animales con infección latente que podrían ser una fuente de infección para otros animales susceptibles. Resumen en inglés The infection with Equine Herpesvirus types 1 and 4 (EHV-1 and EHV-4) occurs at the upper respiratory tract. Soon after this takes place a primary cell associated viremia to peripheral blood mononuclear cells (PBMC, mainly on B and T lymphocytes), which allows the virus to reach other organic systems and production of abortions in the last third of gestation, neonatal foal death and neurological syndromes. After primary infection the animals remain latently infected for a (mas) ll the life. Because the presence of antibodies for EHV-1 and EHV-4 in plasma and serum of horses of two departments of Colombia was demonstrated, the objective of the present study as to demonstrate the presence of the viral genome in PBMC from horses diagnosed seropositive for EHV-1 and EHV-4, and in trigeminal ganglion of equines from a slaughterhouse of the Department of Antioquia. By means of a semi-nested PCR, the gene codifying for glycoprotein H (gH) of EHV-1 and gB of EHV-4 were amplified. In PBMC 28 and 19% of gH and of gB amplification were found, respectively; whereas in trigeminal ganglion 57.8 and 47.7% were amplified for gH and gB, respectively. With the aim of assessing whether the circulating strain in the department of Antioquia had a neuropathogenic potential, we amplified and sent to sequencing the gene that encodes the viral DNA polymerase, which could has a mutation that has been associated with neuropathogenic potential. We found that the circulating viral strain in Antioquia does not have such a mutation. The set of our results confirms that infection by EHV is present in the State of Antioquia, Colombia, and that there are equines latently infected which can be a source of infection for other susceptible horses.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

134

DR_SEQAN: a PC/Windows-based software to evaluate drug

Garriga, César; Menéndez-Arias, Luis

This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2334/6/44 | [Background] Genotypic assays based on DNA sequencing of part or the whole reversetranscriptase (RT)- and protease (PR)-coding regions of the human immunodeficiency virus type 1(HIV-1) genome have become part of the rout...

DRIVER (Spanish)

135

DNA-sequence and metal-ion specificity of the formation of *H-DNA

Bernués, Jordi; Beltrán, Ramón; Casasnovas, José María; Azorín, Ferran
1990-07-25

Digital.CSIC (Spain)

136

DNA sequence-specific recognition by a transcriptional regulator requires indirect readout of A-tracts

Mendieta, Jesús; Pérez-Lago, Laura; Salas, Margarita; Camacho, Ana
2007-04-22

Digital.CSIC (Spain)

137

DNA sequence of the gene encoding the Zc1 protein from Zea mays W64 A

Reina, Manuel; Guillén, Pedro; Ponte, Inmaculada; Boronat, Albert; Palau, Jaume
1990-11-11

Digital.CSIC (Spain)

141

DNA melting within a binary σ(54)-promoter DNA complex

Cannon, Wendy; Gallegos, María Trinidad; Buck, Martin
2001-01-05

Digital.CSIC (Spain)

142

Cáncer colorrectal hereditario: análisis molecular de los genes APC y MLH1/ Hereditary colorectal cancer: Molecular analysis of APC and MLH1 genes

Bellolio R, Felipe; Álvarez V, Karin; Fuente L, Marjorie De la; León G, Francisca; Fullerton M, Demian A; Soto D, Gonzalo; Carvallo de SQ, Pilar; López-Köstner, Francisco
2006-07-01

Resumen en inglés Background: Among colorectal cancer hereditary variants, two syndromes show a predisposition to the disease based on germline mutations: Familial Adenomatous Polyposis (FAP) and Hereditary Nonpolyposis Colorectal Cancer (HNPCC). Aim: To screen mutations in FAP and HNPCC families in Chile. Materials and Methods: Two FAP and one HNPCC families were studied. The APC gene (for FAP patients) and the MLH1 gene (for HNPCC patients), were screened for mutations on genomic DNA. Th (mas) e molecular analysis was performed through polymerase chain reaction, Single Strand Conformer Polymorphism (SSCP) and DNA sequencing. Mutations were defined as changes in the DNA sequence leading into a stop codon and a truncated protein. Results: In the two FAP families the analysis revealed a mutation consisting in the deletion of five nucleotides named c.3927_3931delAAAGA. The genetic study of the HNPCC family demonstrated the insertion of one adenine in codon 168 of exon 6, named c.504insA. Discussion: Germ-line mutations were identified in the three families. The relevance of these studies in a better knowledge of cancer susceptibility, and the possibility of identifying in relatives in risk by molecular diagnosis

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

144

Construction and application for QTL analysis of a Restriction Site Associated DNA (RAD) linkage map in barley

Chutimanitsakun, Yada; Nipper, Rick W.; Cuesta-Marcos, Alfonso; Cistué Solá, Luis; Corey, Ann; Filichkina, Tanya; Johnson, Eric A.; Hayes, Patrick M.
2011-01-01

Digital.CSIC (Spain)

145

Comportamiento de la mutación mtDNA A3243G en dos familias antioqueñas de pacientes diagnosticados con el síndrome MELAS/ Behavior of the mtDNA mutation A3243G in two antioquian families of patients with melas syndrome

Parra Marín, María Victoria; Cornejo Ochoa, Jose William; Duque Vélez, Constanza Elena; Ruíz Linares, Andrés; Bedoya Berrío, Gabriel
2010-03-01

Resumen en español Introducción: mutaciones en mtDNA causan citopatias mitocondriales, la más común de ellas es el síndrome MELAS; la transición A3243G en tRNA de leucina (tRNA Leu) se presenta en 80% de pacientes. La heteroplasmia, observada en citopatias mitocondriales, consiste en coexistencia de moléculas mutadas y normales en una célula, situación en la cual, dependiendo de su cantidad,afecta su función con expresión clínica variable. Objetivo: evaluar el comportamiento de l (mas) a cantidad de heteroplasmia de la mutación 3243G en su expresión clínica y en la dependencia de variantes nucleares. Pacientes y métodos: se buscaron mutaciones en el gen que codifica para el tRNA de leucina por secuencia y por PCR-RFLP en 34 pacientes, y se tamizó en familiares de los portadores de la mutación. Se tipificaron cuatro Specific Population Allele (SPA) en pacientes y familiares con la mutación A3243G. Resultados: se halló la mutación A3243G en el tRNA Leu en dos pacientes, luego de tamizar la mutación A3243G en ambas familias se evaluó la cantidad de mtDNA mutado (MDNA),encontrando que los casos índices de ambas familias esentaron la mayor cantidad de MDNA; en la primera familia se detectó la mutación en 15 miembros que presentaron diversos síntomas. En la segunda familia se detectó la mutación en un miembro con parálisis cerebral, en dos con migraña y en uno asintomático. Conclusiones: la severidad de los síntomas se correlaciona con la cantidad de MDNA, se encontróademás correlación entre mtDNA mutado (MDNA) y el Índice de Ancestría Amerindio en cada individuo (IAA), indicando una posible influencia del contexto nuclear amerindio en la segregación y replicación mitocondrial. Resumen en inglés Mitochondrial DNA mutations cause mitochondrial cytopathies. Among them Mitochondrial Encephalomyopathy, Lactic Acidosis, and Stroke-like episodes (MELA) is the commonest. The transition 3243A>G in the Leucine tRNA is present in 80% of the patients. Heteroplasmy is observed in mitochondrial cytopathies, characterized by the coexistence of mutant and wild type molecules in a cell. Depending on the level of heteroplasmy, function and clinical manifestations might result aff (mas) ected. Objective: To test the degree of heteroplasmy of the mutation 3243G on its expression (syntoms) and nuclear-variants dependence. Patients and methods: Mutations in the tRNA Leu gene were sought in 34 patients by sequencing and PCR-RFLP. Four SPA (specific population alleles) were typed in patients and their relatives carrying the mutation 3243A>G. Results: The mutation 3243A>G in the Leucine tRNA gene was found in two patients. This mutation was screened in their relatives and the amount of mutant DNA (MDNA) was assessed. The index cases presented with the higher amounts of MDNA in both families. In family one, the mutation was detected in 14 members, three of which presented with short stature, one with hearing loss, one with type 2 diabetes, 8 with migraine and one healthy individual. In family two the mutation was detected in one member with brain paralysis, two with migraine and one healthy individual. Conclusions: Severity of the symptoms in patients affected with MELAS is correlated with the amount of MDNA. Furthermore, it was found a correlation between MDNA and IAA, suggesting a possible effect of amerind nuclear ontext in The mitochondrial egregation and replication.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

146

Complete sequence of Euglena gracilis chloroplast DNA

Hallick, Richard B.; Hong, Ling; Drager, Robert G.; Favreau, Mitchell R.; Monfort, Amparo; Orsat, Bernard; Spielman, Albert; Stutz, Erhard
1993-07-25

Digital.CSIC (Spain)

147

Clonaje y caracterización molecular in silico de un transcrito de fosfolipasa A2 aislado del veneno de la serpiente peruana Lachesis muta/ Molecular cloning and characterization in silico of phospholipase A2 transcripto isolated from Lachesis muta peruvian snake venom

Jimenez, Karim L.; Zavaleta, Amparo I.; Izaguirre, Victor; Yarleque, Armando; Inga, Rosio R.
2010-12-01

Resumen en español Objetivo. Aislar y caracterizar in silico un transcrito del gen de fosfolipasa A2 (PLA2) aislado del veneno de Lachesis muta de la Amazonía peruana. Materiales y métodos. Se amplificó el transcrito del gen sPLA2 mediante la técnica de RT-PCR a partir de RNA total utilizando cebadores específicos, el producto de DNA amplificado se insertó en el vector pGEM para su posterior secuenciación. Mediante análisis bioinformático de la secuencia nucleotídica se determinó (mas) un marco de lectura abierta de 414 nucleótidos que codifica 138 aminoácidos, incluyendo16 aminoácidos del péptido señal, el peso molecular y el pI fueron de 13 976 kDa y 5,66 respectivamente. Resultados. La secuencia aminoacídica denominada Lm-PLA2- Perú, contiene Asp49, así como Tyr-28, Gly-30, Gly-32, His-48, Tyr52, Asp99 importantes para la actividad enzimática. La comparación de Lm-PLA2-Perú con las secuencias aminoacídicas de los bancos de datos mostró 93% de similitud con las sPLA2 de Lachesis stenophrys y más del 80% con otras sPLA2 de venenos de la familia Viperidae. El análisis filogenético de la secuencia nucleotídica del transcrito del gen sPLA2 indica que Lm-PLA2-Perú se agrupa con otras sPLA2 [Asp49] ácidas previamente aisladas del veneno de Bothriechis schlegelii con un 89% de identidad. El modelaje tridimensional de Lm-PLA2-Perú, presenta una estructura característica de sPLA2 del Grupo II formada por tres hélices-α, una lámina-β, una hélice corta y un lazo de unión con calcio. Conclusión. La secuencia nucleotídica corresponde al primer transcripto del gen de PLA2 clonado a partir del veneno de la serpiente Lachesis muta, que habita en la selva del Perú. Resumen en inglés Objective. Isolate and characterize in silico gene phospholipase A2 (PLA2) isolated from Lachesis muta venom of the Peruvian Amazon. Material and methods. Technique RT-PCR from total RNA was using specific primers, the amplified DNA product was inserted into the pGEM vector for subsequent sequencing. By bioinformatic analysis identified an open reading frame of 414 nucleotides that encoded 138 amino acids including a signal peptide of 16 aminoacids, molecular weight and p (mas) I were 13 976 kDa and 5.66 respectively. Results. The aminoacid sequence was called Lm-PLA2-Peru, contains an aspartate at position 49, this aminoacid in conjunction with other conserved residues such as Tyr-28, Gly-30, Gly-32, His-48, Tyr52, Asp99 are important for enzymatic activity. The comparison with the amino acid sequence data banks showed of similarity between PLA2 from Lachesis stenophrys (93%) and other PLA2 snake venoms and over 80% of other sPLA2 family Viperidae venoms. A phylogenetic analysis showed that Lm-PLA2-Peru grouped with other acidic [Asp49] sPLA2 previously isolated from Bothriechis schlegelii venom showing 89 % nucleotide sequence identity. Finally, the computer modeling indicated that enzyme had the characteristic structure of sPLA2 group II that consisted of three α-helices, a β-wing, a short helix and a calcium-binding loop. Conclusion. The nucleotide sequence corresponding to the first transcript of gene from PLA2 cloned of Lachesis muta venom, snake from the Peruvian rainforest.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

149

Characterization of SpPol4, a unique X-family DNA polymerase in Schizosaccharomyces pombe

González-Barrera, Sergio; Sánchez, Arancha; Ruiz, José F.; Juárez, Raquel; Picher, Ángel J.; Terrados, Gloria; Andrade, Paula; Blanco, Luis
2005-01-01

Digital.CSIC (Spain)

150

Caracterización molecular del complejo de especies Ralstonia solanacearum en la zona bananera de Urabá/ Molecular characterization of the Ralstonia solanacearum species complex in the banana growing region of Uraba

Cardozo, Carolina; Rodríguez, Paola; Marín, Mauricio
2009-08-01

Resumen en español La enfermedad del moko, causada por Ralstonia solanacearum, es uno de los problemas fitosanitarios más importantes de la agroindustria bananera de Urabá. Esta bacteria se caracteriza por presentar una gran plasticidad genética, lo cual dificulta el diseño de estrategias para su control. Con el fin de determinar los componentes del complejo de especies de R. solanacearum presentes en la región de Urabá, en esta investigación se realizó la caracterización genotípi (mas) ca de una población de R. solanacearum procedente de plantas de banano, arvenses y suelos de diversas plantaciones de esta zona. La evaluación se realizó mediante PCR múltiple y secuenciación de tres regiones del genoma (genes egl, fliC y región 16S del ADNr). Los resultados indican que todas las cepas bacteriales estudiadas están asociadas al filotipo II, y en su mayoría pertenecen al secuevar 4, aunque en el caso de algunos aislamientos no fue posible su filiación con ninguno de los tres secuevares reportados para la raza 2. Dos aislamientos obtenidos del departamento del Magdalena, utilizados con fines comparativos, resultaron estar asociados al secuevar 6. Los resultados de esta investigación plantean importantes aspectos epidemiológicos a ser tenidos en cuenta en el manejo de la enfermedad del moko en las plantaciones de banano del Urabá antioqueño. Resumen en inglés Moko disease, caused by Ralstonia solanacearum, is one of the most important phytopathological problems of the banana agribusiness in Uraba (Colombia). This bacterium is featured by having high genetic plasticity, which difficults the design of control strategies. The aim of the present research was to establish the components of the R. solanacearum species complex, through the study of the genotypic features of a series of strains isolated from banana plants, weeds and s (mas) oils from different plantations in Uraba. The analysis was carried out through multiple PCR and sequencing of three genomic regions (egl and fliC genes, and region 16S of 16S rDNA). The results indicate that all the studied isolates are associated to phylotype II, and most of them belong to sequevar 4. However, in the case of some strains, it was not possible to associate the PCR results with the sequevars that have been reported for race 2. Interestingly, two isolates from the department of Magdalena used as comparative controls for the bacterial population of Uraba, were found to belong to sequevar 6. These results raise important epidemiological aspects of the management of moko disease in the banana growing region of Uraba.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

151

Caracterización molecular de fenilcetonúricos cubanos

Gutiérrez García, Enna; Barrios García, Bárbara; Gutiérrez Gutiérrez, Reinaldo; Damiani Rossel, Astrea
2002-06-01

Resumen en español Hasta el momento se han descrito más de 500 mutaciones en el gen de la fenilalanina hidroxilasa humana (PHA), distribuidas a lo largo de sus 13 exones, y es el 7 el que posee un número mayor. El hecho de que la fenilcetonuria sea causada por mutaciones puntuales, hace necesario la utilización de un método que permita el análisis rápido de cada individuo. En este estudio se analizó el ácido desoxinucleótico (DNA) genómico de 28 pacientes fenilcetonúricos (PKU) y (mas) a sus padres, provenientes de diferentes partes de Cuba. Se realizó amplificación mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en los 13 exones, antes de efectuar el método de electroforesis en geles de gradientes desnaturalizantes (DGGE) y secuenciación. Se hallaron 16 mutaciones diferentes en el 91 % del total de cromosomas independientes de los pacientes, y fueron las mutaciones más frecuentes la E280K y la R261Q, que es originaria de Galicia. Se comprobó la herencia mendeliana en los padres. Las mutaciones más frecuentes en Cuba no coinciden con las de España y América Latina. Resumen en inglés Up to the present, over 500 mutations in human phenylalanine hdroxylase gene distributed along its 13 exons have been described, being exon 7 the one that has the highest number. The fact that phenylketonuria is caused by point mutations makes it necessary to use a method of rapid analysis of each individual. This study analyzes genomic DNA of 28 patients suffering from phenylketonuria and their parents from different regions of Cuba. Amplification by the polymerase chain (mas) reaction was made in the 13 exons before applying denaturating gradient gel electrophoresis and sequencing. Sixteen different mutations were found in 91% of patient’s independent chromosomes and the most frequent mutations were E280K and R261Q that comes from Galicia. Mendel´s inheritance was proved in the patients´ parents. The most frequent mutations found in Cuba do not match with those in Spain and Latin America.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

152

Caracterización clínico - molecular de la enfermedad granulomatosa crónica autosómica recesiva causada por déficit de p47-phox/ Clinical and Molecular Characterization af autosomal recessive chronic granulomatous disease caused by p47-phox deficiency

Cornejo De L, Mónica; López Q, Juan A.; Navarro V, Sara; García de O, Diana; Patiño G, Pablo J
2000-05-01

Resumen en inglés Background: The cytosolic protein p47-phox (phagocyte oxidase) is one of the essential components of the superoxide generating system in phagocytes and its defect causes approximately 30% of the chronic granulomatous disease (CGD) cases. Aim: Two patients were studied, belonging to the same family, without a consanguinous background, in which deficiency or absence of superoxide generation was found together with recurrent and severe infections in one case and benign infec (mas) tions in the second. Methods: The presence of gp91-, p67- and p47-phox in patients and controls was determined by Western Blot analysis of granulocytes. Sequencing of PCR amplified DNA was performed by an enzimatic method. Results: Western Blot analysis showed normal expression of gp91 and p67 and absence of p47-phox. The molecular genetic study demonstrated a homocygotic dinucleotide GT (GT) deletion at the beginning of exon 2 of the p47-phox gene. The same mutation has been found in European, American and Japanese patients. Conclusions: The molecular characterization of this pathology done for the first time in Chile is important for diagnostic classification, patient prognosis, and adequate genetic advice and a possible future therapy. (Rev Méd Chile 2000; 128: 490-8)

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

153

CONFIRMACIÓN POR LABORATORIO DE UN CASO FULMINANTE DE NEUMONÍA POR VIRUS DE VARICELA ZOSTER EN UNA MUJER ADULTA/ Laboratory confirmation of fulminant varicella zoster virus pneumonia in an adult woman

Martínez Uzeta, Claudia; Jiménez, Gloria Mercedes; Castellanos, Jaime E
2007-07-01

Resumen en español Antecedentes . La varicela es una enfermedad relativamente benigna en la infancia, pero en los adultos se presenta con gran severidad y con complicaciones que pueden ser fatales. Normalmente, el diagnóstico se hace solamente por los signos clínicos de la enfermedad. Objetivos . Realizar un diagnóstico confirmatorio de varicela sobre el informe presuntivo de patología. Material y métodos . A una paciente fallecida en prisión, se le realizó la necropsia e histopatolo (mas) gía en el Instituto de Medicina Legal y Ciencias Forenses de Bogotá. A partir de las muestras de tejidos archivadas en parafina, se hizo extracción de DNA y amplificación del genoma del virus de varicela zoster, el cual fue confirmado por secuenciación. Una muestra archivada de suero se procesó por ELISA para la detección de anticuerpos específicos para el virus. Resultados . Por ELISA se encontró IgM pero no IgG específica para el virus de varicela zoster. En la prueba de PCR se amplificó un fragmento de 297 pb correspondiente a una región del genoma del virus de varicela zoster, que fue confirmado por secuenciación. Conclusiones . Las muestras de tejidos almacenadas fueron útiles para la realización de pruebas confirmatorias de laboratorio. Resumen en inglés Background . Primary varicella infection is a benign disease during childhood, but infection in adults causes serious complications and high mortality rate. Normally, diagnosis is made only by their clinical signs. Objetive . To make a confirmatory diagnostic about putative patologist one of varicella , using serological and molecular tests carried out on filed samples. Material and methods . DNA was extracted form archival samples using paraffin-embedded tissue specimens (mas) and varicella zoster virus genome was detected by PCR and sequencing confirmed. In addition, an archival serum sample was processed by ELISA. Results . ELISA of serum detects IgM but not IgG specific antibodies to varicella zoster virus. Primer specific PCR amplified a fragment of 297 bp belonging to viral genome DNA, which was confirmed by sequencing. Conclusion . Archival samples and tissues were useful tools to make the confirmatory laboratory tests.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

154
155

Bases genómicas del cáncer de mama: avances hacia la medicina personalizada/ Genomic basis for breast cancer: advances in personalized medicine

Hidalgo-Miranda, Alfredo; Jiménez-Sánchez, Gerardo
2009-01-01

Resumen en español El análisis genómico del cáncer de mama ha permitido el desarrollo de nuevas herramientas de predicción de riesgo y respuesta al tratamiento en esta enfermedad. Los perfiles de expresión génica han generado una mejor clasificación de los tumores e identificado subgrupos tumorales con características clínicas particulares. También se han reconocido patrones de pérdida y ganancia de DNA y expresión de micro-RNA relacionados con la carcinogénesis mamaria, tras i (mas) dentificar nuevos blancos potenciales. Los estudios de asociación del genoma completo han identificado variantes genéticas vinculadas con un mayor riesgo a presentar esta enfermedad, lo que hará posible tomar decisiones de salud pública mejor fundamentadas. Asimismo, los avances en la tecnología de secuenciación de DNA permitirán obtener información acerca de todas las alteraciones genéticas en los tumores. En esta revisión se describe el estado que guarda la investigación genómica en el cáncer de mama, así como la transición de estos hallazgos a la práctica clínica y la creación de las bases para el desarrollo de la medicina personalizada. Resumen en inglés Genomic analysis of breast cancer has allowed the development of new tools for the prediction of recurrence and the response to treatment of this disease. Gene expression profiles allow better tumor classification, identifying tumor subgroups with particular clinical outcomes. New potential molecular targets involved in breast carcinogenesis have also been identified through the analysis of DNA copy number aberrations and microRNA expression patterns. Whole genome associa (mas) tion studies have identified genetic variants associated with a higher risk to develop this tumor, providing more information for public health decisions. Progress in DNA sequencing methods will also allow for the analysis of all the genetic alterations present in a tumor. In this review, we describe the current state of genomic research in breast cancer as well as how these findings are being translated into clinical practice, contributing to development of personalized medicine.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

156

Bases genómicas del cáncer de mama: avances hacia la medicina personalizada/ Genomic basis for breast cancer: advances in personalized medicine

Hidalgo-Miranda, Alfredo; Jiménez-Sánchez, Gerardo
2009-01-01

Resumen en español El análisis genómico del cáncer de mama ha permitido el desarrollo de nuevas herramientas de predicción de riesgo y respuesta al tratamiento en esta enfermedad. Los perfiles de expresión génica han generado una mejor clasificación de los tumores e identificado subgrupos tumorales con características clínicas particulares. También se han reconocido patrones de pérdida y ganancia de DNA y expresión de micro-RNA relacionados con la carcinogénesis mamaria, tras i (mas) dentificar nuevos blancos potenciales. Los estudios de asociación del genoma completo han identificado variantes genéticas vinculadas con un mayor riesgo a presentar esta enfermedad, lo que hará posible tomar decisiones de salud pública mejor fundamentadas. Asimismo, los avances en la tecnología de secuenciación de DNA permitirán obtener información acerca de todas las alteraciones genéticas en los tumores. En esta revisión se describe el estado que guarda la investigación genómica en el cáncer de mama, así como la transición de estos hallazgos a la práctica clínica y la creación de las bases para el desarrollo de la medicina personalizada. Resumen en inglés Genomic analysis of breast cancer has allowed the development of new tools for the prediction of recurrence and the response to treatment of this disease. Gene expression profiles allow better tumor classification, identifying tumor subgroups with particular clinical outcomes. New potential molecular targets involved in breast carcinogenesis have also been identified through the analysis of DNA copy number aberrations and microRNA expression patterns. Whole genome associa (mas) tion studies have identified genetic variants associated with a higher risk to develop this tumor, providing more information for public health decisions. Progress in DNA sequencing methods will also allow for the analysis of all the genetic alterations present in a tumor. In this review, we describe the current state of genomic research in breast cancer as well as how these findings are being translated into clinical practice, contributing to development of personalized medicine.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

157
158

Análisis genético en pacientes con cáncer colorrectal/ Microsatellite instability among patients with colorectal cancer

Montenegro M, Yenny; Ramírez-Castro, José Luis; Isaza J, Luis Fernando; Bedoya B, Gabriel; Muñetón-Peña, Carlos Mario
2006-10-01

Resumen en inglés Background: In patients with colorectal carcinoma, insertions or deletions of short sequences of DNA, a phenomenon called microsatellite instability, are observed. Aim: To look for microsatellite instability and mutations of MLH1 and MSH2 gene mutations in patients with colorectal carcinoma. Material and Methods: Ten patients with sporadic colorectal carcinoma and 31 patients fulfilling criteria for hereditary nonpolyposis colon cancer (HNPCC), aged 9 to 70 years, were st (mas) udied. Microsatellite instability was studied in samples of tumor and peripheral blood mononuclear cell DNA. Six markers were amplified by polymerase chain reaction and capillary electrophoresis. In samples with microsatellite instability, mutations of MLH1 and MSH2 genes were studied by direct sequencing. Results: Thirty four percent of patients had microsatellite instability and among these, 76% had a high degree of instability. BAT40 marker had the higher frequency of instability. No mutations for MLH1 and MSH2 genes were observed. However a new polymorphism, C399T, was identified in exon 3 of MSH2 gene. This polymorphism was observed both in patients with sporadic colorectal carcinoma and patients with HNPCC. Conclusions: There is a high frequency of microsatellite instability among patients with colorectal cancer. A new polymorphism, not previously reported, was identified in MSH2 gene

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

159

Alternative mechanisms of transcriptional activation by Rap1p

Idrissi, Fátima-Zahra; García-Reyero, Natàlia; Fernández-Larrea, Juan B.; Piña, Benjamín
2001-05-17

Digital.CSIC (Spain)

160

Alternating d(GA)n DNA sequences form antiparallel stranded homoduplexes stabilized by the formation of G.A base pairs

Huertas, Dori; Bellsolell, L.; Casasnovas, José María; Coll, Miquel; Azorín, Ferran
1993-10-01

Digital.CSIC (Spain)

161

Alcances y limitaciones de los métodos de epidemiología molecular basados en el análisis de ácidos nucleicos/ Scope and limitations of molecular methods applied to epidemiological studies

Vílchez, Glenda; Alonso, Guillermina
2009-06-01

Resumen en español La Epidemiología es la rama de la ciencia que se dedica al estudio del origen, la distribución y el control de las enfermedades que afectan a las poblaciones. La Epidemiología Molecular es una nueva rama de la ciencia en la cual se implementan técnicas moleculares en los estudios epidemiológicos. Diversos métodos de genotipificación molecular pueden ser empleados para clasificar a los microorganismos en grupos estrechamente relacionados o divergentes. Entre los mé (mas) todos de genotipificación más usados están: la electroforesis de campo pulsado, la prueba de PCR, la secuenciación del genoma y la hibridación con sondas de DNA. Cada técnica ha ofrecido una alternativa para la investigación epidemiológica; sin embargo, también tienen aplicabilidades limitadas. El presente trabajo tiene como objetivo la revisión de las fortalezas y debilidades de éstas técnicas moleculares utilizadas para la genotipificación Resumen en inglés Epidemiology is a science dedicated to the study of the origin, distribution and control of diseases that affect populations. Molecular Epidemiology is a new branch of science that uses molecular techniques in epidemiological studies. Several molecular genotyping methods can be used to classify microorganisms in closely related or divergent groups. Pulsed-field gel electrophoresis, the PCR test, genomic sequencing, and DNA probe hybridization are the most used techniques (mas) in genotyping. Each technique offers an alternative for epidemiological investigation; nevertheless, they also have limited applications. The objective of this work was to review the strengths and weaknesses of these molecular techniques used for genotyping

Scientific Electronic Library Online (Spanish)

162

Acquired macrolide resistance in the human intestinal strain Lactobacillus rhamnosus E41 associated with a transition mutation in 23S rRNA genes

Flórez García, Ana Belén; Ladero Losada, Victor Manuel; Álvarez Martín, Pablo; Ammor, Mohammed Salim

Final full-text version of the paper available at: http://dx.doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2007.06.002. | Restriction fragment length polymorphism and DNA sequencing of polymerase chain reaction (PCR) products showed that a Lactobacillus rhamnosus strain of human origin resistant to macrolides, from...

DRIVER (Spanish)

165

A first approach to the molecular phylogeny of the genus Echinops (Asteraceae): Sectional delimitation and relationships with the genus Acantholepis.

Garnatje, Teresa; Susanna de la Serna, Alfonso; Garcia-Jacas, Núria; Vilatersana, Roser; Vallès, Joan
2005-01-01

Digital.CSIC (Spain)

167

A Role for RNAi in the Selective Correction of DNA Methylation Defects

Teixeira, Felipe Karam; Heredia, Fabiana; Sarazin, Alexis; Roudier, François; Boccara, Martine; Ciaudo, Constance; Cruaud, Corinne; Poulain, Julie; Berdasco, María; Fernández Fraga, Mario; Voinnet, Olivier; Wincker, Patrick; Esteller, Manel; Colot, Vincent
2009-01-29

Digital.CSIC (Spain)

169

ADN bacteriano en pacientes con cirrosis y ascitis estéril: Papel como marcador de translocación bacteriana y herramienta pronóstica/ Bacterial DNA in patients with cirrhosis ans sterile ascites: Its role as a marker of bacterial translocation and prognosis tool

González-Navajas, J. M.; Francés, R.; Such, J.
2007-10-01

Resumen en español Durante la última década hemos presenciado un aumento de la cantidad de datos relativos a la presencia de translocación bacteriana en los modelos experimentales de cirrosis. Sin embargo, los estudios clínicos se han visto limitados por la falta de métodos no invasivos para estudiar dicho fenómeno. En los últimos años, las investigaciones realizadas en nuestro laboratorio se han centrado en la detección del ADN bacteriano en el suero y el líquido ascítico de los (mas) pacientes con cirrosis y ascitis estéril, y en las implicaciones clínicas que ello conlleva. Al principio, gracias a un método basado en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y el secuenciamiento automatizado de nucleótidos, pudimos detectar e identificar la presencia de fragmentos de ADN bacteriano en dichos pacientes con ascitis no neutrocítica y con cultivo negativo. Desde entonces hemos acumulado una serie de datos que indican que la presencia de ADN bacteriano podría desempeñar un papel importante no sólo como marcador de translocación bacteriana, sino también como factor pronóstico a corto plazo. Expondremos aquí el pasado, el presente y el futuro de esta línea de investigación. Resumen en inglés During the last decade, we have witnessed an increase in the amount of data related with the presence of bacterial translocation in experimental models of cirrhosis. However, clinical studies have been limited by the lack of non-invasive methods to study this phenomenon. Over the past years, the research developed in our laboratory has been focused on the detection of bacterial DNA in serum and ascitic fluid of patients with cirrhosis and sterile ascites, the clinical and (mas) immunological implications of such finding. Initially, by means of a polymerase chain reaction (PCR)-based method and automated nucleotide sequencing, we were able to detect and identify the presence of fragments of bacterial DNA in the mentioned patients with culture-negative, non-neutrocytic ascites. Since then, we have accumulated a core of data suggesting that the presence of bacterial DNA may have an important role not only as a marker of bacterial translocation, but also as a short-term prognostic factor. Here, we discuss the past, present and future of this line of investigation.

Scientific Electronic Library Online (Spanish)